Changeset 1779 for branches


Ignore:
Timestamp:
07/29/10 19:13:46 (14 years ago)
Author:
Kana Sugimoto
Message:

New Development: Yes

JIRA Issue: No (test merging alma branch)

Ready for Test: Yes

Interface Changes: Yes

What Interface Changed:

Test Programs:

Put in Release Notes: No

Module(s):

Description:


Location:
branches/mergetest
Files:
4 deleted
68 edited
49 copied

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • branches/mergetest

  • branches/mergetest/SConstruct

    r1740 r1779  
    161161    env = conf.Finish()
    162162
    163 env["version"] = "3.x"
     163env["version"] = "3.0.0"
    164164
    165165if env['mode'] == 'release':

  • branches/mergetest/apps/asap2to3.cpp

    r1665 r1779  
    2626  pa.setDefault(Float(0.0));
    2727  tfocus.addColumn(pa);
     28  //tfocus.rwKeywordSet().define("PARALLACTIFY", False)
     29  Int verid=tab.rwKeywordSet().fieldNumber("VERSION");
     30  tab.rwKeywordSet().define(verid,uInt(3));
    2831  cout << "WARNING: This has invalidated the parallactic angle in the data. Reprocess the data in ASAP 3 "
    2932       << "if you need to handle polarisation conversions"

  • branches/mergetest/external/atnf/PKSIO/FITSreader.cc

    r1720 r1779  
    5555        const int getSpectra,
    5656        const int getXPol,
     57        const int getFeedPos,
     58        const int getPointing,
    5759        const int coordSys)
    5860{
    … …  
    8587  cGetSpectra = getSpectra && cHaveSpectra;
    8688  cGetXPol    = getXPol    && cGetXPol;
     89  cGetFeedPos = getFeedPos;
    8790  cCoordSys   = coordSys;
     91
    8892
    8993  return maxNChan;

  • branches/mergetest/external/atnf/PKSIO/FITSreader.h

    r1720 r1779  
    4141
    4242#include <atnf/PKSIO/MBrecord.h>
    43 #include <atnf/PKSIO/PKSmsg.h>
    4443
    4544using namespace std;
     45
    4646
    4747// <summary>
    … …  
    4949// </summary>
    5050
    51 class FITSreader : public PKSmsg
     51//class FITSreader
     52class FITSreader
    5253{
    5354  public:
    … …  
    106107        const int refChan[],
    107108        const int getSpectra = 1,
    108         const int getXPol  = 0,
     109        const int getXPol = 0,
     110        const int getFeedPos = 0,
     111        const int getPointing = 0,
    109112        const int coordSys = 0);
     113
    110114
    111115    // Find the range in time and position of the data selected.
    … …  
    119123    // Read the next data record.
    120124    virtual int read(
     125//        PKSMBrecord &record) = 0;
    121126        MBrecord &record) = 0;
    122127
    … …  
    125130
    126131  protected:
    127     int  *cBeams, *cEndChan, cCoordSys, cGetSpectra, cGetXPol, cHaveBase,
    128          cHaveSpectra, *cHaveXPol, *cIFs, cNBeam, *cNChan, cNIF, *cNPol,
    129          *cRefChan, *cStartChan;
     132    int  *cBeams, *cEndChan, cGetFeedPos, cCoordSys, cGetSpectra, cGetXPol,
     133           cHaveBase, cHaveSpectra, *cHaveXPol, *cIFs, cNBeam, *cNChan, cNIF,
     134           *cNPol, *cRefChan, *cStartChan;
    130135
    131136    // For use in constructing messages.
    132137    char cMsg[256];
     138
    133139};
    134140

  • branches/mergetest/external/atnf/PKSIO/MBFITSreader.cc

    r1720 r1779  
    4141#include <atnf/PKSIO/MBrecord.h>
    4242
     43#include <casa/Logging/LogIO.h>
     44
    4345#include <casa/math.h>
    4446#include <casa/iostream.h>
    … …  
    5759const double HALFPI = PI / 2.0;
    5860const double R2D = 180.0 / PI;
     61
     62// Class name
     63const string className = "MBFITSreader" ;
    5964
    6065//------------------------------------------------- MBFITSreader::MBFITSreader
    … …  
    99104
    100105  // Tell RPFITSIN not to report errors directly.
    101   iostat_.errlun = -1;
    102 
    103   // By default, messages are written to stderr.
    104   initMsg();
     106  //iostat_.errlun = -1;
    105107}
    106108
    … …  
    131133        int  &extraSysCal)
    132134{
    133   // Clear the message stack.
    134   clearMsg();
     135  const string methodName = "open()" ;
     136  LogIO os( LogOrigin( className, methodName, WHERE ) ) ;
    135137
    136138  if (cMBopen) {
    … …  
    143145  int jstat = -3;
    144146  if (rpfitsin(jstat)) {
    145     sprintf(cMsg, "ERROR: Failed to open MBFITS file\n       %s", rpname);
    146     logMsg(cMsg);
     147    sprintf(cMsg, "Failed to open MBFITS file\n%s", rpname);
     148    os << LogIO::SEVERE << cMsg << LogIO::POST ;
    147149    return 1;
    148150  }
    … …  
    161163  jstat = -1;
    162164  if (rpfitsin(jstat)) {
    163     sprintf(cMsg, "ERROR: Failed to read MBFITS header in file\n"
    164                   "       %s", rpname);
    165     logMsg(cMsg);
     165    sprintf(cMsg, "Failed to read MBFITS header in file\n"
     166                  "%s", rpname);
     167    os << LogIO::SEVERE << cMsg << LogIO::POST ;
    166168    close();
    167169    return 1;
    … …  
    173175  // Non-ATNF data may not store the position in (u,v,w).
    174176  if (strncmp(names_.sta, "tid", 3) == 0) {
    175     sprintf(cMsg, "WARNING: Found Tidbinbilla data");
     177    sprintf(cMsg, "Found Tidbinbilla data");
    176178    cSUpos = 1;
    177179  } else if (strncmp(names_.sta, "HOB", 3) == 0) {
    178     sprintf(cMsg, "WARNING: Found Hobart data");
     180    sprintf(cMsg, "Found Hobart data");
    179181    cSUpos = 1;
    180182  } else if (strncmp(names_.sta, "CED", 3) == 0) {
    181     sprintf(cMsg, "WARNING: Found Ceduna data");
     183    sprintf(cMsg, "Found Ceduna data");
    182184    cSUpos = 1;
    183185  } else {
    … …  
    187189  if (cSUpos) {
    188190    strcat(cMsg, ", using telescope position\n         from SU table.");
    189     logMsg(cMsg);
     191    os << LogIO::WARN << cMsg << LogIO::POST ;
    190192    cInterp = 0;
    191193  }
    … …  
    207209
    208210  if (cNBeam <= 0) {
    209     logMsg("ERROR: Couldn't determine number of beams.");
     211    os << LogIO::SEVERE << "Couldn't determine number of beams." << LogIO::POST ;
    210212    close();
    211213    return 1;
    … …  
    232234
    233235      sprintf(cMsg,
    234         "WARNING: RPFITSIN returned beam number %2d for AN table\n"
    235         "         entry %2d with name '%.8s'", beamNo, iBeam+1, sta);
     236        "RPFITSIN returned beam number %2d for AN table\n"
     237        "entry %2d with name '%.8s'", beamNo, iBeam+1, sta);
    236238
    237239      char text[8];
    … …  
    245247      }
    246248
    247       logMsg(cMsg);
     249      os << LogIO::WARN << cMsg << LogIO::POST ;
    248250    }
    249251
    … …  
    339341  // Read the first syscal record.
    340342  if (rpget(1, cEOS)) {
    341     logMsg("ERROR: Failed to read first syscal record.");
     343    os << LogIO::SEVERE << "Failed to read first syscal record." << LogIO::POST ;
    342344    close();
    343345    return 1;
    … …  
    374376        double &bandwidth)
    375377{
     378  const string methodName = "getHeader()" ;
     379  LogIO os( LogOrigin( className, methodName, WHERE ) ) ;
     380
    376381  if (!cMBopen) {
    377     logMsg("ERROR: An MBFITS file has not been opened.");
     382    os << LogIO::SEVERE << "An MBFITS file has not been opened." << LogIO::POST ;
    378383    return 1;
    379384  }
    … …  
    511516        MBrecord &MBrec)
    512517{
     518  const string methodName = "read()" ;
     519  LogIO os( LogOrigin( className, methodName, WHERE ) ) ;
     520
    513521  int beamNo = -1;
    514522  int haveData, pCode = 0, status;
    … …  
    517525
    518526  if (!cMBopen) {
    519     logMsg("ERROR: An MBFITS file has not been opened.");
     527    os << LogIO::SEVERE << "An MBFITS file has not been opened." << LogIO::POST ;
    520528    return 1;
    521529  }
    … …  
    562570
    563571#ifdef PKSIO_DEBUG
    564         fprintf(stderr, "\nEnd-of-file detected, flushing last cycle.\n");
     572        os << LogIO::DEBUGGING << "\nEnd-of-file detected, flushing last cycle.\n" << LogIO::POST ;
    565573#endif
    566574
    … …  
    646654
    647655          if (cNBin > 1 && cNBeamSel > 1) {
    648             logMsg("ERROR: Cannot handle binning mode for multiple beams.\n"
    649                    "       Select a single beam for input.");
     656            os << LogIO::SEVERE << "Cannot handle binning mode for multiple beams.\nSelect a single beam for input." << LogIO::POST ;
    650657            close();
    651658            return 1;
    … …  
    717724          // the start of the next.
    718725#ifdef PKSIO_DEBUG
    719           fprintf(stderr, "Change-of-day on cUTC: %.1f -> %.1f\n",
    720             cPrevUTC, cUTC);
     726          char buf[256] ;
     727          sprintf(buf, "Change-of-day on cUTC: %.1f -> %.1f\n", cPrevUTC, cUTC);
     728          os << LogIO::DEBUGGING << buf << LogIO::POST ;
    721729#endif
    722730          // Can't change the recorded value of cUTC directly (without also
    … …  
    724732          // an offset to be applied when comparing integration timestamps.
    725733          cod = 86400.0;
    726         }
     734
     735        }
    727736
    728737        if ((cUTC+cod) < cPrevUTC - 1.0) {
    … …  
    738747            // All other data should be fully time ordered.
    739748            sprintf(cMsg,
    740               "WARNING: Cycle %d:%03d-%03d, UTC went backwards from\n"
    741               "         %.1f to %.1f!  Incrementing day number,\n"
    742               "         positions may be unreliable.", cScanNo, cCycleNo,
     749              "Cycle %d:%03d-%03d, UTC went backwards from\n"
     750              "%.1f to %.1f!  Incrementing day number,\n"
     751              "positions may be unreliable.", cScanNo, cCycleNo,
    743752              cCycleNo+1, cPrevUTC, cUTC);
    744             logMsg(cMsg);
     753            //logMsg(cMsg);
     754            os << LogIO::WARN << cMsg << LogIO::POST ;
    745755            cUTC += 86400.0;
    746756          }
    … …  
    782792        }
    783793
    784         fprintf(stderr, "\n In:%4d%4d%3d%3d  %.3f %c %.3f (%+.3fs) - "
     794        sprintf(buf, "\n In:%4d%4d%3d%3d  %.3f %c %.3f (%+.3fs) - "
    785795          "%sflushing\n", cScanNo, cCycleNo, beamNo, cIFno, cUTC, rel, cW, dt,
    786796          cFlushing ? "" : "not ");
     797        os << LogIO::DEBUGGING << buf << LogIO::POST ;
    787798        if (cEOS) {
    788           fprintf(stderr, "Start of new scan, flushing previous scan.\n");
     799          sprintf(buf, "Start of new scan, flushing previous scan.\n");
     800          os << LogIO::DEBUGGING << buf << LogIO::POST ;
    789801        }
    790802#endif
    … …  
    884896
    885897#ifdef PKSIO_DEBUG
    886       fprintf(stderr, "This (%d) ra, dec, UTC: %9.4f %9.4f %10.3f %9.4f\n",
     898      sprintf(buf, "This (%d) ra, dec, UTC: %9.4f %9.4f %10.3f %9.4f\n",
    887899        iMBuff->cycleNo, thisRA*R2D, thisDec*R2D, thisUTC, thisPA*R2D);
     900      os << LogIO::DEBUGGING << buf << LogIO::POST ;
    888901#endif
    889902
    … …  
    921934
    922935#ifdef PKSIO_DEBUG
    923           fprintf(stderr, "Next (%d) ra, dec, UTC: %9.4f %9.4f %10.3f "
     936          sprintf(buf, "Next (%d) ra, dec, UTC: %9.4f %9.4f %10.3f "
    924937            "(0.000s)\n", cCycleNo, cU*R2D, cV*R2D, cW);
     938          os << LogIO::DEBUGGING << buf << LogIO::POST ;
    925939#endif
    926940
    … …  
    937951
    938952#ifdef PKSIO_DEBUG
    939           fprintf(stderr, "Next (%d) ra, dec, UTC: %9.4f %9.4f %10.3f "
     953          sprintf(buf, "Next (%d) ra, dec, UTC: %9.4f %9.4f %10.3f "
    940954            "(%+.3fs)\n", cCycleNo, nextRA*R2D, nextDec*R2D, nextUTC,
    941955            utcDiff(nextUTC, thisUTC));
     956          os << LogIO::DEBUGGING << buf << LogIO::POST ;
    942957#endif
    943958
    … …  
    10891104#ifdef PKSIO_DEBUG
    10901105      double avRate = sqrt(cAvRate[0]*cAvRate[0] + cAvRate[1]*cAvRate[1]);
    1091       fprintf(stderr, "RA, Dec, Av & PA rates: %8.4f %8.4f %8.4f %8.4f "
     1106      sprintf(buf, "RA, Dec, Av & PA rates: %8.4f %8.4f %8.4f %8.4f "
    10921107        "pCode %d\n", raRate*R2D, decRate*R2D, avRate*R2D, paRate*R2D, pCode);
     1108      os << LogIO::DEBUGGING << buf << LogIO::POST ;
    10931109#endif
    10941110
    … …  
    11131129
    11141130#ifdef PKSIO_DEBUG
    1115         fprintf(stderr, "Intp (%d) ra, dec, UTC: %9.4f %9.4f %10.3f (pCode, "
     1131        sprintf(buf, "Intp (%d) ra, dec, UTC: %9.4f %9.4f %10.3f (pCode, "
    11161132          "age: %d %.1fs)\n", iMBuff->cycleNo, cBuffer[jbuff].ra*R2D,
    11171133          cBuffer[jbuff].dec*R2D, cBuffer[jbuff].utc, iMBuff->pCode,
    11181134          iMBuff->rateAge);
     1135        os << LogIO::DEBUGGING << buf << LogIO::POST ;
    11191136#endif
    11201137      }
    … …  
    11301147
    11311148#ifdef PKSIO_DEBUG
    1132       fprintf(stderr, "Out:%4d%4d%3d%3d\n", MBrec.scanNo, MBrec.cycleNo,
     1149      sprintf(buf, "Out:%4d%4d%3d%3d\n", MBrec.scanNo, MBrec.cycleNo,
    11331150        MBrec.beamNo, MBrec.IFno[0]);
     1151      os << LogIO::DEBUGGING << buf << LogIO::POST ;
    11341152#endif
    11351153
    … …  
    11721190        // Sanity check on the number of IFs in the new scan.
    11731191        if (if_.n_if != cNIF) {
    1174           sprintf(cMsg, "WARNING: Scan %d has %d IFs instead of %d, "
     1192          sprintf(cMsg, "Scan %d has %d IFs instead of %d, "
    11751193            "continuing.", cScanNo, if_.n_if, cNIF);
    1176           logMsg(cMsg);
     1194          os << LogIO::WARN << cMsg << LogIO::POST ;
    11771195        }
    11781196      }
    … …  
    11861204
    11871205#ifdef PKSIO_DEBUG
    1188       fprintf(stderr, "Buf:%4d%4d%3d%3d\n", cScanNo, cCycleNo, beamNo, cIFno);
     1206      sprintf(buf, "Buf:%4d%4d%3d%3d\n", cScanNo, cCycleNo, beamNo, cIFno);
     1207      os << LogIO::DEBUGGING << buf << LogIO::POST ;
    11891208#endif
    11901209
    … …  
    12651284        // Integration cycle written to the output file twice (the only known
    12661285        // example is 1999-05-22_1914_000-031805_03v.hpf).
    1267         sprintf(cMsg, "WARNING: Integration cycle %d:%d, beam %2d, \n"
    1268                       "         IF %d was duplicated.", cScanNo, cCycleNo-1,
     1286        sprintf(cMsg, "Integration cycle %d:%d, beam %2d, \n"
     1287                      "IF %d was duplicated.", cScanNo, cCycleNo-1,
    12691288                      beamNo, cIFno);
    1270         logMsg(cMsg);
     1289        os << LogIO::WARN << cMsg << LogIO::POST ;
    12711290      }
    12721291      iMBuff->nChan[iIFSel] = nChan;
    … …  
    14541473int MBFITSreader::rpget(int syscalonly, int &EOS)
    14551474{
     1475  const string methodName = "rpget()" ;
     1476  LogIO os( LogOrigin( className, methodName, WHERE ) ) ;
     1477
    14561478  EOS = 0;
    14571479
    … …  
    14691491      // Read failed; retry.
    14701492      numErr++;
    1471       logMsg("WARNING: RPFITS read failed - retrying.");
     1493      os << LogIO::WARN << "RPFITS read failed - retrying." << LogIO::POST ;
    14721494      jstat = 0;
    14731495      break;
    … …  
    15251547    default:
    15261548      // Shouldn't reach here.
    1527       sprintf(cMsg, "WARNING: Unrecognized RPFITSIN return code: %d "
     1549      sprintf(cMsg, "Unrecognized RPFITSIN return code: %d "
    15281550                    "(retrying).", jstat);
    1529       logMsg(cMsg);
     1551      os << LogIO::WARN << cMsg << LogIO::POST ;
    15301552      jstat = 0;
    15311553      break;
    … …  
    15331555  }
    15341556
    1535   logMsg("ERROR: RPFITS read failed too many times.");
     1557  os << LogIO::SEVERE << "RPFITS read failed too many times." << LogIO::POST ;
    15361558  return 2;
    15371559}
    … …  
    15491571
    15501572  // Handle messages from RPFITSIN.
     1573/**
    15511574  if (names_.errmsg[0] != ' ') {
    15521575    int i;
    … …  
    15591582    logMsg(cMsg);
    15601583  }
    1561 
     1584**/
    15621585  return jstat;
    15631586}

  • branches/mergetest/external/atnf/PKSIO/MBrecord.cc

    r1720 r1779  
    322322  refBeam = other.refBeam;
    323323
     324  polNo = other.polNo ;
     325  srcVelocity = other.srcVelocity ;
     326
    324327  return *this;
    325328}
    … …  
    436439  refBeam = other.refBeam;
    437440
     441  polNo = other.polNo ;
     442  srcVelocity = other.srcVelocity ;
     443
    438444  return 0;
    439445}

  • branches/mergetest/external/atnf/PKSIO/MBrecord.h

    r1720 r1779  
    166166    short  refBeam;             // Reference beam, in beam-switching (MX)
    167167                                // mode (added 1999/03/17).
     168    int polNo ;                 // polarization ID
     169    float srcVelocity ;         // source velocity w.r.t. reference frame
    168170
    169171  private:

  • branches/mergetest/external/atnf/PKSIO/PKSFITSreader.cc

    r1720 r1779  
    3434//#---------------------------------------------------------------------------
    3535
    36 #include <atnf/PKSIO/PKSmsg.h>
    3736#include <atnf/PKSIO/MBFITSreader.h>
    3837#include <atnf/PKSIO/SDFITSreader.h>
    … …  
    4443#include <casa/BasicMath/Math.h>
    4544#include <casa/Quanta/MVTime.h>
     45#include <casa/Logging/LogIO.h>
    4646
    4747//----------------------------------------------- PKSFITSreader::PKSFITSreader
    … …  
    6161    cReader = new MBFITSreader(retry, interpolate ? 1 : 0);
    6262  }
    63 
    64   // By default, messages are written to stderr.
    65   initMsg();
    6663}
    6764
    … …  
    7673}
    7774
    78 //------------------------------------------------------ PKSFITSreader::setMsg
    79 
    80 // Set message disposition.  If fd is non-zero messages will be written
    81 // to that file descriptor, else stored for retrieval by getMsg().
    82 
    83 Int PKSFITSreader::setMsg(FILE *fd)
    84 {
    85   PKSmsg::setMsg(fd);
    86   cReader->setMsg(fd);
    87 
    88   return 0;
    89 }
    90 
    9175//-------------------------------------------------------- PKSFITSreader::open
    9276
    … …  
    9579Int PKSFITSreader::open(
    9680        const String fitsName,
     81        const String antenna,
    9782        Vector<Bool> &beams,
    9883        Vector<Bool> &IFs,
    … …  
    10388        Bool   &haveSpectra)
    10489{
    105   clearMsg();
    106 
    10790  int    extraSysCal, haveBase_, *haveXPol_, haveSpectra_, nBeam, *nChan_,
    10891         nIF, *nPol_, status;
    … …  
    11093                         nChan_, nPol_, haveXPol_, haveBase_, haveSpectra_,
    11194                         extraSysCal);
    112   logMsg(cReader->getMsg());
    113   cReader->clearMsg();
     95  //logMsg(cReader->getMsg());
     96  //cReader->clearMsg();
    11497  if (status) {
    11598    return status;
    … …  
    178161                              obsType_, bunit_, equinox_, radecsys,
    179162                              dopplerFrame_, datobs, utc, refFreq, bandwidth);
    180   logMsg(cReader->getMsg());
    181   cReader->clearMsg();
     163  //logMsg(cReader->getMsg());
     164  //cReader->clearMsg();
    182165  if (status) {
    183166    return 1;
    … …  
    218201  Int status = cReader->getFreqInfo(nIF, startfreq, endfreq);
    219202
    220   logMsg(cReader->getMsg());
    221   cReader->clearMsg();
     203  //logMsg(cReader->getMsg());
     204  //cReader->clearMsg();
    222205  if (!status) {
    223206    startFreq.takeStorage(IPosition(1,nIF), startfreq, TAKE_OVER);
    … …  
    240223        const Bool getSpectra,
    241224        const Bool getXPol,
     225        const Bool getFeedPos,
     226        const Bool getPointing,
    242227        const Int  coordSys)
    243228{
    … …  
    307292  cGetSpectra = getSpectra;
    308293  cGetXPol    = getXPol;
     294  cGetFeedPos = getFeedPos;
     295  cGetPointing = getPointing;
    309296  cCoordSys   = coordSys;
    310297
    311298  uInt maxNChan = cReader->select(start, end, ref, cGetSpectra, cGetXPol,
    312                                   cCoordSys);
    313   logMsg(cReader->getMsg());
    314   cReader->clearMsg();
     299                                  cGetFeedPos, cGetPointing, cCoordSys);
     300  //logMsg(cReader->getMsg());
     301  //cReader->clearMsg();
    315302
    316303  delete [] end;
    … …  
    336323
    337324  Int status = cReader->findRange(nRow, nSel, dateSpan, utcSpan, posns);
    338   logMsg(cReader->getMsg());
    339   cReader->clearMsg();
     325  //logMsg(cReader->getMsg());
     326  //cReader->clearMsg();
    340327
    341328  if (!status) {
    … …  
    361348{
    362349  Int status = cReader->read(cMBrec);
    363   logMsg(cReader->getMsg());
    364   cReader->clearMsg();
     350  //logMsg(cReader->getMsg());
     351  //cReader->clearMsg();
    365352
    366353  if (status) {
    … …  
    378365  pksrec.scanNo  = cMBrec.scanNo;
    379366  pksrec.cycleNo = cMBrec.cycleNo;
     367  pksrec.polNo = cMBrec.polNo ;
    380368
    381369  // Extract MJD.
    382370  Int day, month, year;
    383   sscanf(cMBrec.datobs, "%4d-%2d-%2d", &year, &month, &day);
    384   pksrec.mjd = MVTime(year, month, Double(day)).day() + cMBrec.utc/86400.0;
     371  if ( strstr( cMBrec.datobs, "T" ) == NULL ) {
     372    sscanf(cMBrec.datobs, "%4d-%2d-%2d", &year, &month, &day);
     373    pksrec.mjd = MVTime(year, month, Double(day)).day() + cMBrec.utc/86400.0;
     374  }
     375  else {
     376    Double dd, hour, min, sec ;
     377    sscanf( cMBrec.datobs, "%4d-%2d-%2lfT%lf:%lf:%lf", &year, &month, &dd, &hour, &min, &sec ) ;
     378    dd = dd + ( hour * 3600.0 + min * 60.0 + sec ) / 86400.0 ;
     379    pksrec.mjd = MVTime(year, month, dd).day() ;
     380  }
    385381
    386382  pksrec.interval  = cMBrec.exposure;
    … …  
    388384  pksrec.fieldName = trim(cMBrec.srcName);
    389385  pksrec.srcName   = pksrec.fieldName;
     386
     387  int namelen = pksrec.srcName.length() ;
     388  if ( namelen > 4 ) {
     389    String srcsub = pksrec.srcName.substr( namelen-4, 4 ) ;
     390    if ( srcsub.find( "_psc" ) != string::npos ) {
     391      pksrec.fieldName = pksrec.srcName.substr( 0, namelen-4 ) ;
     392      pksrec.srcName = pksrec.fieldName + "_ps_calon" ;
     393    }
     394    else if ( srcsub.find( "_pso" ) != string::npos ) {
     395      pksrec.fieldName = pksrec.srcName.substr( 0, namelen-4 ) ;
     396      pksrec.srcName = pksrec.fieldName + "_ps" ;
     397    }
     398    else if ( srcsub.find( "_prc" ) != string::npos ) {
     399      pksrec.fieldName = pksrec.srcName.substr( 0, namelen-4 ) ;
     400      pksrec.srcName = pksrec.fieldName + "_psr_calon" ;
     401    }
     402    else if ( srcsub.find( "_pro" ) != string::npos ) {
     403      pksrec.fieldName = pksrec.srcName.substr( 0, namelen-4 ) ;
     404      pksrec.srcName = pksrec.fieldName + "_psr" ;
     405    }
     406    else if ( srcsub.find( "_fsc" ) != string::npos ) {
     407      pksrec.fieldName = pksrec.srcName.substr( 0, namelen-4 ) ;
     408      pksrec.srcName = pksrec.fieldName + "_fs_calon" ;
     409    }
     410    else if ( srcsub.find( "_fso" ) != string::npos ) {
     411      pksrec.fieldName = pksrec.srcName.substr( 0, namelen-4 ) ;
     412      pksrec.srcName = pksrec.fieldName + "_fs" ;
     413    }
     414    else if ( srcsub.find( "_frc" ) != string::npos ) {
     415      pksrec.fieldName = pksrec.srcName.substr( 0, namelen-4 ) ;
     416      pksrec.srcName = pksrec.fieldName + "_fsr_calon" ;
     417    }
     418    else if ( srcsub.find( "_fro" ) != string::npos ) {
     419      pksrec.fieldName = pksrec.srcName.substr( 0, namelen-4 ) ;
     420      pksrec.srcName = pksrec.fieldName + "_fsr" ;
     421    }
     422    else if ( srcsub.find( "_nsc" ) != string::npos || srcsub.find( "_nrc" ) != string::npos ) {
     423      pksrec.fieldName = pksrec.srcName.substr( 0, namelen-4 ) ;
     424      pksrec.srcName = pksrec.fieldName + "_nod_calon" ;
     425    }
     426    else if ( srcsub.find( "_nso" ) != string::npos || srcsub.find( "_nro" ) != string::npos ) {
     427      pksrec.fieldName = pksrec.srcName.substr( 0, namelen-4 ) ;
     428      pksrec.srcName = pksrec.fieldName + "_nod" ;
     429    }
     430  }
    390431
    391432  pksrec.srcDir.resize(2);
    … …  
    396437  pksrec.srcPM(0)  = 0.0;
    397438  pksrec.srcPM(1)  = 0.0;
    398   pksrec.srcVel    = 0.0;
     439  pksrec.srcVel    = cMBrec.srcVelocity;
    399440  pksrec.obsType   = trim(cMBrec.obsType);
    400441
    … …  
    404445  pksrec.bandwidth = chanWidth * nChan;
    405446  pksrec.freqInc   = cMBrec.fqDelt[0];
    406   pksrec.restFreq  = cMBrec.restFreq;
     447  pksrec.restFreq.resize(1) ;
     448  pksrec.restFreq(0)  = cMBrec.restFreq;
    407449
    408450  pksrec.tcal.resize(nPol);
    … …  
    498540{
    499541  cReader->close();
    500   logMsg(cReader->getMsg());
    501   cReader->clearMsg();
     542  //logMsg(cReader->getMsg());
     543  //cReader->clearMsg();
    502544}
    503545

  • branches/mergetest/external/atnf/PKSIO/PKSFITSreader.h

    r1720 r1779  
    7070    virtual ~PKSFITSreader();
    7171
    72     // Set message disposition.
    73     virtual Int setMsg(
    74         FILE *fd = 0x0);
    75 
    7672    // Open the FITS file for reading.
    7773    virtual Int open(
    7874        const String fitsName,
     75        const String antenna,
    7976        Vector<Bool> &beams,
    8077        Vector<Bool> &IFs,
    … …  
    114111        const Bool getSpectra = True,
    115112        const Bool getXPol    = False,
     113        const Bool getFeedPos = False,
     114        const Bool getPointing = False,
    116115        const Int  coordSys   = 0);
    117116

  • branches/mergetest/external/atnf/PKSIO/PKSMS2reader.cc

    r1720 r1779  
    3434//#---------------------------------------------------------------------------
    3535
    36 #include <atnf/pks/pks_maths.h>
    37 #include <atnf/PKSIO/PKSmsg.h>
    38 #include <atnf/PKSIO/PKSrecord.h>
    39 #include <atnf/PKSIO/PKSMS2reader.h>
    40 
     36// AIPS++ includes.
    4137#include <casa/stdio.h>
    4238#include <casa/Arrays/ArrayMath.h>
    … …  
    4440#include <ms/MeasurementSets/MSColumns.h>
    4541#include <tables/Tables.h>
     42#include <casa/Quanta/MVTime.h>
     43#include <casa/Quanta/MVAngle.h>
     44#include <casa/BasicMath/Math.h>
     45#include <casa/Logging/LogIO.h>
     46#include <casa/Utilities/Sort.h>
     47#include <measures/Measures/MeasConvert.h>
     48#include <measures/Measures/MEpoch.h>
     49#include <measures/Measures/MeasRef.h>
     50
     51
     52// Parkes includes.
     53#include <atnf/pks/pks_maths.h>
     54#include <atnf/PKSIO/PKSrecord.h>
     55#include <atnf/PKSIO/PKSMS2reader.h>
     56
    4657
    4758//------------------------------------------------- PKSMS2reader::PKSMS2reader
    … …  
    5263{
    5364  cMSopen = False;
    54 
    55   // By default, messages are written to stderr.
    56   initMsg();
    5765}
    5866
    … …  
    7078Int PKSMS2reader::open(
    7179        const String msName,
     80        const String antenna,
    7281        Vector<Bool> &beams,
    7382        Vector<Bool> &IFs,
    … …  
    8897
    8998  cPKSMS  = MeasurementSet(msName);
     99
     100  // data selection by antenna
     101  if ( antenna.length() == 0 ) {
     102    cAntId.resize( 1 ) ;
     103    cAntId[0] = 0 ;
     104  }
     105  else {
     106    setupAntennaList( antenna ) ;
     107    if ( cAntId.size() > 1 ) {
     108      LogIO os( LogOrigin( "PKSMS2reader", "open()", WHERE ) ) ;
     109      os << LogIO::WARN << "PKSMS2reader is not ready for multiple antenna selection. Use first antenna id " << cAntId[0] << "."<< LogIO::POST ;
     110      Int tmp = cAntId[0] ;
     111      cAntId.resize( 1 ) ;
     112      cAntId[0] = tmp ;
     113    }
     114    stringstream ss ;
     115    ss << "SELECT FROM $1 WHERE ANTENNA1 == ANTENNA2 && ANTENNA1 IN [" ;
     116    for ( uInt i = 0 ; i < cAntId.size() ; i++ ) {
     117      ss << cAntId[i] ;
     118      if ( i == cAntId.size()-1 ) {
     119        ss << "]" ;
     120      }
     121      else {
     122        ss << "," ;
     123      }
     124    }
     125    string taql = ss.str() ;
     126    //cerr << "taql = " << taql << endl ;
     127    cPKSMS = MeasurementSet( tableCommand( taql, cPKSMS ) ) ;
     128  }
     129
     130  // taql access to the syscal table
     131  cHaveSysCal = False;
     132  if (cHaveSysCal=Table::isReadable(cPKSMS.sysCalTableName())) {
     133    cSysCalTab = Table(cPKSMS.sysCalTableName());
     134  }
     135
     136  // Lock the table for read access.
     137  cPKSMS.lock(False);
     138
    90139  cIdx    = 0;
     140  lastmjd = 0.0;
    91141  cNRow   = cPKSMS.nrow();
    92142  cMSopen = True;
    93 
    94   // Lock the table for read access.
    95   cPKSMS.lock(False);
    96143
    97144  // Main MS table and subtable column access.
    … …  
    107154  ROMSSysCalColumns       sysCalCols(cPKSMS.sysCal());
    108155  ROMSWeatherColumns      weatherCols(cPKSMS.weather());
     156  ROMSAntennaColumns      antennaCols(cPKSMS.antenna());
    109157
    110158  // Column accessors for required columns.
    … …  
    115163  cFieldIdCol.reference(msCols.fieldId());
    116164  cFieldNameCol.reference(fieldCols.name());
     165  cFieldDelayDirCol.reference(fieldCols.delayDir());
    117166
    118167  cSrcIdCol.reference(fieldCols.sourceId());
     168  cSrcId2Col.reference(sourceCols.sourceId());
    119169  cSrcNameCol.reference(sourceCols.name());
    120170  cSrcDirCol.reference(sourceCols.direction());
    … …  
    124174  cStateIdCol.reference(msCols.stateId());
    125175  cObsModeCol.reference(stateCols.obsMode());
     176  cCalCol.reference(stateCols.cal());
     177  cSigStateCol.reference(stateCols.sig());
     178  cRefStateCol.reference(stateCols.ref());
    126179
    127180  cDataDescIdCol.reference(msCols.dataDescId());
     181  cSpWinIdCol.reference(dataDescCols.spectralWindowId());
    128182  cChanFreqCol.reference(spWinCols.chanFreq());
     183  cTotBWCol.reference(spWinCols.totalBandwidth());
    129184
    130185  cWeatherTimeCol.reference(weatherCols.time());
    … …  
    135190  cBeamNoCol.reference(msCols.feed1());
    136191  cPointingCol.reference(pointingCols.direction());
     192  cPointingTimeCol.reference(pointingCols.time());
    137193  cSigmaCol.reference(msCols.sigma());
    138194  cNumReceptorCol.reference(feedCols.numReceptors());
    139195
    140196  // Optional columns.
     197  cHaveTsys = False;
     198  cHaveTcal = False;
    141199  if ((cHaveSrcVel = cPKSMS.source().tableDesc().isColumn("SYSVEL"))) {
    142200    cSrcVelCol.attach(cPKSMS.source(), "SYSVEL");
    143201  }
    144202
    145   if ((cHaveTsys = cPKSMS.sysCal().tableDesc().isColumn("TSYS"))) {
     203  if (cHaveSysCal && (cHaveTsys = cPKSMS.sysCal().tableDesc().isColumn("TSYS"))) {
    146204    cTsysCol.attach(cPKSMS.sysCal(), "TSYS");
     205  }
     206 
     207  if (cHaveSysCal && (cHaveTcal = cPKSMS.sysCal().tableDesc().isColumn("TCAL"))) {
     208    cTcalCol.attach(cPKSMS.sysCal(), "TCAL");
    147209  }
    148210
    … …  
    158220  // Spectral data should always be present.
    159221  haveSpectra = True;
    160   cFloatDataCol.reference(msCols.floatData());
     222  cHaveDataCol = False;
     223  cHaveCorrectedDataCol = False;
     224  ROMSObservationColumns observationCols(cPKSMS.observation());
     225  //String telName = observationCols.telescopeName()(0);
     226  cTelName = observationCols.telescopeName()(0);
     227  //cATF = cTelName.contains("ATF");
     228  //cOSF = cTelName.contains("OSF");
     229  //cALMA = cTelName.contains("ALMA");
     230  cALMA = cTelName.contains("ATF")||cTelName.contains("OSF")||
     231           cTelName.contains("ALMA");
     232
     233  if (cHaveDataCol = cPKSMS.isColumn(MSMainEnums::DATA)) {
     234    if (cALMA) {
     235      //try to read a single baseline interferometeric data
     236      //and treat it as single dish data
     237      //maybe extended for ALMA commissioning later
     238      cDataCol.reference(msCols.data());
     239      if (cHaveCorrectedDataCol = cPKSMS.isColumn(MSMainEnums::CORRECTED_DATA)) {
     240        //cerr<<"Do have CORRECTED_DATA column"<<endl;
     241        cCorrectedDataCol.reference(msCols.correctedData());
     242      }
     243    }
     244  }
     245  else {
     246    cFloatDataCol.reference(msCols.floatData());
     247  }
    161248  cFlagCol.reference(msCols.flag());
    162 
    163   if ((cGetXPol = cPKSMS.isColumn(MSMainEnums::DATA))) {
     249  cFlagRowCol.reference(msCols.flagRow());
     250
     251  if (cGetXPol = (cPKSMS.isColumn(MSMainEnums::DATA) && (!cALMA))) {
    164252    if ((cHaveXCalFctr = cPKSMS.tableDesc().isColumn("XCALFCTR"))) {
    165253      cXCalFctrCol.attach(cPKSMS, "XCALFCTR");
    … …  
    181269
    182270  // Number of IFs.
    183   uInt nIF = dataDescCols.nrow();
     271  //uInt nIF = dataDescCols.nrow();
     272  uInt nIF =spWinCols.nrow();
     273  Vector<Int> spWinIds = cSpWinIdCol.getColumn() ;
    184274  IFs.resize(nIF);
    185275  IFs = True;
     276  for ( Int ispw = 0 ; ispw < nIF ; ispw++ ) {
     277    if ( allNE( ispw, spWinIds ) ) {
     278      IFs(ispw) = False ;
     279    }
     280  }
    186281
    187282  // Number of polarizations and channels in each IF.
    188   ROScalarColumn<Int> spWinIdCol(dataDescCols.spectralWindowId());
    189283  ROScalarColumn<Int> numChanCol(spWinCols.numChan());
    190284
    … …  
    195289  nPol.resize(nIF);
    196290  for (uInt iIF = 0; iIF < nIF; iIF++) {
    197     nChan(iIF) = numChanCol(spWinIdCol(iIF));
    198     nPol(iIF)  = numPolCol(polIdCol(iIF));
     291    if ( IFs(iIF) ) {
     292      nChan(iIF) = numChanCol(cSpWinIdCol(iIF)) ;
     293      nPol(iIF) = numPolCol(polIdCol(iIF)) ;
     294    }
     295    else {
     296      nChan(iIF) = 0 ;
     297      nPol(iIF) = 0 ;
     298    }
    199299  }
    200300
    … …  
    203303  haveXPol = False;
    204304
    205   if (cGetXPol) {
     305  if (cGetXPol && !(cALMA)) {
    206306    for (Int irow = 0; irow < cNRow; irow++) {
    207307      if (cDataCol.isDefined(irow)) {
    … …  
    252352        String &antName,
    253353        Vector<Double> &antPosition,
     354        // before merge...
     355        //String &obsMode,
    254356        String &obsType,
    255357        String &bunit,
    … …  
    258360        Double &mjd,
    259361        Double &refFreq,
    260         Double &bandwidth)
     362        Double &bandwidth) 
    261363{
    262364  if (!cMSopen) {
    … …  
    271373  // Antenna name and ITRF coordinates.
    272374  ROMSAntennaColumns antennaCols(cPKSMS.antenna());
    273   antName = antennaCols.name()(0);
    274   antPosition = antennaCols.position()(0);
     375  //antName = antennaCols.name()(0);
     376  antName = antennaCols.name()(cAntId[0]);
     377  if (cALMA) {
     378     antName = cTelName + "-" + antName;
     379  }
     380  //antPosition = antennaCols.position()(0);
     381  antPosition = antennaCols.position()(cAntId[0]);
    275382
    276383  // Observation type.
    … …  
    282389  }
    283390
    284   // Brightness units.
    285   bunit = cPKSMS.unit(MSMainEnums::FLOAT_DATA);
    286 
     391  bunit = "";
     392  if (cHaveDataCol) {
     393    const TableRecord& keywordSet2
     394       = cDataCol.columnDesc().keywordSet();
     395    if(keywordSet2.isDefined("UNIT")) {
     396      bunit = keywordSet2.asString("UNIT");
     397    }
     398  } else {
     399    const TableRecord& keywordSet
     400       = cFloatDataCol.columnDesc().keywordSet();
     401    if(keywordSet.isDefined("UNIT")) {
     402      bunit = keywordSet.asString("UNIT");
     403    }
     404  }
     405
     406/***
     407  const TableRecord& keywordSet
     408       = cFloatDataCol.columnDesc().keywordSet();
     409  if(keywordSet.isDefined("UNIT")) {
     410    fluxunit = keywordSet.asString("UNIT");
     411  }
     412***/
    287413  // Coordinate equinox.
    288414  ROMSPointingColumns pointingCols(cPKSMS.pointing());
    289415  String dirref = pointingCols.direction().keywordSet().asRecord("MEASINFO").
    290416                    asString("Ref");
     417  cDirRef = dirref;
     418  if (dirref =="AZELGEO" || dirref == "AZEL") {
     419     dirref = "J2000";
     420  }
    291421  sscanf(dirref.chars()+1, "%f", &equinox);
    292422
    … …  
    357487        const Bool getSpectra,
    358488        const Bool getXPol,
     489        const Bool getFeedPos,
     490        const Bool getPointing,
    359491        const Int  coordSys)
    360492{
    … …  
    436568  cGetXPol = cGetXPol && getXPol;
    437569
     570  // Get feed positions?  (Not available.)
     571  cGetFeedPos = False;
     572
     573  // Get Pointing data (for MS)
     574  cGetPointing = getPointing;
     575
    438576  // Coordinate system?  (Only equatorial available.)
    439577  cCoordSys = 0;
    … …  
    490628// Read the next data record.
    491629
     630/**
     631Int PKSMS2reader::read(
     632        Int             &scanNo,
     633        Int             &cycleNo,
     634        Double          &mjd,
     635        Double          &interval,
     636        String          &fieldName,
     637        String          &srcName,
     638        Vector<Double>  &srcDir,
     639        Vector<Double>  &srcPM,
     640        Double          &srcVel,
     641        String          &obsMode,
     642        Int             &IFno,
     643        Double          &refFreq,
     644        Double          &bandwidth,
     645        Double          &freqInc,
     646        Vector<Double>  &restFreq,
     647        Vector<Float>   &tcal,
     648        String          &tcalTime,
     649        Float           &azimuth,
     650        Float           &elevation,
     651        Float           &parAngle,
     652        Float           &focusAxi,
     653        Float           &focusTan,
     654        Float           &focusRot,
     655        Float           &temperature,
     656        Float           &pressure,
     657        Float           &humidity,
     658        Float           &windSpeed,
     659        Float           &windAz,
     660        Int             &refBeam,
     661        Int             &beamNo,
     662        Vector<Double>  &direction,
     663        Vector<Double>  &scanRate,
     664        Vector<Float>   &tsys,
     665        Vector<Float>   &sigma,
     666        Vector<Float>   &calFctr,
     667        Matrix<Float>   &baseLin,
     668        Matrix<Float>   &baseSub,
     669        Matrix<Float>   &spectra,
     670        Matrix<uChar>   &flagged,
     671        uInt            &flagrow,
     672        Complex         &xCalFctr,
     673        Vector<Complex> &xPol)
     674**/
    492675Int PKSMS2reader::read(PKSrecord &pksrec)
    493676{
     677  LogIO os( LogOrigin( "PKSMS2reader", "read()", WHERE ) ) ;
     678
    494679  if (!cMSopen) {
    495680    return 1;
    … …  
    504689  Int ibeam;
    505690  Int iIF;
     691  Int iDataDesc;
     692
    506693  while (True) {
    507694    ibeam = cBeamNoCol(cIdx);
    508     iIF   = cDataDescIdCol(cIdx);
     695    iDataDesc   = cDataDescIdCol(cIdx);
     696    iIF   =cSpWinIdCol(iDataDesc);
    509697    if (cBeams(ibeam) && cIFs(iIF)) {
    510698      break;
    … …  
    516704    }
    517705  }
    518 
    519706  // Renumerate scan no. Here still is 1-based
    520   pksrec.scanNo = cScanNoCol(cIdx) - cScanNoCol(0) + 1;
     707  //scanNo = cScanNoCol(cIdx) - cScanNoCol(0) + 1;
     708  //scanNo = cScanNoCol(cIdx);
     709  pksrec.scanNo = cScanNoCol(cIdx);
    521710
    522711  if (pksrec.scanNo != cScanNo) {
    … …  
    542731
    543732  Int srcId = cSrcIdCol(fieldId);
    544   pksrec.srcName = cSrcNameCol(srcId);
     733  //For source with multiple spectral window setting, this is not
     734  // correct. Source name of srcId may not be at 'srcId'th row of SrcNameCol
     735  //srcName = cSrcNameCol(srcId);
     736  for (uInt irow = 0; irow < cSrcId2Col.nrow(); irow++) {
     737    if (cSrcId2Col(irow) == srcId) {
     738      //srcName = cSrcNameCol(irow);
     739      pksrec.srcName = cSrcNameCol(irow);
     740    }
     741  }
     742
    545743  pksrec.srcDir  = cSrcDirCol(srcId);
    546744  pksrec.srcPM   = cSrcPMCol(srcId);
    547745
    548746  // Systemic velocity.
    549   if (!cHaveSrcVel) {
     747  if (!cHaveSrcVel || cALMA) {
    550748    pksrec.srcVel = 0.0f;
    551749  } else {
    … …  
    553751  }
    554752
     753  ROMSAntennaColumns antennaCols(cPKSMS.antenna());
     754  //String telescope = antennaCols.name()(0);
     755  String telescope = antennaCols.name()(cAntId[0]);
     756  Bool cGBT = telescope.contains("GBT");
     757  //Bool cPM = telescope.contains("PM"); // ACA TP antenna
     758  //Bool cDV = telescope.contains("DV"); // VERTEX
     759  //Bool cCM = telescope.contains("CM"); // ACA 7m antenna
     760  //Bool cALMA = cPM || cDV || cCM ;
    555761  // Observation type.
    556   Int stateId = cStateIdCol(cIdx);
    557   pksrec.obsType = cObsModeCol(stateId);
     762  // check if State Table exist
     763  //Bool cHaveStateTab=Table::isReadable(cPKSMS.stateTableName());
     764  Int stateId = 0;
     765  Int StateNRow = 0;
     766  StateNRow=cObsModeCol.nrow();
     767  if (Table::isReadable(cPKSMS.stateTableName())) {
     768        pksrec.obsType = " ";
     769    if (StateNRow > 0) {
     770      stateId = cStateIdCol(cIdx);
     771      if (stateId == -1) {
     772        //pksrec.obsType = " ";
     773      } else {
     774        pksrec.obsType = cObsModeCol(stateId);
     775        Bool sigState =cSigStateCol(stateId);
     776        Bool refState =cRefStateCol(stateId);
     777        //DEBUG
     778        //cerr <<"stateid="<<stateId<<" obsmode="<<pksrec.obsType<<endl;
     779        if (cGBT) {
     780          // split the obsType string and append a proper label
     781          // (these are GBT specific)
     782          int epos = pksrec.obsType.find_first_of(':');
     783          int nextpos = pksrec.obsType.find_first_of(':',epos+1);
     784          string obsMode1 = pksrec.obsType.substr(0,epos);
     785          string obsMode2 = pksrec.obsType.substr(epos+1,nextpos-epos-1);
     786     
     787          //cerr <<"obsMode2= "<<obsMode2<<endl;
     788          if (!pksrec.srcName.contains("_ps")
     789              &&!pksrec.srcName.contains("_psr")
     790              &&!pksrec.srcName.contains("_nod")
     791              &&!pksrec.srcName.contains("_fs")
     792              &&!pksrec.srcName.contains("_fsr")) {
     793            // if Nod mode observation , append '_nod'
     794            if (obsMode1 == "Nod") {
     795              //pksrec.srcName.append("_nod");
     796              pksrec.srcType = SrcType::NOD ;
     797            } else if (obsMode1 == "OffOn") {
     798            // for GBT position switch observations (OffOn or OnOff)
     799              //if (obsMode2 == "PSWITCHON") pksrec.srcName.append("_ps");
     800              //if (obsMode2 == "PSWITCHOFF") pksrec.srcName.append("_psr");
     801              if (obsMode2 == "PSWITCHON") pksrec.srcType = SrcType::PSON ;
     802              if (obsMode2 == "PSWITCHOFF") pksrec.srcType = SrcType::PSOFF ;
     803            } else {
     804              if (obsMode2 == "FSWITCH") {
     805              // for GBT frequency switch mode
     806                //if (sigState) pksrec.srcName.append("_fs");
     807                //if (refState) pksrec.srcName.append("_fsr");
     808                if (sigState) pksrec.srcType = SrcType::FSON ;
     809                if (refState) pksrec.srcType = SrcType::FSOFF ;
     810              }
     811            }
     812          }
     813        }
     814        else if (cALMA) {
     815          // ALMA tag
     816          // split the obsType string and append a proper label
     817          string substr[1] ;
     818          int numSubstr = split( pksrec.obsType, substr, 1, "," );
     819          String obsType = String( substr[0] );
     820          int epos = obsType.find_first_of('.');
     821          int nextpos = obsType.find_first_of('.',epos+1);
     822          string obsMode1 = obsType.substr(0,epos);
     823          string obsMode2 = obsType.substr(epos+1,nextpos-epos-1);
     824     
     825          //cerr <<"obsMode2= "<<obsMode2<<endl;
     826          // Current OBS_MODE format:
     827          //
     828          //     ON: OBSERVE_TARGET.ON_SOURCE
     829          //    OFF: OBSERVE_TARGET.OFF_SOURCE
     830          //
     831          if (obsMode1 == "OBSERVE_TARGET") {
     832            //if (obsMode2 == "ON_SOURCE") pksrec.srcName.append("_pson");
     833            //if (obsMode2 == "OFF_SOURCE") pksrec.srcName.append("_psoff");
     834            if (obsMode2 == "ON_SOURCE") pksrec.srcType = SrcType::PSON ;
     835            if (obsMode2 == "OFF_SOURCE") pksrec.srcType = SrcType::PSOFF ;
     836          }
     837        }
     838      }
     839    }
     840  }
     841  // CAL state
     842  // this should be apply just for GBT data?
     843  Double Cal;
     844  if (stateId==-1 || StateNRow==0) {
     845    Cal = 0;
     846  } else {
     847    Cal = cCalCol(stateId);
     848  }
     849  if (cGBT) {
     850    if (Cal > 0 && !pksrec.srcName.contains("_calon")) {
     851      //pksrec.srcName.append("_calon");
     852      if ( pksrec.srcType == SrcType::NOD )
     853        pksrec.srcType = SrcType::NODCAL ;
     854      else if ( pksrec.srcType == SrcType::PSON )
     855        pksrec.srcType = SrcType::PONCAL ;
     856      else if ( pksrec.srcType == SrcType::PSOFF )
     857        pksrec.srcType = SrcType::POFFCAL ;
     858      else if ( pksrec.srcType == SrcType::FSON )
     859        pksrec.srcType = SrcType::FONCAL ;
     860      else if ( pksrec.srcType == SrcType::FSOFF )
     861        pksrec.srcType = SrcType::FOFFCAL ;
     862      else
     863        pksrec.srcName.append("_calon");
     864    }
     865  }
    558866
    559867  pksrec.IFno = iIF + 1;
    560868  Int nChan = abs(cEndChan(iIF) - cStartChan(iIF)) + 1;
    561 
     869 
    562870  // Minimal handling on continuum data.
    563871  Vector<Double> chanFreq = cChanFreqCol(iIF);
     872  pksrec.nchan = nChan;
    564873  if (nChan == 1) {
    565     cout << "The input is continuum data. "<< endl;
    566     pksrec.freqInc  = chanFreq(0);
     874    //pksrec.freqInc  = chanFreq(0);
     875    pksrec.freqInc  = cTotBWCol(iIF);
    567876    pksrec.refFreq  = chanFreq(0);
    568     pksrec.restFreq = 0.0f;
     877    pksrec.restFreq.resize(1);
     878    pksrec.restFreq[0] = 0.0f;
    569879  } else {
     880 
    570881    if (cStartChan(iIF) <= cEndChan(iIF)) {
    571882      pksrec.freqInc = chanFreq(1) - chanFreq(0);
    … …  
    575886
    576887    pksrec.refFreq  = chanFreq(cRefChan(iIF)-1);
    577     pksrec.restFreq = cSrcRestFrqCol(srcId)(IPosition(1,0));
    578   }
    579   pksrec.bandwidth = abs(pksrec.freqInc * nChan);
     888
     889    Bool HaveSrcRestFreq= cSrcRestFrqCol.isDefined(srcId);
     890    if (HaveSrcRestFreq) {
     891      //restFreq = cSrcRestFrqCol(srcId)(IPosition(1,0));
     892      //restFreq = cSrcRestFrqCol(srcId);
     893      pksrec.restFreq = cSrcRestFrqCol(srcId);
     894    } else {
     895      pksrec.restFreq.resize(1);
     896      pksrec.restFreq[0] = 0.0f;
     897    }
     898  }
     899  //pksrec.bandwidth = abs(pksrec.freqInc * nChan);
     900  pksrec.bandwidth = abs(cTotBWCol(0));
    580901
    581902  pksrec.tcal.resize(cNPol(iIF));
    582903  pksrec.tcal      = 0.0f;
    583904  pksrec.tcalTime  = "";
    584   pksrec.azimuth   = 0.0f;
    585   pksrec.elevation = 0.0f;
     905//  pksrec.azimuth   = 0.0f;
     906//  pksrec.elevation = 0.0f;
    586907  pksrec.parAngle  = 0.0f;
    587908
    … …  
    591912
    592913  // Find the appropriate entry in the WEATHER subtable.
    593   Vector<Double> wTimes = cWeatherTimeCol.getColumn();
    594   Int weatherIdx;
    595   for (weatherIdx = wTimes.nelements()-1; weatherIdx >= 0; weatherIdx--) {
    596     if (cWeatherTimeCol(weatherIdx) <= time) {
    597       break;
    598     }
    599   }
    600 
    601   if (weatherIdx < 0) {
     914  //Bool cHaveStateTab=Table::isReadable(cPKSMS.stateTableName());
     915  Bool cHaveWeatherTab = Table::isReadable(cPKSMS.weatherTableName());
     916  Int weatherIdx=-1;
     917  if (cHaveWeatherTab) {
     918    Vector<Double> wTimes = cWeatherTimeCol.getColumn();
     919    for (weatherIdx = wTimes.nelements()-1; weatherIdx >= 0; weatherIdx--) {
     920      if (cWeatherTimeCol(weatherIdx) <= time) {
     921        break;
     922      }
     923    }
     924  }
     925
     926  if (weatherIdx < 0 || !cHaveWeatherTab) {
    602927    // No appropriate WEATHER entry.
    603928    pksrec.temperature = 0.0f;
    … …  
    616941  pksrec.beamNo  = ibeam + 1;
    617942
    618   Matrix<Double> pointingDir = cPointingCol(fieldId);
    619   pksrec.direction = pointingDir.column(0);
     943  //pointing/azel
     944  MVPosition mvpos(antennaCols.position()(cAntId[0]));
     945  MPosition mp(mvpos);
     946  Quantum<Double> qt(time,"s");
     947  MVEpoch mvt(qt);
     948  MEpoch me(mvt);
     949  MeasFrame frame(mp, me);
     950  MDirection md;
    620951  pksrec.pCode = 0;
    621952  pksrec.rateAge = 0.0f;
    622   uInt ncols = pointingDir.ncolumn();
    623   if (ncols == 1) {
    624     pksrec.scanRate = 0.0f;
    625   } else {
    626     pksrec.scanRate(0) = pointingDir.column(1)(0);
    627     pksrec.scanRate(1) = pointingDir.column(1)(1);
    628   }
    629953  pksrec.paRate = 0.0f;
     954  if (cGetPointing) {
     955    //cerr << "get pointing data ...." << endl;
     956    ROScalarColumn<Int> pAntIdCol ;
     957    ROScalarColumn<Double> psTimeCol ;
     958    Table ptTable = cPKSMS.pointing() ;
     959    MSPointing selPtTab( ptTable( ptTable.col("ANTENNA_ID") == cAntId[0] ) ) ;
     960    pAntIdCol.attach( selPtTab, "ANTENNA_ID" ) ;
     961    Vector<Int> antIds = pAntIdCol.getColumn() ;
     962    psTimeCol.attach( selPtTab, "TIME" ) ;
     963    Vector<Double> pTimes = psTimeCol.getColumn();
     964    Bool doInterp = False ;
     965    Int PtIdx=-1;
     966    for (PtIdx = pTimes.nelements()-1; PtIdx >= 0; PtIdx--) {
     967      if ( pTimes[PtIdx] == time ) {
     968        break ;
     969      }
     970      else if ( pTimes[PtIdx] < time ) {
     971        if ( PtIdx != pTimes.nelements()-1 ) {
     972          doInterp = True ;
     973        }
     974        break ;
     975      }
     976    }
     977    if ( PtIdx == -1 ) {
     978      PtIdx = 0 ;
     979    }
     980    //cerr << "got index=" << PtIdx << endl;
     981    Matrix<Double> pointingDir = cPointingCol(PtIdx);
     982    ROMSPointingColumns PtCols( selPtTab ) ;
     983    Vector<Double> pointingDirVec ;
     984    if ( doInterp ) {
     985      Double dt1 = time - pTimes[PtIdx] ;
     986      Double dt2 = pTimes[PtIdx+1] - time ;
     987      Vector<Double> dirVec1 = pointingDir.column(0) ;
     988      Matrix<Double> pointingDir2 = cPointingCol(PtIdx+1) ;
     989      Vector<Double> dirVec2 = pointingDir2.column(0) ;
     990      pointingDirVec = (dt1*dirVec2+dt2*dirVec1)/(dt1+dt2) ;
     991      Vector<MDirection> vmd1(1) ;
     992      Vector<MDirection> vmd2(1) ;
     993      PtCols.directionMeasCol().get(PtIdx,vmd1) ;
     994      Vector<Double> angle1 = vmd1(0).getAngle().getValue("rad") ;
     995      PtCols.directionMeasCol().get(PtIdx+1,vmd2) ;
     996      Vector<Double> angle2 = vmd2(0).getAngle().getValue("rad") ;
     997      Vector<Double> angle = (dt1*angle2+dt2*angle1)/(dt1+dt2) ;
     998      Quantum< Vector<Double> > qangle( angle, "rad" ) ;
     999      String typeStr = vmd1(0).getRefString() ;
     1000      //cerr << "vmd1.getRefString()=" << typeStr << endl ;
     1001      MDirection::Types mdType ;
     1002      MDirection::getType( mdType, typeStr ) ;
     1003      //cerr << "mdType=" << mdType << endl ;
     1004      md = MDirection( qangle, mdType ) ;
     1005      //cerr << "md=" << md.getAngle().getValue("rad") << endl ;
     1006    }
     1007    else {
     1008      pointingDirVec = pointingDir.column(0) ;
     1009      Vector<MDirection> vmd(1);
     1010      PtCols.directionMeasCol().get(PtIdx,vmd);
     1011      md = vmd[0];
     1012    }
     1013    // put J2000 coordinates in "direction"
     1014    if (cDirRef =="J2000") {
     1015      pksrec.direction = pointingDirVec ;
     1016    }
     1017    else {
     1018      pksrec.direction =
     1019        MDirection::Convert(md, MDirection::Ref(MDirection::J2000,
     1020                                                frame)
     1021                            )().getAngle("rad").getValue();
     1022     
     1023    }
     1024    uInt ncols = pointingDir.ncolumn();
     1025    pksrec.scanRate.resize(2);
     1026    if (ncols == 1) {
     1027      pksrec.scanRate = 0.0f;
     1028    } else {
     1029      pksrec.scanRate(0) = pointingDir.column(1)(0);
     1030      pksrec.scanRate(1) = pointingDir.column(1)(1);
     1031    }
     1032  }
     1033  else {
     1034  // Get direction from FIELD table
     1035  // here, assume direction to be the field direction not pointing
     1036    Matrix<Double> delayDir = cFieldDelayDirCol(fieldId);
     1037    pksrec.direction = delayDir.column(0);
     1038    uInt ncols = delayDir.ncolumn();
     1039    pksrec.scanRate.resize(2);
     1040    if (ncols == 1) {
     1041      pksrec.scanRate = 0.0f;
     1042    } else {
     1043      pksrec.scanRate(0)  = delayDir.column(1)(0);
     1044      pksrec.scanRate(1)  = delayDir.column(1)(1);
     1045    }
     1046  }
     1047  // caluculate azimuth and elevation
     1048  // first, get the reference frame
     1049 /**
     1050  MVPosition mvpos(antennaCols.position()(0));
     1051  MPosition mp(mvpos);
     1052  Quantum<Double> qt(time,"s");
     1053  MVEpoch mvt(qt);
     1054  MEpoch me(mvt);
     1055  MeasFrame frame(mp, me);
     1056  **/
     1057  //
     1058  ROMSFieldColumns fldCols(cPKSMS.field());
     1059  Vector<MDirection> vmd(1);
     1060  //MDirection md;
     1061  fldCols.delayDirMeasCol().get(fieldId,vmd);
     1062  md = vmd[0];
     1063  //Vector<Double> dircheck = md.getAngle("rad").getValue();
     1064  //cerr<<"dircheck="<<dircheck<<endl;
     1065
     1066  Vector<Double> azel =
     1067        MDirection::Convert(md, MDirection::Ref(MDirection::AZEL,
     1068                                                frame)
     1069                            )().getAngle("rad").getValue();
     1070  //cerr<<"azel="<<azel<<endl;
     1071  pksrec.azimuth = azel[0];
     1072  pksrec.elevation = azel[1];
    6301073
    6311074  // Get Tsys assuming that entries in the SYSCAL table match the main table.
    … …  
    6461089  cSigmaCol.get(cIdx, pksrec.sigma, True);
    6471090
     1091  //get Tcal if available
     1092  if (cHaveTcal) {
     1093    Int nTcalColRow = cTcalCol.nrow();
     1094    uInt nBeam = cBeams.nelements();
     1095    uInt nIF = cIFs.nelements();
     1096    uInt nrws = nBeam * nIF;
     1097    if (nTcalColRow > 0) { 
     1098    // find tcal match with the data with the data time stamp
     1099      Double mjds = pksrec.mjd*(24*3600);
     1100      Double dtcalTime;
     1101      if ( pksrec.mjd > lastmjd || cIdx==0 ) {
     1102        //Table tmptab = cSysCalTab(near(cSysCalTab.col("TIME"),mjds));
     1103        tmptab = cSysCalTab(near(cSysCalTab.col("TIME"),mjds), nrws);
     1104        //DEBUG
     1105        //if (cIdx == 0) {
     1106        //  cerr<<"inital table retrieved"<<endl;
     1107        //}
     1108       
     1109      }
     1110
     1111      if (nBeam == 1) {
     1112        tmptab2 = tmptab( tmptab.col("SPECTRAL_WINDOW_ID") == iIF, 1);
     1113      } else {
     1114        tmptab2 = tmptab( tmptab.col("SPECTRAL_WINDOW_ID") == iIF &&
     1115                              tmptab.col("FEED_ID") == ibeam , 1);
     1116      }
     1117      //cerr<<"first subtab rows="<<tmptab.nrow()<<endl;
     1118      int syscalrow = tmptab2.nrow();
     1119      ROArrayColumn<Float> tcalCol(tmptab2, "TCAL");
     1120      ROScalarColumn<Double> tcalTimeCol(tmptab2, "TIME");
     1121      if (syscalrow==0) {
     1122        os << LogIO::NORMAL
     1123           <<"Cannot find any matching Tcal at/near the data timestamp."
     1124           << " Set Tcal=0.0" << LogIO::POST ;
     1125      } else {
     1126        tcalCol.get(0, pksrec.tcal);
     1127        tcalTimeCol.get(0,dtcalTime);
     1128        pksrec.tcalTime = MVTime(dtcalTime/(24*3600)).string(MVTime::YMD);
     1129        //DEBUG
     1130        //cerr<<"cIdx:"<<cIdx<<" tcal="<<tcal<<" tcalTime="<<tcalTime<<endl;
     1131        tmptab.markForDelete();
     1132        tmptab2.markForDelete();
     1133      }
     1134    }
     1135    lastmjd = pksrec.mjd;
     1136  }
     1137
    6481138  // Calibration factors (if available).
    6491139  pksrec.calFctr.resize(cNPol(iIF));
    … …  
    6721162    Matrix<Float> tmpData;
    6731163    Matrix<Bool>  tmpFlag;
    674     cFloatDataCol.getSlice(cIdx, cDataSel(iIF), tmpData, True);
     1164    if (cHaveDataCol) {
     1165      Matrix<Complex> tmpCmplxData;
     1166      Matrix<Float> tmpReData;
     1167      Matrix<Float> tmpImData;
     1168      //cerr<<"reading spectra..."<<endl;
     1169      //# TODO - should have a flag to user to select DATA or CORRECTED_DATA
     1170      //# currently just automatically determined, --- read CORRECTED one
     1171      //# if the column exist.
     1172      if (cHaveCorrectedDataCol) {
     1173        cCorrectedDataCol.getSlice(cIdx, cDataSel(iIF), tmpCmplxData, True);
     1174      } else {
     1175        cDataCol.getSlice(cIdx, cDataSel(iIF), tmpCmplxData, True);
     1176      }
     1177      tmpReData = real(tmpCmplxData);
     1178      tmpImData = imag(tmpCmplxData);
     1179      tmpData = sqrt(tmpReData*tmpReData + tmpImData*tmpImData);
     1180    } else {
     1181      cFloatDataCol.getSlice(cIdx, cDataSel(iIF), tmpData, True);
     1182    }
    6751183    cFlagCol.getSlice(cIdx, cDataSel(iIF), tmpFlag, True);
    6761184
    … …  
    6981206      }
    6991207    }
     1208
     1209    // Row-based flagging info. (True:1, False:0)
     1210    pksrec.flagrow = (cFlagRowCol(cIdx) ? 1 : 0);
    7001211  }
    7011212
    7021213  // Get cross-polarization data.
    7031214  if (cGetXPol) {
     1215    //cerr<<"cGetXPol="<<cGetXPol<<endl;
     1216    //cerr<<"cHaveXCalFctr="<<cHaveXCalFctr<<endl;
     1217
    7041218    if (cHaveXCalFctr) {
    7051219      cXCalFctrCol.get(cIdx, pksrec.xCalFctr);
    … …  
    7081222    }
    7091223
    710     cDataCol.get(cIdx, pksrec.xPol, True);
    711 
    712     if (cEndChan(iIF) < cStartChan(iIF)) {
    713       Complex ctmp;
     1224    if(!cALMA) {
     1225      cDataCol.get(cIdx, pksrec.xPol, True);
     1226
     1227      if (cEndChan(iIF) < cStartChan(iIF)) {
     1228        Complex ctmp;
     1229        Int jchan = nChan - 1;
     1230        for (Int ichan = 0; ichan < nChan/2; ichan++, jchan--) {
     1231          ctmp = pksrec.xPol(ichan);
     1232          pksrec.xPol(ichan) = pksrec.xPol(jchan);
     1233          pksrec.xPol(jchan) = ctmp;
     1234        }
     1235      }
     1236    }
     1237  }
     1238  /**
     1239  cerr<<"scanNo="<<scanNo<<endl;
     1240  cerr<<"cycleNo="<<cycleNo<<endl;
     1241  cerr<<"mjd="<<mjd<<endl;
     1242  cerr<<"interval="<<interval<<endl;
     1243  cerr<<"fieldName="<<fieldName<<endl;
     1244  cerr<<"srcNmae="<<srcName<<endl;
     1245  cerr<<"srcDir="<<srcDir<<endl;
     1246  cerr<<"srcPM="<<srcPM<<endl;
     1247  cerr<<"srcVel="<<srcVel<<endl;
     1248  cerr<<"obsMode="<<obsMode<<endl;
     1249  cerr<<"IFno="<<IFno<<endl;
     1250  cerr<<"refFreq="<<refFreq<<endl;
     1251  cerr<<"tcal="<<tcal<<endl;
     1252  cerr<<"direction="<<direction<<endl;
     1253  cerr<<"scanRate="<<scanRate<<endl;
     1254  cerr<<"tsys="<<tsys<<endl;
     1255  cerr<<"sigma="<<sigma<<endl;
     1256  cerr<<"calFctr="<<calFctr<<endl;
     1257  cerr<<"baseLin="<<baseLin<<endl;
     1258  cerr<<"baseSub="<<baseSub<<endl;
     1259  cerr<<"spectra="<<spectra.shape()<<endl;
     1260  cerr<<"flagged="<<flagged.shape()<<endl;
     1261  cerr<<"xCalFctr="<<xCalFctr<<endl;
     1262  cerr<<"xPol="<<xPol<<endl;
     1263  **/
     1264  cIdx++;
     1265
     1266  return 0;
     1267}
     1268
     1269//--------------------------------------------------------- PKSMS2reader::read
     1270
     1271// Read the next data record, just the basics.
     1272
     1273Int PKSMS2reader::read(
     1274        Int           &IFno,
     1275        Vector<Float> &tsys,
     1276        Vector<Float> &calFctr,
     1277        Matrix<Float> &baseLin,
     1278        Matrix<Float> &baseSub,
     1279        Matrix<Float> &spectra,
     1280        Matrix<uChar> &flagged)
     1281{
     1282  if (!cMSopen) {
     1283    return 1;
     1284  }
     1285
     1286  // Check for EOF.
     1287  if (cIdx >= cNRow) {
     1288    return -1;
     1289  }
     1290
     1291  // Find the next selected beam and IF.
     1292  Int ibeam;
     1293  Int iIF;
     1294  Int iDataDesc;
     1295  while (True) {
     1296    ibeam = cBeamNoCol(cIdx);
     1297    //iIF   = cDataDescIdCol(cIdx);
     1298    iDataDesc   = cDataDescIdCol(cIdx);
     1299    iIF   = cSpWinIdCol(iDataDesc);
     1300    if (cBeams(ibeam) && cIFs(iIF)) {
     1301      break;
     1302    }
     1303
     1304    // Check for EOF.
     1305    if (++cIdx >= cNRow) {
     1306      return -1;
     1307    }
     1308  }
     1309
     1310  IFno = iIF + 1;
     1311  // Get Tsys assuming that entries in the SYSCAL table match the main table.
     1312  cTsysCol.get(cIdx, tsys, True);
     1313
     1314  // Calibration factors (if available).
     1315  if (cHaveCalFctr) {
     1316    cCalFctrCol.get(cIdx, calFctr, True);
     1317  } else {
     1318    calFctr.resize(cNPol(iIF));
     1319    calFctr = 0.0f;
     1320  }
     1321
     1322  // Baseline parameters (if available).
     1323  if (cHaveBaseLin) {
     1324    baseLin.resize(2,cNPol(iIF));
     1325    cBaseLinCol.get(cIdx, baseLin);
     1326
     1327    baseSub.resize(24,cNPol(iIF));
     1328    cBaseSubCol.get(cIdx, baseSub);
     1329
     1330  } else {
     1331    baseLin.resize(0,0);
     1332    baseSub.resize(0,0);
     1333  }
     1334
     1335  if (cGetSpectra) {
     1336    // Get spectral data.
     1337    Matrix<Float> tmpData;
     1338    Matrix<Bool>  tmpFlag;
     1339    if (cHaveDataCol) {
     1340      Matrix<Complex> tmpCmplxData;
     1341      cDataCol.getSlice(cIdx, cDataSel(iIF), tmpCmplxData, True);
     1342      tmpData = real(tmpCmplxData);
     1343    } else {
     1344      cFloatDataCol.getSlice(cIdx, cDataSel(iIF), tmpData, True);
     1345    }
     1346    cFlagCol.getSlice(cIdx, cDataSel(iIF), tmpFlag, True);
     1347
     1348    // Transpose spectra.
     1349    Int nChan = tmpData.ncolumn();
     1350    Int nPol  = tmpData.nrow();
     1351    spectra.resize(nChan, nPol);
     1352    flagged.resize(nChan, nPol);
     1353    if (cEndChan(iIF) >= cStartChan(iIF)) {
     1354      // Simple transposition.
     1355      for (Int ipol = 0; ipol < nPol; ipol++) {
     1356        for (Int ichan = 0; ichan < nChan; ichan++) {
     1357          spectra(ichan,ipol) = tmpData(ipol,ichan);
     1358          flagged(ichan,ipol) = tmpFlag(ipol,ichan);
     1359        }
     1360      }
     1361
     1362    } else {
     1363      // Transpose with inversion.
    7141364      Int jchan = nChan - 1;
    715       for (Int ichan = 0; ichan < nChan/2; ichan++, jchan--) {
    716         ctmp = pksrec.xPol(ichan);
    717         pksrec.xPol(ichan) = pksrec.xPol(jchan);
    718         pksrec.xPol(jchan) = ctmp;
     1365      for (Int ipol = 0; ipol < nPol; ipol++) {
     1366        for (Int ichan = 0; ichan < nChan; ichan++, jchan--) {
     1367          spectra(ichan,ipol) = tmpData(ipol,jchan);
     1368          flagged(ichan,ipol) = tmpFlag(ipol,jchan);
     1369        }
    7191370      }
    7201371    }
    … …  
    7351386  cMSopen = False;
    7361387}
     1388
     1389//-------------------------------------------------------- PKSMS2reader::splitAntenanSelectionString
     1390
     1391// split antenna selection string
     1392// delimiter is ','
     1393
     1394Vector<String> PKSMS2reader::splitAntennaSelectionString( const String s )
     1395{
     1396  Char delim = ',' ;
     1397  Int n = s.freq( delim ) + 1 ;
     1398  Vector<String> antlist ;
     1399  string sl[n] ;
     1400  Int numSubstr = split( s, sl, n, "," );
     1401  antlist.resize( numSubstr ) ;
     1402  for ( Int i = 0 ; i < numSubstr ; i++ ) {
     1403    antlist[i] = String( sl[i] ) ;
     1404    antlist[i].trim() ;
     1405  }
     1406  //cerr << "antlist = " << antlist << endl ;
     1407  return antlist ;
     1408}
     1409
     1410//-------------------------------------------------------- PKSMS2reader::setupAntennaList
     1411
     1412// Fill cAntenna and cAntId
     1413
     1414void PKSMS2reader::setupAntennaList( const String s )
     1415{
     1416  LogIO os( LogOrigin( "PKSMS2reader", "setupAntennaList()", WHERE ) ) ;
     1417  //cerr << "antenna specification: " << s << endl ;
     1418  ROMSAntennaColumns antennaCols(cPKSMS.antenna());
     1419  ROScalarColumn<String> antNames = antennaCols.name();
     1420  Int nrow = antNames.nrow() ;
     1421  Vector<String> antlist = splitAntennaSelectionString( s ) ;
     1422  Int len = antlist.size() ;
     1423  Vector<Int> AntId( len ) ;
     1424  Regex re( "[0-9]+" ) ;
     1425  for ( Int i = 0 ; i < len ; i++ ) {
     1426    if ( antlist[i].matches( re ) ) {
     1427      AntId[i] = atoi( antlist[i].c_str() ) ;
     1428      if ( AntId[i] >= nrow ) {
     1429        os << LogIO::SEVERE << "Antenna index out of range: " << AntId[i] << LogIO::EXCEPTION ;
     1430      }
     1431    }
     1432    else {
     1433      AntId[i] = -1 ;
     1434      for ( uInt j = 0 ; j < antNames.nrow() ; j++ ) {
     1435        if ( antlist[i] == antNames(j) ) {
     1436          AntId[i] = j ;
     1437          break ;
     1438        }
     1439      }
     1440      if ( AntId[i] == -1 ) {
     1441        os << LogIO::SEVERE << "Specified antenna name not found: " << antlist[i] << LogIO::EXCEPTION ;
     1442      }
     1443    }
     1444  }
     1445  //cerr << "AntId = " << AntId << endl ;
     1446  vector<Int> uniqId ;
     1447  uniqId.push_back( AntId(0) ) ;
     1448  for ( uInt i = 1 ; i < AntId.size() ; i++ ) {
     1449    if ( count(uniqId.begin(),uniqId.end(),AntId[i]) == 0 ) {
     1450      uniqId.push_back( AntId[i] ) ;
     1451    }
     1452  }
     1453  Vector<Int> newAntId( uniqId ) ;
     1454  cAntId.assign( newAntId ) ;
     1455  //cerr << "cAntId = " << cAntId << endl ;
     1456}

