Ignore:
Timestamp:
08/02/10 17:28:20 (14 years ago)
Author:
Kana Sugimoto
Message:

New Development: No

JIRA Issue: No (merge alma branch to trunk)

Ready for Test: Yes

Interface Changes: No

Test Programs: regressions may work

Module(s): all single dish modules

Description:

Merged all changes in alma (r1386:1818) and newfiller (r1774:1818) branch.


Location:
trunk/python
Files:
2 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • trunk/python

  • trunk/python/scantable.py

    r1731 r1819  
    3535        The ASAP container for scans
    3636    """
    37     @print_log_dec
    38     def __init__(self, filename, average=None, unit=None, parallactify=None):
     37
     38    @print_log_dec
     39    def __init__(self, filename, average=None, unit=None, getpt=None, antenna=None, parallactify=None):
    3940        """
    4041        Create a scantable from a saved one or make a reference
    … …  
    5455                         (input rpfits/sdfits/ms) or replaces the value
    5556                         in existing scantables
     57            getpt:       for MeasurementSet input data only:
     58                         If True, all pointing data are filled.
     59                         The deafult is False, which makes time to load
     60                         the MS data faster in some cases.
     61            antenna:     Antenna selection. integer (id) or string (name
     62                         or id).
    5663            parallactify: Indcicate that the data had been parallatified.
    5764                          Default is taken form rc file.
    … …  
    5966        if average is None:
    6067            average = rcParams['scantable.autoaverage']
     68        if getpt is None:
     69            getpt = True
     70        if antenna is None:
     71            antenna = ''
     72        elif type(antenna) == int:
     73            antenna = '%s'%antenna
     74        elif type(antenna) == list:
     75            tmpstr = ''
     76            for i in range( len(antenna) ):
     77                if type(antenna[i]) == int:
     78                    tmpstr = tmpstr + ('%s,'%(antenna[i]))
     79                elif type(antenna[i]) == str:
     80                    tmpstr=tmpstr+antenna[i]+','
     81                else:
     82                    asaplog.push('Bad antenna selection.')
     83                    print_log('ERROR')
     84                    return
     85            antenna = tmpstr.rstrip(',')
    6186        parallactify = parallactify or rcParams['scantable.parallactify']
    6287        varlist = vars()
    6388        from asap._asap import stmath
    64         self._math = stmath()
     89        self._math = stmath( rcParams['insitu'] )
    6590        if isinstance(filename, Scantable):
    6691            Scantable.__init__(self, filename)
    … …  
    7398                    if rcParams['verbose']:
    7499                        asaplog.push(s)
     100                        print_log('ERROR')
    75101                        return
    76102                    raise IOError(s)
    … …  
    80106                    if unit is not None:
    81107                        self.set_fluxunit(unit)
    82                     self.set_freqframe(rcParams['scantable.freqframe'])
     108                    # do not reset to the default freqframe
     109                    #self.set_freqframe(rcParams['scantable.freqframe'])
     110                elif os.path.isdir(filename) \
     111                         and not os.path.exists(filename+'/table.f1'):
     112                    msg = "The given file '%s'is not a valid " \
     113                          "asap table." % (filename)
     114                    if rcParams['verbose']:
     115                        #print msg
     116                        asaplog.push( msg )
     117                        print_log( 'ERROR' )
     118                        return
     119                    else:
     120                        raise IOError(msg)
    83121                else:
    84                     self._fill([filename], unit, average)
     122                    self._fill([filename], unit, average, getpt, antenna)
    85123            elif (isinstance(filename, list) or isinstance(filename, tuple)) \
    86124                  and isinstance(filename[-1], str):
    87                 self._fill(filename, unit, average)
     125                self._fill(filename, unit, average, getpt, antenna)
    88126        self.parallactify(parallactify)
    89127        self._add_history("scantable", varlist)
     128        print_log()
    90129
    91130    @print_log_dec
    … …  
    126165                msg = "File %s exists." % name
    127166                if rcParams['verbose']:
    128                     print msg
     167                    #print msg
     168                    asaplog.push( msg )
     169                    print_log( 'ERROR' )
    129170                    return
    130171                else:
    … …  
    137178            writer = stw(format2)
    138179            writer.write(self, name)
     180        print_log()
    139181        return
    140182
    … …  
    164206        if not _is_valid(scanid):
    165207            if rcParams['verbose']:
    166                 print "Please specify a scanno to drop from the scantable"
     208                #print "Please specify a scanno to drop from the scantable"
     209                asaplog.push( 'Please specify a scanno to drop from the scantable' )
     210                print_log( 'ERROR' )
    167211                return
    168212            else:
    … …  
    176220        except ValueError:
    177221            if rcParams['verbose']:
    178                 print "Couldn't find any match."
     222                #print "Couldn't find any match."
     223                print_log()
     224                asaplog.push( "Couldn't find any match." )
     225                print_log( 'ERROR' )
    179226                return
    180227            else: raise
    … …  
    184231        except RuntimeError:
    185232            if rcParams['verbose']:
    186                 print "Couldn't find any match."
     233                #print "Couldn't find any match."
