[144] | 1 | #include <iostream> |
---|
| 2 | #include <sstream> |
---|
| 3 | |
---|
[155] | 4 | #include <math.h> |
---|
[120] | 5 | #include <duchamp.hh> |
---|
[93] | 6 | #include <param.hh> |
---|
| 7 | #include <vector> |
---|
| 8 | #include <string> |
---|
[144] | 9 | #include <Detection/detection.hh> |
---|
| 10 | #include <Detection/columns.hh> |
---|
[93] | 11 | |
---|
| 12 | using std::string; |
---|
| 13 | using std::vector; |
---|
| 14 | using namespace Column; |
---|
| 15 | |
---|
[221] | 16 | Col::Col(){ |
---|
| 17 | width=1; |
---|
| 18 | precision=0; |
---|
| 19 | name=" "; |
---|
| 20 | units=" "; |
---|
| 21 | }; |
---|
| 22 | |
---|
| 23 | Col::~Col(){} |
---|
| 24 | |
---|
[144] | 25 | Col::Col(int num) |
---|
| 26 | { |
---|
| 27 | /** |
---|
[221] | 28 | * A specialised constructor that defines one of the default |
---|
| 29 | * columns, as defined in the Column namespace |
---|
| 30 | * \param num The number of the column to be constructed. |
---|
| 31 | * Corresponds to the order of the columns in the const |
---|
| 32 | * arrays in the Column namespace. |
---|
[144] | 33 | */ |
---|
[191] | 34 | if((num>=0)&&(num<numColumns)){ |
---|
[144] | 35 | this->width = defaultWidth[num]; |
---|
| 36 | this->precision = defaultPrec[num]; |
---|
| 37 | this->name = defaultName[num]; |
---|
| 38 | this->units = defaultUnits[num]; |
---|
| 39 | } |
---|
| 40 | else{ |
---|
[120] | 41 | std::stringstream errmsg; |
---|
[144] | 42 | errmsg << "Incorrect value for Col(num) --> num="<<num |
---|
[192] | 43 | << ", should be between 0 and " << numColumns-1 << ".\n"; |
---|
[144] | 44 | duchampError("Col constructor", errmsg.str()); |
---|
| 45 | this->width = 1; |
---|
| 46 | this->precision = 0; |
---|
| 47 | this->name = " "; |
---|
| 48 | this->units = " "; |
---|
[93] | 49 | } |
---|
[144] | 50 | } |
---|
[93] | 51 | |
---|
[221] | 52 | template <class T> void Col::printEntry(std::ostream &stream, T value) |
---|
| 53 | { |
---|
| 54 | stream << std::setprecision(this->precision) |
---|
| 55 | << std::setw(this->width) |
---|
| 56 | << std::setfill(' ') |
---|
| 57 | << value; |
---|
| 58 | } |
---|
| 59 | template void Col::printEntry<int>(std::ostream &stream, int value); |
---|
| 60 | template void Col::printEntry<long>(std::ostream &stream, long value); |
---|
| 61 | template void Col::printEntry<unsigned>(std::ostream &stream, unsigned value); |
---|
| 62 | template void Col::printEntry<float>(std::ostream &stream, float value); |
---|
| 63 | template void Col::printEntry<double>(std::ostream &stream, double value); |
---|
| 64 | template void Col::printEntry<string>(std::ostream &stream, string value); |
---|
| 65 | |
---|
| 66 | |
---|
[144] | 67 | vector<Col> getFullColSet(vector<Detection> &objectList, FitsHeader &head) |
---|
[136] | 68 | { |
---|
[144] | 69 | /** |
---|
[221] | 70 | * Returns a vector of Col for results file output. |
