Ignore:
Timestamp:
07/30/10 16:59:56 (14 years ago)
Author:
Kana Sugimoto
Message:

Merged the all developments from alma branch. copied external-alma.

Location:
branches/mergetest/python
Files:
13 edited
8 copied

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • branches/mergetest/python

  • branches/mergetest/python/__init__.py

    r1739 r1789  
    99    from asap.compatibility import wraps as wraps_dec
    1010
    11 # Set up AIPSPATH and first time use of asap i.e. ~/.asap/*
     11# Set up CASAPATH and first time use of asap i.e. ~/.asap/*
    1212plf = None
    1313if sys.platform == "linux2":
    … …  
    2626    if os.path.exists(os.environ["ASAPDATA"]):
    2727        asapdata = os.environ["ASAPDATA"]
    28 # use AIPSPATH if defined and "data" dir present
    29 if not os.environ.has_key("AIPSPATH") or \
    30         not os.path.exists(os.environ["AIPSPATH"].split()[0]+"/data"):
    31     os.environ["AIPSPATH"] = "%s %s somwhere" % ( asapdata, plf)
     28# use CASAPATH if defined and "data" dir present
     29if not os.environ.has_key("CASAPATH") or \
     30        not os.path.exists(os.environ["CASAPATH"].split()[0]+"/data"):
     31    os.environ["CASAPATH"] = "%s %s somwhere" % ( asapdata, plf)
    3232# set up user space
    3333userdir = os.environ["HOME"]+"/.asap"
    … …  
    3535    print 'First time ASAP use. Setting up ~/.asap'
    3636    os.mkdir(userdir)
    37     shutil.copyfile(asapdata+"/data/ipythonrc-asap", userdir+"/ipythonrc-asap")
    38     shutil.copyfile(asapdata+"/data/ipy_user_conf.py",
    39                     userdir+"/ipy_user_conf.py")
     37    #shutil.copyfile(asapdata+"/data/ipythonrc-asap", userdir+"/ipythonrc-asap")
     38    # commented out by TT on 2009.06.23 for casapy use
     39    ##shutil.copyfile(asapdata+"/data/ipy_user_conf.py",
     40    ##                userdir+"/ipy_user_conf.py")
    4041    f = file(userdir+"/asapuserfuncs.py", "w")
    4142    f.close()
    4243    f = file(userdir+"/ipythonrc", "w")
    4344    f.close()
    44 else:
     45# commented out by TT on 2009.06.23 for casapy use
     46##else:
    4547    # upgrade to support later ipython versions
    46     if not os.path.exists(userdir+"/ipy_user_conf.py"):
    47         shutil.copyfile(asapdata+"/data/ipy_user_conf.py",
    48                         userdir+"/ipy_user_conf.py")
     48    ##if not os.path.exists(userdir+"/ipy_user_conf.py"):
     49    ##    shutil.copyfile(asapdata+"/data/ipy_user_conf.py",
     50    ##                    userdir+"/ipy_user_conf.py")
    4951
    5052# remove from namespace
    … …  
    110112    'plotter.histogram'  : [False, _validate_bool],
    111113    'plotter.papertype'  : ['A4', str],
    112     'plotter.axesformatting' : ['mpl', str],
     114    ## for older Matplotlib version
     115    #'plotter.axesformatting' : ['mpl', str],
     116    'plotter.axesformatting' : ['asap', str],
    113117
    114118    # scantable
    … …  
    218222        tup = line.split(':',1)
    219223        if len(tup) !=2:
    220             print ('Illegal line #%d\n\t%s\n\tin file "%s"' % (cnt, line, fname))
     224            #print ('Illegal line #%d\n\t%s\n\tin file "%s"' % (cnt, line, fname))
     225            asaplog.push('Illegal line #%d\n\t%s\n\tin file "%s"' % (cnt, line, fname))
     226            print_log('WARN')
    221227            continue
    222228
    … …  
    224230        key = key.strip()
    225231        if not defaultParams.has_key(key):
    226             print ('Bad key "%s" on line %d in %s' % (key, cnt, fname))
     232            #print ('Bad key "%s" on line %d in %s' % (key, cnt, fname))
     233            asaplog.push('Bad key "%s" on line %d in %s' % (key, cnt, fname))
     234            print_log('WARN')
    227235            continue
    228236
    … …  
    234242        try: cval = converter(val)   # try to convert to proper type or raise
    235243        except ValueError, msg:
    236             print ('Bad val "%s" on line #%d\n\t"%s"\n\tin file "%s"\n\t%s' % (val, cnt, line, fname, msg))
     244            #print ('Bad val "%s" on line #%d\n\t"%s"\n\tin file "%s"\n\t%s' % (val, cnt, line, fname, msg))
     245            asaplog.push('Bad val "%s" on line #%d\n\t"%s"\n\tin file "%s"\n\t%s' % (val, cnt, line, fname, str(msg)))
     246            print_log('WARN')
    237247            continue
    238248        else:
    … …  
    366376    return wrap_it
    367377
    368 def print_log():
    369     log = asaplog.pop().strip()
    370     if len(log) and rcParams['verbose']: print log
     378def print_log(level='INFO'):
     379    from taskinit import casalog
     380    log = asaplog.pop()
     381    #if len(log) and rcParams['verbose']: print log
     382    if len(log) and rcParams['verbose']: casalog.post( log, priority=level )
    371383    return
    372384
    … …  
    391403from simplelinefinder import simplelinefinder
    392404from linecatalog import linecatalog
     405from interactivemask import interactivemask
    393406from opacity import skydip
    394407from opacity import model as opacity_model
    … …  
    400413        if gui:
    401414            import matplotlib
    402             matplotlib.use("TkAgg")
     415            if not matplotlib.sys.modules['matplotlib.backends']: matplotlib.use("TkAgg")
    403416        from matplotlib import pylab
    404417        xyplotter = pylab
    … …  
    406419        del gui
    407420    except ImportError:
    408         print "Matplotlib not installed. No plotting available"
     421        #print "Matplotlib not installed. No plotting available"
     422        asaplog.post( "Matplotlib not installed. No plotting available")
     423        print_log('WARN')
    409424
    410425__date__ = '$Date$'.split()[1]
    411 __version__  = '$Revision$'
     426__version__  = '3.0.0 alma'
     427# nrao casapy specific, get revision number
     428#__revision__ = ' unknown '
     429casapath=os.environ["CASAPATH"].split()
     430#svninfo.txt path
     431if os.path.isdir(casapath[0]+'/'+casapath[1]+'/python/2.5/asap'):
     432    # for casa developer environment (linux or darwin)
     433    revinfo=casapath[0]+'/'+casapath[1]+'/python/2.5/asap/svninfo.txt'
     434else:
     435    # for end-user environments
     436    if casapath[1]=='darwin':
     437        revinfo=casapath[0]+'/Resources/python/asap/svninfo.txt'
     438    else:
     439        revinfo=casapath[0]+'/lib/python2.5/asap/svninfo.txt'
     440if os.path.isfile(revinfo):
     441    f = file(revinfo)
     442    f.readline()
     443    revsionno=f.readline()
     444    f.close()
     445    del f
     446    __revision__ = revsionno.rstrip()
     447else:
     448    __revision__ = ' unknown '
    412449
    413450def is_ipython():
    414451    return 'IPython' in sys.modules.keys()
    415 
    416452if is_ipython():
    417453    def version(): print  "ASAP %s(%s)"% (__version__, __date__)