     234                print_log()
     235                asaplog.push( "Couldn't find any match." )
     236                print_log( 'ERROR' )
    187237            else:
    188238                raise
    … …  
    215265        if scanid is None:
    216266            if rcParams['verbose']:
    217                 print "Please specify a scan no or name to " \
    218                       "retrieve from the scantable"
     267                #print "Please specify a scan no or name to " \
     268                #      "retrieve from the scantable"
     269                asaplog.push( 'Please specify a scan no or name to retrieve from the scantable' )
     270                print_log( 'ERROR' )
    219271                return
    220272            else:
    … …  
    236288                msg = "Illegal scanid type, use 'int' or 'list' if ints."
    237289                if rcParams['verbose']:
    238                     print msg
     290                    #print msg
     291                    asaplog.push( msg )
     292                    print_log( 'ERROR' )
    239293                else:
    240294                    raise TypeError(msg)
    241295        except RuntimeError:
    242             if rcParams['verbose']: print "Couldn't find any match."
     296            if rcParams['verbose']:
     297                #print "Couldn't find any match."
     298                print_log()
     299                asaplog.push( "Couldn't find any match." )
     300                print_log( 'ERROR' )
    243301            else: raise
    244302
    … …  
    266324                msg = "Illegal file name '%s'." % (filename)
    267325                if rcParams['verbose']:
    268                     print msg
     326                    #print msg
     327                    asaplog.push( msg )
     328                    print_log( 'ERROR' )
    269329                else:
    270330                    raise IOError(msg)
    … …  
    367427        self._setselection(selection)
    368428
    369     def stats(self, stat='stddev', mask=None):
     429    def get_row(self, row=0, insitu=None):
     430        """
     431        Select a row in the scantable.
     432        Return a scantable with single row.
     433        Parameters:
     434            row: row no of integration, default is 0.
     435            insitu: if False a new scantable is returned.
     436                    Otherwise, the scaling is done in-situ
     437                    The default is taken from .asaprc (False)
     438        """
     439        if insitu is None: insitu = rcParams['insitu']
     440        if not insitu:
     441            workscan = self.copy()
     442        else:
     443            workscan = self
     444        # Select a row
     445        sel=selector()
     446        sel.set_scans([workscan.getscan(row)])
     447        sel.set_cycles([workscan.getcycle(row)])
     448        sel.set_beams([workscan.getbeam(row)])
     449        sel.set_ifs([workscan.getif(row)])
     450        sel.set_polarisations([workscan.getpol(row)])
     451        sel.set_name(workscan._getsourcename(row))
     452        workscan.set_selection(sel)
     453        if not workscan.nrow() == 1:
     454            msg = "Cloud not identify single row. %d rows selected."%(workscan.nrow())
     455            raise RuntimeError(msg)
     456        del sel
     457        if insitu:
     458            self._assign(workscan)
     459        else:
     460            return workscan
     461
     462    #def stats(self, stat='stddev', mask=None):
     463    def stats(self, stat='stddev', mask=None, form='3.3f'):
    370464        """
    371465        Determine the specified statistic of the current beam/if/pol
    … …  
    373467        channels should be excluded.
    374468        Parameters:
    375             stat:    'min', 'max', 'sumsq', 'sum', 'mean'
    376                      'var', 'stddev', 'avdev', 'rms', 'median'
     469            stat:    'min', 'max', 'min_abc', 'max_abc', 'sumsq', 'sum',
     470                     'mean', 'var', 'stddev', 'avdev', 'rms', 'median'
    377471            mask:    an optional mask specifying where the statistic
    378472                     should be determined.
     473            form:    format string to print statistic values
    379474        Example:
    380475            scan.set_unit('channel')
    … …  
    387482                             "number of channels. Please use setselection() "
    388483                             "to select individual IFs")
    389 
    390         statvals = self._math._stats(self, mask, stat)
    391         def cb(i):
    392             return statvals[i]
    393 
    394         return self._row_callback(cb, stat)
     484        rtnabc = False
     485        if stat.lower().endswith('_abc'): rtnabc = True
     486        getchan = False
     487        if stat.lower().startswith('min') or stat.lower().startswith('max'):
     488            chan = self._math._minmaxchan(self, mask, stat)
     489            getchan = True
     490            statvals = []
     491        if not rtnabc: statvals = self._math._stats(self, mask, stat)
     492
     493        #def cb(i):
     494        #    return statvals[i]
     495
     496        #return self._row_callback(cb, stat)
     497
     498        label=stat
     499        #callback=cb
     500        out = ""
     501        #outvec = []
     502        sep = '-'*50
     503        for i in range(self.nrow()):
     504            refstr = ''
     505            statunit= ''
     506            if getchan:
     507                qx, qy = self.chan2data(rowno=i, chan=chan[i])
     508                if rtnabc:
     509                    statvals.append(qx['value'])
     510                    refstr = ('(value: %'+form) % (qy['value'])+' ['+qy['unit']+'])'
     511                    statunit= '['+qx['unit']+']'
     512                else:
     513                    refstr = ('(@ %'+form) % (qx['value'])+' ['+qx['unit']+'])'
     514
     515            tm = self._gettime(i)
     516            src = self._getsourcename(i)
     517            out += 'Scan[%d] (%s) ' % (self.getscan(i), src)
     518            out += 'Time[%s]:\n' % (tm)
     519            if self.nbeam(-1) > 1:
     520                out +=  ' Beam[%d] ' % (self.getbeam(i))
     521            if self.nif(-1) > 1: out +=  ' IF[%d] ' % (self.getif(i))
     522            if self.npol(-1) > 1: out +=  ' Pol[%d] ' % (self.getpol(i))
     523            #outvec.append(callback(i))
     524            #out += ('= %'+form) % (outvec[i]) +'   '+refstr+'\n'
     525            out += ('= %'+form) % (statvals[i]) +'   '+refstr+'\n'
     526            out +=  sep+"\n"
     527
     528        if rcParams['verbose']:
     529            import os
     530            if os.environ.has_key( 'USER' ):
     531                usr=os.environ['USER']
     532            else:
     533                import commands
     534                usr=commands.getoutput( 'whoami' )
     535            tmpfile='/tmp/tmp_'+usr+'_casapy_asap_scantable_stats'
     536            f=open(tmpfile,'w')
     537            print >> f, sep
     538            print >> f, ' %s %s' % (label, statunit)
     539            print >> f, sep
     540            print >> f, out
     541            f.close()
     542            f=open(tmpfile,'r')
     543            x=f.readlines()
     544            f.close()
     545            blanc=''
     546            asaplog.push(blanc.join(x), False)
     547            #for xx in x:
     548            #    asaplog.push( xx, False )
     549            print_log()
     550        return statvals
     551
     552    def chan2data(self, rowno=0, chan=0):
     553        """
     554        Returns channel/frequency/velocity and spectral value
     555        at an arbitrary row and channel in the scantable.