---|
| 71 | * |
---|
| 72 | * A function that returns a vector of Col objects containing |
---|
[144] | 73 | * information on the columns necessary for output to the results file: |
---|
| 74 | * Obj#,NAME,X,Y,Z,RA,DEC,VEL,w_RA,w_DEC,w_VEL,F_tot,F_int,F_peak, |
---|
| 75 | * X1,X2,Y1,Y2,Z1,Z2,Npix,Flag |
---|
[221] | 76 | * |
---|
[144] | 77 | * Each object in the provided objectList is checked to see if |
---|
| 78 | * it requires any column to be widened, or for that column to |
---|
| 79 | * have its precision increased. |
---|
[221] | 80 | * |
---|
[144] | 81 | * Both Ftot and Fint are provided -- it is up to the calling function to |
---|
| 82 | * determine which to use. |
---|
| 83 | */ |
---|
[93] | 84 | |
---|
[144] | 85 | vector<Col> newset; |
---|
[93] | 86 | |
---|
[144] | 87 | // set up the default columns |
---|
[93] | 88 | |
---|
[144] | 89 | newset.push_back( Col(NUM) ); |
---|
| 90 | newset.push_back( Col(NAME) ); |
---|
| 91 | newset.push_back( Col(X) ); |
---|
| 92 | newset.push_back( Col(Y) ); |
---|
| 93 | newset.push_back( Col(Z) ); |
---|
| 94 | newset.push_back( Col(RA) ); |
---|
| 95 | newset.push_back( Col(DEC) ); |
---|
| 96 | newset.push_back( Col(VEL) ); |
---|
| 97 | newset.push_back( Col(WRA) ); |
---|
| 98 | newset.push_back( Col(WDEC) ); |
---|
| 99 | newset.push_back( Col(WVEL) ); |
---|
| 100 | newset.push_back( Col(FINT) ); |
---|
| 101 | newset.push_back( Col(FTOT) ); |
---|
| 102 | newset.push_back( Col(FPEAK) ); |
---|
[191] | 103 | newset.push_back( Col(SNRPEAK) ); |
---|
[144] | 104 | newset.push_back( Col(X1) ); |
---|
| 105 | newset.push_back( Col(X2) ); |
---|
| 106 | newset.push_back( Col(Y1) ); |
---|
| 107 | newset.push_back( Col(Y2) ); |
---|
| 108 | newset.push_back( Col(Z1) ); |
---|
| 109 | newset.push_back( Col(Z2) ); |
---|
| 110 | newset.push_back( Col(NPIX) ); |
---|
| 111 | newset.push_back( Col(FLAG) ); |
---|
[93] | 112 | |
---|
[144] | 113 | // Now test each object against each new column |
---|
| 114 | for( int obj = 0; obj < objectList.size(); obj++){ |
---|
| 115 | string tempstr; |
---|
| 116 | int tempwidth; |
---|
| 117 | float val,minval; |
---|
[93] | 118 | |
---|
[144] | 119 | // Obj# |
---|
| 120 | tempwidth = int( log10(objectList[obj].getID()) + 1) + |
---|
| 121 | newset[NUM].getPrecision() + 1; |
---|
| 122 | for(int i=newset[NUM].getWidth();i<tempwidth;i++) newset[NUM].widen(); |
---|
[93] | 123 | |
---|
[144] | 124 | // Name |
---|
| 125 | tempwidth = objectList[obj].getName().size() + 1; |
---|
| 126 | for(int i=newset[NAME].getWidth();i<tempwidth;i++) newset[NAME].widen(); |
---|
[93] | 127 | |
---|
[144] | 128 | // X position |
---|
| 129 | val = objectList[obj].getXcentre(); |
---|
| 130 | tempwidth = int( log10(val) + 1) + newset[X].getPrecision() + 2; |
---|
| 131 | for(int i=newset[X].getWidth();i<tempwidth;i++) newset[X].widen(); |
