1 | #include <iostream> |
---|
2 | #include <sstream> |
---|
3 | |
---|
4 | #include <math.h> |
---|
5 | #include <duchamp.hh> |
---|
6 | #include <param.hh> |
---|
7 | #include <vector> |
---|
8 | #include <string> |
---|
9 | #include <Detection/detection.hh> |
---|
10 | #include <Detection/columns.hh> |
---|
11 | |
---|
12 | using std::string; |
---|
13 | using std::vector; |
---|
14 | using namespace Column; |
---|
15 | |
---|
16 | Col::Col(){ |
---|
17 | width=1; |
---|
18 | precision=0; |
---|
19 | name=" "; |
---|
20 | units=" "; |
---|
21 | }; |
---|
22 | |
---|
23 | Col::~Col(){} |
---|
24 | |
---|
25 | Col::Col(int num) |
---|
26 | { |
---|
27 | /** |
---|
28 | * A specialised constructor that defines one of the default |
---|
29 | * columns, as defined in the Column namespace |
---|
30 | * \param num The number of the column to be constructed. |
---|
31 | * Corresponds to the order of the columns in the const |
---|
32 | * arrays in the Column namespace. |
---|
33 | */ |
---|
34 | if((num>=0)&&(num<numColumns)){ |
---|
35 | this->width = defaultWidth[num]; |
---|
36 | this->precision = defaultPrec[num]; |
---|
37 | this->name = defaultName[num]; |
---|
38 | this->units = defaultUnits[num]; |
---|
39 | } |
---|
40 | else{ |
---|
41 | std::stringstream errmsg; |
---|
42 | errmsg << "Incorrect value for Col(num) --> num="<<num |
---|
43 | << ", should be between 0 and " << numColumns-1 << ".\n"; |
---|
44 | duchampError("Col constructor", errmsg.str()); |
---|
45 | this->width = 1; |
---|
46 | this->precision = 0; |
---|
47 | this->name = " "; |
---|
48 | this->units = " "; |
---|
49 | } |
---|
50 | } |
---|
51 | |
---|
52 | template <class T> void Col::printEntry(std::ostream &stream, T value) |
---|
53 | { |
---|
54 | stream << std::setprecision(this->precision) |
---|
55 | << std::setw(this->width) |
---|
56 | << std::setfill(' ') |
---|
57 | << value; |
---|
58 | } |
---|
59 | template void Col::printEntry<int>(std::ostream &stream, int value); |
---|
60 | template void Col::printEntry<long>(std::ostream &stream, long value); |
---|
61 | template void Col::printEntry<unsigned>(std::ostream &stream, unsigned value); |
---|
62 | template void Col::printEntry<float>(std::ostream &stream, float value); |
---|
63 | template void Col::printEntry<double>(std::ostream &stream, double value); |
---|
64 | template void Col::printEntry<string>(std::ostream &stream, string value); |
---|
65 | |
---|
66 | |
---|
67 | vector<Col> getFullColSet(vector<Detection> &objectList, FitsHeader &head) |
---|
68 | { |
---|
69 | /** |
---|
70 | * Returns a vector of Col for results file output. |
---|
71 | * |
---|
72 | * A function that returns a vector of Col objects containing |
---|
73 | * information on the columns necessary for output to the results file: |
---|
74 | * Obj#,NAME,X,Y,Z,RA,DEC,VEL,w_RA,w_DEC,w_VEL,F_tot,F_int,F_peak, |
---|
75 | * X1,X2,Y1,Y2,Z1,Z2,Npix,Flag |
---|
76 | * |
---|
77 | * Each object in the provided objectList is checked to see if |
---|
78 | * it requires any column to be widened, or for that column to |
---|
79 | * have its precision increased. |
---|
80 | * |
---|