     556        Parameters:
     557            rowno:   a row number in the scantable. Default is the
     558                     first row, i.e. rowno=0
     559            chan:    a channel in the scantable. Default is the first
     560                     channel, i.e. pos=0
     561        """
     562        if isinstance(rowno, int) and isinstance(chan, int):
     563            qx = {'unit': self.get_unit(),
     564                  'value': self._getabcissa(rowno)[chan]}
     565            qy = {'unit': self.get_fluxunit(),
     566                  'value': self._getspectrum(rowno)[chan]}
     567            return qx, qy
    395568
    396569    def stddev(self, mask=None):
    … …  
    462635            out +=  sep+'\n'
    463636        if rcParams['verbose']:
    464             print sep
    465             print " %s" % (label)
    466             print sep
    467             print out
     637            asaplog.push(sep)
     638            asaplog.push(" %s" % (label))
     639            asaplog.push(sep)
     640            asaplog.push(out)
     641            print_log()
    468642        return outvec
    469643
    … …  
    474648            return [callback(i) for i in range(self.nrow())]
    475649        else:
    476             if 0 <= row < self.nrow():
     650            if  0 <= row < self.nrow():
    477651                return callback(row)
    478652
    … …  
    604778        self._setInstrument(instr)
    605779        self._add_history("set_instument", vars())
     780        print_log()
    606781
    607782    @print_log_dec
    … …  
    614789        self._setfeedtype(feedtype)
    615790        self._add_history("set_feedtype", vars())
     791        print_log()
    616792
    617793    @print_log_dec
    … …  
    627803        self._setcoordinfo(inf)
    628804        self._add_history("set_doppler", vars())
     805        print_log()
    629806
    630807    @print_log_dec
    … …  
    634811        Parameters:
    635812            frame:   an optional frame type, default 'LSRK'. Valid frames are:
    636                      'REST', 'TOPO', 'LSRD', 'LSRK', 'BARY',
     813                     'TOPO', 'LSRD', 'LSRK', 'BARY',
    637814                     'GEO', 'GALACTO', 'LGROUP', 'CMB'
    638815        Examples:
    … …  
    641818        frame = frame or rcParams['scantable.freqframe']
    642819        varlist = vars()
    643         valid = ['REST', 'TOPO', 'LSRD', 'LSRK', 'BARY', \
     820        # "REST" is not implemented in casacore
     821        #valid = ['REST', 'TOPO', 'LSRD', 'LSRK', 'BARY', \
     822        #           'GEO', 'GALACTO', 'LGROUP', 'CMB']
     823        valid = ['TOPO', 'LSRD', 'LSRK', 'BARY', \
    644824                   'GEO', 'GALACTO', 'LGROUP', 'CMB']
    645825
    … …  
    652832            msg  = "Please specify a valid freq type. Valid types are:\n", valid
    653833            if rcParams['verbose']:
    654                 print msg
     834                #print msg
     835                asaplog.push( msg )
     836                print_log( 'ERROR' )
    655837            else:
    656838                raise TypeError(msg)
     839        print_log()
    657840
    658841    def set_dirframe(self, frame=""):
    … …  
    670853        except RuntimeError, msg:
    671854            if rcParams['verbose']:
    672                 print msg
     855                #print msg
     856                print_log()
     857                asaplog.push( str(msg) )
     858                print_log( 'ERROR' )
    673859            else:
    674860                raise
    … …  
    698884        abc = self._getabcissa(rowno)
    699885        lbl = self._getabcissalabel(rowno)
     886        print_log()
    700887        return abc, lbl
    701888
    702     def flag(self, mask=None):
     889    def flag(self, mask=None, unflag=False):
    703890        """
    704891        Flag the selected data using an optional channel mask.
    … …  
    706893            mask:   an optional channel mask, created with create_mask. Default
    707894                    (no mask) is all channels.