  • branches/mergetest/python/asapfitter.py

    r1739 r1789  
    11import _asap
    22from asap import rcParams
    3 from asap import print_log_dec
     3from asap import print_log, print_log_dec
    44from asap import _n_bools
    55from asap import mask_and
     6from asap import asaplog
    67
    78class fitter:
    … …  
    5960            msg = "Please give a correct scan"
    6061            if rcParams['verbose']:
    61                 print msg
     62                #print msg
     63                asaplog.push(msg)
     64                print_log('ERROR')
    6265                return
    6366            else:
    … …  
    7982            lpoly:   use polynomial of the order given with linear least squares fit
    8083            gauss:   fit the number of gaussian specified
     84            lorentz: fit the number of lorentzian specified
    8185        Example:
    82             fitter.set_function(gauss=2) # will fit two gaussians
    8386            fitter.set_function(poly=3)  # will fit a 3rd order polynomial via nonlinear method
    8487            fitter.set_function(lpoly=3)  # will fit a 3rd order polynomial via linear method
     88            fitter.set_function(gauss=2) # will fit two gaussians
     89            fitter.set_function(lorentz=2) # will fit two lorentzians
    8590        """
    8691        #default poly order 0
    … …  
    102107            self.components = [ 3 for i in range(n) ]
    103108            self.uselinear = False
     109        elif kwargs.has_key('lorentz'):
     110            n = kwargs.get('lorentz')
     111            self.fitfunc = 'lorentz'
     112            self.fitfuncs = [ 'lorentz' for i in range(n) ]
     113            self.components = [ 3 for i in range(n) ]
     114            self.uselinear = False
    104115        else:
    105116            msg = "Invalid function type."
    106117            if rcParams['verbose']:
    107                 print msg
     118                #print msg
     119                asaplog.push(msg)
     120                print_log('ERROR')
    108121                return
    109122            else:
    … …  
    135148            msg = "Fitter not yet initialised. Please set data & fit function"
    136149            if rcParams['verbose']:
    137                 print msg
     150                #print msg
     151                asaplog.push(msg)
     152                print_log('ERROR')
    138153                return
    139154            else:
    … …  
    145160                self.y = self.data._getspectrum(row)
    146161                self.mask = mask_and(self.mask, self.data._getmask(row))
    147                 from asap import asaplog
    148162                asaplog.push("Fitting:")
    149163                i = row
    … …  
    155169                asaplog.push(out,False)
    156170        self.fitter.setdata(self.x, self.y, self.mask)
    157         if self.fitfunc == 'gauss':
     171        if self.fitfunc == 'gauss' or self.fitfunc == 'lorentz':
    158172            ps = self.fitter.getparameters()
    159173            if len(ps) == 0 or estimate:
    … …  
    171185        except RuntimeError, msg:
    172186            if rcParams['verbose']:
    173                 print msg
     187                #print msg
     188                print_log()
     189                asaplog.push(str(msg))
     190                print_log('ERROR')
    174191            else:
    175192                raise
    176193        self._fittedrow = row
    177194        self.fitted = True
     195        print_log()
    178196        return
    179197
    … …  
    228246            msg = "Please specify a fitting function first."
    229247            if rcParams['verbose']:
    230                 print msg
     248                #print msg
     249                asaplog.push(msg)
     250                print_log('ERROR')
    231251                return
    232252            else:
    233253                raise RuntimeError(msg)
    234         if self.fitfunc == "gauss" and component is not None:
     254        if (self.fitfunc == "gauss" or self.fitfunc == 'lorentz') and component is not None:
    235255            if not self.fitted and sum(self.fitter.getparameters()) == 0:
    236256                pars = _n_bools(len(self.components)*3, False)
    … …  
    247267        if fixed is not None:
    248268            self.fitter.setfixedparameters(fixed)
     269        print_log()
    249270        return
    250271
    … …  
    269290            msg = "Function only operates on Gaussian components."
    270291            if rcParams['verbose']:
    271                 print msg
     292                #print msg
     293                asaplog.push(msg)
     294                print_log('ERROR')
    272295                return
    273296            else:
    … …  
    280303            msg = "Please select a valid  component."
    281304            if rcParams['verbose']:
    282                 print msg
     305                #print msg
     306                asaplog.push(msg)
     307                print_log('ERROR')
    283308                return
    284309            else:
    285310                raise ValueError(msg)
    286311
     312    def set_lorentz_parameters(self, peak, centre, fwhm,
     313                             peakfixed=0, centrefixed=0,
     314                             fwhmfixed=0,
     315                             component=0):
     316        """
     317        Set the Parameters of a 'Lorentzian' component, set with set_function.
     318        Parameters:
     319            peak, centre, fwhm:  The gaussian parameters
     320            peakfixed,
     321            centrefixed,
     322            fwhmfixed:           Optional parameters to indicate if
     323                                 the paramters should be held fixed during
     324                                 the fitting process. The default is to keep
     325                                 all parameters flexible.
     326            component:           The number of the component (Default is the
     327                                 component 0)
     328        """
     329        if self.fitfunc != "lorentz":
     330            msg = "Function only operates on Lorentzian components."
     331            if rcParams['verbose']:
     332                #print msg
     333                asaplog.push(msg)
     334                print_log('ERROR')
     335                return
     336            else:
     337                raise ValueError(msg)
     338        if 0 <= component < len(self.components):
     339            d = {'params':[peak, centre, fwhm],
     340                 'fixed':[peakfixed, centrefixed, fwhmfixed]}
     341            self.set_parameters(d, component)
     342        else:
     343            msg = "Please select a valid  component."
     344            if rcParams['verbose']:
     345                #print msg
     346                asaplog.push(msg)
     347                print_log('ERROR')
     348                return
     349            else:
     350                raise ValueError(msg)
     351
    287352    def get_area(self, component=None):
    288353        """
    289         Return the area under the fitted gaussian component.
    290         Parameters:
    291               component:   the gaussian component selection,
     354        Return the area under the fitted gaussian/lorentzian component.
     355        Parameters:
     356              component:   the gaussian/lorentzian component selection,
    292357                           default (None) is the sum of all components
    293358        Note:
    294               This will only work for gaussian fits.
     359              This will only work for gaussian/lorentzian fits.
    295360        """
    296361        if not self.fitted: return
    297         if self.fitfunc == "gauss":
     362        if self.fitfunc == "gauss" or self.fitfunc == "lorentz":
    298363            pars = list(self.fitter.getparameters())
    299364            from math import log,pi,sqrt
    300             fac = sqrt(pi/log(16.0))
     365            if self.fitfunc == "gauss":
     366                fac = sqrt(pi/log(16.0))
     367            elif self.fitfunc == "lorentz":
     368                fac = pi/2.0
    301369            areas = []
    302370            for i in range(len(self.components)):
    … …  
    321389            msg = "Not yet fitted."
    322390            if rcParams['verbose']:
    323                 print msg
     391                #print msg
     392                asaplog.push(msg)
     393                print_log('ERROR')
    324394                return
    325395            else:
    … …  
    328398        cerrs = errs
    329399        if component is not None:
    330             if self.fitfunc == "gauss":
     400            if self.fitfunc == "gauss" or self.fitfunc == "lorentz":
    331401                i = 3*component
    332402                if i < len(errs):
    … …  
    344414            msg = "Not yet fitted."
    345415            if rcParams['verbose']:
    346                 print msg
     416                #print msg
     417                asaplog.push(msg)
     418                print_log('ERROR')
    347419                return
    348420            else:
    … …  
    353425        area = []
    354426        if component is not None:
    355             if self.fitfunc == "gauss":
     427            if self.fitfunc == "gauss" or self.fitfunc == "lorentz":
    356428                i = 3*component
    357429                cpars = pars[i:i+3]
    … …  
    368440            cfixed = fixed
    369441            cerrs = errs
    370             if self.fitfunc == "gauss":
     442            if self.fitfunc == "gauss" or self.fitfunc == "lorentz":
    371443                for c in range(len(self.components)):
    372444                  a = self.get_area(c)
    … …  
    374446        fpars = self._format_pars(cpars, cfixed, errors and cerrs, area)
    375447        if rcParams['verbose']:
    376             print fpars
     448            #print fpars
     449            asaplog.push(fpars)
     450            print_log()
    377451        return {'params':cpars, 'fixed':cfixed, 'formatted': fpars,
    378452                'errors':cerrs}
    … …  
    391465                c+=1
    392466            out = out[:-1]  # remove trailing ','
    393         elif self.fitfunc == 'gauss':
     467        elif self.fitfunc == 'gauss' or self.fitfunc == 'lorentz':
    394468            i = 0
    395469            c = 0
    … …  
    415489        fixed = self.fitter.getfixedparameters()
    416490        if rcParams['verbose']:
    417             print self._format_pars(pars,fixed,None)
     491            #print self._format_pars(pars,fixed,None)
     492            asaplog.push(self._format_pars(pars,fixed,None))
     493            print_log()
    418494        return pars
    419495
    … …  
    425501            msg = "Not yet fitted."
    426502            if rcParams['verbose']:
    427                 print msg
     503                #print msg
     504                asaplog.push(msg)
     505                print_log('ERROR')
    428506                return
    429507            else:
    … …  
    438516            msg = "Not yet fitted."
    439517            if rcParams['verbose']:
    440                 print msg
     518                #print msg
     519                asaplog.push(msg)
     520                print_log('ERROR')
    441521                return
    442522            else:
    … …  
    444524        ch2 = self.fitter.getchi2()
    445525        if rcParams['verbose']:
    446             print 'Chi^2 = %3.3f' % (ch2)
     526            #print 'Chi^2 = %3.3f' % (ch2)
     527            asaplog.push( 'Chi^2 = %3.3f' % (ch2) )
     528            print_log()
    447529        return ch2
    448530
    … …  
    454536            msg = "Not yet fitted."
    455537            if rcParams['verbose']:
    456                 print msg
     538                #print msg
     539                asaplog.push(msg)
     540                print_log('ERROR')
    457541                return
    458542            else:
    … …  
    468552            msg = "Not yet fitted."
    469553            if rcParams['verbose']:
    470                 print msg
     554                #print msg
     555                asaplog.push(msg)
     556                print_log('ERROR')
    471557                return
    472558            else:
    … …  
    476562            msg = "Not a scantable"
    477563            if rcParams['verbose']:
    478                 print msg
     564                #print msg
     565                asaplog.push(msg)
     566                print_log('ERROR')
    479567                return
    480568            else:
    … …  
    482570        scan = self.data.copy()
    483571        scan._setspectrum(self.fitter.getresidual())
     572        print_log()
    484573        return scan
    485574
    … …  
    525614
    526615        colours = ["#777777","#dddddd","red","orange","purple","green","magenta", "cyan"]
     616        nomask=True
     617        for i in range(len(m)):
     618            nomask = nomask and m[i]
     619        label0='Masked Region'
     620        label1='Spectrum'
     621        if ( nomask ):
     622            label0=label1
     623        else:
     624            y = ma.masked_array( self.y, mask = m )
     625            self._p.palette(1,colours)
     626            self._p.set_line( label = label1 )
     627            self._p.plot( self.x, y )
    527628        self._p.palette(0,colours)
    528         self._p.set_line(label='Spectrum')
     629        self._p.set_line(label=label0)
    529630        y = ma.masked_array(self.y,mask=logical_not(m))
    530631        self._p.plot(self.x, y)
    531632        if residual:
    532             self._p.palette(1)
     633            self._p.palette(7)
    533634            self._p.set_line(label='Residual')
    534635            y = ma.masked_array(self.get_residual(),
    … …  
    571672        if (not rcParams['plotter.gui']):
    572673            self._p.save(filename)
     674        print_log()
    573675
    574676    @print_log_dec
    … …  
    583685            msg = "Data is not a scantable"
    584686            if rcParams['verbose']:
    585                 print msg
     687                #print msg
     688                asaplog.push(msg)
     689                print_log('ERROR')
    586690                return
    587691            else:
    … …  
    593697            scan = self.data
    594698        rows = xrange(scan.nrow())
    595         from asap import asaplog
     699        # Save parameters of baseline fits as a class attribute.
     700        # NOTICE: This does not reflect changes in scantable!
     701        if len(rows) > 0: self.blpars=[]
    596702        asaplog.push("Fitting:")
    597703        for r in rows:
    … …  
    608714            self.fit()
    609715            x = self.get_parameters()
     716            fpar = self.get_parameters()
    610717            if plot:
    611718                self.plot(residual=True)
    612719                x = raw_input("Accept fit ([y]/n): ")
    613720                if x.upper() == 'N':
     721                    self.blpars.append(None)
    614722                    continue
    615723            scan._setspectrum(self.fitter.getresidual(), r)
     724            self.blpars.append(fpar)
    616725        if plot:
    617726            self._p.unmap()
    618727            self._p = None
     728        print_log()
    619729        return scan