  • branches/mergetest/external/atnf/PKSIO/PKSMS2reader.h

    r1720 r1779  
    6868    virtual Int open(
    6969        const String msName,
     70        const String antenna,
    7071        Vector<Bool> &beams,
    7172        Vector<Bool> &IFs,
    … …  
    8586        String &bunit,
    8687        Float  &equinox,
     88        //String &freqRef,
    8789        String &dopplerFrame,
    8890        Double &mjd,
    … …  
    105107        const Bool getSpectra = True,
    106108        const Bool getXPol    = False,
     109        const Bool getFeedPos = False,
     110        const Bool getPointing = False,
    107111        const Int  coordSys   = 0);
     112
    108113
    109114    // Find the range of the data selected in time and position.
    … …  
    115120
    116121    // Read the next data record.
     122/**
     123    virtual Int read(
     124        Int             &scanNo,
     125        Int             &cycleNo,
     126        Double          &mjd,
     127        Double          &interval,
     128        String          &fieldName,
     129        String          &srcName,
     130        Vector<Double>  &srcDir,
     131        Vector<Double>  &srcPM,
     132        Double          &srcVel,
     133        String          &obsMode,
     134        Int             &IFno,
     135        Double          &refFreq,
     136        Double          &bandwidth,
     137        Double          &freqInc,
     138        Vector<Double>  &restFreq,
     139        Vector<Float>   &tcal,
     140        String          &tcalTime,
     141        Float           &azimuth,
     142        Float           &elevation,
     143        Float           &parAngle,
     144        Float           &focusAxi,
     145        Float           &focusTan,
     146        Float           &focusRot,
     147        Float           &temperature,
     148        Float           &pressure,
     149        Float           &humidity,
     150        Float           &windSpeed,
     151        Float           &windAz,
     152        Int             &refBeam,
     153        Int             &beamNo,
     154        Vector<Double>  &direction,
     155        Vector<Double>  &scanRate,
     156        Vector<Float>   &tsys,
     157        Vector<Float>   &sigma,
     158        Vector<Float>   &calFctr,
     159        Matrix<Float>   &baseLin,
     160        Matrix<Float>   &baseSub,
     161        Matrix<Float>   &spectra,
     162        Matrix<uChar>   &flagged,
     163        Complex         &xCalFctr,
     164        Vector<Complex> &xPol);
     165**/
    117166    virtual Int read(PKSrecord &pksrec);
     167
     168
     169    // Read the next data record, just the basics.
     170    virtual Int read(
     171        Int           &IFno,
     172        Vector<Float> &tsys,
     173        Vector<Float> &calFctr,
     174        Matrix<Float> &baseLin,
     175        Matrix<Float> &baseSub,
     176        Matrix<Float> &spectra,
     177        Matrix<uChar> &flagged);
    118178
    119179    // Close the MS.
    … …  
    121181
    122182  private:
     183    Vector<String> splitAntennaSelectionString( const String s );
     184    void setupAntennaList( const String s ) ;
     185
    123186    Bool   cHaveBaseLin, cHaveCalFctr, cHaveSrcVel, cHaveTsys, cHaveXCalFctr,
    124            cMSopen;
     187           cMSopen, cHaveTcal, cHaveDataCol, cALMA, cHaveSysCal, cHaveCorrectedDataCol;
    125188    Int    cCycleNo, cIdx, cNRow, cScanNo;
    126     Double cTime;
     189    Double cTime, lastmjd;
    127190    Vector<Int>    cEndChan, cRefChan, cStartChan;
    128191    Vector<Bool>   cBeams, cIFs;
    129192    Vector<Slicer> cDataSel;
     193    String         cDirRef, cTelName;
    130194    MeasurementSet cPKSMS;
     195    Table          cSysCalTab, tmptab, tmptab2;
     196
     197    //Vector<String> cAntenna;
     198    Vector<Int> cAntId;
    131199
    132200    ROScalarColumn<Int>     cScanNoCol;
    … …  
    135203    ROScalarColumn<Int>     cFieldIdCol;
    136204    ROScalarColumn<String>  cFieldNameCol;
     205    ROArrayColumn<Double>   cFieldDelayDirCol;
    137206    ROScalarColumn<Int>     cSrcIdCol;
     207    ROScalarColumn<Int>     cSrcId2Col;
    138208    ROScalarColumn<String>  cSrcNameCol;
    139209    ROArrayColumn<Double>   cSrcDirCol;
    … …  
    141211    ROArrayColumn<Double>   cSrcVelCol;
    142212    ROScalarColumn<Int>     cStateIdCol;
     213    ROScalarColumn<Double>  cCalCol;   
    143214    ROScalarColumn<String>  cObsModeCol;
    144215    ROArrayColumn<Double>   cSrcRestFrqCol;
    145216    ROScalarColumn<Int>     cDataDescIdCol;
     217    ROScalarColumn<Int>     cSpWinIdCol;
    146218    ROArrayColumn<Double>   cChanFreqCol;
     219    ROScalarColumn<Double>   cTotBWCol;
    147220    ROScalarColumn<Double>  cWeatherTimeCol;
    148221    ROScalarColumn<Float>   cTemperatureCol;
    149222    ROScalarColumn<Float>   cPressureCol;
    150223    ROScalarColumn<Float>   cHumidityCol;
     224    ROArrayColumn<Float>    cTcalCol;
    151225    ROScalarColumn<Int>     cBeamNoCol;
    152226    ROArrayColumn<Double>   cPointingCol;
     227    ROScalarColumn<Double>  cPointingTimeCol;
    153228    ROArrayColumn<Float>    cTsysCol;
    154229    ROArrayColumn<Float>    cSigmaCol;
    … …  
    158233    ROArrayColumn<Float>    cFloatDataCol;
    159234    ROArrayColumn<Bool>     cFlagCol;
     235    ROScalarColumn<Bool>    cFlagRowCol;
    160236    ROScalarColumn<Complex> cXCalFctrCol;
    161237    ROArrayColumn<Complex>  cDataCol;
     238    ROArrayColumn<Complex>  cCorrectedDataCol;
    162239    ROScalarColumn<Int>     cNumReceptorCol;
     240    ROScalarColumn<Bool>    cSigStateCol;
     241    ROScalarColumn<Bool>    cRefStateCol;
     242   
    163243};
    164244

  • branches/mergetest/external/atnf/PKSIO/PKSMS2writer.cc

    r1720 r1779  
    4242#include <casa/BasicSL/Constants.h>
    4343#include <casa/Quanta/QC.h>
     44#include <casa/Logging/LogIO.h>
    4445#include <measures/Measures/Stokes.h>
    4546#include <tables/Tables/ArrColDesc.h>
    … …  
    5253#include <tables/Tables/TiledShapeStMan.h>
    5354
     55// Class name
     56const string className = "PKSMS2writer" ;
     57
    5458//------------------------------------------------- PKSMS2writer::PKSMS2writer
    5559
    … …  
    5963{
    6064  cPKSMS = 0x0;
    61 
    62   // By default, messages are written to stderr.
    63   initMsg();
    6465}
    6566
    … …  
    9293        const Bool   haveBase)
    9394{
     95  const string methodName = "create()" ;
     96  LogIO os( LogOrigin( className, methodName, WHERE ) ) ;
     97
    9498  if (cPKSMS) {
    95     logMsg("ERROR: Output MS already open, close it first.");
     99    os << LogIO::SEVERE << "Output MS already open, close it first." << LogIO::POST ;
    96100    return 1;
    97101  }
    98 
    99   // Clear the message stack.
    100   clearMsg();
    101102
    102103  // Open a MS table.
    … …  
    108109
    109110  Int maxNPol = max(cNPol);
    110 
    111 
     111  cGBT = cAPEX = cSMT = cALMA = cATF = False;
     112
     113  String telName = antName;
     114  // check if it is GBT data
     115  if (antName.contains("GBT")) {
     116    cGBT = True;
     117  }
     118  else if (antName.contains("APEX")) {
     119    cAPEX = True;
     120  }
     121  else if (antName.contains("HHT") || antName.contains("SMT")) {
     122    cSMT = True;
     123  }
     124  else if (antName.contains("ALMA")) {
     125    cALMA = True;
     126  }
     127  else if (antName.contains("ATF")) {
     128    cATF = True;
     129    telName="ATF";
     130  }
     131 
    112132  // Add the non-standard CALFCTR column.
    113133  pksDesc.addColumn(ArrayColumnDesc<Float>("CALFCTR", "Calibration factors",
    … …  
    116136  // Add the optional FLOAT_DATA column.
    117137  MS::addColumnToDesc(pksDesc, MS::FLOAT_DATA, 2);
     138  //pksDesc.rwColumnDesc(MS::columnName(MS::FLOAT_DATA)).rwKeywordSet().
     139  //              define("UNIT", String("Jy"));
    118140  pksDesc.rwColumnDesc(MS::columnName(MS::FLOAT_DATA)).rwKeywordSet().
    119141                define("UNIT", bunit);
    … …  
    136158
    137159    MS::addColumnToDesc(pksDesc, MS::DATA, 2);
     160    //pksDesc.rwColumnDesc(MS::columnName(MS::DATA)).rwKeywordSet().
     161    //            define("UNIT", "Jy");
    138162    pksDesc.rwColumnDesc(MS::columnName(MS::DATA)).rwKeywordSet().
    139163                define("UNIT", bunit);
    … …  
    152176  newtab.bindAll(incrStMan, True);
    153177
    154   // Use TiledShapeStMan for the FLOAT_DATA hypercube with tile size 16 kiB.
    155   TiledShapeStMan tiledStMan("TiledData", IPosition(3,1,128,32));
     178  // Use TiledShapeStMan for the FLOAT_DATA hypercube with tile size 1 MB.
     179  TiledShapeStMan tiledStMan("TiledData", IPosition(3,1,128,2048));
    156180  newtab.bindColumn(MS::columnName(MS::FLOAT_DATA), tiledStMan);
    157181
    … …  
    367391  } else if (dopplerFrame == "SOURCE") {
    368392    MFrequency::getType(cDopplerFrame, "REST");
     393  } else if (dopplerFrame == "LSRK") {
     394    MFrequency::getType(cDopplerFrame, "LSRK");
    369395  }
    370396
    … …  
    374400  addDopplerEntry();
    375401  addFeedEntry();
    376   addObservationEntry(observer, project);
     402  //addObservationEntry(observer, project);
     403  addObservationEntry(observer, project, telName);
    377404  addProcessorEntry();
    378405
    … …  
    384411// Write the next data record.
    385412
     413/**
     414Int PKSMS2writer::write(
     415        const Int             scanNo,
     416        const Int             cycleNo,
     417        const Double          mjd,
     418        const Double          interval,
     419        const String          fieldName,
     420        const String          srcName,
     421        const Vector<Double>  srcDir,
     422        const Vector<Double>  srcPM,
     423        const Double          srcVel,
     424        const String          obsMode,
     425        const Int             IFno,
     426        const Double          refFreq,
     427        const Double          bandwidth,
     428        const Double          freqInc,
     429        //const Double          restFreq,
     430        const Vector<Double>  restFreq,
     431        const Vector<Float>   tcal,
     432        const String          tcalTime,
     433        const Float           azimuth,
     434        const Float           elevation,
     435        const Float           parAngle,
     436        const Float           focusAxi,
     437        const Float           focusTan,
     438        const Float           focusRot,
     439        const Float           temperature,
     440        const Float           pressure,
     441        const Float           humidity,
     442        const Float           windSpeed,
     443        const Float           windAz,
     444        const Int             refBeam,
     445        const Int             beamNo,
     446        const Vector<Double>  direction,
     447        const Vector<Double>  scanRate,
     448        const Vector<Float>   tsys,
     449        const Vector<Float>   sigma,
     450        const Vector<Float>   calFctr,
     451        const Matrix<Float>   baseLin,
     452        const Matrix<Float>   baseSub,
     453        const Matrix<Float>   &spectra,
     454        const Matrix<uChar>   &flagged,
     455        const uInt            flagrow,
     456        const Complex         xCalFctr,
     457        const Vector<Complex> &xPol)
     458**/
    386459Int PKSMS2writer::write(
    387460        const PKSrecord &pksrec)
    … …  
    415488    pksrec.restFreq, pksrec.srcVel);
    416489
    417   // Find or add the obsType to the STATE subtable.
     490  // Find or add the obsMode to the STATE subtable.
    418491  Int stateId = addStateEntry(pksrec.obsType);
    419492
    420493  // FIELD subtable.
    421   Vector<Double> scanRate(2);
    422   scanRate(0) = pksrec.scanRate(0);
    423   scanRate(1) = pksrec.scanRate(1);
     494  //Vector<Double> scanRate(2);
     495  //scanRate(0) = pksrec.scanRate(0);
     496  //scanRate(1) = pksrec.scanRate(1);
    424497  Int fieldId = addFieldEntry(pksrec.fieldName, time, pksrec.direction,
    425     scanRate, srcId);
     498    pksrec.scanRate, srcId);
    426499
    427500  // POINTING subtable.
    428501  addPointingEntry(time, pksrec.interval, pksrec.fieldName, pksrec.direction,
    429     scanRate);
     502    pksrec.scanRate);
    430503
    431504  // SYSCAL subtable.
    432505  addSysCalEntry(pksrec.beamNo, iIF, time, pksrec.interval, pksrec.tcal,
    433     pksrec.tsys);
     506    pksrec.tsys, nPol);
    434507
    435508  // Handle weather information.
    … …  
    508581  cMSCols->sigma().put(irow, pksrec.sigma);
    509582
    510   Vector<Float> weight(1, 1.0f);
     583  //Vector<Float> weight(1, 1.0f);
     584  Vector<Float> weight(nPol, 1.0f);
    511585  cMSCols->weight().put(irow, weight);
     586  //imaging weight
     587  //Vector<Float> imagingWeight(nChan);
     588  //cMSCols->imagingWeight().put(irow, imagingWeight);
    512589
    513590  // Flag information.
    514591  Cube<Bool> flags(nPol, nChan, 1, False);
    515   cMSCols->flag().put(irow, flags.xyPlane(0));
     592  //cMSCols->flag().put(irow, flags.xyPlane(0));
    516593  cMSCols->flagCategory().put(irow, flags);
    517   cMSCols->flagRow().put(irow, False);
     594  // Row-based flagging info. (True:>0, False:0)
     595  cMSCols->flagRow().put(irow, (pksrec.flagrow > 0));
     596
    518597
    519598  return 0;
    … …  
    571650  cSysCal          = MSSysCal();
    572651  cWeather         = MSWeather();
    573 
    574652  // Release the main table.
    575   delete cPKSMS;
    576   cPKSMS = 0x0;
     653  delete cPKSMS; 
     654  cPKSMS=0x0;
    577655}
    578656
    … …  
    589667  Int n = cAntenna.nrow() - 1;
    590668
     669  // do specific things for GBT
    591670  // Data.
     671  // plus some more telescopes
    592672  cAntennaCols->name().put(n, antName);
    593   cAntennaCols->station().put(n, "ATNF_PARKES");
     673  //cAntennaCols->station().put(n, "ATNF_PARKES");
     674  if (cGBT) {
     675    cAntennaCols->station().put(n, "GREENBANK");
     676    cAntennaCols->dishDiameter().put(n, 110.0);
     677  }
     678  else if (cAPEX) {
     679    cAntennaCols->station().put(n, "CHAJNANTOR");
     680    cAntennaCols->dishDiameter().put(n, 12.0);
     681  }
     682  else if (cALMA) {
     683    // this needs to be changed in future...
     684    cAntennaCols->station().put(n, "CHAJNANTOR");
     685    cAntennaCols->dishDiameter().put(n, 12.0);
     686  }
     687  else if (cATF) {
     688    //pad name for the antenna is static...
     689    String stname="unknown";
     690    if (antName.contains("DV")) {
     691       stname="PAD001";
     692    }
     693    if (antName.contains("DA")) {
     694       stname="PAD002";
     695    }
     696    cAntennaCols->station().put(n, stname);
     697    cAntennaCols->dishDiameter().put(n, 12.0);
     698  }
     699  else if (cSMT) {
     700    cAntennaCols->station().put(n, "MT_GRAHAM");
     701    cAntennaCols->dishDiameter().put(n, 10.0);
     702  }
     703  else {
     704    cAntennaCols->station().put(n, "ATNF_PARKES");
     705    cAntennaCols->dishDiameter().put(n, 64.0);
     706  }
    594707  cAntennaCols->type().put(n, "GROUND-BASED");
    595708  cAntennaCols->mount().put(n, "ALT-AZ");
    … …  
    597710  Vector<Double> antOffset(3, 0.0);
    598711  cAntennaCols->offset().put(n, antOffset);
    599   cAntennaCols->dishDiameter().put(n, 64.0);
    600 
     712  //cAntennaCols->dishDiameter().put(n, 64.0);
     713  //if (cGBT) {
     714  //  cAntennaCols->dishDiameter().put(n, 110.0);
     715  //}
     716  //else {
     717  //  cAntennaCols->dishDiameter().put(n, 64.0);
     718  //}
    601719  // Flags.
    602720  cAntennaCols->flagRow().put(n, False);
    … …  
    711829        const Int srcId)
    712830{
     831
     832  ROScalarColumn<String> fldn(cField, "NAME");
     833  ROScalarColumn<Int> sourceid(cField, "SOURCE_ID");
     834  Int n;
     835  Int nFld = cField.nrow();
     836  for (n = 0; n < nFld; n++) {
     837    if (fldn(n) == fieldName && sourceid(n) == srcId) {
     838      break;
     839    }
     840  }
     841
    713842  // Extend the FIELD subtable.
    714   cField.addRow();
    715   Int n = cField.nrow() - 1;
    716 
    717   // Data.
    718   cFieldCols->name().put(n, fieldName);
    719   cFieldCols->code().put(n, "DRIFT");
    720   cFieldCols->time().put(n, time);
    721 
    722   Matrix<Double> track(2, 2);
    723   track.column(0) = direction;
    724   track.column(1) = scanRate;
    725   cFieldCols->numPoly().put(n, 1);
    726   cFieldCols->delayDir().put(n, track);
    727   cFieldCols->phaseDir().put(n, track);
    728   cFieldCols->referenceDir().put(n, track);
    729   cFieldCols->sourceId().put(n, srcId);
    730 
    731   // Flags.
    732   cFieldCols->flagRow().put(n, False);
     843  if (n == nFld) {
     844    cField.addRow();
     845    //Int n = cField.nrow() - 1;
     846
     847    // Data.
     848    cFieldCols->name().put(n, fieldName);
     849    if (cGBT) {
     850      cFieldCols->code().put(n, " ");
     851    }
     852    else {
     853      cFieldCols->code().put(n, "DRIFT");
     854    }
     855    cFieldCols->time().put(n, time);
     856
     857    //Matrix<Double> track(2, 2);
     858    Matrix<Double> track(2, 1);
     859    track.column(0) = direction;
     860    //track.column(1) = scanRate;
     861    cFieldCols->numPoly().put(n, 1);
     862    cFieldCols->delayDir().put(n, track);
     863    cFieldCols->phaseDir().put(n, track);
     864    cFieldCols->referenceDir().put(n, track);
     865    cFieldCols->sourceId().put(n, srcId);
     866
     867    // Flags.
     868    cFieldCols->flagRow().put(n, False);
     869  }
    733870
    734871  return n;
    … …  
    741878Int PKSMS2writer::addObservationEntry(
    742879        const String observer,
    743         const String project)
     880        const String project,
     881        const String antName)
    744882{
    745883  // Extend the OBSERVATION subtable.
    … …  
    748886
    749887  // Data.
    750   cObservationCols->telescopeName().put(n, "Parkes");
     888  //cObservationCols->telescopeName().put(n, "Parkes");
     889  cObservationCols->telescopeName().put(n, antName);
    751890  Vector<Double> timerange(2, 0.0);
    752891  cObservationCols->timeRange().put(n, timerange);
    … …  
    754893  Vector<String> log(1, "none");
    755894  cObservationCols->log().put(n, log);
    756   cObservationCols->scheduleType().put(n, "ATNF");
     895  //cObservationCols->scheduleType().put(n, "ATNF");
     896  cObservationCols->scheduleType().put(n, "");
    757897  Vector<String> schedule(1, "Not available");
    758898  cObservationCols->schedule().put(n, schedule);
    … …  
    767907
    768908//--------------------------------------------- PKSMS2writer::addPointingEntry
     909
     910// Modified to fill pointing data if the direction is the pointing direction.
     911// So the following comment is no longer true.
    769912
    770913// Add an entry to the POINTING subtable.  This compulsory subtable simply
    … …  
    778921        const Vector<Double> scanRate)
    779922{
    780   // Extend the POINTING subtable.
    781   cPointing.addRow();
    782   Int n = cPointing.nrow() - 1;
    783 
    784   // Keys.
    785   cPointingCols->antennaId().put(n, 0);
    786   cPointingCols->time().put(n, time);
    787   cPointingCols->interval().put(n, interval);
    788 
    789   // Data.
    790   cPointingCols->name().put(n, fieldName);
    791   cPointingCols->numPoly().put(n, 1);
    792   cPointingCols->timeOrigin().put(n, time);
    793 
    794   Matrix<Double> track(2, 2);
    795   track.column(0) = direction;
    796   track.column(1) = scanRate;
    797   cPointingCols->direction().put(n, track);
    798   cPointingCols->target().put(n, track);
    799   cPointingCols->tracking().put(n, True);
    800 
     923
     924  ROScalarColumn<Double> tms(cPointing, "TIME");
     925  Int n;
     926  Int ntm = cPointing.nrow();
     927  for (n = 0; n < ntm; n++) {
     928    if (tms(n) == time) {
     929      break;
     930    }
     931  }
     932
     933  if (n == ntm) {
     934    // Extend the POINTING subtable.
     935    cPointing.addRow();
     936    //Int n = cPointing.nrow() - 1;
     937
     938    // Keys.
     939    cPointingCols->antennaId().put(n, 0);
     940    cPointingCols->time().put(n, time);
     941    cPointingCols->interval().put(n, interval);
     942
     943    // Data.
     944    cPointingCols->name().put(n, fieldName);
     945    cPointingCols->numPoly().put(n, 1);
     946    cPointingCols->timeOrigin().put(n, time);
     947
     948    //Matrix<Double> track(2, 2);
     949    Matrix<Double> track(2, 1);
     950    track.column(0) = direction;
     951    //track.column(1) = scanRate;
     952    cPointingCols->direction().put(n, track);
     953    cPointingCols->target().put(n, track);
     954    cPointingCols->tracking().put(n, True);
     955  }
    801956  return n;
    802957}
    … …  
    821976  // Data.
    822977  Vector<Int> corrType(2);
     978  if (nPol == 1) {
     979  corrType.resize(1);
     980  corrType(0) = Stokes::XX;
     981  }
     982  else {
     983  //Vector<Int> corrType(2);
    823984  corrType(0) = Stokes::XX;
    824985  corrType(1) = Stokes::YY;
     986  }
    825987  cPolarizationCols->corrType().put(n, corrType);
    826988
    827989  Matrix<Int> corrProduct(2,2,1);
     990  if (nPol == 1) {
     991    corrProduct.resize(2,1,1);
     992    corrProduct(1,0) = 0;
     993  }
    828994  if (nPol == 2) {
    829995    corrProduct(1,0) = 0;
    … …  
    8691035        const Vector<Double> direction,
    8701036        const Vector<Double> properMotion,
    871         const Double restFreq,
     1037        //const Double restFreq,
     1038        const Vector<Double> restFreq,
    8721039        const Double radialVelocity)
    8731040{
    … …  
    9031070//  cSourceCols->position().put(n, position);
    9041071    cSourceCols->properMotion().put(n, properMotion);
    905     Vector<Double> restFrequency(1, restFreq);
    906     cSourceCols->restFrequency().put(n, restFrequency);
     1072//  Vector<Double> restFrequency(1, restFreq);
     1073//  cSourceCols->restFrequency().put(n, restFrequency);
     1074    cSourceCols->restFrequency().put(n, restFreq);
    9071075    Vector<Double> sysvel(1, radialVelocity);
    9081076    cSourceCols->sysvel().put(n, sysvel);
    … …  
    9331101
    9341102  // Data.
    935   cSpWindowCols->name().put(n, "L-band");
     1103  //cSpWindowCols->name().put(n, "L-band");
     1104  cSpWindowCols->name().put(n, " ");
    9361105  cSpWindowCols->refFrequency().put(n, refFreq);
    9371106
    … …  
    10151184        const Double interval,
    10161185        const Vector<Float> tcal,
    1017         const Vector<Float> tsys)
    1018 {
     1186        const Vector<Float> tsys,
     1187        const Int nPol)
     1188{
     1189  LogIO os(LogOrigin("PKSMS2writer", "addSysCalEntry()", WHERE));
     1190
    10191191  // Extend the SYSCAL subtable.
    10201192  cSysCal.addRow();
    10211193  Int n = cSysCal.nrow() - 1;
    10221194
     1195  //check fo consistency with n pol
     1196  //here assume size of Tcal vector = npol
     1197  Vector<Float> inTcal(nPol,0);
     1198  Int ndim = tcal.shape()(0);
     1199  Vector<Float> tmpTcal = tcal;
     1200  if (nPol != ndim) {
     1201    os << LogIO::WARN
     1202       << "Found "<< ndim <<" Tcal value(s) for the data with "<<nPol<<" polarization(s)"
     1203       << "(expecting one Tcal per pol)."<<endl
     1204       << "First "<< nPol << " Tcal value(s) will be filled." << LogIO::POST;
     1205    tmpTcal.resize(nPol, True);
     1206    inTcal = tmpTcal;
     1207  }
    10231208  // Keys.
    10241209  cSysCalCols->antennaId().put(n, 0);
    … …  
    10291214
    10301215  // Data.
    1031   cSysCalCols->tcal().put(n, tcal);
     1216  //cSysCalCols->tcal().put(n, tcal);
     1217  cSysCalCols->tcal().put(n, inTcal);
    10321218  cSysCalCols->tsys().put(n, tsys);
    10331219

  • branches/mergetest/external/atnf/PKSIO/PKSMS2writer.h

    r1720 r1779  
    7878
    7979    // Write the next data record.
     80/**
     81    virtual Int write(
     82        const Int             scanNo,
     83        const Int             cycleNo,
     84        const Double          mjd,
     85        const Double          interval,
     86        const String          fieldName,
     87        const String          srcName,
     88        const Vector<Double>  srcDir,
     89        const Vector<Double>  srcPM,
     90        const Double          srcVel,
     91        const String          obsMode,
     92        const Int             IFno,
     93        const Double          refFreq,
     94        const Double          bandwidth,
     95        const Double          freqInc,
     96        //const Double          restFreq,
     97        const Vector<Double>  restFreq,
     98        const Vector<Float>   tcal,
     99        const String          tcalTime,
     100        const Float           azimuth,
     101        const Float           elevation,
     102        const Float           parAngle,
     103        const Float           focusAxi,
     104        const Float           focusTan,
     105        const Float           focusRot,
     106        const Float           temperature,
     107        const Float           pressure,
     108        const Float           humidity,
     109        const Float           windSpeed,
     110        const Float           windAz,
     111        const Int             refBeam,
     112        const Int             beamNo,
     113        const Vector<Double>  direction,
     114        const Vector<Double>  scanRate,
     115        const Vector<Float>   tsys,
     116        const Vector<Float>   sigma,
     117        const Vector<Float>   calFctr,
     118        const Matrix<Float>   baseLin,
     119        const Matrix<Float>   baseSub,
     120        const Matrix<Float>   &spectra,
     121        const Matrix<uChar>   &flagged,
     122        const uInt            flagrow,
     123        const Complex         xCalFctr,
     124        const Vector<Complex> &xPol);
     125**/
    80126    virtual Int write(
    81127        const PKSrecord &pksrec);
    … …  
    131177    ScalarColumn<Complex> *cXCalFctrCol;
    132178
     179    // for handling parameters specific to GBT and other telescopes
     180    Bool cGBT, cSMT, cAPEX, cALMA, cATF;
    133181
    134182    // Add an entry to the ANTENNA subtable.
    … …  
    164212    Int addObservationEntry(
    165213        const String observer,
    166         const String project);
     214        const String project,
     215        const String antName);
    167216
    168217    // Add an entry to the POINTING subtable.
    … …  
    187236        const Vector<Double> direction,
    188237        const Vector<Double> properMotion,
    189         const Double restFreq,
     238        //const Double restFreq,
     239        const Vector<Double> restFreq,
    190240        const Double radialVelocity);
    191241
    … …  
    209259        const Double interval,
    210260        const Vector<Float> Tcal,
    211         const Vector<Float> Tsys);
     261        const Vector<Float> Tsys,
     262        const Int nPol);
    212263
    213264    // Add an entry to the WEATHER subtable.

  • branches/mergetest/external/atnf/PKSIO/PKSSDwriter.cc

    r1735 r1779  
    3535#include <atnf/PKSIO/PKSSDwriter.h>
    3636
     37#include <casa/Logging/LogIO.h>
     38
    3739#include <casa/stdio.h>
    3840#include <casa/Quanta/MVTime.h>
    … …  
    4143#include <cstring>
    4244
     45// Class name
     46const string className = "PKSSDwriter" ;
     47
    4348//--------------------------------------------------- PKSSDwriter::PKSSDwriter
    4449
    … …  
    4752PKSSDwriter::PKSSDwriter()
    4853{
    49   // By default, messages are written to stderr.
    50   initMsg();
    5154}
    5255
    … …  
    5861{
    5962  close();
    60 }
    61 
    62 //-------------------------------------------------------- PKSSDwriter::setMsg
    63 
    64 // Set message disposition.  If fd is non-zero messages will be written
    65 // to that file descriptor, else stored for retrieval by getMsg().
    66 
    67 Int PKSSDwriter::setMsg(FILE *fd)
    68 {
    69   PKSmsg::setMsg(fd);
    70   cSDwriter.setMsg(fd);
    71 
    72   return 0;
    7363}
    7464
    … …  
    9282        const Bool   haveBase)
    9383{
    94   // Clear the message stack.
    95   clearMsg();
     84  const string methodName = "create()" ;
     85  LogIO os( LogOrigin( className, methodName, WHERE ) ) ;
    9686
    9787  double antPos[3];
    … …  
    10292  cNIF = nChan.nelements();
    10393  if (nPol.nelements() != cNIF || haveXPol.nelements() != cNIF) {
    104     cerr << "PKSSDwriter::create: "
    105          << "Inconsistent number of IFs for nChan, nPol, and/or haveXPol."
    106          << endl;
     94    os << LogIO::SEVERE << "Inconsistent number of IFs for nChan, nPol, and/or haveXPol." << LogIO::POST ;
    10795    return 1;
    10896  }
    … …  
    131119        (int *)cNPol.getStorage(deleteIt),
    132120        (int *)cHaveXPol.getStorage(deleteIt), (int)cHaveBase, 1);
    133   logMsg(cSDwriter.getMsg());
    134   cSDwriter.clearMsg();
     121  //logMsg(cSDwriter.getMsg());
     122  //cSDwriter.clearMsg();
    135123  if (status) {
    136124    cSDwriter.deleteFile();
    … …  
    148136        const PKSrecord &pksrec)
    149137{
     138  const string methodName = "write()" ;
     139  LogIO os( LogOrigin( className, methodName, WHERE ) ) ;
     140
    150141  // Do basic checks.
    151142  Int IFno = pksrec.IFno;
    152143  uInt iIF = IFno - 1;
    153144  if (IFno < 1 || Int(cNIF) < IFno) {
    154     cerr << "PKSDwriter::write: "
    155          << "Invalid IF number " << IFno
    156          << " (maximum " << cNIF << ")." << endl;
     145    os << LogIO::SEVERE
     146       << "Invalid IF number " << IFno
     147       << " (maximum " << cNIF << ")." << LogIO::POST ;
    157148    return 1;
    158149  }
    … …  
    160151  uInt nChan = pksrec.spectra.nrow();
    161152  if (nChan != cNChan(iIF)) {
    162     cerr << "PKSDwriter::write: "
    163          << "Wrong number of channels for IF " << IFno << "," << endl
    164          << "                   "
     153    os << LogIO::SEVERE << "Wrong number of channels for IF " << IFno << "," << endl
    165154         << "got " << nChan << " should be " << cNChan(iIF) << "." << endl;
     155    os << LogIO::POST ;
    166156    return 1;
    167157  }
    … …  
    169159  uInt nPol = pksrec.spectra.ncolumn();
    170160  if (nPol != cNPol(iIF)) {
    171     cerr << "PKSDwriter::write: "
    172          << "Wrong number of polarizations for IF " << IFno << "," << endl
    173          << "                   "
    174          << "got " << nPol << " should be " << cNPol(iIF) << "." << endl;
     161    os << LogIO::SEVERE << "Wrong number of polarizations for IF " << IFno << "," << endl
     162       << "got " << nPol << " should be " << cNPol(iIF) << "." << endl;
     163    os << LogIO::POST ;
    175164    return 1;
    176165  }
    177166
    178   // Extract calendar information from mjd.
     167  // Extract calendar information frrom mjd.
    179168  MVTime time(pksrec.mjd);
    180169  Int year  = time.year();
    … …  
    196185  mbrec.srcRA    = pksrec.srcDir(0);
    197186  mbrec.srcDec   = pksrec.srcDir(1);
    198 
    199   mbrec.restFreq = pksrec.restFreq;
    200 
     187  if (pksrec.restFreq.shape()==0) {
     188     mbrec.restFreq = 0;
     189  }
     190  else {
     191     mbrec.restFreq = pksrec.restFreq(0);
     192  }
    201193  strncpy(mbrec.obsType, (char *)pksrec.obsType.chars(), 16);
    202194
    … …  
    291283
    292284  Int status = cSDwriter.write(mbrec);
    293   logMsg(cSDwriter.getMsg());
    294   cSDwriter.clearMsg();
     285  //logMsg(cSDwriter.getMsg());
     286  //cSDwriter.clearMsg();
    295287  if (status) {
    296288    status = 1;
    … …  
    325317{
    326318  cSDwriter.close();
    327   logMsg(cSDwriter.getMsg());
    328   cSDwriter.clearMsg();
    329 }
     319  //logMsg(cSDwriter.getMsg());
     320  //cSDwriter.clearMsg();
     321}

  • branches/mergetest/external/atnf/PKSIO/PKSSDwriter.h

    r1720 r1779  
    6262    virtual ~PKSSDwriter();
    6363
    64     // Set message disposition.
    65     virtual Int setMsg(
    66         FILE *fd = 0x0);
    67 
    6864    // Create the SDFITS file and write static data.
    6965    virtual Int create(

  • branches/mergetest/external/atnf/PKSIO/PKSreader.cc

    r1720 r1779  
    8585        reader = new PKSFITSreader("SDFITS");
    8686
    87       } else {
    88         // Assume it's MBFITS.
    89         format = "MBFITS";
    90         reader = new PKSFITSreader("MBFITS", retry, interpolate);
    91       }
     87       } else {
     88         // Assume it's MBFITS.
     89         format = "MBFITS";
     90         reader = new PKSFITSreader("MBFITS", retry, interpolate);
     91       }
    9292    }
    9393
    … …  
    106106    format = "UNRECOGNIZED INPUT FORMAT";
    107107  }
    108 
    109108  return reader;
    110109}
    … …  
    113112
    114113// Search a list of directories for a Parkes Multibeam dataset and return an
    115 // appropriate PKSreader for it.
    116114
    117115PKSreader* getPKSreader(
    … …  
    145143PKSreader* getPKSreader(
    146144        const String name,
     145        const String antenna,
    147146        const Int retry,
    148147        const Int interpolate,
    … …  
    160159  // Try to open it.
    161160  if (reader) {
    162     if (reader->open(name, beams, IFs, nChan, nPol, haveXPol, haveBase,
    163                      haveSpectra)) {
     161    if (reader->open(name, antenna, beams, IFs, nChan, nPol, haveXPol,
     162                     haveBase, haveSpectra)) {
    164163      format += " OPEN ERROR";
    165164      delete reader;
    … …  
    173172//--------------------------------------------------------------- getPKSreader
    174173
    175 // Search a list of directories for a Parkes Multibeam dataset and open an
     174// Search a list of directories for a Parkes Multibeam dataset and return an
    176175// appropriate PKSreader for it.
    177 
    178 PKSreader* getPKSreader(
    179         const String name,
     176PKSreader* getPKSreader(
     177        const String name,
     178        const String antenna,
    180179        const Vector<String> directories,
    181180        const Int retry,
    … …  
    196195  // Try to open it.
    197196  if (reader) {
    198     if (reader->open(name, beams, IFs, nChan, nPol, haveXPol, haveBase,
    199                      haveSpectra)) {
     197    if (reader->open(name, antenna, beams, IFs, nChan, nPol, haveXPol,
     198                     haveBase, haveSpectra)) {
    200199      format += " OPEN ERROR";
    201200      delete reader;

  • branches/mergetest/external/atnf/PKSIO/PKSreader.h

    r1720 r1779  
    3737#define ATNF_PKSREADER_H
    3838
    39 #include <atnf/PKSIO/PKSmsg.h>
    4039#include <atnf/PKSIO/PKSrecord.h>
     40#include <atnf/PKSIO/SrcType.h>
    4141
    4242#include <casa/aips.h>
    4343#include <casa/Arrays/Matrix.h>
    4444#include <casa/Arrays/Vector.h>
     45#include <casa/BasicSL/Complex.h>
    4546#include <casa/BasicSL/String.h>
    4647
    … …  
    7071class PKSreader* getPKSreader(
    7172        const String name,
     73        const String antenna,
    7274        const Int retry,
    7375        const Int interpolate,
    … …  
    8486class PKSreader* getPKSreader(
    8587        const String name,
     88        const String antenna,
    8689        const Vector<String> directories,
    8790        const Int retry,
    … …  
    97100        Bool   &haveSpectra);
    98101
    99 class PKSreader : public PKSmsg
     102
     103class PKSreader
    100104{
    101105  public:
    … …  
    106110    virtual Int open(
    107111        const String inName,
     112        const String antenna,
    108113        Vector<Bool> &beams,
    109114        Vector<Bool> &IFs,
    … …  
    148153        const Bool getSpectra = True,
    149154        const Bool getXPol    = False,
     155        const Bool getFeedPos = False,
     156        const Bool getPointing = False,
    150157        const Int  coordSys   = 0) = 0;
     158
    151159
    152160    // Find the range of the data selected in time and position.
    … …  
    157165        Matrix<Double> &positions) = 0;
    158166
    159     // Read the next data record.
     167    // Read the next data record.
     168/**
     169    virtual Int read(
     170        Int             &scanNo,
     171        Int             &cycleNo,
     172        Double          &mjd,
     173        Double          &interval,
     174        String          &fieldName,
     175        String          &srcName,
     176        Vector<Double>  &srcDir,
     177        Vector<Double>  &srcPM,
     178        Double          &srcVel,
     179        String          &obsType,
     180        Int             &IFno,
     181        Double          &refFreq,
     182        Double          &bandwidth,
     183        Double          &freqInc,
     184        Vector<Double>  &restFreq,
     185        Vector<Float>   &tcal,
     186        String          &tcalTime,
     187        Float           &azimuth,
     188        Float           &elevation,
     189        Float           &parAngle,
     190        Float           &focusAxi,
     191        Float           &focusTan,
     192        Float           &focusRot,
     193        Float           &temperature,
     194        Float           &pressure,
     195        Float           &humidity,
     196        Float           &windSpeed,
     197        Float           &windAz,
     198        Int             &refBeam,
     199        Int             &beamNo,
     200        Vector<Double>  &direction,
     201        Vector<Double>  &scanRate,
     202        Vector<Float>   &tsys,
     203        Vector<Float>   &sigma,
     204        Vector<Float>   &calFctr,
     205        Matrix<Float>   &baseLin,
     206        Matrix<Float>   &baseSub,
     207        Matrix<Float>   &spectra,
     208        Matrix<uChar>   &flagged,
     209        Complex         &xCalFctr,
     210        Vector<Complex> &xPol) = 0;
     211**/
     212/**
     213    // Read the next data record, just the basics.
     214    virtual Int read(
     215        Int           &IFno,
     216        Vector<Float> &tsys,
     217        Vector<Float> &calFctr,
     218        Matrix<Float> &baseLin,
     219        Matrix<Float> &baseSub,
     220        Matrix<Float> &spectra,
     221        Matrix<uChar> &flagged) = 0;
     222**/
    160223    virtual Int read(PKSrecord &pksrec) = 0;
    161224
    … …  
    164227
    165228  protected:
    166     Bool  cGetSpectra, cGetXPol;
     229    Bool   cGetFeedPos, cGetSpectra, cGetXPol, cGetPointing;
    167230    Int   cCoordSys;
    168231

  • branches/mergetest/external/atnf/PKSIO/PKSrecord.h

    r1720 r1779  
    6767    Double          bandwidth;
    6868    Double          freqInc;
    69     Double          restFreq;
     69    Int             nchan;
     70    Vector<Double>  restFreq;
    7071    Vector<Float>   tcal;
    7172    String          tcalTime;
    … …  
    8687    Int             pCode;
    8788    Float           rateAge;
    88     Vector<Float>   scanRate;
     89    Vector<Double>  scanRate;
    8990    Float           paRate;
    9091    Vector<Float>   tsys;
    … …  
    9596    Matrix<Float>   spectra;
    9697    Matrix<uChar>   flagged;
     98    uInt            flagrow;
    9799    Complex         xCalFctr;
    98100    Vector<Complex> xPol;
     101    Int             polNo ;
     102    Int             srcType ;
    99103};
    100104

  • branches/mergetest/external/atnf/PKSIO/PKSwriter.h

    r1720 r1779  
    3535#define ATNF_PKSWRITER_H
    3636
    37 #include <atnf/PKSIO/PKSmsg.h>
    3837#include <atnf/PKSIO/PKSrecord.h>
    3938
    … …  
    5049// </summary>
    5150
    52 class PKSwriter : public PKSmsg
     51class PKSwriter
    5352{
    5453  public:

  • branches/mergetest/external/atnf/PKSIO/SDFITSreader.cc

    r1737 r1779  
    3838
    3939#include <atnf/pks/pks_maths.h>
    40 #include <atnf/PKSIO/PKSmsg.h>
    4140#include <atnf/PKSIO/MBrecord.h>
    4241#include <atnf/PKSIO/SDFITSreader.h>
    4342
     43#include <casa/Logging/LogIO.h>
     44#include <casa/Quanta/MVTime.h>
    4445#include <casa/math.h>
    4546#include <casa/stdio.h>
    … …  
    6768const double D2R = PI / 180.0;
    6869
     70// Class name
     71const string className = "SDFITSreader" ;
     72
    6973//---------------------------------------------------- SDFITSreader::(statics)
    7074
    … …  
    97101  cEndChan   = 0x0;
    98102  cRefChan   = 0x0;
    99 
    100   // By default, messages are written to stderr.
    101   initMsg();
     103  cPols      = 0x0;
    102104}
    103105
    … …  
    128130        int    &extraSysCal)
    129131{
    130   // Clear the message stack.
    131   clearMsg();
     132  const string methodName = "open()" ;
    132133
    133134  if (cSDptr) {
    … …  
    139140  if (fits_open_file(&cSDptr, sdName, READONLY, &cStatus)) {
    140141    sprintf(cMsg, "ERROR: Failed to open SDFITS file\n       %s", sdName);
    141     logMsg(cMsg);
     142    log(LogOrigin( className, methodName, WHERE ), LogIO::SEVERE, cMsg);
    142143    return 1;
    143144  }
    … …  
    162163
    163164      } else {
    164         logMsg("ERROR: Failed to locate SDFITS binary table.");
     165        log(LogOrigin( className, methodName, WHERE ), LogIO::SEVERE, "Failed to locate SDFITS binary table.");
    165166        close();
    166167        return 1;
    … …  
    201202    cNAxes = 5;
    202203    if (readDim(DATA, 1, &cNAxes, cNAxis)) {
    203       logMsg();
     204      log(LogOrigin( className, methodName, WHERE ), LogIO::SEVERE);
    204205      close();
    205206      return 1;
    … …  
    220221    if (cNAxes < 4) {
    221222      // Need at least four axes (for now).
    222       logMsg("ERROR: DATA array contains fewer than four axes.");
     223      log(LogOrigin( className, methodName, WHERE ), LogIO::SEVERE, "DATA array contains fewer than four axes.");
    223224      close();
    224225      return 1;
    225226    } else if (cNAxes > 5) {
    226227      // We support up to five axes.
    227       logMsg("ERROR: DATA array contains more than five axes.");
     228      log(LogOrigin( className, methodName, WHERE ), LogIO::SEVERE, "DATA array contains more than five axes.");
    228229      close();
    229230      return 1;
    … …  
    236237    findData(DATAXED, "DATAXED", TSTRING);
    237238    if (cData[DATAXED].colnum < 0) {
    238       logMsg("ERROR: DATA array column absent from binary table.");
     239      log(LogOrigin( className, methodName, WHERE ), LogIO::SEVERE, "DATA array column absent from binary table.");
    239240      close();
    240241      return 1;
    … …  
    266267
    267268  if (cStatus) {
    268     logMsg();
     269    log(LogOrigin( className, methodName, WHERE ), LogIO::SEVERE);
    269270    close();
    270271    return 1;
    … …  
    280281  char *timeCRPIX = 0;
    281282  char *beamCRVAL = 0;
     283  char *polCRVAL = 0;
    282284
    283285  cFreqAxis   = -1;
    … …  
    297299    } else if (strncmp(ctype[iaxis], "STOKES", 6) == 0) {
    298300      cStokesAxis = iaxis;
     301      polCRVAL = CRVAL[iaxis];
    299302
    300303    } else if (strncmp(ctype[iaxis], "RA", 2) == 0) {
    … …  
    318321        sprintf(cMsg, "DATA array contains a TIME axis of length %ld.",
    319322          cNAxisTime);
    320         logMsg(cMsg);
     323        //logMsg(cMsg);
     324        log(LogOrigin( className, methodName, WHERE ), LogIO::NORMAL, cMsg);
    321325      }
    322326
    … …  
    337341  }
    338342
     343
    339344  // Check that required axes are present.
    340345  if (cFreqAxis < 0 || cStokesAxis < 0 || cRaAxis < 0 || cDecAxis < 0) {
    341     logMsg("ERROR: Could not find required DATA array axes.");
     346    log(LogOrigin( className, methodName, WHERE ), LogIO::SEVERE, "Could not find required DATA array axes.");
    342347    close();
    343348    return 1;
    … …  
    403408  findData(WINDDIRE, "WINDDIRE", TFLOAT);       // Shared.
    404409
     410  findData(STOKES,    polCRVAL,  TINT);
     411  findData(SIG,       "SIG",     TSTRING);
     412  findData(CAL,       "CAL",     TSTRING);
     413
     414  findData(RVSYS,     "RVSYS",   TDOUBLE);
     415  findData(VFRAME,    "VFRAME",  TDOUBLE);
     416  findData(VELDEF,    "VELDEF",  TSTRING);
     417
    405418  if (cStatus) {
    406     logMsg();
     419    log(LogOrigin( className, methodName, WHERE ), LogIO::SEVERE);
    407420    close();
    408421    return 1;
    … …  
    433446  cCycleNo = 0;
    434447  cLastUTC = 0.0;
     448  for ( int i = 0 ; i < 4 ; i++ ) {
     449    cGLastUTC[i] = 0.0 ;
     450    cGLastScan[i] = -1 ;
     451    cGCycleNo[i] = 0 ;
     452  }
    435453
    436454  // Beam number, 1-relative by default.
    … …  
    536554  fits_get_num_rows(cSDptr, &cNRow, &cStatus);
    537555  if (!cNRow) {
    538     logMsg("ERROR: Table contains no entries.");
     556    log(LogOrigin( className, methodName, WHERE ), LogIO::SEVERE, "Table contains no entries.");
    539557    close();
    540558    return 1;
    … …  
    550568                      &beamNul, beamCol, &anynul, &cStatus)) {
    551569      delete [] beamCol;
    552       logMsg();
     570      log(LogOrigin( className, methodName, WHERE ), LogIO::SEVERE);
    553571      close();
    554572      return 1;
    … …  
    565583      if (beamCol[irow] < cBeam_1rel) {
    566584        delete [] beamCol;
    567         logMsg("ERROR: SDFITS file contains invalid beam number.");
     585        log(LogOrigin( className, methodName, WHERE ), LogIO::SEVERE, "SDFITS file contains invalid beam number.");
    568586        close();
    569587        return 1;
    … …  
    606624                      &IFNul, IFCol, &anynul, &cStatus)) {
    607625      delete [] IFCol;
    608       logMsg();
     626      log(LogOrigin( className, methodName, WHERE ), LogIO::SEVERE);
    609627      close();
    610628      return 1;
    … …  
    621639      if (IFCol[irow] < cIF_1rel) {
    622640        delete [] IFCol;
    623         logMsg("ERROR: SDFITS file contains invalid IF number.");
     641        log(LogOrigin( className, methodName, WHERE ), LogIO::SEVERE, "SDFITS file contains invalid IF number.");
    624642        close();
    625643        return 1;
    … …  
    653671            // Variable dimension array.
    654672            if (readDim(DATA, irow+1, &cNAxes, cNAxis)) {
    655               logMsg();
     673              log(LogOrigin( className, methodName, WHERE ), LogIO::SEVERE);
    656674              close();
    657675              return 1;
    … …  
    681699
    682700          if (readDim(XPOLDATA, irow+1, &nAxis, nAxes)) {
    683             logMsg();
     701            log(LogOrigin( className, methodName, WHERE ), LogIO::SEVERE );
    684702            close();
    685703            return 1;
    … …  
    719737    cNPol[0] = cNIF;
    720738    cNIF = 1;
     739  }
     740
     741  // For GBT data that stores spectra for each polarization in separate rows
     742  if ( cData[STOKES].colnum > 0 ) {
     743    int *stokesCol = new int[cNRow];
     744    int stokesNul = 1;
     745    int   anynul;
     746    if (fits_read_col(cSDptr, TINT, cData[STOKES].colnum, 1, 1, cNRow,
     747                      &stokesNul, stokesCol, &anynul, &cStatus)) {
     748      delete [] stokesCol;
     749      log(LogOrigin( className, methodName, WHERE ), LogIO::SEVERE);
     750      close();
     751      return 1;
     752    }
     753
     754    vector<int> pols ;
     755    pols.push_back( stokesCol[0] ) ;
     756    for ( int i = 0 ; i < cNRow ; i++ ) {
     757      bool pmatch = false ;
     758      for ( uint j = 0 ; j < pols.size() ; j++ ) {
     759        if ( stokesCol[i] == pols[j] ) {
     760          pmatch = true ;
     761          break ;
     762        }
     763      }
     764      if ( !pmatch ) {
     765        pols.push_back( stokesCol[i] ) ;
     766      }
     767    }
     768
     769    cPols = new int[pols.size()] ;
     770    for ( uint i = 0 ; i < pols.size() ; i++ ) {
     771      cPols[i] = pols[i] ;
     772    }
     773
     774    for ( int i = 0 ; i < cNIF ; i++ ) {
     775      cNPol[i] = pols.size() ;
     776    }
     777
     778    delete [] stokesCol ;
    721779  }
    722780
    … …  
    806864        double &bandwidth)
    807865{
     866  const string methodName = "getHeader()" ;
     867 
    808868  // Has the file been opened?
    809869  if (!cSDptr) {
    … …  
    879939
    880940    // Look for VELFRAME, written by earlier versions of Livedata.
     941    //
     942    // Added few more codes currently (as of 2009 Oct) used in the GBT
     943    // SDFITS (based io_sdfits_define.pro of GBTIDL). - TT
    881944    if (readParm("VELFRAME", TSTRING, dopplerFrame)) {  // Additional.
    882945      // No, try digging it out of the CTYPE card (AIPS convention).
    … …  
    890953          // LSR unqualified usually means LSR (kinematic).
    891954          strcpy(dopplerFrame, "LSRK");
     955        } else if (strcmp(dopplerFrame, "LSD") == 0) {
     956          // LSR as a dynamical defintion
     957          strcpy(dopplerFrame, "LSRD");
    892958        } else if (strcmp(dopplerFrame, "HEL") == 0) {
    893959          // Almost certainly barycentric.
    894960          strcpy(dopplerFrame, "BARYCENT");
     961        } else if (strcmp(dopplerFrame, "BAR") == 0) {
     962          // barycentric.
     963          strcpy(dopplerFrame, "BARYCENT");
     964        } else if (strcmp(dopplerFrame, "OBS") == 0) {
     965          // observed or topocentric.
     966          strcpy(dopplerFrame, "TOPO");
     967        } else if (strcmp(dopplerFrame, "GEO") == 0) {
     968          // geocentric
     969          strcpy(dopplerFrame, "GEO");
     970        } else if (strcmp(dopplerFrame, "GAL") == 0) {
     971          // galactic
     972          strcpy(dopplerFrame, "GAL");
     973        } else if (strcmp(dopplerFrame, "LGR") == 0) {
     974          // Local group
     975          strcpy(dopplerFrame, "LGROUP");
     976        } else if (strcmp(dopplerFrame, "CMB") == 0) {
     977          // Cosimic Microwave Backgroup
     978          strcpy(dopplerFrame, "CMB");
    895979        }
    896980      } else {
    … …  
    898982      }
    899983    }
    900 
    901984    // Translate to FITS standard names.
    902985    if (strncmp(dopplerFrame, "TOP", 3) == 0) {
    … …  
    908991    } else if (strncmp(dopplerFrame, "BARY", 4) == 0) {
    909992      strcpy(dopplerFrame, "BARYCENT");
    910     }
    911   }
    912 
     993    } else if (strncmp(dopplerFrame, "GAL", 3) == 0) {
     994      strcpy(dopplerFrame, "GALACTOC");
     995    } else if (strncmp(dopplerFrame, "LGROUP", 6) == 0) {
     996      strcpy(dopplerFrame, "LOCALGRP");
     997    } else if (strncmp(dopplerFrame, "CMB", 3) == 0) {
     998      strcpy(dopplerFrame, "CMBDIPOL");
     999    }
     1000  }
     1001 
    9131002  if (cStatus) {
    914     logMsg();
     1003    log(LogOrigin( className, methodName, WHERE ), LogIO::SEVERE);
    9151004    return 1;
    9161005  }
    … …  
    9221011
    9231012  if (cStatus) {
    924     logMsg();
     1013    log(LogOrigin( className, methodName, WHERE ), LogIO::SEVERE);
    9251014    return 1;
    9261015  }
    … …  
    9381027        double* &endFreq)
    9391028{
     1029  const string methodName = "getFreqInfo()" ;
     1030
    9401031  float  fqRefPix;
    9411032  double fqDelt, fqRefVal;
    … …  
    9521043                      &IFNul, IFCol, &anynul, &cStatus)) {
    9531044      delete [] IFCol;
    954       logMsg();
     1045      log(LogOrigin( className, methodName, WHERE ), LogIO::SEVERE);
    9551046      close();
    9561047      return 1;
    … …  
    10151106        double* &positions)
    10161107{
     1108  const string methodName = "findRange()" ;
     1109
    10171110  // Has the file been opened?
    10181111  if (!cSDptr) {
    … …  
    10361129      delete [] beamCol;
    10371130      delete [] sel;
    1038       logMsg();
     1131      log(LogOrigin( className, methodName, WHERE ), LogIO::SEVERE);
    10391132      return 1;
    10401133    }
    … …  
    10561149      delete [] IFCol;
    10571150      delete [] sel;
    1058       logMsg();
     1151      log(LogOrigin( className, methodName, WHERE ), LogIO::SEVERE);
    10591152      return 1;
    10601153    }
    … …  
    10881181    if (cData[AZIMUTH].colnum  < 0 ||
    10891182        cData[ELEVATIO].colnum < 0) {
    1090       logMsg("WARNING: Azimuth/elevation information absent.");
     1183      log(LogOrigin( className, methodName, WHERE ), LogIO::WARN, "Azimuth/elevation information absent.");
    10911184      cStatus = -1;
    10921185
    … …  
    11151208        cData[FOCUSROT].colnum < 0 ||
    11161209        cData[ELEVATIO].colnum < 0) {
    1117       logMsg("WARNING: ZPA/elevation information absent.");
     1210      log(LogOrigin( className, methodName, WHERE ), LogIO::WARN, "ZPA/elevation information absent.");
    11181211      cStatus = -1;
    11191212
    … …  
    11911284          cData[PARANGLE].colnum < 0 ||
    11921285          cData[FOCUSROT].colnum < 0) {
    1193         logMsg("WARNING: Insufficient information to compute feed-plane\n"
    1194                "         coordinates.");
     1286        log( LogOrigin( className, methodName, WHERE ), LogIO::WARN,
     1287             "Insufficient information to compute feed-plane\n"
     1288             "         coordinates.");
    11951289        cStatus = -1;
    11961290
    … …  
    12411335    nSel = 0;
    12421336    delete [] positions;
    1243     logMsg();
     1337    log(LogOrigin( className, methodName, WHERE ), LogIO::SEVERE);
    12441338    cStatus = 0;
    12451339    return 1;
    … …  
    12571351        MBrecord &mbrec)
    12581352{
     1353  const string methodName = "read()" ;
     1354
    12591355  // Has the file been opened?
    12601356  if (!cSDptr) {
    12611357    return 1;
    12621358  }
    1263 
    12641359  // Find the next selected beam and IF.
    12651360  short iBeam = 0, iIF = 0;
     1361  int iPol = -1 ;
    12661362  while (1) {
    12671363    if (++cTimeIdx > cNAxisTime) {
    … …  
    13211417              sprintf(cMsg, "ALFA cal factors for beam %d: %.3e, %.3e",
    13221418                iBeam+1, sALFAcal[iBeam][0], sALFAcal[iBeam][1]);
    1323               logMsg(cMsg);
     1419              log(LogOrigin( className, methodName, WHERE ), LogIO::NORMAL, cMsg);
     1420              //logMsg(cMsg);
    13241421            }
    13251422          }
    13261423        }
    13271424
     1425        // for GBT SDFITS
     1426        if (cData[STOKES].colnum > 0 ) {
     1427          readData(STOKES, cRow, &iPol ) ;
     1428          for ( int i = 0 ; i < cNPol[iIF] ; i++ ) {
     1429            if ( cPols[i] == iPol ) {
     1430              iPol = i ;
     1431              break ;
     1432            }
     1433          }
     1434        }
    13281435        break;
    13291436      }
    … …  
    13701477  }
    13711478
     1479  if ( iPol != -1 ) {
     1480    if ( mbrec.scanNo != cGLastScan[iPol] ) {
     1481      cGLastScan[iPol] = mbrec.scanNo ;
     1482      cGCycleNo[iPol] = 0 ;
     1483      mbrec.cycleNo = ++cGCycleNo[iPol] ;
     1484    }
     1485    else {
     1486      mbrec.cycleNo = ++cGCycleNo[iPol] ;
     1487    }
     1488  }
     1489
    13721490  readData(EXPOSURE, cRow, &mbrec.exposure);
    13731491
    13741492  // Source identification.
    13751493  readData(OBJECT, cRow, mbrec.srcName);
     1494
     1495  if ( iPol != -1 ) {
     1496    char obsmode[32] ;
     1497    readData( OBSMODE, cRow, obsmode ) ;
     1498    char sig[1] ;
     1499    char cal[1] ;
     1500    readData( SIG, cRow, sig ) ;
     1501    readData( CAL, cRow, cal ) ;
     1502    if ( strstr( obsmode, "PSWITCH" ) != NULL ) {
     1503      // position switch
     1504      strcat( mbrec.srcName, "_p" ) ;
     1505      if ( strstr( obsmode, "PSWITCHON" ) != NULL ) {
     1506        strcat( mbrec.srcName, "s" ) ;
     1507      }
     1508      else if ( strstr( obsmode, "PSWITCHOFF" ) != NULL ) {
     1509        strcat( mbrec.srcName, "r" ) ;
     1510      }
     1511    }
     1512    else if ( strstr( obsmode, "Nod" ) != NULL ) {
     1513      // nod
     1514      strcat( mbrec.srcName, "_n" ) ;
     1515      if ( sig[0] == 'T' ) {
     1516        strcat( mbrec.srcName, "s" ) ;
     1517      }
     1518      else {
     1519        strcat( mbrec.srcName, "r" ) ;
     1520      }
     1521    }
     1522    else if ( strstr( obsmode, "FSWITCH" ) != NULL ) {
     1523      // frequency switch
     1524      strcat( mbrec.srcName, "_f" ) ;
     1525      if ( sig[0] == 'T' ) {
     1526        strcat( mbrec.srcName, "s" ) ;
     1527      }
     1528      else {
     1529        strcat( mbrec.srcName, "r" ) ;
     1530      }
     1531    }
     1532    if ( cal[0] == 'T' ) {
     1533      strcat( mbrec.srcName, "c" ) ;
     1534    }
     1535    else {
     1536      strcat( mbrec.srcName, "o" ) ;
     1537    }
     1538  }
    13761539
    13771540  readData(OBJ_RA,  cRow, &mbrec.srcRA);
    … …  
    14211584  int nPol = cNPol[iIF];
    14221585
     1586  if ( cData[STOKES].colnum > 0 )
     1587    nPol = 1 ;
     1588
    14231589  if (cGetSpectra || cGetXPol) {
    14241590    int nxpol = cGetXPol ? 2*nChan : 0;
    … …  
    14301596  mbrec.nChan[0] = nChan;
    14311597  mbrec.nPol[0]  = nPol;
     1598  mbrec.polNo = iPol ;
    14321599
    14331600  readData(FqRefPix, cRow, mbrec.fqRefPix);
    … …  
    14481615
    14491616  if (cStatus) {
    1450     logMsg();
     1617    log(LogOrigin( className, methodName, WHERE ), LogIO::SEVERE);
    14511618    return 1;
    14521619  }
    … …  
    14851652
    14861653  if (cStatus) {
    1487     logMsg();
     1654    log(LogOrigin( className, methodName, WHERE ), LogIO::SEVERE);
    14881655    return 1;
    14891656  }
    … …  
    15351702
    15361703        if ((status = readDim(DATA, cRow, &naxes, cNAxis))) {
    1537           logMsg();
     1704          log(LogOrigin( className, methodName, WHERE ), LogIO::SEVERE);
    15381705
    15391706        } else if ((status = (naxes != cNAxes))) {
    1540           logMsg("ERROR: DATA array dimensions changed.");
     1707          log(LogOrigin( className, methodName, WHERE ), LogIO::SEVERE, "DATA array dimensions changed.");
    15411708        }
    15421709
    … …  
    15521719          blc, trc, inc, 0, mbrec.spectra[0] + iPol*nChan, &anynul,
    15531720          &cStatus)) {
    1554         logMsg();
     1721        log(LogOrigin( className, methodName, WHERE ), LogIO::SEVERE);
    15551722        delete [] blc;
    15561723        delete [] trc;
    … …  
    16131780            cNAxis, blc, trc, inc, 0, mbrec.flagged[0] + iPol*nChan, &anynul,
    16141781            &cStatus)) {
    1615           logMsg();
     1782          log(LogOrigin( className, methodName, WHERE ), LogIO::SEVERE);
    16161783          delete [] blc;
    16171784          delete [] trc;
    … …  
    16641831    if (fits_read_subset_flt(cSDptr, cData[XPOLDATA].colnum, nAxis, nAxes,
    16651832        blc, trc, inc, 0, mbrec.xpol[0], &anynul, &cStatus)) {
    1666       logMsg();
     1833      log(LogOrigin( className, methodName, WHERE ), LogIO::SEVERE);
    16671834      delete [] blc;
    16681835      delete [] trc;
    … …  
    16951862
    16961863  if (cStatus) {
    1697     logMsg();
     1864    log(LogOrigin( className, methodName, WHERE ), LogIO::SEVERE);
    16981865    return 1;
    16991866  }
    … …  
    17291896  mbrec.windAz    *= D2R;
    17301897
     1898  // For GBT data, source velocity can be evaluated
     1899  if ( cData[RVSYS].colnum > 0 && cData[VFRAME].colnum > 0 ) {
     1900    float vframe;
     1901    readData(VFRAME, cRow, &vframe);
     1902    float rvsys;
     1903    readData(RVSYS,  cRow, &rvsys);
     1904    //mbrec.srcVelocity = rvsys - vframe ;
     1905    mbrec.srcVelocity = rvsys ;
     1906  }
     1907
    17311908  if (cStatus) {
    1732     logMsg();
     1909    log(LogOrigin( className, methodName, WHERE ), LogIO::SEVERE);
    17331910    return 1;
    17341911  }
    … …  
    17561933}
    17571934
    1758 //------------------------------------------------------- SDFITSreader::logMsg
     1935//------------------------------------------------------- SDFITSreader::log
    17591936
    17601937// Log a message.  If the current CFITSIO status value is non-zero, also log
    17611938// the corresponding error message and the CFITSIO message stack.
    17621939
    1763 void SDFITSreader::logMsg(const char *msg)
     1940void SDFITSreader::log(LogOrigin origin, LogIO::Command cmd, const char *msg)
    17641941{
    1765   FITSreader::logMsg(msg);
     1942  LogIO os( origin ) ;
     1943
     1944  os << msg << endl ;
    17661945
    17671946  if (cStatus > 0) {
    17681947    fits_get_errstatus(cStatus, cMsg);
    1769     FITSreader::logMsg(cMsg);
     1948    os << cMsg << endl ;
    17701949
    17711950    while (fits_read_errmsg(cMsg)) {
    1772       FITSreader::logMsg(cMsg);
    1773     }
    1774   }
     1951      os << cMsg << endl ;
     1952    }
     1953  }
     1954  os << LogIO::POST ;
    17751955}
    17761956
    … …  
    21072287  if (cData[TIME].colnum >= 0) {
    21082288    readData(TIME, iRow, &utc);
     2289  } else if (cGBT) {
     2290    Int yy, mm ;
     2291    Double dd, hour, min, sec ;
     2292    sscanf( datobs, "%d-%d-%lfT%lf:%lf:%lf", &yy, &mm, &dd, &hour, &min, &sec ) ;
     2293    dd = dd + ( hour * 3600.0 + min * 60.0 + sec ) / 86400.0 ;
     2294    MVTime mvt( yy, mm, dd ) ;
     2295    dd = mvt.day() ;
     2296    utc = fmod( dd, 1.0 ) * 86400.0 ;
    21092297  } else if (cNAxisTime > 1) {
    21102298    double timeDelt, timeRefPix, timeRefVal;
    … …  
    21532341        short iPol)
    21542342{
     2343  const string methodName = "alfaCal()" ;
     2344
    21552345  int  calOn;
    21562346  char chars[32];
    … …  
    22052395  if (fits_read_subset_flt(cSDptr, cData[DATA].colnum, cNAxes, cNAxis,
    22062396      blc, trc, inc, 0, spectrum, &anynul, &cStatus)) {
    2207     logMsg();
     2397    log(LogOrigin( className, methodName, WHERE ), LogIO::SEVERE);
    22082398    delete [] blc;
    22092399    delete [] trc;

  • branches/mergetest/external/atnf/PKSIO/SDFITSreader.h

    r1720 r1779  
    4343#include <atnf/PKSIO/MBrecord.h>
    4444
     45#include <casa/Logging/LogIO.h>
     46
    4547#include <fitsio.h>
    4648
    4749using namespace std;
     50using namespace casa;
    4851
    4952// <summary>
    … …  
    121124    int  cBeam_1rel, cIF_1rel;
    122125
     126    // for GBT
     127    int *cPols ;
     128
    123129    enum {SCAN, CYCLE, DATE_OBS, TIME, EXPOSURE, OBJECT, OBJ_RA, OBJ_DEC,
    124130          RESTFRQ, OBSMODE, BEAM, IF, FqRefVal, FqDelt, FqRefPix, RA, DEC,
    … …  
    126132          BASELIN, BASESUB, DATA, FLAGGED, DATAXED, XPOLDATA, REFBEAM, TCAL,
    127133          TCALTIME, AZIMUTH, ELEVATIO, PARANGLE, FOCUSAXI, FOCUSTAN, FOCUSROT,
    128           TAMBIENT, PRESSURE, HUMIDITY, WINDSPEE, WINDDIRE, NDATA};
     134          TAMBIENT, PRESSURE, HUMIDITY, WINDSPEE, WINDDIRE, STOKES, SIG, CAL,
     135          VFRAME, RVSYS, VELDEF, NDATA};
    129136
    130137    // Message handling.
    131     virtual void logMsg(const char *msg = 0x0);
     138    void log(LogOrigin origin, LogIO::Command cmd, const char *msg = 0x0);
    132139
    133140    void findData(int iData, char *name, int type);
    … …  
    153160    // These are for GBT data.
    154161    int   cGBT, cFirstScanNo;
     162    double cGLastUTC[4] ;
     163    int cGLastScan[4] ;
     164    int cGCycleNo[4] ;
    155165};
    156166