81 | * Both Ftot and Fint are provided -- it is up to the calling function to |
---|
82 | * determine which to use. |
---|
83 | */ |
---|
84 | |
---|
85 | vector<Col> newset; |
---|
86 | |
---|
87 | // set up the default columns |
---|
88 | |
---|
89 | newset.push_back( Col(NUM) ); |
---|
90 | newset.push_back( Col(NAME) ); |
---|
91 | newset.push_back( Col(X) ); |
---|
92 | newset.push_back( Col(Y) ); |
---|
93 | newset.push_back( Col(Z) ); |
---|
94 | newset.push_back( Col(RA) ); |
---|
95 | newset.push_back( Col(DEC) ); |
---|
96 | newset.push_back( Col(VEL) ); |
---|
97 | newset.push_back( Col(WRA) ); |
---|
98 | newset.push_back( Col(WDEC) ); |
---|
99 | newset.push_back( Col(WVEL) ); |
---|
100 | newset.push_back( Col(FINT) ); |
---|
101 | newset.push_back( Col(FTOT) ); |
---|
102 | newset.push_back( Col(FPEAK) ); |
---|
103 | newset.push_back( Col(SNRPEAK) ); |
---|
104 | newset.push_back( Col(X1) ); |
---|
105 | newset.push_back( Col(X2) ); |
---|
106 | newset.push_back( Col(Y1) ); |
---|
107 | newset.push_back( Col(Y2) ); |
---|
108 | newset.push_back( Col(Z1) ); |
---|
109 | newset.push_back( Col(Z2) ); |
---|
110 | newset.push_back( Col(NPIX) ); |
---|
111 | newset.push_back( Col(FLAG) ); |
---|
112 | |
---|
113 | // Now test each object against each new column |
---|
114 | for( int obj = 0; obj < objectList.size(); obj++){ |
---|
115 | string tempstr; |
---|
116 | int tempwidth; |
---|
117 | float val,minval; |
---|
118 | |
---|
119 | // Obj# |
---|
120 | tempwidth = int( log10(objectList[obj].getID()) + 1) + |
---|
121 | newset[NUM].getPrecision() + 1; |
---|
122 | for(int i=newset[NUM].getWidth();i<tempwidth;i++) newset[NUM].widen(); |
---|
123 | |
---|
124 | // Name |
---|
125 | tempwidth = objectList[obj].getName().size() + 1; |
---|
126 | for(int i=newset[NAME].getWidth();i<tempwidth;i++) newset[NAME].widen(); |
---|
127 | |
---|
128 | // X position |
---|
129 | val = objectList[obj].getXcentre(); |
---|
130 | tempwidth = int( log10(val) + 1) + newset[X].getPrecision() + 2; |
---|
131 | for(int i=newset[X].getWidth();i<tempwidth;i++) newset[X].widen(); |
---|
132 | if((val<1.)&&(val>0.)){ |
---|
133 | minval = pow(10, -1. * newset[X].getPrecision()+1); |
---|
134 | if(val < minval) newset[X].upPrec(); |
---|
135 | } |
---|
136 | // Y position |
---|
137 | val = objectList[obj].getYcentre(); |
---|
138 | tempwidth = int( log10(val) + 1) + newset[Y].getPrecision() + 2; |
---|
139 | for(int i=newset[Y].getWidth();i<tempwidth;i++) newset[Y].widen(); |
---|
140 | if((val<1.)&&(val>0.)){ |
---|
141 | minval = pow(10, -1. * newset[Y].getPrecision()+1); |
---|
142 | if(val < minval) newset[Y].upPrec(); |
---|
143 | } |
---|
144 | // Z position |
---|
145 | val = objectList[obj].getZcentre(); |
---|
146 | tempwidth = int( log10(val) + 1) + newset[Z].getPrecision() + 2; |
---|
147 | for(int i=newset[Z].getWidth();i<tempwidth;i++) newset[Z].widen(); |
---|
148 | if((val<1.)&&(val>0.)){ |
---|
149 | minval = pow(10, -1. * newset[Z].getPrecision()+1); |
---|
150 | if((val>0.)&&(val < minval)) newset[Z].upPrec(); |
---|
151 | } |
---|
152 | |
---|
153 | if(head.isWCS()){ |
---|
154 | // RA -- assign correct title. Check width but should be ok by definition |
