Changeset 434 for trunk


Ignore:
Timestamp:
02/14/05 19:40:58 (20 years ago)
Author:
kil064
Message:

consolidate cursor selection so that when function
setCursorSlice is extended to handle multi-dimensional
cursors (but contiguous pixels, all of the computation
functions will operate correctly.

Location:
trunk/src
Files:
2 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • trunk/src/SDMath.cc

    r414 r434  
    522522
    523523  IPosition start, end;
    524   getCursorLocation(start, end, *in);
     524  Bool doAll = False;
     525  setCursorSlice (start, end, doAll, *in);
    525526
    526527// Loop over rows
    … …  
    540541// Get row and deconstruct
    541542
    542      MaskedArray<Float> marr(in->rowAsMaskedArray(ii));
    543      Array<Float> arr = marr.getArray();
    544      Array<Bool> barr = marr.getMask();
     543     MaskedArray<Float> dataIn = (in->rowAsMaskedArray(ii))(start,end);
     544     Array<Float> v = dataIn.getArray().nonDegenerate();
     545     Array<Bool>  m = dataIn.getMask().nonDegenerate();
    545546
    546547// Access desired piece of data
    547548
    548      Array<Float> v((arr(start,end)).nonDegenerate());
    549      Array<Bool> m((barr(start,end)).nonDegenerate());
     549//     Array<Float> v((arr(start,end)).nonDegenerate());
     550//     Array<Bool> m((barr(start,end)).nonDegenerate());
    550551
    551552// Apply OTF mask
    … …  
    752753   ArrayColumn<Float> tSysCol(tOut,"TSYS"); 
    753754   Array<Float> tSysArr;
    754 //
    755    if (doAll) {
    756       for (uInt i=0; i < tOut.nrow(); i++) {
     755
     756// Get data slice bounds
     757
     758   IPosition start, end;
     759   setCursorSlice (start, end, doAll, in);
     760//
     761   for (uInt i=0; i<tOut.nrow(); i++) {
    757762
    758763// Modify data
    759764
    760          MaskedArray<Float> dataIn(pOut->rowAsMaskedArray(i));
     765      MaskedArray<Float> dataIn(pOut->rowAsMaskedArray(i));
     766      MaskedArray<Float> dataIn2 = dataIn(start,end);    // Reference
     767      if (what==0) {
     768         dataIn2 *= val;
     769      } else if (what==1) {
     770         dataIn2 += val;
     771      }
     772      specCol.put(i, dataIn.getArray());
     773
     774// Modify Tsys
     775
     776      if (doTSys) {
     777         tSysCol.get(i, tSysArr);
     778         Array<Float> tSysArr2 = tSysArr(start,end);     // Reference
    761779         if (what==0) {
    762             dataIn *= val;
     780            tSysArr2 *= val;
    763781         } else if (what==1) {
    764             dataIn += val;
     782            tSysArr2 += val;
    765783         }
    766          specCol.put(i, dataIn.getArray());
    767 
    768 // Modify Tsys
    769 
    770          if (doTSys) {
    771             tSysCol.get(i, tSysArr);
    772             if (what==0) {
    773                tSysArr *= val;
    774             } else if (what==1) {
    775                tSysArr += val;
    776             }
    777             tSysCol.put(i, tSysArr);
    778          }
    779       }
    780    } else {
    781 
    782 // Get cursor location
    783 
    784       IPosition start, end;
    785       getCursorLocation(start, end, in);
    786 //
    787       for (uInt i=0; i < tOut.nrow(); i++) {
    788 
    789 // Modify data
    790 
    791          MaskedArray<Float> dataIn(pOut->rowAsMaskedArray(i));
    792          MaskedArray<Float> dataIn2 = dataIn(start,end);    // Reference
    793          if (what==0) {
    794             dataIn2 *= val;
    795          } else if (what==1) {
    796             dataIn2 += val;
    797          }
    798          specCol.put(i, dataIn.getArray());
    799 
    800 // Modify Tsys
    801 
    802          if (doTSys) {
    803             tSysCol.get(i, tSysArr);
    804             Array<Float> tSysArr2 = tSysArr(start,end);     // Reference
    805             if (what==0) {
    806                tSysArr2 *= val;
    807             } else if (what==1) {
    808                tSysArr2 += val;
    809             }
    810             tSysCol.put(i, tSysArr);
    811          }
     784         tSysCol.put(i, tSysArr);
    812785      }
    813786   }
    … …  
    967940// Number of channels
    968941
    969    SDHeader sh = in.getSDHeader();
    970    const uInt nChan = sh.nchan;
     942   const uInt nChan = in.nChan();
    971943
    972944// Generate Kernel
    … …  
    984956   SDMemTable* pTabOut = new SDMemTable(in,True);
    985957
    986 // Get cursor location
    987          
    988   IPosition start, end;
    989   getCursorLocation(start, end, in);
    990 //
    991   IPosition shapeOut(4,1);
    992 
    993958// Output Vectors