  • branches/mergetest/external/atnf/PKSIO/SDFITSwriter.cc

    r1736 r1779  
    3535
    3636#include <atnf/PKSIO/MBrecord.h>
    37 #include <atnf/PKSIO/PKSmsg.h>
    3837#include <atnf/PKSIO/SDFITSwriter.h>
     38
     39#include <casa/Logging/LogIO.h>
    3940
    4041#include <casa/iostream.h>
    … …  
    5152// Factor to convert radians to degrees.
    5253const double R2D = 180.0 / PI;
     54
     55// Class name
     56const string className = "SDFITSwriter" ;
    5357
    5458//------------------------------------------------- SDFITSwriter::SDFITSwriter
    … …  
    5862  // Default constructor.
    5963  cSDptr = 0x0;
    60 
    61   // By default, messages are written to stderr.
    62   initMsg();
    6364}
    6465
    … …  
    9192        int    extraSysCal)
    9293{
     94  const string methodName = "create()" ;
     95
    9396  if (cSDptr) {
    94     logMsg("ERROR: Output file already open, close it first.");
     97    log(LogOrigin( className, methodName, WHERE ), LogIO::SEVERE, "Output file already open, close it first.");
    9598    return 1;
    9699  }
    97 
    98   // Clear the message stack.
    99   clearMsg();
    100100
    101101  // Prepend an '!' to the output name to force it to be overwritten.
    … …  
    107107  cStatus = 0;
    108108  if (fits_create_file(&cSDptr, sdname, &cStatus)) {
    109     sprintf(cMsg, "ERROR: Failed to create SDFITS file\n       %s", sdName);
    110     logMsg(cMsg);
     109    sprintf(cMsg, "Failed to create SDFITS file\n       %s", sdName);
     110    log(LogOrigin( className, methodName, WHERE ), LogIO::SEVERE, cMsg);
    111111    return cStatus;
    112112  }
    … …  
    156156  // Write required primary header keywords.
    157157  if (fits_write_imghdr(cSDptr, 8, 0, 0, &cStatus)) {
    158     logMsg("ERROR: Failed to write required primary header keywords.");
     158    log(LogOrigin( className, methodName, WHERE ), LogIO::SEVERE, "Failed to write required primary header keywords.");
    159159    return cStatus;
    160160  }
    … …  
    188188
    189189  if (cStatus) {
    190     logMsg("ERROR: Failed in writing primary header.");
     190    log(LogOrigin( className, methodName, WHERE ), LogIO::SEVERE, "Failed in writing primary header.");
    191191    return cStatus;
    192192  }
    … …  
    198198  if (fits_create_tbl(cSDptr, BINARY_TBL, nrow, ncol, NULL, NULL, NULL,
    199199      "SINGLE DISH", &cStatus)) {
    200     logMsg("ERROR: Failed to create a binary table extension.");
     200    log(LogOrigin( className, methodName, WHERE ), LogIO::SEVERE, "Failed to create a binary table extension.");
    201201    return 1;
    202202  }
    … …  
    548548
    549549  if (cStatus) {
    550     logMsg("ERROR: Failed in writing binary table header.");
     550    log(LogOrigin( className, methodName, WHERE ), LogIO::SEVERE, "Failed in writing binary table header.");
    551551  }
    552552
    … …  
    560560int SDFITSwriter::write(MBrecord &mbrec)
    561561{
     562  const string methodName = "write()" ;
     563  LogIO os( LogOrigin( className, methodName, WHERE ) ) ;
     564
    562565  char *cptr;
    563566
    … …  
    565568  int IFno = mbrec.IFno[0];
    566569  if (IFno < 1 || cNIF < IFno) {
    567     cerr << "SDFITSwriter::write: "
    568          << "Invalid IF number " << IFno
    569          << " (maximum " << cNIF << ")." << endl;
     570    os << LogIO::WARN
     571       << "SDFITSwriter::write: "
     572       << "Invalid IF number " << IFno
     573       << " (maximum " << cNIF << ")." << LogIO::POST ;
    570574    return 1;
    571575  }
    … …  
    574578  int nChan = cNChan[iIF];
    575579  if (mbrec.nChan[0] != nChan) {
    576     cerr << "SDFITSriter::write: "
    577          << "Wrong number of channels for IF " << IFno << "," << endl
    578          << "                    "
    579          << "got " << nChan << " should be " << mbrec.nChan[0] << "." << endl;
     580    os << LogIO::WARN
     581       << "SDFITSriter::write: "
     582       << "Wrong number of channels for IF " << IFno << "," << endl
     583       << "                    "
     584       << "got " << nChan << " should be " << mbrec.nChan[0] << "." << endl;
     585    os << LogIO::POST ;
    580586    return 1;
    581587  }
    … …  
    583589  int nPol = cNPol[iIF];
    584590  if (mbrec.nPol[0] != nPol) {
    585     cerr << "SDFITSriter::write: "
    586          << "Wrong number of polarizations for IF " << IFno << "," << endl
    587          << "                    "
    588          << "got " << nPol << " should be " << mbrec.nPol[0] << "." << endl;
     591    os << LogIO::WARN
     592       << "SDFITSriter::write: "
     593       << "Wrong number of polarizations for IF " << IFno << "," << endl
     594       << "                    "
     595       << "got " << nPol << " should be " << mbrec.nPol[0] << "." << endl;
     596    os << LogIO::POST ;
    589597    return 1;
    590598  }
    … …  
    768776
    769777  if (cStatus) {
    770     logMsg("ERROR: Failed in writing binary table entry.");
     778    log(LogOrigin( className, methodName, WHERE ), LogIO::SEVERE, "Failed in writing binary table entry.");
    771779  }
    772780
    … …  
    782790
    783791{
     792  const string methodName = "history()" ;
     793
    784794  if (!cSDptr) {
    785795    return 1;
    … …  
    787797
    788798  if (fits_write_history(cSDptr, text, &cStatus)) {
    789     logMsg("ERROR: Failed in writing HISTORY records.");
     799    log(LogOrigin( className, methodName, WHERE ), LogIO::SEVERE, "Failed in writing HISTORY records.");
    790800  }
    791801
    … …  
    799809void SDFITSwriter::close()
    800810{
     811  const string methodName = "close()" ;
     812
    801813  if (cSDptr) {
    802814    cStatus = 0;
    803815    if (fits_close_file(cSDptr, &cStatus)) {
    804       logMsg("ERROR: Failed to close file.");
     816      log(LogOrigin( className, methodName, WHERE ), LogIO::SEVERE, "Failed to close file.");
    805817    }
    806818
    … …  
    815827void SDFITSwriter::deleteFile()
    816828{
     829  const string methodName = "deleteFile()" ;
     830
    817831  if (cSDptr) {
    818832    cStatus = 0;
    819833    if (fits_delete_file(cSDptr, &cStatus)) {
    820       logMsg("ERROR: Failed to close and delete file.");
     834      log(LogOrigin( className, methodName, WHERE ), LogIO::SEVERE, "Failed to close and delete file.");
    821835    }
    822836
    … …  
    825839}
    826840
    827 //------------------------------------------------------- SDFITSwriter::logMsg
     841//------------------------------------------------------- SDFITSwriter::log
    828842
    829843// Log a message.  If the current CFITSIO status value is non-zero, also log
    830844// the corresponding error message and dump the CFITSIO message stack.
    831845
    832 void SDFITSwriter::logMsg(const char *msg)
     846void SDFITSwriter::log(LogOrigin origin, LogIO::Command cmd, const char *msg)
    833847{
    834   PKSmsg::logMsg(msg);
     848  LogIO os( origin ) ;
     849
     850  os << cmd << msg << endl ;
    835851
    836852  if (cStatus) {
    837853    fits_get_errstatus(cStatus, cMsg);
    838     PKSmsg::logMsg(cMsg);
     854    os << cMsg << endl ;
    839855
    840856    while (fits_read_errmsg(cMsg)) {
    841       PKSmsg::logMsg(cMsg);
    842     }
    843   }
     857      os << cMsg << endl ;
     858    }
     859  }
     860
     861  os << LogIO::POST ;
    844862}

  • branches/mergetest/external/atnf/PKSIO/SDFITSwriter.h

    r1720 r1779  
    3838
    3939#include <atnf/PKSIO/MBrecord.h>
    40 #include <atnf/PKSIO/PKSmsg.h>
     40#include <casa/Logging/LogIO.h>
    4141
    4242#include <fitsio.h>
    4343
    4444using namespace std;
     45using namespace casa;
    4546
    4647// <summary>
    … …  
    4849// </summary>
    4950
    50 class SDFITSwriter : public PKSmsg
     51class SDFITSwriter
    5152{
    5253  public:
    … …  
    9596    // Message handling.
    9697    char cMsg[256];
    97     virtual void logMsg(const char *msg = 0x0);
     98    void log(LogOrigin origin, LogIO::Command cmd, const char *msg = 0x0);
    9899};
    99100

  • branches/mergetest/external/atnf/PKSIO/makefile

    r1452 r1779  
    1 # $Id: makefile,v 19.0 2003-07-16 03:34:05 aips2adm Exp $
     1# $Id$
    22
    33XLIBLIST := CFITSIO RPFITS
    … …  
    55# Use the generic AIPS++ class implementation makefile.
    66#------------------------------------------------------
    7 include $(word 1, $(AIPSPATH))/code/install/makefile.imp
     7include $(word 1, $(CASAPATH))/code/install/makefile.imp

  • branches/mergetest/external/atnf/pks/makefile

    r1452 r1779  
    1 # $Id: makefile,v 19.0 2003-07-16 03:33:47 aips2adm Exp $
     1# $Id$
    22
    33# Use the generic AIPS++ class implementation makefile.
    44#------------------------------------------------------
    5 include $(word 1, $(AIPSPATH))/code/install/makefile.imp
     5include $(word 1, $(CASAPATH))/code/install/makefile.imp

  • branches/mergetest/external/atnf/pks/pks_maths.cc

    r1720 r1779  
    321321
    322322  // Azimuth and elevation (rad).
    323   az = atan2(-cos(dec)*sin(ha),
    324             sin(dec)*cos(lat) - cos(dec)*sin(lat)*cos(ha));
     323  az = atan2(cos(dec)*sin(ha),
     324             cos(dec)*sin(lat)*cos(ha) - sin(dec)*cos(lat));
     325  if (az < 0.0) az += C::_2pi;
    325326  el = asin(sin(dec)*sin(lat) + cos(dec)*cos(lat)*cos(ha));
    326327
    327   if (az < 0.0) az += C::_2pi;
    328328}
    329329

  • branches/mergetest/python/__init__.py

    r1739 r1779  
    99    from asap.compatibility import wraps as wraps_dec
    1010
    11 # Set up AIPSPATH and first time use of asap i.e. ~/.asap/*
     11# Set up CASAPATH and first time use of asap i.e. ~/.asap/*
    1212plf = None
    1313if sys.platform == "linux2":
    … …  
    2626    if os.path.exists(os.environ["ASAPDATA"]):
    2727        asapdata = os.environ["ASAPDATA"]
    28 # use AIPSPATH if defined and "data" dir present
    29 if not os.environ.has_key("AIPSPATH") or \
    30         not os.path.exists(os.environ["AIPSPATH"].split()[0]+"/data"):
    31     os.environ["AIPSPATH"] = "%s %s somwhere" % ( asapdata, plf)
     28# use CASAPATH if defined and "data" dir present
     29if not os.environ.has_key("CASAPATH") or \
     30        not os.path.exists(os.environ["CASAPATH"].split()[0]+"/data"):
     31    os.environ["CASAPATH"] = "%s %s somwhere" % ( asapdata, plf)
    3232# set up user space
    3333userdir = os.environ["HOME"]+"/.asap"
    … …  
    3535    print 'First time ASAP use. Setting up ~/.asap'
    3636    os.mkdir(userdir)
    37     shutil.copyfile(asapdata+"/data/ipythonrc-asap", userdir+"/ipythonrc-asap")
    38     shutil.copyfile(asapdata+"/data/ipy_user_conf.py",
    39                     userdir+"/ipy_user_conf.py")
     37    #shutil.copyfile(asapdata+"/data/ipythonrc-asap", userdir+"/ipythonrc-asap")
     38    # commented out by TT on 2009.06.23 for casapy use
     39    ##shutil.copyfile(asapdata+"/data/ipy_user_conf.py",
     40    ##                userdir+"/ipy_user_conf.py")
    4041    f = file(userdir+"/asapuserfuncs.py", "w")
    4142    f.close()
    4243    f = file(userdir+"/ipythonrc", "w")
    4344    f.close()
    44 else:
     45# commented out by TT on 2009.06.23 for casapy use
     46##else:
    4547    # upgrade to support later ipython versions
    46     if not os.path.exists(userdir+"/ipy_user_conf.py"):
    47         shutil.copyfile(asapdata+"/data/ipy_user_conf.py",
    48                         userdir+"/ipy_user_conf.py")
     48    ##if not os.path.exists(userdir+"/ipy_user_conf.py"):
     49    ##    shutil.copyfile(asapdata+"/data/ipy_user_conf.py",
     50    ##                    userdir+"/ipy_user_conf.py")
    4951
    5052# remove from namespace
    … …  
    110112    'plotter.histogram'  : [False, _validate_bool],
    111113    'plotter.papertype'  : ['A4', str],
    112     'plotter.axesformatting' : ['mpl', str],
     114    ## for older Matplotlib version
     115    #'plotter.axesformatting' : ['mpl', str],
     116    'plotter.axesformatting' : ['asap', str],
    113117
    114118    # scantable
    … …  
    218222        tup = line.split(':',1)
    219223        if len(tup) !=2:
    220             print ('Illegal line #%d\n\t%s\n\tin file "%s"' % (cnt, line, fname))
     224            #print ('Illegal line #%d\n\t%s\n\tin file "%s"' % (cnt, line, fname))
     225            asaplog.push('Illegal line #%d\n\t%s\n\tin file "%s"' % (cnt, line, fname))
     226            print_log('WARN')
    221227            continue
    222228
    … …  
    224230        key = key.strip()
    225231        if not defaultParams.has_key(key):
    226             print ('Bad key "%s" on line %d in %s' % (key, cnt, fname))
     232            #print ('Bad key "%s" on line %d in %s' % (key, cnt, fname))
     233            asaplog.push('Bad key "%s" on line %d in %s' % (key, cnt, fname))
     234            print_log('WARN')
    227235            continue
    228236
    … …  
    234242        try: cval = converter(val)   # try to convert to proper type or raise
    235243        except ValueError, msg:
    236             print ('Bad val "%s" on line #%d\n\t"%s"\n\tin file "%s"\n\t%s' % (val, cnt, line, fname, msg))
     244            #print ('Bad val "%s" on line #%d\n\t"%s"\n\tin file "%s"\n\t%s' % (val, cnt, line, fname, msg))
     245            asaplog.push('Bad val "%s" on line #%d\n\t"%s"\n\tin file "%s"\n\t%s' % (val, cnt, line, fname, str(msg)))
     246            print_log('WARN')
    237247            continue
    238248        else:
    … …  
    366376    return wrap_it
    367377
    368 def print_log():
    369     log = asaplog.pop().strip()
    370     if len(log) and rcParams['verbose']: print log
     378def print_log(level='INFO'):
     379    from taskinit import casalog
     380    log = asaplog.pop()
     381    #if len(log) and rcParams['verbose']: print log
     382    if len(log) and rcParams['verbose']: casalog.post( log, priority=level )
    371383    return
    372384
    … …  
    391403from simplelinefinder import simplelinefinder
    392404from linecatalog import linecatalog
     405from interactivemask import interactivemask
    393406from opacity import skydip
    394407from opacity import model as opacity_model
    … …  
    400413        if gui:
    401414            import matplotlib
    402             matplotlib.use("TkAgg")
     415            if not matplotlib.sys.modules['matplotlib.backends']: matplotlib.use("TkAgg")
    403416        from matplotlib import pylab
    404417        xyplotter = pylab
    … …  
    406419        del gui
    407420    except ImportError:
    408         print "Matplotlib not installed. No plotting available"
     421        #print "Matplotlib not installed. No plotting available"
     422        asaplog.post( "Matplotlib not installed. No plotting available")
     423        print_log('WARN')
    409424
    410425__date__ = '$Date$'.split()[1]
    411 __version__  = '$Revision$'
     426__version__  = '3.0.0 alma'
     427# nrao casapy specific, get revision number
     428#__revision__ = ' unknown '
     429casapath=os.environ["CASAPATH"].split()
     430#svninfo.txt path
     431if os.path.isdir(casapath[0]+'/'+casapath[1]+'/python/2.5/asap'):
     432    # for casa developer environment (linux or darwin)
     433    revinfo=casapath[0]+'/'+casapath[1]+'/python/2.5/asap/svninfo.txt'
     434else:
     435    # for end-user environments
     436    if casapath[1]=='darwin':
     437        revinfo=casapath[0]+'/Resources/python/asap/svninfo.txt'
     438    else:
     439        revinfo=casapath[0]+'/lib/python2.5/asap/svninfo.txt'
     440if os.path.isfile(revinfo):
     441    f = file(revinfo)
     442    f.readline()
     443    revsionno=f.readline()
     444    f.close()
     445    del f
     446    __revision__ = revsionno.rstrip()
     447else:
     448    __revision__ = ' unknown '
    412449
    413450def is_ipython():
    414451    return 'IPython' in sys.modules.keys()
    415 
    416452if is_ipython():
    417453    def version(): print  "ASAP %s(%s)"% (__version__, __date__)

  • branches/mergetest/python/asapfitter.py

    r1739 r1779  
    11import _asap
    22from asap import rcParams
    3 from asap import print_log_dec
     3from asap import print_log, print_log_dec
    44from asap import _n_bools
    55from asap import mask_and
     6from asap import asaplog
    67
    78class fitter:
    … …  
    5960            msg = "Please give a correct scan"
    6061            if rcParams['verbose']:
    61                 print msg
     62                #print msg
     63                asaplog.push(msg)
     64                print_log('ERROR')
    6265                return
    6366            else:
    … …  
    7982            lpoly:   use polynomial of the order given with linear least squares fit
    8083            gauss:   fit the number of gaussian specified
     84            lorentz: fit the number of lorentzian specified
    8185        Example:
    82             fitter.set_function(gauss=2) # will fit two gaussians
    8386            fitter.set_function(poly=3)  # will fit a 3rd order polynomial via nonlinear method
    8487            fitter.set_function(lpoly=3)  # will fit a 3rd order polynomial via linear method
     88            fitter.set_function(gauss=2) # will fit two gaussians
     89            fitter.set_function(lorentz=2) # will fit two lorentzians
    8590        """
    8691        #default poly order 0
    … …  
    102107            self.components = [ 3 for i in range(n) ]
    103108            self.uselinear = False
     109        elif kwargs.has_key('lorentz'):
     110            n = kwargs.get('lorentz')
     111            self.fitfunc = 'lorentz'
     112            self.fitfuncs = [ 'lorentz' for i in range(n) ]
     113            self.components = [ 3 for i in range(n) ]
     114            self.uselinear = False
    104115        else:
    105116            msg = "Invalid function type."
    106117            if rcParams['verbose']:
    107                 print msg
     118                #print msg
     119                asaplog.push(msg)
     120                print_log('ERROR')
    108121                return
    109122            else:
    … …  
    114127        return
    115128
    116     @print_log_dec
     129    #@print_log_dec
    117130    def fit(self, row=0, estimate=False):
    118131        """
    … …  
    135148            msg = "Fitter not yet initialised. Please set data & fit function"
    136149            if rcParams['verbose']:
    137                 print msg
     150                #print msg
     151                asaplog.push(msg)
     152                print_log('ERROR')
    138153                return
    139154            else:
    … …  
    145160                self.y = self.data._getspectrum(row)
    146161                self.mask = mask_and(self.mask, self.data._getmask(row))
    147                 from asap import asaplog
    148162                asaplog.push("Fitting:")
    149163                i = row
    … …  
    155169                asaplog.push(out,False)
    156170        self.fitter.setdata(self.x, self.y, self.mask)
    157         if self.fitfunc == 'gauss':
     171        if self.fitfunc == 'gauss' or self.fitfunc == 'lorentz':
    158172            ps = self.fitter.getparameters()
    159173            if len(ps) == 0 or estimate:
    … …  
    171185        except RuntimeError, msg:
    172186            if rcParams['verbose']:
    173                 print msg
     187                #print msg
     188                print_log()
     189                asaplog.push(str(msg))
     190                print_log('ERROR')
    174191            else:
    175192                raise
    176193        self._fittedrow = row
    177194        self.fitted = True
     195        print_log()
    178196        return
    179197
    … …  
    204222                self.data._addfit(fit,self._fittedrow)
    205223
    206     @print_log_dec
     224    #@print_log_dec
    207225    def set_parameters(self,*args,**kwargs):
    208226        """
    … …  
    228246            msg = "Please specify a fitting function first."
    229247            if rcParams['verbose']:
    230                 print msg
     248                #print msg
     249                asaplog.push(msg)
     250                print_log('ERROR')
    231251                return
    232252            else:
    233253                raise RuntimeError(msg)
    234         if self.fitfunc == "gauss" and component is not None:
     254        if (self.fitfunc == "gauss" or self.fitfunc == 'lorentz') and component is not None:
    235255            if not self.fitted and sum(self.fitter.getparameters()) == 0:
    236256                pars = _n_bools(len(self.components)*3, False)
    … …  
    247267        if fixed is not None:
    248268            self.fitter.setfixedparameters(fixed)
     269        print_log()
    249270        return
    250271
    … …  
    269290            msg = "Function only operates on Gaussian components."
    270291            if rcParams['verbose']:
    271                 print msg
     292                #print msg
     293                asaplog.push(msg)
     294                print_log('ERROR')
    272295                return
    273296            else:
    … …  
    280303            msg = "Please select a valid  component."
    281304            if rcParams['verbose']:
    282                 print msg
     305                #print msg
     306                asaplog.push(msg)
     307                print_log('ERROR')
    283308                return
    284309            else:
    285310                raise ValueError(msg)
    286311
     312    def set_lorentz_parameters(self, peak, centre, fwhm,
     313                             peakfixed=0, centrefixed=0,
     314                             fwhmfixed=0,
     315                             component=0):
     316        """
     317        Set the Parameters of a 'Lorentzian' component, set with set_function.
     318        Parameters:
     319            peak, centre, fwhm:  The gaussian parameters
     320            peakfixed,
     321            centrefixed,
     322            fwhmfixed:           Optional parameters to indicate if
     323                                 the paramters should be held fixed during
     324                                 the fitting process. The default is to keep
     325                                 all parameters flexible.
     326            component:           The number of the component (Default is the
     327                                 component 0)
     328        """
     329        if self.fitfunc != "lorentz":
     330            msg = "Function only operates on Lorentzian components."
     331            if rcParams['verbose']:
     332                #print msg
     333                asaplog.push(msg)
     334                print_log('ERROR')
     335                return
     336            else:
     337                raise ValueError(msg)
     338        if 0 <= component < len(self.components):
     339            d = {'params':[peak, centre, fwhm],
     340                 'fixed':[peakfixed, centrefixed, fwhmfixed]}
     341            self.set_parameters(d, component)
     342        else:
     343            msg = "Please select a valid  component."
     344            if rcParams['verbose']:
     345                #print msg
     346                asaplog.push(msg)
     347                print_log('ERROR')
     348                return
     349            else:
     350                raise ValueError(msg)
     351
    287352    def get_area(self, component=None):
    288353        """
    289         Return the area under the fitted gaussian component.
    290         Parameters:
    291               component:   the gaussian component selection,
     354        Return the area under the fitted gaussian/lorentzian component.
     355        Parameters:
     356              component:   the gaussian/lorentzian component selection,
    292357                           default (None) is the sum of all components
    293358        Note:
    294               This will only work for gaussian fits.
     359              This will only work for gaussian/lorentzian fits.
    295360        """
    296361        if not self.fitted: return
    297         if self.fitfunc == "gauss":
     362        if self.fitfunc == "gauss" or self.fitfunc == "lorentz":
    298363            pars = list(self.fitter.getparameters())
    299364            from math import log,pi,sqrt
    300             fac = sqrt(pi/log(16.0))
     365            if self.fitfunc == "gauss":
     366                fac = sqrt(pi/log(16.0))
     367            elif self.fitfunc == "lorentz":
     368                fac = pi/2.0
    301369            areas = []
    302370            for i in range(len(self.components)):
    … …  
    321389            msg = "Not yet fitted."
    322390            if rcParams['verbose']:
    323                 print msg
     391                #print msg
     392                asaplog.push(msg)
     393                print_log('ERROR')
    324394                return
    325395            else:
    … …  
    328398        cerrs = errs
    329399        if component is not None:
    330             if self.fitfunc == "gauss":
     400            if self.fitfunc == "gauss" or self.fitfunc == "lorentz":
    331401                i = 3*component
    332402                if i < len(errs):
    … …  
    344414            msg = "Not yet fitted."
    345415            if rcParams['verbose']:
    346                 print msg
     416                #print msg
     417                asaplog.push(msg)
     418                print_log('ERROR')
    347419                return
    348420            else:
    … …  
    353425        area = []
    354426        if component is not None:
    355             if self.fitfunc == "gauss":
     427            if self.fitfunc == "gauss" or self.fitfunc == "lorentz":
    356428                i = 3*component
    357429                cpars = pars[i:i+3]
    … …  
    368440            cfixed = fixed
    369441            cerrs = errs
    370             if self.fitfunc == "gauss":
     442            if self.fitfunc == "gauss" or self.fitfunc == "lorentz":
    371443                for c in range(len(self.components)):
    372444                  a = self.get_area(c)
    … …  
    374446        fpars = self._format_pars(cpars, cfixed, errors and cerrs, area)
    375447        if rcParams['verbose']:
    376             print fpars
     448            #print fpars
     449            asaplog.push(fpars)
     450            print_log()
    377451        return {'params':cpars, 'fixed':cfixed, 'formatted': fpars,
    378452                'errors':cerrs}
    … …  
    391465                c+=1
    392466            out = out[:-1]  # remove trailing ','
    393         elif self.fitfunc == 'gauss':
     467        elif self.fitfunc == 'gauss' or self.fitfunc == 'lorentz':
    394468            i = 0
    395469            c = 0
    … …  
    415489        fixed = self.fitter.getfixedparameters()
    416490        if rcParams['verbose']:
    417             print self._format_pars(pars,fixed,None)
     491            #print self._format_pars(pars,fixed,None)
     492            asaplog.push(self._format_pars(pars,fixed,None))
     493            print_log()
    418494        return pars
    419495
    … …  
    425501            msg = "Not yet fitted."
    426502            if rcParams['verbose']:
    427                 print msg
     503                #print msg
     504                asaplog.push(msg)
     505                print_log('ERROR')
    428506                return
    429507            else:
    … …  
    438516            msg = "Not yet fitted."
    439517            if rcParams['verbose']:
    440                 print msg
     518                #print msg
     519                asaplog.push(msg)
     520                print_log('ERROR')
    441521                return
    442522            else:
    … …  
    444524        ch2 = self.fitter.getchi2()
    445525        if rcParams['verbose']:
    446             print 'Chi^2 = %3.3f' % (ch2)
     526            #print 'Chi^2 = %3.3f' % (ch2)
     527            asaplog.push( 'Chi^2 = %3.3f' % (ch2) )
     528            print_log()
    447529        return ch2
    448530
    … …  
    454536            msg = "Not yet fitted."
    455537            if rcParams['verbose']:
    456                 print msg
     538                #print msg
     539                asaplog.push(msg)
     540                print_log('ERROR')
    457541                return
    458542            else:
    … …  
    460544        return self.fitter.getfit()
    461545
    462     @print_log_dec
     546    #@print_log_dec
    463547    def commit(self):
    464548        """
    … …  
    468552            msg = "Not yet fitted."
    469553            if rcParams['verbose']:
    470                 print msg
     554                #print msg
     555                asaplog.push(msg)
     556                print_log('ERROR')
    471557                return
    472558            else:
    … …  
    476562            msg = "Not a scantable"
    477563            if rcParams['verbose']:
    478                 print msg
     564                #print msg
     565                asaplog.push(msg)
     566                print_log('ERROR')
    479567                return
    480568            else:
    … …  
    482570        scan = self.data.copy()
    483571        scan._setspectrum(self.fitter.getresidual())
     572        print_log()
    484573        return scan
    485574
    486     @print_log_dec
     575    #@print_log_dec
    487576    def plot(self, residual=False, components=None, plotparms=False,
    488577             filename=None):
    … …  
    525614
    526615        colours = ["#777777","#dddddd","red","orange","purple","green","magenta", "cyan"]
     616        nomask=True
     617        for i in range(len(m)):
     618            nomask = nomask and m[i]
     619        label0='Masked Region'
     620        label1='Spectrum'
     621        if ( nomask ):
     622            label0=label1
     623        else:
     624            y = ma.masked_array( self.y, mask = m )
     625            self._p.palette(1,colours)
     626            self._p.set_line( label = label1 )
     627            self._p.plot( self.x, y )
    527628        self._p.palette(0,colours)
    528         self._p.set_line(label='Spectrum')
     629        self._p.set_line(label=label0)
    529630        y = ma.masked_array(self.y,mask=logical_not(m))
    530631        self._p.plot(self.x, y)
    531632        if residual:
    532             self._p.palette(1)
     633            self._p.palette(7)
    533634            self._p.set_line(label='Residual')
    534635            y = ma.masked_array(self.get_residual(),
    … …  
    571672        if (not rcParams['plotter.gui']):
    572673            self._p.save(filename)
    573 
    574     @print_log_dec
     674        print_log()
     675
     676    #@print_log_dec
    575677    def auto_fit(self, insitu=None, plot=False):
    576678        """
    … …  
    583685            msg = "Data is not a scantable"
    584686            if rcParams['verbose']:
    585                 print msg
     687                #print msg
     688                asaplog.push(msg)
     689                print_log('ERROR')
    586690                return
    587691            else:
    … …  
    593697            scan = self.data
    594698        rows = xrange(scan.nrow())
    595         from asap import asaplog
     699        # Save parameters of baseline fits as a class attribute.
     700        # NOTICE: This does not reflect changes in scantable!
     701        if len(rows) > 0: self.blpars=[]
    596702        asaplog.push("Fitting:")
    597703        for r in rows:
    … …  
    608714            self.fit()
    609715            x = self.get_parameters()
     716            fpar = self.get_parameters()
    610717            if plot:
    611718                self.plot(residual=True)
    612719                x = raw_input("Accept fit ([y]/n): ")
    613720                if x.upper() == 'N':
     721                    self.blpars.append(None)
    614722                    continue
    615723            scan._setspectrum(self.fitter.getresidual(), r)
     724            self.blpars.append(fpar)
    616725        if plot:
    617726            self._p.unmap()
    618727            self._p = None
     728        print_log()
    619729        return scan

  • branches/mergetest/python/asaplot.py

    r1564 r1779  
    66
    77from matplotlib.backends.backend_agg import FigureCanvasAgg
     8from matplotlib.backend_bases import FigureManagerBase
    89
    910class asaplot(asaplotbase):
    … …  
    2223        asaplotbase.__init__(self,**v)
    2324        self.canvas = FigureCanvasAgg(self.figure)
     25        self.figmgr = FigureManagerBase(self.canvas,1)

  • branches/mergetest/python/asaplotbase.py

    r1739 r1779  
    2121    from matplotlib.transforms import blend_xy_sep_transform as blended_transform_factory
    2222
     23from asap import asaplog
     24
    2325if int(matplotlib.__version__.split(".")[1]) < 87:
    24     print "Warning: matplotlib version < 0.87. This might cause errors. Please upgrade."
     26    #print "Warning: matplotlib version < 0.87. This might cause errors. Please upgrade."
     27    asaplog.push( "matplotlib version < 0.87. This might cause errors. Please upgrade." )
     28    print_log( 'WARN' )
    2529
    2630class asaplotbase:
    … …  
    147151        from numpy import array
    148152        from numpy.ma import MaskedArray
    149 
    150153        if x is None:
    151154            if y is None: return
    … …  
    168171            ymsk = y.mask
    169172            ydat = y.data
    170 
    171173        for i in range(l2):
    172174            x2[i] = x[i/2]
    … …  
    280282
    281283
    282     def get_region(self):
    283         pos = []
    284         print "Please select the bottom/left point"
    285         pos.append(self.figure.ginput(n=1, show_clicks=False)[0])
    286         print "Please select the top/right point"
    287         pos.append(self.figure.ginput(n=1, show_clicks=False)[0])
    288         return pos
    289 
    290     def get_point(self):
    291         print "Please select the point"
    292         pt = self.figure.ginput(n=1, show_clicks=False)
    293         if pt:
    294             return pt[0]
    295         else:
    296             return None
     284#     def get_region(self):
     285#         pos = []
     286#         print "Please select the bottom/left point"
     287#         pos.append(self.figure.ginput(n=1, show_clicks=False)[0])
     288#         print "Please select the top/right point"
     289#         pos.append(self.figure.ginput(n=1, show_clicks=False)[0])
     290#         return pos
     291
     292#     def get_point(self):
     293#         print "Please select the point"
     294#         pt = self.figure.ginput(n=1, show_clicks=False)
     295#         if pt:
     296#             return pt[0]
     297#         else:
     298#             return None
    297299
    298300    def region(self):
    … …  
    304306
    305307        def region_start(event):
    306             height = self.canvas.figure.bbox.height()
    307             self.rect = {'fig': None, 'height': height,
    308                          'x': event.x, 'y': height - event.y,
     308            self.rect = {'x': event.x, 'y': event.y,
    309309                         'world': [event.xdata, event.ydata,
    310310                                   event.xdata, event.ydata]}
    … …  
    314314
    315315        def region_draw(event):
    316             self.canvas._tkcanvas.delete(self.rect['fig'])
    317             self.rect['fig'] = self.canvas._tkcanvas.create_rectangle(
    318                                 self.rect['x'], self.rect['y'],
    319                                 event.x, self.rect['height'] - event.y)
    320 
     316            self.figmgr.toolbar.draw_rubberband(event, event.x, event.y,
     317                                                self.rect['x'], self.rect['y'])
     318           
    321319        def region_disable(event):
    322320            self.register('motion_notify', None)
    323321            self.register('button_release', None)
    324 
    325             self.canvas._tkcanvas.delete(self.rect['fig'])
    326322
    327323            self.rect['world'][2:4] = [event.xdata, event.ydata]
    … …  
    329325                self.rect['world'][1], self.rect['world'][2],
    330326                self.rect['world'][3])
     327            self.figmgr.toolbar.release(event)
    331328
    332329        self.register('button_press', region_start)
    … …  
    381378                self.events[type] = None
    382379
    383                 # It seems to be necessary to return events to the toolbar.
    384                 if type == 'motion_notify':
    385                     self.canvas.mpl_connect(type + '_event',
    386                         self.figmgr.toolbar.mouse_move)
    387                 elif type == 'button_press':
    388                     self.canvas.mpl_connect(type + '_event',
    389                         self.figmgr.toolbar.press)
    390                 elif type == 'button_release':
    391                     self.canvas.mpl_connect(type + '_event',
    392                         self.figmgr.toolbar.release)
     380                # It seems to be necessary to return events to the toolbar. <-- Not ture. 2010.Jul.14.kana.
     381                #if type == 'motion_notify':
     382                #    self.canvas.mpl_connect(type + '_event',
     383                #        self.figmgr.toolbar.mouse_move)
     384                #elif type == 'button_press':
     385                #    self.canvas.mpl_connect(type + '_event',
     386                #        self.figmgr.toolbar.press)
     387                #elif type == 'button_release':
     388                #    self.canvas.mpl_connect(type + '_event',
     389                #        self.figmgr.toolbar.release)
    393390
    394391        else:
    … …  
    459456                    print 'Written file %s' % (fname)
    460457            except IOError, msg:
    461                 print 'Failed to save %s: Error msg was\n\n%s' % (fname, msg)
     458                #print 'Failed to save %s: Error msg was\n\n%s' % (fname, err)
     459                print_log()
     460                asaplog.push('Failed to save %s: Error msg was\n\n%s' % (fname, str(msg)))
     461                print_log( 'ERROR' )
    462462                return
    463463        else:
    464             print "Invalid image type. Valid types are:"
    465             print "'ps', 'eps', 'png'"
     464            #print "Invalid image type. Valid types are:"
     465            #print "'ps', 'eps', 'png'"
     466            asaplog.push( "Invalid image type. Valid types are:" )
     467            asaplog.push( "'ps', 'eps', 'png'" )
     468            print_log('WARN')
    466469
    467470
    … …  
    575578
    576579
    577     def set_panels(self, rows=1, cols=0, n=-1, nplots=-1, ganged=True):
     580    #def set_panels(self, rows=1, cols=0, n=-1, nplots=-1, ganged=True):
     581    def set_panels(self, rows=1, cols=0, n=-1, nplots=-1, layout=None,ganged=True):
    578582        """
    579583        Set the panel layout.
    … …  
    598602            self.set_title()
    599603
     604        if layout:
     605            lef, bot, rig, top, wsp, hsp = layout
     606            self.figure.subplots_adjust(
     607                left=lef,bottom=bot,right=rig,top=top,wspace=wsp,hspace=hsp)
     608            del lef,bot,rig,top,wsp,hsp
     609
    600610        if rows < 1: rows = 1
    601611
    … …  
    610620        if 0 <= n < rows*cols:
    611621            i = len(self.subplots)
     622
    612623            self.subplots.append({})
    613624
    … …  
    644655                                                cols, i+1)
    645656                        if asaprcParams['plotter.axesformatting'] != 'mpl':
    646 
     657                           
    647658                            self.subplots[i]['axes'].xaxis.set_major_formatter(OldScalarFormatter())
    648659                    else:
    … …  
    671682                self.cols = cols
    672683            self.subplot(0)
     684        del rows,cols,n,nplots,layout,ganged,i
    673685
    674686    def tidy(self):
    … …  
    725737                        sp['axes'].legend((' '))
    726738
    727 
    728739            from matplotlib.artist import setp
    729740            fpx = FP(size=rcParams['xtick.labelsize'])
    … …  
    734745            fpat = FP(size=rcParams['axes.titlesize'])
    735746            axsize =  fpa.get_size_in_points()
    736             tsize =  fpat.get_size_in_points()
     747            tsize =  fpat.get_size_in_points()-(self.cols)/2
    737748            for sp in self.subplots:
    738749                ax = sp['axes']
    739                 off = 0
    740                 if len(self.subplots) > 1:
    741                     off = self.cols+self.rows
    742                 ax.title.set_size(tsize-off)
     750                ax.title.set_size(tsize)
    743751                setp(ax.get_xticklabels(), fontsize=xts)
    744752                setp(ax.get_yticklabels(), fontsize=yts)
    745753                off = 0
    746                 if self.cols > 1:
    747                     off = self.cols
     754                if self.cols > 1: off = self.cols
    748755                ax.xaxis.label.set_size(axsize-off)
    749                 if self.rows > 1:
    750                     off = self.rows
     756                off = 0
     757                if self.rows > 1: off = self.rows
    751758                ax.yaxis.label.set_size(axsize-off)
    752759

  • branches/mergetest/python/asaplotgui.py

    r1563 r1779  
    5656        self.window.lift()
    5757
    58     def position(self):
    59         """
    60         Use the mouse to get a position from a graph.
    61         """
    62 
    63         def position_disable(event):
    64             self.register('button_press', None)
    65             print '%.4f, %.4f' % (event.xdata, event.ydata)
    66 
    67         print 'Press any mouse button...'
    68         self.register('button_press', position_disable)
    69 
    70 
    7158    def quit(self):
    7259        """
    … …  
    7461        """
    7562        self.window.destroy()
    76 
    77 
    78     def region(self):
    79         """
    80         Use the mouse to get a rectangular region from a plot.
    81 
    82         The return value is [x0, y0, x1, y1] in world coordinates.
    83         """
    84 
    85         def region_start(event):
    86             height = self.canvas.figure.bbox.height()
    87             self.rect = {'fig': None, 'height': height,
    88                          'x': event.x, 'y': height - event.y,
    89                          'world': [event.xdata, event.ydata,
    90                                    event.xdata, event.ydata]}
    91             self.register('button_press', None)
    92             self.register('motion_notify', region_draw)
    93             self.register('button_release', region_disable)
    94 
    95         def region_draw(event):
    96             self.canvas._tkcanvas.delete(self.rect['fig'])
    97             self.rect['fig'] = self.canvas._tkcanvas.create_rectangle(
    98                                 self.rect['x'], self.rect['y'],
    99                                 event.x, self.rect['height'] - event.y)
    100 
    101         def region_disable(event):
    102             self.register('motion_notify', None)
    103             self.register('button_release', None)
    104 
    105             self.canvas._tkcanvas.delete(self.rect['fig'])
    106 
    107             self.rect['world'][2:4] = [event.xdata, event.ydata]
    108             print '(%.2f, %.2f)  (%.2f, %.2f)' % (self.rect['world'][0],
    109                 self.rect['world'][1], self.rect['world'][2],
    110                 self.rect['world'][3])
    111 
    112         self.register('button_press', region_start)
    113 
    114         # This has to be modified to block and return the result (currently
    115         # printed by region_disable) when that becomes possible in matplotlib.
    116 
    117         return [0.0, 0.0, 0.0, 0.0]
    118 
    119 
    120     def register(self, type=None, func=None):
    121         """
    122         Register, reregister, or deregister events of type 'button_press',
    123         'button_release', or 'motion_notify'.
    124 
    125         The specified callback function should have the following signature:
    126 
    127             def func(event)
    128 
    129         where event is an MplEvent instance containing the following data:
    130 
    131             name                # Event name.
    132             canvas              # FigureCanvas instance generating the event.
    133             x      = None       # x position - pixels from left of canvas.
    134             y      = None       # y position - pixels from bottom of canvas.
    135             button = None       # Button pressed: None, 1, 2, 3.
    136             key    = None       # Key pressed: None, chr(range(255)), shift,
    137                                   win, or control
    138             inaxes = None       # Axes instance if cursor within axes.
    139             xdata  = None       # x world coordinate.
    140             ydata  = None       # y world coordinate.
    141 
    142         For example:
    143 
    144             def mouse_move(event):
    145                 print event.xdata, event.ydata
    146 
    147             a = asaplot()
    148             a.register('motion_notify', mouse_move)
    149 
    150         If func is None, the event is deregistered.
    151 
    152         Note that in TkAgg keyboard button presses don't generate an event.
    153         """
    154 
    155         if not self.events.has_key(type): return
    156 
    157         if func is None:
    158             if self.events[type] is not None:
    159                 # It's not clear that this does anything.
    160                 self.canvas.mpl_disconnect(self.events[type])
    161                 self.events[type] = None
    162 
    163                 # It seems to be necessary to return events to the toolbar.
    164                 if type == 'motion_notify':
    165                     self.canvas.mpl_connect(type + '_event',
    166                         self.figmgr.toolbar.mouse_move)
    167                 elif type == 'button_press':
    168                     self.canvas.mpl_connect(type + '_event',
    169                         self.figmgr.toolbar.press)
    170                 elif type == 'button_release':
    171                     self.canvas.mpl_connect(type + '_event',
    172                         self.figmgr.toolbar.release)
    173 
    174         else:
    175             self.events[type] = self.canvas.mpl_connect(type + '_event', func)
    176 
    17763
    17864    def show(self, hardrefresh=True):

  • branches/mergetest/python/asaplotgui_gtk.py

    r1563 r1779  
    5757        #self.window.lift()
    5858
    59     def position(self):
    60         """
    61         Use the mouse to get a position from a graph.
    62         """
    63 
    64         def position_disable(event):
    65             self.register('button_press', None)
    66             print '%.4f, %.4f' % (event.xdata, event.ydata)
    67 
    68         print 'Press any mouse button...'
    69         self.register('button_press', position_disable)
     59#     def position(self):
     60#         """
     61#         Use the mouse to get a position from a graph.
     62#         """
     63
     64#         def position_disable(event):
     65#             self.register('button_press', None)
     66#             print '%.4f, %.4f' % (event.xdata, event.ydata)
     67
     68#         print 'Press any mouse button...'
     69#         self.register('button_press', position_disable)
    7070
    7171
    … …  
    7777
    7878
    79     def region(self):
    80         """
    81         Use the mouse to get a rectangular region from a plot.
    82 
    83         The return value is [x0, y0, x1, y1] in world coordinates.
    84         """
    85 
    86         def region_start(event):
    87             height = self.canvas.figure.bbox.height()
    88             self.rect = {'fig': None, 'height': height,
    89                          'x': event.x, 'y': height - event.y,
    90                          'world': [event.xdata, event.ydata,
    91                                    event.xdata, event.ydata]}
    92             self.register('button_press', None)
    93             self.register('motion_notify', region_draw)
    94             self.register('button_release', region_disable)
    95 
    96         def region_draw(event):
    97             self.canvas._tkcanvas.delete(self.rect['fig'])
    98             self.rect['fig'] = self.canvas._tkcanvas.create_rectangle(
    99                                 self.rect['x'], self.rect['y'],
    100                                 event.x, self.rect['height'] - event.y)
    101 
    102         def region_disable(event):
    103             self.register('motion_notify', None)
    104             self.register('button_release', None)
    105 
    106             self.canvas._tkcanvas.delete(self.rect['fig'])
    107 
    108             self.rect['world'][2:4] = [event.xdata, event.ydata]
    109             print '(%.2f, %.2f)  (%.2f, %.2f)' % (self.rect['world'][0],
    110                 self.rect['world'][1], self.rect['world'][2],
    111                 self.rect['world'][3])
    112 
    113         self.register('button_press', region_start)
    114 
    115         # This has to be modified to block and return the result (currently
    116         # printed by region_disable) when that becomes possible in matplotlib.
    117 
    118         return [0.0, 0.0, 0.0, 0.0]
    119 
    120 
    121     def register(self, type=None, func=None):
    122         """
    123         Register, reregister, or deregister events of type 'button_press',
    124         'button_release', or 'motion_notify'.
    125 
    126         The specified callback function should have the following signature:
    127 
    128             def func(event)
    129 
    130         where event is an MplEvent instance containing the following data:
    131 
    132             name                # Event name.
    133             canvas              # FigureCanvas instance generating the event.
    134             x      = None       # x position - pixels from left of canvas.
    135             y      = None       # y position - pixels from bottom of canvas.
    136             button = None       # Button pressed: None, 1, 2, 3.
    137             key    = None       # Key pressed: None, chr(range(255)), shift,
    138                                   win, or control
    139             inaxes = None       # Axes instance if cursor within axes.
    140             xdata  = None       # x world coordinate.
    141             ydata  = None       # y world coordinate.
    142 
    143         For example:
    144 
    145             def mouse_move(event):
    146                 print event.xdata, event.ydata
    147 
    148             a = asaplot()
    149             a.register('motion_notify', mouse_move)
    150 
    151         If func is None, the event is deregistered.
    152 
    153         Note that in TkAgg keyboard button presses don't generate an event.
    154         """
    155 
    156         if not self.events.has_key(type): return
    157 
    158         if func is None:
    159             if self.events[type] is not None:
    160                 # It's not clear that this does anything.
    161                 self.canvas.mpl_disconnect(self.events[type])
    162                 self.events[type] = None
    163 
    164                 # It seems to be necessary to return events to the toolbar.
    165                 if type == 'motion_notify':
    166                     self.canvas.mpl_connect(type + '_event',
    167                         self.figmgr.toolbar.mouse_move)
    168                 elif type == 'button_press':
    169                     self.canvas.mpl_connect(type + '_event',
    170                         self.figmgr.toolbar.press)
    171                 elif type == 'button_release':
    172                     self.canvas.mpl_connect(type + '_event',
    173                         self.figmgr.toolbar.release)
    174 
    175         else:
    176             self.events[type] = self.canvas.mpl_connect(type + '_event', func)
     79#     def region(self):
     80#         """
     81#         Use the mouse to get a rectangular region from a plot.
     82
     83#         The return value is [x0, y0, x1, y1] in world coordinates.
     84#         """
     85
     86#         def region_start(event):
     87#             height = self.canvas.figure.bbox.height()
     88#             self.rect = {'fig': None, 'height': height,
     89#                          'x': event.x, 'y': height - event.y,
     90#                          'world': [event.xdata, event.ydata,
     91#                                    event.xdata, event.ydata]}
     92#             self.register('button_press', None)
     93#             self.register('motion_notify', region_draw)
     94#             self.register('button_release', region_disable)
     95
     96#         def region_draw(event):
     97#             self.canvas._tkcanvas.delete(self.rect['fig'])
     98#             self.rect['fig'] = self.canvas._tkcanvas.create_rectangle(
     99#                                 self.rect['x'], self.rect['y'],
     100#                                 event.x, self.rect['height'] - event.y)
     101
     102#         def region_disable(event):
     103#             self.register('motion_notify', None)
     104#             self.register('button_release', None)
     105
     106#             self.canvas._tkcanvas.delete(self.rect['fig'])
     107
     108#             self.rect['world'][2:4] = [event.xdata, event.ydata]
     109#             print '(%.2f, %.2f)  (%.2f, %.2f)' % (self.rect['world'][0],
     110#                 self.rect['world'][1], self.rect['world'][2],
     111#                 self.rect['world'][3])
     112
     113#         self.register('button_press', region_start)
     114
     115#         # This has to be modified to block and return the result (currently
     116#         # printed by region_disable) when that becomes possible in matplotlib.
     117
     118#         return [0.0, 0.0, 0.0, 0.0]
     119
     120
     121#     def register(self, type=None, func=None):
     122#         """
     123#         Register, reregister, or deregister events of type 'button_press',
     124#         'button_release', or 'motion_notify'.
     125
     126#         The specified callback function should have the following signature:
     127
     128#             def func(event)
     129
     130#         where event is an MplEvent instance containing the following data:
     131
     132#             name                # Event name.
     133#             canvas              # FigureCanvas instance generating the event.
     134#             x      = None       # x position - pixels from left of canvas.
     135#             y      = None       # y position - pixels from bottom of canvas.
     136#             button = None       # Button pressed: None, 1, 2, 3.
     137#             key    = None       # Key pressed: None, chr(range(255)), shift,
     138#                                   win, or control
     139#             inaxes = None       # Axes instance if cursor within axes.
     140#             xdata  = None       # x world coordinate.
     141#             ydata  = None       # y world coordinate.
     142
     143#         For example:
     144
     145#             def mouse_move(event):
     146#                 print event.xdata, event.ydata
     147
     148#             a = asaplot()
     149#             a.register('motion_notify', mouse_move)
     150
     151#         If func is None, the event is deregistered.
     152
     153#         Note that in TkAgg keyboard button presses don't generate an event.
     154#         """
     155
     156#         if not self.events.has_key(type): return
     157
     158#         if func is None:
     159#             if self.events[type] is not None:
     160#                 # It's not clear that this does anything.
     161#                 self.canvas.mpl_disconnect(self.events[type])
     162#                 self.events[type] = None
     163
     164#                 # It seems to be necessary to return events to the toolbar.
     165#                 if type == 'motion_notify':
     166#                     self.canvas.mpl_connect(type + '_event',
     167#                         self.figmgr.toolbar.mouse_move)
     168#                 elif type == 'button_press':
     169#                     self.canvas.mpl_connect(type + '_event',
     170#                         self.figmgr.toolbar.press)
     171#                 elif type == 'button_release':
     172#                     self.canvas.mpl_connect(type + '_event',
     173#                         self.figmgr.toolbar.release)
     174
     175#         else:
     176#             self.events[type] = self.canvas.mpl_connect(type + '_event', func)
    177177
    178178

  • branches/mergetest/python/asapmath.py

    r1591 r1779  
    11from asap.scantable import scantable
    22from asap import rcParams
    3 from asap import print_log_dec
     3from asap import print_log, print_log_dec
    44from asap import selector
    5 
    6 @print_log_dec
     5from asap import asaplog
     6from asap import asaplotgui
     7
     8#@print_log_dec
    79def average_time(*args, **kwargs):
    810    """
    … …  
    4648    if kwargs.has_key('align'):
    4749        align = kwargs.get('align')
     50    compel = False
     51    if kwargs.has_key('compel'):
     52        compel = kwargs.get('compel')
    4853    varlist = vars()
    4954    if isinstance(args[0],list):
    … …  
    6469            msg = "Please give a list of scantables"
    6570            if rcParams['verbose']:
    66                 print msg
     71                #print msg
     72                asaplog.push(msg)
     73                print_log('ERROR')
    6774                return
    6875            else:
    … …  
    8794        del merged
    8895    else:
    89         s = scantable(stm._average(alignedlst, mask, weight.upper(), scanav))
     96        #s = scantable(stm._average(alignedlst, mask, weight.upper(), scanav))
     97        s = scantable(stm._new_average(alignedlst, compel, mask, weight.upper(), scanav))
    9098    s._add_history("average_time",varlist)
     99    print_log()
    91100    return s
    92101
    … …  
    111120    s = scantable(stm._quotient(source, reference, preserve))
    112121    s._add_history("quotient",varlist)
     122    print_log()
    113123    return s
    114124
    115 @print_log_dec
     125#@print_log_dec
    116126def dototalpower(calon, caloff, tcalval=0.0):
    117127    """
    … …  
    129139    s = scantable(stm._dototalpower(calon, caloff, tcalval))
    130140    s._add_history("dototalpower",varlist)
     141    print_log()
    131142    return s
    132143
    133 @print_log_dec
     144#@print_log_dec
    134145def dosigref(sig, ref, smooth, tsysval=0.0, tauval=0.0):
    135146    """
    … …  
    149160    s = scantable(stm._dosigref(sig, ref, smooth, tsysval, tauval))
    150161    s._add_history("dosigref",varlist)
     162    print_log()
    151163    return s
    152164
    153 @print_log_dec
    154 def calps(scantab, scannos, smooth=1, tsysval=0.0, tauval=0.0, tcalval=0.0):
     165#@print_log_dec
     166def calps(scantab, scannos, smooth=1, tsysval=0.0, tauval=0.0, tcalval=0.0, verify=False):
    155167    """
    156168    Calibrate GBT position switched data
    … …  
    176188    varlist = vars()
    177189    # check for the appropriate data
    178     s = scantab.get_scan('*_ps*')
    179     if s is None:
     190##    s = scantab.get_scan('*_ps*')
     191##     if s is None:
     192##         msg = "The input data appear to contain no position-switch mode data."
     193##         if rcParams['verbose']:
     194##             #print msg
     195##             asaplog.push(msg)
     196##             print_log('ERROR')
     197##             return
     198##         else:
     199##             raise TypeError(msg)
     200    s = scantab.copy()
     201    from asap._asap import srctype
     202    sel = selector()
     203    sel.set_types( srctype.pson )
     204    try:
     205        scantab.set_selection( sel )
     206    except Exception, e:
    180207        msg = "The input data appear to contain no position-switch mode data."
    181208        if rcParams['verbose']:
    182             print msg
     209            #print msg
     210            asaplog.push(msg)
     211            print_log('ERROR')
    183212            return
    184213        else:
    185214            raise TypeError(msg)
     215    s.set_selection()
     216    sel.reset()
    186217    ssub = s.get_scan(scannos)
    187218    if ssub is None:
    188219        msg = "No data was found with given scan numbers!"
    189220        if rcParams['verbose']:
    190             print msg
     221            #print msg
     222            asaplog.push(msg)
     223            print_log('ERROR')
    191224            return
    192225        else:
    193226            raise TypeError(msg)
    194     ssubon = ssub.get_scan('*calon')
    195     ssuboff = ssub.get_scan('*[^calon]')
     227    #ssubon = ssub.get_scan('*calon')
     228    #ssuboff = ssub.get_scan('*[^calon]')
     229    sel.set_types( [srctype.poncal,srctype.poffcal] )
     230    ssub.set_selection( sel )
     231    ssubon = ssub.copy()
     232    ssub.set_selection()
     233    sel.reset()
     234    sel.set_types( [srctype.pson,srctype.psoff] )
     235    ssub.set_selection( sel )
     236    ssuboff = ssub.copy()
     237    ssub.set_selection()
     238    sel.reset()
    196239    if ssubon.nrow() != ssuboff.nrow():
    197240        msg = "mismatch in numbers of CAL on/off scans. Cannot calibrate. Check the scan numbers."
    198241        if rcParams['verbose']:
    199             print msg
     242            #print msg
     243            asaplog.push(msg)
     244            print_log('ERROR')
    200245            return
    201246        else:
    202247            raise TypeError(msg)
    203248    cals = dototalpower(ssubon, ssuboff, tcalval)
    204     sig = cals.get_scan('*ps')
    205     ref = cals.get_scan('*psr')
     249    #sig = cals.get_scan('*ps')
     250    #ref = cals.get_scan('*psr')
     251    sel.set_types( srctype.pson )
     252    cals.set_selection( sel )
     253    sig = cals.copy()
     254    cals.set_selection()
     255    sel.reset()
     256    sel.set_types( srctype.psoff )
     257    cals.set_selection( sel )
     258    ref = cals.copy()
     259    cals.set_selection()
     260    sel.reset()
    206261    if sig.nscan() != ref.nscan():
    207262        msg = "mismatch in numbers of on/off scans. Cannot calibrate. Check the scan numbers."
    208263        if rcParams['verbose']:
    209             print msg
     264            #print msg
     265            asaplog.push(msg)
     266            print_log('ERROR')
    210267            return
    211268        else:
    … …  
    217274            msg = "Need to supply a valid tau to use the supplied Tsys"
    218275            if rcParams['verbose']:
    219                 print msg
     276                #print msg
     277                asaplog.push(msg)
     278                print_log('ERROR')
    220279                return
    221280            else:
    … …  
    236295    #ress = dosigref(sig, ref, smooth, tsysval)
    237296    ress = dosigref(sig, ref, smooth, tsysval, tauval)
     297    ###
     298    if verify:
     299        # get data
     300        import numpy
     301        precal={}
     302        postcal=[]
     303        keys=['ps','ps_calon','psr','psr_calon']
     304        types=[srctype.pson,srctype.poncal,srctype.psoff,srctype.poffcal]
     305        ifnos=list(ssub.getifnos())
     306        polnos=list(ssub.getpolnos())
     307        sel=selector()
     308        for i in range(2):
     309            #ss=ssuboff.get_scan('*'+keys[2*i])
     310            ll=[]
     311            for j in range(len(ifnos)):
     312                for k in range(len(polnos)):
     313                    sel.set_ifs(ifnos[j])
     314                    sel.set_polarizations(polnos[k])
     315                    sel.set_types(types[2*i])
     316                    try:
     317                        #ss.set_selection(sel)
     318                        ssuboff.set_selection(sel)
     319                    except:
     320                        continue
     321                    #ll.append(numpy.array(ss._getspectrum(0)))
     322                    ll.append(numpy.array(ssuboff._getspectrum(0)))
     323                    sel.reset()
     324                    ssuboff.set_selection()
     325            precal[keys[2*i]]=ll
     326            #del ss
     327            #ss=ssubon.get_scan('*'+keys[2*i+1])
     328            ll=[]
     329            for j in range(len(ifnos)):
     330                for k in range(len(polnos)):
     331                    sel.set_ifs(ifnos[j])
     332                    sel.set_polarizations(polnos[k])
     333                    sel.set_types(types[2*i+1])
     334                    try:
     335                        #ss.set_selection(sel)
     336                        ssubon.set_selection(sel)
     337                    except:
     338                        continue
     339                    #ll.append(numpy.array(ss._getspectrum(0)))
     340                    ll.append(numpy.array(ssubon._getspectrum(0)))
     341                    sel.reset()
     342                    ssubon.set_selection()
     343            precal[keys[2*i+1]]=ll
     344            #del ss
     345        for j in range(len(ifnos)):
     346            for k in range(len(polnos)):
     347                sel.set_ifs(ifnos[j])
     348                sel.set_polarizations(polnos[k])
     349                try:
     350                    ress.set_selection(sel)
     351                except:
     352                    continue
     353                postcal.append(numpy.array(ress._getspectrum(0)))
     354                sel.reset()
     355                ress.set_selection()
     356        del sel
     357        # plot
     358        print_log()
     359        asaplog.push('Plot only first spectrum for each [if,pol] pairs to verify calibration.')
     360        print_log('WARN')
     361        p=asaplotgui.asaplotgui()
     362        #nr=min(6,len(ifnos)*len(polnos))
     363        nr=len(ifnos)*len(polnos)
     364        titles=[]
     365        btics=[]
     366        if nr<4:
     367            p.set_panels(rows=nr,cols=2,nplots=2*nr,ganged=False)
     368            for i in range(2*nr):
     369                b=False
     370                if i >= 2*nr-2:
     371                    b=True
     372                btics.append(b)
     373        elif nr==4:
     374            p.set_panels(rows=2,cols=4,nplots=8,ganged=False)
     375            for i in range(2*nr):
     376                b=False
     377                if i >= 2*nr-4:
     378                    b=True
     379                btics.append(b)
     380        elif nr<7:
     381            p.set_panels(rows=3,cols=4,nplots=2*nr,ganged=False)
     382            for i in range(2*nr):
     383                if i >= 2*nr-4:
     384                    b=True
     385                btics.append(b)
     386        else:
     387            print_log()
     388            asaplog.push('Only first 6 [if,pol] pairs are plotted.')
     389            print_log('WARN')
     390            nr=6
     391            for i in range(2*nr):
     392                b=False
     393                if i >= 2*nr-4:
     394                    b=True
     395                btics.append(b)
     396            p.set_panels(rows=3,cols=4,nplots=2*nr,ganged=False)
     397        for i in range(nr):
     398            p.subplot(2*i)
     399            p.color=0
     400            title='raw data IF%s POL%s' % (ifnos[int(i/len(polnos))],polnos[i%len(polnos)])
     401            titles.append(title)
     402            #p.set_axes('title',title,fontsize=40)
     403            ymin=1.0e100
     404            ymax=-1.0e100
     405            nchan=s.nchan()
     406            edge=int(nchan*0.01)
     407            for j in range(4):
     408                spmin=min(precal[keys[j]][i][edge:nchan-edge])
     409                spmax=max(precal[keys[j]][i][edge:nchan-edge])
     410                ymin=min(ymin,spmin)
     411                ymax=max(ymax,spmax)
     412            for j in range(4):
     413                if i==0:
     414                    p.set_line(label=keys[j])
     415                else:
     416                    p.legend()
     417                p.plot(precal[keys[j]][i])
     418            p.axes.set_ylim(ymin-0.1*abs(ymin),ymax+0.1*abs(ymax))
     419            if not btics[2*i]:
     420                p.axes.set_xticks([])
     421            p.subplot(2*i+1)
     422            p.color=0
     423            title='cal data IF%s POL%s' % (ifnos[int(i/len(polnos))],polnos[i%len(polnos)])
     424            titles.append(title)
     425            #p.set_axes('title',title)
     426            p.legend()
     427            ymin=postcal[i][edge:nchan-edge].min()
     428            ymax=postcal[i][edge:nchan-edge].max()
     429            p.plot(postcal[i])
     430            p.axes.set_ylim(ymin-0.1*abs(ymin),ymax+0.1*abs(ymax))
     431            if not btics[2*i+1]:
     432                p.axes.set_xticks([])
     433        for i in range(2*nr):
     434            p.subplot(i)
     435            p.set_axes('title',titles[i],fontsize='medium')
     436        x=raw_input('Accept calibration ([y]/n): ' )
     437        if x.upper() == 'N':
     438            p.unmap()
     439            del p
     440            return scabtab
     441        p.unmap()
     442        del p
     443    ###
    238444    ress._add_history("calps", varlist)
     445    print_log()
    239446    return ress
    240447
    241 @print_log_dec
    242 def calnod(scantab, scannos=[], smooth=1, tsysval=0.0, tauval=0.0, tcalval=0.0):
     448#@print_log_dec
     449def calnod(scantab, scannos=[], smooth=1, tsysval=0.0, tauval=0.0, tcalval=0.0, verify=False):
    243450    """
    244451    Do full (but a pair of scans at time) processing of GBT Nod data
    … …  
    255462    varlist = vars()
    256463    from asap._asap import stmath
     464    from asap._asap import srctype
    257465    stm = stmath()
    258466    stm._setinsitu(False)
    259467
    260468    # check for the appropriate data
    261     s = scantab.get_scan('*_nod*')
    262     if s is None:
     469##     s = scantab.get_scan('*_nod*')
     470##     if s is None:
     471##         msg = "The input data appear to contain no Nod observing mode data."
     472##         if rcParams['verbose']:
     473##             #print msg
     474##             asaplog.push(msg)
     475##             print_log('ERROR')
     476##             return
     477##         else:
     478##             raise TypeError(msg)
     479    s = scantab.copy()
     480    sel = selector()
     481    sel.set_types( srctype.nod )
     482    try:
     483        s.set_selection( sel )
     484    except Exception, e:
    263485        msg = "The input data appear to contain no Nod observing mode data."
    264486        if rcParams['verbose']:
    265             print msg
     487            #print msg
     488            asaplog.push(msg)
     489            print_log('ERROR')
    266490            return
    267491        else:
    268492            raise TypeError(msg)
     493    sel.reset()
     494    del sel
     495    del s
    269496
    270497    # need check correspondance of each beam with sig-ref ...
    … …  
    300527            msg = "Need to supply a valid tau to use the supplied Tsys"
    301528            if rcParams['verbose']:
    302                 print msg
     529                #print msg
     530                asaplog.push(msg)
     531                print_log('ERROR')
    303532                return
    304533            else:
    … …  
    307536            scantab.recalc_azel()
    308537    resspec = scantable(stm._donod(scantab, pairScans, smooth, tsysval,tauval,tcalval))
     538    ###
     539    if verify:
     540        # get data
     541        import numpy
     542        precal={}
     543        postcal=[]
     544        keys=['','_calon']
     545        types=[srctype.nod,srctype.nodcal]
     546        ifnos=list(scantab.getifnos())
     547        polnos=list(scantab.getpolnos())
     548        sel=selector()
     549        ss = scantab.copy()
     550        for i in range(2):
     551            #ss=scantab.get_scan('*'+keys[i])
     552            ll=[]
     553            ll2=[]
     554            for j in range(len(ifnos)):
     555                for k in range(len(polnos)):
     556                    sel.set_ifs(ifnos[j])
     557                    sel.set_polarizations(polnos[k])
     558                    sel.set_scans(pairScans[0])
     559                    sel.set_types(types[i])
     560                    try:
     561                        ss.set_selection(sel)
     562                    except:
     563                        continue
     564                    ll.append(numpy.array(ss._getspectrum(0)))
     565                    sel.reset()
     566                    ss.set_selection()
     567                    sel.set_ifs(ifnos[j])
     568                    sel.set_polarizations(polnos[k])
     569                    sel.set_scans(pairScans[1])
     570                    sel.set_types(types[i])
     571                    try:
     572                        ss.set_selection(sel)
     573                    except:
     574                        ll.pop()
     575                        continue
     576                    ll2.append(numpy.array(ss._getspectrum(0)))
     577                    sel.reset()
     578                    ss.set_selection()
     579            key='%s%s' %(pairScans[0],keys[i])
     580            precal[key]=ll
     581            key='%s%s' %(pairScans[1],keys[i])
     582            precal[key]=ll2
     583            #del ss
     584        keys=precal.keys()
     585        for j in range(len(ifnos)):
     586            for k in range(len(polnos)):
     587                sel.set_ifs(ifnos[j])
     588                sel.set_polarizations(polnos[k])
     589                sel.set_scans(pairScans[0])
     590                try:
     591                    resspec.set_selection(sel)
     592                except:
     593                    continue
     594                postcal.append(numpy.array(resspec._getspectrum(0)))
     595                sel.reset()
     596                resspec.set_selection()
     597        del sel
     598        # plot
     599        print_log()
     600        asaplog.push('Plot only first spectrum for each [if,pol] pairs to verify calibration.')
     601        print_log('WARN')
     602        p=asaplotgui.asaplotgui()
     603        #nr=min(6,len(ifnos)*len(polnos))
     604        nr=len(ifnos)*len(polnos)
     605        titles=[]
     606        btics=[]
     607        if nr<4:
     608            p.set_panels(rows=nr,cols=2,nplots=2*nr,ganged=False)
     609            for i in range(2*nr):
     610                b=False
     611                if i >= 2*nr-2:
     612                    b=True
     613                btics.append(b)
     614        elif nr==4:
     615            p.set_panels(rows=2,cols=4,nplots=8,ganged=False)
     616            for i in range(2*nr):
     617                b=False
     618                if i >= 2*nr-4:
     619                    b=True
     620                btics.append(b)
     621        elif nr<7:
     622            p.set_panels(rows=3,cols=4,nplots=2*nr,ganged=False)
     623            for i in range(2*nr):
     624                if i >= 2*nr-4:
     625                    b=True
     626                btics.append(b)
     627        else:
     628            print_log()
     629            asaplog.push('Only first 6 [if,pol] pairs are plotted.')
     630            print_log('WARN')
     631            nr=6
     632            for i in range(2*nr):
     633                b=False
     634                if i >= 2*nr-4:
     635                    b=True
     636                btics.append(b)
     637            p.set_panels(rows=3,cols=4,nplots=2*nr,ganged=False)
     638        for i in range(nr):
     639            p.subplot(2*i)
     640            p.color=0
     641            title='raw data IF%s POL%s' % (ifnos[int(i/len(polnos))],polnos[i%len(polnos)])
     642            titles.append(title)
     643            #p.set_axes('title',title,fontsize=40)
     644            ymin=1.0e100
     645            ymax=-1.0e100
     646            nchan=scantab.nchan()
     647            edge=int(nchan*0.01)
     648            for j in range(4):
     649                spmin=min(precal[keys[j]][i][edge:nchan-edge])
     650                spmax=max(precal[keys[j]][i][edge:nchan-edge])
     651                ymin=min(ymin,spmin)
     652                ymax=max(ymax,spmax)
     653            for j in range(4):
     654                if i==0:
     655                    p.set_line(label=keys[j])
     656                else:
     657                    p.legend()
     658                p.plot(precal[keys[j]][i])
     659            p.axes.set_ylim(ymin-0.1*abs(ymin),ymax+0.1*abs(ymax))
     660            if not btics[2*i]:
     661                p.axes.set_xticks([])
     662            p.subplot(2*i+1)
     663            p.color=0
     664            title='cal data IF%s POL%s' % (ifnos[int(i/len(polnos))],polnos[i%len(polnos)])
     665            titles.append(title)
     666            #p.set_axes('title',title)
     667            p.legend()
     668            ymin=postcal[i][edge:nchan-edge].min()
     669            ymax=postcal[i][edge:nchan-edge].max()
     670            p.plot(postcal[i])
     671            p.axes.set_ylim(ymin-0.1*abs(ymin),ymax+0.1*abs(ymax))
     672            if not btics[2*i+1]:
     673                p.axes.set_xticks([])
     674        for i in range(2*nr):
     675            p.subplot(i)
     676            p.set_axes('title',titles[i],fontsize='medium')
     677        x=raw_input('Accept calibration ([y]/n): ' )
     678        if x.upper() == 'N':
     679            p.unmap()
     680            del p
     681            return scabtab
     682        p.unmap()
     683        del p
     684    ###
    309685    resspec._add_history("calnod",varlist)
     686    print_log()
    310687    return resspec
    311688
    312 @print_log_dec
    313 def calfs(scantab, scannos=[], smooth=1, tsysval=0.0, tauval=0.0, tcalval=0.0):
     689#@print_log_dec
     690def calfs(scantab, scannos=[], smooth=1, tsysval=0.0, tauval=0.0, tcalval=0.0, verify=False):
    314691    """
    315692    Calibrate GBT frequency switched data.
    … …  
    333710    varlist = vars()
    334711    from asap._asap import stmath
     712    from asap._asap import srctype
    335713    stm = stmath()
    336714    stm._setinsitu(False)
    … …  
    348726
    349727    resspec = scantable(stm._dofs(s, scannos, smooth, tsysval,tauval,tcalval))
     728    ###
     729    if verify:
     730        # get data
     731        ssub = s.get_scan(scannos)
     732        #ssubon = ssub.get_scan('*calon')
     733        #ssuboff = ssub.get_scan('*[^calon]')
     734        sel = selector()
     735        sel.set_types( [srctype.foncal,srctype.foffcal] )
     736        ssub.set_selection( sel )
     737        ssubon = ssub.copy()
     738        ssub.set_selection()
     739        sel.reset()
     740        sel.set_types( [srctype.fson,srctype.fsoff] )
     741        ssub.set_selection( sel )
     742        ssuboff = ssub.copy()
     743        ssub.set_selection()
     744        sel.reset()
     745        import numpy
     746        precal={}
     747        postcal=[]
     748        keys=['fs','fs_calon','fsr','fsr_calon']
     749        types=[srctype.fson,srctype.foncal,srctype.fsoff,srctype.foffcal]
     750        ifnos=list(ssub.getifnos())
     751        polnos=list(ssub.getpolnos())
     752        for i in range(2):
     753            #ss=ssuboff.get_scan('*'+keys[2*i])
     754            ll=[]
     755            for j in range(len(ifnos)):
     756                for k in range(len(polnos)):
     757                    sel.set_ifs(ifnos[j])
     758                    sel.set_polarizations(polnos[k])
     759                    sel.set_types(types[2*i])
     760                    try:
     761                        #ss.set_selection(sel)
     762                        ssuboff.set_selection(sel)
     763                    except:
     764                        continue
     765                    ll.append(numpy.array(ss._getspectrum(0)))
     766                    sel.reset()
     767                    #ss.set_selection()
     768                    ssuboff.set_selection()
     769            precal[keys[2*i]]=ll
     770            #del ss
     771            #ss=ssubon.get_scan('*'+keys[2*i+1])
     772            ll=[]
     773            for j in range(len(ifnos)):
     774                for k in range(len(polnos)):
     775                    sel.set_ifs(ifnos[j])
     776                    sel.set_polarizations(polnos[k])
     777                    sel.set_types(types[2*i+1])
     778                    try:
     779                        #ss.set_selection(sel)
     780                        ssubon.set_selection(sel)
     781                    except:
     782                        continue
     783                    ll.append(numpy.array(ss._getspectrum(0)))
     784                    sel.reset()
     785                    #ss.set_selection()
     786                    ssubon.set_selection()
     787            precal[keys[2*i+1]]=ll
     788            #del ss
     789        #sig=resspec.get_scan('*_fs')
     790        #ref=resspec.get_scan('*_fsr')
     791        sel.set_types( srctype.fson )
     792        resspec.set_selection( sel )
     793        sig=resspec.copy()
     794        resspec.set_selection()
     795        sel.reset()
     796        sel.set_type( srctype.fsoff )
     797        resspec.set_selection( sel )
     798        ref=resspec.copy()
     799        resspec.set_selection()
     800        sel.reset()
     801        for k in range(len(polnos)):
     802            for j in range(len(ifnos)):
     803                sel.set_ifs(ifnos[j])
     804                sel.set_polarizations(polnos[k])
     805                try:
     806                    sig.set_selection(sel)
     807                    postcal.append(numpy.array(sig._getspectrum(0)))
     808                except:
     809                    ref.set_selection(sel)
     810                    postcal.append(numpy.array(ref._getspectrum(0)))
     811                sel.reset()
     812                resspec.set_selection()
     813        del sel
     814        # plot
     815        print_log()
     816        asaplog.push('Plot only first spectrum for each [if,pol] pairs to verify calibration.')
     817        print_log('WARN')
     818        p=asaplotgui.asaplotgui()
     819        #nr=min(6,len(ifnos)*len(polnos))
     820        nr=len(ifnos)/2*len(polnos)
     821        titles=[]
     822        btics=[]
     823        if nr>3:
     824            print_log()
     825            asaplog.push('Only first 3 [if,pol] pairs are plotted.')
     826            print_log('WARN')
     827            nr=3
     828        p.set_panels(rows=nr,cols=3,nplots=3*nr,ganged=False)
     829        for i in range(3*nr):
     830            b=False
     831            if i >= 3*nr-3:
     832                b=True
     833            btics.append(b)
     834        for i in range(nr):
     835            p.subplot(3*i)
     836            p.color=0
     837            title='raw data IF%s,%s POL%s' % (ifnos[2*int(i/len(polnos))],ifnos[2*int(i/len(polnos))+1],polnos[i%len(polnos)])
     838            titles.append(title)
     839            #p.set_axes('title',title,fontsize=40)
     840            ymin=1.0e100
     841            ymax=-1.0e100
     842            nchan=s.nchan()
     843            edge=int(nchan*0.01)
     844            for j in range(4):
     845                spmin=min(precal[keys[j]][i][edge:nchan-edge])
     846                spmax=max(precal[keys[j]][i][edge:nchan-edge])
     847                ymin=min(ymin,spmin)
     848                ymax=max(ymax,spmax)
     849            for j in range(4):
     850                if i==0:
     851                    p.set_line(label=keys[j])
     852                else:
     853                    p.legend()
     854                p.plot(precal[keys[j]][i])
     855            p.axes.set_ylim(ymin-0.1*abs(ymin),ymax+0.1*abs(ymax))
     856            if not btics[3*i]:
     857                p.axes.set_xticks([])
     858            p.subplot(3*i+1)
     859            p.color=0
     860            title='sig data IF%s POL%s' % (ifnos[2*int(i/len(polnos))],polnos[i%len(polnos)])
     861            titles.append(title)
     862            #p.set_axes('title',title)
     863            p.legend()
     864            ymin=postcal[2*i][edge:nchan-edge].min()
     865            ymax=postcal[2*i][edge:nchan-edge].max()
     866            p.plot(postcal[2*i])
     867            p.axes.set_ylim(ymin-0.1*abs(ymin),ymax+0.1*abs(ymax))
     868            if not btics[3*i+1]:
     869                p.axes.set_xticks([])
     870            p.subplot(3*i+2)
     871            p.color=0
     872            title='ref data IF%s POL%s' % (ifnos[2*int(i/len(polnos))+1],polnos[i%len(polnos)])
     873            titles.append(title)
     874            #p.set_axes('title',title)
     875            p.legend()
     876            ymin=postcal[2*i+1][edge:nchan-edge].min()
     877            ymax=postcal[2*i+1][edge:nchan-edge].max()
     878            p.plot(postcal[2*i+1])
     879            p.axes.set_ylim(ymin-0.1*abs(ymin),ymax+0.1*abs(ymax))
     880            if not btics[3*i+2]:
     881                p.axes.set_xticks([])
     882        for i in range(3*nr):
     883            p.subplot(i)
     884            p.set_axes('title',titles[i],fontsize='medium')
     885        x=raw_input('Accept calibration ([y]/n): ' )
     886        if x.upper() == 'N':
     887            p.unmap()
     888            del p
     889            return scabtab
     890        p.unmap()
     891        del p
     892    ###
    350893    resspec._add_history("calfs",varlist)
     894    print_log()
    351895    return resspec
    352896
    353 
    354 @print_log_dec
     897#@print_log_dec
    355898def merge(*args):
    356899    """
    … …  
    380923            msg = "Please give a list of scantables"
    381924            if rcParams['verbose']:
    382                 print msg
     925                #print msg
     926                asaplog.push(msg)
     927                print_log('ERROR')
    383928                return
    384929            else:
    … …  
    386931    s = scantable(stm._merge(lst))
    387932    s._add_history("merge", varlist)
     933    print_log()
    388934    return s
     935
     936def calibrate( scantab, scannos=[], calmode='none', verify=None ):
     937    """
     938    Calibrate data.
     939   
     940    Parameters:
     941        scantab:       scantable
     942        scannos:       list of scan number
     943        calmode:       calibration mode
     944        verify:        verify calibration     
     945    """
     946    antname = scantab.get_antennaname()
     947    if ( calmode == 'nod' ):
     948        asaplog.push( 'Calibrating nod data.' )
     949        print_log()
     950        scal = calnod( scantab, scannos=scannos, verify=verify )
     951    elif ( calmode == 'quotient' ):
     952        asaplog.push( 'Calibrating using quotient.' )
     953        print_log()
     954        scal = scantab.auto_quotient( verify=verify )
     955    elif ( calmode == 'ps' ):
     956        asaplog.push( 'Calibrating %s position-switched data.' % antname )
     957        print_log()
     958        if ( antname.find( 'APEX' ) != -1 ):
     959            scal = apexcal( scantab, scannos, calmode, verify )
     960        elif ( antname.find( 'ALMA' ) != -1 or antname.find( 'OSF' ) != -1 ):
     961            scal = almacal( scantab, scannos, calmode, verify )
     962        else:
     963            scal = calps( scantab, scannos=scannos, verify=verify )
     964    elif ( calmode == 'fs' or calmode == 'fsotf' ):
     965        asaplog.push( 'Calibrating %s frequency-switched data.' % antname )
     966        print_log()
     967        if ( antname.find( 'APEX' ) != -1 ):
     968            scal = apexcal( scantab, scannos, calmode, verify )
     969        elif ( antname.find( 'ALMA' ) != -1 or antname.find( 'OSF' ) != -1 ):
     970            scal = almacal( scantab, scannos, calmode, verify )
     971        else:
     972            scal = calfs( scantab, scannos=scannos, verify=verify )
     973    elif ( calmode == 'otf' ):
     974        asaplog.push( 'Calibrating %s On-The-Fly data.' % antname )
     975        print_log()
     976        scal = almacal( scantab, scannos, calmode, verify )
     977    else:
     978        asaplog.push( 'No calibration.' )
     979        scal = scantab.copy()
     980
     981    return scal
     982
     983def apexcal( scantab, scannos=[], calmode='none', verify=False ):
     984    """
     985    Calibrate APEX data
     986
     987    Parameters:
     988        scantab:       scantable
     989        scannos:       list of scan number
     990        calmode:       calibration mode
     991
     992        verify:        verify calibration     
     993    """
     994    from asap._asap import stmath
     995    stm = stmath()
     996    antname = scantab.get_antennaname()
     997    ssub = scantab.get_scan( scannos )
     998    scal = scantable( stm.cwcal( ssub, calmode, antname ) )
     999    return scal
     1000
     1001def almacal( scantab, scannos=[], calmode='none', verify=False ):
     1002    """
     1003    Calibrate ALMA data
     1004
     1005    Parameters:
     1006        scantab:       scantable
     1007        scannos:       list of scan number
     1008        calmode:       calibration mode
     1009
     1010        verify:        verify calibration     
     1011    """
     1012    from asap._asap import stmath
     1013    stm = stmath()
     1014    ssub = scantab.get_scan( scannos )
     1015    scal = scantable( stm.almacal( ssub, calmode ) )
     1016    return scal
     1017
     1018def splitant(filename, outprefix='',overwrite=False):
     1019    """
     1020    Split Measurement set by antenna name, save data as a scantables,
     1021    and return a list of filename.
     1022    Notice this method can only be available from CASA.
     1023    Prameter
     1024       filename:    the name of Measurement set to be read.
     1025       outprefix:   the prefix of output scantable name.
     1026                    the names of output scantable will be
     1027                    outprefix.antenna1, outprefix.antenna2, ....
     1028                    If not specified, outprefix = filename is assumed.
     1029       overwrite    If the file should be overwritten if it exists.
     1030                    The default False is to return with warning
     1031                    without writing the output. USE WITH CARE.
     1032                   
     1033    """
     1034    # Import the table toolkit from CASA
     1035    try:
     1036       import casac
     1037    except ImportError:
     1038       if rcParams['verbose']:
     1039           #print "failed to load casa"
     1040           print_log()
     1041           asaplog.push("failed to load casa")
     1042           print_log('ERROR')
     1043       else: raise
     1044       return False
     1045    try:
     1046       tbtool = casac.homefinder.find_home_by_name('tableHome')
     1047       tb = tbtool.create()
     1048       tb2 = tbtool.create()
     1049    except:
     1050       if rcParams['verbose']:
     1051           #print "failed to load a table tool:\n", e
     1052           print_log()
     1053           asaplog.push("failed to load table tool")
     1054           print_log('ERROR')
     1055       else: raise
     1056       return False
     1057    # Check the input filename
     1058    if isinstance(filename, str):
     1059        import os.path
     1060        filename = os.path.expandvars(filename)
     1061        filename = os.path.expanduser(filename)
     1062        if not os.path.exists(filename):
     1063            s = "File '%s' not found." % (filename)
     1064            if rcParams['verbose']:
     1065                print_log()
     1066                asaplog.push(s)
     1067                print_log('ERROR')
     1068                return
     1069            raise IOError(s)
     1070        # check if input file is MS
     1071        if not os.path.isdir(filename) \
     1072               or not os.path.exists(filename+'/ANTENNA') \
     1073               or not os.path.exists(filename+'/table.f1'):
     1074            s = "File '%s' is not a Measurement set." % (filename)
     1075            if rcParams['verbose']:
     1076                print_log()
     1077                asaplog.push(s)
     1078                print_log('ERROR')
     1079                return
     1080            raise IOError(s)
     1081    else:
     1082        s = "The filename should be string. "
     1083        if rcParams['verbose']:
     1084            print_log()
     1085            asaplog.push(s)
     1086            print_log('ERROR')
     1087            return
     1088        raise TypeError(s)
     1089    # Check out put file name
     1090    outname=''
     1091    if len(outprefix) > 0: prefix=outprefix+'.'
     1092    else:
     1093        prefix=filename.rstrip('/')
     1094    # Now do the actual splitting.
     1095    outfiles=[]
     1096    tb.open(tablename=filename+'/ANTENNA',nomodify=True)
     1097    nant=tb.nrows()
     1098    antnames=tb.getcol('NAME',0,nant,1)
     1099    antpos=tb.getcol('POSITION',0,nant,1).transpose()
     1100    tb.close()
     1101    tb.open(tablename=filename,nomodify=True)
     1102    ant1=tb.getcol('ANTENNA1',0,-1,1)
     1103    tb.close()
     1104    for antid in set(ant1):
     1105        scan=scantable(filename,average=False,getpt=True,antenna=int(antid))
     1106        outname=prefix+antnames[antid]+'.asap'
     1107        scan.save(outname,format='ASAP',overwrite=overwrite)
     1108        del scan
     1109        outfiles.append(outname)
     1110    del tb, tb2
     1111    return outfiles
     1112
     1113def _array2dOp( scan, value, mode="ADD", tsys=False ):
     1114    """
     1115    This function is workaround on the basic operation of scantable
     1116    with 2 dimensional float list.
     1117
     1118    scan:    scantable operand
     1119    value:   float list operand
     1120    mode:    operation mode (ADD, SUB, MUL, DIV)
     1121    tsys:    if True, operate tsys as well
     1122    """
     1123    nrow = scan.nrow()
     1124    s = None
     1125    if len( value ) == 1:
     1126        from asap._asap import stmath
     1127        stm = stmath()
     1128        s = scantable( stm._arrayop( scan.copy(), value[0], mode, tsys ) )
     1129        del stm
     1130    elif len( value ) != nrow:
     1131        asaplog.push( 'len(value) must be 1 or conform to scan.nrow()' )
     1132        print_log( 'ERROR' )
     1133    else:
     1134        from asap._asap import stmath
     1135        stm = stmath()
     1136        # insitu must be True
     1137        stm._setinsitu( True )
     1138        s = scan.copy()
     1139        sel = selector()
     1140        for irow in range( nrow ):
     1141            sel.set_rows( irow )
     1142            s.set_selection( sel )
     1143            if len( value[irow] ) == 1:
     1144                stm._unaryop( s, value[irow][0], mode, tsys )
     1145            else:
     1146                stm._arrayop( s, value[irow], mode, tsys, 'channel' )
     1147            s.set_selection()
     1148            sel.reset()
     1149        del sel
     1150        del stm
     1151    return s
     1152
     1153           
     1154           