---|
[192] | 132 | if((val<1.)&&(val>0.)){ |
---|
[144] | 133 | minval = pow(10, -1. * newset[X].getPrecision()+1); |
---|
| 134 | if(val < minval) newset[X].upPrec(); |
---|
| 135 | } |
---|
| 136 | // Y position |
---|
| 137 | val = objectList[obj].getYcentre(); |
---|
| 138 | tempwidth = int( log10(val) + 1) + newset[Y].getPrecision() + 2; |
---|
| 139 | for(int i=newset[Y].getWidth();i<tempwidth;i++) newset[Y].widen(); |
---|
[192] | 140 | if((val<1.)&&(val>0.)){ |
---|
[144] | 141 | minval = pow(10, -1. * newset[Y].getPrecision()+1); |
---|
| 142 | if(val < minval) newset[Y].upPrec(); |
---|
| 143 | } |
---|
| 144 | // Z position |
---|
| 145 | val = objectList[obj].getZcentre(); |
---|
| 146 | tempwidth = int( log10(val) + 1) + newset[Z].getPrecision() + 2; |
---|
| 147 | for(int i=newset[Z].getWidth();i<tempwidth;i++) newset[Z].widen(); |
---|
[192] | 148 | if((val<1.)&&(val>0.)){ |
---|
[144] | 149 | minval = pow(10, -1. * newset[Z].getPrecision()+1); |
---|
[155] | 150 | if((val>0.)&&(val < minval)) newset[Z].upPrec(); |
---|
[144] | 151 | } |
---|
[93] | 152 | |
---|
[144] | 153 | if(head.isWCS()){ |
---|
| 154 | // RA -- assign correct title. Check width but should be ok by definition |
---|
| 155 | tempstr = head.getWCS()->lngtyp; |
---|
| 156 | newset[RA].setName(tempstr); |
---|
| 157 | tempwidth = objectList[obj].getRAs().size() + 1; |
---|
| 158 | for(int i=newset[RA].getWidth();i<tempwidth;i++) newset[RA].widen(); |
---|
| 159 | |
---|
[146] | 160 | // Dec -- assign correct title. Check width, should be ok by definition |
---|
[144] | 161 | tempstr = head.getWCS()->lattyp; |
---|
| 162 | newset[DEC].setName(tempstr); |
---|
| 163 | tempwidth = objectList[obj].getDecs().size() + 1; |
---|
| 164 | for(int i=newset[DEC].getWidth();i<tempwidth;i++) newset[DEC].widen(); |
---|
[93] | 165 | |
---|
[144] | 166 | // Vel -- check width, title and units. |
---|
| 167 | if(head.getWCS()->restfrq == 0) // using frequency, not velocity |
---|
| 168 | newset[VEL].setName("FREQ"); |
---|
| 169 | newset[VEL].setUnits("[" + head.getSpectralUnits() + "]"); |
---|
| 170 | tempwidth = newset[VEL].getUnits().size() + 1; |
---|
[146] | 171 | for(int i=newset[VEL].getWidth();i<tempwidth;i++) newset[VEL].widen(); |
---|
| 172 | |
---|
[144] | 173 | val = objectList[obj].getVel(); |
---|
| 174 | tempwidth = int( log10(fabs(val)) + 1) + newset[VEL].getPrecision() + 2; |
---|
| 175 | if(val<0) tempwidth++; |
---|
| 176 | for(int i=newset[VEL].getWidth();i<tempwidth;i++) newset[VEL].widen(); |
---|
[192] | 177 | if((fabs(val) < 1.)&&(val>0.)){ |
---|
[144] | 178 | minval = pow(10, -1. * newset[VEL].getPrecision()+1); |
---|
| 179 | if(val < minval) newset[VEL].upPrec(); |
---|
| 180 | } |
---|
[93] | 181 | |
---|
[144] | 182 | // w_RA -- check width & title. leave units for the moment. |
---|
| 183 | tempwidth = newset[RA].getUnits().size() + 1; |