    994959
    995   Vector<Float> valuesOut(nChan);
    996   Vector<Bool> maskOut(nChan);
     960   Vector<Float> valuesOut(nChan);
     961   Vector<Bool> maskOut(nChan);
     962
     963// Get data slice bounds
     964
     965   IPosition start, end;
     966   setCursorSlice (start, end, doAll, in);
    997967
    998968// Loop over rows in Table
    999969
    1000   for (uInt ri=0; ri < in.nRow(); ++ri) {
    1001 
    1002 // Get copy of data
    1003    
    1004     const MaskedArray<Float>& dataIn(in.rowAsMaskedArray(ri));
    1005     AlwaysAssert(dataIn.shape()(asap::ChanAxis)==nChan, AipsError);
    1006 //
    1007     Array<Float> valuesIn = dataIn.getArray();
    1008     Array<Bool> maskIn = dataIn.getMask();
    1009 
    1010 // Branch depending on whether we smooth all locations or just
    1011 // those pointed at by the current selection cursor
    1012 
    1013     if (doAll) {
    1014        VectorIterator<Float> itValues(valuesIn, asap::ChanAxis);
    1015        VectorIterator<Bool> itMask(maskIn, asap::ChanAxis);
    1016        while (!itValues.pastEnd()) {
    1017 
     970   for (uInt ri=0; ri < in.nRow(); ++ri) {
     971
     972// Get slice of data
     973
     974      MaskedArray<Float> dataIn = in.rowAsMaskedArray(ri);
     975
     976// Deconstruct and get slices which reference these arrays
     977
     978      Array<Float> valuesIn = dataIn.getArray();
     979      Array<Bool> maskIn = dataIn.getMask();
     980//
     981      Array<Float> valuesIn2 = valuesIn(start,end);       // ref to valuesIn
     982      Array<Bool> maskIn2 = maskIn(start,end);
     983
     984// Iterate through by spectra
     985
     986      VectorIterator<Float> itValues(valuesIn2, asap::ChanAxis);
     987      VectorIterator<Bool> itMask(maskIn2, asap::ChanAxis);
     988      while (!itValues.pastEnd()) {
     989       
    1018990// Smooth
    1019           if (kernelType==VectorKernel::HANNING) {
    1020              mathutil::hanning(valuesOut, maskOut, itValues.vector(), itMask.vector());
    1021              itMask.vector() = maskOut;
    1022           } else {
    1023              mathutil::replaceMaskByZero(itValues.vector(), itMask.vector());
    1024              conv.linearConv(valuesOut, itValues.vector());
    1025           }
    1026 //
    1027           itValues.vector() = valuesOut;
    1028 //
    1029           itValues.next();
    1030           itMask.next();
    1031        }
    1032     } else {
    1033 
    1034 // Set multi-dim Vector shape
    1035 
    1036        shapeOut(asap::ChanAxis) = valuesIn.shape()(asap::ChanAxis);
    1037 
    1038 // Stuff about with shapes so that we don't have conformance run-time errors
    1039 
    1040        Vector<Float> valuesIn2 = valuesIn(start,end).nonDegenerate();
    1041        Vector<Bool> maskIn2 = maskIn(start,end).nonDegenerate();
    1042 
    1043 // Smooth
    1044 
    1045        if (kernelType==VectorKernel::HANNING) {
    1046           mathutil::hanning(valuesOut, maskOut, valuesIn2, maskIn2);
    1047           maskIn(start,end) = maskOut.reform(shapeOut);
    1048        } else {
    1049           mathutil::replaceMaskByZero(valuesIn2, maskIn2);
    1050           conv.linearConv(valuesOut, valuesIn2);
    1051        }
    1052 //
    1053        valuesIn(start,end) = valuesOut.reform(shapeOut);
    1054     }
     991
     992         if (kernelType==VectorKernel::HANNING) {
     993            mathutil::hanning(valuesOut, maskOut, itValues.vector(), itMask.vector());
     994            itMask.vector() = maskOut;
     995         } else {
     996            mathutil::replaceMaskByZero(itValues.vector(), itMask.vector());
     997            conv.linearConv(valuesOut, itValues.vector());
     998         }
     999//   
     1000         itValues.vector() = valuesOut;
     1001//
     1002         itValues.next();
     1003         itMask.next();
     1004      }
    10551005
    10561006// Create and put back
    10571007
    1058     SDContainer sc = in.getSDContainer(ri);
    1059     putDataInSDC(sc, valuesIn, maskIn);
    1060 //
    1061     pTabOut->putSDContainer(sc);
    1062   }
     1008      SDContainer sc = in.getSDContainer(ri);
     1009      putDataInSDC(sc, valuesIn, maskIn);
     1010//
     1011      pTabOut->putSDContainer(sc);
     1012   }
    10631013//
    10641014  return pTabOut;
    … …  
    13051255   if (toKelvin) factors = Float(1.0) / factors;
    13061256
    1307 // For operations only on specified cursor location
     1257// Get data slice bounds
    13081258
    13091259   IPosition start, end;
    1310    getCursorLocation(start, end, in);
     1260   setCursorSlice (start, end, doAll, in);