  • branches/mergetest/python/asapplotter.py

    r1739 r1779  
    11from asap import rcParams, print_log, print_log_dec
    22from asap import selector, scantable
     3from asap import asaplog
    34import matplotlib.axes
    45from matplotlib.font_manager import FontProperties
    … …  
    2122            self._visible = visible
    2223        self._plotter = self._newplotter(**kwargs)
     24        # additional tool bar
     25        self._plotter.figmgr.casabar=self._newcasabar()
    2326
    2427        self._panelling = None
    … …  
    4346        self._hist = rcParams['plotter.histogram']
    4447        self._fp = FontProperties()
     48        self._panellayout = self.set_panellayout(refresh=False)
    4549
    4650    def _translate(self, instr):
    … …  
    5357
    5458    def _newplotter(self, **kwargs):
    55         if self._visible:
     59        backend=matplotlib.get_backend()
     60        if not self._visible:
     61            from asap.asaplot import asaplot
     62        elif backend == 'TkAgg':
    5663            from asap.asaplotgui import asaplotgui as asaplot
     64        elif backend == 'Qt4Agg':
     65            from asap.asaplotgui_qt4 import asaplotgui as asaplot
     66        elif backend == 'GTkAgg':
     67            from asap.asaplotgui_gtk import asaplotgui as asaplot
    5768        else:
    5869            from asap.asaplot import asaplot
    5970        return asaplot(**kwargs)
    6071
    61     @print_log_dec
     72    def _newcasabar(self):
     73        backend=matplotlib.get_backend()
     74        if self._visible and backend == "TkAgg":
     75            from asap.casatoolbar import CustomToolbarTkAgg
     76            return CustomToolbarTkAgg(self)
     77        else: return None
     78
     79    #@print_log_dec
    6280    def plot(self, scan=None):
    6381        """
    … …  
    7290        """
    7391        if self._plotter.is_dead:
     92            if hasattr(self._plotter.figmgr,'casabar'):
     93                del self._plotter.figmgr.casabar
    7494            self._plotter = self._newplotter()
     95            self._plotter.figmgr.casabar=self._newcasabar()
    7596        self._plotter.hold()
    7697        self._plotter.clear()
    77         from asap import scantable
    7898        if not self._data and not scan:
    7999            msg = "Input is not a scantable"
    80100            if rcParams['verbose']:
    81                 print msg
     101                #print msg
     102                asaplog.push( msg )
     103                print_log( 'ERROR' )
    82104                return
    83105            raise TypeError(msg)
    84         if isinstance(scan, scantable):
    85             if self._data is not None:
    86                 if scan != self._data:
    87                     self._data = scan
    88                     # reset
    89                     self._reset()
    90             else:
    91                 self._data = scan
    92                 self._reset()
    93         # ranges become invalid when unit changes
    94         if self._abcunit and self._abcunit != self._data.get_unit():
    95             self._minmaxx = None
    96             self._minmaxy = None
    97             self._abcunit = self._data.get_unit()
    98             self._datamask = None
     106        if scan: self.set_data(scan,refresh=False)
    99107        self._plot(self._data)
    100108        if self._minmaxy is not None:
    101109            self._plotter.set_limits(ylim=self._minmaxy)
     110        if self._plotter.figmgr.casabar: self._plotter.figmgr.casabar.enable_button()
    102111        self._plotter.release()
    103112        self._plotter.tidy()
    104113        self._plotter.show(hardrefresh=False)
     114        print_log()
    105115        return
    106116
    … …  
    170180    def text(self, *args, **kwargs):
    171181        if kwargs.has_key("interactive"):
    172             if kwargs.pop("interactive"):
    173                 pos = self._plotter.get_point()
    174                 args = tuple(pos)+args
     182            #if kwargs.pop("interactive"):
     183            #    pos = self._plotter.get_point()
     184            #    args = tuple(pos)+args
     185            kwargs.pop("interactive")
    175186        self._axes_callback("text", *args, **kwargs)
    176187
    … …  
    179190    def arrow(self, *args, **kwargs):
    180191        if kwargs.has_key("interactive"):
    181             if kwargs.pop("interactive"):
    182                 pos = self._plotter.get_region()
    183                 dpos = (pos[0][0], pos[0][1],
    184                         pos[1][0]-pos[0][0],
    185                         pos[1][1] - pos[0][1])
    186                 args = dpos + args
     192            #if kwargs.pop("interactive"):
     193            #    pos = self._plotter.get_region()
     194            #    dpos = (pos[0][0], pos[0][1],
     195            #            pos[1][0]-pos[0][0],
     196            #            pos[1][1] - pos[0][1])
     197            #    args = dpos + args
     198            kwargs.pop("interactive")
    187199        self._axes_callback("arrow", *args, **kwargs)
    188200
    … …  
    191203    def annotate(self, text, xy=None, xytext=None, **kwargs):
    192204        if kwargs.has_key("interactive"):
    193             if kwargs.pop("interactive"):
    194                 xy = self._plotter.get_point()
    195                 xytext = self._plotter.get_point()
     205            #if kwargs.pop("interactive"):
     206            #    xy = self._plotter.get_point()
     207            #    xytext = self._plotter.get_point()
     208            kwargs.pop("interactive")
    196209        if not kwargs.has_key("arrowprops"):
    197210            kwargs["arrowprops"] = dict(arrowstyle="->")
    … …  
    202215    def axvline(self, *args, **kwargs):
    203216        if kwargs.has_key("interactive"):
    204             if kwargs.pop("interactive"):
    205                 pos = self._plotter.get_point()
    206                 args = (pos[0],)+args
     217            #if kwargs.pop("interactive"):
     218            #    pos = self._plotter.get_point()
     219            #    args = (pos[0],)+args
     220            kwargs.pop("interactive")
    207221        self._axes_callback("axvline", *args, **kwargs)
    208222
    … …  
    211225    def axhline(self, *args, **kwargs):
    212226        if kwargs.has_key("interactive"):
    213             if kwargs.pop("interactive"):
    214                 pos = self._plotter.get_point()
    215                 args = (pos[1],)+args
     227            #if kwargs.pop("interactive"):
     228            #    pos = self._plotter.get_point()
     229            #    args = (pos[1],)+args
     230            kwargs.pop("interactive")
    216231        self._axes_callback("axhline", *args, **kwargs)
    217232
    … …  
    220235    def axvspan(self, *args, **kwargs):
    221236        if kwargs.has_key("interactive"):
    222             if kwargs.pop("interactive"):
    223                 pos = self._plotter.get_region()
    224                 dpos = (pos[0][0], pos[1][0])
    225                 args = dpos + args
     237            #if kwargs.pop("interactive"):
     238            #    pos = self._plotter.get_region()
     239            #    dpos = (pos[0][0], pos[1][0])
     240            #    args = dpos + args
     241            kwargs.pop("interactive")
    226242        self._axes_callback("axvspan", *args, **kwargs)
    227243        # hack to preventy mpl from redrawing the patch
    … …  
    234250    def axhspan(self, *args, **kwargs):
    235251        if kwargs.has_key("interactive"):
    236             if kwargs.pop("interactive"):
    237                 pos = self._plotter.get_region()
    238                 dpos = (pos[0][1], pos[1][1])
    239                 args = dpos + args
    240 
     252            #if kwargs.pop("interactive"):
     253            #    pos = self._plotter.get_region()
     254            #    dpos = (pos[0][1], pos[1][1])
     255            #    args = dpos + args
     256            kwargs.pop("interactive")
    241257        self._axes_callback("axhspan", *args, **kwargs)
    242258        # hack to preventy mpl from redrawing the patch
    … …  
    265281    # end matplotlib.axes fowarding functions
    266282
    267 
    268     def set_mode(self, stacking=None, panelling=None):
     283    def set_data(self, scan, refresh=True):
     284        """
     285        Set a scantable to plot.
     286        Parameters:
     287            scan:      a scantable
     288            refresh:   True (default) or False. If True, the plot is
     289                       replotted based on the new parameter setting(s).
     290                       Otherwise,the parameter(s) are set without replotting.
     291        Note:
     292           The user specified masks and data selections will be reset
     293           if a new scantable is set. This method should be called before
     294           setting data selections (set_selection) and/or masks (set_mask).
     295        """
     296        from asap import scantable
     297        if isinstance(scan, scantable):
     298            if self._data is not None:
     299                if scan != self._data:
     300                    self._data = scan
     301                    # reset
     302                    self._reset()
     303                    msg = "A new scantable is set to the plotter. The masks and data selections are reset."
     304                    asaplog.push( msg )
     305                    print_log( 'INFO' )
     306            else:
     307                self._data = scan
     308                self._reset()
     309        else:
     310            msg = "Input is not a scantable"
     311            if rcParams['verbose']:
     312                #print msg
     313                asaplog.push( msg )
     314                print_log( 'ERROR' )
     315                return
     316            raise TypeError(msg)
     317
     318        # ranges become invalid when unit changes
     319        if self._abcunit and self._abcunit != self._data.get_unit():
     320            self._minmaxx = None
     321            self._minmaxy = None
     322            self._abcunit = self._data.get_unit()
     323            self._datamask = None
     324        if refresh: self.plot()
     325       
     326
     327    def set_mode(self, stacking=None, panelling=None, refresh=True):
    269328        """
    270329        Set the plots look and feel, i.e. what you want to see on the plot.
    … …  
    274333            panelling:    tell the plotter which variable to plot
    275334                          across multiple panels (default 'scan'
     335            refresh:      True (default) or False. If True, the plot is
     336                          replotted based on the new parameter setting(s).
     337                          Otherwise,the parameter(s) are set without replotting.
    276338        Note:
    277339            Valid modes are:
    … …  
    286348               not self.set_stacking(stacking):
    287349            if rcParams['verbose']:
    288                 print msg
     350                #print msg
     351                asaplog.push( msg )
     352                print_log( 'ERROR' )
    289353                return
    290354            else:
    291355                raise TypeError(msg)
    292         if self._data: self.plot(self._data)
     356        if refresh and self._data: self.plot(self._data)
    293357        return
    294358
    … …  
    304368        return False
    305369
    306     def set_layout(self,rows=None,cols=None):
     370    def set_layout(self,rows=None,cols=None,refresh=True):
    307371        """
    308372        Set the multi-panel layout, i.e. how many rows and columns plots
    … …  
    311375             rows:   The number of rows of plots
    312376             cols:   The number of columns of plots
     377             refresh:  True (default) or False. If True, the plot is
     378                       replotted based on the new parameter setting(s).
     379                       Otherwise,the parameter(s) are set without replotting.
    313380        Note:
    314381             If no argument is given, the potter reverts to its auto-plot
    … …  
    317384        self._rows = rows
    318385        self._cols = cols
    319         if self._data: self.plot(self._data)
     386        if refresh and self._data: self.plot(self._data)
    320387        return
    321388
    … …  
    331398        return False
    332399
    333     def set_range(self,xstart=None,xend=None,ystart=None,yend=None):
     400    def set_range(self,xstart=None,xend=None,ystart=None,yend=None,refresh=True):
    334401        """
    335402        Set the range of interest on the abcissa of the plot
    336403        Parameters:
    337404            [x,y]start,[x,y]end:  The start and end points of the 'zoom' window
     405            refresh:  True (default) or False. If True, the plot is
     406                      replotted based on the new parameter setting(s).
     407                      Otherwise,the parameter(s) are set without replotting.
    338408        Note:
    339409            These become non-sensical when the unit changes.
    … …  
    349419        else:
    350420            self._minmaxy = [ystart,yend]
    351         if self._data: self.plot(self._data)
     421        if refresh and self._data: self.plot(self._data)
    352422        return
    353423
    354     def set_legend(self, mp=None, fontsize = None, mode = 0):
     424    def set_legend(self, mp=None, fontsize = None, mode = 0, refresh=True):
    355425        """
    356426        Specify a mapping for the legend instead of using the default
    … …  
    376446                        9: upper center
    377447                        10: center
     448            refresh:    True (default) or False. If True, the plot is
     449                        replotted based on the new parameter setting(s).
     450                        Otherwise,the parameter(s) are set without replotting.
    378451
    379452        Example:
    … …  
    390463            from matplotlib import rc as rcp
    391464            rcp('legend', fontsize=fontsize)
    392         if self._data:
    393             self.plot(self._data)
     465        if refresh and self._data: self.plot(self._data)
    394466        return
    395467
    396     def set_title(self, title=None, fontsize=None):
     468    def set_title(self, title=None, fontsize=None, refresh=True):
    397469        """
    398470        Set the title of the plot. If multiple panels are plotted,
    399471        multiple titles have to be specified.
     472        Parameters:
     473            refresh:    True (default) or False. If True, the plot is
     474                        replotted based on the new parameter setting(s).
     475                        Otherwise,the parameter(s) are set without replotting.
    400476        Example:
    401477             # two panels are visible on the plotter
    … …  
    406482            from matplotlib import rc as rcp
    407483            rcp('axes', titlesize=fontsize)
    408         if self._data: self.plot(self._data)
     484        if refresh and self._data: self.plot(self._data)
    409485        return
    410486
    411     def set_ordinate(self, ordinate=None, fontsize=None):
     487    def set_ordinate(self, ordinate=None, fontsize=None, refresh=True):
    412488        """
    413489        Set the y-axis label of the plot. If multiple panels are plotted,
    … …  
    416492            ordinate:    a list of ordinate labels. None (default) let
    417493                         data determine the labels
     494            refresh:     True (default) or False. If True, the plot is
     495                         replotted based on the new parameter setting(s).
     496                         Otherwise,the parameter(s) are set without replotting.
    418497        Example:
    419498             # two panels are visible on the plotter
    … …  
    425504            rcp('axes', labelsize=fontsize)
    426505            rcp('ytick', labelsize=fontsize)
    427         if self._data: self.plot(self._data)
     506        if refresh and self._data: self.plot(self._data)
    428507        return
    429508
    430     def set_abcissa(self, abcissa=None, fontsize=None):
     509    def set_abcissa(self, abcissa=None, fontsize=None, refresh=True):
    431510        """
    432511        Set the x-axis label of the plot. If multiple panels are plotted,
    … …  
    435514            abcissa:     a list of abcissa labels. None (default) let
    436515                         data determine the labels
     516            refresh:     True (default) or False. If True, the plot is
     517                         replotted based on the new parameter setting(s).
     518                         Otherwise,the parameter(s) are set without replotting.
    437519        Example:
    438520             # two panels are visible on the plotter
    … …  
    444526            rcp('axes', labelsize=fontsize)
    445527            rcp('xtick', labelsize=fontsize)
    446         if self._data: self.plot(self._data)
     528        if refresh and self._data: self.plot(self._data)
    447529        return
    448530
    449     def set_colors(self, colmap):
     531    def set_colors(self, colmap, refresh=True):
    450532        """
    451533        Set the colours to be used. The plotter will cycle through
    … …  
    453535        Parameters:
    454536            colmap:     a list of colour names
     537            refresh:    True (default) or False. If True, the plot is
     538                        replotted based on the new parameter setting(s).
     539                        Otherwise,the parameter(s) are set without replotting.
    455540        Example:
    456541             plotter.set_colors("red green blue")
    … …  
    462547            colmap = colmap.split()
    463548        self._plotter.palette(0, colormap=colmap)
    464         if self._data: self.plot(self._data)
     549        if refresh and self._data: self.plot(self._data)
    465550
    466551    # alias for english speakers
    467552    set_colours = set_colors
    468553
    469     def set_histogram(self, hist=True, linewidth=None):
     554    def set_histogram(self, hist=True, linewidth=None, refresh=True):
    470555        """
    471556        Enable/Disable histogram-like plotting.
    … …  
    474559                         is taken from the .asaprc setting
    475560                         plotter.histogram
     561            refresh:     True (default) or False. If True, the plot is
     562                         replotted based on the new parameter setting(s).
     563                         Otherwise,the parameter(s) are set without replotting.
    476564        """
    477565        self._hist = hist
    … …  
    479567            from matplotlib import rc as rcp
    480568            rcp('lines', linewidth=linewidth)
    481         if self._data: self.plot(self._data)
    482 
    483     def set_linestyles(self, linestyles=None, linewidth=None):
     569        if refresh and self._data: self.plot(self._data)
     570
     571    def set_linestyles(self, linestyles=None, linewidth=None, refresh=True):
    484572        """
    485573        Set the linestyles to be used. The plotter will cycle through
    … …  
    491579                             'dashdotdot' and 'dashdashdot' are
    492580                             possible
    493 
     581            refresh:         True (default) or False. If True, the plot is
     582                             replotted based on the new parameter setting(s).
     583                             Otherwise,the parameter(s) are set without replotting.
    494584        Example:
    495585             plotter.set_colors("black")
    … …  
    505595            from matplotlib import rc as rcp
    506596            rcp('lines', linewidth=linewidth)
    507         if self._data: self.plot(self._data)
    508 
    509     def set_font(self, **kwargs):
     597        if refresh and self._data: self.plot(self._data)
     598
     599    def set_font(self, refresh=True,**kwargs):
    510600        """
    511601        Set font properties.
    … …  
    516606            size:      the 'general' font size, individual elements can be adjusted
    517607                       seperately
     608            refresh:   True (default) or False. If True, the plot is
     609                       replotted based on the new parameter setting(s).
     610                       Otherwise,the parameter(s) are set without replotting.
    518611        """
    519612        from matplotlib import rc as rcp
    … …  
    523616                fdict[k] = v
    524617        self._fp = FontProperties(**fdict)
    525         if self._data:
    526             self.plot()
     618        if refresh and self._data: self.plot(self._data)
     619
     620    def set_panellayout(self,layout=[],refresh=True):
     621        """
     622        Set the layout of subplots.
     623        Parameters:
     624            layout:   a list of subplots layout in figure coordinate (0-1),
     625                      i.e., fraction of the figure width or height.
     626                      The order of elements should be:
     627                      [left, bottom, right, top, horizontal space btw panels,
     628                      vertical space btw panels].
     629            refresh:  True (default) or False. If True, the plot is
     630                      replotted based on the new parameter setting(s).
     631                      Otherwise,the parameter(s) are set without replotting.
     632        Note
     633        * When layout is not specified, the values are reset to the defaults
     634          of matplotlib.
     635        * If any element is set to be None, the current value is adopted.
     636        """
     637        if layout == []: self._panellayout=self._reset_panellayout()
     638        else:
     639            self._panellayout=[None]*6
     640            self._panellayout[0:len(layout)]=layout
     641        #print "panel layout set to ",self._panellayout
     642        if refresh and self._data: self.plot(self._data)
     643
     644    def _reset_panellayout(self):
     645        ks=map(lambda x: 'figure.subplot.'+x,
     646               ['left','bottom','right','top','hspace','wspace'])
     647        return map(matplotlib.rcParams.get,ks)
    527648
    528649    def plot_lines(self, linecat=None, doppler=0.0, deltachan=10, rotate=90.0,
    … …  
    622743
    623744
    624     def set_mask(self, mask=None, selection=None):
     745    def set_mask(self, mask=None, selection=None, refresh=True):
    625746        """
    626747        Set a plotting mask for a specific polarization.
    … …  
    629750             mask:           a mask from scantable.create_mask
    630751             selection:      the spectra to apply the mask to.
     752             refresh:        True (default) or False. If True, the plot is
     753                             replotted based on the new parameter setting(s).
     754                             Otherwise,the parameter(s) are set without replotting.
    631755        Example:
    632756             select = selector()
    … …  
    637761            msg = "Can only set mask after a first call to plot()"
    638762            if rcParams['verbose']:
    639                 print msg
     763                #print msg
     764                asaplog.push( msg )
     765                print_log( 'ERROR' )
    640766                return
    641767            else:
    … …  
    657783        else:
    658784            self._maskselection = None
    659         self.plot(self._data)
     785        if refresh: self.plot(self._data)
    660786
    661787    def _slice_indeces(self, data):
    … …  
    671797            inc = -1
    672798        # find min index
    673         while start > 0 and data[start] < mn:
    674             start+= inc
     799        #while start > 0 and data[start] < mn:
     800        #    start+= inc
     801        minind=start
     802        for ind in xrange(start,end+inc,inc):
     803            if data[ind] > mn: break
     804            minind=ind
    675805        # find max index
    676         while end > 0 and data[end] > mx:
    677             end-=inc
    678         if end > 0: end +=1
     806        #while end > 0 and data[end] > mx:
     807        #    end-=inc
     808        #if end > 0: end +=1
     809        maxind=end
     810        for ind in xrange(end,start-inc,-inc):
     811            if data[ind] < mx: break
     812            maxind=ind
     813        start=minind
     814        end=maxind
    679815        if start > end:
    680             return end,start
    681         return start,end
     816            return end,start+1
     817        elif start < end:
     818            return start,end+1
     819        else:
     820            return start,end
    682821
    683822    def _reset(self):
    … …  
    708847        maxpanel, maxstack = 16,16
    709848        if n > maxpanel or nstack > maxstack:
    710             from asap import asaplog
    711849            maxn = 0
    712850            if nstack > maxstack: maxn = maxstack
    … …  
    715853                  "Selecting first %d selections..." % (maxn, maxn)
    716854            asaplog.push(msg)
    717             print_log()
     855            print_log('WARN')
    718856            n = min(n,maxpanel)
    719857            nstack = min(nstack,maxstack)
    720858        if n > 1:
    721859            ganged = rcParams['plotter.ganged']
     860            if self._panelling == 'i':
     861                ganged = False
    722862            if self._rows and self._cols:
    723863                n = min(n,self._rows*self._cols)
    724864                self._plotter.set_panels(rows=self._rows,cols=self._cols,
    725                                          nplots=n,ganged=ganged)
     865#                                         nplots=n,ganged=ganged)
     866                                         nplots=n,layout=self._panellayout,ganged=ganged)
    726867            else:
    727                 self._plotter.set_panels(rows=n,cols=0,nplots=n,ganged=ganged)
     868#                self._plotter.set_panels(rows=n,cols=0,nplots=n,ganged=ganged)
     869                self._plotter.set_panels(rows=n,cols=0,nplots=n,layout=self._panellayout,ganged=ganged)
    728870        else:
    729             self._plotter.set_panels()
     871#            self._plotter.set_panels()
     872            self._plotter.set_panels(layout=self._panellayout)
    730873        r=0
    731874        nr = scan.nrow()
    … …  
    799942                    ylim= self._minmaxy or [ma.minimum(y),ma.maximum(y)]
    800943                    allylim += ylim
     944                else:
     945                    xlim = self._minmaxx or []
     946                    allxlim += xlim
     947                    ylim= self._minmaxy or []
     948                    allylim += ylim
    801949                stackcount += 1
    802950                # last in colour stack -> autoscale x
    803                 if stackcount == nstack:
     951                if stackcount == nstack and len(allxlim) > 0:
    804952                    allxlim.sort()
    805                     self._plotter.axes.set_xlim([allxlim[0],allxlim[-1]])
     953                    self._plotter.subplots[panelcount-1]['axes'].set_xlim([allxlim[0],allxlim[-1]])
    806954                    # clear
    807955                    allxlim =[]
    … …  
    813961            if (panelcount == n) and (stackcount == nstack):
    814962                # last panel -> autoscale y if ganged
    815                 if rcParams['plotter.ganged']:
     963                if rcParams['plotter.ganged'] and len(allylim) > 0:
    816964                    allylim.sort()
    817965                    self._plotter.set_limits(ylim=[allylim[0],allylim[-1]])
    … …  
    820968        #reset the selector to the scantable's original
    821969        scan.set_selection(savesel)
    822         if self._fp is not None:
     970       
     971        #temporary switch-off for older matplotlib
     972        #if self._fp is not None:
     973        if self._fp is not None and getattr(self._plotter.figure,'findobj',False):
    823974            for o in self._plotter.figure.findobj(Text):
    824975                o.set_fontproperties(self._fp)
    825976
    826 
    827977    def set_selection(self, selection=None, refresh=True, **kw):
     978        """
     979        Parameters:
     980            selection:  a selector object (default unset the selection)
     981            refresh:    True (default) or False. If True, the plot is
     982                        replotted based on the new parameter setting(s).
     983                        Otherwise,the parameter(s) are set without replotting.
     984        """
    828985        if selection is None:
    829986            # reset
    … …  
    8451002        order = [d0[self._panelling],d0[self._stacking]]
    8461003        self._selection.set_order(order)
    847         if self._data and refresh: self.plot(self._data)
     1004        if refresh and self._data: self.plot(self._data)
    8481005
    8491006    def _get_selected_n(self, scan):
    … …  
    8681025            poleval = scan._getpollabel(scan.getpol(row),scan.poltype())
    8691026        d = {'b': "Beam "+str(scan.getbeam(row)),
    870              's': scan._getsourcename(row),
     1027             #'s': scan._getsourcename(row),
     1028             's': "Scan "+str(scan.getscan(row))+\
     1029                  " ("+str(scan._getsourcename(row))+")",
    8711030             'i': "IF"+str(scan.getif(row)),
    8721031             'p': poleval,
    … …  
    8741033        return userlabel or d[mode]
    8751034
    876     def plotazel(self):
     1035    def plotazel(self, scan=None, outfile=None):
     1036    #def plotazel(self):
    8771037        """
    8781038        plot azimuth and elevation versus time of a scantable
    … …  
    8831043        from matplotlib.ticker import MultipleLocator
    8841044        from numpy import array, pi
     1045        self._data = scan
     1046        self._outfile = outfile
    8851047        dates = self._data.get_time(asdatetime=True)
    8861048        t = PL.date2num(dates)
    … …  
    8891051        PL.ioff()
    8901052        PL.clf()
     1053        # Adjust subplot layouts
     1054        if len(self._panellayout) !=6: self.set_panellayout(refresh=False)
     1055        lef, bot, rig, top, wsp, hsp = self._panellayout
     1056        PL.gcf().subplots_adjust(left=lef,bottom=bot,right=rig,top=top,
     1057                                 wspace=wsp,hspace=hsp)
     1058       
    8911059        tdel = max(t) - min(t)
    8921060        ax = PL.subplot(2,1,1)
    … …  
    9101078
    9111079        PL.title(dstr)
    912         PL.plot_date(t,el,'b,', tz=tz)
     1080        if tdel == 0.0:
     1081            th = (t - PL.floor(t))*24.0
     1082            PL.plot(th,el,'o',markersize=2, markerfacecolor='b', markeredgecolor='b')
     1083        else:
     1084            PL.plot_date(t,el,'o', markersize=2, markerfacecolor='b', markeredgecolor='b',tz=tz)
     1085            #ax.grid(True)
     1086            ax.xaxis.set_major_formatter(timefmt)
     1087            ax.xaxis.set_major_locator(majloc)
     1088            ax.xaxis.set_minor_locator(minloc)
    9131089        ax.yaxis.grid(True)
    914 
     1090        yloc = MultipleLocator(30)
     1091        ax.set_ylim(0,90)
     1092        ax.yaxis.set_major_locator(yloc)
    9151093        if tdel > 1.0:
    9161094            labels = ax.get_xticklabels()
    9171095        #    PL.setp(labels, fontsize=10, rotation=45)
    9181096            PL.setp(labels, fontsize=10)
     1097
    9191098        # Az plot
    9201099        az = array(self._data.get_azimuth())*180./pi
    … …  
    9231102                if az[irow] < 0: az[irow] += 360.0
    9241103
    925         ax2 = ax.figure.add_subplot(2,1,2, sharex=ax)
    926         ax2.set_xlabel('Time (UT)')
    927         ax2.set_ylabel('Az [deg.]')
    928         ax2.plot_date(t,az,'b,', tz=tz)
     1104        ax2 = PL.subplot(2,1,2)
     1105        #PL.xlabel('Time (UT [hour])')
     1106        PL.ylabel('Az [deg.]')
     1107        if tdel == 0.0:
     1108            PL.plot(th,az,'o',markersize=2, markeredgecolor='b',markerfacecolor='b')
     1109        else:
     1110            PL.plot_date(t,az,'o', markersize=2,markeredgecolor='b',markerfacecolor='b',tz=tz)
     1111            ax2.xaxis.set_major_formatter(timefmt)
     1112            ax2.xaxis.set_major_locator(majloc)
     1113            ax2.xaxis.set_minor_locator(minloc)
     1114        #ax2.grid(True)
     1115        ax2.set_ylim(0,360)
    9291116        ax2.yaxis.grid(True)
    930         # set this last as x axis is shared
    931         ax.xaxis.set_major_formatter(timefmt)
    932         ax.xaxis.set_major_locator(majloc)
    933         ax.xaxis.set_minor_locator(minloc)
     1117        #hfmt = DateFormatter('%H')
     1118        #hloc = HourLocator()
     1119        yloc = MultipleLocator(60)
     1120        ax2.yaxis.set_major_locator(yloc)
     1121        if tdel > 1.0:
     1122            labels = ax2.get_xticklabels()
     1123            PL.setp(labels, fontsize=10)
     1124            PL.xlabel('Time (UT [day])')
     1125        else:
     1126            PL.xlabel('Time (UT [hour])')
     1127
    9341128        PL.ion()
    9351129        PL.draw()
    936 
    937     def plotpointing(self):
     1130        if (self._outfile is not None):
     1131           PL.savefig(self._outfile)
     1132
     1133    def plotpointing(self, scan=None, outfile=None):
     1134    #def plotpointing(self):
    9381135        """
    9391136        plot telescope pointings
    9401137        """
    9411138        from matplotlib import pylab as PL
    942         from numpy import array
     1139        from numpy import array, pi
     1140        self._data = scan
     1141        self._outfile = outfile
    9431142        dir = array(self._data.get_directionval()).transpose()
    9441143        ra = dir[0]*180./pi
    9451144        dec = dir[1]*180./pi
    9461145        PL.cla()
    947         PL.ioff()
     1146        #PL.ioff()
    9481147        PL.clf()
    949         ax = PL.axes([0.1,0.1,0.8,0.8])
    950         ax = PL.axes([0.1,0.1,0.8,0.8])
     1148        # Adjust subplot layouts
     1149        if len(self._panellayout) !=6: self.set_panellayout(refresh=False)
     1150        lef, bot, rig, top, wsp, hsp = self._panellayout
     1151        PL.gcf().subplots_adjust(left=lef,bottom=bot,right=rig,top=top,
     1152                                 wspace=wsp,hspace=hsp)
     1153        ax = PL.gca()
     1154        #ax = PL.axes([0.1,0.1,0.8,0.8])
     1155        #ax = PL.axes([0.1,0.1,0.8,0.8])
    9511156        ax.set_aspect('equal')
    9521157        PL.plot(ra, dec, 'b,')
    … …  
    9561161        [xmin,xmax,ymin,ymax] = PL.axis()
    9571162        PL.axis([xmax,xmin,ymin,ymax])
    958         PL.ion()
     1163        #PL.ion()
    9591164        PL.draw()
     1165        if (self._outfile is not None):
     1166           PL.savefig(self._outfile)
     1167
     1168    # plot total power data
     1169    # plotting in time is not yet implemented..
     1170    def plottp(self, scan=None, outfile=None):
     1171        if self._plotter.is_dead:
     1172            if hasattr(self._plotter.figmgr,'casabar'):
     1173                del self._plotter.figmgr.casabar
     1174            self._plotter = self._newplotter()
     1175            self._plotter.figmgr.casabar=self._newcasabar()
     1176        self._plotter.hold()
     1177        self._plotter.clear()
     1178        from asap import scantable
     1179        if not self._data and not scan:
     1180            msg = "Input is not a scantable"
     1181            if rcParams['verbose']:
     1182                #print msg
     1183                asaplog.push( msg )
     1184                print_log( 'ERROR' )
     1185                return
     1186            raise TypeError(msg)
     1187        if isinstance(scan, scantable):
     1188            if self._data is not None:
     1189                if scan != self._data:
     1190                    self._data = scan
     1191                    # reset
     1192                    self._reset()
     1193            else:
     1194                self._data = scan
     1195                self._reset()
     1196        # ranges become invalid when abcissa changes?
     1197        #if self._abcunit and self._abcunit != self._data.get_unit():
     1198        #    self._minmaxx = None
     1199        #    self._minmaxy = None
     1200        #    self._abcunit = self._data.get_unit()
     1201        #    self._datamask = None
     1202
     1203        # Adjust subplot layouts
     1204        if len(self._panellayout) !=6: self.set_panellayout(refresh=False)
     1205        lef, bot, rig, top, wsp, hsp = self._panellayout
     1206        self._plotter.figure.subplots_adjust(
     1207            left=lef,bottom=bot,right=rig,top=top,wspace=wsp,hspace=hsp)
     1208        if self._plotter.figmgr.casabar: self._plotter.figmgr.casabar.disable_button()
     1209        self._plottp(self._data)
     1210        if self._minmaxy is not None:
     1211            self._plotter.set_limits(ylim=self._minmaxy)
     1212        self._plotter.release()
     1213        self._plotter.tidy()
     1214        self._plotter.show(hardrefresh=False)
     1215        print_log()
     1216        return
     1217
     1218    def _plottp(self,scan):
     1219        """
     1220        private method for plotting total power data
     1221        """
     1222        from matplotlib.numerix import ma, array, arange, logical_not
     1223        r=0
     1224        nr = scan.nrow()
     1225        a0,b0 = -1,-1
     1226        allxlim = []
     1227        allylim = []
     1228        y=[]
     1229        self._plotter.set_panels()
     1230        self._plotter.palette(0)
     1231        #title
     1232        #xlab = self._abcissa and self._abcissa[panelcount] \
     1233        #       or scan._getabcissalabel()
     1234        #ylab = self._ordinate and self._ordinate[panelcount] \
     1235        #       or scan._get_ordinate_label()
     1236        xlab = self._abcissa or 'row number' #or Time
     1237        ylab = self._ordinate or scan._get_ordinate_label()
     1238        self._plotter.set_axes('xlabel',xlab)
     1239        self._plotter.set_axes('ylabel',ylab)
     1240        lbl = self._get_label(scan, r, 's', self._title)
     1241        if isinstance(lbl, list) or isinstance(lbl, tuple):
     1242        #    if 0 <= panelcount < len(lbl):
     1243        #        lbl = lbl[panelcount]
     1244        #    else:
     1245                # get default label
     1246             lbl = self._get_label(scan, r, self._panelling, None)
     1247        self._plotter.set_axes('title',lbl)
     1248        y=array(scan._get_column(scan._getspectrum,-1))
     1249        m = array(scan._get_column(scan._getmask,-1))
     1250        y = ma.masked_array(y,mask=logical_not(array(m,copy=False)))
     1251        x = arange(len(y))
     1252        # try to handle spectral data somewhat...
     1253        l,m = y.shape
     1254        if m > 1:
     1255            y=y.mean(axis=1)
     1256        plotit = self._plotter.plot
     1257        llbl = self._get_label(scan, r, self._stacking, None)
     1258        self._plotter.set_line(label=llbl)
     1259        if len(x) > 0:
     1260            plotit(x,y)
     1261
     1262
     1263    # forwards to matplotlib.Figure.text
     1264    def figtext(self, *args, **kwargs):
     1265        """
     1266        Add text to figure at location x,y (relative 0-1 coords).
     1267        This method forwards *args and **kwargs to a Matplotlib method,
     1268        matplotlib.Figure.text.
     1269        See the method help for detailed information.
     1270        """
     1271        self._plotter.text(*args, **kwargs)
     1272    # end matplotlib.Figure.text forwarding function
     1273
     1274
     1275    # printing header information
     1276    def print_header(self, plot=True, fontsize=9, logger=False, selstr='', extrastr=''):
     1277        """
     1278        print data (scantable) header on the plot and/or logger.
     1279        Parameters:
     1280            plot:      whether or not print header info on the plot.
     1281            fontsize:  header font size (valid only plot=True)
     1282            autoscale: whether or not autoscale the plot (valid only plot=True)
     1283            logger:    whether or not print header info on the logger.
     1284            selstr:    additional selection string (not verified)
     1285            extrastr:  additional string to print (not verified)
     1286        """
     1287        if not plot and not logger: return
     1288        if not self._data: raise RuntimeError("No scantable has been set yet.")
     1289        # Now header will be printed on plot and/or logger.
     1290        # Get header information and format it.
     1291        ssum=self._data.__str__()
     1292        # Print Observation header to the upper-left corner of plot
     1293        if plot:
     1294            headstr=[ssum[ssum.find('Observer:'):ssum.find('Flux Unit:')]]
     1295            headstr.append(ssum[ssum.find('Beams:'):ssum.find('Observer:')]
     1296                         +ssum[ssum.find('Rest Freqs:'):ssum.find('Abcissa:')])
     1297            if extrastr != '': headstr[0]=extrastr+'\n'+headstr[0]
     1298            #headstr[1]='Data File:     '+(filestr or 'unknown')+'\n'+headstr[1]
     1299            ssel='***Selections***\n'+(selstr+self._data.get_selection().__str__() or 'none')
     1300            headstr.append(ssel)
     1301            nstcol=len(headstr)
     1302           
     1303            self._plotter.hold()
     1304            for i in range(nstcol):
     1305                self._plotter.figure.text(0.03+float(i)/nstcol,0.98,
     1306                             headstr[i],
     1307                             horizontalalignment='left',
     1308                             verticalalignment='top',
     1309                             fontsize=fontsize)
     1310            import time
     1311            self._plotter.figure.text(0.99,0.0,
     1312                            time.strftime("%a %d %b %Y  %H:%M:%S %Z"),
     1313                            horizontalalignment='right',
     1314                            verticalalignment='bottom',fontsize=8)
     1315            self._plotter.release()
     1316            del headstr, ssel
     1317        if logger:
     1318            asaplog.push("----------------\n  Plot Summary\n----------------")
     1319            asaplog.push(extrastr)
     1320            asaplog.push(ssum[ssum.find('Beams:'):])
     1321            print_log()
     1322        del ssum
     1323
     1324

  • branches/mergetest/python/asapreader.py

    r1695 r1779  
    11from asap._asap import stfiller
    2 from asap import print_log_dec
     2from asap import print_log, print_log_dec
    33
    44class reader(stfiller):
    … …  
    2525               rpfits ONLY.
    2626    """
    27     @print_log_dec
     27    #@print_log_dec
    2828    def __init__(self, filename, unit=None, theif=None, thebeam=None):
    2929        self.unit = unit
    … …  
    4646        filename = expandvars(filename)
    4747        stfiller.__init__(self, filename, theif, thebeam)
     48        print_log()
    4849
    49     @print_log_dec
     50    #@print_log_dec
    5051    def read(self):
    5152        """
    … …  
    5960        if self.unit is not None:
    6061            tbl.set_fluxunit(self.unit)
     62        print_log()
    6163        return scantable(tbl)
    6264

  • branches/mergetest/python/linecatalog.py

    r1534 r1779  
    88from asap._asap import linecatalog as lcbase
    99from asap import rcParams
     10from asap import asaplog
    1011import os
    1112
    … …  
    3031            msg = "File '%s' not found" % fpath
    3132            if rcParams['verbose']:
    32                 print msg
     33                #print msg
     34                asaplog.push( msg )
     35                print_log( 'ERROR' )
    3336                return
    3437            else:
    … …  
    97100                msg = "File %s exists." % name
    98101                if rcParams['verbose']:
    99                     print msg
     102                    #print msg
     103                    asaplog.push( msg )
     104                    print_log( 'ERROR' )
    100105                    return
    101106                else:

  • branches/mergetest/python/scantable.py

    r1731 r1779  
    3535        The ASAP container for scans
    3636    """
    37     @print_log_dec
    38     def __init__(self, filename, average=None, unit=None, parallactify=None):
     37
     38    #@print_log_dec
     39    def __init__(self, filename, average=None, unit=None, getpt=None, antenna=None, parallactify=None):
    3940        """
    4041        Create a scantable from a saved one or make a reference
    … …  
    5455                         (input rpfits/sdfits/ms) or replaces the value
    5556                         in existing scantables
     57            getpt:       for MeasurementSet input data only:
     58                         If True, all pointing data are filled.
     59                         The deafult is False, which makes time to load
     60                         the MS data faster in some cases.
     61            antenna:     Antenna selection. integer (id) or string (name
     62                         or id).
    5663            parallactify: Indcicate that the data had been parallatified.
    5764                          Default is taken form rc file.
    … …  
    5966        if average is None:
    6067            average = rcParams['scantable.autoaverage']
     68        if getpt is None:
     69            getpt = True
     70        if antenna is None:
     71            antenna = ''
     72        elif type(antenna) == int:
     73            antenna = '%s'%antenna
     74        elif type(antenna) == list:
     75            tmpstr = ''
     76            for i in range( len(antenna) ):
     77                if type(antenna[i]) == int:
     78                    tmpstr = tmpstr + ('%s,'%(antenna[i]))
     79                elif type(antenna[i]) == str:
     80                    tmpstr=tmpstr+antenna[i]+','
     81                else:
     82                    asaplog.push('Bad antenna selection.')
     83                    print_log('ERROR')
     84                    return
     85            antenna = tmpstr.rstrip(',')
    6186        parallactify = parallactify or rcParams['scantable.parallactify']
    6287        varlist = vars()
    6388        from asap._asap import stmath
    64         self._math = stmath()
     89        self._math = stmath( rcParams['insitu'] )
    6590        if isinstance(filename, Scantable):
    6691            Scantable.__init__(self, filename)
    … …  
    7398                    if rcParams['verbose']:
    7499                        asaplog.push(s)
     100                        print_log('ERROR')
    75101                        return
    76102                    raise IOError(s)
    … …  
    80106                    if unit is not None:
    81107                        self.set_fluxunit(unit)
    82                     self.set_freqframe(rcParams['scantable.freqframe'])
     108                    # do not reset to the default freqframe
     109                    #self.set_freqframe(rcParams['scantable.freqframe'])
     110                elif os.path.isdir(filename) \
     111                         and not os.path.exists(filename+'/table.f1'):
     112                    msg = "The given file '%s'is not a valid " \
     113                          "asap table." % (filename)
     114                    if rcParams['verbose']:
     115                        #print msg
     116                        asaplog.push( msg )
     117                        print_log( 'ERROR' )
     118                        return
     119                    else:
     120                        raise IOError(msg)
    83121                else:
    84                     self._fill([filename], unit, average)
     122                    self._fill([filename], unit, average, getpt, antenna)
    85123            elif (isinstance(filename, list) or isinstance(filename, tuple)) \
    86124                  and isinstance(filename[-1], str):
    87                 self._fill(filename, unit, average)
     125                self._fill(filename, unit, average, getpt, antenna)
    88126        self.parallactify(parallactify)
    89127        self._add_history("scantable", varlist)
    90 
    91     @print_log_dec
     128        print_log()
     129
     130    #@print_log_dec
    92131    def save(self, name=None, format=None, overwrite=False):
    93132        """
    … …  
    126165                msg = "File %s exists." % name
    127166                if rcParams['verbose']:
    128                     print msg
     167                    #print msg
     168                    asaplog.push( msg )
     169                    print_log( 'ERROR' )
    129170                    return
    130171                else:
    … …  
    137178            writer = stw(format2)
    138179            writer.write(self, name)
     180        print_log()
    139181        return
    140182
    … …  
    164206        if not _is_valid(scanid):
    165207            if rcParams['verbose']:
    166                 print "Please specify a scanno to drop from the scantable"
     208                #print "Please specify a scanno to drop from the scantable"
     209                asaplog.push( 'Please specify a scanno to drop from the scantable' )
     210                print_log( 'ERROR' )
    167211                return
    168212            else:
    … …  
    176220        except ValueError:
    177221            if rcParams['verbose']:
    178                 print "Couldn't find any match."
     222                #print "Couldn't find any match."
     223                print_log()
     224                asaplog.push( "Couldn't find any match." )
     225                print_log( 'ERROR' )
    179226                return
    180227            else: raise
    … …  
    184231        except RuntimeError:
    185232            if rcParams['verbose']:
    186                 print "Couldn't find any match."
     233                #print "Couldn't find any match."
     234                print_log()
     235                asaplog.push( "Couldn't find any match." )
     236                print_log( 'ERROR' )
    187237            else:
    188238                raise
    … …  
    215265        if scanid is None:
    216266            if rcParams['verbose']:
    217                 print "Please specify a scan no or name to " \
    218                       "retrieve from the scantable"
     267                #print "Please specify a scan no or name to " \
     268                #      "retrieve from the scantable"
     269                asaplog.push( 'Please specify a scan no or name to retrieve from the scantable' )
     270                print_log( 'ERROR' )
    219271                return
    220272            else:
    … …  
    236288                msg = "Illegal scanid type, use 'int' or 'list' if ints."
    237289                if rcParams['verbose']:
    238                     print msg
     290                    #print msg
     291                    asaplog.push( msg )
     292                    print_log( 'ERROR' )
    239293                else:
    240294                    raise TypeError(msg)
    241295        except RuntimeError:
    242             if rcParams['verbose']: print "Couldn't find any match."
     296            if rcParams['verbose']:
     297                #print "Couldn't find any match."
     298                print_log()
     299                asaplog.push( "Couldn't find any match." )
     300                print_log( 'ERROR' )
    243301            else: raise
    244302
    … …  
    266324                msg = "Illegal file name '%s'." % (filename)
    267325                if rcParams['verbose']:
    268                     print msg
     326                    #print msg
     327                    asaplog.push( msg )
     328                    print_log( 'ERROR' )
    269329                else:
    270330                    raise IOError(msg)
    … …  
    367427        self._setselection(selection)
    368428
    369     def stats(self, stat='stddev', mask=None):
     429    def get_row(self, row=0, insitu=None):
     430        """
     431        Select a row in the scantable.
     432        Return a scantable with single row.
     433        Parameters:
     434            row: row no of integration, default is 0.
     435            insitu: if False a new scantable is returned.
     436                    Otherwise, the scaling is done in-situ
     437                    The default is taken from .asaprc (False)
     438        """
     439        if insitu is None: insitu = rcParams['insitu']
     440        if not insitu:
     441            workscan = self.copy()
     442        else:
     443            workscan = self
     444        # Select a row
     445        sel=selector()
     446        sel.set_scans([workscan.getscan(row)])
     447        sel.set_cycles([workscan.getcycle(row)])
     448        sel.set_beams([workscan.getbeam(row)])
     449        sel.set_ifs([workscan.getif(row)])
     450        sel.set_polarisations([workscan.getpol(row)])
     451        sel.set_name(workscan._getsourcename(row))
     452        workscan.set_selection(sel)
     453        if not workscan.nrow() == 1:
     454            msg = "Cloud not identify single row. %d rows selected."%(workscan.nrow())
     455            raise RuntimeError(msg)
     456        del sel
     457        if insitu:
     458            self._assign(workscan)
     459        else:
     460            return workscan
     461
     462    #def stats(self, stat='stddev', mask=None):
     463    def stats(self, stat='stddev', mask=None, form='3.3f'):
    370464        """
    371465        Determine the specified statistic of the current beam/if/pol
    … …  
    373467        channels should be excluded.
    374468        Parameters:
    375             stat:    'min', 'max', 'sumsq', 'sum', 'mean'
    376                      'var', 'stddev', 'avdev', 'rms', 'median'
     469            stat:    'min', 'max', 'min_abc', 'max_abc', 'sumsq', 'sum',
     470                     'mean', 'var', 'stddev', 'avdev', 'rms', 'median'
    377471            mask:    an optional mask specifying where the statistic
    378472                     should be determined.
     473            form:    format string to print statistic values
    379474        Example:
    380475            scan.set_unit('channel')
    … …  
    387482                             "number of channels. Please use setselection() "
    388483                             "to select individual IFs")
    389 
    390         statvals = self._math._stats(self, mask, stat)
    391         def cb(i):
    392             return statvals[i]
    393 
    394         return self._row_callback(cb, stat)
     484        rtnabc = False
     485        if stat.lower().endswith('_abc'): rtnabc = True
     486        getchan = False
     487        if stat.lower().startswith('min') or stat.lower().startswith('max'):
     488            chan = self._math._minmaxchan(self, mask, stat)
     489            getchan = True
     490            statvals = []
     491        if not rtnabc: statvals = self._math._stats(self, mask, stat)
     492
     493        #def cb(i):
     494        #    return statvals[i]
     495
     496        #return self._row_callback(cb, stat)
     497
     498        label=stat
     499        #callback=cb
     500        out = ""
     501        #outvec = []
     502        sep = '-'*50
     503        for i in range(self.nrow()):
     504            refstr = ''
     505            statunit= ''
     506            if getchan:
     507                qx, qy = self.chan2data(rowno=i, chan=chan[i])
     508                if rtnabc:
     509                    statvals.append(qx['value'])
     510                    refstr = ('(value: %'+form) % (qy['value'])+' ['+qy['unit']+'])'
     511                    statunit= '['+qx['unit']+']'
     512                else:
     513                    refstr = ('(@ %'+form) % (qx['value'])+' ['+qx['unit']+'])'
     514
     515            tm = self._gettime(i)
     516            src = self._getsourcename(i)
     517            out += 'Scan[%d] (%s) ' % (self.getscan(i), src)
     518            out += 'Time[%s]:\n' % (tm)
     519            if self.nbeam(-1) > 1:
     520                out +=  ' Beam[%d] ' % (self.getbeam(i))
     521            if self.nif(-1) > 1: out +=  ' IF[%d] ' % (self.getif(i))
     522            if self.npol(-1) > 1: out +=  ' Pol[%d] ' % (self.getpol(i))
     523            #outvec.append(callback(i))
     524            #out += ('= %'+form) % (outvec[i]) +'   '+refstr+'\n'
     525            out += ('= %'+form) % (statvals[i]) +'   '+refstr+'\n'
     526            out +=  sep+"\n"
     527
     528        if rcParams['verbose']:
     529            import os
     530            if os.environ.has_key( 'USER' ):
     531                usr=os.environ['USER']
     532            else:
     533                import commands
     534                usr=commands.getoutput( 'whoami' )
     535            tmpfile='/tmp/tmp_'+usr+'_casapy_asap_scantable_stats'
     536            f=open(tmpfile,'w')
     537            print >> f, sep
     538            print >> f, ' %s %s' % (label, statunit)
     539            print >> f, sep
     540            print >> f, out
     541            f.close()
     542            f=open(tmpfile,'r')
     543            x=f.readlines()
     544            f.close()
     545            blanc=''
     546            asaplog.push(blanc.join(x), False)
     547            #for xx in x:
     548            #    asaplog.push( xx, False )
     549            print_log()
     550        return statvals
     551
     552    def chan2data(self, rowno=0, chan=0):
     553        """
     554        Returns channel/frequency/velocity and spectral value
     555        at an arbitrary row and channel in the scantable.
     556        Parameters:
     557            rowno:   a row number in the scantable. Default is the
     558                     first row, i.e. rowno=0
     559            chan:    a channel in the scantable. Default is the first
     560                     channel, i.e. pos=0
     561        """
     562        if isinstance(rowno, int) and isinstance(chan, int):
     563            qx = {'unit': self.get_unit(),
     564                  'value': self._getabcissa(rowno)[chan]}
     565            qy = {'unit': self.get_fluxunit(),
     566                  'value': self._getspectrum(rowno)[chan]}
     567            return qx, qy
    395568
    396569    def stddev(self, mask=None):
    … …  
    462635            out +=  sep+'\n'
    463636        if rcParams['verbose']:
    464             print sep
    465             print " %s" % (label)
    466             print sep
    467             print out
     637            asaplog.push(sep)
     638            asaplog.push(" %s" % (label))
     639            asaplog.push(sep)
     640            asaplog.push(out)
     641            print_log()
    468642        return outvec
    469643
    … …  
    474648            return [callback(i) for i in range(self.nrow())]
    475649        else:
    476             if 0 <= row < self.nrow():
     650            if  0 <= row < self.nrow():
    477651                return callback(row)
    478652
    … …  
    578752        return self._get_column(self._getdirectionvec, row)
    579753
    580     @print_log_dec
     754    #@print_log_dec
    581755    def set_unit(self, unit='channel'):
    582756        """
    … …  
    594768        self._add_history("set_unit", varlist)
    595769
    596     @print_log_dec
     770    #@print_log_dec
    597771    def set_instrument(self, instr):
    598772        """
    … …  
    604778        self._setInstrument(instr)
    605779        self._add_history("set_instument", vars())
    606 
    607     @print_log_dec
     780        print_log()
     781
     782    #@print_log_dec
    608783    def set_feedtype(self, feedtype):
    609784        """
    … …  
    614789        self._setfeedtype(feedtype)
    615790        self._add_history("set_feedtype", vars())
    616 
    617     @print_log_dec
     791        print_log()
     792
     793    #@print_log_dec
    618794    def set_doppler(self, doppler='RADIO'):
    619795        """
    … …  
    627803        self._setcoordinfo(inf)
    628804        self._add_history("set_doppler", vars())
    629 
    630     @print_log_dec
     805        print_log()
     806
     807    #@print_log_dec
    631808    def set_freqframe(self, frame=None):
    632809        """
    … …  
    634811        Parameters:
    635812            frame:   an optional frame type, default 'LSRK'. Valid frames are:
    636                      'REST', 'TOPO', 'LSRD', 'LSRK', 'BARY',
     813                     'TOPO', 'LSRD', 'LSRK', 'BARY',
    637814                     'GEO', 'GALACTO', 'LGROUP', 'CMB'
    638815        Examples:
    … …  
    641818        frame = frame or rcParams['scantable.freqframe']
    642819        varlist = vars()
    643         valid = ['REST', 'TOPO', 'LSRD', 'LSRK', 'BARY', \
     820        # "REST" is not implemented in casacore
     821        #valid = ['REST', 'TOPO', 'LSRD', 'LSRK', 'BARY', \
     822        #           'GEO', 'GALACTO', 'LGROUP', 'CMB']
     823        valid = ['TOPO', 'LSRD', 'LSRK', 'BARY', \
    644824                   'GEO', 'GALACTO', 'LGROUP', 'CMB']
    645825
    … …  
    652832            msg  = "Please specify a valid freq type. Valid types are:\n", valid
    653833            if rcParams['verbose']:
    654                 print msg
     834                #print msg
     835                asaplog.push( msg )
     836                print_log( 'ERROR' )
    655837            else:
    656838                raise TypeError(msg)
     839        print_log()
    657840
    658841    def set_dirframe(self, frame=""):
    … …  
    670853        except RuntimeError, msg:
    671854            if rcParams['verbose']:
    672                 print msg
     855                #print msg
     856                print_log()
     857                asaplog.push( str(msg) )
     858                print_log( 'ERROR' )
    673859            else:
    674860                raise
    … …  
    698884        abc = self._getabcissa(rowno)
    699885        lbl = self._getabcissalabel(rowno)
     886        print_log()
    700887        return abc, lbl
    701888
    702     def flag(self, mask=None):
     889    def flag(self, mask=None, unflag=False):
    703890        """
    704891        Flag the selected data using an optional channel mask.
    … …  
    706893            mask:   an optional channel mask, created with create_mask. Default
    707894                    (no mask) is all channels.
     895            unflag:    if True, unflag the data
    708896        """
    709897        varlist = vars()
    710898        mask = mask or []
    711899        try:
    712             self._flag(mask)
     900            self._flag(mask, unflag)
    713901        except RuntimeError, msg:
    714902            if rcParams['verbose']:
    715                 print msg
     903                #print msg
     904                print_log()
     905                asaplog.push( str(msg) )
     906                print_log( 'ERROR' )
    716907                return
    717908            else: raise
    718909        self._add_history("flag", varlist)
    719910
    720     @print_log_dec
     911    def flag_row(self, rows=[], unflag=False):
     912        """
     913        Flag the selected data in row-based manner.
     914        Parameters:
     915            rows:   list of row numbers to be flagged. Default is no row (must be explicitly specified to execute row-based flagging).
     916            unflag: if True, unflag the data.
     917        """
     918        varlist = vars()
     919        try:
     920            self._flag_row(rows, unflag)
     921        except RuntimeError, msg:
     922            if rcParams['verbose']:
     923                print_log()
     924                asaplog.push( str(msg) )
     925                print_log('ERROR')
     926                return
     927            else: raise
     928        self._add_history("flag_row", varlist)
     929       
     930    def clip(self, uthres=None, dthres=None, clipoutside=True, unflag=False):
     931        """
     932        Flag the selected data outside a specified range (in channel-base)
     933        Parameters:
     934            uthres:      upper threshold.
     935            dthres:      lower threshold
     936            clipoutside: True for flagging data outside the range [dthres:uthres].
     937                         False for glagging data inside the range.
     938            unflag     : if True, unflag the data.
     939        """
     940        varlist = vars()
     941        try:
     942            self._clip(uthres, dthres, clipoutside, unflag)
     943        except RuntimeError, msg:
     944            if rcParams['verbose']:
     945                print_log()
     946                asaplog.push(str(msg))
     947                print_log('ERROR')
     948                return
     949            else: raise
     950        self._add_history("clip", varlist)
     951
     952    #@print_log_dec
    721953    def lag_flag(self, start, end, unit="MHz", insitu=None):
     954    #def lag_flag(self, frequency, width=0.0, unit="GHz", insitu=None):
    722955        """
    723956        Flag the data in 'lag' space by providing a frequency to remove.
    … …  
    748981        except RuntimeError, msg:
    749982            if rcParams['verbose']:
    750                 print msg
     983                #print msg
     984                print_log()
     985                asaplog.push( str(msg) )
     986                print_log( 'ERROR' )
    751987                return
    752988            else: raise
    753989        s._add_history("lag_flag", varlist)
     990        print_log()
    754991        if insitu:
    755992            self._assign(s)
    … …  
    757994            return s
    758995
    759     @print_log_dec
     996    #@print_log_dec
    760997    def create_mask(self, *args, **kwargs):
    761998        """
    … …  
    8191056            if kwargs.get('invert'):
    8201057                msk = mask_not(msk)
     1058        print_log()
    8211059        return msk
    8221060
    823     def get_restfreqs(self):
     1061    def get_masklist(self, mask=None, row=0):
     1062        """
     1063        Compute and return a list of mask windows, [min, max].
     1064        Parameters:
     1065            mask:       channel mask, created with create_mask.
     1066            row:        calcutate the masklist using the specified row
     1067                        for unit conversions, default is row=0
     1068                        only necessary if frequency varies over rows.
     1069        Returns:
     1070            [min, max], [min2, max2], ...
     1071                Pairs of start/end points (inclusive)specifying
     1072                the masked regions
     1073        """
     1074        if not (isinstance(mask,list) or isinstance(mask, tuple)):
     1075            raise TypeError("The mask should be list or tuple.")
     1076        if len(mask) < 2:
     1077            raise TypeError("The mask elements should be > 1")
     1078        if self.nchan() != len(mask):
     1079            msg = "Number of channels in scantable != number of mask elements"
     1080            raise TypeError(msg)
     1081        data = self._getabcissa(row)
     1082        u = self._getcoordinfo()[0]
     1083        if rcParams['verbose']:
     1084            if u == "": u = "channel"
     1085            msg = "The current mask window unit is %s" % u
     1086            i = self._check_ifs()
     1087            if not i:
     1088                msg += "\nThis mask is only valid for IF=%d" % (self.getif(i))
     1089            asaplog.push(msg)
     1090        masklist=[]
     1091        ist, ien = None, None
     1092        ist, ien=self.get_mask_indices(mask)
     1093        if ist is not None and ien is not None:
     1094            for i in xrange(len(ist)):
     1095                range=[data[ist[i]],data[ien[i]]]
     1096                range.sort()
     1097                masklist.append([range[0],range[1]])
     1098        return masklist
     1099
     1100    def get_mask_indices(self, mask=None):
     1101        """
     1102        Compute and Return lists of mask start indices and mask end indices.
     1103         Parameters:
     1104            mask:       channel mask, created with create_mask.
     1105        Returns:
     1106            List of mask start indices and that of mask end indices,
     1107            i.e., [istart1,istart2,....], [iend1,iend2,....].
     1108        """
     1109        if not (isinstance(mask,list) or isinstance(mask, tuple)):
     1110            raise TypeError("The mask should be list or tuple.")
     1111        if len(mask) < 2:
     1112            raise TypeError("The mask elements should be > 1")
     1113        istart=[]
     1114        iend=[]
     1115        if mask[0]: istart.append(0)
     1116        for i in range(len(mask)-1):
     1117            if not mask[i] and mask[i+1]:
     1118                istart.append(i+1)
     1119            elif mask[i] and not mask[i+1]:
     1120                iend.append(i)
     1121        if mask[len(mask)-1]: iend.append(len(mask)-1)
     1122        if len(istart) != len(iend):
     1123            raise RuntimeError("Numbers of mask start != mask end.")
     1124        for i in range(len(istart)):
     1125            if istart[i] > iend[i]:
     1126                raise RuntimeError("Mask start index > mask end index")
     1127                break
     1128        return istart,iend
     1129
     1130#    def get_restfreqs(self):
     1131#        """
     1132#        Get the restfrequency(s) stored in this scantable.
     1133#        The return value(s) are always of unit 'Hz'
     1134#        Parameters:
     1135#            none
     1136#        Returns:
     1137#            a list of doubles
     1138#        """
     1139#        return list(self._getrestfreqs())
     1140
     1141    def get_restfreqs(self, ids=None):
    8241142        """
    8251143        Get the restfrequency(s) stored in this scantable.
    8261144        The return value(s) are always of unit 'Hz'
    8271145        Parameters:
    828             none
     1146            ids: (optional) a list of MOLECULE_ID for that restfrequency(s) to
     1147                 be retrieved
    8291148        Returns:
    830             a list of doubles
    831         """
    832         return list(self._getrestfreqs())
    833 
     1149            dictionary containing ids and a list of doubles for each id
     1150        """
     1151        if ids is None:
     1152            rfreqs={}
     1153            idlist = self.getmolnos()
     1154            for i in idlist:
     1155                rfreqs[i]=list(self._getrestfreqs(i))
     1156            return rfreqs
     1157        else:
     1158            if type(ids)==list or type(ids)==tuple:
     1159                rfreqs={}
     1160                for i in ids:
     1161                    rfreqs[i]=list(self._getrestfreqs(i))
     1162                return rfreqs
     1163            else:
     1164                return list(self._getrestfreqs(ids))
     1165            #return list(self._getrestfreqs(ids))
    8341166
    8351167    def set_restfreqs(self, freqs=None, unit='Hz'):
    8361168        """
     1169        ********NEED TO BE UPDATED begin************
    8371170        Set or replace the restfrequency specified and
    8381171        If the 'freqs' argument holds a scalar,
    … …  
    8461179        E.g. 'freqs=[1e9, 2e9]'  would mean IF 0 gets restfreq 1e9 and
    8471180        IF 1 gets restfreq 2e9.
     1181        ********NEED TO BE UPDATED end************
    8481182        You can also specify the frequencies via a linecatalog.
    8491183
    … …  
    8531187
    8541188        Example:
    855             # set the given restfrequency for the whole table
     1189            # set the given restfrequency for the all currently selected IFs
    8561190            scan.set_restfreqs(freqs=1.4e9)
    857             # If thee number of IFs in the data is >= 2 IF0 gets the first
    858             # value IF1 the second...
    859             scan.set_restfreqs(freqs=[1.4e9, 1.67e9])
     1191            # set multiple restfrequencies to all the selected data
     1192            scan.set_restfreqs(freqs=[1.4e9, 1.41e9, 1.42e9])
     1193            # If the number of IFs in the data is >= 2 the IF0 gets the first
     1194            # value IF1 the second... NOTE that freqs needs to be
     1195            # specified in list of list (e.g. [[],[],...] ).
     1196            scan.set_restfreqs(freqs=[[1.4e9],[1.67e9]])
    8601197            #set the given restfrequency for the whole table (by name)
    8611198            scan.set_restfreqs(freqs="OH1667")
    … …  
    8771214        # simple  value
    8781215        if isinstance(freqs, int) or isinstance(freqs, float):
    879             self._setrestfreqs(freqs, "",unit)
     1216            # TT mod
     1217            #self._setrestfreqs(freqs, "",unit)
     1218            self._setrestfreqs([freqs], [""],unit)
    8801219        # list of values
    8811220        elif isinstance(freqs, list) or isinstance(freqs, tuple):
    8821221            # list values are scalars
    8831222            if isinstance(freqs[-1], int) or isinstance(freqs[-1], float):
     1223                self._setrestfreqs(freqs, [""],unit)
     1224            # list values are tuples, (value, name)
     1225            elif isinstance(freqs[-1], dict):
     1226                #sel = selector()
     1227                #savesel = self._getselection()
     1228                #iflist = self.getifnos()
     1229                #for i in xrange(len(freqs)):
     1230                #    sel.set_ifs(iflist[i])
     1231                #    self._setselection(sel)
     1232                #    self._setrestfreqs(freqs[i], "",unit)
     1233                #self._setselection(savesel)
     1234                self._setrestfreqs(freqs["value"],
     1235                                   freqs["name"], "MHz")
     1236            elif isinstance(freqs[-1], list) or isinstance(freqs[-1], tuple):
    8841237                sel = selector()
    8851238                savesel = self._getselection()
    8861239                iflist = self.getifnos()
    887                 for i in xrange(len(freqs)):
    888                     sel.set_ifs(iflist[i])
    889                     self._setselection(sel)
    890                     self._setrestfreqs(freqs[i], "",unit)
    891                 self._setselection(savesel)
    892             # list values are tuples, (value, name)
    893             elif isinstance(freqs[-1], dict):
    894                 sel = selector()
    895                 savesel = self._getselection()
    896                 iflist = self.getifnos()
     1240                if len(freqs)>len(iflist):
     1241                    raise ValueError("number of elements in list of list exeeds the current IF selections")
    8971242                for i in xrange(len(freqs)):
    8981243                    sel.set_ifs(iflist[i])
    … …  
    9051250            sel = selector()
    9061251            savesel = self._getselection()
    907             iflist = self.getifnos()
    9081252            for i in xrange(freqs.nrow()):
    9091253                sel.set_ifs(iflist[i])
    … …  
    9631307                msg = "Illegal file name '%s'." % (filename)
    9641308                if rcParams['verbose']:
    965                     print msg
     1309                    #print msg
     1310                    asaplog.push( msg )
     1311                    print_log( 'ERROR' )
    9661312                else:
    9671313                    raise IOError(msg)
    … …  
    9781324    # Maths business
    9791325    #
    980     @print_log_dec
     1326    #@print_log_dec
    9811327    def average_time(self, mask=None, scanav=False, weight='tint', align=False):
    9821328        """
    … …  
    10201366        except RuntimeError, msg:
    10211367            if rcParams['verbose']:
    1022                 print msg
     1368                #print msg
     1369                print_log()
     1370                asaplog.push( str(msg) )
     1371                print_log( 'ERROR' )
    10231372                return
    10241373            else: raise
    10251374        s._add_history("average_time", varlist)
     1375        print_log()
    10261376        return s
    10271377
    1028     @print_log_dec
     1378    #@print_log_dec
    10291379    def convert_flux(self, jyperk=None, eta=None, d=None, insitu=None):
    10301380        """
    … …  
    10511401        s = scantable(self._math._convertflux(self, d, eta, jyperk))
    10521402        s._add_history("convert_flux", varlist)
     1403        print_log()
    10531404        if insitu: self._assign(s)
    10541405        else: return s
    10551406
    1056     @print_log_dec
     1407    #@print_log_dec
    10571408    def gain_el(self, poly=None, filename="", method="linear", insitu=None):
    10581409        """
    … …  
    11031454        s = scantable(self._math._gainel(self, poly, filename, method))
    11041455        s._add_history("gain_el", varlist)
     1456        print_log()
    11051457        if insitu:
    11061458            self._assign(s)
    … …  
    11081460            return s
    11091461
    1110     @print_log_dec
     1462    #@print_log_dec
    11111463    def freq_align(self, reftime=None, method='cubic', insitu=None):
    11121464        """
    … …  
    11301482        s = scantable(self._math._freq_align(self, reftime, method))
    11311483        s._add_history("freq_align", varlist)
     1484        print_log()
    11321485        if insitu: self._assign(s)
    11331486        else: return s
    11341487
    1135     @print_log_dec
     1488    #@print_log_dec
    11361489    def opacity(self, tau=None, insitu=None):
    11371490        """
    … …  
    11581511        s = scantable(self._math._opacity(self, tau))
    11591512        s._add_history("opacity", varlist)
     1513        print_log()
    11601514        if insitu: self._assign(s)
    11611515        else: return s
    11621516
    1163     @print_log_dec
     1517    #@print_log_dec
    11641518    def bin(self, width=5, insitu=None):
    11651519        """
    … …  
    11761530        s = scantable(self._math._bin(self, width))
    11771531        s._add_history("bin", varlist)
     1532        print_log()
    11781533        if insitu:
    11791534            self._assign(s)
    … …  
    11811536            return s
    11821537
    1183     @print_log_dec
     1538    #@print_log_dec
    11841539    def resample(self, width=5, method='cubic', insitu=None):
    11851540        """
    11861541        Return a scan where all spectra have been binned up.
    1187 
     1542       
    11881543        Parameters:
    11891544            width:       The bin width (default=5) in pixels
    … …  
    12001555        s = scantable(self._math._resample(self, method, width))
    12011556        s._add_history("resample", varlist)
     1557        print_log()
    12021558        if insitu: self._assign(s)
    12031559        else: return s
    12041560
    1205     @print_log_dec
     1561    #@print_log_dec
    12061562    def average_pol(self, mask=None, weight='none'):
    12071563        """
    … …  
    12181574        s = scantable(self._math._averagepol(self, mask, weight.upper()))
    12191575        s._add_history("average_pol", varlist)
     1576        print_log()
    12201577        return s
    12211578
    1222     @print_log_dec
     1579    #@print_log_dec
    12231580    def average_beam(self, mask=None, weight='none'):
    12241581        """
    … …  
    12351592        s = scantable(self._math._averagebeams(self, mask, weight.upper()))
    12361593        s._add_history("average_beam", varlist)
     1594        print_log()
    12371595        return s
    12381596
    … …  
    12491607        self._add_history("parallactify", varlist)
    12501608
    1251     @print_log_dec
     1609    #@print_log_dec
    12521610    def convert_pol(self, poltype=None):
    12531611        """
    … …  
    12631621        except RuntimeError, msg:
    12641622            if rcParams['verbose']:
    1265                 print msg
     1623                #print msg
     1624                print_log()
     1625                asaplog.push( str(msg) )
     1626                print_log( 'ERROR' )
    12661627                return
    12671628            else:
    12681629                raise
    12691630        s._add_history("convert_pol", varlist)
     1631        print_log()
    12701632        return s
    12711633
    1272     @print_log_dec
    1273     def smooth(self, kernel="hanning", width=5.0, order=2, insitu=None):
     1634    #@print_log_dec
     1635    def smooth(self, kernel="hanning", width=5.0, order=2, plot=False, insitu=None):
    12741636        """
    12751637        Smooth the spectrum by the specified kernel (conserving flux).
    … …  
    12861648                        specify the order of the polnomial. Ignored by all other
    12871649                        kernels.
     1650            plot:       plot the original and the smoothed spectra.
     1651                        In this each indivual fit has to be approved, by
     1652                        typing 'y' or 'n'
    12881653            insitu:     if False a new scantable is returned.
    12891654                        Otherwise, the scaling is done in-situ
    … …  
    12951660        self._math._setinsitu(insitu)
    12961661        varlist = vars()
     1662
     1663        if plot: orgscan = self.copy()
     1664
    12971665        s = scantable(self._math._smooth(self, kernel.lower(), width, order))
    12981666        s._add_history("smooth", varlist)
     1667
     1668        if plot:
     1669            if rcParams['plotter.gui']:
     1670                from asap.asaplotgui import asaplotgui as asaplot
     1671            else:
     1672                from asap.asaplot import asaplot
     1673            self._p=asaplot()
     1674            self._p.set_panels()
     1675            ylab=s._get_ordinate_label()
     1676            #self._p.palette(0,["#777777","red"])
     1677            for r in xrange(s.nrow()):
     1678                xsm=s._getabcissa(r)
     1679                ysm=s._getspectrum(r)
     1680                xorg=orgscan._getabcissa(r)
     1681                yorg=orgscan._getspectrum(r)
     1682                self._p.clear()
     1683                self._p.hold()
     1684                self._p.set_axes('ylabel',ylab)
     1685                self._p.set_axes('xlabel',s._getabcissalabel(r))
     1686                self._p.set_axes('title',s._getsourcename(r))
     1687                self._p.set_line(label='Original',color="#777777")
     1688                self._p.plot(xorg,yorg)
     1689                self._p.set_line(label='Smoothed',color="red")
     1690                self._p.plot(xsm,ysm)
     1691                ### Ugly part for legend
     1692                for i in [0,1]:
     1693                    self._p.subplots[0]['lines'].append([self._p.subplots[0]['axes'].lines[i]])
     1694                self._p.release()
     1695                ### Ugly part for legend
     1696                self._p.subplots[0]['lines']=[]
     1697                res = raw_input("Accept smoothing ([y]/n): ")
     1698                if res.upper() == 'N':
     1699                    s._setspectrum(yorg, r)
     1700            self._p.unmap()
     1701            self._p = None
     1702            del orgscan
     1703
     1704        print_log()
    12991705        if insitu: self._assign(s)
    13001706        else: return s
    13011707
    1302     @print_log_dec
     1708    #@print_log_dec
    13031709    def poly_baseline(self, mask=None, order=0, plot=False, uselin=False,
    13041710                      insitu=None):
    … …  
    13211727        """
    13221728        if insitu is None: insitu = rcParams['insitu']
     1729        if not insitu:
     1730            workscan = self.copy()
     1731        else:
     1732            workscan = self
    13231733        varlist = vars()
    13241734        if mask is None:
    13251735            mask = [True for i in xrange(self.nchan(-1))]
     1736       
    13261737        from asap.asapfitter import fitter
    13271738        try:
    13281739            f = fitter()
    1329             f.set_scan(self, mask)
    1330             #f.set_function(poly=order)
    13311740            if uselin:
    13321741                f.set_function(lpoly=order)
    13331742            else:
    13341743                f.set_function(poly=order)
    1335             s = f.auto_fit(insitu, plot=plot)
    1336             s._add_history("poly_baseline", varlist)
    1337             if insitu: self._assign(s)
    1338             else: return s
     1744
     1745            rows = range(workscan.nrow())
     1746            if len(rows) > 0:
     1747                self.blpars = []
     1748           
     1749            for r in rows:
     1750                # take into account flagtra info (CAS-1434)
     1751                flagtra = workscan._getmask(r)
     1752                actualmask = mask[:]
     1753                if len(actualmask) == 0:
     1754                    actualmask = list(flagtra[:])
     1755                else:
     1756                    if len(actualmask) != len(flagtra):
     1757                        raise RuntimeError, "Mask and flagtra have different length"
     1758                    else:
     1759                        for i in range(0, len(actualmask)):
     1760                            actualmask[i] = actualmask[i] and flagtra[i]
     1761                f.set_scan(workscan, actualmask)
     1762                f.x = workscan._getabcissa(r)
     1763                f.y = workscan._getspectrum(r)
     1764                f.data = None
     1765                f.fit()
     1766                if plot:
     1767                    f.plot(residual=True)
     1768                    x = raw_input("Accept fit ( [y]/n ): ")
     1769                    if x.upper() == 'N':
     1770                        self.blpars.append(None)
     1771                        continue
     1772                workscan._setspectrum(f.fitter.getresidual(), r)
     1773                self.blpars.append(f.get_parameters())
     1774
     1775            if plot:
     1776                f._p.unmap()
     1777                f._p = None
     1778            workscan._add_history("poly_baseline", varlist)
     1779            print_log()
     1780            if insitu: self._assign(workscan)
     1781            else: return workscan
    13391782        except RuntimeError:
    13401783            msg = "The fit failed, possibly because it didn't converge."
    13411784            if rcParams['verbose']:
    1342                 print msg
     1785                #print msg
     1786                print_log()
     1787                asaplog.push( str(msg) )
     1788                print_log( 'ERROR' )
    13431789                return
    13441790            else:
    13451791                raise RuntimeError(msg)
     1792
    13461793
    13471794    def auto_poly_baseline(self, mask=[], edge=(0, 0), order=0,
    … …  
    14271874
    14281875        rows = range(workscan.nrow())
     1876        # Save parameters of baseline fits & masklists as a class attribute.
     1877        # NOTICE: It does not reflect changes in scantable!
     1878        if len(rows) > 0:
     1879            self.blpars=[]
     1880            self.masklists=[]
    14291881        asaplog.push("Processing:")
    14301882        for r in rows:
    … …  
    14411893                    curedge = edge[workscan.getif(r)]
    14421894
     1895            # take into account flagtra info (CAS-1434)
     1896            flagtra = workscan._getmask(r)
     1897            actualmask = mask[:]
     1898            if len(actualmask) == 0:
     1899                actualmask = list(flagtra[:])
     1900            else:
     1901                if len(actualmask) != len(flagtra):
     1902                    raise RuntimeError, "Mask and flagtra have different length"
     1903                else:
     1904                    for i in range(0, len(actualmask)):
     1905                        actualmask[i] = actualmask[i] and flagtra[i]
     1906
    14431907            # setup line finder
    1444             fl.find_lines(r, mask, curedge)
    1445             f.set_data(workscan._getabcissa(r),  workscan._getspectrum(r),
    1446                         mask_and(workscan._getmask(r), fl.get_mask()))
     1908            fl.find_lines(r, actualmask, curedge)
     1909            outmask=fl.get_mask()
     1910            f.set_scan(workscan, fl.get_mask())
     1911            f.x = workscan._getabcissa(r)
     1912            f.y = workscan._getspectrum(r)
     1913            f.data = None
    14471914            f.fit()
    1448             x = f.get_parameters()
     1915           
     1916            # Show mask list
     1917            masklist=workscan.get_masklist(fl.get_mask(),row=r)
     1918            msg = "mask range: "+str(masklist)
     1919            asaplog.push(msg, False)
     1920
    14491921            if plot:
    14501922                f.plot(residual=True)
    14511923                x = raw_input("Accept fit ( [y]/n ): ")
    14521924                if x.upper() == 'N':
     1925                    self.blpars.append(None)
     1926                    self.masklists.append(None)
    14531927                    continue
     1928
    14541929            workscan._setspectrum(f.fitter.getresidual(), r)
     1930            self.blpars.append(f.get_parameters())
     1931            self.masklists.append(masklist)
    14551932        if plot:
    14561933            f._p.unmap()
    … …  
    14621939            return workscan
    14631940
    1464     @print_log_dec
     1941    #@print_log_dec
    14651942    def rotate_linpolphase(self, angle):
    14661943        """
    … …  
    14761953        self._math._rotate_linpolphase(self, angle)
    14771954        self._add_history("rotate_linpolphase", varlist)
     1955        print_log()
    14781956        return
    14791957
    1480     @print_log_dec
     1958    #@print_log_dec
    14811959    def rotate_xyphase(self, angle):
    14821960        """
    … …  
    14921970        self._math._rotate_xyphase(self, angle)
    14931971        self._add_history("rotate_xyphase", varlist)
     1972        print_log()
    14941973        return
    14951974
    1496     @print_log_dec
     1975    #@print_log_dec
    14971976    def swap_linears(self):
    14981977        """
    … …  
    15031982        self._math._swap_linears(self)
    15041983        self._add_history("swap_linears", varlist)
     1984        print_log()
    15051985        return
    15061986
    1507     @print_log_dec
     1987    #@print_log_dec
    15081988    def invert_phase(self):
    15091989        """
    … …  
    15131993        self._math._invert_phase(self)
    15141994        self._add_history("invert_phase", varlist)
     1995        print_log()
    15151996        return
    15161997
    1517     @print_log_dec
     1998    #@print_log_dec
    15181999    def add(self, offset, insitu=None):
    15192000        """
    … …  
    15302011        s = scantable(self._math._unaryop(self, offset, "ADD", False))
    15312012        s._add_history("add", varlist)
     2013        print_log()
    15322014        if insitu:
    15332015            self._assign(s)
    … …  
    15352017            return s
    15362018
    1537     @print_log_dec
     2019    #@print_log_dec
    15382020    def scale(self, factor, tsys=True, insitu=None):
    15392021        """
    15402022        Return a scan where all spectra are scaled by the give 'factor'
    15412023        Parameters:
    1542             factor:      the scaling factor
     2024            factor:      the scaling factor (float or 1D float list)
    15432025            insitu:      if False a new scantable is returned.
    15442026                         Otherwise, the scaling is done in-situ
    … …  
    15502032        self._math._setinsitu(insitu)
    15512033        varlist = vars()
    1552         s = scantable(self._math._unaryop(self, factor, "MUL", tsys))
     2034        s = None
     2035        import numpy
     2036        if isinstance(factor, list) or isinstance(factor, numpy.ndarray):
     2037            if isinstance(factor[0], list) or isinstance(factor[0], numpy.ndarray):
     2038                from asapmath import _array2dOp
     2039                s = _array2dOp( self.copy(), factor, "MUL", tsys )
     2040            else:
     2041                s = scantable( self._math._arrayop( self.copy(), factor, "MUL", tsys ) )
     2042        else:
     2043            s = scantable(self._math._unaryop(self.copy(), factor, "MUL", tsys))
    15532044        s._add_history("scale", varlist)
     2045        print_log()
    15542046        if insitu:
    15552047            self._assign(s)
    … …  
    15932085        self._add_history("set_sourcetype", varlist)
    15942086
    1595     @print_log_dec
    1596     def auto_quotient(self, preserve=True, mode='paired'):
     2087    #@print_log_dec
     2088    def auto_quotient(self, preserve=True, mode='paired', verify=False):
    15972089        """
    15982090        This function allows to build quotients automatically.
    1599         It assumes the observation to have the same numer of
     2091        It assumes the observation to have the same number of
    16002092        "ons" and "offs"
    16012093        Parameters:
    … …  
    16342126            s = scantable(self._math._auto_quotient(self, mode, preserve))
    16352127        s._add_history("auto_quotient", varlist)
     2128        print_log()
    16362129        return s
    16372130
    1638     @print_log_dec
     2131    #@print_log_dec
    16392132    def mx_quotient(self, mask = None, weight='median', preserve=True):
    16402133        """
    … …  
    16562149        q = quotient(on, off, preserve)
    16572150        q._add_history("mx_quotient", varlist)
     2151        print_log()
    16582152        return q
    16592153
    1660     @print_log_dec
     2154    #@print_log_dec
    16612155    def freq_switch(self, insitu=None):
    16622156        """
    … …  
    16742168        s = scantable(self._math._freqswitch(self))
    16752169        s._add_history("freq_switch", varlist)
     2170        print_log()
    16762171        if insitu: self._assign(s)
    16772172        else: return s
    16782173
    1679     @print_log_dec
     2174    #@print_log_dec
    16802175    def recalc_azel(self):
    16812176        """
    … …  
    16882183        self._recalcazel()
    16892184        self._add_history("recalc_azel", varlist)
     2185        print_log()
    16902186        return
    16912187
    1692     @print_log_dec
     2188    #@print_log_dec
    16932189    def __add__(self, other):
    1694         varlist = vars()
    1695         s = None
    1696         if isinstance(other, scantable):
    1697             s = scantable(self._math._binaryop(self, other, "ADD"))
    1698         elif isinstance(other, float):
    1699             s = scantable(self._math._unaryop(self, other, "ADD", False))
    1700         else:
    1701             raise TypeError("Other input is not a scantable or float value")
    1702         s._add_history("operator +", varlist)
    1703         return s
    1704 
    1705     @print_log_dec
     2190        """
     2191        implicit on all axes and on Tsys
     2192        """
     2193        return self._operation( other, "ADD" )
     2194
     2195    #@print_log_dec
    17062196    def __sub__(self, other):
    17072197        """
    17082198        implicit on all axes and on Tsys
    17092199        """
    1710         varlist = vars()
    1711         s = None
    1712         if isinstance(other, scantable):
    1713             s = scantable(self._math._binaryop(self, other, "SUB"))
    1714         elif isinstance(other, float):
    1715             s = scantable(self._math._unaryop(self, other, "SUB", False))
    1716         else:
    1717             raise TypeError("Other input is not a scantable or float value")
    1718         s._add_history("operator -", varlist)
    1719         return s
    1720 
    1721     @print_log_dec
     2200        return self._operation( other, 'SUB' )
     2201
     2202    #@print_log_dec
    17222203    def __mul__(self, other):
    17232204        """
    17242205        implicit on all axes and on Tsys
    17252206        """
    1726         varlist = vars()
    1727         s = None
    1728         if isinstance(other, scantable):
    1729             s = scantable(self._math._binaryop(self, other, "MUL"))
    1730         elif isinstance(other, float):
    1731             s = scantable(self._math._unaryop(self, other, "MUL", False))
    1732         else:
    1733             raise TypeError("Other input is not a scantable or float value")
    1734         s._add_history("operator *", varlist)
    1735         return s
    1736 
    1737 
    1738     @print_log_dec
     2207        return self._operation( other, 'MUL' )
     2208
     2209    #@print_log_dec
    17392210    def __div__(self, other):
    17402211        """
    17412212        implicit on all axes and on Tsys
    17422213        """
    1743         varlist = vars()
    1744         s = None
    1745         if isinstance(other, scantable):
    1746             s = scantable(self._math._binaryop(self, other, "DIV"))
    1747         elif isinstance(other, float):
    1748             if other == 0.0:
    1749                 raise ZeroDivisionError("Dividing by zero is not recommended")
    1750             s = scantable(self._math._unaryop(self, other, "DIV", False))
    1751         else:
    1752             raise TypeError("Other input is not a scantable or float value")
    1753         s._add_history("operator /", varlist)
    1754         return s
     2214        return self._operation( other, 'DIV' )
    17552215
    17562216    def get_fit(self, row=0):
    … …  
    17652225        fit = asapfit(self._getfit(row))
    17662226        if rcParams['verbose']:
    1767             print fit
     2227            #print fit
     2228            asaplog.push( '%s' %(fit) )
     2229            print_log()
    17682230            return
    17692231        else:
    … …  
    18622324        return (sum(nchans)/len(nchans) == nchans[0])
    18632325
    1864     def _fill(self, names, unit, average):
     2326    def _fill(self, names, unit, average, getpt, antenna):
    18652327        import os
    18662328        from asap._asap import stfiller
    … …  
    18742336                if rcParams['verbose']:
    18752337                    asaplog.push(msg)
    1876                     print asaplog.pop().strip()
     2338                    #print asaplog.pop().strip()
     2339                    print_log( 'ERROR' )
    18772340                    return
    18782341                raise IOError(msg)
    … …  
    18892352            asaplog.push(msg, False)
    18902353            print_log()
    1891             r._open(name, -1, -1)
     2354            r._open(name, antenna, -1, -1, getpt)
    18922355            r._read()
    18932356            if average:
    … …  
    19012364        if unit is not None:
    19022365            self.set_fluxunit(unit)
    1903         self.set_freqframe(rcParams['scantable.freqframe'])
     2366        #self.set_freqframe(rcParams['scantable.freqframe'])
    19042367
    19052368    def __getitem__(self, key):
    … …  
    19262389        for i in range(len(self)):
    19272390            yield self[i]
     2391
     2392    def _operation(self, other, opmode):
     2393        varlist = vars()
     2394        s = None
     2395        import numpy
     2396        if isinstance(other, scantable):
     2397            s = scantable(self._math._binaryop(self.copy(), other, opmode))
     2398        elif isinstance(other, float) or isinstance(other, int):
     2399            if opmode == 'DIV' and float(other) == 0.0:
     2400                raise ZeroDivisionError("Dividing by zero is not recommended")
     2401            s = scantable(self._math._unaryop(self.copy(), other, opmode, False))
     2402        elif isinstance(other, list) or isinstance(other, numpy.ndarray):
     2403            if isinstance(other[0], list) or isinstance(other[0], numpy.ndarray):
     2404                from asapmath import _array2dOp
     2405                s = _array2dOp( self.copy(), other, opmode, False )
     2406            else:
     2407                s = scantable(self._math._arrayop(self.copy(), other, opmode, False))
     2408        else:
     2409            raise TypeError("Other input is not a scantable or float value or float list")
     2410        opdic = {}
     2411        opdic['ADD'] = '+'
     2412        opdic['SUB'] = '-'
     2413        opdic['MUL'] = '*'
     2414        opdic['DIV'] = '/'
     2415        s._add_history("operator %s" % opdic[opmode], varlist)
     2416        print_log()
     2417        return s
     2418
     2419       