---|
[146] | 184 | for(int i=newset[RA].getWidth();i<tempwidth;i++) newset[RA].widen(); |
---|
[144] | 185 | val = objectList[obj].getRAWidth(); |
---|
| 186 | tempwidth = int( log10(fabs(val)) + 1) + newset[WRA].getPrecision() + 2; |
---|
| 187 | if(val<0) tempwidth++; |
---|
| 188 | for(int i=newset[WRA].getWidth();i<tempwidth;i++) newset[WRA].widen(); |
---|
[192] | 189 | if((fabs(val) < 1.)&&(val>0.)){ |
---|
[144] | 190 | minval = pow(10, -1. * newset[WRA].getPrecision()+1); |
---|
| 191 | if(val < minval) newset[WRA].upPrec(); |
---|
| 192 | } |
---|
[136] | 193 | |
---|
[144] | 194 | // w_DEC -- check width & title. leave units for the moment. |
---|
| 195 | tempwidth = newset[DEC].getUnits().size() + 1; |
---|
[146] | 196 | for(int i=newset[DEC].getWidth();i<tempwidth;i++) newset[DEC].widen(); |
---|
[144] | 197 | val = objectList[obj].getDecWidth(); |
---|
| 198 | tempwidth = int( log10(fabs(val)) + 1) + newset[WDEC].getPrecision() + 2; |
---|
| 199 | if(val<0) tempwidth++; |
---|
| 200 | for(int i=newset[WDEC].getWidth();i<tempwidth;i++) newset[WDEC].widen(); |
---|
[192] | 201 | if((fabs(val) < 1.)&&(val>0.)){ |
---|
[144] | 202 | minval = pow(10, -1. * newset[WDEC].getPrecision()+1); |
---|
| 203 | if(val < minval) newset[WDEC].upPrec(); |
---|
| 204 | } |
---|
[136] | 205 | |
---|
[144] | 206 | // w_Vel -- check width, title and units. |
---|
| 207 | if(head.getWCS()->restfrq == 0) // using frequency, not velocity |
---|
| 208 | newset[WVEL].setName("w_FREQ"); |
---|
| 209 | newset[WVEL].setUnits("[" + head.getSpectralUnits() + "]"); |
---|
| 210 | tempwidth = newset[WVEL].getUnits().size() + 1; |
---|
[146] | 211 | for(int i=newset[WVEL].getWidth();i<tempwidth;i++) newset[WVEL].widen(); |
---|
[144] | 212 | val = objectList[obj].getVel(); |
---|
| 213 | tempwidth = int( log10(fabs(val)) + 1) + newset[WVEL].getPrecision() + 2; |
---|
| 214 | if(val<0) tempwidth++; |
---|
| 215 | for(int i=newset[WVEL].getWidth();i<tempwidth;i++) newset[WVEL].widen(); |
---|
[192] | 216 | if((fabs(val) < 1.)&&(val>0.)){ |
---|
[144] | 217 | minval = pow(10, -1. * newset[WVEL].getPrecision()+1); |
---|
| 218 | if(val < minval) newset[WVEL].upPrec(); |
---|
| 219 | } |
---|
[136] | 220 | |
---|
[144] | 221 | // F_int -- check width & units |
---|
| 222 | newset[FINT].setUnits("[" + head.getIntFluxUnits() + "]"); |
---|
| 223 | tempwidth = newset[FINT].getUnits().size() + 1; |
---|
[146] | 224 | for(int i=newset[FINT].getWidth();i<tempwidth;i++) newset[FINT].widen(); |
---|
[144] | 225 | val = objectList[obj].getIntegFlux(); |
---|
| 226 | tempwidth = int( log10(fabs(val)) + 1) + newset[FINT].getPrecision() + 2; |
---|
| 227 | if(val<0) tempwidth++; |
---|
| 228 | for(int i=newset[FINT].getWidth();i<tempwidth;i++) newset[FINT].widen(); |
---|
[192] | 229 | if((fabs(val) < 1.)&&(val>0.)){ |
---|
[144] | 230 | minval = pow(10, -1. * newset[FINT].getPrecision()+1); |