  • branches/mergetest/python/asaplot.py

    r1564 r1789  
    66
    77from matplotlib.backends.backend_agg import FigureCanvasAgg
     8from matplotlib.backend_bases import FigureManagerBase
    89
    910class asaplot(asaplotbase):
    … …  
    2223        asaplotbase.__init__(self,**v)
    2324        self.canvas = FigureCanvasAgg(self.figure)
     25        self.figmgr = FigureManagerBase(self.canvas,1)

  • branches/mergetest/python/asaplotbase.py

    r1739 r1789  
    2121    from matplotlib.transforms import blend_xy_sep_transform as blended_transform_factory
    2222
     23from asap import asaplog
     24
    2325if int(matplotlib.__version__.split(".")[1]) < 87:
    24     print "Warning: matplotlib version < 0.87. This might cause errors. Please upgrade."
     26    #print "Warning: matplotlib version < 0.87. This might cause errors. Please upgrade."
     27    asaplog.push( "matplotlib version < 0.87. This might cause errors. Please upgrade." )
     28    print_log( 'WARN' )
    2529
    2630class asaplotbase:
    … …  
    147151        from numpy import array
    148152        from numpy.ma import MaskedArray
    149 
    150153        if x is None:
    151154            if y is None: return
    … …  
    168171            ymsk = y.mask
    169172            ydat = y.data
    170 
    171173        for i in range(l2):
    172174            x2[i] = x[i/2]
    … …  
    304306
    305307        def region_start(event):
    306             height = self.canvas.figure.bbox.height()
    307             self.rect = {'fig': None, 'height': height,
    308                          'x': event.x, 'y': height - event.y,
     308            self.rect = {'x': event.x, 'y': event.y,
    309309                         'world': [event.xdata, event.ydata,
    310310                                   event.xdata, event.ydata]}
    … …  
    314314
    315315        def region_draw(event):
    316             self.canvas._tkcanvas.delete(self.rect['fig'])
    317             self.rect['fig'] = self.canvas._tkcanvas.create_rectangle(
    318                                 self.rect['x'], self.rect['y'],
    319                                 event.x, self.rect['height'] - event.y)
    320 
     316            self.figmgr.toolbar.draw_rubberband(event, event.x, event.y,
     317                                                self.rect['x'], self.rect['y'])
     318           
    321319        def region_disable(event):
    322320            self.register('motion_notify', None)
    323321            self.register('button_release', None)
    324 
    325             self.canvas._tkcanvas.delete(self.rect['fig'])
    326322
    327323            self.rect['world'][2:4] = [event.xdata, event.ydata]
    … …  
    329325                self.rect['world'][1], self.rect['world'][2],
    330326                self.rect['world'][3])
     327            self.figmgr.toolbar.release(event)
    331328
    332329        self.register('button_press', region_start)
    … …  
    381378                self.events[type] = None
    382379
    383                 # It seems to be necessary to return events to the toolbar.
    384                 if type == 'motion_notify':
    385                     self.canvas.mpl_connect(type + '_event',
    386                         self.figmgr.toolbar.mouse_move)
    387                 elif type == 'button_press':
    388                     self.canvas.mpl_connect(type + '_event',
    389                         self.figmgr.toolbar.press)
    390                 elif type == 'button_release':
    391                     self.canvas.mpl_connect(type + '_event',
    392                         self.figmgr.toolbar.release)
     380                # It seems to be necessary to return events to the toolbar. <-- Not ture. 2010.Jul.14.kana.
     381                #if type == 'motion_notify':
     382                #    self.canvas.mpl_connect(type + '_event',
     383                #        self.figmgr.toolbar.mouse_move)
     384                #elif type == 'button_press':
     385                #    self.canvas.mpl_connect(type + '_event',
     386                #        self.figmgr.toolbar.press)
     387                #elif type == 'button_release':
     388                #    self.canvas.mpl_connect(type + '_event',
     389                #        self.figmgr.toolbar.release)
    393390
    394391        else:
    … …  
    459456                    print 'Written file %s' % (fname)
    460457            except IOError, msg:
    461                 print 'Failed to save %s: Error msg was\n\n%s' % (fname, msg)
     458                #print 'Failed to save %s: Error msg was\n\n%s' % (fname, err)
     459                print_log()
     460                asaplog.push('Failed to save %s: Error msg was\n\n%s' % (fname, str(msg)))
     461                print_log( 'ERROR' )
    462462                return
    463463        else:
    464             print "Invalid image type. Valid types are:"
    465             print "'ps', 'eps', 'png'"
     464            #print "Invalid image type. Valid types are:"
     465            #print "'ps', 'eps', 'png'"
     466            asaplog.push( "Invalid image type. Valid types are:" )
     467            asaplog.push( "'ps', 'eps', 'png'" )
     468            print_log('WARN')
    466469
    467470
    … …  
    575578
    576579
    577     def set_panels(self, rows=1, cols=0, n=-1, nplots=-1, ganged=True):
     580    #def set_panels(self, rows=1, cols=0, n=-1, nplots=-1, ganged=True):
     581    def set_panels(self, rows=1, cols=0, n=-1, nplots=-1, layout=None,ganged=True):
    578582        """
    579583        Set the panel layout.
    … …  
    598602            self.set_title()
    599603
     604        if layout:
     605            lef, bot, rig, top, wsp, hsp = layout
     606            self.figure.subplots_adjust(
     607                left=lef,bottom=bot,right=rig,top=top,wspace=wsp,hspace=hsp)
     608            del lef,bot,rig,top,wsp,hsp
     609
    600610        if rows < 1: rows = 1
    601611
    … …  
    610620        if 0 <= n < rows*cols:
    611621            i = len(self.subplots)
     622
    612623            self.subplots.append({})
    613624
    … …  
    644655                                                cols, i+1)
    645656                        if asaprcParams['plotter.axesformatting'] != 'mpl':
    646 
     657                           
    647658                            self.subplots[i]['axes'].xaxis.set_major_formatter(OldScalarFormatter())
    648659                    else:
    … …  
    671682                self.cols = cols
    672683            self.subplot(0)
     684        del rows,cols,n,nplots,layout,ganged,i
    673685
    674686    def tidy(self):
    … …  
    725737                        sp['axes'].legend((' '))
    726738
    727 
    728739            from matplotlib.artist import setp
    729740            fpx = FP(size=rcParams['xtick.labelsize'])
    … …  
    734745            fpat = FP(size=rcParams['axes.titlesize'])
    735746            axsize =  fpa.get_size_in_points()
    736             tsize =  fpat.get_size_in_points()
     747            tsize =  fpat.get_size_in_points()-(self.cols)/2
    737748            for sp in self.subplots:
    738749                ax = sp['axes']
    739                 off = 0
    740                 if len(self.subplots) > 1:
    741                     off = self.cols+self.rows
    742                 ax.title.set_size(tsize-off)
     750                ax.title.set_size(tsize)
    743751                setp(ax.get_xticklabels(), fontsize=xts)
    744752                setp(ax.get_yticklabels(), fontsize=yts)
    745753                off = 0
    746                 if self.cols > 1:
    747                     off = self.cols
     754                if self.cols > 1: off = self.cols
    748755                ax.xaxis.label.set_size(axsize-off)
    749                 if self.rows > 1:
    750                     off = self.rows
     756                off = 0
     757                if self.rows > 1: off = self.rows
    751758                ax.yaxis.label.set_size(axsize-off)
    752759