  • branches/mergetest/python/selector.py

    r1596 r1779  
    160160        """
    161161        self._setorder(order)
     162
     163    def set_rows(self, rows=[]):
     164        """
     165        Set a sequence of row numbers (0-based). Power users Only!
     166        NOTICE row numbers can be changed easily by sorting,
     167        prior selection, etc.
     168        Parameters:
     169            rows:    a list of integers. Default [] is to unset the selection.
     170        """
     171        vec = _to_list(rows, int)
     172        if isinstance(vec,list):
     173            self._setrows(vec)
     174        else:
     175            raise TypeError('Unknown row number type. Use lists of integers.')
     176
     177    def set_types(self, types=[]):
     178        """
     179        Set a sequence of source types.
     180        Parameters:
     181            types:    a list of integers. Default [] is to unset the selection.
     182        """
     183        vec = _to_list(types, int)
     184        if isinstance(vec,list):
     185            self._settypes(vec)
     186        else:
     187            raise TypeError('Unknown row number type. Use lists of integers.')
    162188
    163189    def get_scans(self):
    … …  
    175201    def get_order(self):
    176202        return list(self._getorder())
     203    def get_types(self):
     204        return list(self._gettypes())
    177205    def get_query(self):
    178206        prefix = "SELECT FROM $1 WHERE "

  • branches/mergetest/src/MathUtils.cpp

    r1570 r1779  
    3838#include <casa/BasicSL/String.h>
    3939#include <scimath/Mathematics/MedianSlider.h>
     40#include <casa/Exceptions/Error.h>
    4041
    4142#include <scimath/Fitting/LinearFit.h>
    … …  
    5354   String str(which);
    5455   str.upcase();
    55    if (str.contains(String("MIN"))) {
     56   if (str.matches(String("MIN"))) {
    5657      return min(data);
    57    } else if (str.contains(String("MAX"))) {
     58   } else if (str.matches(String("MAX"))) {
    5859      return max(data);
    59    } else if (str.contains(String("SUMSQ"))) {
     60   } else if (str.matches(String("SUMSQ"))) {
    6061      return sumsquares(data);
    61    } else if (str.contains(String("SUM"))) {
     62   } else if (str.matches(String("SUM"))) {
    6263      return sum(data);
    63    } else if (str.contains(String("MEAN"))) {
     64   } else if (str.matches(String("MEAN"))) {
    6465      return mean(data);
    65    } else if (str.contains(String("VAR"))) {
     66   } else if (str.matches(String("VAR"))) {
    6667      return variance(data);
    67    } else if (str.contains(String("STDDEV"))) {
     68      } else if (str.matches(String("STDDEV"))) {
    6869      return stddev(data);
    69    } else if (str.contains(String("AVDEV"))) {
     70   } else if (str.matches(String("AVDEV"))) {
    7071      return avdev(data);
    71    } else if (str.contains(String("RMS"))) {
     72   } else if (str.matches(String("RMS"))) {
    7273      uInt n = data.nelementsValid();
    7374      return sqrt(sumsquares(data)/n);
    74    } else if (str.contains(String("MED"))) {
     75   } else if (str.matches(String("MEDIAN"))) {
    7576      return median(data);
    76    }
     77   } else {
     78      String msg = str + " is not a valid type of statistics";
     79      throw(AipsError(msg));
     80   }
    7781   return 0.0;
    7882}
    7983
     84IPosition mathutil::minMaxPos(const String& which,
     85                           const MaskedArray<Float>& data)
     86{
     87   Float minVal, maxVal;
     88   IPosition minPos(data.ndim(), 0), maxPos(data.ndim(), 0);
     89   minMax(minVal, maxVal, minPos, maxPos, data);
     90   String str(which);
     91   str.upcase();
     92   if (str.contains(String("MIN"))) {
     93     return minPos;
     94   } else if (str.contains(String("MAX"))) {
     95     return maxPos;
     96   } else {
     97      String msg = str + " is not a valid type of statistics";
     98      throw(AipsError(msg));
     99   }
     100   //return 0.0;
     101}
    80102
    81103void mathutil::replaceMaskByZero(Vector<Float>& data, const Vector<Bool>& mask)

  • branches/mergetest/src/MathUtils.h

    r1570 r1779  
    3737#include <casa/Arrays/Vector.h>
    3838#include <casa/BasicSL/String.h>
     39#include <casa/Arrays/IPosition.h>
    3940
    4041namespace mathutil {
    … …  
    7980                   float hwidth, int order);
    8081
    81 
    8282// Generate specified statistic
    8383float statistics(const casa::String& which,
     84                 const casa::MaskedArray<casa::Float>& data);
     85
     86// Return a position of min or max value
     87 casa::IPosition minMaxPos(const casa::String& which,
    8488                 const casa::MaskedArray<casa::Float>& data);
    8589

  • branches/mergetest/src/RowAccumulator.cpp

    r1569 r1779  
    152152  userMask_ = m;
    153153}
     154
     155// Added by TT  check the state of RowAccumulator
     156casa::Bool RowAccumulator::state() const
     157{
     158  return initialized_;
     159}
     160

  • branches/mergetest/src/RowAccumulator.h

    r1569 r1779  
    8585    */
    8686  void reset();
     87  /**
     88    * check the initialization state
     89    */
     90  casa::Bool state() const;
    8791
    8892private:

  • branches/mergetest/src/SConscript

    r1429 r1779  
    33# import root environment
    44Import( "env")
    5 myenv = env.Clone()
     5myenv = env.Copy()
    66
    77# gather cpp files

  • branches/mergetest/src/STAsciiWriter.cpp

    r1552 r1779  
     1
    12//#---------------------------------------------------------------------------
    23//# STAsciiWriter.cc: ASAP class to write out single dish spectra as FITS images
    … …  
    8889
    8990   String rootName(fileName);
    90    
     91
    9192  Block<String> cols(4);
    9293  cols[0] = String("SCANNO");
    … …  
    132133    String wcs = stable.frequencies().print(rec.asuInt("FREQ_ID"), True);
    133134    addLine(of, "WCS", wcs);
    134     addLine(of, "Rest Freq.",
    135             stable.molecules().getRestFrequency(rec.asuInt("MOLECULE_ID") ));
     135    std::vector<double> restfreqs= stable.molecules().getRestFrequency(rec.asuInt("MOLECULE_ID"));
     136    int nf = restfreqs.size();
     137    //addLine(of, "Rest Freq.",
     138    //        stable.molecules().getRestFrequency(rec.asuInt("MOLECULE_ID") ));
     139    addLine(of, "Rest Freq.", restfreqs[0]);
     140    for ( unsigned int i=1; i<nf; ++i) {
     141      addLine(of, " ", restfreqs[i]);
     142    }
     143    ostringstream osflagrow;
     144    for ( unsigned int i=0; i<t.nrow(); ++i) {
     145      osflagrow << "Pol" << i << ":" << ((row.get(i).asuInt("FLAGROW") > 0) ? "True" : "False") << " ";
     146    }
     147    addLine(of, "Row_Flagged", String(osflagrow));
    136148    of << setfill('#') << setw(70) << "" << setfill(' ') << endl;
    137149

  • branches/mergetest/src/STFiller.cpp

    r1777 r1779  
    2525#include <tables/Tables/TableRow.h>
    2626
     27#include <measures/Measures/MDirection.h>
     28#include <measures/Measures/MeasConvert.h>
     29
    2730#include <atnf/PKSIO/PKSrecord.h>
    2831#include <atnf/PKSIO/PKSreader.h>
    … …  
    3033 #include <casa/System/ProgressMeter.h>
    3134#endif
     35#include <casa/System/ProgressMeter.h>
     36#include <atnf/PKSIO/NROReader.h>
     37#include <casa/Logging/LogIO.h>
     38
     39#include <time.h>
     40
    3241
    3342#include "STDefs.h"
    … …  
    4554  header_(0),
    4655  table_(0),
    47   refRx_(".*(e|w|_R)$")
     56  refRx_(".*(e|w|_R)$"),
     57  nreader_(0)
    4858{
    4959}
    … …  
    5363  header_(0),
    5464  table_(stbl),
    55   refRx_(".*(e|w|_R)$")
     65  refRx_(".*(e|w|_R)$"),
     66  nreader_(0)
    5667{
    5768}
    … …  
    6172  header_(0),
    6273  table_(0),
    63   refRx_(".*(e|w|_R)$")
     74  refRx_(".*(e|w|_R)$"),
     75  nreader_(0)
    6476{
    65   open(filename, whichIF, whichBeam);
     77  open(filename, "", whichIF, whichBeam);
    6678}
    6779
    … …  
    7082  close();
    7183}
    72 
    73 void STFiller::open( const std::string& filename, int whichIF, int whichBeam )
     84 
     85void STFiller::open( const std::string& filename, const std::string& antenna, int whichIF, int whichBeam, casa::Bool getPt )
    7486{
    7587  if (table_.null())  {
    … …  
    93105  Vector<Bool> beams, ifs;
    94106  Vector<uInt> nchans,npols;
    95   if ( (reader_ = getPKSreader(inName, 0, 0, format, beams, ifs,
     107
     108  //
     109  // if isNRO_ is true, try NROReader
     110  //
     111  // 2008/11/11 Takeshi Nakazato
     112  isNRO_ = fileCheck() ;
     113  if ( isNRO_ ) {
     114    if ( (nreader_ = getNROReader( inName, format )) == 0 ) {
     115      throw(AipsError("Creation of NROReader failed")) ;
     116    }
     117    else {
     118      openNRO( whichIF, whichBeam ) ;
     119      return ;
     120    }
     121  }
     122  //
     123
     124  if ( (reader_ = getPKSreader(inName, antenna, 0, 0, format, beams, ifs,
    96125                              nchans, npols, haveXPol_,haveBase, haveSpectra
    97126                              )) == 0 )  {
    … …  
    197226  Vector<Int> start(nIF_, 1);
    198227  Vector<Int> end(nIF_, 0);
    199   reader_->select(beams, ifs, start, end, ref, True, haveXPol_[0]);
     228  reader_->select(beams, ifs, start, end, ref, True, haveXPol_[0], False, getPt);
    200229  table_->setHeader(*header_);
    201230  //For MS, add the location of POINTING of the input MS so one get
    202231  //pointing data from there, if necessary.
    203   //Also find nrow in MS
     232  //Also find nrow in MS 
    204233  nInDataRow = 0;
    205234  if (format == "MS2") {
    206     Path datapath(inName);
     235    Path datapath(inName); 
    207236    String ptTabPath = datapath.absoluteName();
    208237    Table inMS(ptTabPath);
    … …  
    216245    }
    217246  }
     247  String freqFrame = header_->freqref;
     248  //translate frequency reference frame back to
     249  //MS style (as PKSMS2reader converts the original frame
     250  //in FITS standard style)
     251  if (freqFrame == "TOPOCENT") {
     252    freqFrame = "TOPO";
     253  } else if (freqFrame == "GEOCENER") {
     254    freqFrame = "GEO";
     255  } else if (freqFrame == "BARYCENT") {
     256    freqFrame = "BARY";
     257  } else if (freqFrame == "GALACTOC") {
     258    freqFrame = "GALACTO";
     259  } else if (freqFrame == "LOCALGRP") {
     260    freqFrame = "LGROUP";
     261  } else if (freqFrame == "CMBDIPOL") {
     262    freqFrame = "CMB";
     263  } else if (freqFrame == "SOURCE") {
     264    freqFrame = "REST";
     265  }
     266  // set both "FRAME" and "BASEFRAME"
     267  table_->frequencies().setFrame(freqFrame, false);
     268  table_->frequencies().setFrame(freqFrame,true);
    218269  //table_->focus().setParallactify(true);
    219270}
    … …  
    222273{
    223274  delete reader_;reader_=0;
     275  delete nreader_;nreader_=0;
    224276  delete header_;header_=0;
    225277  table_ = 0;
    … …  
    229281{
    230282  int status = 0;
     283
     284  //
     285  // for NRO data
     286  //
     287  // 2008/11/12 Takeshi Nakazato
     288  if ( isNRO_ ) {
     289    status = readNRO() ;
     290    return status ;
     291  }
     292  //
     293
     294/**
     295  Int    beamNo, IFno, refBeam, scanNo, cycleNo;
     296  Float  azimuth, elevation, focusAxi, focusRot, focusTan,
     297    humidity, parAngle, pressure, temperature, windAz, windSpeed;
     298  Double bandwidth, freqInc, interval, mjd, refFreq, srcVel;
     299  String          fieldName, srcName, tcalTime, obsType;
     300  Vector<Float>   calFctr, sigma, tcal, tsys;
     301  Matrix<Float>   baseLin, baseSub;
     302  Vector<Double>  direction(2), scanRate(2), srcDir(2), srcPM(2), restFreq(1);
     303  Matrix<Float>   spectra;
     304  Matrix<uChar>   flagtra;
     305  Complex         xCalFctr;
     306  Vector<Complex> xPol;
     307**/
    231308
    232309  Double min = 0.0;
    … …  
    236313#endif
    237314  PKSrecord pksrec;
     315  pksrec.srcType=-1;
    238316  int n = 0;
     317  bool isGBTFITS = false ;
     318  if ((header_->antennaname.find( "GBT" ) != String::npos) && File(filename_).isRegular()) {
     319    FILE *fp = fopen( filename_.c_str(), "r" ) ;
     320    fseek( fp, 640, SEEK_SET ) ;
     321    char buf[81] ;
     322    fread( buf, 80, 1, fp ) ;
     323    buf[80] = '\0' ;
     324    if ( strstr( buf, "NRAO_GBT" ) != NULL ) {
     325      isGBTFITS = true ;
     326    }
     327    fclose( fp ) ;
     328  }
    239329  while ( status == 0 ) {
    240330    status = reader_->read(pksrec);
    … …  
    288378    //*srcnCol = pksrec.srcName;//.before(rx2);
    289379    *srctCol = match;
     380    if ( pksrec.srcType != -1 ) {
     381      *srctCol = pksrec.srcType ;
     382    }
    290383    RecordFieldPtr<uInt> beamCol(rec, "BEAMNO");
    291384    *beamCol = pksrec.beamNo-beamOffset_-1;
    … …  
    298391    uInt id;
    299392    /// @todo this has to change when nchan isn't global anymore
    300     id = table_->frequencies().addEntry(Double(header_->nchan/2),
    301                                         pksrec.refFreq, pksrec.freqInc);
     393    //id = table_->frequencies().addEntry(Double(header_->nchan/2),
     394    //                                    pksrec.refFreq, pksrec.freqInc);
     395    if ( pksrec.nchan == 1 ) {
     396      id = table_->frequencies().addEntry(Double(0),
     397                                          pksrec.refFreq, pksrec.freqInc);
     398    }
     399    else {
     400      id = table_->frequencies().addEntry(Double(pksrec.nchan/2),
     401                                          pksrec.refFreq, pksrec.freqInc);
     402    }
    302403    RecordFieldPtr<uInt> mfreqidCol(rec, "FREQ_ID");
    303404    *mfreqidCol = id;
     405    //*ifCol = id;
    304406
    305407    id = table_->molecules().addEntry(pksrec.restFreq);
    … …  
    317419
    318420    RecordFieldPtr<uInt> mfocusidCol(rec, "FOCUS_ID");
    319     id = table_->focus().addEntry(pksrec.parAngle, pksrec.focusAxi,
     421    id = table_->focus().addEntry(pksrec.parAngle, pksrec.focusAxi, 
    320422                                  pksrec.focusTan, pksrec.focusRot);
    321423    *mfocusidCol = id;
    … …  
    335437    // into 2-4 rows in the scantable
    336438    Vector<Float> tsysvec(1);
    337     // Why is pksrec.spectra.ncolumn() == 3 for haveXPol_ == True
     439    // Why is spectra.ncolumn() == 3 for haveXPol_ == True
    338440    uInt npol = (pksrec.spectra.ncolumn()==1 ? 1: 2);
    339441    for ( uInt i=0; i< npol; ++i ) {
    340442      tsysvec = pksrec.tsys(i);
    341443      *tsysCol = tsysvec;
    342       *polnoCol = i;
     444      if (isGBTFITS)
     445        *polnoCol = pksrec.polNo ;
     446      else
     447        *polnoCol = i;
    343448
    344449      *specCol = pksrec.spectra.column(i);
    … …  
    347452      row.put(table_->table().nrow()-1, rec);
    348453    }
     454
     455    RecordFieldPtr< uInt > flagrowCol(rec, "FLAGROW");
     456    *flagrowCol = pksrec.flagrow;
     457
    349458    if ( haveXPol_[0] ) {
    350459      // no tsys given for xpol, so emulate it
    … …  
    381490}
    382491
     492/**
     493 * For NRO data
     494 *
     495 * 2008/11/11 Takeshi Nakazato
     496 **/
     497void STFiller::openNRO( int whichIF, int whichBeam )
     498{
     499  // open file
     500  // DEBUG
     501  time_t t0 ;
     502  time( &t0 ) ;
     503  tm *ttm = localtime( &t0 ) ;
     504  LogIO os( LogOrigin( "STFiller", "openNRO()", WHERE ) ) ;
     505//   cout << "STFiller::openNRO()  Start time = " << t0
     506//        << " ("
     507//        << ttm->tm_year + 1900 << "/" << ttm->tm_mon + 1 << "/" << ttm->tm_mday
     508//        << " "
     509//        << ttm->tm_hour << ":" << ttm->tm_min << ":" << ttm->tm_sec
     510//        << ")" << endl ;
     511  os << "Start time = " << t0
     512     << " ("
     513     << ttm->tm_year + 1900 << "/" << ttm->tm_mon + 1 << "/" << ttm->tm_mday
     514     << " "
     515     << ttm->tm_hour << ":" << ttm->tm_min << ":" << ttm->tm_sec
     516     << ")" << LogIO::POST ;
     517
     518  // fill STHeader
     519  header_ = new STHeader() ;
     520
     521  if ( nreader_->getHeaderInfo( header_->nchan,
     522                                header_->npol,
     523                                nIF_,
     524                                nBeam_,
     525                                header_->observer,
     526                                header_->project,
     527                                header_->obstype,
     528                                header_->antennaname,
     529                                header_->antennaposition,
     530                                header_->equinox,
     531                                header_->freqref,
     532                                header_->reffreq,
     533                                header_->bandwidth,
     534                                header_->utc,
     535                                header_->fluxunit,
     536                                header_->epoch,
     537                                header_->poltype ) ) {
     538//     cout << "STFiller::openNRO()  Failed to get header information." << endl ;
     539//     return ;
     540    throw( AipsError("Failed to get header information.") ) ;
     541  }
     542
     543  // set FRAME and BASEFRAME keyword of FREQUENCIES table
     544  if ( header_->freqref != "TOPO" ) {
     545    table_->frequencies().setFrame( header_->freqref, false ) ;
     546    table_->frequencies().setFrame( header_->freqref, true ) ;
     547  }
     548
     549  ifOffset_ = 0;
     550  vector<Bool> ifs = nreader_->getIFs() ;
     551  if ( whichIF >= 0 ) {
     552    if ( whichIF >= 0 && whichIF < nIF_ ) {
     553      for ( int i = 0 ; i < nIF_ ; i++ )
     554        ifs[i] = False ;
     555      ifs[whichIF] = True ;
     556      header_->nif = 1;
     557      nIF_ = 1;
     558      ifOffset_ = whichIF;
     559    } else {
     560      delete reader_;
     561      reader_ = 0;
     562      delete header_;
     563      header_ = 0;
     564      throw(AipsError("Illegal IF selection"));
     565    }
     566  }
     567
     568  beamOffset_ = 0;
     569  vector<Bool> beams = nreader_->getBeams() ;
     570  if (whichBeam>=0) {
     571    if (whichBeam>=0 && whichBeam<nBeam_) {
     572      for ( int i = 0 ; i < nBeam_ ; i++ )
     573        beams[i] = False ;
     574      beams[whichBeam] = True;
     575      header_->nbeam = 1;
     576      nBeam_ = 1;
     577      beamOffset_ = whichBeam;
     578    } else {
     579      delete reader_;
     580      reader_ = 0;
     581      delete header_;
     582      header_ = 0;
     583      throw(AipsError("Illegal Beam selection"));
     584    }
     585  }
     586
     587  header_->nbeam = nBeam_ ;
     588  header_->nif = nIF_ ;
     589
     590  // set header
     591  table_->setHeader( *header_ ) ;
     592
     593  // DEBUG
     594  time_t t1 ;
     595  time( &t1 ) ;
     596  ttm = localtime( &t1 ) ;
     597//   cout << "STFiller::openNRO()  End time = " << t1
     598//        << " ("
     599//        << ttm->tm_year + 1900 << "/" << ttm->tm_mon + 1 << "/" << ttm->tm_mday
     600//        << " "
     601//        << ttm->tm_hour << ":" << ttm->tm_min << ":" << ttm->tm_sec
     602//        << ")" << endl ;
     603//   cout << "STFiller::openNRO()  Elapsed time = " << t1 - t0 << " sec" << endl ;
     604  os << "End time = " << t1
     605     << " ("
     606     << ttm->tm_year + 1900 << "/" << ttm->tm_mon + 1 << "/" << ttm->tm_mday
     607     << " "
     608     << ttm->tm_hour << ":" << ttm->tm_min << ":" << ttm->tm_sec
     609     << ")" << endl ;
     610  os << "Elapsed time = " << t1 - t0 << " sec" << endl ;
     611  os.post() ;
     612  //
     613
     614  return ;
     615}
     616
     617int STFiller::readNRO()
     618{
     619  // DEBUG
     620  time_t t0 ;
     621  time( &t0 ) ;
     622  tm *ttm = localtime( &t0 ) ;
     623  LogIO os( LogOrigin( "STFiller", "readNRO()", WHERE ) ) ;
     624//   cout << "STFiller::readNRO()  Start time = " << t0
     625//        << " ("
     626//        << ttm->tm_year + 1900 << "/" << ttm->tm_mon + 1 << "/" << ttm->tm_mday
     627//        << " "
     628//        << ttm->tm_hour << ":" << ttm->tm_min << ":" << ttm->tm_sec
     629//        << ")" << endl ;
     630  os << "Start time = " << t0
     631     << " ("
     632     << ttm->tm_year + 1900 << "/" << ttm->tm_mon + 1 << "/" << ttm->tm_mday
     633     << " "
     634     << ttm->tm_hour << ":" << ttm->tm_min << ":" << ttm->tm_sec
     635     << ")" << LogIO::POST ;
     636  //
     637
     638  // fill row
     639  uInt id ;
     640  uInt imax = nreader_->getRowNum() ;
     641  vector< vector<double > > freqs ;
     642  uInt i = 0 ;
     643  int count = 0 ;
     644  uInt scanno ;
     645  uInt cycleno ;
     646  uInt beamno ;
     647  uInt polno ;
     648  vector<double> fqs ;
     649  Vector<Double> restfreq ;
     650  uInt refbeamno ;
     651  Double scantime ;
     652  Double interval ;
     653  String srcname ;
     654  String fieldname ;
     655  Array<Float> spectra ;
     656  Array<uChar> flagtra ;
     657  Array<Float> tsys ;
     658  Array<Double> direction ;
     659  Float azimuth ;
     660  Float elevation ;
     661  Float parangle ;
     662  Float opacity ;
     663  uInt tcalid ;
     664  Int fitid ;
     665  uInt focusid ;
     666  Float temperature ;
     667  Float pressure ;
     668  Float humidity ;
     669  Float windvel ;
     670  Float winddir ;
     671  Double srcvel ;
     672  Array<Double> propermotion ;
     673  Vector<Double> srcdir ;
     674  Array<Double> scanrate ;
     675  for ( i = 0 ; i < imax ; i++ ) {
     676    string scanType = nreader_->getScanType( i ) ;
     677    Int srcType = -1 ;
     678    if ( scanType.compare( 0, 2, "ON") == 0 ) {
     679      // os << "ON srcType: " << i << LogIO::POST ;
     680      srcType = 0 ;
     681    }
     682    else if ( scanType.compare( 0, 3, "OFF" ) == 0 ) {
     683      //os << "OFF srcType: " << i << LogIO::POST ;
     684      srcType = 1 ;
     685    }
     686    else if ( scanType.compare( 0, 4, "ZERO" ) == 0 ) {
     687      //os << "ZERO srcType: " << i << LogIO::POST ;
     688      srcType = 2 ;
     689    }
     690    else {
     691      //os << "Undefined srcType: " << i << LogIO::POST ;
     692      srcType = 3 ;
     693    }
     694 
     695    // if srcType is 2 (ZERO scan), ignore scan
     696    if ( srcType != 2 && srcType != -1 && srcType != 3 ) {
     697      TableRow row( table_->table() ) ;
     698      TableRecord& rec = row.record();
     699
     700      if ( nreader_->getScanInfo( i,
     701                                  scanno,
     702                                  cycleno,
     703                                  beamno,
     704                                  polno,
     705                                  fqs,
     706                                  restfreq,
     707                                  refbeamno,
     708                                  scantime,
     709                                  interval,
     710                                  srcname,
     711                                  fieldname,
     712                                  spectra,
     713                                  flagtra,
     714                                  tsys,
     715                                  direction,
     716                                  azimuth,
     717                                  elevation,
     718                                  parangle,
     719                                  opacity,
     720                                  tcalid,
     721                                  fitid,
     722                                  focusid,
     723                                  temperature,
     724                                  pressure,
     725                                  humidity,
     726                                  windvel,
     727                                  winddir,
     728                                  srcvel,
     729                                  propermotion,
     730                                  srcdir,
     731                                  scanrate ) ) {
     732//         cerr << "STFiller::readNRO()  Failed to get scan information." << endl ;
     733//         return 1 ;
     734        throw( AipsError("Failed to get scan information.") ) ;
     735      }
     736
     737      RecordFieldPtr<uInt> scannoCol( rec, "SCANNO" ) ;
     738      *scannoCol = scanno ;
     739      RecordFieldPtr<uInt> cyclenoCol(rec, "CYCLENO") ;
     740      *cyclenoCol = cycleno ;
     741      RecordFieldPtr<uInt> beamCol(rec, "BEAMNO") ;
     742      *beamCol = beamno ;
     743      RecordFieldPtr<uInt> ifCol(rec, "IFNO") ;
     744      RecordFieldPtr< uInt > polnoCol(rec, "POLNO") ;
     745      *polnoCol = polno ;
     746      RecordFieldPtr<uInt> mfreqidCol(rec, "FREQ_ID") ;
     747      if ( freqs.size() == 0 ) {
     748        id = table_->frequencies().addEntry( Double( fqs[0] ),
     749                                             Double( fqs[1] ),
     750                                             Double( fqs[2] ) ) ;
     751        *mfreqidCol = id ;
     752        *ifCol = id ;
     753        freqs.push_back( fqs ) ;
     754      }
     755      else {
     756        int iadd = -1 ;
     757        for ( uInt iif = 0 ; iif < freqs.size() ; iif++ ) {
     758          //os << "freqs[" << iif << "][1] = " << freqs[iif][1] << LogIO::POST ;
     759          double fdiff = abs( freqs[iif][1] - fqs[1] ) / freqs[iif][1] ;
     760          //os << "fdiff = " << fdiff << LogIO::POST ;
     761          if ( fdiff < 1.0e-8 ) {
     762            iadd = iif ;
     763            break ;
     764          }
     765        }
     766        if ( iadd == -1 ) {
     767          id = table_->frequencies().addEntry( Double( fqs[0] ),
     768                                               Double( fqs[1] ),
     769                                               Double( fqs[2] ) ) ;
     770          *mfreqidCol = id ;
     771          *ifCol = id ;
     772          freqs.push_back( fqs ) ;
     773        }
     774        else {
     775          *mfreqidCol = iadd ;
     776          *ifCol = iadd ;
     777        }
     778      }
     779      RecordFieldPtr<uInt> molidCol(rec, "MOLECULE_ID") ;
     780      id = table_->molecules().addEntry( restfreq ) ;
     781      *molidCol = id ;
     782      RecordFieldPtr<Int> rbCol(rec, "REFBEAMNO") ;
     783      *rbCol = refbeamno ;
     784      RecordFieldPtr<Double> mjdCol( rec, "TIME" ) ;
     785      *mjdCol = scantime ;
     786      RecordFieldPtr<Double> intervalCol( rec, "INTERVAL" ) ;
     787      *intervalCol = interval ;
     788      RecordFieldPtr<String> srcnCol(rec, "SRCNAME") ;
     789      *srcnCol = srcname ;
     790      RecordFieldPtr<Int> srctCol(rec, "SRCTYPE") ;
     791      *srctCol = srcType ;     
     792      RecordFieldPtr<String> fieldnCol(rec, "FIELDNAME");
     793      *fieldnCol = fieldname ;
     794      RecordFieldPtr< Array<Float> > specCol(rec, "SPECTRA") ;
     795      *specCol = spectra ;
     796      RecordFieldPtr< Array<uChar> > flagCol(rec, "FLAGTRA") ;
     797      *flagCol = flagtra ;
     798      RecordFieldPtr< Array<Float> > tsysCol(rec, "TSYS") ;
     799      *tsysCol = tsys ;
     800      RecordFieldPtr< Array<Double> > dirCol(rec, "DIRECTION") ;
     801      *dirCol = direction ;
     802      RecordFieldPtr<Float> azCol(rec, "AZIMUTH") ;
     803      *azCol = azimuth ;
     804      RecordFieldPtr<Float> elCol(rec, "ELEVATION") ;
     805      *elCol = elevation ;
     806      RecordFieldPtr<Float> parCol(rec, "PARANGLE") ;
     807      *parCol = parangle ;
     808      RecordFieldPtr<Float> tauCol(rec, "OPACITY") ;
     809      *tauCol = opacity ;
     810      RecordFieldPtr<uInt> mcalidCol(rec, "TCAL_ID") ;
     811      *mcalidCol = tcalid ;
     812      RecordFieldPtr<Int> fitCol(rec, "FIT_ID") ;
     813      *fitCol = fitid ;
     814      RecordFieldPtr<uInt> mfocusidCol(rec, "FOCUS_ID") ;
     815      *mfocusidCol = focusid ;
     816      RecordFieldPtr<uInt> mweatheridCol(rec, "WEATHER_ID") ;
     817      id = table_->weather().addEntry( temperature,
     818                                       pressure,
     819                                       humidity,
     820                                       windvel,
     821                                       winddir ) ;
     822      *mweatheridCol = id ;         
     823      RecordFieldPtr<Double> svelCol(rec, "SRCVELOCITY") ;
     824      *svelCol = srcvel ;
     825      RecordFieldPtr<Array<Double> > spmCol(rec, "SRCPROPERMOTION") ;
     826      *spmCol = propermotion ;
     827      RecordFieldPtr<Array<Double> > sdirCol(rec, "SRCDIRECTION") ;
     828      *sdirCol = srcdir ;
     829      RecordFieldPtr<Array<Double> > srateCol(rec, "SCANRATE");
     830      *srateCol = scanrate ;
     831
     832      table_->table().addRow() ;
     833      row.put(table_->table().nrow()-1, rec) ;
     834    }
     835    else {
     836      count++ ;
     837    }
     838    // DEBUG
     839    //int rownum = nreader_->getRowNum() ;
     840    //os << "Finished row " << i << "/" << rownum << LogIO::POST ;
     841    //
     842  }
     843
     844  // DEBUG
     845  time_t t1 ;
     846  time( &t1 ) ;
     847  ttm = localtime( &t1 ) ;
     848//   cout << "STFiller::readNRO()  Processed " << i << " rows" << endl ;
     849//   cout << "STFiller::readNRO()  Added " << i - count << " rows (ignored "
     850//        << count << " \"ZERO\" scans)" << endl ;
     851//   cout << "STFiller::readNRO()  End time = " << t1
     852//        << " ("
     853//        << ttm->tm_year + 1900 << "/" << ttm->tm_mon + 1 << "/" << ttm->tm_mday
     854//        << " "
     855//        << ttm->tm_hour << ":" << ttm->tm_min << ":" << ttm->tm_sec
     856//        << ")" << endl ;
     857//   cout << "STFiller::readNRO()  Elapsed time = " << t1 - t0 << " sec" << endl ;
     858  os << "Processed " << i << " rows" << endl ;
     859  os << "Added " << i - count << " rows (ignored "
     860     << count << " \"ZERO\" scans)" << endl ;
     861  os.post() ;
     862  os << "End time = " << t1
     863     << " ("
     864     << ttm->tm_year + 1900 << "/" << ttm->tm_mon + 1 << "/" << ttm->tm_mday
     865     << " "
     866     << ttm->tm_hour << ":" << ttm->tm_min << ":" << ttm->tm_sec
     867     << ")" << endl ;
     868  os << "Elapsed time = " << t1 - t0 << " sec" << endl ;
     869  os.post() ;
     870  //
     871
     872  return 0 ;
     873}
     874
     875Bool STFiller::fileCheck()
     876{
     877  bool bval = false ;
     878
     879  // if filename_ is directory, return false
     880  File inFile( filename_ ) ;
     881  if ( inFile.isDirectory() )
     882    return bval ;
     883 
     884  // if beginning of header data is "RW", return true
     885  // otherwise, return false ;
     886  FILE *fp = fopen( filename_.c_str(), "r" ) ;
     887  char buf[9] ;
     888  char buf2[80] ;
     889  fread( buf, 4, 1, fp ) ;
     890  buf[4] = '\0' ;
     891  fseek( fp, 640, SEEK_SET ) ;
     892  fread( buf2, 80, 1, fp ) ;
     893  if ( ( strncmp( buf, "RW", 2 ) == 0 ) || ( strstr( buf2, "NRO45M" ) != NULL ) ) {
     894    bval = true ;
     895  }
     896  fclose( fp ) ;
     897  return bval ;
     898}
     899
    383900}//namespace asap

  • branches/mergetest/src/STFiller.h

    r1504 r1779  
    2727
    2828class PKSreader;
     29class NROReader;
    2930
    3031namespace asap {
    … …  
    6162    */
    6263  explicit STFiller( const std::string& filename, int whichIF=-1,
    63                   int whichBeam=-1 );
     64                     int whichBeam=-1 );
    6465
    6566  /**
    … …  
    7576   * @exception AipsError Creation of PKSreader failed
    7677   */
    77   void open( const std::string& filename, int whichIF=-1, int whichBeam=-1 );
     78  void open( const std::string& filename, const std::string& antenna, int whichIF=-1, int whichBeam=-1, casa::Bool getPt=casa::False );
    7879
    7980  /**
    … …  
    9394  casa::CountedPtr<Scantable> getTable() const { return table_;}
    9495
     96  /**
     97   * For NRO data
     98   *
     99   * 2008/11/11 Takeshi Nakazato
     100   *
     101   * openNRO  : NRO version of open(), which performs to open file and
     102   *            read header data.
     103   * 
     104   * readNRO  : NRO version of read(), which performs to read scan
     105   *            records.
     106   *
     107   * fileCheck: Identify a type (NRO data or not) of filename_.
     108   **/
     109  void openNRO( int whichIF=-1, int whichBeam=-1 ) ;
     110  int readNRO() ;
     111  casa::Bool fileCheck() ;
     112
    95113  void setReferenceExpr(const std::string& rx) { refRx_ = rx; }
    96114
    … …  
    105123  casa::Vector<casa::Bool> haveXPol_;
    106124  casa::String refRx_;
     125  NROReader *nreader_ ;
     126  casa::Bool isNRO_ ;
    107127};
    108128

  • branches/mergetest/src/STFitter.cpp

    r1391 r1779  
    3232#include <casa/Arrays/ArrayMath.h>
    3333#include <casa/Arrays/ArrayLogical.h>
     34#include <casa/Logging/LogIO.h>
    3435#include <scimath/Fitting.h>
    3536#include <scimath/Fitting/LinearFit.h>
    … …  
    3738#include <scimath/Functionals/CompoundFunction.h>
    3839#include <scimath/Functionals/Gaussian1D.h>
     40#include "Lorentzian1D.h"
    3941#include <scimath/Functionals/Polynomial.h>
    4042#include <scimath/Mathematics/AutoDiff.h>
    … …  
    146148    funcs_.resize(1);
    147149    funcs_[0] = new Polynomial<Float>(ncomp);
     150  } else if (expr == "lorentz") {
     151    if (ncomp < 1) throw (AipsError("Need at least one lorentzian to fit."));
     152    funcs_.resize(ncomp);
     153    for (Int k=0; k<ncomp; ++k) {
     154      funcs_[k] = new Lorentzian1D<Float>();
     155    }
    148156  } else {
    149     cerr << " compiled functions not yet implemented" << endl;
     157    //cerr << " compiled functions not yet implemented" << endl;
     158    LogIO os( LogOrigin( "Fitter", "setExpression()", WHERE ) ) ;
     159    os << LogIO::WARN << " compiled functions not yet implemented" << LogIO::POST;
    150160    //funcs_.resize(1);
    151161    //funcs_[0] = new CompiledFunction<Float>();
    … …  
    227237            (funcs_[0]->parameters())[i] =  tmppar[i];
    228238        }
     239    } else if (dynamic_cast<Lorentzian1D<Float>* >(funcs_[0]) != 0) {
     240        uInt count = 0;
     241        for (uInt j=0; j < funcs_.nelements(); ++j) {
     242            for (uInt i=0; i < funcs_[j]->nparameters(); ++i) {
     243                (funcs_[j]->parameters())[i] = tmppar[count];
     244                parameters_[count] = tmppar[count];
     245                ++count;
     246            }
     247        }
    229248    }
    230249    // reset
    … …  
    260279            funcs_[0]->mask(i) =  !fixed[i];
    261280        }
     281    } else if (dynamic_cast<Lorentzian1D<Float>* >(funcs_[0]) != 0) {
     282      uInt count = 0;
     283        for (uInt j=0; j < funcs_.nelements(); ++j) {
     284            for (uInt i=0; i < funcs_[j]->nparameters(); ++i) {
     285                funcs_[j]->mask(i) = !fixed[count];
     286                fixedpar_[count] = fixed[count];
     287                ++count;
     288            }
     289        }
    262290    }
    263291    return true;

  • branches/mergetest/src/STFrequencies.cpp

    r1694 r1779  
    128128}
    129129
     130void STFrequencies::setEntry( Double refpix, Double refval, Double inc, uInt id )
     131{
     132  Table t = table_(table_.col("ID") == Int(id) );
     133  if (t.nrow() == 0 ) {
     134    throw(AipsError("STFrequencies::getEntry - freqID out of range"));
     135  }
     136  for ( uInt i = 0 ; i < table_.nrow() ; i++ ) {
     137    uInt fid ;
     138    idCol_.get( i, fid ) ;
     139    if ( fid == id ) {
     140      refpixCol_.put( i, refpix ) ;
     141      refvalCol_.put( i, refval ) ;
     142      incrCol_.put( i, inc ) ;
     143    }
     144  }
     145}
     146
    130147SpectralCoordinate STFrequencies::getSpectralCoordinate( uInt id ) const
    131148{
    … …  
    145162}
    146163
     164/**
    147165SpectralCoordinate
    148166  STFrequencies::getSpectralCoordinate( const MDirection& md,
    … …  
    150168                                        const MEpoch& me,
    151169                                        Double restfreq, uInt id ) const
     170**/
     171SpectralCoordinate
     172  STFrequencies::getSpectralCoordinate( const MDirection& md,
     173                                              const MPosition& mp,
     174                                              const MEpoch& me,
     175                                              Vector<Double> restfreq, uInt id ) const
    152176{
    153177  SpectralCoordinate spc = getSpectralCoordinate(id);
    154   spc.setRestFrequency(restfreq, True);
     178  //spc.setRestFrequency(restfreq, True);
     179  // for now just use the first rest frequency
     180  if (restfreq.nelements()==0 ) {
     181    restfreq.resize(1);
     182    restfreq[0] = 0;
     183  }
     184  spc.setRestFrequency(restfreq[0], True);
    155185  if ( !spc.setReferenceConversion(getFrame(), me, mp, md) ) {
    156186    throw(AipsError("Couldn't convert frequency frame."));

  • branches/mergetest/src/STFrequencies.h

    r1375 r1779  
    5959                 casa::Double& inc, casa::uInt id );
    6060
     61  /***
     62   * Set the frequency values for a specific id via references
     63   * @param refpix the reference pixel
     64   * @param refval the reference value
     65   * @param inc    the increment
     66   * @param id     the identifier
     67   *
     68   * 17/09/2008 Takeshi Nakazato
     69   ***/
     70  void setEntry( casa::Double refpix, casa::Double refval,
     71                 casa::Double inc, casa::uInt id ) ;
     72
    6173
    6274  bool conformant(const STFrequencies& other) const;
    … …  
    6981  casa::SpectralCoordinate getSpectralCoordinate( casa::uInt freqID ) const;
    7082
     83  /**
    7184  casa::SpectralCoordinate getSpectralCoordinate( const casa::MDirection& md,
    7285                                                  const casa::MPosition& mp,
    … …  
    7588                                                  casa::uInt freqID
    7689                                                  ) const;
     90  **/
     91  casa::SpectralCoordinate getSpectralCoordinate( const casa::MDirection& md,
     92                                                  const casa::MPosition& mp,
     93                                                  const casa::MEpoch& me,
     94                                                  casa::Vector<casa::Double> restfreq,
     95                                                  casa::uInt freqID
     96                                                  ) const;
    7797
    7898  /**

  • branches/mergetest/src/STHeader.cpp

    r1439 r1779  
    3737#include <casa/Arrays/IPosition.h>
    3838#include <casa/Quanta/MVTime.h>
     39#include <casa/Logging/LogIO.h>
    3940
    40 
     41#include <sstream>
    4142
    4243#include "STDefs.h"
    … …  
    7980  MVTime mvt(this->utc);
    8081  mvt.setFormat(MVTime::YMD);
    81   cout << "Observer: " << this->observer << endl
    82        << "Project: " << this->project << endl
    83        << "Obstype: " << this->obstype << endl
    84        << "Antenna: " << this->antennaname << endl
    85        << "Ant. Position: " << this->antennaposition << endl
    86        << "Equinox: " << this->equinox << endl
    87        << "Freq. ref.: " << this->freqref << endl
    88        << "Ref. frequency: " << this->reffreq << endl
    89        << "Bandwidth: "  << this->bandwidth << endl
    90        << "Time (utc): "
    91        << mvt
    92        << endl;
     82//   cout << "Observer: " << this->observer << endl
     83//        << "Project: " << this->project << endl
     84//        << "Obstype: " << this->obstype << endl
     85//        << "Antenna: " << this->antennaname << endl
     86//        << "Ant. Position: " << this->antennaposition << endl
     87//        << "Equinox: " << this->equinox << endl
     88//        << "Freq. ref.: " << this->freqref << endl
     89//        << "Ref. frequency: " << this->reffreq << endl
     90//        << "Bandwidth: "  << this->bandwidth << endl
     91//        << "Time (utc): "
     92//        << mvt
     93//        << endl;
     94  LogIO os( LogOrigin( "STHeader", "print()", WHERE ) ) ;
     95  os << "Observer: " << this->observer << endl
     96     << "Project: " << this->project << endl
     97     << "Obstype: " << this->obstype << endl
     98     << "Antenna: " << this->antennaname << endl
     99     << "Ant. Position: " << this->antennaposition << endl
     100     << "Equinox: " << this->equinox << endl
     101     << "Freq. ref.: " << this->freqref << endl
     102     << "Ref. frequency: " << this->reffreq << endl
     103     << "Bandwidth: "  << this->bandwidth << endl
     104     << "Time (utc): "
     105     << mvt
     106     << LogIO::POST ;
    93107  //setprecision(10) << this->utc << endl;
    94108}
    … …  
    129143{
    130144   if (n_>0) {
    131       cerr << "Source    ID" << endl;
    132       for (uInt i=0; i<n_; i++) {
    133          cout << setw(11) << source_(i) << ID_(i) << endl;
    134       }
     145//       cerr << "Source    ID" << endl;
     146//       for (uInt i=0; i<n_; i++) {
     147//          cout << setw(11) << source_(i) << ID_(i) << endl;
     148     LogIO os( LogOrigin( "SDDataDesc", "summary()", WHERE ) ) ;
     149     ostringstream oss ;
     150     oss << "Source    ID" << endl;
     151     for (uInt i=0; i<n_; i++) {
     152       oss << setw(11) << source_(i) << ID_(i) << endl;
     153     }
     154     os << oss.str() << LogIO::POST ;
    135155   }
    136156}