---|
155 | tempstr = head.getWCS()->lngtyp; |
---|
156 | newset[RA].setName(tempstr); |
---|
157 | tempwidth = objectList[obj].getRAs().size() + 1; |
---|
158 | for(int i=newset[RA].getWidth();i<tempwidth;i++) newset[RA].widen(); |
---|
159 | |
---|
160 | // Dec -- assign correct title. Check width, should be ok by definition |
---|
161 | tempstr = head.getWCS()->lattyp; |
---|
162 | newset[DEC].setName(tempstr); |
---|
163 | tempwidth = objectList[obj].getDecs().size() + 1; |
---|
164 | for(int i=newset[DEC].getWidth();i<tempwidth;i++) newset[DEC].widen(); |
---|
165 | |
---|
166 | // Vel -- check width, title and units. |
---|
167 | if(head.getWCS()->restfrq == 0) // using frequency, not velocity |
---|
168 | newset[VEL].setName("FREQ"); |
---|
169 | newset[VEL].setUnits("[" + head.getSpectralUnits() + "]"); |
---|
170 | tempwidth = newset[VEL].getUnits().size() + 1; |
---|
171 | for(int i=newset[VEL].getWidth();i<tempwidth;i++) newset[VEL].widen(); |
---|
172 | |
---|
173 | val = objectList[obj].getVel(); |
---|
174 | tempwidth = int( log10(fabs(val)) + 1) + newset[VEL].getPrecision() + 2; |
---|
175 | if(val<0) tempwidth++; |
---|
176 | for(int i=newset[VEL].getWidth();i<tempwidth;i++) newset[VEL].widen(); |
---|
177 | if((fabs(val) < 1.)&&(val>0.)){ |
---|
178 | minval = pow(10, -1. * newset[VEL].getPrecision()+1); |
---|
179 | if(val < minval) newset[VEL].upPrec(); |
---|
180 | } |
---|
181 | |
---|
182 | // w_RA -- check width & title. leave units for the moment. |
---|
183 | tempwidth = newset[RA].getUnits().size() + 1; |
---|
184 | for(int i=newset[RA].getWidth();i<tempwidth;i++) newset[RA].widen(); |
---|
185 | val = objectList[obj].getRAWidth(); |
---|
186 | tempwidth = int( log10(fabs(val)) + 1) + newset[WRA].getPrecision() + 2; |
---|
187 | if(val<0) tempwidth++; |
---|
188 | for(int i=newset[WRA].getWidth();i<tempwidth;i++) newset[WRA].widen(); |
---|
189 | if((fabs(val) < 1.)&&(val>0.)){ |
---|
190 | minval = pow(10, -1. * newset[WRA].getPrecision()+1); |
---|
191 | if(val < minval) newset[WRA].upPrec(); |
---|
192 | } |
---|
193 | |
---|
194 | // w_DEC -- check width & title. leave units for the moment. |
---|
195 | tempwidth = newset[DEC].getUnits().size() + 1; |
---|
196 | for(int i=newset[DEC].getWidth();i<tempwidth;i++) newset[DEC].widen(); |
---|
197 | val = objectList[obj].getDecWidth(); |
---|
198 | tempwidth = int( log10(fabs(val)) + 1) + newset[WDEC].getPrecision() + 2; |
---|
199 | if(val<0) tempwidth++; |
---|
200 | for(int i=newset[WDEC].getWidth();i<tempwidth;i++) newset[WDEC].widen(); |
---|
201 | if((fabs(val) < 1.)&&(val>0.)){ |
---|
202 | minval = pow(10, -1. * newset[WDEC].getPrecision()+1); |
---|
203 | if(val < minval) newset[WDEC].upPrec(); |
---|
204 | } |
---|
205 | |
---|
206 | // w_Vel -- check width, title and units. |
---|
207 | if(head.getWCS()->restfrq == 0) // using frequency, not velocity |
---|
208 | newset[WVEL].setName("w_FREQ"); |
---|
209 | newset[WVEL].setUnits("[" + head.getSpectralUnits() + "]"); |
---|
210 | tempwidth = newset[WVEL].getUnits().size() + 1; |
---|
211 | for(int i=newset[WVEL].getWidth();i<tempwidth;i++) newset[WVEL].widen(); |
---|