     895            unflag:    if True, unflag the data
    708896        """
    709897        varlist = vars()
    710898        mask = mask or []
    711899        try:
    712             self._flag(mask)
     900            self._flag(mask, unflag)
    713901        except RuntimeError, msg:
    714902            if rcParams['verbose']:
    715                 print msg
     903                #print msg
     904                print_log()
     905                asaplog.push( str(msg) )
     906                print_log( 'ERROR' )
    716907                return
    717908            else: raise
    718909        self._add_history("flag", varlist)
    719910
     911    def flag_row(self, rows=[], unflag=False):
     912        """
     913        Flag the selected data in row-based manner.
     914        Parameters:
     915            rows:   list of row numbers to be flagged. Default is no row (must be explicitly specified to execute row-based flagging).
     916            unflag: if True, unflag the data.
     917        """
     918        varlist = vars()
     919        try:
     920            self._flag_row(rows, unflag)
     921        except RuntimeError, msg:
     922            if rcParams['verbose']:
     923                print_log()
     924                asaplog.push( str(msg) )
     925                print_log('ERROR')
     926                return
     927            else: raise
     928        self._add_history("flag_row", varlist)
     929
     930    def clip(self, uthres=None, dthres=None, clipoutside=True, unflag=False):
     931        """
     932        Flag the selected data outside a specified range (in channel-base)
     933        Parameters:
     934            uthres:      upper threshold.
     935            dthres:      lower threshold
     936            clipoutside: True for flagging data outside the range [dthres:uthres].
     937                         False for glagging data inside the range.
     938            unflag     : if True, unflag the data.
     939        """
     940        varlist = vars()
     941        try:
     942            self._clip(uthres, dthres, clipoutside, unflag)
     943        except RuntimeError, msg:
     944            if rcParams['verbose']:
     945                print_log()
     946                asaplog.push(str(msg))
     947                print_log('ERROR')
     948                return
     949            else: raise
     950        self._add_history("clip", varlist)
     951
    720952    @print_log_dec
    721953    def lag_flag(self, start, end, unit="MHz", insitu=None):
     954    #def lag_flag(self, frequency, width=0.0, unit="GHz", insitu=None):
    722955        """
    723956        Flag the data in 'lag' space by providing a frequency to remove.
    … …  
    748981        except RuntimeError, msg:
    749982            if rcParams['verbose']:
    750                 print msg
     983                #print msg
     984                print_log()
     985                asaplog.push( str(msg) )
     986                print_log( 'ERROR' )
    751987                return
    752988            else: raise
    753989        s._add_history("lag_flag", varlist)
     990        print_log()
    754991        if insitu:
    755992            self._assign(s)
    … …  
    8191056            if kwargs.get('invert'):
    8201057                msk = mask_not(msk)
     1058        print_log()
    8211059        return msk
    8221060
    823     def get_restfreqs(self):
     1061    def get_masklist(self, mask=None, row=0):
     1062        """
     1063        Compute and return a list of mask windows, [min, max].
     1064        Parameters:
     1065            mask:       channel mask, created with create_mask.
     1066            row:        calcutate the masklist using the specified row
     1067                        for unit conversions, default is row=0
     1068                        only necessary if frequency varies over rows.
     1069        Returns:
     1070            [min, max], [min2, max2], ...
     1071                Pairs of start/end points (inclusive)specifying
     1072                the masked regions
     1073        """
     1074        if not (isinstance(mask,list) or isinstance(mask, tuple)):
     1075            raise TypeError("The mask should be list or tuple.")
     1076        if len(mask) < 2:
     1077            raise TypeError("The mask elements should be > 1")
     1078        if self.nchan() != len(mask):
     1079            msg = "Number of channels in scantable != number of mask elements"
     1080            raise TypeError(msg)
     1081        data = self._getabcissa(row)
     1082        u = self._getcoordinfo()[0]
     1083        if rcParams['verbose']:
     1084            if u == "": u = "channel"
     1085            msg = "The current mask window unit is %s" % u
     1086            i = self._check_ifs()
     1087            if not i:
     1088                msg += "\nThis mask is only valid for IF=%d" % (self.getif(i))
     1089            asaplog.push(msg)
     1090        masklist=[]
     1091        ist, ien = None, None
     1092        ist, ien=self.get_mask_indices(mask)
     1093        if ist is not None and ien is not None:
     1094            for i in xrange(len(ist)):
     1095                range=[data[ist[i]],data[ien[i]]]
     1096                range.sort()
     1097                masklist.append([range[0],range[1]])
     1098        return masklist
     1099
     1100    def get_mask_indices(self, mask=None):
     1101        """
     1102        Compute and Return lists of mask start indices and mask end indices.
     1103         Parameters:
     1104            mask:       channel mask, created with create_mask.
     1105        Returns:
     1106            List of mask start indices and that of mask end indices,
     1107            i.e., [istart1,istart2,....], [iend1,iend2,....].
     1108        """
     1109        if not (isinstance(mask,list) or isinstance(mask, tuple)):
     1110            raise TypeError("The mask should be list or tuple.")
     1111        if len(mask) < 2:
     1112            raise TypeError("The mask elements should be > 1")
     1113        istart=[]
     1114        iend=[]
     1115        if mask[0]: istart.append(0)
     1116        for i in range(len(mask)-1):
     1117            if not mask[i] and mask[i+1]:
     1118                istart.append(i+1)
     1119            elif mask[i] and not mask[i+1]:
     1120                iend.append(i)
     1121        if mask[len(mask)-1]: iend.append(len(mask)-1)
     1122        if len(istart) != len(iend):
     1123            raise RuntimeError("Numbers of mask start != mask end.")