  • branches/mergetest/python/asaplotgui.py

    r1563 r1789  
    5656        self.window.lift()
    5757
    58     def position(self):
    59         """
    60         Use the mouse to get a position from a graph.
    61         """
    62 
    63         def position_disable(event):
    64             self.register('button_press', None)
    65             print '%.4f, %.4f' % (event.xdata, event.ydata)
    66 
    67         print 'Press any mouse button...'
    68         self.register('button_press', position_disable)
    69 
    70 
    7158    def quit(self):
    7259        """
    … …  
    7461        """
    7562        self.window.destroy()
    76 
    77 
    78     def region(self):
    79         """
    80         Use the mouse to get a rectangular region from a plot.
    81 
    82         The return value is [x0, y0, x1, y1] in world coordinates.
    83         """
    84 
    85         def region_start(event):
    86             height = self.canvas.figure.bbox.height()
    87             self.rect = {'fig': None, 'height': height,
    88                          'x': event.x, 'y': height - event.y,
    89                          'world': [event.xdata, event.ydata,
    90                                    event.xdata, event.ydata]}
    91             self.register('button_press', None)
    92             self.register('motion_notify', region_draw)
    93             self.register('button_release', region_disable)
    94 
    95         def region_draw(event):
    96             self.canvas._tkcanvas.delete(self.rect['fig'])
    97             self.rect['fig'] = self.canvas._tkcanvas.create_rectangle(
    98                                 self.rect['x'], self.rect['y'],
    99                                 event.x, self.rect['height'] - event.y)
    100 
    101         def region_disable(event):
    102             self.register('motion_notify', None)
    103             self.register('button_release', None)
    104 
    105             self.canvas._tkcanvas.delete(self.rect['fig'])
    106 
    107             self.rect['world'][2:4] = [event.xdata, event.ydata]
    108             print '(%.2f, %.2f)  (%.2f, %.2f)' % (self.rect['world'][0],
    109                 self.rect['world'][1], self.rect['world'][2],
    110                 self.rect['world'][3])
    111 
    112         self.register('button_press', region_start)
    113 
    114         # This has to be modified to block and return the result (currently
    115         # printed by region_disable) when that becomes possible in matplotlib.
    116 
    117         return [0.0, 0.0, 0.0, 0.0]
    118 
    119 
    120     def register(self, type=None, func=None):
    121         """
    122         Register, reregister, or deregister events of type 'button_press',
    123         'button_release', or 'motion_notify'.
    124 
    125         The specified callback function should have the following signature:
    126 
    127             def func(event)
    128 
    129         where event is an MplEvent instance containing the following data:
    130 
    131             name                # Event name.
    132             canvas              # FigureCanvas instance generating the event.
    133             x      = None       # x position - pixels from left of canvas.
    134             y      = None       # y position - pixels from bottom of canvas.
    135             button = None       # Button pressed: None, 1, 2, 3.
    136             key    = None       # Key pressed: None, chr(range(255)), shift,
    137                                   win, or control
    138             inaxes = None       # Axes instance if cursor within axes.
    139             xdata  = None       # x world coordinate.
    140             ydata  = None       # y world coordinate.
    141 
    142         For example:
    143 
    144             def mouse_move(event):
    145                 print event.xdata, event.ydata
    146 
    147             a = asaplot()
    148             a.register('motion_notify', mouse_move)
    149 
    150         If func is None, the event is deregistered.
    151 
    152         Note that in TkAgg keyboard button presses don't generate an event.
    153         """
    154 
    155         if not self.events.has_key(type): return
    156 
    157         if func is None:
    158             if self.events[type] is not None:
    159                 # It's not clear that this does anything.
    160                 self.canvas.mpl_disconnect(self.events[type])
    161                 self.events[type] = None
    162 
    163                 # It seems to be necessary to return events to the toolbar.
    164                 if type == 'motion_notify':
    165                     self.canvas.mpl_connect(type + '_event',
    166                         self.figmgr.toolbar.mouse_move)
    167                 elif type == 'button_press':
    168                     self.canvas.mpl_connect(type + '_event',
    169                         self.figmgr.toolbar.press)
    170                 elif type == 'button_release':
    171                     self.canvas.mpl_connect(type + '_event',
    172                         self.figmgr.toolbar.release)
    173 
    174         else:
    175             self.events[type] = self.canvas.mpl_connect(type + '_event', func)
    176 
    17763
    17864    def show(self, hardrefresh=True):