212 | val = objectList[obj].getVel(); |
---|
213 | tempwidth = int( log10(fabs(val)) + 1) + newset[WVEL].getPrecision() + 2; |
---|
214 | if(val<0) tempwidth++; |
---|
215 | for(int i=newset[WVEL].getWidth();i<tempwidth;i++) newset[WVEL].widen(); |
---|
216 | if((fabs(val) < 1.)&&(val>0.)){ |
---|
217 | minval = pow(10, -1. * newset[WVEL].getPrecision()+1); |
---|
218 | if(val < minval) newset[WVEL].upPrec(); |
---|
219 | } |
---|
220 | |
---|
221 | // F_int -- check width & units |
---|
222 | newset[FINT].setUnits("[" + head.getIntFluxUnits() + "]"); |
---|
223 | tempwidth = newset[FINT].getUnits().size() + 1; |
---|
224 | for(int i=newset[FINT].getWidth();i<tempwidth;i++) newset[FINT].widen(); |
---|
225 | val = objectList[obj].getIntegFlux(); |
---|
226 | tempwidth = int( log10(fabs(val)) + 1) + newset[FINT].getPrecision() + 2; |
---|
227 | if(val<0) tempwidth++; |
---|
228 | for(int i=newset[FINT].getWidth();i<tempwidth;i++) newset[FINT].widen(); |
---|
229 | if((fabs(val) < 1.)&&(val>0.)){ |
---|
230 | minval = pow(10, -1. * newset[FINT].getPrecision()+1); |
---|
231 | if(val < minval) newset[FINT].upPrec(); |
---|
232 | } |
---|
233 | } |
---|
234 | |
---|
235 | // F_tot |
---|
236 | newset[FTOT].setUnits("[" + head.getFluxUnits() + "]"); |
---|
237 | tempwidth = newset[FTOT].getUnits().size() + 1; |
---|
238 | for(int i=newset[FTOT].getWidth();i<tempwidth;i++) newset[FTOT].widen(); |
---|
239 | val = objectList[obj].getTotalFlux(); |
---|
240 | tempwidth = int( log10(fabs(val)) + 1) + newset[FTOT].getPrecision() + 2; |
---|
241 | if(val<0) tempwidth++; |
---|
242 | for(int i=newset[FTOT].getWidth();i<tempwidth;i++) newset[FTOT].widen(); |
---|
243 | if((fabs(val) < 1.)&&(val>0.)){ |
---|
244 | minval = pow(10, -1. * newset[FTOT].getPrecision()+1); |
---|
245 | if(val < minval) newset[FTOT].upPrec(); |
---|
246 | } |
---|
247 | |
---|
248 | // F_peak |
---|
249 | newset[FPEAK].setUnits("[" + head.getFluxUnits() + "]"); |
---|
250 | tempwidth = newset[FPEAK].getUnits().size() + 1; |
---|
251 | for(int i=newset[FPEAK].getWidth();i<tempwidth;i++) newset[FPEAK].widen(); |
---|
252 | val = objectList[obj].getPeakFlux(); |
---|
253 | tempwidth = int( log10(fabs(val)) + 1) + newset[FPEAK].getPrecision() + 2; |
---|
254 | if(val<0) tempwidth++; |
---|
255 | for(int i=newset[FPEAK].getWidth();i<tempwidth;i++) newset[FPEAK].widen(); |
---|
256 | if((fabs(val) < 1.)&&(val>0.)){ |
---|
257 | minval = pow(10, -1. * newset[FPEAK].getPrecision()+1); |
---|
258 | if(val < minval) newset[FPEAK].upPrec(); |
---|
259 | } |
---|
260 | |
---|
261 | // S/N_peak |
---|
262 | val = objectList[obj].getPeakSNR(); |
---|
263 | tempwidth = int( log10(fabs(val)) + 1) + newset[SNRPEAK].getPrecision() +2; |
---|
264 | if(val<0) tempwidth++; |
---|
265 | for(int i=newset[SNRPEAK].getWidth();i<tempwidth;i++) |
---|
266 | newset[SNRPEAK].widen(); |
---|
267 | if((fabs(val) < 1.)&&(val>0.)){ |
---|
268 | minval = pow(10, -1. * newset[SNRPEAK].getPrecision()+1); |
---|
269 | if(val < minval) newset[SNRPEAK].upPrec(); |
---|
270 | } |
---|
271 | |
---|
272 | // X1 position |
---|
273 | tempwidth = int( log10(objectList[obj].getXmin()) + 1) + |
---|