     1124        for i in range(len(istart)):
     1125            if istart[i] > iend[i]:
     1126                raise RuntimeError("Mask start index > mask end index")
     1127                break
     1128        return istart,iend
     1129
     1130#    def get_restfreqs(self):
     1131#        """
     1132#        Get the restfrequency(s) stored in this scantable.
     1133#        The return value(s) are always of unit 'Hz'
     1134#        Parameters:
     1135#            none
     1136#        Returns:
     1137#            a list of doubles
     1138#        """
     1139#        return list(self._getrestfreqs())
     1140
     1141    def get_restfreqs(self, ids=None):
    8241142        """
    8251143        Get the restfrequency(s) stored in this scantable.
    8261144        The return value(s) are always of unit 'Hz'
    8271145        Parameters:
    828             none
     1146            ids: (optional) a list of MOLECULE_ID for that restfrequency(s) to
     1147                 be retrieved
    8291148        Returns:
    830             a list of doubles
    831         """
    832         return list(self._getrestfreqs())
    833 
     1149            dictionary containing ids and a list of doubles for each id
     1150        """
     1151        if ids is None:
     1152            rfreqs={}
     1153            idlist = self.getmolnos()
     1154            for i in idlist:
     1155                rfreqs[i]=list(self._getrestfreqs(i))
     1156            return rfreqs
     1157        else:
     1158            if type(ids)==list or type(ids)==tuple:
     1159                rfreqs={}
     1160                for i in ids:
     1161                    rfreqs[i]=list(self._getrestfreqs(i))
     1162                return rfreqs
     1163            else:
     1164                return list(self._getrestfreqs(ids))
     1165            #return list(self._getrestfreqs(ids))
    8341166
    8351167    def set_restfreqs(self, freqs=None, unit='Hz'):
    8361168        """
     1169        ********NEED TO BE UPDATED begin************
    8371170        Set or replace the restfrequency specified and
    8381171        If the 'freqs' argument holds a scalar,
    … …  
    8461179        E.g. 'freqs=[1e9, 2e9]'  would mean IF 0 gets restfreq 1e9 and
    8471180        IF 1 gets restfreq 2e9.
     1181        ********NEED TO BE UPDATED end************
    8481182        You can also specify the frequencies via a linecatalog.
    8491183
    … …  
    8531187
    8541188        Example:
    855             # set the given restfrequency for the whole table
     1189            # set the given restfrequency for the all currently selected IFs
    8561190            scan.set_restfreqs(freqs=1.4e9)
    857             # If thee number of IFs in the data is >= 2 IF0 gets the first
    858             # value IF1 the second...
    859             scan.set_restfreqs(freqs=[1.4e9, 1.67e9])
     1191            # set multiple restfrequencies to all the selected data
     1192            scan.set_restfreqs(freqs=[1.4e9, 1.41e9, 1.42e9])
     1193            # If the number of IFs in the data is >= 2 the IF0 gets the first
     1194            # value IF1 the second... NOTE that freqs needs to be
     1195            # specified in list of list (e.g. [[],[],...] ).
     1196            scan.set_restfreqs(freqs=[[1.4e9],[1.67e9]])
    8601197            #set the given restfrequency for the whole table (by name)
    8611198            scan.set_restfreqs(freqs="OH1667")
    … …  
    8771214        # simple  value
    8781215        if isinstance(freqs, int) or isinstance(freqs, float):
    879             self._setrestfreqs(freqs, "",unit)
     1216            # TT mod
     1217            #self._setrestfreqs(freqs, "",unit)
     1218            self._setrestfreqs([freqs], [""],unit)
    8801219        # list of values
    8811220        elif isinstance(freqs, list) or isinstance(freqs, tuple):
    8821221            # list values are scalars
    8831222            if isinstance(freqs[-1], int) or isinstance(freqs[-1], float):
     1223                self._setrestfreqs(freqs, [""], unit)
     1224            # list values are tuples, (value, name)
     1225            elif isinstance(freqs[-1], dict):
     1226                #sel = selector()
     1227                #savesel = self._getselection()
     1228                #iflist = self.getifnos()
     1229                #for i in xrange(len(freqs)):
     1230                #    sel.set_ifs(iflist[i])
     1231                #    self._setselection(sel)
     1232                #    self._setrestfreqs(freqs[i], "",unit)
     1233                #self._setselection(savesel)
     1234                self._setrestfreqs(freqs["value"],
     1235                                   freqs["name"], unit)
     1236            elif isinstance(freqs[-1], list) or isinstance(freqs[-1], tuple):
    8841237                sel = selector()
    8851238                savesel = self._getselection()
    8861239                iflist = self.getifnos()
     1240                if len(freqs)>len(iflist):
     1241                    raise ValueError("number of elements in list of list exeeds the current IF selections")
    8871242                for i in xrange(len(freqs)):