  • branches/mergetest/src/STMath.cpp

    r1777 r1779  
    4444#include <scimath/Functionals/Polynomial.h>
    4545
     46#include <atnf/PKSIO/SrcType.h>
     47
    4648#include <casa/Logging/LogIO.h>
     49#include <sstream>
    4750
    4851#include "MathUtils.h"
    … …  
    5558
    5659using namespace asap;
     60
     61// tolerance for direction comparison (rad)
     62#define TOL_OTF    1.0e-15
     63#define TOL_POINT  2.9088821e-4  // 1 arcmin
    5764
    5865STMath::STMath(bool insitu) :
    … …  
    7279                 const std::string& avmode)
    7380{
     81  LogIO os( LogOrigin( "STMath", "average()", WHERE ) ) ;
    7482  if ( avmode == "SCAN" && in.size() != 1 )
    7583    throw(AipsError("Can't perform 'SCAN' averaging on multiple tables.\n"
    7684                    "Use merge first."));
    7785  WeightType wtype = stringToWeight(weight);
    78   LogIO os( LogOrigin( "STMath", "average()", WHERE ) ) ;
    79   os << "test" << LogIO::POST ;
     86
     87  // check if OTF observation
     88  String obstype = in[0]->getHeader().obstype ;
     89  Double tol = 0.0 ;
     90  if ( (obstype.find( "OTF" ) != String::npos) || (obstype.find( "OBSERVE_TARGET" ) != String::npos) ) {
     91    tol = TOL_OTF ;
     92  }
     93  else {
     94    tol = TOL_POINT ;
     95  }
    8096
    8197  // output
    … …  
    117133  }
    118134  if ( avmode == "SCAN"  && in.size() == 1) {
    119     cols.resize(4);
    120     cols[3] = String("SCANNO");
     135    //cols.resize(4);
     136    //cols[3] = String("SCANNO");
     137    cols.resize(5);
     138    cols[3] = String("SRCNAME");
     139    cols[4] = String("SCANNO");
    121140  }
    122141  uInt outrowCount = 0;
    123142  TableIterator iter(baset, cols);
     143//   int count = 0 ;
    124144  while (!iter.pastEnd()) {
    125145    Table subt = iter.table();
    126     // copy the first row of this selection into the new table
    127     tout.addRow();
    128     TableCopy::copyRows(tout, subt, outrowCount, 0, 1);
    129     // re-index to 0
    130     if ( avmode != "SCAN" && avmode != "SOURCE" ) {
    131       scanColOut.put(outrowCount, uInt(0));
    132     }
    133     ++outrowCount;
     146//     // copy the first row of this selection into the new table
     147//     tout.addRow();
     148//     TableCopy::copyRows(tout, subt, outrowCount, 0, 1);
     149//     // re-index to 0
     150//     if ( avmode != "SCAN" && avmode != "SOURCE" ) {
     151//       scanColOut.put(outrowCount, uInt(0));
     152//     }
     153//     ++outrowCount;
     154    MDirection::ScalarColumn dircol ;
     155    dircol.attach( subt, "DIRECTION" ) ;
     156    Int length = subt.nrow() ;
     157    vector< Vector<Double> > dirs ;
     158    vector<int> indexes ;
     159    for ( Int i = 0 ; i < length ; i++ ) {
     160      Vector<Double> t = dircol(i).getAngle(Unit(String("rad"))).getValue() ;
     161      //os << << count++ << ": " ;
     162      //os << "[" << t[0] << "," << t[1] << "]" << LogIO::POST ;
     163      bool adddir = true ;
     164      for ( uInt j = 0 ; j < dirs.size() ; j++ ) {
     165        //if ( allTrue( t == dirs[j] ) ) {
     166        Double dx = t[0] - dirs[j][0] ;
     167        Double dy = t[1] - dirs[j][1] ;
     168        Double dd = sqrt( dx * dx + dy * dy ) ;
     169        //if ( allNearAbs( t, dirs[j], tol ) ) {
     170        if ( dd <= tol ) {
     171          adddir = false ;
     172          break ;
     173        }
     174      }
     175      if ( adddir ) {
     176        dirs.push_back( t ) ;
     177        indexes.push_back( i ) ;
     178      }
     179    }
     180    uInt rowNum = dirs.size() ;
     181    tout.addRow( rowNum ) ;
     182    for ( uInt i = 0 ; i < rowNum ; i++ ) {
     183      TableCopy::copyRows( tout, subt, outrowCount+i, indexes[i], 1 ) ;
     184      // re-index to 0
     185      if ( avmode != "SCAN" && avmode != "SOURCE" ) {
     186        scanColOut.put(outrowCount+i, uInt(0));
     187      }       
     188    }
     189    outrowCount += rowNum ;
    134190    ++iter;
    135191  }
    136 
    137192  RowAccumulator acc(wtype);
    138193  Vector<Bool> cmask(mask);
    … …  
    159214        subt = basesubt( basesubt.col("SRCNAME") == rec.asString("SRCNAME") );
    160215      } else if (avmode == "SCAN") {
    161         subt = basesubt( basesubt.col("SCANNO") == Int(rec.asuInt("SCANNO")) );
     216        //subt = basesubt( basesubt.col("SCANNO") == Int(rec.asuInt("SCANNO")) );
     217        subt = basesubt( basesubt.col("SCANNO") == Int(rec.asuInt("SCANNO"))
     218                         && basesubt.col("SRCNAME") == rec.asString("SRCNAME") );
    162219      } else {
    163220        subt = basesubt;
    164221      }
     222
     223      vector<uInt> removeRows ;
     224      uInt nrsubt = subt.nrow() ;
     225      for ( uInt irow = 0 ; irow < nrsubt ; irow++ ) {
     226        //if ( !allTrue((subt.col("DIRECTION").getArrayDouble(TableExprId(irow)))==rec.asArrayDouble("DIRECTION")) ) {
     227        Vector<Double> x0 = (subt.col("DIRECTION").getArrayDouble(TableExprId(irow))) ;
     228        Vector<Double> x1 = rec.asArrayDouble("DIRECTION") ;
     229        double dx = x0[0] - x1[0] ;
     230        double dy = x0[0] - x1[0] ;
     231        Double dd = sqrt( dx * dx + dy * dy ) ;
     232        //if ( !allNearAbs((subt.col("DIRECTION").getArrayDouble(TableExprId(irow))), rec.asArrayDouble("DIRECTION"), tol ) ) {
     233        if ( dd > tol ) {
     234          removeRows.push_back( irow ) ;
     235        }
     236      }
     237      if ( removeRows.size() != 0 ) {
     238        subt.removeRow( removeRows ) ;
     239      }
     240     
     241      if ( nrsubt == removeRows.size() )
     242        throw(AipsError("Averaging data is empty.")) ;
     243
    165244      specCol.attach(subt,"SPECTRA");
    166245      flagCol.attach(subt,"FLAGTRA");
    … …  
    196275    }
    197276    //write out
    198     Vector<uChar> flg(msk.shape());
    199     convertArray(flg, !msk);
    200     flagColOut.put(i, flg);
    201     specColOut.put(i, acc.getSpectrum());
    202     tsysColOut.put(i, acc.getTsys());
    203     intColOut.put(i, acc.getInterval());
    204     mjdColOut.put(i, acc.getTime());
    205     // we should only have one cycle now -> reset it to be 0
    206     // frequency switched data has different CYCLENO for different IFNO
    207     // which requires resetting this value
    208     cycColOut.put(i, uInt(0));
     277    if (acc.state()) {
     278      Vector<uChar> flg(msk.shape());
     279      convertArray(flg, !msk);
     280      flagColOut.put(i, flg);
     281      specColOut.put(i, acc.getSpectrum());
     282      tsysColOut.put(i, acc.getTsys());
     283      intColOut.put(i, acc.getInterval());
     284      mjdColOut.put(i, acc.getTime());
     285      // we should only have one cycle now -> reset it to be 0
     286      // frequency switched data has different CYCLENO for different IFNO
     287      // which requires resetting this value
     288      cycColOut.put(i, uInt(0));
     289    } else {
     290      ostringstream oss;
     291      oss << "For output row="<<i<<", all input rows of data are flagged. no averaging" << endl;
     292      pushLog(String(oss));
     293    }
    209294    acc.reset();
    210295  }
    211296  if (rowstodelete.nelements() > 0) {
     297    //cout << rowstodelete << endl;
     298    os << rowstodelete << LogIO::POST ;
    212299    tout.removeRow(rowstodelete);
    213300    if (tout.nrow() == 0) {
    … …  
    223310                          const std::string& avmode )
    224311{
     312  // check if OTF observation
     313  String obstype = in->getHeader().obstype ;
     314  Double tol = 0.0 ;
     315  if ( obstype.find( "OTF" ) != String::npos ) {
     316    tol = TOL_OTF ;
     317  }
     318  else {
     319    tol = TOL_POINT ;
     320  }
     321
    225322  // clone as this is non insitu
    226323  bool insitu = insitu_;
    … …  
    254351    flagCol.attach(subt,"FLAGTRA");
    255352    tsysCol.attach(subt,"TSYS");
    256     tout.addRow();
    257     TableCopy::copyRows(tout, subt, outrowCount, 0, 1);
    258     if ( avmode != "SCAN") {
    259       scanColOut.put(outrowCount, uInt(0));
    260     }
    261     Vector<Float> tmp;
    262     specCol.get(0, tmp);
    263     uInt nchan = tmp.nelements();
    264     // have to do channel by channel here as MaskedArrMath
    265     // doesn't have partialMedians
    266     Vector<uChar> flags = flagCol.getColumn(Slicer(Slice(0)));
    267     Vector<Float> outspec(nchan);
    268     Vector<uChar> outflag(nchan,0);
    269     Vector<Float> outtsys(1);/// @fixme when tsys is channel based
    270     for (uInt i=0; i<nchan; ++i) {
    271       Vector<Float> specs = specCol.getColumn(Slicer(Slice(i)));
    272       MaskedArray<Float> ma = maskedArray(specs,flags);
    273       outspec[i] = median(ma);
    274       if ( allEQ(ma.getMask(), False) )
    275         outflag[i] = userflag;// flag data
    276     }
    277     outtsys[0] = median(tsysCol.getColumn());
    278     specColOut.put(outrowCount, outspec);
    279     flagColOut.put(outrowCount, outflag);
    280     tsysColOut.put(outrowCount, outtsys);
    281     Double intsum = sum(intCol.getColumn());
    282     intColOut.put(outrowCount, intsum);
    283     ++outrowCount;
     353//     tout.addRow();
     354//     TableCopy::copyRows(tout, subt, outrowCount, 0, 1);
     355//     if ( avmode != "SCAN") {
     356//       scanColOut.put(outrowCount, uInt(0));
     357//     }
     358//     Vector<Float> tmp;
     359//     specCol.get(0, tmp);
     360//     uInt nchan = tmp.nelements();
     361//     // have to do channel by channel here as MaskedArrMath
     362//     // doesn't have partialMedians
     363//     Vector<uChar> flags = flagCol.getColumn(Slicer(Slice(0)));
     364//     Vector<Float> outspec(nchan);
     365//     Vector<uChar> outflag(nchan,0);
     366//     Vector<Float> outtsys(1);/// @fixme when tsys is channel based
     367//     for (uInt i=0; i<nchan; ++i) {
     368//       Vector<Float> specs = specCol.getColumn(Slicer(Slice(i)));
     369//       MaskedArray<Float> ma = maskedArray(specs,flags);
     370//       outspec[i] = median(ma);
     371//       if ( allEQ(ma.getMask(), False) )
     372//         outflag[i] = userflag;// flag data
     373//     }
     374//     outtsys[0] = median(tsysCol.getColumn());
     375//     specColOut.put(outrowCount, outspec);
     376//     flagColOut.put(outrowCount, outflag);
     377//     tsysColOut.put(outrowCount, outtsys);
     378//     Double intsum = sum(intCol.getColumn());
     379//     intColOut.put(outrowCount, intsum);
     380//     ++outrowCount;
     381//     ++iter;
     382    MDirection::ScalarColumn dircol ;
     383    dircol.attach( subt, "DIRECTION" ) ;
     384    Int length = subt.nrow() ;
     385    vector< Vector<Double> > dirs ;
     386    vector<int> indexes ;
     387    for ( Int i = 0 ; i < length ; i++ ) {
     388      Vector<Double> t = dircol(i).getAngle(Unit(String("rad"))).getValue() ;
     389      bool adddir = true ;
     390      for ( uInt j = 0 ; j < dirs.size() ; j++ ) {
     391        //if ( allTrue( t == dirs[j] ) ) {
     392        Double dx = t[0] - dirs[j][0] ;
     393        Double dy = t[1] - dirs[j][1] ;
     394        Double dd = sqrt( dx * dx + dy * dy ) ;
     395        //if ( allNearAbs( t, dirs[j], tol ) ) {
     396        if ( dd <= tol ) {
     397          adddir = false ;
     398          break ;
     399        }
     400      }
     401      if ( adddir ) {
     402        dirs.push_back( t ) ;
     403        indexes.push_back( i ) ;
     404      }
     405    }
     406    uInt rowNum = dirs.size() ;
     407    tout.addRow( rowNum );
     408    for ( uInt i = 0 ; i < rowNum ; i++ ) {
     409      TableCopy::copyRows(tout, subt, outrowCount+i, indexes[i], 1) ;
     410      if ( avmode != "SCAN") {
     411        //scanColOut.put(outrowCount+i, uInt(0));
     412      }
     413    }
     414    MDirection::ScalarColumn dircolOut ;
     415    dircolOut.attach( tout, "DIRECTION" ) ;
     416    for ( uInt irow = 0 ; irow < rowNum ; irow++ ) {
     417      Vector<Double> t = dircolOut(outrowCount+irow).getAngle(Unit(String("rad"))).getValue() ;
     418      Vector<Float> tmp;
     419      specCol.get(0, tmp);
     420      uInt nchan = tmp.nelements();
     421      // have to do channel by channel here as MaskedArrMath
     422      // doesn't have partialMedians
     423      Vector<uChar> flags = flagCol.getColumn(Slicer(Slice(0)));
     424      // mask spectra for different DIRECTION
     425      for ( uInt jrow = 0 ; jrow < subt.nrow() ; jrow++ ) {
     426        Vector<Double> direction = dircol(jrow).getAngle(Unit(String("rad"))).getValue() ;
     427        //if ( t[0] != direction[0] || t[1] != direction[1] ) {
     428        Double dx = t[0] - direction[0] ;
     429        Double dy = t[1] - direction[1] ;
     430        Double dd = sqrt( dx * dx + dy * dy ) ;
     431        //if ( !allNearAbs( t, direction, tol ) ) {
     432        if ( dd > tol ) {
     433          flags[jrow] = userflag ;
     434        }
     435      }
     436      Vector<Float> outspec(nchan);
     437      Vector<uChar> outflag(nchan,0);
     438      Vector<Float> outtsys(1);/// @fixme when tsys is channel based
     439      for (uInt i=0; i<nchan; ++i) {
     440        Vector<Float> specs = specCol.getColumn(Slicer(Slice(i)));
     441        MaskedArray<Float> ma = maskedArray(specs,flags);
     442        outspec[i] = median(ma);
     443        if ( allEQ(ma.getMask(), False) )
     444          outflag[i] = userflag;// flag data
     445      }
     446      outtsys[0] = median(tsysCol.getColumn());
     447      specColOut.put(outrowCount+irow, outspec);
     448      flagColOut.put(outrowCount+irow, outflag);
     449      tsysColOut.put(outrowCount+irow, outtsys);
     450      Vector<Double> integ = intCol.getColumn() ;
     451      MaskedArray<Double> mi = maskedArray( integ, flags ) ;
     452      Double intsum = sum(mi);
     453      intColOut.put(outrowCount+irow, intsum);
     454    }
     455    outrowCount += rowNum ;
    284456    ++iter;
    285457  }
    … …  
    327499      if ( tsys ) {
    328500        ts += val;
     501        tsysCol.put(i, ts);
     502      }
     503    }
     504  }
     505  return out;
     506}
     507
     508CountedPtr< Scantable > STMath::arrayOperate( const CountedPtr< Scantable >& in,
     509                                              const std::vector<float> val,
     510                                              const std::string& mode,
     511                                              const std::string& opmode,
     512                                              bool tsys )
     513{
     514  CountedPtr< Scantable > out ;
     515  if ( opmode == "channel" ) {
     516    out = arrayOperateChannel( in, val, mode, tsys ) ;
     517  }
     518  else if ( opmode == "row" ) {
     519    out = arrayOperateRow( in, val, mode, tsys ) ;
     520  }
     521  else {
     522    throw( AipsError( "Unknown array operation mode." ) ) ;
     523  }
     524  return out ;
     525}
     526
     527CountedPtr< Scantable > STMath::arrayOperateChannel( const CountedPtr< Scantable >& in,
     528                                                     const std::vector<float> val,
     529                                                     const std::string& mode,
     530                                                     bool tsys )
     531{
     532  if ( val.size() == 1 ){
     533    return unaryOperate( in, val[0], mode, tsys ) ;
     534  }
     535
     536  // conformity of SPECTRA and TSYS
     537  if ( tsys ) {
     538    TableIterator titer(in->table(), "IFNO");
     539    while ( !titer.pastEnd() ) {
     540      ArrayColumn<Float> specCol( in->table(), "SPECTRA" ) ;
     541      ArrayColumn<Float> tsysCol( in->table(), "TSYS" ) ;
     542      Array<Float> spec = specCol.getColumn() ;
     543      Array<Float> ts = tsysCol.getColumn() ;
     544      if ( !spec.conform( ts ) ) {
     545        throw( AipsError( "SPECTRA and TSYS must conform in shape if you want to apply operation on Tsys." ) ) ;
     546      }
     547      titer.next() ;
     548    }
     549  }
     550
     551  // check if all spectra in the scantable have the same number of channel
     552  vector<uInt> nchans;
     553  vector<uInt> ifnos = in->getIFNos() ;
     554  for ( uInt i = 0 ; i < ifnos.size() ; i++ ) {
     555    nchans.push_back( in->nchan( ifnos[i] ) ) ;
     556  }
     557  Vector<uInt> mchans( nchans ) ;
     558  if ( anyNE( mchans, mchans[0] ) ) {
     559    throw( AipsError("All spectra in the input scantable must have the same number of channel for vector operation." ) ) ;
     560  }
     561
     562  // check if vector size is equal to nchan
     563  Vector<Float> fact( val ) ;
     564  if ( fact.nelements() != mchans[0] ) {
     565    throw( AipsError("Vector size must be 1 or be same as number of channel.") ) ;
     566  }
     567
     568  // check divided by zero
     569  if ( ( mode == "DIV" ) && anyEQ( fact, (float)0.0 ) ) {
     570    throw( AipsError("Divided by zero is not recommended." ) ) ;
     571  }
     572
     573  CountedPtr< Scantable > out = getScantable(in, false);
     574  Table& tab = out->table();
     575  ArrayColumn<Float> specCol(tab,"SPECTRA");
     576  ArrayColumn<Float> tsysCol(tab,"TSYS");
     577  for (uInt i=0; i<tab.nrow(); ++i) {
     578    Vector<Float> spec;
     579    Vector<Float> ts;
     580    specCol.get(i, spec);
     581    tsysCol.get(i, ts);
     582    if (mode == "MUL" || mode == "DIV") {
     583      if (mode == "DIV") fact = (float)1.0 / fact;
     584      spec *= fact;
     585      specCol.put(i, spec);
     586      if ( tsys ) {
     587        ts *= fact;
     588        tsysCol.put(i, ts);
     589      }
     590    } else if ( mode == "ADD"  || mode == "SUB") {
     591      if (mode == "SUB") fact *= (float)-1.0 ;
     592      spec += fact;
     593      specCol.put(i, spec);
     594      if ( tsys ) {
     595        ts += fact;
     596        tsysCol.put(i, ts);
     597      }
     598    }
     599  }
     600  return out;
     601}
     602
     603CountedPtr< Scantable > STMath::arrayOperateRow( const CountedPtr< Scantable >& in,
     604                                                 const std::vector<float> val,
     605                                                 const std::string& mode,
     606                                                 bool tsys )
     607{
     608  if ( val.size() == 1 ) {
     609    return unaryOperate( in, val[0], mode, tsys ) ;
     610  }
     611
     612  // conformity of SPECTRA and TSYS
     613  if ( tsys ) {
     614    TableIterator titer(in->table(), "IFNO");
     615    while ( !titer.pastEnd() ) {
     616      ArrayColumn<Float> specCol( in->table(), "SPECTRA" ) ;
     617      ArrayColumn<Float> tsysCol( in->table(), "TSYS" ) ;
     618      Array<Float> spec = specCol.getColumn() ;
     619      Array<Float> ts = tsysCol.getColumn() ;
     620      if ( !spec.conform( ts ) ) {
     621        throw( AipsError( "SPECTRA and TSYS must conform in shape if you want to apply operation on Tsys." ) ) ;
     622      }
     623      titer.next() ;
     624    }
     625  }
     626
     627  // check if vector size is equal to nrow
     628  Vector<Float> fact( val ) ;
     629  if ( fact.nelements() != in->nrow() ) {
     630    throw( AipsError("Vector size must be 1 or be same as number of row.") ) ;
     631  }
     632
     633  // check divided by zero
     634  if ( ( mode == "DIV" ) && anyEQ( fact, (float)0.0 ) ) {
     635    throw( AipsError("Divided by zero is not recommended." ) ) ;
     636  }
     637
     638  CountedPtr< Scantable > out = getScantable(in, false);
     639  Table& tab = out->table();
     640  ArrayColumn<Float> specCol(tab,"SPECTRA");
     641  ArrayColumn<Float> tsysCol(tab,"TSYS");
     642  if (mode == "DIV") fact = (float)1.0 / fact;
     643  if (mode == "SUB") fact *= (float)-1.0 ;
     644  for (uInt i=0; i<tab.nrow(); ++i) {
     645    Vector<Float> spec;
     646    Vector<Float> ts;
     647    specCol.get(i, spec);
     648    tsysCol.get(i, ts);
     649    if (mode == "MUL" || mode == "DIV") {
     650      spec *= fact[i];
     651      specCol.put(i, spec);
     652      if ( tsys ) {
     653        ts *= fact[i];
     654        tsysCol.put(i, ts);
     655      }
     656    } else if ( mode == "ADD"  || mode == "SUB") {
     657      spec += fact[i];
     658      specCol.put(i, spec);
     659      if ( tsys ) {
     660        ts += fact[i];
     661        tsysCol.put(i, ts);
     662      }
     663    }
     664  }
     665  return out;
     666}
     667
     668CountedPtr< Scantable > STMath::array2dOperate( const CountedPtr< Scantable >& in,
     669                                                const std::vector< std::vector<float> > val,
     670                                                const std::string& mode,
     671                                                bool tsys )
     672{
     673  // conformity of SPECTRA and TSYS
     674  if ( tsys ) {
     675    TableIterator titer(in->table(), "IFNO");
     676    while ( !titer.pastEnd() ) {
     677      ArrayColumn<Float> specCol( in->table(), "SPECTRA" ) ;
     678      ArrayColumn<Float> tsysCol( in->table(), "TSYS" ) ;
     679      Array<Float> spec = specCol.getColumn() ;
     680      Array<Float> ts = tsysCol.getColumn() ;
     681      if ( !spec.conform( ts ) ) {
     682        throw( AipsError( "SPECTRA and TSYS must conform in shape if you want to apply operation on Tsys." ) ) ;
     683      }
     684      titer.next() ;
     685    }
     686  }
     687
     688  // some checks
     689  vector<uInt> nchans;
     690  for ( uInt i = 0 ; i < in->nrow() ; i++ ) {
     691    nchans.push_back( (in->getSpectrum( i )).size() ) ;
     692  }
     693  //Vector<uInt> mchans( nchans ) ;
     694  vector< Vector<Float> > facts ;
     695  for ( uInt i = 0 ; i < nchans.size() ; i++ ) {
     696    Vector<Float> tmp( val[i] ) ;
     697    // check divided by zero
     698    if ( ( mode == "DIV" ) && anyEQ( tmp, (float)0.0 ) ) {
     699      throw( AipsError("Divided by zero is not recommended." ) ) ;
     700    }
     701    // conformity check
     702    if ( tmp.nelements() != nchans[i] ) {
     703      stringstream ss ;
     704      ss << "Row " << i << ": Vector size must be same as number of channel." ;
     705      throw( AipsError( ss.str() ) ) ;
     706    }
     707    facts.push_back( tmp ) ;
     708  }
     709
     710
     711  CountedPtr< Scantable > out = getScantable(in, false);
     712  Table& tab = out->table();
     713  ArrayColumn<Float> specCol(tab,"SPECTRA");
     714  ArrayColumn<Float> tsysCol(tab,"TSYS");
     715  for (uInt i=0; i<tab.nrow(); ++i) {
     716    Vector<Float> fact = facts[i] ;
     717    Vector<Float> spec;
     718    Vector<Float> ts;
     719    specCol.get(i, spec);
     720    tsysCol.get(i, ts);
     721    if (mode == "MUL" || mode == "DIV") {
     722      if (mode == "DIV") fact = (float)1.0 / fact;
     723      spec *= fact;
     724      specCol.put(i, spec);
     725      if ( tsys ) {
     726        ts *= fact;
     727        tsysCol.put(i, ts);
     728      }
     729    } else if ( mode == "ADD"  || mode == "SUB") {
     730      if (mode == "SUB") fact *= (float)-1.0 ;
     731      spec += fact;
     732      specCol.put(i, spec);
     733      if ( tsys ) {
     734        ts += fact;
    329735        tsysCol.put(i, ts);
    330736      }
    … …  
    390796}
    391797
     798MaskedArray<Double> STMath::maskedArray( const Vector<Double>& s,
     799                                         const Vector<uChar>& f)
     800{
     801  Vector<Bool> mask;
     802  mask.resize(f.shape());
     803  convertArray(mask, f);
     804  return MaskedArray<Double>(s,!mask);
     805}
     806
    392807Vector<uChar> STMath::flagsFromMA(const MaskedArray<Float>& ma)
    393808{
    … …  
    406821  // make this operation non insitu
    407822  const Table& tin = in->table();
    408   Table ons = tin(tin.col("SRCTYPE") == Int(0));
    409   Table offs = tin(tin.col("SRCTYPE") == Int(1));
     823  Table ons = tin(tin.col("SRCTYPE") == Int(SrcType::PSON));
     824  Table offs = tin(tin.col("SRCTYPE") == Int(SrcType::PSOFF));
    410825  if ( offs.nrow() == 0 )
    411826    throw(AipsError("No 'off' scans present."));
    … …  
    6451060         //Debug
    6461061         //if(noff!=ndiff) cerr<<"noff and ndiff is not equal"<<endl;
     1062         //LogIO os( LogOrigin( "STMath", "dototalpower()", WHERE ) ) ;
     1063         //if(noff!=ndiff) os<<"noff and ndiff is not equal"<<LogIO::POST;
    6471064         meanoff = sum(spoff)/noff;
    6481065         meandiff = sum(spdiff)/ndiff;
    … …  
    7641181      //Debug
    7651182      //cerr<<"Tsys used="<<tsysrefscalar<<endl;
     1183      //LogIO os( LogOrigin( "STMath", "dosigref", WHERE ) ) ;
     1184      //os<<"Tsys used="<<tsysrefscalar<<LogIO::POST;
    7661185      // fill the result, replay signal tsys by reference tsys
    7671186      outintCol.put(i, resint);
    … …  
    7861205  setInsitu(false);
    7871206  STSelector sel;
    788   std::vector<int> scan1, scan2, beams;
     1207  std::vector<int> scan1, scan2, beams, types;
    7891208  std::vector< vector<int> > scanpair;
    790   std::vector<string> calstate;
     1209  //std::vector<string> calstate;
     1210  std::vector<int> calstate;
    7911211  String msg;
    7921212
    … …  
    8351255  scanpair.push_back(scan1);
    8361256  scanpair.push_back(scan2);
    837   calstate.push_back("*calon");
    838   calstate.push_back("*[^calon]");
     1257  //calstate.push_back("*calon");
     1258  //calstate.push_back("*[^calon]");
     1259  calstate.push_back(SrcType::NODCAL);
     1260  calstate.push_back(SrcType::NOD);
    8391261  CountedPtr< Scantable > ws = getScantable(s, false);
    8401262  uInt l=0;
    … …  
    8451267          sel.reset();
    8461268          sel.setScans(scanpair[i]);
    847           sel.setName(calstate[k]);
     1269          //sel.setName(calstate[k]);
     1270          types.clear();
     1271          types.push_back(calstate[k]);
     1272          sel.setTypes(types);
    8481273          beams.clear();
    8491274          beams.push_back(j);
    … …  
    9301355      //Array<Float> avtsys =  Float(0.5) * (tsys1 + tsys2);
    9311356      // cerr<< "Tsys1="<<tsys1<<" Tsys2="<<tsys2<<endl;
     1357      // LogIO os( LogOrigin( "STMath", "donod", WHERE ) ) ;
     1358      // os<< "Tsys1="<<tsys1<<" Tsys2="<<tsys2<<LogIO::POST;
    9321359      tsys1[0] = sqrt(tsyssq1 + tsyssq2);
    9331360      Array<Float> avtsys =  tsys1;
    … …  
    9561383  CountedPtr< Scantable > ws = getScantable(s, false);
    9571384  CountedPtr< Scantable > sig, sigwcal, ref, refwcal;
    958   CountedPtr< Scantable > calsig, calref, out;
     1385  CountedPtr< Scantable > calsig, calref, out, out1, out2;
     1386  Bool nofold=False;
     1387  vector<int> types ;
    9591388
    9601389  //split the data
    961   sel.setName("*_fs");
     1390  //sel.setName("*_fs");
     1391  types.push_back( SrcType::FSON ) ;
     1392  sel.setTypes( types ) ;
    9621393  ws->setSelection(sel);
    9631394  sig = getScantable(ws,false);
    9641395  sel.reset();
    965   sel.setName("*_fs_calon");
     1396  types.clear() ;
     1397  //sel.setName("*_fs_calon");
     1398  types.push_back( SrcType::FONCAL ) ;
     1399  sel.setTypes( types ) ;
    9661400  ws->setSelection(sel);
    9671401  sigwcal = getScantable(ws,false);
    9681402  sel.reset();
    969   sel.setName("*_fsr");
     1403  types.clear() ;
     1404  //sel.setName("*_fsr");
     1405  types.push_back( SrcType::FSOFF ) ;
     1406  sel.setTypes( types ) ;
    9701407  ws->setSelection(sel);
    9711408  ref = getScantable(ws,false);
    9721409  sel.reset();
    973   sel.setName("*_fsr_calon");
     1410  types.clear() ;
     1411  //sel.setName("*_fsr_calon");
     1412  types.push_back( SrcType::FOFFCAL ) ;
     1413  sel.setTypes( types ) ;
    9741414  ws->setSelection(sel);
    9751415  refwcal = getScantable(ws,false);
     1416  sel.reset() ;
     1417  types.clear() ;
    9761418
    9771419  calsig = dototalpower(sigwcal, sig, tcal=tcal);
    9781420  calref = dototalpower(refwcal, ref, tcal=tcal);
    9791421
    980   out=dosigref(calsig,calref,smoothref,tsysv,tau);
    981 
     1422  out1=dosigref(calsig,calref,smoothref,tsysv,tau);
     1423  out2=dosigref(calref,calsig,smoothref,tsysv,tau);
     1424
     1425  Table& tabout1=out1->table();
     1426  Table& tabout2=out2->table();
     1427  ROScalarColumn<uInt> freqidCol1(tabout1, "FREQ_ID");
     1428  ScalarColumn<uInt> freqidCol2(tabout2, "FREQ_ID");
     1429  ROArrayColumn<Float> specCol(tabout2, "SPECTRA");
     1430  Vector<Float> spec; specCol.get(0, spec);
     1431  uInt nchan = spec.nelements();
     1432  uInt freqid1; freqidCol1.get(0,freqid1);
     1433  uInt freqid2; freqidCol2.get(0,freqid2);
     1434  Double rp1, rp2, rv1, rv2, inc1, inc2;
     1435  out1->frequencies().getEntry(rp1, rv1, inc1, freqid1);
     1436  out2->frequencies().getEntry(rp2, rv2, inc2, freqid2);
     1437  //cerr << out1->frequencies().table().nrow() << " " << out2->frequencies().table().nrow() << endl ;
     1438  //LogIO os( LogOrigin( "STMath", "dofs()", WHERE ) ) ;
     1439  //os << out1->frequencies().table().nrow() << " " << out2->frequencies().table().nrow() << LogIO::POST ;
     1440  if (rp1==rp2) {
     1441    Double foffset = rv1 - rv2;
     1442    uInt choffset = static_cast<uInt>(foffset/abs(inc2));
     1443    if (choffset >= nchan) {
     1444      //cerr<<"out-band frequency switching, no folding"<<endl;
     1445      LogIO os( LogOrigin( "STMath", "dofs()", WHERE ) ) ;
     1446      os<<"out-band frequency switching, no folding"<<LogIO::POST;
     1447      nofold = True;
     1448    }
     1449  }
     1450
     1451  if (nofold) {
     1452    std::vector< CountedPtr< Scantable > > tabs;
     1453    tabs.push_back(out1);
     1454    tabs.push_back(out2);
     1455    out = merge(tabs);
     1456  }
     1457  else {
     1458    //out = out1;
     1459    Double choffset = ( rv1 - rv2 ) / inc2 ;
     1460    out = dofold( out1, out2, choffset ) ;
     1461  }
     1462   
    9821463  return out;
     1464}
     1465
     1466CountedPtr<Scantable> STMath::dofold( const CountedPtr<Scantable> &sig,
     1467                                      const CountedPtr<Scantable> &ref,
     1468                                      Double choffset,
     1469                                      Double choffset2 )
     1470{
     1471  LogIO os( LogOrigin( "STMath", "dofold", WHERE ) ) ;
     1472  os << "choffset=" << choffset << " choffset2=" << choffset2 << LogIO::POST ;
     1473
     1474  // output scantable
     1475  CountedPtr<Scantable> out = getScantable( sig, false ) ;
     1476
     1477  // separate choffset to integer part and decimal part
     1478  Int ioffset = (Int)choffset ;
     1479  Double doffset = choffset - ioffset ;
     1480  Int ioffset2 = (Int)choffset2 ;
     1481  Double doffset2 = choffset2 - ioffset2 ;
     1482  os << "ioffset=" << ioffset << " doffset=" << doffset << LogIO::POST ;
     1483  os << "ioffset2=" << ioffset2 << " doffset2=" << doffset2 << LogIO::POST ; 
     1484
     1485  // get column
     1486  ROArrayColumn<Float> specCol1( sig->table(), "SPECTRA" ) ;
     1487  ROArrayColumn<Float> specCol2( ref->table(), "SPECTRA" ) ;
     1488  ROArrayColumn<Float> tsysCol1( sig->table(), "TSYS" ) ;
     1489  ROArrayColumn<Float> tsysCol2( ref->table(), "TSYS" ) ;
     1490  ROArrayColumn<uChar> flagCol1( sig->table(), "FLAGTRA" ) ;
     1491  ROArrayColumn<uChar> flagCol2( ref->table(), "FLAGTRA" ) ;
     1492  ROScalarColumn<Double> mjdCol1( sig->table(), "TIME" ) ;
     1493  ROScalarColumn<Double> mjdCol2( ref->table(), "TIME" ) ;
     1494  ROScalarColumn<Double> intervalCol1( sig->table(), "INTERVAL" ) ;
     1495  ROScalarColumn<Double> intervalCol2( ref->table(), "INTERVAL" ) ;
     1496
     1497  // check
     1498  if ( ioffset == 0 ) {
     1499    LogIO os( LogOrigin( "STMath", "dofold()", WHERE ) ) ;
     1500    os << "channel offset is zero, no folding" << LogIO::POST ;
     1501    return out ;
     1502  }
     1503  int nchan = ref->nchan() ;
     1504  if ( abs(ioffset) >= nchan ) {
     1505    LogIO os( LogOrigin( "STMath", "dofold()", WHERE ) ) ;
     1506    os << "out-band frequency switching, no folding" << LogIO::POST ;
     1507    return out ;
     1508  }
     1509
     1510  // attach column for output scantable
     1511  ArrayColumn<Float> specColOut( out->table(), "SPECTRA" ) ;
     1512  ArrayColumn<uChar> flagColOut( out->table(), "FLAGTRA" ) ;
     1513  ArrayColumn<Float> tsysColOut( out->table(), "TSYS" ) ;
     1514  ScalarColumn<Double> mjdColOut( out->table(), "TIME" ) ;
     1515  ScalarColumn<Double> intervalColOut( out->table(), "INTERVAL" ) ;
     1516  ScalarColumn<uInt> fidColOut( out->table(), "FREQ_ID" ) ;
     1517
     1518  // for each row
     1519  // assume that the data order are same between sig and ref
     1520  RowAccumulator acc( asap::W_TINTSYS ) ;
     1521  for ( int i = 0 ; i < sig->nrow() ; i++ ) {
     1522    // get values
     1523    Vector<Float> spsig ;
     1524    specCol1.get( i, spsig ) ;
     1525    Vector<Float> spref ;
     1526    specCol2.get( i, spref ) ;
     1527    Vector<Float> tsyssig ;
     1528    tsysCol1.get( i, tsyssig ) ;
     1529    Vector<Float> tsysref ;
     1530    tsysCol2.get( i, tsysref ) ;
     1531    Vector<uChar> flagsig ;
     1532    flagCol1.get( i, flagsig ) ;
     1533    Vector<uChar> flagref ;
     1534    flagCol2.get( i, flagref ) ;
     1535    Double timesig ;
     1536    mjdCol1.get( i, timesig ) ;
     1537    Double timeref ;
     1538    mjdCol2.get( i, timeref ) ;
     1539    Double intsig ;
     1540    intervalCol1.get( i, intsig ) ;
     1541    Double intref ;
     1542    intervalCol2.get( i, intref ) ;
     1543
     1544    // shift reference spectra
     1545    int refchan = spref.nelements() ;
     1546    Vector<Float> sspref( spref.nelements() ) ;
     1547    Vector<Float> stsysref( tsysref.nelements() ) ;
     1548    Vector<uChar> sflagref( flagref.nelements() ) ;
     1549    if ( ioffset > 0 ) {
     1550      // SPECTRA and FLAGTRA
     1551      for ( int j = 0 ; j < refchan-ioffset ; j++ ) {
     1552        sspref[j] = spref[j+ioffset] ;
     1553        sflagref[j] = flagref[j+ioffset] ;
     1554      }
     1555      for ( int j = refchan-ioffset ; j < refchan ; j++ ) {
     1556        sspref[j] = spref[j-refchan+ioffset] ;
     1557        sflagref[j] = flagref[j-refchan+ioffset] ;
     1558      }
     1559      spref = sspref.copy() ;
     1560      flagref = sflagref.copy() ;
     1561      for ( int j = 0 ; j < refchan - 1 ; j++ ) {
     1562        sspref[j] = doffset * spref[j+1] + ( 1.0 - doffset ) * spref[j] ;
     1563        sflagref[j] = flagref[j+1] + flagref[j] ;
     1564      }
     1565      sspref[refchan-1] = doffset * spref[0] + ( 1.0 - doffset ) * spref[refchan-1] ;
     1566      sflagref[refchan-1] = flagref[0] + flagref[refchan-1] ;
     1567
     1568      // TSYS
     1569      if ( spref.nelements() == tsysref.nelements() ) {
     1570        for ( int j = 0 ; j < refchan-ioffset ; j++ ) {
     1571          stsysref[j] = tsysref[j+ioffset] ;
     1572        }
     1573        for ( int j = refchan-ioffset ; j < refchan ; j++ ) {
     1574          stsysref[j] = tsysref[j-refchan+ioffset] ;
     1575        }
     1576        tsysref = stsysref.copy() ;
     1577        for ( int j = 0 ; j < refchan - 1 ; j++ ) {
     1578          stsysref[j] = doffset * tsysref[j+1] + ( 1.0 - doffset ) * tsysref[j] ;
     1579        }
     1580        stsysref[refchan-1] = doffset * tsysref[0] + ( 1.0 - doffset ) * tsysref[refchan-1] ;
     1581      }
     1582    }
     1583    else {
     1584      // SPECTRA and FLAGTRA
     1585      for ( int j = 0 ; j < abs(ioffset) ; j++ ) {
     1586        sspref[j] = spref[refchan+ioffset+j] ;
     1587        sflagref[j] = flagref[refchan+ioffset+j] ;
     1588      }
     1589      for ( int j = abs(ioffset) ; j < refchan ; j++ ) {
     1590        sspref[j] = spref[j+ioffset] ;
     1591        sflagref[j] = flagref[j+ioffset] ;
     1592      }
     1593      spref = sspref.copy() ;
     1594      flagref = sflagref.copy() ;
     1595      sspref[0] = doffset * spref[refchan-1] + ( 1.0 - doffset ) * spref[0] ;
     1596      sflagref[0] = flagref[0] + flagref[refchan-1] ;
     1597      for ( int j = 1 ; j < refchan ; j++ ) {
     1598        sspref[j] = doffset * spref[j-1] + ( 1.0 - doffset ) * spref[j] ;
     1599        sflagref[j] = flagref[j-1] + flagref[j] ;
     1600      }
     1601      // TSYS
     1602      if ( spref.nelements() == tsysref.nelements() ) {
     1603        for ( int j = 0 ; j < abs(ioffset) ; j++ ) {
     1604          stsysref[j] = tsysref[refchan+ioffset+j] ;
     1605        }
     1606        for ( int j = abs(ioffset) ; j < refchan ; j++ ) {
     1607          stsysref[j] = tsysref[j+ioffset] ;
     1608        }
     1609        tsysref = stsysref.copy() ;
     1610        stsysref[0] = doffset * tsysref[refchan-1] + ( 1.0 - doffset ) * tsysref[0] ;
     1611        for ( int j = 1 ; j < refchan ; j++ ) {
     1612          stsysref[j] = doffset * tsysref[j-1] + ( 1.0 - doffset ) * tsysref[j] ;
     1613        }
     1614      }
     1615    }
     1616
     1617    // shift signal spectra if necessary (only for APEX?)
     1618    if ( choffset2 != 0.0 ) {
     1619      int sigchan = spsig.nelements() ;
     1620      Vector<Float> sspsig( spsig.nelements() ) ;
     1621      Vector<Float> stsyssig( tsyssig.nelements() ) ;
     1622      Vector<uChar> sflagsig( flagsig.nelements() ) ;
     1623      if ( ioffset2 > 0 ) {
     1624        // SPECTRA and FLAGTRA
     1625        for ( int j = 0 ; j < sigchan-ioffset2 ; j++ ) {
     1626          sspsig[j] = spsig[j+ioffset2] ;
     1627          sflagsig[j] = flagsig[j+ioffset2] ;
     1628        }
     1629        for ( int j = sigchan-ioffset2 ; j < sigchan ; j++ ) {
     1630          sspsig[j] = spsig[j-sigchan+ioffset2] ;
     1631          sflagsig[j] = flagsig[j-sigchan+ioffset2] ;
     1632        }
     1633        spsig = sspsig.copy() ;
     1634        flagsig = sflagsig.copy() ;
     1635        for ( int j = 0 ; j < sigchan - 1 ; j++ ) {
     1636          sspsig[j] = doffset2 * spsig[j+1] + ( 1.0 - doffset2 ) * spsig[j] ;
     1637          sflagsig[j] = flagsig[j+1] || flagsig[j] ;
     1638        }
     1639        sspsig[sigchan-1] = doffset2 * spsig[0] + ( 1.0 - doffset2 ) * spsig[sigchan-1] ;
     1640        sflagsig[sigchan-1] = flagsig[0] || flagsig[sigchan-1] ;
     1641        // TSTS
     1642        if ( spsig.nelements() == tsyssig.nelements() ) {
     1643          for ( int j = 0 ; j < sigchan-ioffset2 ; j++ ) {
     1644            stsyssig[j] = tsyssig[j+ioffset2] ;
     1645          }
     1646          for ( int j = sigchan-ioffset2 ; j < sigchan ; j++ ) {
     1647            stsyssig[j] = tsyssig[j-sigchan+ioffset2] ;
     1648          }
     1649          tsyssig = stsyssig.copy() ;
     1650          for ( int j = 0 ; j < sigchan - 1 ; j++ ) {
     1651            stsyssig[j] = doffset2 * tsyssig[j+1] + ( 1.0 - doffset2 ) * tsyssig[j] ;
     1652          }
     1653          stsyssig[sigchan-1] = doffset2 * tsyssig[0] + ( 1.0 - doffset2 ) * tsyssig[sigchan-1] ;
     1654        }
     1655      }
     1656      else {
     1657        // SPECTRA and FLAGTRA
     1658        for ( int j = 0 ; j < abs(ioffset2) ; j++ ) {
     1659          sspsig[j] = spsig[sigchan+ioffset2+j] ;
     1660          sflagsig[j] = flagsig[sigchan+ioffset2+j] ;
     1661        }
     1662        for ( int j = abs(ioffset2) ; j < sigchan ; j++ ) {
     1663          sspsig[j] = spsig[j+ioffset2] ;
     1664          sflagsig[j] = flagsig[j+ioffset2] ;
     1665        }
     1666        spsig = sspsig.copy() ;
     1667        flagsig = sflagsig.copy() ;
     1668        sspsig[0] = doffset2 * spsig[sigchan-1] + ( 1.0 - doffset2 ) * spsig[0] ;
     1669        sflagsig[0] = flagsig[0] + flagsig[sigchan-1] ;
     1670        for ( int j = 1 ; j < sigchan ; j++ ) {
     1671          sspsig[j] = doffset2 * spsig[j-1] + ( 1.0 - doffset2 ) * spsig[j] ;
     1672          sflagsig[j] = flagsig[j-1] + flagsig[j] ;
     1673        }
     1674        // TSYS
     1675        if ( spsig.nelements() == tsyssig.nelements() ) {
     1676          for ( int j = 0 ; j < abs(ioffset2) ; j++ ) {
     1677            stsyssig[j] = tsyssig[sigchan+ioffset2+j] ;
     1678          }
     1679          for ( int j = abs(ioffset2) ; j < sigchan ; j++ ) {
     1680            stsyssig[j] = tsyssig[j+ioffset2] ;
     1681          }
     1682          tsyssig = stsyssig.copy() ;
     1683          stsyssig[0] = doffset2 * tsyssig[sigchan-1] + ( 1.0 - doffset2 ) * tsyssig[0] ;
     1684          for ( int j = 1 ; j < sigchan ; j++ ) {
     1685            stsyssig[j] = doffset2 * tsyssig[j-1] + ( 1.0 - doffset2 ) * tsyssig[j] ;
     1686          }
     1687        }
     1688      }
     1689    }
     1690
     1691    // folding
     1692    acc.add( spsig, !flagsig, tsyssig, intsig, timesig ) ;
     1693    acc.add( sspref, !sflagref, stsysref, intref, timeref ) ;
     1694   
     1695    // put result
     1696    specColOut.put( i, acc.getSpectrum() ) ;
     1697    const Vector<Bool> &msk = acc.getMask() ;
     1698    Vector<uChar> flg( msk.shape() ) ;
     1699    convertArray( flg, !msk ) ;
     1700    flagColOut.put( i, flg ) ;
     1701    tsysColOut.put( i, acc.getTsys() ) ;
     1702    intervalColOut.put( i, acc.getInterval() ) ;
     1703    mjdColOut.put( i, acc.getTime() ) ;
     1704    // change FREQ_ID to unshifted IF setting (only for APEX?)
     1705    if ( choffset2 != 0.0 ) {
     1706      uInt freqid = fidColOut( 0 ) ; // assume single-IF data
     1707      double refpix, refval, increment ;
     1708      out->frequencies().getEntry( refpix, refval, increment, freqid ) ;
     1709      refval -= choffset * increment ;
     1710      uInt newfreqid = out->frequencies().addEntry( refpix, refval, increment ) ;
     1711      Vector<uInt> freqids = fidColOut.getColumn() ;
     1712      for ( uInt j = 0 ; j < freqids.nelements() ; j++ ) {
     1713        if ( freqids[j] == freqid )
     1714          freqids[j] = newfreqid ;
     1715      }
     1716      fidColOut.putColumn( freqids ) ;
     1717    }
     1718
     1719    acc.reset() ;
     1720  }
     1721
     1722  return out ;
    9831723}
    9841724
    … …  
    10551795    }
    10561796    out.push_back(outstat);
     1797  }
     1798  return out;
     1799}
     1800
     1801std::vector< int > STMath::minMaxChan( const CountedPtr< Scantable > & in,
     1802                                        const std::vector< bool > & mask,
     1803                                        const std::string& which )
     1804{
     1805
     1806  Vector<Bool> m(mask);
     1807  const Table& tab = in->table();
     1808  ROArrayColumn<Float> specCol(tab, "SPECTRA");
     1809  ROArrayColumn<uChar> flagCol(tab, "FLAGTRA");
     1810  std::vector<int> out;
     1811  for (uInt i=0; i < tab.nrow(); ++i ) {
     1812    Vector<Float> spec; specCol.get(i, spec);
     1813    Vector<uChar> flag; flagCol.get(i, flag);
     1814    MaskedArray<Float> ma  = maskedArray(spec, flag);
     1815    if (ma.ndim() != 1) {
     1816      throw (ArrayError(
     1817          "std::vector<int> STMath::minMaxChan("
     1818          "ContedPtr<Scantable> &in, std::vector<bool> &mask, "
     1819          " std::string &which)"
     1820          " - MaskedArray is not 1D"));
     1821    }
     1822    IPosition outpos(1,0);
     1823    if ( spec.nelements() == m.nelements() ) {
     1824      outpos = mathutil::minMaxPos(which, ma(m));
     1825    } else {
     1826      outpos = mathutil::minMaxPos(which, ma);
     1827    }
     1828    out.push_back(outpos[0]);
    10571829  }
    10581830  return out;
    … …  
    15752347    if ( ! (*it)->conformant(*out) ) {
    15762348      // non conformant.
    1577       pushLog(String("Warning: Can't merge scantables as header info differs."));
     2349      //pushLog(String("Warning: Can't merge scantables as header info differs."));
     2350      LogIO os( LogOrigin( "STMath", "merge()", WHERE ) ) ;
     2351      os << LogIO::SEVERE << "Can't merge scantables as header informations (any one of AntennaName, Equinox, and FluxUnit) differ." << LogIO::EXCEPTION ;
    15782352    }
    15792353    out->appendToHistoryTable((*it)->history());
    … …  
    15972371          id = out->frequencies().addEntry(rp, rv, inc);
    15982372          freqidcol.put(k,id);
    1599           String name,fname;Double rf;
     2373          //String name,fname;Double rf;
     2374          Vector<String> name,fname;Vector<Double> rf;
    16002375          (*it)->molecules().getEntry(rf, name, fname, rec.asuInt("MOLECULE_ID"));
    16012376          id = out->molecules().addEntry(rf, name, fname);
    … …  
    20012776      int fstart = -1;
    20022777      int fend = -1;
    2003       for (int k=0; k < flag.nelements(); ++k ) {
     2778      for (unsigned int k=0; k < flag.nelements(); ++k ) {
    20042779        if (flag[k] > 0) {
    20052780          fstart = k;
    … …  
    20552830  return out;
    20562831}
     2832
     2833// Averaging spectra with different channel/resolution
     2834CountedPtr<Scantable>
     2835STMath::new_average( const std::vector<CountedPtr<Scantable> >& in,
     2836                     const bool& compel,
     2837                     const std::vector<bool>& mask,
     2838                     const std::string& weight,
     2839                     const std::string& avmode )
     2840  throw ( casa::AipsError )
     2841{
     2842  LogIO os( LogOrigin( "STMath", "new_average()", WHERE ) ) ;
     2843  if ( avmode == "SCAN" && in.size() != 1 )
     2844    throw(AipsError("Can't perform 'SCAN' averaging on multiple tables.\n"
     2845                    "Use merge first."));
     2846 
     2847  // check if OTF observation
     2848  String obstype = in[0]->getHeader().obstype ;
     2849  Double tol = 0.0 ;
     2850  if ( obstype.find( "OTF" ) != String::npos ) {
     2851    tol = TOL_OTF ;
     2852  }
     2853  else {
     2854    tol = TOL_POINT ;
     2855  }
     2856
     2857  CountedPtr<Scantable> out ;     // processed result
     2858  if ( compel ) {
     2859    std::vector< CountedPtr<Scantable> > newin ; // input for average process
     2860    uInt insize = in.size() ;    // number of input scantables
     2861
     2862    // TEST: do normal average in each table before IF grouping
     2863    os << "Do preliminary averaging" << LogIO::POST ;
     2864    vector< CountedPtr<Scantable> > tmpin( insize ) ;
     2865    for ( uInt itable = 0 ; itable < insize ; itable++ ) {
     2866      vector< CountedPtr<Scantable> > v( 1, in[itable] ) ;
     2867      tmpin[itable] = average( v, mask, weight, avmode ) ;
     2868    }
     2869
     2870    // warning
     2871    os << "Average spectra with different spectral resolution" << LogIO::POST ;
     2872
     2873    // temporarily set coordinfo
     2874    vector<string> oldinfo( insize ) ;
     2875    for ( uInt itable = 0 ; itable < insize ; itable++ ) {
     2876      vector<string> coordinfo = in[itable]->getCoordInfo() ;
     2877      oldinfo[itable] = coordinfo[0] ;
     2878      coordinfo[0] = "Hz" ;
     2879      tmpin[itable]->setCoordInfo( coordinfo ) ;
     2880    }
     2881
     2882    // columns
     2883    ScalarColumn<uInt> freqIDCol ;
     2884    ScalarColumn<uInt> ifnoCol ;
     2885    ScalarColumn<uInt> scannoCol ;
     2886
     2887
     2888    // check IF frequency coverage
     2889    // freqid: list of FREQ_ID, which is used, in each table 
     2890    // iffreq: list of minimum and maximum frequency for each FREQ_ID in
     2891    //         each table
     2892    // freqid[insize][numIF]
     2893    // freqid: [[id00, id01, ...],
     2894    //          [id10, id11, ...],
     2895    //          ...
     2896    //          [idn0, idn1, ...]]
     2897    // iffreq[insize][numIF*2]
     2898    // iffreq: [[min_id00, max_id00, min_id01, max_id01, ...],
     2899    //          [min_id10, max_id10, min_id11, max_id11, ...],
     2900    //          ...
     2901    //          [min_idn0, max_idn0, min_idn1, max_idn1, ...]]
     2902    //os << "Check IF settings in each table" << LogIO::POST ;
     2903    vector< vector<uInt> > freqid( insize );
     2904    vector< vector<double> > iffreq( insize ) ;
     2905    for ( uInt itable = 0 ; itable < insize ; itable++ ) {
     2906      uInt rows = tmpin[itable]->nrow() ;
     2907      uInt freqnrows = tmpin[itable]->frequencies().table().nrow() ;
     2908      for ( uInt irow = 0 ; irow < rows ; irow++ ) {
     2909        if ( freqid[itable].size() == freqnrows ) {
     2910          break ;
     2911        }
     2912        else {
     2913          freqIDCol.attach( tmpin[itable]->table(), "FREQ_ID" ) ;
     2914          ifnoCol.attach( tmpin[itable]->table(), "IFNO" ) ;
     2915          uInt id = freqIDCol( irow ) ;
     2916          if ( freqid[itable].size() == 0 || count( freqid[itable].begin(), freqid[itable].end(), id ) == 0 ) {
     2917            //os << "itable = " << itable << ": IF " << id << " is included in the list" << LogIO::POST ;
     2918            vector<double> abcissa = tmpin[itable]->getAbcissa( irow ) ;
     2919            freqid[itable].push_back( id ) ;
     2920            iffreq[itable].push_back( abcissa[0] - 0.5 * ( abcissa[1] - abcissa[0] ) ) ;
     2921            iffreq[itable].push_back( abcissa[abcissa.size()-1] + 0.5 * ( abcissa[1] - abcissa[0] ) ) ;
     2922          }
     2923        }
     2924      }
     2925    }
     2926
     2927    // debug
     2928    //os << "IF settings summary:" << endl ;
     2929    //for ( uInt i = 0 ; i < freqid.size() ; i++ ) {
     2930    //os << "   Table" << i << endl ;
     2931    //for ( uInt j = 0 ; j < freqid[i].size() ; j++ ) {
     2932    //os << "      id = " << freqid[i][j] << " (min,max) = (" << iffreq[i][2*j] << "," << iffreq[i][2*j+1] << ")" << endl ;
     2933    //}
     2934    //}
     2935    //os << endl ;
     2936    //os.post() ;
     2937
     2938    // IF grouping based on their frequency coverage
     2939    // ifgrp: list of table index and FREQ_ID for all members in each IF group
     2940    // ifgfreq: list of minimum and maximum frequency in each IF group
     2941    // ifgrp[numgrp][nummember*2]
     2942    // ifgrp: [[table00, freqrow00, table01, freqrow01, ...],
     2943    //         [table10, freqrow10, table11, freqrow11, ...],
     2944    //         ...
     2945    //         [tablen0, freqrown0, tablen1, freqrown1, ...]]
     2946    // ifgfreq[numgrp*2]
     2947    // ifgfreq: [min0_grp0, max0_grp0, min1_grp1, max1_grp1, ...]
     2948    //os << "IF grouping based on their frequency coverage" << LogIO::POST ;
     2949    vector< vector<uInt> > ifgrp ;
     2950    vector<double> ifgfreq ;
     2951
     2952    // parameter for IF grouping
     2953    // groupmode = OR    retrieve all region
     2954    //             AND   only retrieve overlaped region
     2955    //string groupmode = "AND" ;
     2956    string groupmode = "OR" ;
     2957    uInt sizecr = 0 ;
     2958    if ( groupmode == "AND" )
     2959      sizecr = 2 ;
     2960    else if ( groupmode == "OR" )
     2961      sizecr = 0 ;
     2962
     2963    vector<double> sortedfreq ;
     2964    for ( uInt i = 0 ; i < iffreq.size() ; i++ ) {
     2965      for ( uInt j = 0 ; j < iffreq[i].size() ; j++ ) {
     2966        if ( count( sortedfreq.begin(), sortedfreq.end(), iffreq[i][j] ) == 0 )
     2967          sortedfreq.push_back( iffreq[i][j] ) ;
     2968      }
     2969    }
     2970    sort( sortedfreq.begin(), sortedfreq.end() ) ;
     2971    for ( vector<double>::iterator i = sortedfreq.begin() ; i != sortedfreq.end()-1 ; i++ ) {
     2972      ifgfreq.push_back( *i ) ;
     2973      ifgfreq.push_back( *(i+1) ) ;
     2974    }
     2975    ifgrp.resize( ifgfreq.size()/2 ) ;
     2976    for ( uInt itable = 0 ; itable < insize ; itable++ ) {
     2977      for ( uInt iif = 0 ; iif < freqid[itable].size() ; iif++ ) {
     2978        double range0 = iffreq[itable][2*iif] ;
     2979        double range1 = iffreq[itable][2*iif+1] ;
     2980        for ( uInt j = 0 ; j < ifgrp.size() ; j++ ) {
     2981          double fmin = max( range0, ifgfreq[2*j] ) ;
     2982          double fmax = min( range1, ifgfreq[2*j+1] ) ;
     2983          if ( fmin < fmax ) {
     2984            ifgrp[j].push_back( itable ) ;
     2985            ifgrp[j].push_back( freqid[itable][iif] ) ;
     2986          }
     2987        }
     2988      }
     2989    }
     2990    vector< vector<uInt> >::iterator fiter = ifgrp.begin() ;
     2991    vector<double>::iterator giter = ifgfreq.begin() ;
     2992    while( fiter != ifgrp.end() ) {
     2993      if ( fiter->size() <= sizecr ) {
     2994        fiter = ifgrp.erase( fiter ) ;
     2995        giter = ifgfreq.erase( giter ) ;
     2996        giter = ifgfreq.erase( giter ) ;
     2997      }
     2998      else {
     2999        fiter++ ;
     3000        advance( giter, 2 ) ;
     3001      }
     3002    }
     3003
     3004    // Grouping continuous IF groups (without frequency gap)
     3005    // freqgrp: list of IF group indexes in each frequency group
     3006    // freqrange: list of minimum and maximum frequency in each frequency group
     3007    // freqgrp[numgrp][nummember]
     3008    // freqgrp: [[ifgrp00, ifgrp01, ifgrp02, ...],
     3009    //           [ifgrp10, ifgrp11, ifgrp12, ...],
     3010    //           ...
     3011    //           [ifgrpn0, ifgrpn1, ifgrpn2, ...]]
     3012    // freqrange[numgrp*2]
     3013    // freqrange: [min_grp0, max_grp0, min_grp1, max_grp1, ...]
     3014    vector< vector<uInt> > freqgrp ;
     3015    double freqrange = 0.0 ;
     3016    uInt grpnum = 0 ;
     3017    for ( uInt i = 0 ; i < ifgrp.size() ; i++ ) {
     3018      // Assumed that ifgfreq was sorted
     3019      if ( grpnum != 0 && freqrange == ifgfreq[2*i] ) {
     3020        freqgrp[grpnum-1].push_back( i ) ;
     3021      }
     3022      else {
     3023        vector<uInt> grp0( 1, i ) ;
     3024        freqgrp.push_back( grp0 ) ;
     3025        grpnum++ ;
     3026      }
     3027      freqrange = ifgfreq[2*i+1] ;
     3028    }
     3029       
     3030
     3031    // print IF groups
     3032    ostringstream oss ;
     3033    oss << "IF Group summary: " << endl ;
     3034    oss << "   GROUP_ID [FREQ_MIN, FREQ_MAX]: (TABLE_ID, FREQ_ID)" << endl ;
     3035    for ( uInt i = 0 ; i < ifgrp.size() ; i++ ) {
     3036      oss << "   GROUP " << setw( 2 ) << i << " [" << ifgfreq[2*i] << "," << ifgfreq[2*i+1] << "]: " ;
     3037      for ( uInt j = 0 ; j < ifgrp[i].size()/2 ; j++ ) {
     3038        oss << "(" << ifgrp[i][2*j] << "," << ifgrp[i][2*j+1] << ") " ;
     3039      }
     3040      oss << endl ;
     3041    }
     3042    oss << endl ;
     3043    os << oss.str() << LogIO::POST ;
     3044   
     3045    // print frequency group
     3046    oss.str("") ;
     3047    oss << "Frequency Group summary: " << endl ;
     3048    oss << "   GROUP_ID [FREQ_MIN, FREQ_MAX]: IF_GROUP_ID" << endl ;
     3049    for ( uInt i = 0 ; i < freqgrp.size() ; i++ ) {
     3050      oss << "   GROUP " << setw( 2 ) << i << " [" << ifgfreq[2*freqgrp[i][0]] << "," << ifgfreq[2*freqgrp[i][freqgrp[i].size()-1]+1] << "]: " ;
     3051      for ( uInt j = 0 ; j < freqgrp[i].size() ; j++ ) {
     3052        oss << freqgrp[i][j] << " " ;
     3053      }
     3054      oss << endl ;
     3055    }
     3056    oss << endl ;
     3057    os << oss.str() << LogIO::POST ;
     3058
     3059    // membership check
     3060    // groups: list of IF group indexes whose frequency range overlaps with
     3061    //         that of each table and IF
     3062    // groups[numtable][numIF][nummembership]
     3063    // groups: [[[grp, grp,...], [grp, grp,...],...],
     3064    //          [[grp, grp,...], [grp, grp,...],...],
     3065    //          ...
     3066    //          [[grp, grp,...], [grp, grp,...],...]]
     3067    vector< vector< vector<uInt> > > groups( insize ) ;
     3068    for ( uInt i = 0 ; i < insize ; i++ ) {
     3069      groups[i].resize( freqid[i].size() ) ;
     3070    }
     3071    for ( uInt igrp = 0 ; igrp < ifgrp.size() ; igrp++ ) {
     3072      for ( uInt imem = 0 ; imem < ifgrp[igrp].size()/2 ; imem++ ) {
     3073        uInt tableid = ifgrp[igrp][2*imem] ;
     3074        vector<uInt>::iterator iter = find( freqid[tableid].begin(), freqid[tableid].end(), ifgrp[igrp][2*imem+1] ) ;
     3075        if ( iter != freqid[tableid].end() ) {
     3076          uInt rowid = distance( freqid[tableid].begin(), iter ) ;
     3077          groups[tableid][rowid].push_back( igrp ) ;
     3078        }
     3079      }
     3080    }
     3081
     3082    // print membership
     3083    //oss.str("") ;
     3084    //for ( uInt i = 0 ; i < insize ; i++ ) {
     3085    //oss << "Table " << i << endl ;
     3086    //for ( uInt j = 0 ; j < groups[i].size() ; j++ ) {
     3087    //oss << "   FREQ_ID " <<  setw( 2 ) << freqid[i][j] << ": " ;
     3088    //for ( uInt k = 0 ; k < groups[i][j].size() ; k++ ) {
     3089    //oss << setw( 2 ) << groups[i][j][k] << " " ;
     3090    //}
     3091    //oss << endl ;
     3092    //}
     3093    //}
     3094    //os << oss.str() << LogIO::POST ;
     3095
     3096    // set back coordinfo
     3097    for ( uInt itable = 0 ; itable < insize ; itable++ ) {
     3098      vector<string> coordinfo = tmpin[itable]->getCoordInfo() ;
     3099      coordinfo[0] = oldinfo[itable] ;
     3100      tmpin[itable]->setCoordInfo( coordinfo ) ;
     3101    }
     3102
     3103    // Create additional table if needed
     3104    bool oldInsitu = insitu_ ;
     3105    setInsitu( false ) ;
     3106    vector< vector<uInt> > addrow( insize ) ;
     3107    vector<uInt> addtable( insize, 0 ) ;
     3108    vector<uInt> newtableids( insize ) ;
     3109    vector<uInt> newifids( insize, 0 ) ;
     3110    for ( uInt itable = 0 ; itable < insize ; itable++ ) {
     3111      //os << "Table " << itable << ": " ;
     3112      for ( uInt ifrow = 0 ; ifrow < groups[itable].size() ; ifrow++ ) {
     3113        addrow[itable].push_back( groups[itable][ifrow].size()-1 ) ;
     3114        //os << addrow[itable][ifrow] << " " ;
     3115      }
     3116      addtable[itable] = *max_element( addrow[itable].begin(), addrow[itable].end() ) ;
     3117      //os << "(" << addtable[itable] << ")" << LogIO::POST ;
     3118    }
     3119    newin.resize( insize ) ;
     3120    copy( tmpin.begin(), tmpin.end(), newin.begin() ) ;
     3121    for ( uInt i = 0 ; i < insize ; i++ ) {
     3122      newtableids[i] = i ;
     3123    }
     3124    for ( uInt itable = 0 ; itable < insize ; itable++ ) {
     3125      for ( uInt iadd = 0 ; iadd < addtable[itable] ; iadd++ ) {
     3126        CountedPtr<Scantable> add = getScantable( newin[itable], false ) ;
     3127        vector<int> freqidlist ;
     3128        for ( uInt i = 0 ; i < groups[itable].size() ; i++ ) {
     3129          if ( groups[itable][i].size() > iadd + 1 ) {
     3130            freqidlist.push_back( freqid[itable][i] ) ;
     3131          }
     3132        }
     3133        stringstream taqlstream ;
     3134        taqlstream << "SELECT FROM $1 WHERE FREQ_ID IN [" ;
     3135        for ( uInt i = 0 ; i < freqidlist.size() ; i++ ) {
     3136          taqlstream << i ;
     3137          if ( i < freqidlist.size() - 1 )
     3138            taqlstream << "," ;
     3139          else
     3140            taqlstream << "]" ;
     3141        }
     3142        string taql = taqlstream.str() ;
     3143        //os << "taql = " << taql << LogIO::POST ;
     3144        STSelector selector = STSelector() ;
     3145        selector.setTaQL( taql ) ;
     3146        add->setSelection( selector ) ;
     3147        newin.push_back( add ) ;
     3148        newtableids.push_back( itable ) ;
     3149        newifids.push_back( iadd + 1 ) ;
     3150      }
     3151    }
     3152
     3153    // udpate ifgrp
     3154    for ( uInt itable = 0 ; itable < insize ; itable++ ) {
     3155      for ( uInt iadd = 0 ; iadd < addtable[itable] ; iadd++ ) {
     3156        for ( uInt ifrow = 0 ; ifrow < groups[itable].size() ; ifrow++ ) {
     3157          if ( groups[itable][ifrow].size() > iadd + 1 ) {
     3158            uInt igrp = groups[itable][ifrow][iadd+1] ;
     3159            for ( uInt imem = 0 ; imem < ifgrp[igrp].size()/2 ; imem++ ) {
     3160              if ( ifgrp[igrp][2*imem] == newtableids[iadd+insize] && ifgrp[igrp][2*imem+1] == freqid[newtableids[iadd+insize]][ifrow] ) {
     3161                ifgrp[igrp][2*imem] = insize + iadd ;
     3162              }
     3163            }
     3164          }
     3165        }
     3166      }
     3167    }
     3168
     3169    // print IF groups again for debug
     3170    //oss.str( "" ) ;
     3171    //oss << "IF Group summary: " << endl ;
     3172    //oss << "   GROUP_ID [FREQ_MIN, FREQ_MAX]: (TABLE_ID, FREQ_ID)" << endl ;
     3173    //for ( uInt i = 0 ; i < ifgrp.size() ; i++ ) {
     3174    //oss << "   GROUP " << setw( 2 ) << i << " [" << ifgfreq[2*i] << "," << ifgfreq[2*i+1] << "]: " ;
     3175    //for ( uInt j = 0 ; j < ifgrp[i].size()/2 ; j++ ) {
     3176    //oss << "(" << ifgrp[i][2*j] << "," << ifgrp[i][2*j+1] << ") " ;
     3177    //}
     3178    //oss << endl ;
     3179    //}
     3180    //oss << endl ;
     3181    //os << oss.str() << LogIO::POST ;
     3182
     3183    // reset SCANNO and IFNO/FREQ_ID: IF is reset by the result of sortation
     3184    os << "All scan number is set to 0" << LogIO::POST ;
     3185    //os << "All IF number is set to IF group index" << LogIO::POST ;
     3186    insize = newin.size() ;
     3187    for ( uInt itable = 0 ; itable < insize ; itable++ ) {
     3188      uInt rows = newin[itable]->nrow() ;
     3189      Table &tmpt = newin[itable]->table() ;
     3190      freqIDCol.attach( tmpt, "FREQ_ID" ) ;
     3191      scannoCol.attach( tmpt, "SCANNO" ) ;
     3192      ifnoCol.attach( tmpt, "IFNO" ) ;
     3193      for ( uInt irow=0 ; irow < rows ; irow++ ) {
     3194        scannoCol.put( irow, 0 ) ;
     3195        uInt freqID = freqIDCol( irow ) ;
     3196        vector<uInt>::iterator iter = find( freqid[newtableids[itable]].begin(), freqid[newtableids[itable]].end(), freqID ) ;
     3197        if ( iter != freqid[newtableids[itable]].end() ) {
     3198          uInt index = distance( freqid[newtableids[itable]].begin(), iter ) ;
     3199          ifnoCol.put( irow, groups[newtableids[itable]][index][newifids[itable]] ) ;
     3200        }
     3201        else {
     3202          throw(AipsError("IF grouping was wrong in additional tables.")) ;
     3203        }
     3204      }
     3205    }
     3206    oldinfo.resize( insize ) ;
     3207    setInsitu( oldInsitu ) ;
     3208
     3209    // temporarily set coordinfo
     3210    for ( uInt itable = 0 ; itable < insize ; itable++ ) {
     3211      vector<string> coordinfo = newin[itable]->getCoordInfo() ;
     3212      oldinfo[itable] = coordinfo[0] ;
     3213      coordinfo[0] = "Hz" ;
     3214      newin[itable]->setCoordInfo( coordinfo ) ;
     3215    }
     3216
     3217    // save column values in the vector
     3218    vector< vector<uInt> > freqTableIdVec( insize ) ;
     3219    vector< vector<uInt> > freqIdVec( insize ) ;
     3220    vector< vector<uInt> > ifNoVec( insize ) ;
     3221    for ( uInt itable = 0 ; itable < insize ; itable++ ) {
     3222      ScalarColumn<uInt> freqIDs ;
     3223      freqIDs.attach( newin[itable]->frequencies().table(), "ID" ) ;
     3224      ifnoCol.attach( newin[itable]->table(), "IFNO" ) ;
     3225      freqIDCol.attach( newin[itable]->table(), "FREQ_ID" ) ;
     3226      for ( uInt irow = 0 ; irow < newin[itable]->frequencies().table().nrow() ; irow++ ) {
     3227        freqTableIdVec[itable].push_back( freqIDs( irow ) ) ;
     3228      }
     3229      for ( uInt irow = 0 ; irow < newin[itable]->table().nrow() ; irow++ ) {
     3230        freqIdVec[itable].push_back( freqIDCol( irow ) ) ;
     3231        ifNoVec[itable].push_back( ifnoCol( irow ) ) ;
     3232      }
     3233    }
     3234
     3235    // reset spectra and flagtra: pick up common part of frequency coverage
     3236    //os << "Pick common frequency range and align resolution" << LogIO::POST ;
     3237    for ( uInt itable = 0 ; itable < insize ; itable++ ) {
     3238      uInt rows = newin[itable]->nrow() ;
     3239      int nminchan = -1 ;
     3240      int nmaxchan = -1 ;
     3241      vector<uInt> freqIdUpdate ;
     3242      for ( uInt irow = 0 ; irow < rows ; irow++ ) {
     3243        uInt ifno = ifNoVec[itable][irow] ;  // IFNO is reset by group index
     3244        double minfreq = ifgfreq[2*ifno] ;
     3245        double maxfreq = ifgfreq[2*ifno+1] ;
     3246        //os << "frequency range: [" << minfreq << "," << maxfreq << "]" << LogIO::POST ;
     3247        vector<double> abcissa = newin[itable]->getAbcissa( irow ) ;
     3248        int nchan = abcissa.size() ;
     3249        double resol = abcissa[1] - abcissa[0] ;
     3250        //os << "abcissa range  : [" << abcissa[0] << "," << abcissa[nchan-1] << "]" << LogIO::POST ;
     3251        if ( minfreq <= abcissa[0] )
     3252          nminchan = 0 ;
     3253        else {
     3254          //double cfreq = ( minfreq - abcissa[0] ) / resol ;
     3255          double cfreq = ( minfreq - abcissa[0] + 0.5 * resol ) / resol ;
     3256          nminchan = int(cfreq) + ( ( cfreq - int(cfreq) <= 0.5 ) ? 0 : 1 ) ;
     3257        }
     3258        if ( maxfreq >= abcissa[abcissa.size()-1] )
     3259          nmaxchan = abcissa.size() - 1 ;
     3260        else {
     3261          //double cfreq = ( abcissa[abcissa.size()-1] - maxfreq ) / resol ;
     3262          double cfreq = ( abcissa[abcissa.size()-1] - maxfreq + 0.5 * resol ) / resol ;
     3263          nmaxchan = abcissa.size() - 1 - int(cfreq) - ( ( cfreq - int(cfreq) >= 0.5 ) ? 1 : 0 ) ;
     3264        }
     3265        //os << "channel range (" << irow << "): [" << nminchan << "," << nmaxchan << "]" << LogIO::POST ;
     3266        if ( nmaxchan > nminchan ) {
     3267          newin[itable]->reshapeSpectrum( nminchan, nmaxchan, irow ) ;
     3268          int newchan = nmaxchan - nminchan + 1 ;
     3269          if ( count( freqIdUpdate.begin(), freqIdUpdate.end(), freqIdVec[itable][irow] ) == 0 && newchan < nchan )
     3270            freqIdUpdate.push_back( freqIdVec[itable][irow] ) ;
     3271        }
     3272        else {
     3273          throw(AipsError("Failed to pick up common part of frequency range.")) ;
     3274        }
     3275      }
     3276      for ( uInt i = 0 ; i < freqIdUpdate.size() ; i++ ) {
     3277        uInt freqId = freqIdUpdate[i] ;
     3278        Double refpix ;
     3279        Double refval ;
     3280        Double increment ;
     3281       
     3282        // update row
     3283        newin[itable]->frequencies().getEntry( refpix, refval, increment, freqId ) ;
     3284        refval = refval - ( refpix - nminchan ) * increment ;
     3285        refpix = 0 ;
     3286        newin[itable]->frequencies().setEntry( refpix, refval, increment, freqId ) ;
     3287      }   
     3288    }
     3289
     3290   
     3291    // reset spectra and flagtra: align spectral resolution
     3292    //os << "Align spectral resolution" << LogIO::POST ;
     3293    // gmaxdnu: the coarsest frequency resolution in the frequency group
     3294    // gmemid: member index that have a resolution equal to gmaxdnu
     3295    // gmaxdnu[numfreqgrp]
     3296    // gmaxdnu: [dnu0, dnu1, ...]
     3297    // gmemid[numfreqgrp]
     3298    // gmemid: [id0, id1, ...]
     3299    vector<double> gmaxdnu( freqgrp.size(), 0.0 ) ;
     3300    vector<uInt> gmemid( freqgrp.size(), 0 ) ;
     3301    for ( uInt igrp = 0 ; igrp < ifgrp.size() ; igrp++ ) {
     3302      double maxdnu = 0.0 ;       // maximum (coarsest) frequency resolution
     3303      int minchan = INT_MAX ;     // minimum channel number
     3304      Double refpixref = -1 ;     // reference of 'reference pixel'
     3305      Double refvalref = -1 ;     // reference of 'reference frequency'
     3306      Double refinc = -1 ;        // reference frequency resolution
     3307      uInt refreqid ;
     3308      uInt reftable = INT_MAX;
     3309      // process only if group member > 1
     3310      if ( ifgrp[igrp].size() > 2 ) {
     3311        // find minchan and maxdnu in each group
     3312        for ( uInt imem = 0 ; imem < ifgrp[igrp].size()/2 ; imem++ ) {
     3313          uInt tableid = ifgrp[igrp][2*imem] ;
     3314          uInt rowid = ifgrp[igrp][2*imem+1] ;
     3315          vector<uInt>::iterator iter = find( freqIdVec[tableid].begin(), freqIdVec[tableid].end(), rowid ) ;
     3316          if ( iter != freqIdVec[tableid].end() ) {
     3317            uInt index = distance( freqIdVec[tableid].begin(), iter ) ;
     3318            vector<double> abcissa = newin[tableid]->getAbcissa( index ) ;
     3319            int nchan = abcissa.size() ;
     3320            double dnu = abcissa[1] - abcissa[0] ;
     3321            //os << "GROUP " << igrp << " (" << tableid << "," << rowid << "): nchan = " << nchan << " (minchan = " << minchan << ")" << LogIO::POST ;
     3322            if ( nchan < minchan ) {
     3323              minchan = nchan ;
     3324              maxdnu = dnu ;
     3325              newin[tableid]->frequencies().getEntry( refpixref, refvalref, refinc, rowid ) ;
     3326              refreqid = rowid ;
     3327              reftable = tableid ;
     3328            }
     3329          }
     3330        }
     3331        // regrid spectra in each group
     3332        os << "GROUP " << igrp << endl ;
     3333        os << "   Channel number is adjusted to " << minchan << endl ;
     3334        os << "   Corresponding frequency resolution is " << maxdnu << "Hz" << LogIO::POST ;
     3335        for ( uInt imem = 0 ; imem < ifgrp[igrp].size()/2 ; imem++ ) {
     3336          uInt tableid = ifgrp[igrp][2*imem] ;
     3337          uInt rowid = ifgrp[igrp][2*imem+1] ;
     3338          freqIDCol.attach( newin[tableid]->table(), "FREQ_ID" ) ;
     3339          //os << "tableid = " << tableid << " rowid = " << rowid << ": " << LogIO::POST ;
     3340          //os << "   regridChannel applied to " ;
     3341          if ( tableid != reftable )
     3342            refreqid = newin[tableid]->frequencies().addEntry( refpixref, refvalref, refinc ) ;
     3343          for ( uInt irow = 0 ; irow < newin[tableid]->table().nrow() ; irow++ ) {
     3344            uInt tfreqid = freqIdVec[tableid][irow] ;
     3345            if ( tfreqid == rowid ) {     
     3346              //os << irow << " " ;
     3347              newin[tableid]->regridChannel( minchan, maxdnu, irow ) ;
     3348              freqIDCol.put( irow, refreqid ) ;
     3349              freqIdVec[tableid][irow] = refreqid ;
     3350            }
     3351          }
     3352          //os << LogIO::POST ;
     3353        }
     3354      }
     3355      else {
     3356        uInt tableid = ifgrp[igrp][0] ;
     3357        uInt rowid = ifgrp[igrp][1] ;
     3358        vector<uInt>::iterator iter = find( freqIdVec[tableid].begin(), freqIdVec[tableid].end(), rowid ) ;
     3359        if ( iter != freqIdVec[tableid].end() ) {
     3360          uInt index = distance( freqIdVec[tableid].begin(), iter ) ;
     3361          vector<double> abcissa = newin[tableid]->getAbcissa( index ) ;
     3362          minchan = abcissa.size() ;
     3363          maxdnu = abcissa[1] - abcissa[0] ;
     3364        }
     3365      }
     3366      for ( uInt i = 0 ; i < freqgrp.size() ; i++ ) {
     3367        if ( count( freqgrp[i].begin(), freqgrp[i].end(), igrp ) > 0 ) {
     3368          if ( maxdnu > gmaxdnu[i] ) {
     3369            gmaxdnu[i] = maxdnu ;
     3370            gmemid[i] = igrp ;
     3371          }
     3372          break ;
     3373        }
     3374      }
     3375    }
     3376
     3377    // set back coordinfo
     3378    for ( uInt itable = 0 ; itable < insize ; itable++ ) {
     3379      vector<string> coordinfo = newin[itable]->getCoordInfo() ;
     3380      coordinfo[0] = oldinfo[itable] ;
     3381      newin[itable]->setCoordInfo( coordinfo ) ;
     3382    }     
     3383
     3384    // accumulate all rows into the first table
     3385    // NOTE: assumed in.size() = 1
     3386    vector< CountedPtr<Scantable> > tmp( 1 ) ;
     3387    if ( newin.size() == 1 )
     3388      tmp[0] = newin[0] ;
     3389    else
     3390      tmp[0] = merge( newin ) ;
     3391
     3392    //return tmp[0] ;
     3393
     3394    // average
     3395    CountedPtr<Scantable> tmpout = average( tmp, mask, weight, avmode ) ;
     3396
     3397    //return tmpout ;
     3398
     3399    // combine frequency group
     3400    os << "Combine spectra based on frequency grouping" << LogIO::POST ;
     3401    os << "IFNO is renumbered as frequency group ID (see above)" << LogIO::POST ;
     3402    vector<string> coordinfo = tmpout->getCoordInfo() ;
     3403    oldinfo[0] = coordinfo[0] ;
     3404    coordinfo[0] = "Hz" ;
     3405    tmpout->setCoordInfo( coordinfo ) ;
     3406    // create proformas of output table
     3407    stringstream taqlstream ;
     3408    taqlstream << "SELECT FROM $1 WHERE IFNO IN [" ;
     3409    for ( uInt i = 0 ; i < gmemid.size() ; i++ ) {
     3410      taqlstream << gmemid[i] ;
     3411      if ( i < gmemid.size() - 1 )
     3412        taqlstream << "," ;
     3413      else
     3414        taqlstream << "]" ;
     3415    }
     3416    string taql = taqlstream.str() ;
     3417    //os << "taql = " << taql << LogIO::POST ;
     3418    STSelector selector = STSelector() ;
     3419    selector.setTaQL( taql ) ;
     3420    oldInsitu = insitu_ ;
     3421    setInsitu( false ) ;
     3422    out = getScantable( tmpout, false ) ;
     3423    setInsitu( oldInsitu ) ;
     3424    out->setSelection( selector ) ;
     3425    // regrid rows
     3426    ifnoCol.attach( tmpout->table(), "IFNO" ) ;
     3427    for ( uInt irow = 0 ; irow < tmpout->table().nrow() ; irow++ ) {
     3428      uInt ifno = ifnoCol( irow ) ;
     3429      for ( uInt igrp = 0 ; igrp < freqgrp.size() ; igrp++ ) {
     3430        if ( count( freqgrp[igrp].begin(), freqgrp[igrp].end(), ifno ) > 0 ) {
     3431          vector<double> abcissa = tmpout->getAbcissa( irow ) ;
     3432          double bw = ( abcissa[1] - abcissa[0] ) * abcissa.size() ;
     3433          int nchan = (int)( bw / gmaxdnu[igrp] ) ;
     3434          tmpout->regridChannel( nchan, gmaxdnu[igrp], irow ) ;
     3435          break ;
     3436        }
     3437      }
     3438    }
     3439    // combine spectra
     3440    ArrayColumn<Float> specColOut ;
     3441    specColOut.attach( out->table(), "SPECTRA" ) ;
     3442    ArrayColumn<uChar> flagColOut ;
     3443    flagColOut.attach( out->table(), "FLAGTRA" ) ;
     3444    ScalarColumn<uInt> ifnoColOut ;
     3445    ifnoColOut.attach( out->table(), "IFNO" ) ;
     3446    ScalarColumn<uInt> polnoColOut ;
     3447    polnoColOut.attach( out->table(), "POLNO" ) ;
     3448    ScalarColumn<uInt> freqidColOut ;
     3449    freqidColOut.attach( out->table(), "FREQ_ID" ) ;
     3450    MDirection::ScalarColumn dirColOut ;
     3451    dirColOut.attach( out->table(), "DIRECTION" ) ;
     3452    Table &tab = tmpout->table() ;
     3453    Block<String> cols(1);
     3454    cols[0] = String("POLNO") ;
     3455    TableIterator iter( tab, cols ) ;
     3456    bool done = false ;
     3457    vector< vector<uInt> > sizes( freqgrp.size() ) ;
     3458    while( !iter.pastEnd() ) {
     3459      vector< vector<Float> > specout( freqgrp.size() ) ;
     3460      vector< vector<uChar> > flagout( freqgrp.size() ) ;
     3461      ArrayColumn<Float> specCols ;
     3462      specCols.attach( iter.table(), "SPECTRA" ) ;
     3463      ArrayColumn<uChar> flagCols ;
     3464      flagCols.attach( iter.table(), "FLAGTRA" ) ;
     3465      ifnoCol.attach( iter.table(), "IFNO" ) ;
     3466      ScalarColumn<uInt> polnos ;
     3467      polnos.attach( iter.table(), "POLNO" ) ;
     3468      MDirection::ScalarColumn dircol ;
     3469      dircol.attach( iter.table(), "DIRECTION" ) ;
     3470      uInt polno = polnos( 0 ) ;
     3471      //os << "POLNO iteration: " << polno << LogIO::POST ;
     3472//       for ( uInt igrp = 0 ; igrp < freqgrp.size() ; igrp++ ) {
     3473//      sizes[igrp].resize( freqgrp[igrp].size() ) ;
     3474//      for ( uInt imem = 0 ; imem < freqgrp[igrp].size() ; imem++ ) {
     3475//        for ( uInt irow = 0 ; irow < iter.table().nrow() ; irow++ ) {
     3476//          uInt ifno = ifnoCol( irow ) ;
     3477//          if ( ifno == freqgrp[igrp][imem] ) {
     3478//            Vector<Float> spec = specCols( irow ) ;
     3479//            Vector<uChar> flag = flagCols( irow ) ;
     3480//            vector<Float> svec ;
     3481//            spec.tovector( svec ) ;
     3482//            vector<uChar> fvec ;
     3483//            flag.tovector( fvec ) ;
     3484//            //os << "spec.size() = " << svec.size() << " fvec.size() = " << fvec.size() << LogIO::POST ;
     3485//            specout[igrp].insert( specout[igrp].end(), svec.begin(), svec.end() ) ;
     3486//            flagout[igrp].insert( flagout[igrp].end(), fvec.begin(), fvec.end() ) ;
     3487//            //os << "specout[" << igrp << "].size() = " << specout[igrp].size() << LogIO::POST ;
     3488//            sizes[igrp][imem] = spec.nelements() ;
     3489//          }
     3490//        }
     3491//      }
     3492//      for ( uInt irow = 0 ; irow < out->table().nrow() ; irow++ ) {
     3493//        uInt ifout = ifnoColOut( irow ) ;
     3494//        uInt polout = polnoColOut( irow ) ;
     3495//        if ( ifout == gmemid[igrp] && polout == polno ) {
     3496//          // set SPECTRA and FRAGTRA
     3497//          Vector<Float> newspec( specout[igrp] ) ;
     3498//          Vector<uChar> newflag( flagout[igrp] ) ;
     3499//          specColOut.put( irow, newspec ) ;
     3500//          flagColOut.put( irow, newflag ) ;
     3501//          // IFNO renumbering
     3502//          ifnoColOut.put( irow, igrp ) ;
     3503//        }
     3504//      }
     3505//       }
     3506      // get a list of number of channels for each frequency group member
     3507      if ( !done ) {
     3508        for ( uInt igrp = 0 ; igrp < freqgrp.size() ; igrp++ ) {
     3509          sizes[igrp].resize( freqgrp[igrp].size() ) ;
     3510          for ( uInt imem = 0 ; imem < freqgrp[igrp].size() ; imem++ ) {
     3511            for ( uInt irow = 0 ; irow < iter.table().nrow() ; irow++ ) {
     3512              uInt ifno = ifnoCol( irow ) ;
     3513              if ( ifno == freqgrp[igrp][imem] ) {
     3514                Vector<Float> spec = specCols( irow ) ;
     3515                sizes[igrp][imem] = spec.nelements() ;
     3516                break ;
     3517              }               
     3518            }
     3519          }
     3520        }
     3521        done = true ;
     3522      }
     3523      // combine spectra
     3524      for ( uInt irow = 0 ; irow < out->table().nrow() ; irow++ ) {
     3525        uInt polout = polnoColOut( irow ) ;
     3526        if ( polout == polno ) {
     3527          uInt ifout = ifnoColOut( irow ) ;
     3528          Vector<Double> direction = dirColOut(irow).getAngle(Unit(String("rad"))).getValue() ;
     3529          uInt igrp ;
     3530          for ( uInt jgrp = 0 ; jgrp < freqgrp.size() ; jgrp++ ) {
     3531            if ( ifout == gmemid[jgrp] ) {
     3532              igrp = jgrp ;
     3533              break ;
     3534            }
     3535          }
     3536          for ( uInt imem = 0 ; imem < freqgrp[igrp].size() ; imem++ ) {
     3537            for ( uInt jrow = 0 ; jrow < iter.table().nrow() ; jrow++ ) {
     3538              uInt ifno = ifnoCol( jrow ) ;
     3539              Vector<Double> tdir = dircol(jrow).getAngle(Unit(String("rad"))).getValue() ;
     3540              //if ( ifno == freqgrp[igrp][imem] && allTrue( tdir == direction  ) ) {
     3541              Double dx = tdir[0] - direction[0] ;
     3542              Double dy = tdir[1] - direction[1] ;
     3543              Double dd = sqrt( dx * dx + dy * dy ) ;
     3544              //if ( ifno == freqgrp[igrp][imem] && allNearAbs( tdir, direction, tol ) ) {
     3545              if ( ifno == freqgrp[igrp][imem] && dd <= tol ) {
     3546                Vector<Float> spec = specCols( jrow ) ;
     3547                Vector<uChar> flag = flagCols( jrow ) ;
     3548                vector<Float> svec ;
     3549                spec.tovector( svec ) ;
     3550                vector<uChar> fvec ;
     3551                flag.tovector( fvec ) ;
     3552                //os << "spec.size() = " << svec.size() << " fvec.size() = " << fvec.size() << LogIO::POST ;
     3553                specout[igrp].insert( specout[igrp].end(), svec.begin(), svec.end() ) ;
     3554                flagout[igrp].insert( flagout[igrp].end(), fvec.begin(), fvec.end() ) ;
     3555                //os << "specout[" << igrp << "].size() = " << specout[igrp].size() << LogIO::POST ;
     3556              }
     3557            }
     3558          }
     3559          // set SPECTRA and FRAGTRA
     3560          Vector<Float> newspec( specout[igrp] ) ;
     3561          Vector<uChar> newflag( flagout[igrp] ) ;
     3562          specColOut.put( irow, newspec ) ;
     3563          flagColOut.put( irow, newflag ) ;
     3564          // IFNO renumbering
     3565          ifnoColOut.put( irow, igrp ) ;
     3566        }
     3567      }
     3568      iter++ ;
     3569    }
     3570    // update FREQUENCIES subtable
     3571    vector<bool> updated( freqgrp.size(), false ) ;
     3572    for ( uInt igrp = 0 ; igrp < freqgrp.size() ; igrp++ ) {
     3573      uInt index = 0 ;
     3574      uInt pixShift = 0 ;
     3575      while ( freqgrp[igrp][index] != gmemid[igrp] ) {
     3576        pixShift += sizes[igrp][index++] ;
     3577      }
     3578      for ( uInt irow = 0 ; irow < out->table().nrow() ; irow++ ) {
     3579        if ( ifnoColOut( irow ) == gmemid[igrp] && !updated[igrp] ) {
     3580          uInt freqidOut = freqidColOut( irow ) ;
     3581          //os << "freqgrp " << igrp << " freqidOut = " << freqidOut << LogIO::POST ;
     3582          double refpix ;
     3583          double refval ;
     3584          double increm ;
     3585          out->frequencies().getEntry( refpix, refval, increm, freqidOut ) ;
     3586          refpix += pixShift ;
     3587          out->frequencies().setEntry( refpix, refval, increm, freqidOut ) ;
     3588          updated[igrp] = true ;
     3589        }
     3590      }
     3591    }
     3592
     3593    //out = tmpout ;
     3594
     3595    coordinfo = tmpout->getCoordInfo() ;
     3596    coordinfo[0] = oldinfo[0] ;
     3597    tmpout->setCoordInfo( coordinfo ) ;
     3598  }
     3599  else {
     3600    // simple average
     3601    out =  average( in, mask, weight, avmode ) ;
     3602  }
     3603 
     3604  return out ;
     3605}
     3606
     3607CountedPtr<Scantable> STMath::cwcal( const CountedPtr<Scantable>& s,
     3608                                     const String calmode,
     3609                                     const String antname )
     3610{
     3611  // frequency switch
     3612  if ( calmode == "fs" ) {
     3613    return cwcalfs( s, antname ) ;
     3614  }
     3615  else {
     3616    vector<bool> masks = s->getMask( 0 ) ;
     3617    vector<int> types ;
     3618
     3619    // sky scan
     3620    STSelector sel = STSelector() ;
     3621    types.push_back( SrcType::SKY ) ;
     3622    sel.setTypes( types ) ;
     3623    s->setSelection( sel ) ;
     3624    vector< CountedPtr<Scantable> > tmp( 1, getScantable( s, false ) ) ;
     3625    CountedPtr<Scantable> asky = average( tmp, masks, "TINT", "SCAN" ) ;
     3626    s->unsetSelection() ;
     3627    sel.reset() ;
     3628    types.clear() ;
     3629
     3630    // hot scan
     3631    types.push_back( SrcType::HOT ) ;
     3632    sel.setTypes( types ) ;
     3633    s->setSelection( sel ) ;
     3634    tmp.clear() ;
     3635    tmp.push_back( getScantable( s, false ) ) ;
     3636    CountedPtr<Scantable> ahot = average( tmp, masks, "TINT", "SCAN" ) ;
     3637    s->unsetSelection() ;
     3638    sel.reset() ;
     3639    types.clear() ;
     3640   
     3641    // cold scan
     3642    CountedPtr<Scantable> acold ;
     3643//     types.push_back( SrcType::COLD ) ;
     3644//     sel.setTypes( types ) ;
     3645//     s->setSelection( sel ) ;
     3646//     tmp.clear() ;
     3647//     tmp.push_back( getScantable( s, false ) ) ;
     3648//     CountedPtr<Scantable> acold = average( tmp, masks, "TINT", "SCNAN" ) ;
     3649//     s->unsetSelection() ;
     3650//     sel.reset() ;
     3651//     types.clear() ;
     3652
     3653    // off scan
     3654    types.push_back( SrcType::PSOFF ) ;
     3655    sel.setTypes( types ) ;
     3656    s->setSelection( sel ) ;
     3657    tmp.clear() ;
     3658    tmp.push_back( getScantable( s, false ) ) ;
     3659    CountedPtr<Scantable> aoff = average( tmp, masks, "TINT", "SCAN" ) ;
     3660    s->unsetSelection() ;
     3661    sel.reset() ;
     3662    types.clear() ;
     3663   
     3664    // on scan
     3665    bool insitu = insitu_ ;
     3666    insitu_ = false ;
     3667    CountedPtr<Scantable> out = getScantable( s, true ) ;
     3668    insitu_ = insitu ;
     3669    types.push_back( SrcType::PSON ) ;
     3670    sel.setTypes( types ) ;
     3671    s->setSelection( sel ) ;
     3672    TableCopy::copyRows( out->table(), s->table() ) ;
     3673    s->unsetSelection() ;
     3674    sel.reset() ;
     3675    types.clear() ;
     3676   
     3677    // process each on scan
     3678    ArrayColumn<Float> tsysCol ;
     3679    tsysCol.attach( out->table(), "TSYS" ) ;
     3680    for ( int i = 0 ; i < out->nrow() ; i++ ) {
     3681      vector<float> sp = getCalibratedSpectra( out, aoff, asky, ahot, acold, i, antname ) ;
     3682      out->setSpectrum( sp, i ) ;
     3683      string reftime = out->getTime( i ) ;
     3684      vector<int> ii( 1, out->getIF( i ) ) ;
     3685      vector<int> ib( 1, out->getBeam( i ) ) ;
     3686      vector<int> ip( 1, out->getPol( i ) ) ;
     3687      sel.setIFs( ii ) ;
     3688      sel.setBeams( ib ) ;
     3689      sel.setPolarizations( ip ) ;
     3690      asky->setSelection( sel ) ;   
     3691      vector<float> sptsys = getTsysFromTime( reftime, asky, "linear" ) ;
     3692      const Vector<Float> Vtsys( sptsys ) ;
     3693      tsysCol.put( i, Vtsys ) ;
     3694      asky->unsetSelection() ;
     3695      sel.reset() ;
     3696    }
     3697
     3698    // flux unit
     3699    out->setFluxUnit( "K" ) ;
     3700
     3701    return out ;
     3702  }
     3703}
     3704 
     3705CountedPtr<Scantable> STMath::almacal( const CountedPtr<Scantable>& s,
     3706                                       const String calmode )
     3707{
     3708  // frequency switch
     3709  if ( calmode == "fs" ) {
     3710    return almacalfs( s ) ;
     3711  }
     3712  else {
     3713    vector<bool> masks = s->getMask( 0 ) ;
     3714   
     3715    // off scan
     3716    STSelector sel = STSelector() ;
     3717    vector<int> types ;
     3718    types.push_back( SrcType::PSOFF ) ;
     3719    sel.setTypes( types ) ;
     3720    s->setSelection( sel ) ;
     3721    // TODO 2010/01/08 TN
     3722    // Grouping by time should be needed before averaging.
     3723    // Each group must have own unique SCANNO (should be renumbered).
     3724    // See PIPELINE/SDCalibration.py
     3725    CountedPtr<Scantable> soff = getScantable( s, false ) ;
     3726    Table ttab = soff->table() ;
     3727    ROScalarColumn<Double> timeCol( ttab, "TIME" ) ;
     3728    uInt nrow = timeCol.nrow() ;
     3729    Vector<Double> timeSep( nrow - 1 ) ;
     3730    for ( uInt i = 0 ; i < nrow - 1 ; i++ ) {
     3731      timeSep[i] = timeCol(i+1) - timeCol(i) ;
     3732    }
     3733    ScalarColumn<Double> intervalCol( ttab, "INTERVAL" ) ;
     3734    Vector<Double> interval = intervalCol.getColumn() ;
     3735    interval /= 86400.0 ;
     3736    ScalarColumn<uInt> scanCol( ttab, "SCANNO" ) ;
     3737    vector<uInt> glist ;
     3738    for ( uInt i = 0 ; i < nrow - 1 ; i++ ) {
     3739      double gap = 2.0 * timeSep[i] / ( interval[i] + interval[i+1] ) ;
     3740      //cout << "gap[" << i << "]=" << setw(5) << gap << endl ;
     3741      if ( gap > 1.1 ) {
     3742        glist.push_back( i ) ;
     3743      }
     3744    }
     3745    Vector<uInt> gaplist( glist ) ;
     3746    //cout << "gaplist = " << gaplist << endl ;
     3747    uInt newid = 0 ;
     3748    for ( uInt i = 0 ; i < nrow ; i++ ) {
     3749      scanCol.put( i, newid ) ;
     3750      if ( i == gaplist[newid] ) {
     3751        newid++ ;
     3752      }
     3753    }
     3754    //cout << "new scancol = " << scanCol.getColumn() << endl ;
     3755    vector< CountedPtr<Scantable> > tmp( 1, soff ) ;
     3756    CountedPtr<Scantable> aoff = average( tmp, masks, "TINT", "SCAN" ) ;
     3757    //cout << "aoff.nrow = " << aoff->nrow() << endl ;
     3758    s->unsetSelection() ;
     3759    sel.reset() ;
     3760    types.clear() ;
     3761   
     3762    // on scan
     3763    bool insitu = insitu_ ;
     3764    insitu_ = false ;
     3765    CountedPtr<Scantable> out = getScantable( s, true ) ;
     3766    insitu_ = insitu ;
     3767    types.push_back( SrcType::PSON ) ;
     3768    sel.setTypes( types ) ;
     3769    s->setSelection( sel ) ;
     3770    TableCopy::copyRows( out->table(), s->table() ) ;
     3771    s->unsetSelection() ;
     3772    sel.reset() ;
     3773    types.clear() ;
     3774   
     3775    // process each on scan
     3776    ArrayColumn<Float> tsysCol ;
     3777    tsysCol.attach( out->table(), "TSYS" ) ;
     3778    for ( int i = 0 ; i < out->nrow() ; i++ ) {
     3779      vector<float> sp = getCalibratedSpectra( out, aoff, i ) ;
     3780      out->setSpectrum( sp, i ) ;
     3781    }
     3782
     3783    // flux unit
     3784    out->setFluxUnit( "K" ) ;
     3785
     3786    return out ;
     3787  }
     3788}
     3789
     3790CountedPtr<Scantable> STMath::cwcalfs( const CountedPtr<Scantable>& s,
     3791                                       const String antname )
     3792{
     3793  vector<int> types ;
     3794
     3795  // APEX calibration mode
     3796  int apexcalmode = 1 ;
     3797 
     3798  if ( antname.find( "APEX" ) != string::npos ) {
     3799    // check if off scan exists or not
     3800    STSelector sel = STSelector() ;
     3801    //sel.setName( offstr1 ) ;
     3802    types.push_back( SrcType::FLOOFF ) ;
     3803    sel.setTypes( types ) ;
     3804    try {
     3805      s->setSelection( sel ) ;
     3806    }
     3807    catch ( AipsError &e ) {
     3808      apexcalmode = 0 ;
     3809    }
     3810    sel.reset() ;
     3811  }
     3812  s->unsetSelection() ;
     3813  types.clear() ;
     3814
     3815  vector<bool> masks = s->getMask( 0 ) ;
     3816  CountedPtr<Scantable> ssig, sref ;
     3817  CountedPtr<Scantable> out ;
     3818
     3819  if ( antname.find( "APEX" ) != string::npos ) {
     3820    // APEX calibration
     3821    // sky scan
     3822    STSelector sel = STSelector() ;
     3823    types.push_back( SrcType::FLOSKY ) ;
     3824    sel.setTypes( types ) ;
     3825    s->setSelection( sel ) ;
     3826    vector< CountedPtr<Scantable> > tmp( 1, getScantable( s, false ) ) ;
     3827    CountedPtr<Scantable> askylo = average( tmp, masks, "TINT", "SCAN" ) ;
     3828    s->unsetSelection() ;
     3829    sel.reset() ;
     3830    types.clear() ;
     3831    types.push_back( SrcType::FHISKY ) ;
     3832    sel.setTypes( types ) ;
     3833    s->setSelection( sel ) ;
     3834    tmp.clear() ;
     3835    tmp.push_back( getScantable( s, false ) ) ;
     3836    CountedPtr<Scantable> askyhi = average( tmp, masks, "TINT", "SCAN" ) ;
     3837    s->unsetSelection() ;
     3838    sel.reset() ;
     3839    types.clear() ;
     3840   
     3841    // hot scan
     3842    types.push_back( SrcType::FLOHOT ) ;
     3843    sel.setTypes( types ) ;
     3844    s->setSelection( sel ) ;
     3845    tmp.clear() ;
     3846    tmp.push_back( getScantable( s, false ) ) ;
     3847    CountedPtr<Scantable> ahotlo = average( tmp, masks, "TINT", "SCAN" ) ;
     3848    s->unsetSelection() ;
     3849    sel.reset() ;
     3850    types.clear() ;
     3851    types.push_back( SrcType::FHIHOT ) ;
     3852    sel.setTypes( types ) ;
     3853    s->setSelection( sel ) ;
     3854    tmp.clear() ;
     3855    tmp.push_back( getScantable( s, false ) ) ;
     3856    CountedPtr<Scantable> ahothi = average( tmp, masks, "TINT", "SCAN" ) ;
     3857    s->unsetSelection() ;
     3858    sel.reset() ;
     3859    types.clear() ;
     3860   
     3861    // cold scan
     3862    CountedPtr<Scantable> acoldlo, acoldhi ;
     3863//     types.push_back( SrcType::FLOCOLD ) ;
     3864//     sel.setTypes( types ) ;
     3865//     s->setSelection( sel ) ;
     3866//     tmp.clear() ;
     3867//     tmp.push_back( getScantable( s, false ) ) ;
     3868//     CountedPtr<Scantable> acoldlo = average( tmp, masks, "TINT", "SCAN" ) ;
     3869//     s->unsetSelection() ;
     3870//     sel.reset() ;
     3871//     types.clear() ;
     3872//     types.push_back( SrcType::FHICOLD ) ;
     3873//     sel.setTypes( types ) ;
     3874//     s->setSelection( sel ) ;
     3875//     tmp.clear() ;
     3876//     tmp.push_back( getScantable( s, false ) ) ;
     3877//     CountedPtr<Scantable> acoldhi = average( tmp, masks, "TINT", "SCAN" ) ;
     3878//     s->unsetSelection() ;
     3879//     sel.reset() ;
     3880//     types.clear() ;
     3881
     3882    // ref scan
     3883    bool insitu = insitu_ ;
     3884    insitu_ = false ;
     3885    sref = getScantable( s, true ) ;
     3886    insitu_ = insitu ;
     3887    types.push_back( SrcType::FSLO ) ;
     3888    sel.setTypes( types ) ;
     3889    s->setSelection( sel ) ;
     3890    TableCopy::copyRows( sref->table(), s->table() ) ;
     3891    s->unsetSelection() ;
     3892    sel.reset() ;
     3893    types.clear() ;
     3894   
     3895    // sig scan
     3896    insitu_ = false ;
     3897    ssig = getScantable( s, true ) ;
     3898    insitu_ = insitu ;
     3899    types.push_back( SrcType::FSHI ) ;
     3900    sel.setTypes( types ) ;
     3901    s->setSelection( sel ) ;
     3902    TableCopy::copyRows( ssig->table(), s->table() ) ;
     3903    s->unsetSelection() ;
     3904    sel.reset() ; 
     3905    types.clear() ;
     3906         
     3907    if ( apexcalmode == 0 ) {
     3908      // APEX fs data without off scan
     3909      // process each sig and ref scan
     3910      ArrayColumn<Float> tsysCollo ;
     3911      tsysCollo.attach( ssig->table(), "TSYS" ) ;
     3912      ArrayColumn<Float> tsysColhi ;
     3913      tsysColhi.attach( sref->table(), "TSYS" ) ;
     3914      for ( int i = 0 ; i < ssig->nrow() ; i++ ) {
     3915        vector< CountedPtr<Scantable> > sky( 2 ) ;
     3916        sky[0] = askylo ;
     3917        sky[1] = askyhi ;
     3918        vector< CountedPtr<Scantable> > hot( 2 ) ;
     3919        hot[0] = ahotlo ;
     3920        hot[1] = ahothi ;
     3921        vector< CountedPtr<Scantable> > cold( 2 ) ;
     3922        //cold[0] = acoldlo ;
     3923        //cold[1] = acoldhi ;
     3924        vector<float> sp = getFSCalibratedSpectra( ssig, sref, sky, hot, cold, i ) ;
     3925        ssig->setSpectrum( sp, i ) ;
     3926        string reftime = ssig->getTime( i ) ;
     3927        vector<int> ii( 1, ssig->getIF( i ) ) ;
     3928        vector<int> ib( 1, ssig->getBeam( i ) ) ;
     3929        vector<int> ip( 1, ssig->getPol( i ) ) ;
     3930        sel.setIFs( ii ) ;
     3931        sel.setBeams( ib ) ;
     3932        sel.setPolarizations( ip ) ;
     3933        askylo->setSelection( sel ) ;
     3934        vector<float> sptsys = getTsysFromTime( reftime, askylo, "linear" ) ;
     3935        const Vector<Float> Vtsyslo( sptsys ) ;
     3936        tsysCollo.put( i, Vtsyslo ) ;
     3937        askylo->unsetSelection() ;
     3938        sel.reset() ;
     3939        sky[0] = askyhi ;
     3940        sky[1] = askylo ;
     3941        hot[0] = ahothi ;
     3942        hot[1] = ahotlo ;
     3943        cold[0] = acoldhi ;
     3944        cold[1] = acoldlo ;
     3945        sp = getFSCalibratedSpectra( sref, ssig, sky, hot, cold, i ) ;
     3946        sref->setSpectrum( sp, i ) ;
     3947        reftime = sref->getTime( i ) ;
     3948        ii[0] = sref->getIF( i )  ;
     3949        ib[0] = sref->getBeam( i ) ;
     3950        ip[0] = sref->getPol( i ) ;
     3951        sel.setIFs( ii ) ;
     3952        sel.setBeams( ib ) ;
     3953        sel.setPolarizations( ip ) ;
     3954        askyhi->setSelection( sel ) ;   
     3955        sptsys = getTsysFromTime( reftime, askyhi, "linear" ) ;
     3956        const Vector<Float> Vtsyshi( sptsys ) ;
     3957        tsysColhi.put( i, Vtsyshi ) ;
     3958        askyhi->unsetSelection() ;
     3959        sel.reset() ;
     3960      }
     3961    }
     3962    else if ( apexcalmode == 1 ) {
     3963      // APEX fs data with off scan
     3964      // off scan
     3965      types.push_back( SrcType::FLOOFF ) ;
     3966      sel.setTypes( types ) ;
     3967      s->setSelection( sel ) ;
     3968      tmp.clear() ;
     3969      tmp.push_back( getScantable( s, false ) ) ;
     3970      CountedPtr<Scantable> aofflo = average( tmp, masks, "TINT", "SCAN" ) ;
     3971      s->unsetSelection() ;
     3972      sel.reset() ;
     3973      types.clear() ;
     3974      types.push_back( SrcType::FHIOFF ) ;
     3975      sel.setTypes( types ) ;
     3976      s->setSelection( sel ) ;
     3977      tmp.clear() ;
     3978      tmp.push_back( getScantable( s, false ) ) ;
     3979      CountedPtr<Scantable> aoffhi = average( tmp, masks, "TINT", "SCAN" ) ;
     3980      s->unsetSelection() ;
     3981      sel.reset() ;
     3982      types.clear() ;
     3983     
     3984      // process each sig and ref scan
     3985      ArrayColumn<Float> tsysCollo ;
     3986      tsysCollo.attach( ssig->table(), "TSYS" ) ;
     3987      ArrayColumn<Float> tsysColhi ;
     3988      tsysColhi.attach( sref->table(), "TSYS" ) ;
     3989      for ( int i = 0 ; i < ssig->nrow() ; i++ ) {
     3990        vector<float> sp = getCalibratedSpectra( ssig, aofflo, askylo, ahotlo, acoldlo, i, antname ) ;
     3991        ssig->setSpectrum( sp, i ) ;
     3992        sp = getCalibratedSpectra( sref, aoffhi, askyhi, ahothi, acoldhi, i, antname ) ;
     3993        string reftime = ssig->getTime( i ) ;
     3994        vector<int> ii( 1, ssig->getIF( i ) ) ;
     3995        vector<int> ib( 1, ssig->getBeam( i ) ) ;
     3996        vector<int> ip( 1, ssig->getPol( i ) ) ;
     3997        sel.setIFs( ii ) ;
     3998        sel.setBeams( ib ) ;
     3999        sel.setPolarizations( ip ) ;
     4000        askylo->setSelection( sel ) ;
     4001        vector<float> sptsys = getTsysFromTime( reftime, askylo, "linear" ) ;
     4002        const Vector<Float> Vtsyslo( sptsys ) ;
     4003        tsysCollo.put( i, Vtsyslo ) ;
     4004        askylo->unsetSelection() ;
     4005        sel.reset() ;
     4006        sref->setSpectrum( sp, i ) ;
     4007        reftime = sref->getTime( i ) ;
     4008        ii[0] = sref->getIF( i )  ;
     4009        ib[0] = sref->getBeam( i ) ;
     4010        ip[0] = sref->getPol( i ) ;
     4011        sel.setIFs( ii ) ;
     4012        sel.setBeams( ib ) ;
     4013        sel.setPolarizations( ip ) ;
     4014        askyhi->setSelection( sel ) ;   
     4015        sptsys = getTsysFromTime( reftime, askyhi, "linear" ) ;
     4016        const Vector<Float> Vtsyshi( sptsys ) ;
     4017        tsysColhi.put( i, Vtsyshi ) ;
     4018        askyhi->unsetSelection() ;
     4019        sel.reset() ;
     4020      }
     4021    }
     4022  }
     4023  else {
     4024    // non-APEX fs data
     4025    // sky scan
     4026    STSelector sel = STSelector() ;
     4027    types.push_back( SrcType::SKY ) ;
     4028    sel.setTypes( types ) ;
     4029    s->setSelection( sel ) ;
     4030    vector< CountedPtr<Scantable> > tmp( 1, getScantable( s, false ) ) ;
     4031    CountedPtr<Scantable> asky = average( tmp, masks, "TINT", "SCAN" ) ;
     4032    s->unsetSelection() ;
     4033    sel.reset() ;
     4034    types.clear() ;
     4035   
     4036    // hot scan
     4037    types.push_back( SrcType::HOT ) ;
     4038    sel.setTypes( types ) ;
     4039    s->setSelection( sel ) ;
     4040    tmp.clear() ;
     4041    tmp.push_back( getScantable( s, false ) ) ;
     4042    CountedPtr<Scantable> ahot = average( tmp, masks, "TINT", "SCAN" ) ;
     4043    s->unsetSelection() ;
     4044    sel.reset() ;
     4045    types.clear() ;
     4046
     4047    // cold scan
     4048    CountedPtr<Scantable> acold ;
     4049//     types.push_back( SrcType::COLD ) ;
     4050//     sel.setTypes( types ) ;
     4051//     s->setSelection( sel ) ;
     4052//     tmp.clear() ;
     4053//     tmp.push_back( getScantable( s, false ) ) ;
     4054//     CountedPtr<Scantable> acold = average( tmp, masks, "TINT", "SCAN" ) ;
     4055//     s->unsetSelection() ;
     4056//     sel.reset() ;
     4057//     types.clear() ;
     4058   
     4059    // ref scan
     4060    bool insitu = insitu_ ;
     4061    insitu_ = false ;
     4062    sref = getScantable( s, true ) ;
     4063    insitu_ = insitu ;
     4064    types.push_back( SrcType::FSOFF ) ;
     4065    sel.setTypes( types ) ;
     4066    s->setSelection( sel ) ;
     4067    TableCopy::copyRows( sref->table(), s->table() ) ;
     4068    s->unsetSelection() ;
     4069    sel.reset() ;
     4070    types.clear() ;
     4071   
     4072    // sig scan
     4073    insitu_ = false ;
     4074    ssig = getScantable( s, true ) ;
     4075    insitu_ = insitu ;
     4076    types.push_back( SrcType::FSON ) ;
     4077    sel.setTypes( types ) ;
     4078    s->setSelection( sel ) ;
     4079    TableCopy::copyRows( ssig->table(), s->table() ) ;
     4080    s->unsetSelection() ;
     4081    sel.reset() ;
     4082    types.clear() ;
     4083
     4084    // process each sig and ref scan
     4085    ArrayColumn<Float> tsysColsig ;
     4086    tsysColsig.attach( ssig->table(), "TSYS" ) ;
     4087    ArrayColumn<Float> tsysColref ;
     4088    tsysColref.attach( ssig->table(), "TSYS" ) ;
     4089    for ( int i = 0 ; i < ssig->nrow() ; i++ ) {
     4090      vector<float> sp = getFSCalibratedSpectra( ssig, sref, asky, ahot, acold, i ) ;
     4091      ssig->setSpectrum( sp, i ) ;
     4092      string reftime = ssig->getTime( i ) ;
     4093      vector<int> ii( 1, ssig->getIF( i ) ) ;
     4094      vector<int> ib( 1, ssig->getBeam( i ) ) ;
     4095      vector<int> ip( 1, ssig->getPol( i ) ) ;
     4096      sel.setIFs( ii ) ;
     4097      sel.setBeams( ib ) ;
     4098      sel.setPolarizations( ip ) ;
     4099      asky->setSelection( sel ) ;
     4100      vector<float> sptsys = getTsysFromTime( reftime, asky, "linear" ) ;
     4101      const Vector<Float> Vtsys( sptsys ) ;
     4102      tsysColsig.put( i, Vtsys ) ;
     4103      asky->unsetSelection() ;
     4104      sel.reset() ;
     4105      sp = getFSCalibratedSpectra( sref, ssig, asky, ahot, acold, i ) ;
     4106      sref->setSpectrum( sp, i ) ;
     4107      tsysColref.put( i, Vtsys ) ;
     4108    }
     4109  }
     4110
     4111  // do folding if necessary
     4112  Table sigtab = ssig->table() ;
     4113  Table reftab = sref->table() ;
     4114  ScalarColumn<uInt> sigifnoCol ;
     4115  ScalarColumn<uInt> refifnoCol ;
     4116  ScalarColumn<uInt> sigfidCol ;
     4117  ScalarColumn<uInt> reffidCol ;
     4118  Int nchan = (Int)ssig->nchan() ;
     4119  sigifnoCol.attach( sigtab, "IFNO" ) ;
     4120  refifnoCol.attach( reftab, "IFNO" ) ;
     4121  sigfidCol.attach( sigtab, "FREQ_ID" ) ;
     4122  reffidCol.attach( reftab, "FREQ_ID" ) ;
     4123  Vector<uInt> sfids( sigfidCol.getColumn() ) ;
     4124  Vector<uInt> rfids( reffidCol.getColumn() ) ;
     4125  vector<uInt> sfids_unique ;
     4126  vector<uInt> rfids_unique ;
     4127  vector<uInt> sifno_unique ;
     4128  vector<uInt> rifno_unique ;
     4129  for ( uInt i = 0 ; i < sfids.nelements() ; i++ ) {
     4130    if ( count( sfids_unique.begin(), sfids_unique.end(), sfids[i] ) == 0 ) {
     4131      sfids_unique.push_back( sfids[i] ) ;
     4132      sifno_unique.push_back( ssig->getIF( i ) ) ;
     4133    }
     4134    if ( count( rfids_unique.begin(), rfids_unique.end(),  rfids[i] ) == 0 ) {
     4135      rfids_unique.push_back( rfids[i] ) ;
     4136      rifno_unique.push_back( sref->getIF( i ) ) ;
     4137    }
     4138  }
     4139  double refpix_sig, refval_sig, increment_sig ;
     4140  double refpix_ref, refval_ref, increment_ref ;
     4141  vector< CountedPtr<Scantable> > tmp( sfids_unique.size() ) ;
     4142  for ( uInt i = 0 ; i < sfids_unique.size() ; i++ ) {
     4143    ssig->frequencies().getEntry( refpix_sig, refval_sig, increment_sig, sfids_unique[i] ) ;
     4144    sref->frequencies().getEntry( refpix_ref, refval_ref, increment_ref, rfids_unique[i] ) ;
     4145    if ( refpix_sig == refpix_ref ) {
     4146      double foffset = refval_ref - refval_sig ;
     4147      int choffset = static_cast<int>(foffset/increment_sig) ;
     4148      double doffset = foffset / increment_sig ;
     4149      if ( abs(choffset) >= nchan ) {
     4150        LogIO os( LogOrigin( "STMath", "cwcalfs", WHERE ) ) ;
     4151        os << "FREQ_ID=[" << sfids_unique[i] << "," << rfids_unique[i] << "]: out-band frequency switching, no folding" << LogIO::POST ;
     4152        os << "Just return signal data" << LogIO::POST ;
     4153        //std::vector< CountedPtr<Scantable> > tabs ;
     4154        //tabs.push_back( ssig ) ;
     4155        //tabs.push_back( sref ) ;
     4156        //out = merge( tabs ) ;
     4157        tmp[i] = ssig ;
     4158      }
     4159      else {
     4160        STSelector sel = STSelector() ;
     4161        vector<int> v( 1, sifno_unique[i] ) ;
     4162        sel.setIFs( v ) ;
     4163        ssig->setSelection( sel ) ;
     4164        sel.reset() ;
     4165        v[0] = rifno_unique[i] ;
     4166        sel.setIFs( v ) ;
     4167        sref->setSelection( sel ) ;
     4168        sel.reset() ;
     4169        if ( antname.find( "APEX" ) != string::npos ) {
     4170          tmp[i] = dofold( ssig, sref, 0.5*doffset, -0.5*doffset ) ;
     4171          //tmp[i] = dofold( ssig, sref, doffset ) ;
     4172        }
     4173        else {
     4174          tmp[i] = dofold( ssig, sref, doffset ) ;
     4175        }
     4176        ssig->unsetSelection() ;
     4177        sref->unsetSelection() ;
     4178      }
     4179    }
     4180  }
     4181
     4182  if ( tmp.size() > 1 ) {
     4183    out = merge( tmp ) ;
     4184  }
     4185  else {
     4186    out = tmp[0] ;
     4187  }
     4188
     4189  // flux unit
     4190  out->setFluxUnit( "K" ) ;
     4191
     4192  return out ;
     4193}
     4194
     4195CountedPtr<Scantable> STMath::almacalfs( const CountedPtr<Scantable>& s )
     4196{
     4197  CountedPtr<Scantable> out ;
     4198
     4199  return out ;
     4200}
     4201
     4202vector<float> STMath::getSpectrumFromTime( string reftime,
     4203                                           CountedPtr<Scantable>& s,
     4204                                           string mode )
     4205{
     4206  LogIO os( LogOrigin( "STMath", "getSpectrumFromTime", WHERE ) ) ;
     4207  vector<float> sp ;
     4208
     4209  if ( s->nrow() == 0 ) {
     4210    os << LogIO::SEVERE << "No spectra in the input scantable. Return empty spectrum." << LogIO::POST ;
     4211    return sp ;
     4212  }
     4213  else if ( s->nrow() == 1 ) {
     4214    //os << "use row " << 0 << " (scanno = " << s->getScan( 0 ) << ")" << LogIO::POST ;
     4215    return s->getSpectrum( 0 ) ;
     4216  }
     4217  else {
     4218    vector<int> idx = getRowIdFromTime( reftime, s ) ;
     4219    if ( mode == "before" ) {
     4220      int id = -1 ;
     4221      if ( idx[0] != -1 ) {
     4222        id = idx[0] ;
     4223      }
     4224      else if ( idx[1] != -1 ) {
     4225        os << LogIO::WARN << "Failed to find a scan before reftime. return a spectrum just after the reftime." << LogIO::POST ;
     4226        id = idx[1] ;
     4227      }
     4228      //os << "use row " << id << " (scanno = " << s->getScan( id ) << ")" << LogIO::POST ;
     4229      sp = s->getSpectrum( id ) ;
     4230    }
     4231    else if ( mode == "after" ) {
     4232      int id = -1 ;
     4233      if ( idx[1] != -1 ) {
     4234        id = idx[1] ;
     4235      }
     4236      else if ( idx[0] != -1 ) {
     4237        os << LogIO::WARN << "Failed to find a scan after reftime. return a spectrum just before the reftime." << LogIO::POST ;
     4238        id = idx[1] ;
     4239      }
     4240      //os << "use row " << id << " (scanno = " << s->getScan( id ) << ")" << LogIO::POST ;
     4241      sp = s->getSpectrum( id ) ;
     4242    }
     4243    else if ( mode == "nearest" ) {
     4244      int id = -1 ;
     4245      if ( idx[0] == -1 ) {
     4246        id = idx[1] ;
     4247      }
     4248      else if ( idx[1] == -1 ) {
     4249        id = idx[0] ;
     4250      }
     4251      else if ( idx[0] == idx[1] ) {
     4252        id = idx[0] ;
     4253      }
     4254      else {
     4255        double t0 = getMJD( s->getTime( idx[0] ) ) ;
     4256        double t1 = getMJD( s->getTime( idx[1] ) ) ;
     4257        double tref = getMJD( reftime ) ;
     4258        if ( abs( t0 - tref ) > abs( t1 - tref ) ) {
     4259          id = idx[1] ;
     4260        }
     4261        else {
     4262          id = idx[0] ;
     4263        }
     4264      }
     4265      //os << "use row " << id << " (scanno = " << s->getScan( id ) << ")" << LogIO::POST ;
     4266      sp = s->getSpectrum( id ) ;     
     4267    }
     4268    else if ( mode == "linear" ) {
     4269      if ( idx[0] == -1 ) {
     4270        // use after
     4271        os << LogIO::WARN << "Failed to interpolate. return a spectrum just after the reftime." << LogIO::POST ;
     4272        int id = idx[1] ;
     4273        //os << "use row " << id << " (scanno = " << s->getScan( id ) << ")" << LogIO::POST ;
     4274        sp = s->getSpectrum( id ) ;
     4275      }
     4276      else if ( idx[1] == -1 ) {
     4277        // use before
     4278        os << LogIO::WARN << "Failed to interpolate. return a spectrum just before the reftime." << LogIO::POST ;
     4279        int id = idx[0] ;
     4280        //os << "use row " << id << " (scanno = " << s->getScan( id ) << ")" << LogIO::POST ;
     4281        sp = s->getSpectrum( id ) ;
     4282      }
     4283      else if ( idx[0] == idx[1] ) {
     4284        // use before
     4285        //os << "No need to interporate." << LogIO::POST ;
     4286        int id = idx[0] ;
     4287        //os << "use row " << id << " (scanno = " << s->getScan( id ) << ")" << LogIO::POST ;
     4288        sp = s->getSpectrum( id ) ;
     4289      }
     4290      else {
     4291        // do interpolation
     4292        //os << "interpolate between " << idx[0] << " and " << idx[1] << " (scanno: " << s->getScan( idx[0] ) << ", " << s->getScan( idx[1] ) << ")" << LogIO::POST ;
     4293        double t0 = getMJD( s->getTime( idx[0] ) ) ;
     4294        double t1 = getMJD( s->getTime( idx[1] ) ) ;
     4295        double tref = getMJD( reftime ) ;
     4296        vector<float> sp0 = s->getSpectrum( idx[0] ) ;
     4297        vector<float> sp1 = s->getSpectrum( idx[1] ) ;
     4298        for ( unsigned int i = 0 ; i < sp0.size() ; i++ ) {
     4299          float v = ( sp1[i] - sp0[i] ) / ( t1 - t0 ) * ( tref - t0 ) + sp0[i] ;
     4300          sp.push_back( v ) ;
     4301        }
     4302      }
     4303    }
     4304    else {
     4305      os << LogIO::SEVERE << "Unknown mode" << LogIO::POST ;
     4306    }
     4307    return sp ;
     4308  }
     4309}
     4310
     4311double STMath::getMJD( string strtime )
     4312{
     4313  if ( strtime.find("/") == string::npos ) {
     4314    // MJD time string
     4315    return atof( strtime.c_str() ) ;
     4316  }
     4317  else {
     4318    // string in YYYY/MM/DD/HH:MM:SS format
     4319    uInt year = atoi( strtime.substr( 0, 4 ).c_str() ) ;
     4320    uInt month = atoi( strtime.substr( 5, 2 ).c_str() ) ;
     4321    uInt day = atoi( strtime.substr( 8, 2 ).c_str() ) ;
     4322    uInt hour = atoi( strtime.substr( 11, 2 ).c_str() ) ;
     4323    uInt minute = atoi( strtime.substr( 14, 2 ).c_str() ) ;
     4324    uInt sec = atoi( strtime.substr( 17, 2 ).c_str() ) ;
     4325    Time t( year, month, day, hour, minute, sec ) ;
     4326    return t.modifiedJulianDay() ;
     4327  }
     4328}
     4329
     4330vector<int> STMath::getRowIdFromTime( string reftime, CountedPtr<Scantable> &s )
     4331{
     4332  double reft = getMJD( reftime ) ;
     4333  double dtmin = 1.0e100 ;
     4334  double dtmax = -1.0e100 ;
     4335  vector<double> dt ;
     4336  int just_before = -1 ;
     4337  int just_after = -1 ;
     4338  for ( int i = 0 ; i < s->nrow() ; i++ ) {
     4339    dt.push_back( getMJD( s->getTime( i ) ) - reft ) ;
     4340  }
     4341  for ( unsigned int i = 0 ; i < dt.size() ; i++ ) {
     4342    if ( dt[i] > 0.0 ) {
     4343      // after reftime
     4344      if ( dt[i] < dtmin ) {
     4345        just_after = i ;
     4346        dtmin = dt[i] ;
     4347      }
     4348    }
     4349    else if ( dt[i] < 0.0 ) {
     4350      // before reftime
     4351      if ( dt[i] > dtmax ) {
     4352        just_before = i ;
     4353        dtmax = dt[i] ;
     4354      }
     4355    }
     4356    else {
     4357      // just a reftime
     4358      just_before = i ;
     4359      just_after = i ;
     4360      dtmax = 0 ;
     4361      dtmin = 0 ;
     4362      break ;
     4363    }
     4364  }
     4365
     4366  vector<int> v ;
     4367  v.push_back( just_before ) ;
     4368  v.push_back( just_after ) ;
     4369
     4370  return v ;
     4371}
     4372
     4373vector<float> STMath::getTcalFromTime( string reftime,
     4374                                       CountedPtr<Scantable>& s,
     4375                                       string mode )
     4376{
     4377  LogIO os( LogOrigin( "STMath", "getTcalFromTime", WHERE ) ) ;
     4378  vector<float> tcal ;
     4379  STTcal tcalTable = s->tcal() ;
     4380  String time ;
     4381  Vector<Float> tcalval ;
     4382  if ( s->nrow() == 0 ) {
     4383    os << LogIO::SEVERE << "No row in the input scantable. Return empty tcal." << LogIO::POST ;
     4384    return tcal ;
     4385  }
     4386  else if ( s->nrow() == 1 ) {
     4387    uInt tcalid = s->getTcalId( 0 ) ;
     4388    //os << "use row " << 0 << " (tcalid = " << tcalid << ")" << LogIO::POST ;
     4389    tcalTable.getEntry( time, tcalval, tcalid ) ;
     4390    tcalval.tovector( tcal ) ;
     4391    return tcal ;
     4392  }
     4393  else {
     4394    vector<int> idx = getRowIdFromTime( reftime, s ) ;
     4395    if ( mode == "before" ) {
     4396      int id = -1 ;
     4397      if ( idx[0] != -1 ) {
     4398        id = idx[0] ;
     4399      }
     4400      else if ( idx[1] != -1 ) {
     4401        os << LogIO::WARN << "Failed to find a scan before reftime. return a spectrum just after the reftime." << LogIO::POST ;
     4402        id = idx[1] ;
     4403      }
     4404      uInt tcalid = s->getTcalId( id ) ;
     4405      //os << "use row " << id << " (tcalid = " << tcalid << ")" << LogIO::POST ;
     4406      tcalTable.getEntry( time, tcalval, tcalid ) ;
     4407      tcalval.tovector( tcal ) ;
     4408    }
     4409    else if ( mode == "after" ) {
     4410      int id = -1 ;
     4411      if ( idx[1] != -1 ) {
     4412        id = idx[1] ;
     4413      }
     4414      else if ( idx[0] != -1 ) {
     4415        os << LogIO::WARN << "Failed to find a scan after reftime. return a spectrum just before the reftime." << LogIO::POST ;
     4416        id = idx[1] ;
     4417      }
     4418      uInt tcalid = s->getTcalId( id ) ;
     4419      //os << "use row " << id << " (tcalid = " << tcalid << ")" << LogIO::POST ;
     4420      tcalTable.getEntry( time, tcalval, tcalid ) ;
     4421      tcalval.tovector( tcal ) ;
     4422    }
     4423    else if ( mode == "nearest" ) {
     4424      int id = -1 ;
     4425      if ( idx[0] == -1 ) {
     4426        id = idx[1] ;
     4427      }
     4428      else if ( idx[1] == -1 ) {
     4429        id = idx[0] ;
     4430      }
     4431      else if ( idx[0] == idx[1] ) {
     4432        id = idx[0] ;
     4433      }
     4434      else {
     4435        double t0 = getMJD( s->getTime( idx[0] ) ) ;
     4436        double t1 = getMJD( s->getTime( idx[1] ) ) ;
     4437        double tref = getMJD( reftime ) ;
     4438        if ( abs( t0 - tref ) > abs( t1 - tref ) ) {
     4439          id = idx[1] ;
     4440        }
     4441        else {
     4442          id = idx[0] ;
     4443        }
     4444      }
     4445      uInt tcalid = s->getTcalId( id ) ;
     4446      //os << "use row " << id << " (tcalid = " << tcalid << ")" << LogIO::POST ;
     4447      tcalTable.getEntry( time, tcalval, tcalid ) ;
     4448      tcalval.tovector( tcal ) ;
     4449    }
     4450    else if ( mode == "linear" ) {
     4451      if ( idx[0] == -1 ) {
     4452        // use after
     4453        os << LogIO::WARN << "Failed to interpolate. return a spectrum just after the reftime." << LogIO::POST ;
     4454        int id = idx[1] ;
     4455        uInt tcalid = s->getTcalId( id ) ;
     4456        //os << "use row " << id << " (tcalid = " << tcalid << ")" << LogIO::POST ;
     4457        tcalTable.getEntry( time, tcalval, tcalid ) ;
     4458        tcalval.tovector( tcal ) ;
     4459      }
     4460      else if ( idx[1] == -1 ) {
     4461        // use before
     4462        os << LogIO::WARN << "Failed to interpolate. return a spectrum just before the reftime." << LogIO::POST ;
     4463        int id = idx[0] ;
     4464        uInt tcalid = s->getTcalId( id ) ;
     4465        //os << "use row " << id << " (tcalid = " << tcalid << ")" << LogIO::POST ;
     4466        tcalTable.getEntry( time, tcalval, tcalid ) ;
     4467        tcalval.tovector( tcal ) ;
     4468      }
     4469      else if ( idx[0] == idx[1] ) {
     4470        // use before
     4471        //os << "No need to interporate." << LogIO::POST ;
     4472        int id = idx[0] ;
     4473        uInt tcalid = s->getTcalId( id ) ;
     4474        //os << "use row " << id << " (tcalid = " << tcalid << ")" << LogIO::POST ;
     4475        tcalTable.getEntry( time, tcalval, tcalid ) ;
     4476        tcalval.tovector( tcal ) ;
     4477      }
     4478      else {
     4479        // do interpolation
     4480        //os << "interpolate between " << idx[0] << " and " << idx[1] << " (scanno: " << s->getScan( idx[0] ) << ", " << s->getScan( idx[1] ) << ")" << LogIO::POST ;
     4481        double t0 = getMJD( s->getTime( idx[0] ) ) ;
     4482        double t1 = getMJD( s->getTime( idx[1] ) ) ;
     4483        double tref = getMJD( reftime ) ;
     4484        vector<float> tcal0 ;
     4485        vector<float> tcal1 ;
     4486        uInt tcalid0 = s->getTcalId( idx[0] ) ;
     4487        uInt tcalid1 = s->getTcalId( idx[1] ) ;
     4488        tcalTable.getEntry( time, tcalval, tcalid0 ) ;
     4489        tcalval.tovector( tcal0 ) ;
     4490        tcalTable.getEntry( time, tcalval, tcalid1 ) ;
     4491        tcalval.tovector( tcal1 ) ;       
     4492        for ( unsigned int i = 0 ; i < tcal0.size() ; i++ ) {
     4493          float v = ( tcal1[i] - tcal0[i] ) / ( t1 - t0 ) * ( tref - t0 ) + tcal0[i] ;
     4494          tcal.push_back( v ) ;
     4495        }
     4496      }
     4497    }
     4498    else {
     4499      os << LogIO::SEVERE << "Unknown mode" << LogIO::POST ;
     4500    }
     4501    return tcal ;
     4502  }
     4503}
     4504
     4505vector<float> STMath::getTsysFromTime( string reftime,
     4506                                       CountedPtr<Scantable>& s,
     4507                                       string mode )
     4508{
     4509  LogIO os( LogOrigin( "STMath", "getTsysFromTime", WHERE ) ) ;
     4510  ArrayColumn<Float> tsysCol ;
     4511  tsysCol.attach( s->table(), "TSYS" ) ;
     4512  vector<float> tsys ;
     4513  String time ;
     4514  Vector<Float> tsysval ;
     4515  if ( s->nrow() == 0 ) {
     4516    os << LogIO::SEVERE << "No row in the input scantable. Return empty tsys." << LogIO::POST ;
     4517    return tsys ;
     4518  }
     4519  else if ( s->nrow() == 1 ) {
     4520    //os << "use row " << 0 << LogIO::POST ;
     4521    tsysval = tsysCol( 0 ) ;
     4522    tsysval.tovector( tsys ) ;
     4523    return tsys ;
     4524  }
     4525  else {
     4526    vector<int> idx = getRowIdFromTime( reftime, s ) ;
     4527    if ( mode == "before" ) {
     4528      int id = -1 ;
     4529      if ( idx[0] != -1 ) {
     4530        id = idx[0] ;
     4531      }
     4532      else if ( idx[1] != -1 ) {
     4533        os << LogIO::WARN << "Failed to find a scan before reftime. return a spectrum just after the reftime." << LogIO::POST ;
     4534        id = idx[1] ;
     4535      }
     4536      //os << "use row " << id << LogIO::POST ;
     4537      tsysval = tsysCol( id ) ;
     4538      tsysval.tovector( tsys ) ;
     4539    }
     4540    else if ( mode == "after" ) {
     4541      int id = -1 ;
     4542      if ( idx[1] != -1 ) {
     4543        id = idx[1] ;
     4544      }
     4545      else if ( idx[0] != -1 ) {
     4546        os << LogIO::WARN << "Failed to find a scan after reftime. return a spectrum just before the reftime." << LogIO::POST ;
     4547        id = idx[1] ;
     4548      }
     4549      //os << "use row " << id << LogIO::POST ;
     4550      tsysval = tsysCol( id ) ;
     4551      tsysval.tovector( tsys ) ;
     4552    }
     4553    else if ( mode == "nearest" ) {
     4554      int id = -1 ;
     4555      if ( idx[0] == -1 ) {
     4556        id = idx[1] ;
     4557      }
     4558      else if ( idx[1] == -1 ) {
     4559        id = idx[0] ;
     4560      }
     4561      else if ( idx[0] == idx[1] ) {
     4562        id = idx[0] ;
     4563      }
     4564      else {
     4565        double t0 = getMJD( s->getTime( idx[0] ) ) ;
     4566        double t1 = getMJD( s->getTime( idx[1] ) ) ;
     4567        double tref = getMJD( reftime ) ;
     4568        if ( abs( t0 - tref ) > abs( t1 - tref ) ) {
     4569          id = idx[1] ;
     4570        }
     4571        else {
     4572          id = idx[0] ;
     4573        }
     4574      }
     4575      //os << "use row " << id << LogIO::POST ;
     4576      tsysval = tsysCol( id ) ;
     4577      tsysval.tovector( tsys ) ;
     4578    }
     4579    else if ( mode == "linear" ) {
     4580      if ( idx[0] == -1 ) {
     4581        // use after
     4582        os << LogIO::WARN << "Failed to interpolate. return a spectrum just after the reftime." << LogIO::POST ;
     4583        int id = idx[1] ;
     4584        //os << "use row " << id << LogIO::POST ;
     4585        tsysval = tsysCol( id ) ;
     4586        tsysval.tovector( tsys ) ;
     4587      }
     4588      else if ( idx[1] == -1 ) {
     4589        // use before
     4590        os << LogIO::WARN << "Failed to interpolate. return a spectrum just before the reftime." << LogIO::POST ;
     4591        int id = idx[0] ;
     4592        //os << "use row " << id << LogIO::POST ;
     4593        tsysval = tsysCol( id ) ;
     4594        tsysval.tovector( tsys ) ;
     4595      }
     4596      else if ( idx[0] == idx[1] ) {
     4597        // use before
     4598        //os << "No need to interporate." << LogIO::POST ;
     4599        int id = idx[0] ;
     4600        //os << "use row " << id << LogIO::POST ;
     4601        tsysval = tsysCol( id ) ;
     4602        tsysval.tovector( tsys ) ;
     4603      }
     4604      else {
     4605        // do interpolation
     4606        //os << "interpolate between " << idx[0] << " and " << idx[1] << " (scanno: " << s->getScan( idx[0] ) << ", " << s->getScan( idx[1] ) << ")" << LogIO::POST ;
     4607        double t0 = getMJD( s->getTime( idx[0] ) ) ;
     4608        double t1 = getMJD( s->getTime( idx[1] ) ) ;
     4609        double tref = getMJD( reftime ) ;
     4610        vector<float> tsys0 ;
     4611        vector<float> tsys1 ;
     4612        tsysval = tsysCol( idx[0] ) ;
     4613        tsysval.tovector( tsys0 ) ;
     4614        tsysval = tsysCol( idx[1] ) ;
     4615        tsysval.tovector( tsys1 ) ;       
     4616        for ( unsigned int i = 0 ; i < tsys0.size() ; i++ ) {
     4617          float v = ( tsys1[i] - tsys0[i] ) / ( t1 - t0 ) * ( tref - t0 ) + tsys0[i] ;
     4618          tsys.push_back( v ) ;
     4619        }
     4620      }
     4621    }
     4622    else {
     4623      os << LogIO::SEVERE << "Unknown mode" << LogIO::POST ;
     4624    }
     4625    return tsys ;
     4626  }
     4627}
     4628
     4629vector<float> STMath::getCalibratedSpectra( CountedPtr<Scantable>& on,
     4630                                            CountedPtr<Scantable>& off,
     4631                                            CountedPtr<Scantable>& sky,
     4632                                            CountedPtr<Scantable>& hot,
     4633                                            CountedPtr<Scantable>& cold,
     4634                                            int index,
     4635                                            string antname )
     4636{
     4637  string reftime = on->getTime( index ) ;
     4638  vector<int> ii( 1, on->getIF( index ) ) ;
     4639  vector<int> ib( 1, on->getBeam( index ) ) ;
     4640  vector<int> ip( 1, on->getPol( index ) ) ;
     4641  vector<int> ic( 1, on->getScan( index ) ) ;
     4642  STSelector sel = STSelector() ;
     4643  sel.setIFs( ii ) ;
     4644  sel.setBeams( ib ) ;
     4645  sel.setPolarizations( ip ) ;
     4646  sky->setSelection( sel ) ;
     4647  hot->setSelection( sel ) ;
     4648  //cold->setSelection( sel ) ;
     4649  off->setSelection( sel ) ;
     4650  vector<float> spsky = getSpectrumFromTime( reftime, sky, "linear" ) ;
     4651  vector<float> sphot = getSpectrumFromTime( reftime, hot, "linear" ) ;
     4652  //vector<float> spcold = getSpectrumFromTime( reftime, cold, "linear" ) ;
     4653  vector<float> spoff = getSpectrumFromTime( reftime, off, "linear" ) ;
     4654  vector<float> spec = on->getSpectrum( index ) ;
     4655  vector<float> tcal = getTcalFromTime( reftime, sky, "linear" ) ;
     4656  vector<float> sp( tcal.size() ) ;
     4657  if ( antname.find( "APEX" ) != string::npos ) {
     4658    // using gain array
     4659    for ( unsigned int j = 0 ; j < tcal.size() ; j++ ) {
     4660      float v = ( ( spec[j] - spoff[j] ) / spoff[j] )
     4661        * ( spsky[j] / ( sphot[j] - spsky[j] ) ) * tcal[j] ;
     4662      sp[j] = v ;
     4663    }
     4664  }
     4665  else {
     4666    // Chopper-Wheel calibration (Ulich & Haas 1976)
     4667    for ( unsigned int j = 0 ; j < tcal.size() ; j++ ) {
     4668      float v = ( spec[j] - spoff[j] ) / ( sphot[j] - spsky[j] ) * tcal[j] ;
     4669      sp[j] = v ;
     4670    }
     4671  }
     4672  sel.reset() ;
     4673  sky->unsetSelection() ;
     4674  hot->unsetSelection() ;
     4675  //cold->unsetSelection() ;
     4676  off->unsetSelection() ;
     4677
     4678  return sp ;
     4679}
     4680
     4681vector<float> STMath::getCalibratedSpectra( CountedPtr<Scantable>& on,
     4682                                            CountedPtr<Scantable>& off,
     4683                                            int index )
     4684{
     4685  string reftime = on->getTime( index ) ;
     4686  vector<int> ii( 1, on->getIF( index ) ) ;
     4687  vector<int> ib( 1, on->getBeam( index ) ) ;
     4688  vector<int> ip( 1, on->getPol( index ) ) ;
     4689  vector<int> ic( 1, on->getScan( index ) ) ;
     4690  STSelector sel = STSelector() ;
     4691  sel.setIFs( ii ) ;
     4692  sel.setBeams( ib ) ;
     4693  sel.setPolarizations( ip ) ;
     4694  off->setSelection( sel ) ;
     4695  vector<float> spoff = getSpectrumFromTime( reftime, off, "linear" ) ;
     4696  vector<float> spec = on->getSpectrum( index ) ;
     4697  //vector<float> tcal = getTcalFromTime( reftime, sky, "linear" ) ;
     4698  //vector<float> tsys = on->getTsysVec( index ) ;
     4699  ArrayColumn<Float> tsysCol( on->table(), "TSYS" ) ;
     4700  Vector<Float> tsys = tsysCol( index ) ;
     4701  vector<float> sp( spec.size() ) ;
     4702  // ALMA Calibration
     4703  //
     4704  // Ta* = Tsys * ( ON - OFF ) / OFF
     4705  //
     4706  // 2010/01/07 Takeshi Nakazato
     4707  unsigned int tsyssize = tsys.nelements() ;
     4708  unsigned int spsize = sp.size() ;
     4709  for ( unsigned int j = 0 ; j < sp.size() ; j++ ) {
     4710    float tscale = 0.0 ;
     4711    if ( tsyssize == spsize )
     4712      tscale = tsys[j] ;
     4713    else
     4714      tscale = tsys[0] ;
     4715    float v = tscale * ( spec[j] - spoff[j] ) / spoff[j] ;
     4716    sp[j] = v ;
     4717  }
     4718  sel.reset() ;
     4719  off->unsetSelection() ;
     4720
     4721  return sp ;
     4722}
     4723
     4724vector<float> STMath::getFSCalibratedSpectra( CountedPtr<Scantable>& sig,
     4725                                              CountedPtr<Scantable>& ref,
     4726                                              CountedPtr<Scantable>& sky,
     4727                                              CountedPtr<Scantable>& hot,
     4728                                              CountedPtr<Scantable>& cold,
     4729                                              int index )
     4730{
     4731  string reftime = sig->getTime( index ) ;
     4732  vector<int> ii( 1, sig->getIF( index ) ) ;
     4733  vector<int> ib( 1, sig->getBeam( index ) ) ;
     4734  vector<int> ip( 1, sig->getPol( index ) ) ;
     4735  vector<int> ic( 1, sig->getScan( index ) ) ;
     4736  STSelector sel = STSelector() ;
     4737  sel.setIFs( ii ) ;
     4738  sel.setBeams( ib ) ;
     4739  sel.setPolarizations( ip ) ;
     4740  sky->setSelection( sel ) ;
     4741  hot->setSelection( sel ) ;
     4742  //cold->setSelection( sel ) ;
     4743  vector<float> spsky = getSpectrumFromTime( reftime, sky, "linear" ) ;
     4744  vector<float> sphot = getSpectrumFromTime( reftime, hot, "linear" ) ;
     4745  //vector<float> spcold = getSpectrumFromTime( reftime, cold, "linear" ) ;
     4746  vector<float> spref = ref->getSpectrum( index ) ;
     4747  vector<float> spsig = sig->getSpectrum( index ) ;
     4748  vector<float> tcal = getTcalFromTime( reftime, sky, "linear" ) ;
     4749  vector<float> sp( tcal.size() ) ;
     4750  for ( unsigned int j = 0 ; j < tcal.size() ; j++ ) {
     4751    float v = tcal[j] * spsky[j] / ( sphot[j] - spsky[j] ) * ( spsig[j] - spref[j] ) / spref[j] ;
     4752    sp[j] = v ;
     4753  }
     4754  sel.reset() ;
     4755  sky->unsetSelection() ;
     4756  hot->unsetSelection() ;
     4757  //cold->unsetSelection() ;
     4758
     4759  return sp ;
     4760}
     4761
     4762vector<float> STMath::getFSCalibratedSpectra( CountedPtr<Scantable>& sig,
     4763                                              CountedPtr<Scantable>& ref,
     4764                                              vector< CountedPtr<Scantable> >& sky,
     4765                                              vector< CountedPtr<Scantable> >& hot,
     4766                                              vector< CountedPtr<Scantable> >& cold,
     4767                                              int index )
     4768{
     4769  string reftime = sig->getTime( index ) ;
     4770  vector<int> ii( 1, sig->getIF( index ) ) ;
     4771  vector<int> ib( 1, sig->getBeam( index ) ) ;
     4772  vector<int> ip( 1, sig->getPol( index ) ) ;
     4773  vector<int> ic( 1, sig->getScan( index ) ) ;
     4774  STSelector sel = STSelector() ;
     4775  sel.setIFs( ii ) ;
     4776  sel.setBeams( ib ) ;
     4777  sel.setPolarizations( ip ) ;
     4778  sky[0]->setSelection( sel ) ;
     4779  hot[0]->setSelection( sel ) ;
     4780  //cold[0]->setSelection( sel ) ;
     4781  vector<float> spskys = getSpectrumFromTime( reftime, sky[0], "linear" ) ;
     4782  vector<float> sphots = getSpectrumFromTime( reftime, hot[0], "linear" ) ;
     4783  //vector<float> spcolds = getSpectrumFromTime( reftime, cold[0], "linear" ) ;
     4784  vector<float> tcals = getTcalFromTime( reftime, sky[0], "linear" ) ;
     4785  sel.reset() ;
     4786  ii[0] = ref->getIF( index ) ;
     4787  sel.setIFs( ii ) ;
     4788  sel.setBeams( ib ) ;
     4789  sel.setPolarizations( ip ) ;
     4790  sky[1]->setSelection( sel ) ;
     4791  hot[1]->setSelection( sel ) ;
     4792  //cold[1]->setSelection( sel ) ;
     4793  vector<float> spskyr = getSpectrumFromTime( reftime, sky[1], "linear" ) ;
     4794  vector<float> sphotr = getSpectrumFromTime( reftime, hot[1], "linear" ) ;
     4795  //vector<float> spcoldr = getSpectrumFromTime( reftime, cold[1], "linear" ) ;
     4796  vector<float> tcalr = getTcalFromTime( reftime, sky[1], "linear" ) ; 
     4797  vector<float> spref = ref->getSpectrum( index ) ;
     4798  vector<float> spsig = sig->getSpectrum( index ) ;
     4799  vector<float> sp( tcals.size() ) ;
     4800  for ( unsigned int j = 0 ; j < tcals.size() ; j++ ) {
     4801    float v = tcals[j] * spsig[j] / ( sphots[j] - spskys[j] ) - tcalr[j] * spref[j] / ( sphotr[j] - spskyr[j] ) ;
     4802    sp[j] = v ;
     4803  }
     4804  sel.reset() ;
     4805  sky[0]->unsetSelection() ;
     4806  hot[0]->unsetSelection() ;
     4807  //cold[0]->unsetSelection() ;
     4808  sky[1]->unsetSelection() ;
     4809  hot[1]->unsetSelection() ;
     4810  //cold[1]->unsetSelection() ;
     4811
     4812  return sp ;
     4813}