  • branches/mergetest/python/asaplotgui_gtk.py

    r1563 r1789  
    5757        #self.window.lift()
    5858
    59     def position(self):
    60         """
    61         Use the mouse to get a position from a graph.
    62         """
    63 
    64         def position_disable(event):
    65             self.register('button_press', None)
    66             print '%.4f, %.4f' % (event.xdata, event.ydata)
    67 
    68         print 'Press any mouse button...'
    69         self.register('button_press', position_disable)
     59#     def position(self):
     60#         """
     61#         Use the mouse to get a position from a graph.
     62#         """
     63
     64#         def position_disable(event):
     65#             self.register('button_press', None)
     66#             print '%.4f, %.4f' % (event.xdata, event.ydata)
     67
     68#         print 'Press any mouse button...'
     69#         self.register('button_press', position_disable)
    7070
    7171
    … …  
    7777
    7878
    79     def region(self):
    80         """
    81         Use the mouse to get a rectangular region from a plot.
    82 
    83         The return value is [x0, y0, x1, y1] in world coordinates.
    84         """
    85 
    86         def region_start(event):
    87             height = self.canvas.figure.bbox.height()
    88             self.rect = {'fig': None, 'height': height,
    89                          'x': event.x, 'y': height - event.y,
    90                          'world': [event.xdata, event.ydata,
    91                                    event.xdata, event.ydata]}
    92             self.register('button_press', None)
    93             self.register('motion_notify', region_draw)
    94             self.register('button_release', region_disable)
    95 
    96         def region_draw(event):
    97             self.canvas._tkcanvas.delete(self.rect['fig'])
    98             self.rect['fig'] = self.canvas._tkcanvas.create_rectangle(
    99                                 self.rect['x'], self.rect['y'],
    100                                 event.x, self.rect['height'] - event.y)
    101 
    102         def region_disable(event):
    103             self.register('motion_notify', None)
    104             self.register('button_release', None)
    105 
    106             self.canvas._tkcanvas.delete(self.rect['fig'])
    107 
    108             self.rect['world'][2:4] = [event.xdata, event.ydata]
    109             print '(%.2f, %.2f)  (%.2f, %.2f)' % (self.rect['world'][0],
    110                 self.rect['world'][1], self.rect['world'][2],
    111                 self.rect['world'][3])
    112 
    113         self.register('button_press', region_start)
    114 
    115         # This has to be modified to block and return the result (currently
    116         # printed by region_disable) when that becomes possible in matplotlib.
    117 
    118         return [0.0, 0.0, 0.0, 0.0]
    119 
    120 
    121     def register(self, type=None, func=None):
    122         """
    123         Register, reregister, or deregister events of type 'button_press',
    124         'button_release', or 'motion_notify'.
    125 
    126         The specified callback function should have the following signature:
    127 
    128             def func(event)
    129 
    130         where event is an MplEvent instance containing the following data:
    131 
    132             name                # Event name.
    133             canvas              # FigureCanvas instance generating the event.
    134             x      = None       # x position - pixels from left of canvas.
    135             y      = None       # y position - pixels from bottom of canvas.
    136             button = None       # Button pressed: None, 1, 2, 3.
    137             key    = None       # Key pressed: None, chr(range(255)), shift,
    138                                   win, or control
    139             inaxes = None       # Axes instance if cursor within axes.
    140             xdata  = None       # x world coordinate.
    141             ydata  = None       # y world coordinate.
    142 
    143         For example:
    144 
    145             def mouse_move(event):
    146                 print event.xdata, event.ydata
    147 
    148             a = asaplot()
    149             a.register('motion_notify', mouse_move)
    150 
    151         If func is None, the event is deregistered.
    152 
    153         Note that in TkAgg keyboard button presses don't generate an event.
    154         """
    155 
    156         if not self.events.has_key(type): return
    157 
    158         if func is None:
    159             if self.events[type] is not None:
    160                 # It's not clear that this does anything.
    161                 self.canvas.mpl_disconnect(self.events[type])
    162                 self.events[type] = None
    163 
    164                 # It seems to be necessary to return events to the toolbar.
    165                 if type == 'motion_notify':
    166                     self.canvas.mpl_connect(type + '_event',
    167                         self.figmgr.toolbar.mouse_move)
    168                 elif type == 'button_press':
    169                     self.canvas.mpl_connect(type + '_event',
    170                         self.figmgr.toolbar.press)
    171                 elif type == 'button_release':
    172                     self.canvas.mpl_connect(type + '_event',
    173                         self.figmgr.toolbar.release)
    174 
    175         else:
    176             self.events[type] = self.canvas.mpl_connect(type + '_event', func)
     79#     def region(self):
     80#         """
     81#         Use the mouse to get a rectangular region from a plot.
     82
     83#         The return value is [x0, y0, x1, y1] in world coordinates.
     84#         """
     85
     86#         def region_start(event):
     87#             height = self.canvas.figure.bbox.height()
     88#             self.rect = {'fig': None, 'height': height,
     89#                          'x': event.x, 'y': height - event.y,
     90#                          'world': [event.xdata, event.ydata,
     91#                                    event.xdata, event.ydata]}
     92#             self.register('button_press', None)
     93#             self.register('motion_notify', region_draw)
     94#             self.register('button_release', region_disable)
     95
     96#         def region_draw(event):
     97#             self.canvas._tkcanvas.delete(self.rect['fig'])
     98#             self.rect['fig'] = self.canvas._tkcanvas.create_rectangle(
     99#                                 self.rect['x'], self.rect['y'],
     100#                                 event.x, self.rect['height'] - event.y)
     101
     102#         def region_disable(event):
     103#             self.register('motion_notify', None)
     104#             self.register('button_release', None)
     105
     106#             self.canvas._tkcanvas.delete(self.rect['fig'])
     107
     108#             self.rect['world'][2:4] = [event.xdata, event.ydata]
     109#             print '(%.2f, %.2f)  (%.2f, %.2f)' % (self.rect['world'][0],
     110#                 self.rect['world'][1], self.rect['world'][2],
     111#                 self.rect['world'][3])
     112
     113#         self.register('button_press', region_start)
     114
     115#         # This has to be modified to block and return the result (currently
     116#         # printed by region_disable) when that becomes possible in matplotlib.
     117
     118#         return [0.0, 0.0, 0.0, 0.0]
     119
     120
     121#     def register(self, type=None, func=None):
     122#         """
     123#         Register, reregister, or deregister events of type 'button_press',
     124#         'button_release', or 'motion_notify'.
     125
     126#         The specified callback function should have the following signature:
     127
     128#             def func(event)
     129
     130#         where event is an MplEvent instance containing the following data:
     131
     132#             name                # Event name.
     133#             canvas              # FigureCanvas instance generating the event.
     134#             x      = None       # x position - pixels from left of canvas.
     135#             y      = None       # y position - pixels from bottom of canvas.
     136#             button = None       # Button pressed: None, 1, 2, 3.
     137#             key    = None       # Key pressed: None, chr(range(255)), shift,
     138#                                   win, or control
     139#             inaxes = None       # Axes instance if cursor within axes.
     140#             xdata  = None       # x world coordinate.
     141#             ydata  = None       # y world coordinate.
     142
     143#         For example:
     144
     145#             def mouse_move(event):
     146#                 print event.xdata, event.ydata
     147
     148#             a = asaplot()
     149#             a.register('motion_notify', mouse_move)
     150
     151#         If func is None, the event is deregistered.
     152
     153#         Note that in TkAgg keyboard button presses don't generate an event.
     154#         """
     155
     156#         if not self.events.has_key(type): return
     157
     158#         if func is None:
     159#             if self.events[type] is not None:
     160#                 # It's not clear that this does anything.
     161#                 self.canvas.mpl_disconnect(self.events[type])
     162#                 self.events[type] = None
     163
     164#                 # It seems to be necessary to return events to the toolbar.
     165#                 if type == 'motion_notify':
     166#                     self.canvas.mpl_connect(type + '_event',
     167#                         self.figmgr.toolbar.mouse_move)
     168#                 elif type == 'button_press':
     169#                     self.canvas.mpl_connect(type + '_event',
     170#                         self.figmgr.toolbar.press)
     171#                 elif type == 'button_release':
     172#                     self.canvas.mpl_connect(type + '_event',
     173#                         self.figmgr.toolbar.release)
     174
     175#         else:
     176#             self.events[type] = self.canvas.mpl_connect(type + '_event', func)
    177177
    178178