    8881243                    sel.set_ifs(iflist[i])
    8891244                    self._setselection(sel)
    890                     self._setrestfreqs(freqs[i], "",unit)
    891                 self._setselection(savesel)
    892             # list values are tuples, (value, name)
    893             elif isinstance(freqs[-1], dict):
    894                 sel = selector()
    895                 savesel = self._getselection()
    896                 iflist = self.getifnos()
    897                 for i in xrange(len(freqs)):
    898                     sel.set_ifs(iflist[i])
    899                     self._setselection(sel)
    900                     self._setrestfreqs(freqs[i]["value"],
    901                                        freqs[i]["name"], "MHz")
     1245                    self._setrestfreqs(freqs[i], [""], unit)
    9021246                self._setselection(savesel)
    9031247        # freqs are to be taken from a linecatalog
    … …  
    9051249            sel = selector()
    9061250            savesel = self._getselection()
    907             iflist = self.getifnos()
    9081251            for i in xrange(freqs.nrow()):
    9091252                sel.set_ifs(iflist[i])
    … …  
    9631306                msg = "Illegal file name '%s'." % (filename)
    9641307                if rcParams['verbose']:
    965                     print msg
     1308                    #print msg
     1309                    asaplog.push( msg )
     1310                    print_log( 'ERROR' )
    9661311                else:
    9671312                    raise IOError(msg)
    … …  
    10201365        except RuntimeError, msg:
    10211366            if rcParams['verbose']:
    1022                 print msg
     1367                #print msg
     1368                print_log()
     1369                asaplog.push( str(msg) )
     1370                print_log( 'ERROR' )
    10231371                return
    10241372            else: raise
    10251373        s._add_history("average_time", varlist)
     1374        print_log()
    10261375        return s
    10271376
    … …  
    10511400        s = scantable(self._math._convertflux(self, d, eta, jyperk))
    10521401        s._add_history("convert_flux", varlist)
     1402        print_log()
    10531403        if insitu: self._assign(s)
    10541404        else: return s
    … …  
    11031453        s = scantable(self._math._gainel(self, poly, filename, method))
    11041454        s._add_history("gain_el", varlist)
     1455        print_log()
    11051456        if insitu:
    11061457            self._assign(s)
    … …  
    11301481        s = scantable(self._math._freq_align(self, reftime, method))
    11311482        s._add_history("freq_align", varlist)
     1483        print_log()
    11321484        if insitu: self._assign(s)
    11331485        else: return s
    … …  
    11581510        s = scantable(self._math._opacity(self, tau))
    11591511        s._add_history("opacity", varlist)
     1512        print_log()
    11601513        if insitu: self._assign(s)
    11611514        else: return s
    … …  
    11761529        s = scantable(self._math._bin(self, width))
    11771530        s._add_history("bin", varlist)
     1531        print_log()
    11781532        if insitu:
    11791533            self._assign(s)
    … …  
    12001554        s = scantable(self._math._resample(self, method, width))
    12011555        s._add_history("resample", varlist)
     1556        print_log()
    12021557        if insitu: self._assign(s)
    12031558        else: return s
    … …  
    12181573        s = scantable(self._math._averagepol(self, mask, weight.upper()))
    12191574        s._add_history("average_pol", varlist)
     1575        print_log()
    12201576        return s
    12211577
    … …  
    12351591        s = scantable(self._math._averagebeams(self, mask, weight.upper()))
    12361592        s._add_history("average_beam", varlist)
     1593        print_log()
    12371594        return s
    12381595
    … …  
    12631620        except RuntimeError, msg:
    12641621            if rcParams['verbose']:
    1265                 print msg
     1622                #print msg
     1623                print_log()
     1624                asaplog.push( str(msg) )
     1625                print_log( 'ERROR' )
    12661626                return
    12671627            else:
    12681628                raise
    12691629        s._add_history("convert_pol", varlist)
     1630        print_log()
    12701631        return s
    12711632
    12721633    @print_log_dec
    1273     def smooth(self, kernel="hanning", width=5.0, order=2, insitu=None):
     1634    def smooth(self, kernel="hanning", width=5.0, order=2, plot=False, insitu=None):
    12741635        """
    12751636        Smooth the spectrum by the specified kernel (conserving flux).
    … …  
    12861647                        specify the order of the polnomial. Ignored by all other
    12871648                        kernels.
     1649            plot:       plot the original and the smoothed spectra.
     1650                        In this each indivual fit has to be approved, by
     1651                        typing 'y' or 'n'
    12881652            insitu:     if False a new scantable is returned.