  • branches/mergetest/src/STMath.h

    r1689 r1779  
    119119                  const std::string& mode, bool tsys=false );
    120120
     121  // array operation
     122  casa::CountedPtr<Scantable>
     123    arrayOperate( const casa::CountedPtr<Scantable>& in,
     124                  const std::vector<float> val,
     125                  const std::string& mode,
     126                  const std::string& opmode="channel", 
     127                  bool tsys=false );
     128
     129  // channel operation
     130  casa::CountedPtr<Scantable>
     131    arrayOperateChannel( const casa::CountedPtr<Scantable>& in,
     132                         const std::vector<float> val,
     133                         const std::string& mode, bool tsys=false );
     134
     135  // row operation
     136  casa::CountedPtr<Scantable>
     137    arrayOperateRow( const casa::CountedPtr<Scantable>& in,
     138                     const std::vector<float> val,
     139                     const std::string& mode, bool tsys=false );
     140
     141  // 2d array operation
     142  casa::CountedPtr<Scantable>
     143    array2dOperate( const casa::CountedPtr<Scantable>& in,
     144                  const std::vector< std::vector<float> > val,
     145                  const std::string& mode, bool tsys=false );
     146
    121147  casa::CountedPtr<Scantable>
    122148    binaryOperate( const casa::CountedPtr<Scantable>& left,
    … …  
    134160  /**
    135161    * Calibrate total power scans (translated from GBTIDL)
    136     * @param calon uncalibrated Scantable with CAL noise signal
     162    * @param calon uncalibrated Scantable with CAL noise signal 
    137163    * @param caloff uncalibrated Scantable with no CAL signal
    138164    * @param tcal optional scalar Tcal, CAL temperature (K)
    139     * @return casa::CountedPtr<Scantable> which holds a calibrated Scantable
     165    * @return casa::CountedPtr<Scantable> which holds a calibrated Scantable 
    140166    * (spectrum - average of the two CAL on and off spectra;
    141167    * tsys - mean Tsys = <caloff>*Tcal/<calon-caloff> + Tcal/2)
    142     */
     168    */             
    143169  casa::CountedPtr<Scantable> dototalpower( const casa::CountedPtr<Scantable>& calon,
    144170                                            const casa::CountedPtr<Scantable>& caloff,
    … …  
    151177    * @param smoothref optional Boxcar smooth width of the reference scans
    152178    * default: no smoothing (=1)
    153     * @param tsysv optional scalar Tsys value at the zenith, required to
    154     * set tau, as well
     179    * @param tsysv optional scalar Tsys value at the zenith, required to 
     180    * set tau, as well 
    155181    * @param tau optional scalar Tau value
    156182    * @return casa::CountedPtr<Scantable> which holds combined scans
    … …  
    163189                                        casa::Float tau=0.0 );
    164190
    165  /**
     191  /**
    166192    * Calibrate GBT Nod scan pairs (translated from GBTIDL)
    167193    * @param s Scantable which contains Nod scans
    … …  
    170196    * @param tsysv optional scalar Tsys value at the zenith, required to
    171197    * set tau, as well
    172     * @param tau optional scalar Tau value
     198    * @param tau optional scalar Tau value 
    173199    * @param tcal optional scalar Tcal, CAL temperature (K)
    174200    * @return casa::CountedPtr<Scantable> which holds calibrated scans
    … …  
    199225                                    casa::Float tcal=0.0 );
    200226
     227  /**
     228   * Calibrate data with Chopper-Wheel like calibration method
     229   * which adopts position switching by antenna motion,
     230   * wobbler (nutator) switching and On-The-Fly observation.
     231   *
     232   * The method is applicable to APEX, and other telescopes other than GBT.
     233   *
     234   * @param a Scantable which contains ON and OFF scans
     235   * @param a string that indicates calibration mode
     236   * @param a string that indicates antenna name
     237   **/
     238  casa::CountedPtr<Scantable> cwcal( const casa::CountedPtr<Scantable>& s,
     239                                       const casa::String calmode,
     240                                       const casa::String antname );
     241
     242  /**
     243   * Calibrate frequency switched scans with Chopper-Wheel like
     244   * calibration method.
     245   *
     246   * The method is applicable to APEX, and other telescopes other than GBT.
     247   *
     248   * @param a Scantable which contains ON and OFF scans
     249   * @param a string that indicates antenna name
     250   **/
     251  casa::CountedPtr<Scantable> cwcalfs( const casa::CountedPtr<Scantable>& s,
     252                                       const casa::String antname );
     253
     254
     255  /**
     256   * Folding frequency-switch data
     257   * @param sig
     258   * @param ref
     259   * @param choffset
     260   **/
     261  casa::CountedPtr<Scantable> dofold( const casa::CountedPtr<Scantable> &sig,
     262                                      const casa::CountedPtr<Scantable> &ref,
     263                                      casa::Double choffset,
     264                                      casa::Double choffset = 0.0 );
     265
     266  /**
     267   * ALMA calibration
     268   **/
     269  casa::CountedPtr<Scantable> almacal( const casa::CountedPtr<Scantable>& s,
     270                                       const casa::String calmode ) ;
     271  casa::CountedPtr<Scantable> almacalfs( const casa::CountedPtr<Scantable>& s ) ;
    201272
    202273  casa::CountedPtr<Scantable>
    … …  
    206277                               const std::vector<bool>& mask,
    207278                               const std::string& which);
     279
     280  std::vector< int > minMaxChan(const casa::CountedPtr<Scantable>& in,
     281                                const std::vector<bool>& mask,
     282                                const std::string& which);
    208283
    209284  casa::CountedPtr<Scantable> bin( const casa::CountedPtr<Scantable>& in,
    … …  
    266341             double end, const std::string& mode="frequency");
    267342
     343  // test for average spectra with different channel/resolution
     344  casa::CountedPtr<Scantable>
     345    new_average( const std::vector<casa::CountedPtr<Scantable> >& in,
     346                 const bool& compel,
     347                 const std::vector<bool>& mask = std::vector<bool>(),
     348                 const std::string& weight = "NONE",
     349                 const std::string& avmode = "SCAN" )
     350    throw (casa::AipsError) ;
     351
    268352private:
    269353  casa::CountedPtr<Scantable>  applyToPol( const casa::CountedPtr<Scantable>& in,
    … …  
    301385    maskedArray( const casa::Vector<casa::Float>& s,
    302386                 const casa::Vector<casa::uChar>& f );
     387  casa::MaskedArray<casa::Double>
     388    maskedArray( const casa::Vector<casa::Double>& s,
     389                 const casa::Vector<casa::uChar>& f );
    303390  casa::Vector<casa::uChar>
    304391    flagsFromMA(const casa::MaskedArray<casa::Float>& ma);
    305392
     393  vector<float> getSpectrumFromTime( string reftime, casa::CountedPtr<Scantable>& s, string mode = "before" ) ;
     394  vector<float> getTcalFromTime( string reftime, casa::CountedPtr<Scantable>& s, string mode="before" ) ;
     395  vector<float> getTsysFromTime( string reftime, casa::CountedPtr<Scantable>& s, string mode="before" ) ;
     396  vector<int> getRowIdFromTime( string reftime, casa::CountedPtr<Scantable>& s ) ;
     397
     398  // Chopper-Wheel type calibration
     399  vector<float> getCalibratedSpectra( casa::CountedPtr<Scantable>& on,
     400                                      casa::CountedPtr<Scantable>& off,
     401                                      casa::CountedPtr<Scantable>& sky,
     402                                      casa::CountedPtr<Scantable>& hot,
     403                                      casa::CountedPtr<Scantable>& cold,
     404                                      int index,
     405                                      string antname ) ;
     406  // Tsys * (ON-OFF)/OFF
     407  vector<float> getCalibratedSpectra( casa::CountedPtr<Scantable>& on,
     408                                      casa::CountedPtr<Scantable>& off,
     409                                      int index ) ;
     410  vector<float> getFSCalibratedSpectra( casa::CountedPtr<Scantable>& sig,
     411                                        casa::CountedPtr<Scantable>& ref,
     412                                        casa::CountedPtr<Scantable>& sky,
     413                                        casa::CountedPtr<Scantable>& hot,
     414                                        casa::CountedPtr<Scantable>& cold,
     415                                        int index ) ;
     416  vector<float> getFSCalibratedSpectra( casa::CountedPtr<Scantable>& sig,
     417                                        casa::CountedPtr<Scantable>& ref,
     418                                        vector< casa::CountedPtr<Scantable> >& sky,
     419                                        vector< casa::CountedPtr<Scantable> >& hot,
     420                                        vector< casa::CountedPtr<Scantable> >& cold,
     421                                        int index ) ;
     422  double getMJD( string strtime ) ;
     423
    306424  bool insitu_;
    307425};