---|
| 231 | if(val < minval) newset[FINT].upPrec(); |
---|
| 232 | } |
---|
| 233 | } |
---|
[136] | 234 | |
---|
[144] | 235 | // F_tot |
---|
| 236 | newset[FTOT].setUnits("[" + head.getFluxUnits() + "]"); |
---|
| 237 | tempwidth = newset[FTOT].getUnits().size() + 1; |
---|
[146] | 238 | for(int i=newset[FTOT].getWidth();i<tempwidth;i++) newset[FTOT].widen(); |
---|
[144] | 239 | val = objectList[obj].getTotalFlux(); |
---|
| 240 | tempwidth = int( log10(fabs(val)) + 1) + newset[FTOT].getPrecision() + 2; |
---|
| 241 | if(val<0) tempwidth++; |
---|
| 242 | for(int i=newset[FTOT].getWidth();i<tempwidth;i++) newset[FTOT].widen(); |
---|
[192] | 243 | if((fabs(val) < 1.)&&(val>0.)){ |
---|
[144] | 244 | minval = pow(10, -1. * newset[FTOT].getPrecision()+1); |
---|
| 245 | if(val < minval) newset[FTOT].upPrec(); |
---|
| 246 | } |
---|
[136] | 247 | |
---|
[144] | 248 | // F_peak |
---|
| 249 | newset[FPEAK].setUnits("[" + head.getFluxUnits() + "]"); |
---|
| 250 | tempwidth = newset[FPEAK].getUnits().size() + 1; |
---|
[146] | 251 | for(int i=newset[FPEAK].getWidth();i<tempwidth;i++) newset[FPEAK].widen(); |
---|
[144] | 252 | val = objectList[obj].getPeakFlux(); |
---|
| 253 | tempwidth = int( log10(fabs(val)) + 1) + newset[FPEAK].getPrecision() + 2; |
---|
| 254 | if(val<0) tempwidth++; |
---|
| 255 | for(int i=newset[FPEAK].getWidth();i<tempwidth;i++) newset[FPEAK].widen(); |
---|
[192] | 256 | if((fabs(val) < 1.)&&(val>0.)){ |
---|
[144] | 257 | minval = pow(10, -1. * newset[FPEAK].getPrecision()+1); |
---|
| 258 | if(val < minval) newset[FPEAK].upPrec(); |
---|
| 259 | } |
---|
[136] | 260 | |
---|
[191] | 261 | // S/N_peak |
---|
| 262 | val = objectList[obj].getPeakSNR(); |
---|
[192] | 263 | tempwidth = int( log10(fabs(val)) + 1) + newset[SNRPEAK].getPrecision() +2; |
---|
[191] | 264 | if(val<0) tempwidth++; |
---|
| 265 | for(int i=newset[SNRPEAK].getWidth();i<tempwidth;i++) |
---|
| 266 | newset[SNRPEAK].widen(); |
---|
[192] | 267 | if((fabs(val) < 1.)&&(val>0.)){ |
---|
[191] | 268 | minval = pow(10, -1. * newset[SNRPEAK].getPrecision()+1); |
---|
| 269 | if(val < minval) newset[SNRPEAK].upPrec(); |
---|
| 270 | } |
---|
| 271 | |
---|
[144] | 272 | // X1 position |
---|
| 273 | tempwidth = int( log10(objectList[obj].getXmin()) + 1) + |
---|
| 274 | newset[X1].getPrecision() + 1; |
---|
| 275 | for(int i=newset[X1].getWidth();i<tempwidth;i++) newset[X1].widen(); |
---|
| 276 | // X2 position |
---|
| 277 | tempwidth = int( log10(objectList[obj].getXmax()) + 1) + |
---|
| 278 | newset[X2].getPrecision() + 1; |
---|
| 279 | for(int i=newset[X2].getWidth();i<tempwidth;i++) newset[X2].widen(); |
---|
| 280 | // Y1 position |
---|
| 281 | tempwidth = int( log10(objectList[obj].getYmin()) + 1) + |
---|
| 282 | newset[Y1].getPrecision() + 1; |
---|
| 283 | for(int i=newset[Y1].getWidth();i<tempwidth;i++) newset[Y1].widen(); |