274 | newset[X1].getPrecision() + 1; |
---|
275 | for(int i=newset[X1].getWidth();i<tempwidth;i++) newset[X1].widen(); |
---|
276 | // X2 position |
---|
277 | tempwidth = int( log10(objectList[obj].getXmax()) + 1) + |
---|
278 | newset[X2].getPrecision() + 1; |
---|
279 | for(int i=newset[X2].getWidth();i<tempwidth;i++) newset[X2].widen(); |
---|
280 | // Y1 position |
---|
281 | tempwidth = int( log10(objectList[obj].getYmin()) + 1) + |
---|
282 | newset[Y1].getPrecision() + 1; |
---|
283 | for(int i=newset[Y1].getWidth();i<tempwidth;i++) newset[Y1].widen(); |
---|
284 | // Y2 position |
---|
285 | tempwidth = int( log10(objectList[obj].getYmax()) + 1) + |
---|
286 | newset[Y2].getPrecision() + 1; |
---|
287 | for(int i=newset[Y2].getWidth();i<tempwidth;i++) newset[Y2].widen(); |
---|
288 | // Z1 position |
---|
289 | tempwidth = int( log10(objectList[obj].getZmin()) + 1) + |
---|
290 | newset[Z1].getPrecision() + 1; |
---|
291 | for(int i=newset[Z1].getWidth();i<tempwidth;i++) newset[Z1].widen(); |
---|
292 | // Z2 position |
---|
293 | tempwidth = int( log10(objectList[obj].getZmax()) + 1) + |
---|
294 | newset[Z2].getPrecision() + 1; |
---|
295 | for(int i=newset[Z2].getWidth();i<tempwidth;i++) newset[Z2].widen(); |
---|
296 | |
---|
297 | // Npix |
---|
298 | tempwidth = int( log10(objectList[obj].getSize()) + 1) + |
---|
299 | newset[NPIX].getPrecision() + 1; |
---|
300 | for(int i=newset[NPIX].getWidth();i<tempwidth;i++) newset[NPIX].widen(); |
---|
301 | |
---|
302 | } |
---|
303 | |
---|
304 | return newset; |
---|
305 | |
---|
306 | } |
---|
307 | |
---|
308 | vector<Col> getLogColSet(vector<Detection> &objectList, FitsHeader &head) |
---|
309 | { |
---|
310 | /** |
---|
311 | * Returns a vector of Col for logfile output. |
---|
312 | * |
---|
313 | * A function that returns a vector of Col objects containing |
---|
314 | * information on the columns necessary for logfile output: |
---|
315 | * Obj#,X,Y,Z,F_tot,F_peak,X1,X2,Y1,Y2,Z1,Z2,Npix |
---|
316 | * |
---|
317 | * Each object in the provided objectList is checked to see if |
---|
318 | * it requires any column to be widened, or for that column to |
---|
319 | * have its precision increased. |
---|
320 | */ |
---|
321 | |
---|
322 | vector<Col> newset,tempset; |
---|
323 | |
---|
324 | // set up the default columns: |
---|
325 | // get from FullColSet, and select only the ones we want. |
---|
326 | tempset = getFullColSet(objectList,head); |
---|
327 | |
---|
328 | newset.push_back( tempset[NUM] ); |
---|
329 | newset.push_back( tempset[X] ); |
---|
330 | newset.push_back( tempset[Y] ); |
---|
331 | newset.push_back( tempset[Z] ); |
---|
332 | newset.push_back( tempset[FTOT] ); |
---|
333 | newset.push_back( tempset[FPEAK] ); |
---|
334 | newset.push_back( tempset[SNRPEAK] ); |
---|
335 | newset.push_back( tempset[X1] ); |
---|
336 | newset.push_back( tempset[X2] ); |
---|
337 | newset.push_back( tempset[Y1] ); |
---|
338 | newset.push_back( tempset[Y2] ); |
---|
339 | newset.push_back( tempset[Z1] ); |
---|
340 | newset.push_back( tempset[Z2] ); |
---|
341 | newset.push_back( tempset[NPIX] ); |
---|
342 | |
---|
343 | return newset; |
---|
344 | |
---|
345 | } |
---|