    13111261   const uInt ifAxis = in.getIF();
    13121262
    … …  
    13281278// Get data
    13291279
    1330       MaskedArray<Float> dataIn(in.rowAsMaskedArray(i));
    1331       Array<Float>& values = dataIn.getRWArray();
     1280      MaskedArray<Float> dataIn = in.rowAsMaskedArray(i);
     1281      Array<Float>& values = dataIn.getRWArray();           // Ref to dataIn
     1282      Array<Float> values2 = values(start,end);             // Ref to values to dataIn
    13321283
    13331284// Get SDCOntainer
    … …  
    13431294// us BEAM/POL/CHAN cubes
    13441295
    1345       if (doAll) {
    1346          ArrayIterator<Float> itIn(values, axes);
    1347          uInt ax = 0;
    1348          while (!itIn.pastEnd()) {
    1349            itIn.array() *= factors(freqIDs(ax));         // Writes back to dataIn
    1350            itIn.next();
    1351          }
    1352       } else {
    1353          MaskedArray<Float> dataIn2 = dataIn(start,end);  // reference
    1354          dataIn2 *= factors(freqIDs(ifAxis));
     1296      ArrayIterator<Float> itIn(values2, axes);
     1297      uInt ax = 0;
     1298      while (!itIn.pastEnd()) {
     1299        itIn.array() *= factors(freqIDs(ax));         // Writes back to dataIn
     1300        itIn.next();
    13551301      }
    13561302
    … …  
    17141660
    17151661
    1716 
    1717 
    1718 void SDMath::getCursorLocation(IPosition& start, IPosition& end,
    1719                                const SDMemTable& in) const
    1720 {
    1721   const uInt nDim = 4;
    1722   const uInt i = in.getBeam();
    1723   const uInt j = in.getIF();
    1724   const uInt k = in.getPol();
    1725   const uInt n = in.nChan();
     1662void SDMath::setCursorSlice (IPosition& start, IPosition& end, Bool doAll, const SDMemTable& in) const
     1663{
     1664  const uInt nDim = asap::nAxes;
     1665  DebugAssert(nDim==4,AipsError);
    17261666//
    17271667  start.resize(nDim);
    1728   start(0) = i;
    1729   start(1) = j;
    1730   start(2) = k;
    1731   start(3) = 0;
    1732 //
    17331668  end.resize(nDim);
    1734   end(0) = i;
    1735   end(1) = j;
    1736   end(2) = k;
    1737   end(3) = n-1;
     1669  if (doAll) {
     1670     start = 0;
     1671     end(0) = in.nBeam()-1;
     1672     end(1) = in.nIF()-1;
     1673     end(2) = in.nPol()-1;
     1674     end(3) = in.nChan()-1;
     1675  } else {
     1676     start(0) = in.getBeam();
     1677     end(0) = start(0);
     1678//
     1679     start(1) = in.getIF();
     1680     end(1) = start(1);
     1681//
     1682     start(2) = in.getPol();
     1683     end(2) = start(2);
     1684//
     1685     start(3) = 0;
     1686     end(3) = in.nChan()-1;
     1687   }
    17381688}
    17391689
    … …  
    18431793{
    18441794
    1845 // For operations only on specified cursor location
     1795// Set up data slice
    18461796
    18471797  IPosition start, end;
    1848   getCursorLocation(start, end, in);
     1798  setCursorSlice (start, end, doAll, in);
    18491799
    18501800// Loop over rows and apply correction factor
    … …  
    18551805// Get data
    18561806
    1857     MaskedArray<Float> dataIn(in.rowAsMaskedArray(i));
     1807     MaskedArray<Float> dataIn(in.rowAsMaskedArray(i));
     1808     MaskedArray<Float> dataIn2 = dataIn(start,end);  // reference to dataIn
    18581809
    18591810// Apply factor
    18601811
    1861     if (doAll) {
    1862        dataIn *= factor[i];
    1863     } else {
    1864        MaskedArray<Float> dataIn2 = dataIn(start,end);  // reference
    1865        dataIn2 *= factor[i];
    1866     }
     1812     dataIn2 *= factor[i];
    18671813
    18681814// Write out
    18691815
    1870     SDContainer sc = in.getSDContainer(i);
    1871     putDataInSDC(sc, dataIn.getArray(), dataIn.getMask());
    1872 //
    1873     pTabOut->putSDContainer(sc);
     1816     SDContainer sc = in.getSDContainer(i);
     1817     putDataInSDC(sc, dataIn.getArray(), dataIn.getMask());
     1818//
     1819     pTabOut->putSDContainer(sc);
    18741820  }
    18751821}

  • trunk/src/SDMath.h

    r397 r434  
    211211                               casa::Bool perFreqID) const;
    212212
    213 // Function to get the current cursor location
    214    void getCursorLocation (casa::IPosition& start, casa::IPosition& end,
    215                            const SDMemTable& in) const;
     213// Set slice to cursor or all axes
     214    void setCursorSlice (casa::IPosition& start, casa::IPosition& end,
     215                         casa::Bool doAll, const SDMemTable& in) const;
    216216
    217217// Function to normalize data when averaging in time
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.