  • branches/mergetest/python/asapmath.py

    r1591 r1789  
    11from asap.scantable import scantable
    22from asap import rcParams
    3 from asap import print_log_dec
     3from asap import print_log, print_log_dec
    44from asap import selector
     5from asap import asaplog
     6from asap import asaplotgui
    57
    68@print_log_dec
    … …  
    4648    if kwargs.has_key('align'):
    4749        align = kwargs.get('align')
     50    compel = False
     51    if kwargs.has_key('compel'):
     52        compel = kwargs.get('compel')
    4853    varlist = vars()
    4954    if isinstance(args[0],list):
    … …  
    6469            msg = "Please give a list of scantables"
    6570            if rcParams['verbose']:
    66                 print msg
     71                #print msg
     72                asaplog.push(msg)
     73                print_log('ERROR')
    6774                return
    6875            else:
    … …  
    8794        del merged
    8895    else:
    89         s = scantable(stm._average(alignedlst, mask, weight.upper(), scanav))
     96        #s = scantable(stm._average(alignedlst, mask, weight.upper(), scanav))
     97        s = scantable(stm._new_average(alignedlst, compel, mask, weight.upper(), scanav))
    9098    s._add_history("average_time",varlist)
     99    print_log()
    91100    return s
    92101
    … …  
    111120    s = scantable(stm._quotient(source, reference, preserve))
    112121    s._add_history("quotient",varlist)
     122    print_log()
    113123    return s
    114124
    … …  
    129139    s = scantable(stm._dototalpower(calon, caloff, tcalval))
    130140    s._add_history("dototalpower",varlist)
     141    print_log()
    131142    return s
    132143
    … …  
    149160    s = scantable(stm._dosigref(sig, ref, smooth, tsysval, tauval))
    150161    s._add_history("dosigref",varlist)
     162    print_log()
    151163    return s
    152164
    153165@print_log_dec
    154 def calps(scantab, scannos, smooth=1, tsysval=0.0, tauval=0.0, tcalval=0.0):
     166def calps(scantab, scannos, smooth=1, tsysval=0.0, tauval=0.0, tcalval=0.0, verify=False):
    155167    """
    156168    Calibrate GBT position switched data
    … …  
    176188    varlist = vars()
    177189    # check for the appropriate data
    178     s = scantab.get_scan('*_ps*')
    179     if s is None:
     190##    s = scantab.get_scan('*_ps*')
     191##     if s is None:
     192##         msg = "The input data appear to contain no position-switch mode data."
     193##         if rcParams['verbose']:
     194##             #print msg
     195##             asaplog.push(msg)
     196##             print_log('ERROR')
     197##             return
     198##         else:
     199##             raise TypeError(msg)
     200    s = scantab.copy()
     201    from asap._asap import srctype
     202    sel = selector()
     203    sel.set_types( srctype.pson )
     204    try:
     205        scantab.set_selection( sel )
     206    except Exception, e:
    180207        msg = "The input data appear to contain no position-switch mode data."
    181208        if rcParams['verbose']:
    182             print msg
     209            #print msg
     210            asaplog.push(msg)
     211            print_log('ERROR')
    183212            return
    184213        else:
    185214            raise TypeError(msg)
     215    s.set_selection()
     216    sel.reset()
    186217    ssub = s.get_scan(scannos)
    187218    if ssub is None:
    188219        msg = "No data was found with given scan numbers!"
    189220        if rcParams['verbose']:
    190             print msg
     221            #print msg
     222            asaplog.push(msg)
     223            print_log('ERROR')
    191224            return
    192225        else:
    193226            raise TypeError(msg)
    194     ssubon = ssub.get_scan('*calon')
    195     ssuboff = ssub.get_scan('*[^calon]')
     227    #ssubon = ssub.get_scan('*calon')
     228    #ssuboff = ssub.get_scan('*[^calon]')
     229    sel.set_types( [srctype.poncal,srctype.poffcal] )
     230    ssub.set_selection( sel )
     231    ssubon = ssub.copy()
     232    ssub.set_selection()
     233    sel.reset()
     234    sel.set_types( [srctype.pson,srctype.psoff] )
     235    ssub.set_selection( sel )
     236    ssuboff = ssub.copy()
     237    ssub.set_selection()
     238    sel.reset()
    196239    if ssubon.nrow() != ssuboff.nrow():
    197240        msg = "mismatch in numbers of CAL on/off scans. Cannot calibrate. Check the scan numbers."
    198241        if rcParams['verbose']:
    199             print msg
     242            #print msg
     243            asaplog.push(msg)
     244            print_log('ERROR')
    200245            return
    201246        else:
    202247            raise TypeError(msg)
    203248    cals = dototalpower(ssubon, ssuboff, tcalval)
    204     sig = cals.get_scan('*ps')
    205     ref = cals.get_scan('*psr')
     249    #sig = cals.get_scan('*ps')
     250    #ref = cals.get_scan('*psr')
     251    sel.set_types( srctype.pson )
     252    cals.set_selection( sel )
     253    sig = cals.copy()
     254    cals.set_selection()
     255    sel.reset()
     256    sel.set_types( srctype.psoff )
     257    cals.set_selection( sel )
     258    ref = cals.copy()
     259    cals.set_selection()
     260    sel.reset()
    206261    if sig.nscan() != ref.nscan():
    207262        msg = "mismatch in numbers of on/off scans. Cannot calibrate. Check the scan numbers."
    208263        if rcParams['verbose']:
    209             print msg
     264            #print msg
     265            asaplog.push(msg)
     266            print_log('ERROR')
    210267            return
    211268        else:
    … …  
    217274            msg = "Need to supply a valid tau to use the supplied Tsys"
    218275            if rcParams['verbose']:
    219                 print msg
     276                #print msg
     277                asaplog.push(msg)
     278                print_log('ERROR')
    220279                return
    221280            else:
    … …  
    236295    #ress = dosigref(sig, ref, smooth, tsysval)
    237296    ress = dosigref(sig, ref, smooth, tsysval, tauval)
     297    ###
     298    if verify:
     299        # get data
     300        import numpy
     301        precal={}
     302        postcal=[]
     303        keys=['ps','ps_calon','psr','psr_calon']
     304        types=[srctype.pson,srctype.poncal,srctype.psoff,srctype.poffcal]
     305        ifnos=list(ssub.getifnos())
     306        polnos=list(ssub.getpolnos())
     307        sel=selector()
     308        for i in range(2):
     309            #ss=ssuboff.get_scan('*'+keys[2*i])
     310            ll=[]
     311            for j in range(len(ifnos)):
     312                for k in range(len(polnos)):
     313                    sel.set_ifs(ifnos[j])
     314                    sel.set_polarizations(polnos[k])
     315                    sel.set_types(types[2*i])
     316                    try:
     317                        #ss.set_selection(sel)
     318                        ssuboff.set_selection(sel)
     319                    except:
     320                        continue
     321                    #ll.append(numpy.array(ss._getspectrum(0)))
     322                    ll.append(numpy.array(ssuboff._getspectrum(0)))
     323                    sel.reset()
     324                    ssuboff.set_selection()
     325            precal[keys[2*i]]=ll
     326            #del ss
     327            #ss=ssubon.get_scan('*'+keys[2*i+1])
     328            ll=[]
     329            for j in range(len(ifnos)):
     330                for k in range(len(polnos)):
     331                    sel.set_ifs(ifnos[j])
     332                    sel.set_polarizations(polnos[k])
     333                    sel.set_types(types[2*i+1])
     334                    try:
     335                        #ss.set_selection(sel)
     336                        ssubon.set_selection(sel)
     337                    except:
     338                        continue
     339                    #ll.append(numpy.array(ss._getspectrum(0)))
     340                    ll.append(numpy.array(ssubon._getspectrum(0)))
     341                    sel.reset()
     342                    ssubon.set_selection()
     343            precal[keys[2*i+1]]=ll
     344            #del ss
     345        for j in range(len(ifnos)):
     346            for k in range(len(polnos)):
     347                sel.set_ifs(ifnos[j])
     348                sel.set_polarizations(polnos[k])
     349                try:
     350                    ress.set_selection(sel)
     351                except:
     352                    continue
     353                postcal.append(numpy.array(ress._getspectrum(0)))
     354                sel.reset()
     355                ress.set_selection()
     356        del sel
     357        # plot
     358        print_log()
     359        asaplog.push('Plot only first spectrum for each [if,pol] pairs to verify calibration.')
     360        print_log('WARN')
     361        p=asaplotgui.asaplotgui()
     362        #nr=min(6,len(ifnos)*len(polnos))
     363        nr=len(ifnos)*len(polnos)
     364        titles=[]
     365        btics=[]
     366        if nr<4:
     367            p.set_panels(rows=nr,cols=2,nplots=2*nr,ganged=False)
     368            for i in range(2*nr):
     369                b=False
     370                if i >= 2*nr-2:
     371                    b=True
     372                btics.append(b)
     373        elif nr==4:
     374            p.set_panels(rows=2,cols=4,nplots=8,ganged=False)
     375            for i in range(2*nr):
     376                b=False
     377                if i >= 2*nr-4:
     378                    b=True
     379                btics.append(b)
     380        elif nr<7:
     381            p.set_panels(rows=3,cols=4,nplots=2*nr,ganged=False)
     382            for i in range(2*nr):
     383                if i >= 2*nr-4:
     384                    b=True
     385                btics.append(b)
     386        else:
     387            print_log()
     388            asaplog.push('Only first 6 [if,pol] pairs are plotted.')
     389            print_log('WARN')
     390            nr=6
     391            for i in range(2*nr):
     392                b=False
     393                if i >= 2*nr-4:
     394                    b=True
     395                btics.append(b)
     396            p.set_panels(rows=3,cols=4,nplots=2*nr,ganged=False)
     397        for i in range(nr):
     398            p.subplot(2*i)
     399            p.color=0
     400            title='raw data IF%s POL%s' % (ifnos[int(i/len(polnos))],polnos[i%len(polnos)])
     401            titles.append(title)
     402            #p.set_axes('title',title,fontsize=40)
     403            ymin=1.0e100
     404            ymax=-1.0e100
     405            nchan=s.nchan()
     406            edge=int(nchan*0.01)
     407            for j in range(4):
     408                spmin=min(precal[keys[j]][i][edge:nchan-edge])
     409                spmax=max(precal[keys[j]][i][edge:nchan-edge])
     410                ymin=min(ymin,spmin)
     411                ymax=max(ymax,spmax)
     412            for j in range(4):
     413                if i==0:
     414                    p.set_line(label=keys[j])
     415                else:
     416                    p.legend()
     417                p.plot(precal[keys[j]][i])
     418            p.axes.set_ylim(ymin-0.1*abs(ymin),ymax+0.1*abs(ymax))
     419            if not btics[2*i]:
     420                p.axes.set_xticks([])
     421            p.subplot(2*i+1)
     422            p.color=0
     423            title='cal data IF%s POL%s' % (ifnos[int(i/len(polnos))],polnos[i%len(polnos)])
     424            titles.append(title)
     425            #p.set_axes('title',title)
     426            p.legend()
     427            ymin=postcal[i][edge:nchan-edge].min()
     428            ymax=postcal[i][edge:nchan-edge].max()
     429            p.plot(postcal[i])
     430            p.axes.set_ylim(ymin-0.1*abs(ymin),ymax+0.1*abs(ymax))
     431            if not btics[2*i+1]:
     432                p.axes.set_xticks([])
     433        for i in range(2*nr):
     434            p.subplot(i)
     435            p.set_axes('title',titles[i],fontsize='medium')
     436        x=raw_input('Accept calibration ([y]/n): ' )
     437        if x.upper() == 'N':
     438            p.unmap()
     439            del p
     440            return scabtab
     441        p.unmap()
     442        del p
     443    ###
    238444    ress._add_history("calps", varlist)
     445    print_log()
    239446    return ress
    240447
    241448@print_log_dec
    242 def calnod(scantab, scannos=[], smooth=1, tsysval=0.0, tauval=0.0, tcalval=0.0):
     449def calnod(scantab, scannos=[], smooth=1, tsysval=0.0, tauval=0.0, tcalval=0.0, verify=False):
    243450    """
    244451    Do full (but a pair of scans at time) processing of GBT Nod data
    … …  
    255462    varlist = vars()
    256463    from asap._asap import stmath
     464    from asap._asap import srctype
    257465    stm = stmath()
    258466    stm._setinsitu(False)
    259467
    260468    # check for the appropriate data
    261     s = scantab.get_scan('*_nod*')
    262     if s is None:
     469##     s = scantab.get_scan('*_nod*')
     470##     if s is None:
     471##         msg = "The input data appear to contain no Nod observing mode data."
     472##         if rcParams['verbose']:
     473##             #print msg
     474##             asaplog.push(msg)
     475##             print_log('ERROR')
     476##             return
     477##         else:
     478##             raise TypeError(msg)
     479    s = scantab.copy()
     480    sel = selector()
     481    sel.set_types( srctype.nod )
     482    try:
     483        s.set_selection( sel )
     484    except Exception, e:
    263485        msg = "The input data appear to contain no Nod observing mode data."
    264486        if rcParams['verbose']:
    265             print msg
     487            #print msg
     488            asaplog.push(msg)
     489            print_log('ERROR')
    266490            return
    267491        else:
    268492            raise TypeError(msg)
     493    sel.reset()
     494    del sel
     495    del s
    269496
    270497    # need check correspondance of each beam with sig-ref ...
    … …  
    300527            msg = "Need to supply a valid tau to use the supplied Tsys"
    301528            if rcParams['verbose']:
    302                 print msg
     529                #print msg
     530                asaplog.push(msg)
     531                print_log('ERROR')
    303532                return
    304533            else:
    … …  
    307536            scantab.recalc_azel()
    308537    resspec = scantable(stm._donod(scantab, pairScans, smooth, tsysval,tauval,tcalval))
     538    ###
     539    if verify:
     540        # get data
     541        import numpy
     542        precal={}
     543        postcal=[]
     544        keys=['','_calon']
     545        types=[srctype.nod,srctype.nodcal]
     546        ifnos=list(scantab.getifnos())
     547        polnos=list(scantab.getpolnos())
     548        sel=selector()
     549        ss = scantab.copy()
     550        for i in range(2):
     551            #ss=scantab.get_scan('*'+keys[i])
     552            ll=[]
     553            ll2=[]
     554            for j in range(len(ifnos)):
     555                for k in range(len(polnos)):
     556                    sel.set_ifs(ifnos[j])
     557                    sel.set_polarizations(polnos[k])
     558                    sel.set_scans(pairScans[0])
     559                    sel.set_types(types[i])
     560                    try:
     561                        ss.set_selection(sel)
     562                    except:
     563                        continue
     564                    ll.append(numpy.array(ss._getspectrum(0)))
     565                    sel.reset()
     566                    ss.set_selection()
     567                    sel.set_ifs(ifnos[j])
     568                    sel.set_polarizations(polnos[k])
     569                    sel.set_scans(pairScans[1])
     570                    sel.set_types(types[i])
     571                    try:
     572                        ss.set_selection(sel)
     573                    except:
     574                        ll.pop()
     575                        continue
     576                    ll2.append(numpy.array(ss._getspectrum(0)))
     577                    sel.reset()
     578                    ss.set_selection()
     579            key='%s%s' %(pairScans[0],keys[i])
     580            precal[key]=ll
     581            key='%s%s' %(pairScans[1],keys[i])
     582            precal[key]=ll2
     583            #del ss
     584        keys=precal.keys()
     585        for j in range(len(ifnos)):
     586            for k in range(len(polnos)):
     587                sel.set_ifs(ifnos[j])
     588                sel.set_polarizations(polnos[k])
     589                sel.set_scans(pairScans[0])
     590                try:
     591                    resspec.set_selection(sel)
     592                except:
     593                    continue
     594                postcal.append(numpy.array(resspec._getspectrum(0)))
     595                sel.reset()
     596                resspec.set_selection()
     597        del sel
     598        # plot
     599        print_log()
     600        asaplog.push('Plot only first spectrum for each [if,pol] pairs to verify calibration.')
     601        print_log('WARN')
     602        p=asaplotgui.asaplotgui()
     603        #nr=min(6,len(ifnos)*len(polnos))
     604        nr=len(ifnos)*len(polnos)
     605        titles=[]
     606        btics=[]
     607        if nr<4:
     608            p.set_panels(rows=nr,cols=2,nplots=2*nr,ganged=False)
     609            for i in range(2*nr):
     610                b=False
     611                if i >= 2*nr-2:
     612                    b=True
     613                btics.append(b)
     614        elif nr==4:
     615            p.set_panels(rows=2,cols=4,nplots=8,ganged=False)
     616            for i in range(2*nr):
     617                b=False
     618                if i >= 2*nr-4:
     619                    b=True
     620                btics.append(b)
     621        elif nr<7:
     622            p.set_panels(rows=3,cols=4,nplots=2*nr,ganged=False)
     623            for i in range(2*nr):
     624                if i >= 2*nr-4:
     625                    b=True
     626                btics.append(b)
     627        else:
     628            print_log()
     629            asaplog.push('Only first 6 [if,pol] pairs are plotted.')
     630            print_log('WARN')
     631            nr=6
     632            for i in range(2*nr):
     633                b=False
     634                if i >= 2*nr-4:
     635                    b=True
     636                btics.append(b)
     637            p.set_panels(rows=3,cols=4,nplots=2*nr,ganged=False)
     638        for i in range(nr):
     639            p.subplot(2*i)
     640            p.color=0
     641            title='raw data IF%s POL%s' % (ifnos[int(i/len(polnos))],polnos[i%len(polnos)])
     642            titles.append(title)
     643            #p.set_axes('title',title,fontsize=40)
     644            ymin=1.0e100
     645            ymax=-1.0e100
     646            nchan=scantab.nchan()
     647            edge=int(nchan*0.01)
     648            for j in range(4):
     649                spmin=min(precal[keys[j]][i][edge:nchan-edge])
     650                spmax=max(precal[keys[j]][i][edge:nchan-edge])