  • branches/mergetest/src/STMathWrapper.h

    r1689 r1779  
    7373  { return ScantableWrapper(STMath::unaryOperate(in.getCP(), val, mode, tsys)); }
    7474
     75  ScantableWrapper arrayOperate( const ScantableWrapper& in,
     76                                 const std::vector<float> val,
     77                                 const std::string& mode,
     78                                 bool tsys=false )
     79  { return ScantableWrapper(STMath::arrayOperateChannel(in.getCP(), val, mode, tsys)); }
     80
     81  ScantableWrapper array2dOperate( const ScantableWrapper& in,
     82                                   const std::vector< std::vector<float> > val,
     83                                   const std::string& mode, bool tsys=false )
     84  { return ScantableWrapper(STMath::array2dOperate(in.getCP(), val, mode, tsys)); }
     85
    7586  ScantableWrapper binaryOperate( const ScantableWrapper& left,
    7687                                  const ScantableWrapper& right,
    … …  
    121132  { return STMath::statistic(in.getCP(), mask, which); }
    122133
     134  std::vector<int> minMaxChan(const ScantableWrapper& in,
     135                               const std::vector<bool>& mask,
     136                               const std::string& which)
     137  { return STMath::minMaxChan(in.getCP(), mask, which); }
     138
    123139  ScantableWrapper bin( const ScantableWrapper& in, int width=5)
    124140  { return ScantableWrapper(STMath::bin(in.getCP(), width)); }
    … …  
    175191                                   const std::string& refTime,
    176192                                   const std::string& method  )
    177   { return ScantableWrapper(STMath::frequencyAlign(in.getCP(), refTime, method)); }
     193  { return ScantableWrapper(STMath::frequencyAlign(in.getCP())); }
    178194
    179195  ScantableWrapper convertPolarisation( const ScantableWrapper& in,
    … …  
    191207                                            mode)); }
    192208
     209  // test for average spectra with different channel/resolution
     210  ScantableWrapper
     211    new_average( const std::vector<ScantableWrapper>& in,
     212                 const bool& compel,
     213                 const std::vector<bool>& mask,
     214                 const std::string& weight,
     215                 const std::string& avmode )
     216  {
     217    std::vector<casa::CountedPtr<Scantable> > sts;
     218    for (unsigned int i=0; i<in.size(); ++i) sts.push_back(in[i].getCP());
     219    return ScantableWrapper(STMath::new_average(sts, compel, mask, weight, avmode));
     220  }
     221
     222  // cwcal
     223  ScantableWrapper cwcal( const ScantableWrapper &in,
     224                          const std::string calmode,
     225                          const std::string antname )
     226  {
     227    casa::CountedPtr<Scantable> tab = in.getCP() ;
     228    casa::String mode( calmode ) ;
     229    casa::String name( antname ) ;
     230    return ScantableWrapper( STMath::cwcal( tab, mode, name ) ) ;
     231  }
     232  // almacal
     233  ScantableWrapper almacal( const ScantableWrapper &in,
     234                          const std::string calmode )
     235  {
     236    casa::CountedPtr<Scantable> tab = in.getCP() ;
     237    casa::String mode( calmode ) ;
     238    return ScantableWrapper( STMath::almacal( tab, mode ) ) ;
     239  }
    193240};
    194241

  • branches/mergetest/src/STMolecules.cpp

    r870 r1779  
    1414#include <tables/Tables/SetupNewTab.h>
    1515#include <tables/Tables/ScaColDesc.h>
     16#include <tables/Tables/ArrColDesc.h>
    1617#include <tables/Tables/TableRecord.h>
    1718#include <tables/Tables/TableParse.h>
    1819#include <tables/Tables/TableRow.h>
    1920#include <casa/Containers/RecordField.h>
     21
     22#include <tables/Tables/TableProxy.h>
    2023
    2124#include "STMolecules.h"
    … …  
    5962{
    6063  // add to base class table
    61   table_.addColumn(ScalarColumnDesc<Double>("RESTFREQUENCY"));
    62   table_.addColumn(ScalarColumnDesc<String>("NAME"));
    63   table_.addColumn(ScalarColumnDesc<String>("FORMATTEDNAME"));
     64  //table_.addColumn(ScalarColumnDesc<Double>("RESTFREQUENCY"));
     65  table_.addColumn(ArrayColumnDesc<Double>("RESTFREQUENCY"));
     66  //table_.addColumn(ScalarColumnDesc<String>("NAME"));
     67  table_.addColumn(ArrayColumnDesc<String>("NAME"));
     68  //table_.addColumn(ScalarColumnDesc<String>("FORMATTEDNAME"));
     69  table_.addColumn(ArrayColumnDesc<String>("FORMATTEDNAME"));
    6470  table_.rwKeywordSet().define("UNIT", String("Hz"));
    6571  // new cached columns
    … …  
    6975}
    7076
     77/***
    7178uInt STMolecules::addEntry( Double restfreq, const String& name,
    7279                            const String& formattedname )
    … …  
    94101  return resultid;
    95102}
    96 
     103***/
     104uInt STMolecules::addEntry( Vector<Double> restfreq, const Vector<String>& name,
     105                            const Vector<String>& formattedname )
     106{
     107// How to handle this...?
     108  Table result =
     109    table_( nelements(table_.col("RESTFREQUENCY")) == uInt (restfreq.size()) &&
     110            all(table_.col("RESTFREQUENCY")== restfreq) );
     111  uInt resultid = 0;
     112  if ( result.nrow() > 0) {
     113    ROScalarColumn<uInt> c(result, "ID");
     114    c.get(0, resultid);
     115  } else {
     116    uInt rno = table_.nrow();
     117    table_.addRow();
     118    // get last assigned _id and increment
     119    if ( rno > 0 ) {
     120      idCol_.get(rno-1, resultid);
     121      resultid++;
     122    }
     123    restfreqCol_.put(rno, restfreq);
     124    nameCol_.put(rno, name);
     125    formattednameCol_.put(rno, formattedname);
     126    idCol_.put(rno, resultid);
     127  }
     128  return resultid;
     129}
     130
     131
     132
     133
     134/***
    97135void STMolecules::getEntry( Double& restfreq, String& name,
    98136                            String& formattedname, uInt id ) const
    … …  
    104142  ROTableRow row(t);
    105143  // get first row - there should only be one matching id
     144
    106145  const TableRecord& rec = row.get(0);
    107146  restfreq = rec.asDouble("RESTFREQUENCY");
    … …  
    109148  formattedname = rec.asString("FORMATTEDNAME");
    110149}
     150***/
     151void STMolecules::getEntry( Vector<Double>& restfreq, Vector<String>& name,
     152                            Vector<String>& formattedname, uInt id ) const
     153{
     154  Table t = table_(table_.col("ID") == Int(id) );
     155  if (t.nrow() == 0 ) {
     156    throw(AipsError("STMolecules::getEntry - id out of range"));
     157  }
     158  ROTableRow row(t);
     159  // get first row - there should only be one matching id
     160
     161  const TableRecord& rec = row.get(0);
     162  //restfreq = rec.asDouble("RESTFREQUENCY");
     163  restfreq = rec.asArrayDouble("RESTFREQUENCY");
     164  //name = rec.asString("NAME");
     165  name = rec.asArrayString("NAME");
     166  //formattedname = rec.asString("FORMATTEDNAME");
     167  formattedname = rec.asArrayString("FORMATTEDNAME");
     168}
    111169
    112170std::vector< double > asap::STMolecules::getRestFrequencies( ) const
    113171{
    114172  std::vector<double> out;
     173  //TableProxy itsTable(table_);
     174  //Record rec;
    115175  Vector<Double> rfs = restfreqCol_.getColumn();
    116176  rfs.tovector(out);
     177  //rec = itsTable.getVarColumn("RESTFREQUENCY", 0, 1, 1);
    117178  return out;
    118179}
    119180
    120 double asap::STMolecules::getRestFrequency( uInt id ) const
    121 {
     181std::vector< double > asap::STMolecules::getRestFrequency( uInt id ) const
     182{
     183  std::vector<double> out;
    122184  Table t = table_(table_.col("ID") == Int(id) );
    123185  if (t.nrow() == 0 ) {
    … …  
    126188  ROTableRow row(t);
    127189  const TableRecord& rec = row.get(0);
    128   return double(rec.asDouble("RESTFREQUENCY"));
    129 }
    130 
     190  //return double(rec.asDouble("RESTFREQUENCY"));
     191  Vector<Double> rfs = rec.asArrayDouble("RESTFREQUENCY");
     192  rfs.tovector(out);
     193  return out;
     194}
     195
     196int asap::STMolecules::nrow() const
     197{
     198  return int(table_.nrow());
     199}
    131200
    132201}//namespace

  • branches/mergetest/src/STMolecules.h

    r1353 r1779  
    1717#include <tables/Tables/Table.h>
    1818#include <tables/Tables/ScalarColumn.h>
     19#include <tables/Tables/ArrayColumn.h>
     20#include <casa/Arrays/Array.h>
    1921
    2022#include "STSubTable.h"
    … …  
    3739  STMolecules& operator=(const STMolecules& other);
    3840
     41/***
    3942  casa::uInt addEntry( casa::Double restfreq, const casa::String& name="",
    4043                       const casa::String& formattedname="");
     44***/
    4145
     46  casa::uInt addEntry( casa::Vector<casa::Double> restfreq, const casa::Vector<casa::String>& name=casa::Vector<casa::String>(0),
     47                       const casa::Vector<casa::String>& formattedname=casa::Vector<casa::String>(0));
     48
     49/***
    4250  void getEntry( casa::Double& restfreq, casa::String& name,
    4351                 casa::String& formattedname, casa::uInt id) const;
     52***/
     53  void getEntry( casa::Vector<casa::Double>& restfreq, casa::Vector<casa::String>& name,
     54                 casa::Vector<casa::String>& formattedname, casa::uInt id) const;
    4455
    4556  std::vector<double> getRestFrequencies() const;
    46   double getRestFrequency( casa::uInt id ) const;
     57  std::vector<double> getRestFrequency( casa::uInt id ) const;
    4758  const casa::String& name() const { return name_; }
     59  int nrow() const;
    4860
    4961private:
    … …  
    5264  //casa::Table table_;
    5365  //casa::ScalarColumn<casa::uInt> freqidCol_;
    54   casa::ScalarColumn<casa::Double> restfreqCol_;
    55   casa::ScalarColumn<casa::String> nameCol_;
    56   casa::ScalarColumn<casa::String> formattednameCol_; // e.g. latex
     66  //casa::ScalarColumn<casa::Double> restfreqCol_;
     67  casa::ArrayColumn<casa::Double> restfreqCol_;
     68  //casa::ScalarColumn<casa::String> nameCol_;
     69  casa::ArrayColumn<casa::String> nameCol_;
     70  //casa::ScalarColumn<casa::String> formattednameCol_; // e.g. latex
     71  casa::ArrayColumn<casa::String> formattednameCol_; // e.g. latex
    5772
    5873};

  • branches/mergetest/src/STSelector.cpp

    r1542 r1779  
    8787}
    8888
     89void STSelector::setTypes( const std::vector< int >& types )
     90{
     91  setint("SRCTYPE", types);
     92}
     93
    8994void STSelector::setint(const std::string& key, const std::vector< int >& val)
    9095{
    … …  
    116121}
    117122
     123void STSelector::setRows( const std::vector< int >& rows )
     124{
     125  rowselection_ = rows;
     126}
     127
     128// Table STSelector::apply( const Table& tab )
     129// {
     130//   if ( empty() ) {
     131//     return sort(tab);
     132//   }
     133//   TableExprNode query;
     134//   intidmap::const_iterator it;
     135//   for (it = intselections_.begin(); it != intselections_.end(); ++it) {
     136//     TableExprNode theset(Vector<Int>( (*it).second ));
     137//     if ( query.isNull() ) {
     138//       query = tab.col((*it).first).in(theset);
     139//     } else {
     140//       query = tab.col((*it).first).in(theset) && query;
     141//     }
     142//   }
     143//   stringidmap::const_iterator it1;
     144//   for (it1 = stringselections_.begin(); it1 != stringselections_.end(); ++it1) {
     145//     TableExprNode theset(mathutil::toVectorString( (*it1).second ));
     146//     if ( query.isNull() ) {
     147//       query = tab.col((*it1).first).in(theset);
     148//     } else {
     149//       query = tab.col((*it1).first).in(theset) && query;
     150//     }
     151//   }
     152//   // add taql query
     153//   if ( taql_.size() > 0 ) {
     154//     Table tmpt = tab;
     155//     std::string pytaql = "USING STYLE PYTHON " + taql_;
     156
     157//     if ( !query.isNull() ) { // taql and selection
     158//       tmpt = tableCommand(pytaql, tab(query));
     159//     } else { // taql only
     160//       tmpt = tableCommand(pytaql, tab);
     161//     }
     162//     return sort(tmpt);
     163//   } else {
     164//     if ( query.isNull() ) {
     165//       return sort(tab);
     166//     } else {
     167//       return sort(tab(query));
     168//     }
     169//   }
     170// }
    118171Table STSelector::apply( const Table& tab )
    119172{
    120173  if ( empty() ) {
    121174    return sort(tab);
     175  }
     176  Table basetab = tab;
     177  // Important!! Be sure to apply row selection first.
     178  if (rowselection_.size() > 0){
     179    //Vector<Int> intrownrs(rowselection_);
     180    Vector<uInt> rownrs( rowselection_.size() );
     181    convertArray(rownrs, Vector<Int> ( rowselection_ ));
     182    basetab = tab( rownrs );
     183    ///TableExprNode theset(Vector<Int>( rowselection_ ));
     184    ///query = tab.nodeRownr().in(theset);
    122185  }
    123186  TableExprNode query;
    … …  
    126189    TableExprNode theset(Vector<Int>( (*it).second ));
    127190    if ( query.isNull() ) {
    128       query = tab.col((*it).first).in(theset);
     191      //query = tab.col((*it).first).in(theset);
     192      query = basetab.col((*it).first).in(theset);
    129193    } else {
    130       query = tab.col((*it).first).in(theset) && query;
     194      //query = tab.col((*it).first).in(theset) && query;
     195      query = basetab.col((*it).first).in(theset) && query;
    131196    }
    132197  }
    … …  
    135200    TableExprNode theset(mathutil::toVectorString( (*it1).second ));
    136201    if ( query.isNull() ) {
    137       query = tab.col((*it1).first).in(theset);
     202      //query = tab.col((*it1).first).in(theset);
     203      query = basetab.col((*it1).first).in(theset);
    138204    } else {
    139       query = tab.col((*it1).first).in(theset) && query;
     205      //query = tab.col((*it1).first).in(theset) && query;
     206      query = basetab.col((*it1).first).in(theset) && query;
    140207    }
    141208  }
    142209  // add taql query
    143210  if ( taql_.size() > 0 ) {
    144     Table tmpt = tab;
     211    //Table tmpt = tab;
     212    Table tmpt = basetab;
    145213    std::string pytaql = "USING STYLE PYTHON " + taql_;
    146214
    147215    if ( !query.isNull() ) { // taql and selection
    148       tmpt = tableCommand(pytaql, tab(query));
     216      //tmpt = tableCommand(pytaql, tab(query));
     217      tmpt = tableCommand(pytaql, basetab(query));
    149218    } else { // taql only
    150       tmpt = tableCommand(pytaql, tab);
     219      //tmpt = tableCommand(pytaql, tab);
     220      tmpt = tableCommand(pytaql, basetab);
    151221    }
    152222    return sort(tmpt);
    153223  } else {
    154224    if ( query.isNull() ) {
    155       return sort(tab);
     225      //return sort(tab);
     226      return sort(basetab);
    156227    } else {
    157       return sort(tab(query));
     228      //return sort(tab(query));
     229      return sort(basetab(query));
    158230    }
    159231  }
    … …  
    191263{
    192264  return getint("CYCLENO");
     265}
     266
     267std::vector< int > asap::STSelector::getTypes( ) const
     268{
     269  return getint("SRCTYPE") ;
    193270}
    194271
    … …  
    227304bool asap::STSelector::empty( ) const
    228305{
    229   return (intselections_.empty() && taql_.size() == 0 );
     306  //return (intselections_.empty() && taql_.size() == 0 );
     307  return (intselections_.empty() && taql_.size() == 0 && rowselection_.size() == 0);
    230308}
    231309

  • branches/mergetest/src/STSelector.h

    r939 r1779  
    4545  void setCycles(const std::vector<int>& cycs);
    4646  void setName(const std::string&);
     47  void setTypes(const std::vector<int>& types);
    4748  virtual void setTaQL(const std::string& taql);
    4849
    4950  void setSortOrder(const std::vector<std::string>& order);
     51  void setRows(const std::vector<int>& rows);
    5052
    5153  std::vector<int> getScans() const;
    … …  
    5456  std::vector<int> getPols() const;
    5557  std::vector<int> getCycles() const;
     58  std::vector<int> getTypes() const;
    5659  std::vector<std::string> getPolTypes() const;
    5760  std::string getTaQL() const { return taql_; }
    … …  
    8689  casa::Block<casa::String> order_;
    8790  std::string taql_;
     91  std::vector<int> rowselection_;
    8892};
    8993

  • branches/mergetest/src/STWriter.cpp

    r1688 r1779  
    4242#include <atnf/PKSIO/PKSMS2writer.h>
    4343#include <atnf/PKSIO/PKSSDwriter.h>
     44#include <atnf/PKSIO/SrcType.h>
    4445
    4546#include <tables/Tables/Table.h>
    … …  
    154155    havexpol(ifs[i]) = nPol(ifs[i]) > 2;
    155156  }
    156   Vector<String> obstypes(2);
    157   obstypes(0) = "TR";//on
    158   obstypes(1) = "RF TR";//off
     157//   Vector<String> obstypes(2);
     158//   obstypes(0) = "TR";//on
     159//   obstypes(1) = "RF TR";//off
    159160  const Table table = inst->table();
    160161
    … …  
    182183    while (!beamit.pastEnd() ) {
    183184      Table btable = beamit.table();
     185      //MDirection::ScalarColumn dirCol(btable, "DIRECTION");
     186      //pksrec.direction = dirCol(0).getAngle("rad").getValue();
    184187      TableIterator cycit(btable, "CYCLENO");
    185188      ROArrayColumn<Double> srateCol(btable, "SCANRATE");
    … …  
    188191      Vector<Float> srateflt(sratedbl.nelements());
    189192      convertArray(srateflt, sratedbl);
    190       pksrec.scanRate = srateflt;
     193      //pksrec.scanRate = srateflt;
     194      pksrec.scanRate = sratedbl;
    191195      ROArrayColumn<Double> spmCol(btable, "SRCPROPERMOTION");
    192196      spmCol.get(0, pksrec.srcPM);
    … …  
    200204      while (!cycit.pastEnd() ) {
    201205        Table ctable = cycit.table();
    202         TableIterator ifit(ctable, "IFNO");
     206        TableIterator ifit(ctable, "IFNO", TableIterator::Ascending, TableIterator::HeapSort);
    203207        MDirection::ScalarColumn dirCol(ctable, "DIRECTION");
    204208        pksrec.direction = dirCol(0).getAngle("rad").getValue();
    … …  
    213217          uInt nchan = specCol(0).nelements();
    214218          Double crval,crpix;
     219          //Vector<Double> restfreq;
    215220          Float tmp0,tmp1,tmp2,tmp3,tmp4;
    216           String stmp0,stmp1;
     221          String tcalt;
     222          Vector<String> stmp0, stmp1;
    217223          inst->frequencies().getEntry(crpix,crval, pksrec.freqInc,
    218224                                     rec.asuInt("FREQ_ID"));
    … …  
    239245          pksrec.fieldName = rec.asString("FIELDNAME");
    240246          pksrec.srcName   = rec.asString("SRCNAME");
    241           pksrec.obsType   = obstypes[rec.asInt("SRCTYPE")];
     247          //pksrec.obsType   = obstypes[rec.asInt("SRCTYPE")];
     248          pksrec.obsType = getObsTypes( rec.asInt("SRCTYPE") ) ;
    242249          pksrec.bandwidth = nchan * abs(pksrec.freqInc);
    243250          pksrec.azimuth   = rec.asFloat("AZIMUTH");
    … …  
    253260          pksrec.baseSub   = 0.0f;
    254261          pksrec.xCalFctr  = 0.0;
     262          pksrec.flagrow = rec.asuInt("FLAGROW");
    255263
    256264          status = writer_->write(pksrec);
    … …  
    348356}
    349357
    350 }
     358// get obsType string from SRCTYPE value
     359String STWriter::getObsTypes( Int srctype )
     360{
     361  String obsType ;
     362  switch( srctype ) {
     363  case Int(SrcType::PSON):
     364    obsType = "PSON" ;
     365    break ;
     366  case Int(SrcType::PSOFF):
     367    obsType = "PSOFF" ;
     368    break ;
     369  case Int(SrcType::NOD):
     370    obsType = "NOD" ;
     371    break ;
     372  case Int(SrcType::FSON):
     373    obsType = "FSON" ;
     374    break ;
     375  case Int(SrcType::FSOFF):
     376    obsType = "FSOFF" ;
     377    break ;
     378  case Int(SrcType::SKY):
     379    obsType = "SKY" ;
     380    break ;
     381  case Int(SrcType::HOT):
     382    obsType = "HOT" ;
     383    break ;
     384  case Int(SrcType::WARM):
     385    obsType = "WARM" ;
     386    break ;
     387  case Int(SrcType::COLD):
     388    obsType = "COLD" ;
     389    break ;
     390  case Int(SrcType::PONCAL):
     391    obsType = "PSON:CALON" ;
     392    break ;
     393  case Int(SrcType::POFFCAL):
     394    obsType = "PSOFF:CALON" ;
     395    break ;
     396  case Int(SrcType::NODCAL):
     397    obsType = "NOD:CALON" ;
     398    break ;
     399  case Int(SrcType::FONCAL):
     400    obsType = "FSON:CALON" ;
     401    break ;
     402  case Int(SrcType::FOFFCAL):
     403    obsType = "FSOFF:CALOFF" ;
     404    break ;
     405  case Int(SrcType::FSLO):
     406    obsType = "FSLO" ;
     407    break ;
     408  case Int(SrcType::FLOOFF):
     409    obsType = "FS:LOWER:OFF" ;
     410    break ;
     411  case Int(SrcType::FLOSKY):
     412    obsType = "FS:LOWER:SKY" ;
     413    break ;
     414  case Int(SrcType::FLOHOT):
     415    obsType = "FS:LOWER:HOT" ;
     416    break ;
     417  case Int(SrcType::FLOWARM):
     418    obsType = "FS:LOWER:WARM" ;
     419    break ;
     420  case Int(SrcType::FLOCOLD):
     421    obsType = "FS:LOWER:COLD" ;
     422    break ;
     423  case Int(SrcType::FSHI):
     424    obsType = "FSHI" ;
     425    break ;
     426  case Int(SrcType::FHIOFF):
     427    obsType = "FS:HIGHER:OFF" ;
     428    break ;
     429  case Int(SrcType::FHISKY):
     430    obsType = "FS:HIGHER:SKY" ;
     431    break ;
     432  case Int(SrcType::FHIHOT):
     433    obsType = "FS:HIGHER:HOT" ;
     434    break ;
     435  case Int(SrcType::FHIWARM):
     436    obsType = "FS:HIGHER:WARM" ;
     437    break ;
     438  case Int(SrcType::FHICOLD):
     439    obsType = "FS:HIGHER:COLD" ;
     440    break ;
     441  default:
     442    obsType = "NOTYPE" ;
     443  }
     444
     445  return obsType ;
     446}
     447
     448}

  • branches/mergetest/src/STWriter.h

    r1391 r1779  
    3636#include <casa/aips.h>
    3737#include <casa/Utilities/CountedPtr.h>
     38#include <casa/BasicSL/String.h>
    3839
    3940#include "Logger.h"
    … …  
    8485  void replacePtTab(const casa::Table& tab, const std::string& fname);
    8586
     87  casa::String getObsTypes( casa::Int srctype ) ;
     88
    8689  std::string     format_;
    8790  PKSwriter* writer_;

  • branches/mergetest/src/Scantable.cpp

    r1743 r1779  
    1111//
    1212#include <map>
     13#include <fstream>
    1314
    1415#include <casa/aips.h>
    … …  
    2425#include <casa/Arrays/Vector.h>
    2526#include <casa/Arrays/VectorSTLIterator.h>
     27#include <casa/Arrays/Slice.h>
    2628#include <casa/BasicMath/Math.h>
    2729#include <casa/BasicSL/Constants.h>
    … …  
    2931#include <casa/Containers/RecordField.h>
    3032#include <casa/Utilities/GenSort.h>
     33#include <casa/Logging/LogIO.h>
    3134
    3235#include <tables/Tables/TableParse.h>
    … …  
    106109{
    107110  initFactories();
     111
    108112  Table tab(name, Table::Update);
    109113  uInt version = tab.keywordSet().asuInt("VERSION");
    … …  
    121125  attach();
    122126}
     127/*
     128Scantable::Scantable(const std::string& name, Table::TableType ttype) :
     129  type_(ttype)
     130{
     131  initFactories();
     132  Table tab(name, Table::Update);
     133  uInt version = tab.keywordSet().asuInt("VERSION");
     134  if (version != version_) {
     135    throw(AipsError("Unsupported version of ASAP file."));
     136  }
     137  if ( type_ == Table::Memory ) {
     138    table_ = tab.copyToMemoryTable(generateName());
     139  } else {
     140    table_ = tab;
     141  }
     142
     143  attachSubtables();
     144  originalTable_ = table_;
     145  attach();
     146}
     147*/
    123148
    124149Scantable::Scantable( const Scantable& other, bool clear )
    … …  
    201226  td.addColumn(ScalarColumnDesc<Int>("REFBEAMNO"));
    202227
     228  td.addColumn(ScalarColumnDesc<uInt>("FLAGROW"));
     229
    203230  td.addColumn(ScalarColumnDesc<Double>("TIME"));
    204231  TableMeasRefDesc measRef(MEpoch::UTC); // UTC as default
    … …  
    257284  originalTable_ = table_;
    258285}
    259 
    260286
    261287void Scantable::attach()
    … …  
    285311  mfocusidCol_.attach(table_, "FOCUS_ID");
    286312  mmolidCol_.attach(table_, "MOLECULE_ID");
     313
     314  //Add auxiliary column for row-based flagging (CAS-1433 Wataru Kawasaki)
     315  attachAuxColumnDef(flagrowCol_, "FLAGROW", 0);
     316
     317}
     318
     319template<class T, class T2>
     320void Scantable::attachAuxColumnDef(ScalarColumn<T>& col,
     321                                   const String& colName,
     322                                   const T2& defValue)
     323{
     324  try {
     325    col.attach(table_, colName);
     326  } catch (TableError& err) {
     327    String errMesg = err.getMesg();
     328    if (errMesg == "Table column " + colName + " is unknown") {
     329      table_.addColumn(ScalarColumnDesc<T>(colName));
     330      col.attach(table_, colName);
     331      col.fillColumn(static_cast<T>(defValue));
     332    } else {
     333      throw;
     334    }
     335  } catch (...) {
     336    throw;
     337  }
     338}
     339
     340template<class T, class T2>
     341void Scantable::attachAuxColumnDef(ArrayColumn<T>& col,
     342                                   const String& colName,
     343                                   const Array<T2>& defValue)
     344{
     345  try {
     346    col.attach(table_, colName);
     347  } catch (TableError& err) {
     348    String errMesg = err.getMesg();
     349    if (errMesg == "Table column " + colName + " is unknown") {
     350      table_.addColumn(ArrayColumnDesc<T>(colName));
     351      col.attach(table_, colName);
     352
     353      int size = 0;
     354      ArrayIterator<T2>& it = defValue.begin();
     355      while (it != defValue.end()) {
     356        ++size;
     357        ++it;
     358      }
     359      IPosition ip(1, size);
     360      Array<T>& arr(ip);
     361      for (int i = 0; i < size; ++i)
     362        arr[i] = static_cast<T>(defValue[i]);
     363     
     364      col.fillColumn(arr);
     365    } else {
     366      throw;
     367    }
     368  } catch (...) {
     369    throw;
     370  }
    287371}
    288372
    … …  
    627711}
    628712
     713void Scantable::clip(const Float uthres, const Float dthres, bool clipoutside, bool unflag)
     714{
     715  for (uInt i=0; i<table_.nrow(); ++i) {
     716    Vector<uChar> flgs = flagsCol_(i);
     717    srchChannelsToClip(i, uthres, dthres, clipoutside, unflag, flgs);
     718    flagsCol_.put(i, flgs);
     719  }
     720}
     721
     722std::vector<bool> Scantable::getClipMask(int whichrow, const Float uthres, const Float dthres, bool clipoutside, bool unflag)
     723{
     724  Vector<uChar> flags;
     725  flagsCol_.get(uInt(whichrow), flags);
     726  srchChannelsToClip(uInt(whichrow), uthres, dthres, clipoutside, unflag, flags);
     727  Vector<Bool> bflag(flags.shape());
     728  convertArray(bflag, flags);
     729  //bflag = !bflag;
     730
     731  std::vector<bool> mask;
     732  bflag.tovector(mask);
     733  return mask;
     734}
     735
     736void Scantable::srchChannelsToClip(uInt whichrow, const Float uthres, const Float dthres, bool clipoutside, bool unflag,
     737                                   Vector<uChar> flgs)
     738{
     739    Vector<Float> spcs = specCol_(whichrow);
     740    uInt nchannel = nchan();
     741    if (spcs.nelements() != nchannel) {
     742      throw(AipsError("Data has incorrect number of channels"));
     743    }
     744    uChar userflag = 1 << 7;
     745    if (unflag) {
     746      userflag = 0 << 7;
     747    }
     748    if (clipoutside) {
     749      for (uInt j = 0; j < nchannel; ++j) {
     750        Float spc = spcs(j);
     751        if ((spc >= uthres) || (spc <= dthres)) {
     752          flgs(j) = userflag;
     753        }
     754      }
     755    } else {
     756      for (uInt j = 0; j < nchannel; ++j) {
     757        Float spc = spcs(j);
     758        if ((spc < uthres) && (spc > dthres)) {
     759          flgs(j) = userflag;
     760        }
     761      }
     762    }
     763}
     764
    629765void Scantable::flag(const std::vector<bool>& msk, bool unflag)
    630766{
    … …  
    673809    flagsCol_.put(i, flgs);
    674810  }
     811}
     812
     813void Scantable::flagRow(const std::vector<uInt>& rows, bool unflag)
     814{
     815  if ( selector_.empty() && (rows.size() == table_.nrow()) )
     816    throw(AipsError("Trying to flag whole scantable."));
     817
     818  uInt rowflag = (unflag ? 0 : 1);
     819  std::vector<uInt>::const_iterator it;
     820  for (it = rows.begin(); it != rows.end(); ++it)
     821    flagrowCol_.put(*it, rowflag);
    675822}
    676823
    … …  
    793940  table_.keywordSet().get("FluxUnit", tmp);
    794941  oss << setw(15) << "Flux Unit:" << tmp << endl;
    795   Vector<Double> vec(moleculeTable_.getRestFrequencies());
     942  //Vector<Double> vec(moleculeTable_.getRestFrequencies());
     943  int nid = moleculeTable_.nrow();
     944  Bool firstline = True;
    796945  oss << setw(15) << "Rest Freqs:";
    797   if (vec.nelements() > 0) {
    798       oss << setprecision(10) << vec << " [Hz]" << endl;
    799   } else {
    800       oss << "none" << endl;
     946  for (int i=0; i<nid; i++) {
     947      Table t = table_(table_.col("MOLECULE_ID") == i);
     948      if (t.nrow() >  0) {
     949          Vector<Double> vec(moleculeTable_.getRestFrequency(i));
     950          if (vec.nelements() > 0) {
     951               if (firstline) {
     952                   oss << setprecision(10) << vec << " [Hz]" << endl;
     953                   firstline=False;
     954               }
     955               else{
     956                   oss << setw(15)<<" " << setprecision(10) << vec << " [Hz]" << endl;
     957               }
     958          } else {
     959              oss << "none" << endl;
     960          }
     961      }
    801962  }
    802963
    … …  
    9011062  const MDirection& md = getDirection(whichrow);
    9021063  const MEpoch& me = timeCol_(whichrow);
    903   Double rf = moleculeTable_.getRestFrequency(mmolidCol_(whichrow));
     1064  //Double rf = moleculeTable_.getRestFrequency(mmolidCol_(whichrow));
     1065  Vector<Double> rf = moleculeTable_.getRestFrequency(mmolidCol_(whichrow));
    9041066  return freqTable_.getSpectralCoordinate(md, mp, me, rf,
    9051067                                          mfreqidCol_(whichrow));
    … …  
    9751137  const MDirection& md = getDirection(whichrow);
    9761138  const MEpoch& me = timeCol_(whichrow);
    977   const Double& rf = mmolidCol_(whichrow);
     1139  //const Double& rf = mmolidCol_(whichrow);
     1140  const Vector<Double> rf = moleculeTable_.getRestFrequency(mmolidCol_(whichrow));
    9781141  SpectralCoordinate spc =
    9791142    freqTable_.getSpectralCoordinate(md, mp, me, rf, mfreqidCol_(whichrow));
    … …  
    9921155}
    9931156
    994 void Scantable::setRestFrequencies( double rf, const std::string& name,
     1157/**
     1158void asap::Scantable::setRestFrequencies( double rf, const std::string& name,
    9951159                                          const std::string& unit )
     1160**/
     1161void Scantable::setRestFrequencies( vector<double> rf, const vector<std::string>& name,
     1162                                          const std::string& unit )
     1163
    9961164{
    9971165  ///@todo lookup in line table to fill in name and formattedname
    9981166  Unit u(unit);
    999   Quantum<Double> urf(rf, u);
    1000   uInt id = moleculeTable_.addEntry(urf.getValue("Hz"), name, "");
     1167  //Quantum<Double> urf(rf, u);
     1168  Quantum<Vector<Double> >urf(rf, u);
     1169  Vector<String> formattedname(0);
     1170  //cerr<<"Scantable::setRestFrequnecies="<<urf<<endl;
     1171 
     1172  //uInt id = moleculeTable_.addEntry(urf.getValue("Hz"), name, "");
     1173  uInt id = moleculeTable_.addEntry(urf.getValue("Hz"), mathutil::toVectorString(name), formattedname);
    10011174  TableVector<uInt> tabvec(table_, "MOLECULE_ID");
    10021175  tabvec = id;
    10031176}
    10041177
    1005 void Scantable::setRestFrequencies( const std::string& name )
     1178/**
     1179void asap::Scantable::setRestFrequencies( const std::string& name )
    10061180{
    10071181  throw(AipsError("setRestFrequencies( const std::string& name ) NYI"));
     1182  ///@todo implement
     1183}
     1184**/
     1185void Scantable::setRestFrequencies( const vector<std::string>& name )
     1186{
     1187  throw(AipsError("setRestFrequencies( const vector<std::string>& name ) NYI"));
    10081188  ///@todo implement
    10091189}
    … …  
    10441224void Scantable::addFit( const STFitEntry& fit, int row )
    10451225{
    1046   cout << mfitidCol_(uInt(row)) << endl;
     1226  //cout << mfitidCol_(uInt(row)) << endl;
     1227  LogIO os( LogOrigin( "Scantable", "addFit()", WHERE ) ) ;
     1228  os << mfitidCol_(uInt(row)) << LogIO::POST ;
    10471229  uInt id = fitTable_.addEntry(fit, mfitidCol_(uInt(row)));
    10481230  mfitidCol_.put(uInt(row), id);
    … …  
    10781260      Table subt = t( t.col("SCAN") == scanlist[i]+1 );
    10791261      if (subt.nrow()==0) {
    1080         cerr <<"Scan "<<scanlist[i]<<" cannot be found in the scantable."<<endl;
     1262        //cerr <<"Scan "<<scanlist[i]<<" cannot be found in the scantable."<<endl;
     1263        LogIO os( LogOrigin( "Scantable", "checkScanInfo()", WHERE ) ) ;
     1264        os <<LogIO::WARN<<"Scan "<<scanlist[i]<<" cannot be found in the scantable."<<LogIO::POST;
    10811265        ret = 1;
    10821266        break;
    … …  
    10901274          Table subt2 = t( t.col("SCAN") == scanlist[i+1]+1 );
    10911275          if ( subt2.nrow() == 0) {
    1092             cerr<<"Scan "<<scanlist[i+1]<<" cannot be found in the scantable."<<endl;
     1276            LogIO os( LogOrigin( "Scantable", "checkScanInfo()", WHERE ) ) ;
     1277
     1278            //cerr<<"Scan "<<scanlist[i+1]<<" cannot be found in the scantable."<<endl;
     1279            os<<LogIO::WARN<<"Scan "<<scanlist[i+1]<<" cannot be found in the scantable."<<LogIO::POST;
    10931280            ret = 1;
    10941281            break;
    … …  
    11001287          if (scan1seqn == 1 && scan2seqn == 2) {
    11011288            if (laston1 == laston2) {
    1102               cerr<<"A valid scan pair ["<<scanlist[i]<<","<<scanlist[i+1]<<"]"<<endl;
     1289              LogIO os( LogOrigin( "Scantable", "checkScanInfo()", WHERE ) ) ;
     1290              //cerr<<"A valid scan pair ["<<scanlist[i]<<","<<scanlist[i+1]<<"]"<<endl;
     1291              os<<"A valid scan pair ["<<scanlist[i]<<","<<scanlist[i+1]<<"]"<<LogIO::POST;
    11031292              i +=1;
    11041293            }
    11051294            else {
    1106               cerr<<"Incorrect scan pair ["<<scanlist[i]<<","<<scanlist[i+1]<<"]"<<endl;
     1295              LogIO os( LogOrigin( "Scantable", "checkScanInfo()", WHERE ) ) ;
     1296              //cerr<<"Incorrect scan pair ["<<scanlist[i]<<","<<scanlist[i+1]<<"]"<<endl;
     1297              os<<LogIO::WARN<<"Incorrect scan pair ["<<scanlist[i]<<","<<scanlist[i+1]<<"]"<<LogIO::POST;
    11071298            }
    11081299          }
    11091300          else if (scan1seqn==2 && scan2seqn == 1) {
    11101301            if (laston1 == laston2) {
    1111               cerr<<"["<<scanlist[i]<<","<<scanlist[i+1]<<"] is a valid scan pair but in incorrect order."<<endl;
     1302              LogIO os( LogOrigin( "Scantable", "checkScanInfo()", WHERE ) ) ;
     1303              //cerr<<"["<<scanlist[i]<<","<<scanlist[i+1]<<"] is a valid scan pair but in incorrect order."<<endl;
     1304              os<<LogIO::WARN<<"["<<scanlist[i]<<","<<scanlist[i+1]<<"] is a valid scan pair but in incorrect order."<<LogIO::POST;
    11121305              ret = 1;
    11131306              break;
    … …  
    11151308          }
    11161309          else {
    1117             cerr<<"The other scan for  "<<scanlist[i]<<" appears to be missing. Check the input scan numbers."<<endl;
     1310            LogIO os( LogOrigin( "Scantable", "checkScanInfo()", WHERE ) ) ;
     1311            //cerr<<"The other scan for  "<<scanlist[i]<<" appears to be missing. Check the input scan numbers."<<endl;
     1312            os<<LogIO::WARN<<"The other scan for  "<<scanlist[i]<<" appears to be missing. Check the input scan numbers."<<LogIO::POST;
    11181313            ret = 1;
    11191314            break;
    … …  
    11221317      }
    11231318      else {
    1124         cerr<<"The scan does not appear to be standard obsevation."<<endl;
     1319        LogIO os( LogOrigin( "Scantable", "checkScanInfo()", WHERE ) ) ;
     1320        //cerr<<"The scan does not appear to be standard obsevation."<<endl;
     1321        os<<LogIO::WARN<<"The scan does not appear to be standard obsevation."<<LogIO::POST;
    11251322      }
    11261323    //if ( i >= nscan ) break;
    … …  
    11281325  }
    11291326  else {
    1130     cerr<<"No reference to GBT_GO table."<<endl;
     1327    LogIO os( LogOrigin( "Scantable", "checkScanInfo()", WHERE ) ) ;
     1328    //cerr<<"No reference to GBT_GO table."<<endl;
     1329    os<<LogIO::WARN<<"No reference to GBT_GO table."<<LogIO::POST;
    11311330    ret = 1;
    11321331  }
    … …  
    11421341}
    11431342
     1343void asap::Scantable::reshapeSpectrum( int nmin, int nmax )
     1344  throw( casa::AipsError )
     1345{
     1346  // assumed that all rows have same nChan
     1347  Vector<Float> arr = specCol_( 0 ) ;
     1348  int nChan = arr.nelements() ;
     1349 
     1350  // if nmin < 0 or nmax < 0, nothing to do
     1351  if (  nmin < 0 ) {
     1352    throw( casa::indexError<int>( nmin, "asap::Scantable::reshapeSpectrum: Invalid range. Negative index is specified." ) ) ;
     1353    }
     1354  if (  nmax < 0  ) {
     1355    throw( casa::indexError<int>( nmax, "asap::Scantable::reshapeSpectrum: Invalid range. Negative index is specified." ) ) ;
     1356  }
     1357 
     1358  // if nmin > nmax, exchange values
     1359  if ( nmin > nmax ) {
     1360    int tmp = nmax ;
     1361    nmax = nmin ;
     1362    nmin = tmp ;
     1363    LogIO os( LogOrigin( "Scantable", "reshapeSpectrum()", WHERE ) ) ;
     1364    os << "Swap values. Applied range is ["
     1365       << nmin << ", " << nmax << "]" << LogIO::POST ;
     1366  }
     1367 
     1368  // if nmin exceeds nChan, nothing to do
     1369  if ( nmin >= nChan ) {
     1370    throw( casa::indexError<int>( nmin, "asap::Scantable::reshapeSpectrum: Invalid range. Specified minimum exceeds nChan." ) ) ;
     1371  }
     1372 
     1373  // if nmax exceeds nChan, reset nmax to nChan
     1374  if ( nmax >= nChan ) {
     1375    if ( nmin == 0 ) {
     1376      // nothing to do
     1377      LogIO os( LogOrigin( "Scantable", "reshapeSpectrum()", WHERE ) ) ;
     1378      os << "Whole range is selected. Nothing to do." << LogIO::POST ;
     1379      return ;
     1380    }
     1381    else {
     1382      LogIO os( LogOrigin( "Scantable", "reshapeSpectrum()", WHERE ) ) ;
     1383      os << "Specified maximum exceeds nChan. Applied range is ["
     1384         << nmin << ", " << nChan-1 << "]." << LogIO::POST ;
     1385      nmax = nChan - 1 ;
     1386    }
     1387  }
     1388 
     1389  // reshape specCol_ and flagCol_
     1390  for ( int irow = 0 ; irow < nrow() ; irow++ ) {
     1391    reshapeSpectrum( nmin, nmax, irow ) ;
     1392  }
     1393
     1394  // update FREQUENCIES subtable
     1395  Double refpix ;
     1396  Double refval ;
     1397  Double increment ;
     1398  int freqnrow = freqTable_.table().nrow() ;
     1399  Vector<uInt> oldId( freqnrow ) ;
     1400  Vector<uInt> newId( freqnrow ) ;
     1401  for ( int irow = 0 ; irow < freqnrow ; irow++ ) {
     1402    freqTable_.getEntry( refpix, refval, increment, irow ) ;
     1403    /***
     1404     * need to shift refpix to nmin
     1405     * note that channel nmin in old index will be channel 0 in new one
     1406     ***/
     1407    refval = refval - ( refpix - nmin ) * increment ;
     1408    refpix = 0 ; 
     1409    freqTable_.setEntry( refpix, refval, increment, irow ) ;
     1410  }
     1411 
     1412  // update nchan
     1413  int newsize = nmax - nmin + 1 ;
     1414  table_.rwKeywordSet().define( "nChan", newsize ) ;
     1415 
     1416  // update bandwidth
     1417  // assumed all spectra in the scantable have same bandwidth
     1418  table_.rwKeywordSet().define( "Bandwidth", increment * newsize ) ;
     1419 
     1420  return ;
     1421}
     1422
     1423void asap::Scantable::reshapeSpectrum( int nmin, int nmax, int irow )
     1424{
     1425  // reshape specCol_ and flagCol_
     1426  Vector<Float> oldspec = specCol_( irow ) ;
     1427  Vector<uChar> oldflag = flagsCol_( irow ) ;
     1428  uInt newsize = nmax - nmin + 1 ;
     1429  specCol_.put( irow, oldspec( Slice( nmin, newsize, 1 ) ) ) ;
     1430  flagsCol_.put( irow, oldflag( Slice( nmin, newsize, 1 ) ) ) ;
     1431
     1432  return ;
     1433}
     1434
     1435void asap::Scantable::regridChannel( int nChan, double dnu )
     1436{
     1437  LogIO os( LogOrigin( "Scantable", "regridChannel()", WHERE ) ) ;
     1438  os << "Regrid abcissa with channel number " << nChan << " and spectral resoultion " << dnu << "Hz." << LogIO::POST ;
     1439  // assumed that all rows have same nChan
     1440  Vector<Float> arr = specCol_( 0 ) ;
     1441  int oldsize = arr.nelements() ;
     1442
     1443  // if oldsize == nChan, nothing to do
     1444  if ( oldsize == nChan ) {
     1445    os << "Specified channel number is same as current one. Nothing to do." << LogIO::POST ;
     1446    return ;
     1447  }
     1448
     1449  // if oldChan < nChan, unphysical operation
     1450  if ( oldsize < nChan ) {
     1451    os << "Unphysical operation. Nothing to do." << LogIO::POST ;
     1452    return ;
     1453  }
     1454
     1455  // change channel number for specCol_ and flagCol_
     1456  Vector<Float> newspec( nChan, 0 ) ;
     1457  Vector<uChar> newflag( nChan, false ) ;
     1458  vector<string> coordinfo = getCoordInfo() ;
     1459  string oldinfo = coordinfo[0] ;
     1460  coordinfo[0] = "Hz" ;
     1461  setCoordInfo( coordinfo ) ;
     1462  for ( int irow = 0 ; irow < nrow() ; irow++ ) {
     1463    regridChannel( nChan, dnu, irow ) ;
     1464  }
     1465  coordinfo[0] = oldinfo ;
     1466  setCoordInfo( coordinfo ) ;
     1467
     1468
     1469  // NOTE: this method does not update metadata such as
     1470  //       FREQUENCIES subtable, nChan, Bandwidth, etc.
     1471
     1472  return ;
     1473}
     1474
     1475void asap::Scantable::regridChannel( int nChan, double dnu, int irow )
     1476{
     1477  // logging
     1478  //ofstream ofs( "average.log", std::ios::out | std::ios::app ) ;
     1479  //ofs << "IFNO = " << getIF( irow ) << " irow = " << irow << endl ;
     1480
     1481  Vector<Float> oldspec = specCol_( irow ) ;
     1482  Vector<uChar> oldflag = flagsCol_( irow ) ;
     1483  Vector<Float> newspec( nChan, 0 ) ;
     1484  Vector<uChar> newflag( nChan, false ) ;
     1485 
     1486  // regrid
     1487  vector<double> abcissa = getAbcissa( irow ) ;
     1488  int oldsize = abcissa.size() ;
     1489  double olddnu = abcissa[1] - abcissa[0] ;
     1490  //int refChan = 0 ;
     1491  //double frac = 0.0 ;
     1492  //double wedge = 0.0 ;
     1493  //double pile = 0.0 ;
     1494  int ichan = 0 ;
     1495  double wsum = 0.0 ;
     1496  Vector<Float> z( nChan ) ;
     1497  z[0] = abcissa[0] - 0.5 * olddnu + 0.5 * dnu ;
     1498  for ( int ii = 1 ; ii < nChan ; ii++ )
     1499    z[ii] = z[ii-1] + dnu ;
     1500  Vector<Float> zi( nChan+1 ) ;
     1501  Vector<Float> yi( oldsize + 1 ) ;
     1502  zi[0] = z[0] - 0.5 * dnu ;
     1503  zi[1] = z[0] + 0.5 * dnu ;
     1504  for ( int ii = 2 ; ii < nChan ; ii++ )
     1505    zi[ii] = zi[ii-1] + dnu ;
     1506  zi[nChan] = z[nChan-1] + 0.5 * dnu ;
     1507  yi[0] = abcissa[0] - 0.5 * olddnu ;
     1508  yi[1] = abcissa[1] + 0.5 * olddnu ;
     1509  for ( int ii = 2 ; ii < oldsize ; ii++ )
     1510    yi[ii] = abcissa[ii-1] + olddnu ;
     1511  yi[oldsize] = abcissa[oldsize-1] + 0.5 * olddnu ;
     1512  if ( dnu > 0.0 ) {
     1513    for ( int ii = 0 ; ii < nChan ; ii++ ) {
     1514      double zl = zi[ii] ;
     1515      double zr = zi[ii+1] ;
     1516      for ( int j = ichan ; j < oldsize ; j++ ) {
     1517        double yl = yi[j] ;
     1518        double yr = yi[j+1] ;
     1519        if ( yl <= zl ) {
     1520          if ( yr <= zl ) {
     1521            continue ;
     1522          }
     1523          else if ( yr <= zr ) {
     1524            newspec[ii] += oldspec[j] * ( yr - zl ) ;
     1525            newflag[ii] = newflag[ii] || oldflag[j] ;
     1526            wsum += ( yr - zl ) ;
     1527          }
     1528          else {
     1529            newspec[ii] += oldspec[j] * dnu ;
     1530            newflag[ii] = newflag[ii] || oldflag[j] ;
     1531            wsum += dnu ;
     1532            ichan = j ;
     1533            break ;
     1534          }
     1535        }
     1536        else if ( yl < zr ) {
     1537          if ( yr <= zr ) {
     1538              newspec[ii] += oldspec[j] * ( yr - yl ) ;
     1539              newflag[ii] = newflag[ii] || oldflag[j] ;
     1540              wsum += ( yr - yl ) ;
     1541          }
     1542          else {
     1543            newspec[ii] += oldspec[j] * ( zr - yl ) ;
     1544            newflag[ii] = newflag[ii] || oldflag[j] ;
     1545            wsum += ( zr - yl ) ;
     1546            ichan = j ;
     1547            break ;
     1548          }
     1549        }
     1550        else {
     1551          ichan = j - 1 ;
     1552          break ;
     1553        }
     1554      }
     1555      newspec[ii] /= wsum ;
     1556      wsum = 0.0 ;
     1557    }
     1558  }
     1559  else if ( dnu < 0.0 ) {
     1560    for ( int ii = 0 ; ii < nChan ; ii++ ) {
     1561      double zl = zi[ii] ;
     1562      double zr = zi[ii+1] ;
     1563      for ( int j = ichan ; j < oldsize ; j++ ) {
     1564        double yl = yi[j] ;
     1565        double yr = yi[j+1] ;
     1566        if ( yl >= zl ) {
     1567          if ( yr >= zl ) {
     1568            continue ;
     1569          }
     1570          else if ( yr >= zr ) {
     1571            newspec[ii] += oldspec[j] * abs( yr - zl ) ;
     1572            newflag[ii] = newflag[ii] || oldflag[j] ;
     1573            wsum += abs( yr - zl ) ;
     1574          }
     1575          else {
     1576            newspec[ii] += oldspec[j] * abs( dnu ) ;
     1577            newflag[ii] = newflag[ii] || oldflag[j] ;
     1578            wsum += abs( dnu ) ;
     1579            ichan = j ;
     1580            break ;
     1581          }
     1582        }
     1583        else if ( yl > zr ) {
     1584          if ( yr >= zr ) {
     1585            newspec[ii] += oldspec[j] * abs( yr - yl ) ;
     1586            newflag[ii] = newflag[ii] || oldflag[j] ;
     1587            wsum += abs( yr - yl ) ;
     1588          }
     1589          else {
     1590            newspec[ii] += oldspec[j] * abs( zr - yl ) ;
     1591            newflag[ii] = newflag[ii] || oldflag[j] ;
     1592            wsum += abs( zr - yl ) ;
     1593            ichan = j ;
     1594            break ;
     1595          }
     1596        }
     1597        else {
     1598          ichan = j - 1 ;
     1599          break ;
     1600        }
     1601      }
     1602      newspec[ii] /= wsum ;
     1603      wsum = 0.0 ;
     1604    }
     1605  }
     1606//    * ichan = 0
     1607//    ***/
     1608//   //ofs << "olddnu = " << olddnu << ", dnu = " << dnu << endl ;
     1609//   pile += dnu ;
     1610//   wedge = olddnu * ( refChan + 1 ) ;
     1611//   while ( wedge < pile ) {
     1612//     newspec[0] += olddnu * oldspec[refChan] ;
     1613//     newflag[0] = newflag[0] || oldflag[refChan] ;
     1614//     //ofs << "channel " << refChan << " is included in new channel 0" << endl ;
     1615//     refChan++ ;
     1616//     wedge += olddnu ;
     1617//     wsum += olddnu ;
     1618//     //ofs << "newspec[0] = " << newspec[0] << " wsum = " << wsum << endl ;
     1619//   }
     1620//   frac = ( wedge - pile ) / olddnu ;
     1621//   wsum += ( 1.0 - frac ) * olddnu ;
     1622//   newspec[0] += ( 1.0 - frac ) * olddnu * oldspec[refChan] ;
     1623//   newflag[0] = newflag[0] || oldflag[refChan] ;
     1624//   //ofs << "channel " << refChan << " is partly included in new channel 0" << " with fraction of " << ( 1.0 - frac ) << endl ;
     1625//   //ofs << "newspec[0] = " << newspec[0] << " wsum = " << wsum << endl ;
     1626//   newspec[0] /= wsum ;
     1627//   //ofs << "newspec[0] = " << newspec[0] << endl ;
     1628//   //ofs << "wedge = " << wedge << ", pile = " << pile << endl ;
     1629
     1630//   /***
     1631//    * ichan = 1 - nChan-2
     1632//    ***/
     1633//   for ( int ichan = 1 ; ichan < nChan - 1 ; ichan++ ) {
     1634//     pile += dnu ;
     1635//     newspec[ichan] += frac * olddnu * oldspec[refChan] ;
     1636//     newflag[ichan] = newflag[ichan] || oldflag[refChan] ;
     1637//     //ofs << "channel " << refChan << " is partly included in new channel " << ichan << " with fraction of " << frac << endl ;
     1638//     refChan++ ;
     1639//     wedge += olddnu ;
     1640//     wsum = frac * olddnu ;
     1641//     //ofs << "newspec[" << ichan << "] = " << newspec[ichan] << " wsum = " << wsum << endl ;
     1642//     while ( wedge < pile ) {
     1643//       newspec[ichan] += olddnu * oldspec[refChan] ;
     1644//       newflag[ichan] = newflag[ichan] || oldflag[refChan] ;
     1645//       //ofs << "channel " << refChan << " is included in new channel " << ichan << endl ;
     1646//       refChan++ ;
     1647//       wedge += olddnu ;
     1648//       wsum += olddnu ;
     1649//       //ofs << "newspec[" << ichan << "] = " << newspec[ichan] << " wsum = " << wsum << endl ;
     1650//     }
     1651//     frac = ( wedge - pile ) / olddnu ;
     1652//     wsum += ( 1.0 - frac ) * olddnu ;
     1653//     newspec[ichan] += ( 1.0 - frac ) * olddnu * oldspec[refChan] ;
     1654//     newflag[ichan] = newflag[ichan] || oldflag[refChan] ;
     1655//     //ofs << "channel " << refChan << " is partly included in new channel " << ichan << " with fraction of " << ( 1.0 - frac ) << endl ;
     1656//     //ofs << "wedge = " << wedge << ", pile = " << pile << endl ;
     1657//     //ofs << "newspec[" << ichan << "] = " << newspec[ichan] << " wsum = " << wsum << endl ;
     1658//     newspec[ichan] /= wsum ;
     1659//     //ofs << "newspec[" << ichan << "] = " << newspec[ichan] << endl ;
     1660//   }
     1661
     1662//   /***
     1663//    * ichan = nChan-1
     1664//    ***/
     1665//   // NOTE: Assumed that all spectra have the same bandwidth
     1666//   pile += dnu ;
     1667//   newspec[nChan-1] += frac * olddnu * oldspec[refChan] ;
     1668//   newflag[nChan-1] = newflag[nChan-1] || oldflag[refChan] ;
     1669//   //ofs << "channel " << refChan << " is partly included in new channel " << nChan-1 << " with fraction of " << frac << endl ;
     1670//   refChan++ ;
     1671//   wedge += olddnu ;
     1672//   wsum = frac * olddnu ;
     1673//   //ofs << "newspec[" << nChan - 1 << "] = " << newspec[nChan-1] << " wsum = " << wsum << endl ;
     1674//   for ( int jchan = refChan ; jchan < oldsize ; jchan++ ) {
     1675//     newspec[nChan-1] += olddnu * oldspec[jchan] ;
     1676//     newflag[nChan-1] = newflag[nChan-1] || oldflag[jchan] ;
     1677//     wsum += olddnu ;
     1678//     //ofs << "channel " << jchan << " is included in new channel " << nChan-1 << " with fraction of " << frac << endl ;
     1679//     //ofs << "newspec[" << nChan - 1 << "] = " << newspec[nChan-1] << " wsum = " << wsum << endl ;
     1680//   }
     1681//   //ofs << "wedge = " << wedge << ", pile = " << pile << endl ;
     1682//   //ofs << "newspec[" << nChan - 1 << "] = " << newspec[nChan-1] << " wsum = " << wsum << endl ;
     1683//   newspec[nChan-1] /= wsum ;
     1684//   //ofs << "newspec[" << nChan - 1 << "] = " << newspec[nChan-1] << endl ;
     1685 
     1686//   specCol_.put( irow, newspec ) ;
     1687//   flagsCol_.put( irow, newflag ) ;
     1688
     1689//   // ofs.close() ;
     1690
     1691
     1692  return ;
     1693}
     1694
    11441695std::vector<float> Scantable::getWeather(int whichrow) const
    11451696{
    … …  
    11541705
    11551706}
    1156  //namespace asap
     1707//namespace asap

  • branches/mergetest/src/Scantable.h

    r1730 r1779  
    2929
    3030#include <coordinates/Coordinates/SpectralCoordinate.h>
     31
     32#include <casa/Arrays/Vector.h>
     33#include <casa/Quanta/Quantum.h>
     34
     35#include <casa/Exceptions/Error.h>
    3136
    3237#include "Logger.h"
    … …  
    226231
    227232  /**
     233   * Flag the data in a row-based manner. (CAS-1433 Wataru Kawasaki)
     234   * param[in] rows    list of row numbers to be flagged
     235   */
     236  void flagRow( const std::vector<casa::uInt>& rows = std::vector<casa::uInt>(), bool unflag=false);
     237
     238  /**
     239   * Get flagRow info at the specified row. If true, the whole data
     240   * at the row should be flagged.
     241   */
     242  bool getFlagRow(int whichrow) const
     243    { return (flagrowCol_(whichrow) > 0); }
     244
     245  /**
     246   * Flag the data outside a specified range (in a channel-based manner).
     247   * (CAS-1807 Wataru Kawasaki)
     248   */
     249  void clip(const casa::Float uthres, const casa::Float dthres, bool clipoutside, bool unflag);
     250
     251  /**
     252   * Return a list of booleans with the size of nchan for a specified row, to get info
     253   * about which channel is clipped.
     254   */
     255  std::vector<bool> getClipMask(int whichrow, const casa::Float uthres, const casa::Float dthres, bool clipoutside, bool unflag);
     256  void srchChannelsToClip(casa::uInt whichrow, const casa::Float uthres, const casa::Float dthres, bool clipoutside, bool unflag,
     257                          casa::Vector<casa::uChar> flgs);
     258
     259  /**
    228260   * Return a list of row numbers with respect to the original table.
    229261   * @return a list of unsigned ints
    … …  
    276308  std::vector<uint> getScanNos() const { return getNumbers(scanCol_); }
    277309  int getScan(int whichrow) const { return scanCol_(whichrow); }
     310
     311  //TT addition
     312  std::vector<uint> getMolNos() {return getNumbers(mmolidCol_); }
    278313
    279314  /**
    … …  
    300335    { return azCol_(whichrow); }
    301336  float getParAngle(int whichrow) const
    302   { return focus().getParAngle(mfocusidCol_(whichrow)); }
     337    { return focus().getParAngle(mfocusidCol_(whichrow)); }
     338  int getTcalId(int whichrow) const
     339    { return mtcalidCol_(whichrow); }
    303340
    304341  std::string getSourceName(int whichrow) const
    … …  
    353390  std::vector<double> getRestFrequencies() const
    354391    { return moleculeTable_.getRestFrequencies(); }
    355 
     392  std::vector<double> getRestFrequency(int id) const
     393    { return moleculeTable_.getRestFrequency(id); }
     394
     395  /**
    356396  void setRestFrequencies(double rf, const std::string& name = "",
    357397                          const std::string& = "Hz");
    358   void setRestFrequencies(const std::string& name);
     398  **/
     399  // Modified by Takeshi Nakazato 05/09/2008
     400  /***
     401  void setRestFrequencies(vector<double> rf, const vector<std::string>& name = "",
     402                          const std::string& = "Hz");
     403  ***/
     404  void setRestFrequencies(vector<double> rf,
     405                          const vector<std::string>& name = vector<std::string>(1,""),
     406                          const std::string& = "Hz");
     407
     408  //void setRestFrequencies(const std::string& name);
     409  void setRestFrequencies(const vector<std::string>& name);
    359410
    360411  void shift(int npix);
    … …  
    415466    { focus().setParallactify(flag); }
    416467
     468  /**
     469   * Reshape spectrum
     470   * @param[in] nmin, nmax minimum and maximum channel
     471   * @param[in] irow       row number
     472   *
     473   * 30/07/2008 Takeshi Nakazato 
     474   **/
     475  void reshapeSpectrum( int nmin, int nmax ) throw( casa::AipsError );
     476  void reshapeSpectrum( int nmin, int nmax, int irow ) ;
     477
     478  /**
     479   * Change channel number under fixed bandwidth
     480   * @param[in] nchan, dnu new channel number and spectral resolution
     481   * @param[in] irow       row number
     482   *
     483   * 27/08/2008 Takeshi Nakazato
     484   **/
     485  void regridChannel( int nchan, double dnu ) ;
     486  void regridChannel( int nchan, double dnu, int irow ) ;
     487
     488 
    417489private:
    418490
    … …  
    489561  casa::ScalarColumn<casa::Float> elCol_;
    490562  casa::ScalarColumn<casa::String> srcnCol_, fldnCol_;
    491   casa::ScalarColumn<casa::uInt> scanCol_, beamCol_, ifCol_, polCol_, cycleCol_;
     563  casa::ScalarColumn<casa::uInt> scanCol_, beamCol_, ifCol_, polCol_, cycleCol_, flagrowCol_;
    492564  casa::ScalarColumn<casa::Int> rbeamCol_, srctCol_;
    493565  casa::ArrayColumn<casa::Float> specCol_, tsysCol_;
    … …  
    510582  void initFactories();
    511583
     584  /**
     585   * Add an auxiliary column to the main table and attach it to a
     586   * cached column. Use for adding new columns that the original asap2
     587   * tables do not have.
     588   * @param[in] col      reference to the cached column to be attached
     589   * @param[in] colName  column name in asap table
     590   * @param[in] defValue default value to fill in the column
     591   *
     592   * 25/10/2009 Wataru Kawasaki
     593   */
     594  template<class T, class T2> void attachAuxColumnDef(casa::ScalarColumn<T>&,
     595                                                       const casa::String&,
     596                                                       const T2&);
     597  template<class T, class T2> void attachAuxColumnDef(casa::ArrayColumn<T>&,
     598                                                      const casa::String&,
     599                                                      const casa::Array<T2>&);
    512600};
    513601

  • branches/mergetest/src/ScantableWrapper.h

    r1730 r1779  
    109109    { table_->flag(msk, unflag); }
    110110
     111  void flagRow(const std::vector<casa::uInt>& rows=std::vector<casa::uInt>(), bool unflag=false)
     112    { table_->flagRow(rows, unflag); }
     113
     114  bool getFlagRow(int whichrow=0) const
     115    { return table_->getFlagRow(whichrow); }
     116
     117  void clip(const casa::Float uthres, const casa::Float dthres, bool clipoutside=true, bool unflag=false)
     118    { table_->clip(uthres, dthres, clipoutside, unflag); }
     119
     120  std::vector<bool> getClipMask(int whichrow, const casa::Float uthres, const casa::Float dthres, bool clipoutside, bool unflag) const
     121    { return table_->getClipMask(whichrow, uthres, dthres, clipoutside, unflag); }
     122
    111123  std::string getSourceName(int whichrow=0) const
    112124    { return table_->getSourceName(whichrow); }
    … …  
    134146  std::vector<uint> getScanNos() { return table_->getScanNos(); }
    135147  int getScan(int whichrow) const {return table_->getScan(whichrow);}
     148  std::vector<uint> getMolNos() { return table_->getMolNos();}
    136149
    137150  STSelector getSelection() const { return table_->getSelection(); }
    … …  
    158171  { table_->shift(npix); }
    159172
     173/**
     174  commented out by TT
    160175  void setRestFrequencies(double rf, const std::string& name,
    161176                          const std::string& unit)
    162177    { table_->setRestFrequencies(rf, name, unit); }
     178**/
     179  void setRestFrequencies(vector<double> rf, const vector<std::string>& name,
     180                          const std::string& unit)
     181    { table_->setRestFrequencies(rf, name, unit); }
     182
    163183/*
    164184  void setRestFrequencies(const std::string& name) {
    … …  
    167187*/
    168188
     189/*
    169190  std::vector<double> getRestFrequencies() const
    170191    { return table_->getRestFrequencies(); }
     192*/
     193  std::vector<double> getRestFrequency(int id) const
     194    { return table_->getRestFrequency(id); }
    171195
    172196  void setCoordInfo(std::vector<string> theinfo) {
    … …  
    209233  int checkScanInfo(const vector<int>& scanlist) const
    210234    { return table_->checkScanInfo(scanlist); }
    211 
     235 
    212236  std::vector<double> getDirectionVector(int whichrow) const
    213237    { return table_->getDirectionVector(whichrow); }
    … …  
    222246  std::vector<float> getWeather(int whichrow) const
    223247    { return table_->getWeather(whichrow); }
     248
     249  void reshapeSpectrum( int nmin, int nmax )
     250  { table_->reshapeSpectrum( nmin, nmax ); }
    224251
    225252private:
    … …  
    229256} // namespace
    230257#endif
     258

  • branches/mergetest/src/python_STMath.cpp

    r1391 r1779  
    4949        .def("_averagebeams", &STMathWrapper::averageBeams)
    5050        .def("_unaryop", &STMathWrapper::unaryOperate)
     51        .def("_arrayop", &STMathWrapper::arrayOperate)
     52        //.def("_array2dop", &STMathWrapper::array2dOperate)
    5153        .def("_binaryop", &STMathWrapper::binaryOperate)
    5254        .def("_auto_quotient", &STMathWrapper::autoQuotient)
    … …  
    5759        .def("_dofs", &STMathWrapper::dofs)
    5860        .def("_stats", &STMathWrapper::statistic)
     61        .def("_minmaxchan", &STMathWrapper::minMaxChan)
    5962        .def("_freqswitch", &STMathWrapper::freqSwitch)
    6063        .def("_bin", &STMathWrapper::bin)
    … …  
    7376        .def("_mx_extract", &STMathWrapper::mxExtract)
    7477        .def("_lag_flag", &STMathWrapper::lagFlag)
     78        // testing average spectra with different channel/resolution
     79        .def("_new_average", &STMathWrapper::new_average)
     80        // cwcal
     81        .def("cwcal", &STMathWrapper::cwcal)
     82        .def("almacal", &STMathWrapper::almacal)
    7583          ;
    7684    };

  • branches/mergetest/src/python_STSelector.cpp

    r939 r1779  
    2929        .def("_getscans", &STSelector::getScans)
    3030        .def("_getcycles", &STSelector::getCycles)
     31        .def("_gettypes", &STSelector::getTypes)
    3132        .def("_gettaql", &STSelector::getTaQL)
    3233        .def("_getorder", &STSelector::getSortOrder)
    … …  
    4142        .def("_settaql", &STSelector::setTaQL)
    4243        .def("_setorder", &STSelector::setSortOrder)
     44        .def("_setrows", &STSelector::setRows)
     45        .def("_settypes", &STSelector::setTypes)
    4346        .def("_empty", &STSelector::empty)
    4447      ;

  • branches/mergetest/src/python_Scantable.cpp

    r1730 r1779  
    5858    .def("getscannos", &ScantableWrapper::getScanNos)
    5959    .def("getcycle", &ScantableWrapper::getCycle)
     60    .def("getmolnos", &ScantableWrapper::getMolNos)
    6061    .def("nif", &ScantableWrapper::nif,
    6162         (boost::python::arg("scanno")=-1) )
    … …  
    8788    .def("_getmask", &ScantableWrapper::getMask,
    8889         (boost::python::arg("whichrow")=0) )
     90    .def("_getclipmask", &ScantableWrapper::getClipMask,
     91         (boost::python::arg("whichrow")=0) )
    8992    .def("_gettsys", &ScantableWrapper::getTsys)
    9093    .def("_getsourcename", &ScantableWrapper::getSourceName,
    … …  
    103106         (boost::python::arg("whichrow")=0) )
    104107    .def("get_antennaname", &ScantableWrapper::getAntennaName)
    105     .def("_flag", &ScantableWrapper::flag,
    106                   (boost::python::arg("unflag") = false) )
     108    .def("_flag", &ScantableWrapper::flag)
     109    .def("_flag_row", &ScantableWrapper::flagRow)
     110    .def("_getflagrow", &ScantableWrapper::getFlagRow,
     111         (boost::python::arg("whichrow")=0) )
     112    .def("_clip", &ScantableWrapper::clip,
     113         (boost::python::arg("clipoutside")=true,
     114          boost::python::arg("unflag")=false) )
    107115    .def("_save",  &ScantableWrapper::makePersistent)
    108116    .def("_summary",  &ScantableWrapper::summary,
    109117         (boost::python::arg("verbose")=true) )
    110     .def("_getrestfreqs",  &ScantableWrapper::getRestFrequencies)
     118    //.def("_getrestfreqs",  &ScantableWrapper::getRestFrequencies)
     119    .def("_getrestfreqs",  &ScantableWrapper::getRestFrequency)
    111120    .def("_setrestfreqs",  &ScantableWrapper::setRestFrequencies)
    112121    .def("shift_refpix", &ScantableWrapper::shift)
    … …  
    127136    .def("get_coordinate", &ScantableWrapper::getCoordinate)
    128137    .def("_get_weather", &ScantableWrapper::getWeather)
     138    .def("_reshape", &ScantableWrapper::reshapeSpectrum,
     139         (boost::python::arg("nmin")=-1,
     140          boost::python::arg("nmax")=-1) )
    129141  ;
    130142};

  • branches/mergetest/src/python_asap.cpp

    r1777 r1779  
    7575  asap::python::python_LineCatalog();
    7676  asap::python::python_Logger();
    77   asap::python::python_LogSink();
    7877  asap::python::python_STCoordinate();
    7978  asap::python::python_STAtmosphere();
     79  asap::python::python_SrcType();
    8080
    8181#ifndef HAVE_LIBPYRAP

  • branches/mergetest/src/python_asap.h

    r1777 r1779  
    4747    void python_LineCatalog();
    4848    void python_Logger();
    49     void python_LogSink();
    5049    void python_STCoordinate();
    5150    void python_STAtmosphere();
     51    void python_SrcType();
    5252
    5353  } // python
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.