---|
| 284 | // Y2 position |
---|
| 285 | tempwidth = int( log10(objectList[obj].getYmax()) + 1) + |
---|
| 286 | newset[Y2].getPrecision() + 1; |
---|
| 287 | for(int i=newset[Y2].getWidth();i<tempwidth;i++) newset[Y2].widen(); |
---|
| 288 | // Z1 position |
---|
| 289 | tempwidth = int( log10(objectList[obj].getZmin()) + 1) + |
---|
| 290 | newset[Z1].getPrecision() + 1; |
---|
| 291 | for(int i=newset[Z1].getWidth();i<tempwidth;i++) newset[Z1].widen(); |
---|
| 292 | // Z2 position |
---|
| 293 | tempwidth = int( log10(objectList[obj].getZmax()) + 1) + |
---|
| 294 | newset[Z2].getPrecision() + 1; |
---|
| 295 | for(int i=newset[Z2].getWidth();i<tempwidth;i++) newset[Z2].widen(); |
---|
[136] | 296 | |
---|
[144] | 297 | // Npix |
---|
| 298 | tempwidth = int( log10(objectList[obj].getSize()) + 1) + |
---|
| 299 | newset[NPIX].getPrecision() + 1; |
---|
| 300 | for(int i=newset[NPIX].getWidth();i<tempwidth;i++) newset[NPIX].widen(); |
---|
| 301 | |
---|
[136] | 302 | } |
---|
| 303 | |
---|
[144] | 304 | return newset; |
---|
[136] | 305 | |
---|
[144] | 306 | } |
---|
[136] | 307 | |
---|
[144] | 308 | vector<Col> getLogColSet(vector<Detection> &objectList, FitsHeader &head) |
---|
| 309 | { |
---|
| 310 | /** |
---|
[221] | 311 | * Returns a vector of Col for logfile output. |
---|
| 312 | * |
---|
| 313 | * A function that returns a vector of Col objects containing |
---|
[144] | 314 | * information on the columns necessary for logfile output: |
---|
| 315 | * Obj#,X,Y,Z,F_tot,F_peak,X1,X2,Y1,Y2,Z1,Z2,Npix |
---|
[221] | 316 | * |
---|
[144] | 317 | * Each object in the provided objectList is checked to see if |
---|
| 318 | * it requires any column to be widened, or for that column to |
---|
| 319 | * have its precision increased. |
---|
| 320 | */ |
---|
[136] | 321 | |
---|
[144] | 322 | vector<Col> newset,tempset; |
---|
[136] | 323 | |
---|
[144] | 324 | // set up the default columns: |
---|
| 325 | // get from FullColSet, and select only the ones we want. |
---|
| 326 | tempset = getFullColSet(objectList,head); |
---|
[136] | 327 | |
---|
[191] | 328 | newset.push_back( tempset[NUM] ); |
---|
| 329 | newset.push_back( tempset[X] ); |
---|
| 330 | newset.push_back( tempset[Y] ); |
---|
| 331 | newset.push_back( tempset[Z] ); |
---|
| 332 | newset.push_back( tempset[FTOT] ); |
---|
| 333 | newset.push_back( tempset[FPEAK] ); |
---|
| 334 | newset.push_back( tempset[SNRPEAK] ); |
---|
| 335 | newset.push_back( tempset[X1] ); |
---|
| 336 | newset.push_back( tempset[X2] ); |
---|
| 337 | newset.push_back( tempset[Y1] ); |
---|
| 338 | newset.push_back( tempset[Y2] ); |
---|
| 339 | newset.push_back( tempset[Z1] ); |
---|
| 340 | newset.push_back( tempset[Z2] ); |
---|
| 341 | newset.push_back( tempset[NPIX] ); |
---|
[136] | 342 | |
---|
| 343 | return newset; |
---|
[93] | 344 | |
---|
| 345 | } |
---|