    12891653                        Otherwise, the scaling is done in-situ
    … …  
    12951659        self._math._setinsitu(insitu)
    12961660        varlist = vars()
     1661
     1662        if plot: orgscan = self.copy()
     1663
    12971664        s = scantable(self._math._smooth(self, kernel.lower(), width, order))
    12981665        s._add_history("smooth", varlist)
     1666
     1667        if plot:
     1668            if rcParams['plotter.gui']:
     1669                from asap.asaplotgui import asaplotgui as asaplot
     1670            else:
     1671                from asap.asaplot import asaplot
     1672            self._p=asaplot()
     1673            self._p.set_panels()
     1674            ylab=s._get_ordinate_label()
     1675            #self._p.palette(0,["#777777","red"])
     1676            for r in xrange(s.nrow()):
     1677                xsm=s._getabcissa(r)
     1678                ysm=s._getspectrum(r)
     1679                xorg=orgscan._getabcissa(r)
     1680                yorg=orgscan._getspectrum(r)
     1681                self._p.clear()
     1682                self._p.hold()
     1683                self._p.set_axes('ylabel',ylab)
     1684                self._p.set_axes('xlabel',s._getabcissalabel(r))
     1685                self._p.set_axes('title',s._getsourcename(r))
     1686                self._p.set_line(label='Original',color="#777777")
     1687                self._p.plot(xorg,yorg)
     1688                self._p.set_line(label='Smoothed',color="red")
     1689                self._p.plot(xsm,ysm)
     1690                ### Ugly part for legend
     1691                for i in [0,1]:
     1692                    self._p.subplots[0]['lines'].append([self._p.subplots[0]['axes'].lines[i]])
     1693                self._p.release()
     1694                ### Ugly part for legend
     1695                self._p.subplots[0]['lines']=[]
     1696                res = raw_input("Accept smoothing ([y]/n): ")
     1697                if res.upper() == 'N':
     1698                    s._setspectrum(yorg, r)
     1699            self._p.unmap()
     1700            self._p = None
     1701            del orgscan
     1702
     1703        print_log()
    12991704        if insitu: self._assign(s)
    13001705        else: return s
    … …  
    13211726        """
    13221727        if insitu is None: insitu = rcParams['insitu']
     1728        if not insitu:
     1729            workscan = self.copy()
     1730        else:
     1731            workscan = self
    13231732        varlist = vars()
    13241733        if mask is None:
    13251734            mask = [True for i in xrange(self.nchan(-1))]
     1735
    13261736        from asap.asapfitter import fitter
    13271737        try:
    13281738            f = fitter()
    1329             f.set_scan(self, mask)
    1330             #f.set_function(poly=order)
    13311739            if uselin:
    13321740                f.set_function(lpoly=order)
    13331741            else:
    13341742                f.set_function(poly=order)
    1335             s = f.auto_fit(insitu, plot=plot)
    1336             s._add_history("poly_baseline", varlist)
    1337             if insitu: self._assign(s)
    1338             else: return s
     1743
     1744            rows = range(workscan.nrow())
     1745            if len(rows) > 0:
     1746                self.blpars = []
     1747
     1748            for r in rows:
     1749                # take into account flagtra info (CAS-1434)
     1750                flagtra = workscan._getmask(r)
     1751                actualmask = mask[:]
     1752                if len(actualmask) == 0:
     1753                    actualmask = list(flagtra[:])
     1754                else:
     1755                    if len(actualmask) != len(flagtra):
     1756                        raise RuntimeError, "Mask and flagtra have different length"
     1757                    else:
     1758                        for i in range(0, len(actualmask)):
     1759                            actualmask[i] = actualmask[i] and flagtra[i]
     1760                f.set_scan(workscan, actualmask)
     1761                f.x = workscan._getabcissa(r)
     1762                f.y = workscan._getspectrum(r)
     1763                f.data = None
     1764                f.fit()
     1765                if plot:
     1766                    f.plot(residual=True)
     1767                    x = raw_input("Accept fit ( [y]/n ): ")
     1768                    if x.upper() == 'N':
     1769                        self.blpars.append(None)
     1770                        continue
     1771                workscan._setspectrum(f.fitter.getresidual(), r)
     1772                self.blpars.append(f.get_parameters())
     1773
     1774            if plot:
     1775                f._p.unmap()
     1776                f._p = None
     1777            workscan._add_history("poly_baseline", varlist)
     1778            print_log()
     1779            if insitu: self._assign(workscan)
     1780            else: return workscan
    13391781        except RuntimeError:
    13401782            msg = "The fit failed, possibly because it didn't converge."
    13411783            if rcParams['verbose']:
    1342                 print msg
     1784                #print msg
     1785                print_log()
     1786                asaplog.push( str(msg) )
     1787                print_log( 'ERROR' )
    13431788                return
    13441789            else:
    13451790                raise RuntimeError(msg)
     1791
    13461792
    13471793    def auto_poly_baseline(self, mask=[], edge=(0, 0), order=0,
    … …  
    14271873
    14281874        rows = range(workscan.nrow())
     1875        # Save parameters of baseline fits & masklists as a class attribute.
     1876        # NOTICE: It does not reflect changes in scantable!
     1877        if len(rows) > 0:
     1878            self.blpars=[]
     1879            self.masklists=[]
    14291880        asaplog.push("Processing:")
    14301881        for r in rows:
    … …  
    14411892                    curedge = edge[workscan.getif(r)]
    14421893
     1894            # take into account flagtra info (CAS-1434)
     1895            flagtra = workscan._getmask(r)
     1896            actualmask = mask[:]
     1897            if len(actualmask) == 0:
     1898                actualmask = list(flagtra[:])
     1899            else:
     1900                if len(actualmask) != len(flagtra):
     1901                    raise RuntimeError, "Mask and flagtra have different length"
     1902                else:
     1903                    for i in range(0, len(actualmask)):
     1904                        actualmask[i] = actualmask[i] and flagtra[i]
     1905
    14431906            # setup line finder
    1444             fl.find_lines(r, mask, curedge)
    1445             f.set_data(workscan._getabcissa(r),  workscan._getspectrum(r),
    1446                         mask_and(workscan._getmask(r), fl.get_mask()))
     1907            fl.find_lines(r, actualmask, curedge)
     1908            outmask=fl.get_mask()
     1909            f.set_scan(workscan, fl.get_mask())
     1910            f.x = workscan._getabcissa(r)
     1911            f.y = workscan._getspectrum(r)
     1912            f.data = None
    14471913            f.fit()
    1448             x = f.get_parameters()
     1914
     1915            # Show mask list
     1916            masklist=workscan.get_masklist(fl.get_mask(),row=r)
     1917            msg = "mask range: "+str(masklist)
     1918            asaplog.push(msg, False)
     1919
    14491920            if plot:
    14501921                f.plot(residual=True)
    14511922                x = raw_input("Accept fit ( [y]/n ): ")
    14521923                if x.upper() == 'N':
     1924                    self.blpars.append(None)
     1925                    self.masklists.append(None)
    14531926                    continue
     1927
    14541928            workscan._setspectrum(f.fitter.getresidual(), r)
     1929            self.blpars.append(f.get_parameters())
     1930            self.masklists.append(masklist)
    14551931        if plot:
    14561932            f._p.unmap()
    … …  
    14761952        self._math._rotate_linpolphase(self, angle)
    14771953        self._add_history("rotate_linpolphase", varlist)
     1954        print_log()
    14781955        return
    14791956
    … …  
    14921969        self._math._rotate_xyphase(self, angle)
    14931970        self._add_history("rotate_xyphase", varlist)
     1971        print_log()
    14941972        return
    14951973
    … …  
    15031981        self._math._swap_linears(self)
    15041982        self._add_history("swap_linears", varlist)
     1983        print_log()
    15051984        return
    15061985
    … …  
    15131992        self._math._invert_phase(self)
    15141993        self._add_history("invert_phase", varlist)
     1994        print_log()
    15151995        return
    15161996
    … …  
    15302010        s = scantable(self._math._unaryop(self, offset, "ADD", False))
    15312011        s._add_history("add", varlist)
     2012        print_log()
    15322013        if insitu:
    15332014            self._assign(s)
    … …  
    15402021        Return a scan where all spectra are scaled by the give 'factor'
    15412022        Parameters:
    1542             factor:      the scaling factor
     2023            factor:      the scaling factor (float or 1D float list)
    15432024            insitu:      if False a new scantable is returned.
    15442025                         Otherwise, the scaling is done in-situ
    … …  
    15502031        self._math._setinsitu(insitu)
    15512032        varlist = vars()
    1552         s = scantable(self._math._unaryop(self, factor, "MUL", tsys))
     2033        s = None
     2034        import numpy
     2035        if isinstance(factor, list) or isinstance(factor, numpy.ndarray):
     2036            if isinstance(factor[0], list) or isinstance(factor[0], numpy.ndarray):
     2037                from asapmath import _array2dOp
     2038                s = _array2dOp( self.copy(), factor, "MUL", tsys )
     2039            else:
     2040                s = scantable( self._math._arrayop( self.copy(), factor, "MUL", tsys ) )
     2041        else:
     2042            s = scantable(self._math._unaryop(self.copy(), factor, "MUL", tsys))
    15532043        s._add_history("scale", varlist)
     2044        print_log()
    15542045        if insitu:
    15552046            self._assign(s)
    … …  
    15942085
    15952086    @print_log_dec
    1596     def auto_quotient(self, preserve=True, mode='paired'):
     2087    def auto_quotient(self, preserve=True, mode='paired', verify=False):
    15972088        """
    15982089        This function allows to build quotients automatically.
    1599         It assumes the observation to have the same numer of
     2090        It assumes the observation to have the same number of
    16002091        "ons" and "offs"
    16012092        Parameters:
    … …  
    16342125            s = scantable(self._math._auto_quotient(self, mode, preserve))
    16352126        s._add_history("auto_quotient", varlist)
     2127        print_log()
    16362128        return s
    16372129
    … …  
    16562148        q = quotient(on, off, preserve)
    16572149        q._add_history("mx_quotient", varlist)
     2150        print_log()
    16582151        return q
    16592152
    … …  
    16742167        s = scantable(self._math._freqswitch(self))
    16752168        s._add_history("freq_switch", varlist)
     2169        print_log()
    16762170        if insitu: self._assign(s)
    16772171        else: return s
    … …  
    16882182        self._recalcazel()
    16892183        self._add_history("recalc_azel", varlist)
     2184        print_log()
    16902185        return
    16912186
    … …  
    17652260        fit = asapfit(self._getfit(row))
    17662261        if rcParams['verbose']:
    1767             print fit
     2262            #print fit
     2263            asaplog.push( '%s' %(fit) )
     2264            print_log()
    17682265            return
    17692266        else:
    … …  
    18622359        return (sum(nchans)/len(nchans) == nchans[0])
    18632360
    1864     def _fill(self, names, unit, average):
     2361    def _fill(self, names, unit, average, getpt, antenna):
    18652362        import os
    18662363        from asap._asap import stfiller
    … …  
    18742371                if rcParams['verbose']:
    18752372                    asaplog.push(msg)
    1876                     print asaplog.pop().strip()
     2373                    #print asaplog.pop().strip()
     2374                    print_log( 'ERROR' )
    18772375                    return
    18782376                raise IOError(msg)
    … …  
    18892387            asaplog.push(msg, False)
    18902388            print_log()
    1891             r._open(name, -1, -1)
     2389            r._open(name, antenna, -1, -1, getpt)
    18922390            r._read()
    18932391            if average:
    … …  
    19012399        if unit is not None:
    19022400            self.set_fluxunit(unit)
    1903         self.set_freqframe(rcParams['scantable.freqframe'])
     2401        #self.set_freqframe(rcParams['scantable.freqframe'])
    19042402
    19052403    def __getitem__(self, key):
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.