     651                ymin=min(ymin,spmin)
     652                ymax=max(ymax,spmax)
     653            for j in range(4):
     654                if i==0:
     655                    p.set_line(label=keys[j])
     656                else:
     657                    p.legend()
     658                p.plot(precal[keys[j]][i])
     659            p.axes.set_ylim(ymin-0.1*abs(ymin),ymax+0.1*abs(ymax))
     660            if not btics[2*i]:
     661                p.axes.set_xticks([])
     662            p.subplot(2*i+1)
     663            p.color=0
     664            title='cal data IF%s POL%s' % (ifnos[int(i/len(polnos))],polnos[i%len(polnos)])
     665            titles.append(title)
     666            #p.set_axes('title',title)
     667            p.legend()
     668            ymin=postcal[i][edge:nchan-edge].min()
     669            ymax=postcal[i][edge:nchan-edge].max()
     670            p.plot(postcal[i])
     671            p.axes.set_ylim(ymin-0.1*abs(ymin),ymax+0.1*abs(ymax))
     672            if not btics[2*i+1]:
     673                p.axes.set_xticks([])
     674        for i in range(2*nr):
     675            p.subplot(i)
     676            p.set_axes('title',titles[i],fontsize='medium')
     677        x=raw_input('Accept calibration ([y]/n): ' )
     678        if x.upper() == 'N':
     679            p.unmap()
     680            del p
     681            return scabtab
     682        p.unmap()
     683        del p
     684    ###
    309685    resspec._add_history("calnod",varlist)
     686    print_log()
    310687    return resspec
    311688
    312689@print_log_dec
    313 def calfs(scantab, scannos=[], smooth=1, tsysval=0.0, tauval=0.0, tcalval=0.0):
     690def calfs(scantab, scannos=[], smooth=1, tsysval=0.0, tauval=0.0, tcalval=0.0, verify=False):
    314691    """
    315692    Calibrate GBT frequency switched data.
    … …  
    333710    varlist = vars()
    334711    from asap._asap import stmath
     712    from asap._asap import srctype
    335713    stm = stmath()
    336714    stm._setinsitu(False)
    … …  
    348726
    349727    resspec = scantable(stm._dofs(s, scannos, smooth, tsysval,tauval,tcalval))
     728    ###
     729    if verify:
     730        # get data
     731        ssub = s.get_scan(scannos)
     732        #ssubon = ssub.get_scan('*calon')
     733        #ssuboff = ssub.get_scan('*[^calon]')
     734        sel = selector()
     735        sel.set_types( [srctype.foncal,srctype.foffcal] )
     736        ssub.set_selection( sel )
     737        ssubon = ssub.copy()
     738        ssub.set_selection()
     739        sel.reset()
     740        sel.set_types( [srctype.fson,srctype.fsoff] )
     741        ssub.set_selection( sel )
     742        ssuboff = ssub.copy()
     743        ssub.set_selection()
     744        sel.reset()
     745        import numpy
     746        precal={}
     747        postcal=[]
     748        keys=['fs','fs_calon','fsr','fsr_calon']
     749        types=[srctype.fson,srctype.foncal,srctype.fsoff,srctype.foffcal]
     750        ifnos=list(ssub.getifnos())
     751        polnos=list(ssub.getpolnos())
     752        for i in range(2):
     753            #ss=ssuboff.get_scan('*'+keys[2*i])
     754            ll=[]
     755            for j in range(len(ifnos)):
     756                for k in range(len(polnos)):
     757                    sel.set_ifs(ifnos[j])
     758                    sel.set_polarizations(polnos[k])
     759                    sel.set_types(types[2*i])
     760                    try:
     761                        #ss.set_selection(sel)
     762                        ssuboff.set_selection(sel)
     763                    except:
     764                        continue
     765                    ll.append(numpy.array(ss._getspectrum(0)))
     766                    sel.reset()
     767                    #ss.set_selection()
     768                    ssuboff.set_selection()
     769            precal[keys[2*i]]=ll
     770            #del ss
     771            #ss=ssubon.get_scan('*'+keys[2*i+1])
     772            ll=[]
     773            for j in range(len(ifnos)):
     774                for k in range(len(polnos)):
     775                    sel.set_ifs(ifnos[j])
     776                    sel.set_polarizations(polnos[k])
     777                    sel.set_types(types[2*i+1])
     778                    try:
     779                        #ss.set_selection(sel)
     780                        ssubon.set_selection(sel)
     781                    except:
     782                        continue
     783                    ll.append(numpy.array(ss._getspectrum(0)))
     784                    sel.reset()
     785                    #ss.set_selection()
     786                    ssubon.set_selection()
     787            precal[keys[2*i+1]]=ll
     788            #del ss
     789        #sig=resspec.get_scan('*_fs')
     790        #ref=resspec.get_scan('*_fsr')
     791        sel.set_types( srctype.fson )
     792        resspec.set_selection( sel )
     793        sig=resspec.copy()
     794        resspec.set_selection()
     795        sel.reset()
     796        sel.set_type( srctype.fsoff )
     797        resspec.set_selection( sel )
     798        ref=resspec.copy()
     799        resspec.set_selection()
     800        sel.reset()
     801        for k in range(len(polnos)):
     802            for j in range(len(ifnos)):
     803                sel.set_ifs(ifnos[j])
     804                sel.set_polarizations(polnos[k])
     805                try:
     806                    sig.set_selection(sel)
     807                    postcal.append(numpy.array(sig._getspectrum(0)))
     808                except:
     809                    ref.set_selection(sel)
     810                    postcal.append(numpy.array(ref._getspectrum(0)))
     811                sel.reset()
     812                resspec.set_selection()
     813        del sel
     814        # plot
     815        print_log()
     816        asaplog.push('Plot only first spectrum for each [if,pol] pairs to verify calibration.')
     817        print_log('WARN')
     818        p=asaplotgui.asaplotgui()
     819        #nr=min(6,len(ifnos)*len(polnos))
     820        nr=len(ifnos)/2*len(polnos)
     821        titles=[]
     822        btics=[]
     823        if nr>3:
     824            print_log()
     825            asaplog.push('Only first 3 [if,pol] pairs are plotted.')
     826            print_log('WARN')
     827            nr=3
     828        p.set_panels(rows=nr,cols=3,nplots=3*nr,ganged=False)
     829        for i in range(3*nr):
     830            b=False
     831            if i >= 3*nr-3:
     832                b=True
     833            btics.append(b)
     834        for i in range(nr):
     835            p.subplot(3*i)
     836            p.color=0
     837            title='raw data IF%s,%s POL%s' % (ifnos[2*int(i/len(polnos))],ifnos[2*int(i/len(polnos))+1],polnos[i%len(polnos)])
     838            titles.append(title)
     839            #p.set_axes('title',title,fontsize=40)
     840            ymin=1.0e100
     841            ymax=-1.0e100
     842            nchan=s.nchan()
     843            edge=int(nchan*0.01)
     844            for j in range(4):
     845                spmin=min(precal[keys[j]][i][edge:nchan-edge])
     846                spmax=max(precal[keys[j]][i][edge:nchan-edge])
     847                ymin=min(ymin,spmin)
     848                ymax=max(ymax,spmax)
     849            for j in range(4):
     850                if i==0:
     851                    p.set_line(label=keys[j])
     852                else:
     853                    p.legend()
     854                p.plot(precal[keys[j]][i])
     855            p.axes.set_ylim(ymin-0.1*abs(ymin),ymax+0.1*abs(ymax))
     856            if not btics[3*i]:
     857                p.axes.set_xticks([])
     858            p.subplot(3*i+1)
     859            p.color=0
     860            title='sig data IF%s POL%s' % (ifnos[2*int(i/len(polnos))],polnos[i%len(polnos)])
     861            titles.append(title)
     862            #p.set_axes('title',title)
     863            p.legend()
     864            ymin=postcal[2*i][edge:nchan-edge].min()
     865            ymax=postcal[2*i][edge:nchan-edge].max()
     866            p.plot(postcal[2*i])
     867            p.axes.set_ylim(ymin-0.1*abs(ymin),ymax+0.1*abs(ymax))
     868            if not btics[3*i+1]:
     869                p.axes.set_xticks([])
     870            p.subplot(3*i+2)
     871            p.color=0
     872            title='ref data IF%s POL%s' % (ifnos[2*int(i/len(polnos))+1],polnos[i%len(polnos)])
     873            titles.append(title)
     874            #p.set_axes('title',title)
     875            p.legend()
     876            ymin=postcal[2*i+1][edge:nchan-edge].min()
     877            ymax=postcal[2*i+1][edge:nchan-edge].max()
     878            p.plot(postcal[2*i+1])
     879            p.axes.set_ylim(ymin-0.1*abs(ymin),ymax+0.1*abs(ymax))
     880            if not btics[3*i+2]:
     881                p.axes.set_xticks([])
     882        for i in range(3*nr):
     883            p.subplot(i)
     884            p.set_axes('title',titles[i],fontsize='medium')
     885        x=raw_input('Accept calibration ([y]/n): ' )
     886        if x.upper() == 'N':
     887            p.unmap()
     888            del p
     889            return scabtab
     890        p.unmap()
     891        del p
     892    ###
    350893    resspec._add_history("calfs",varlist)
     894    print_log()
    351895    return resspec
    352 
    353896
    354897@print_log_dec
    … …  
    380923            msg = "Please give a list of scantables"
    381924            if rcParams['verbose']:
    382                 print msg
     925                #print msg
     926                asaplog.push(msg)
     927                print_log('ERROR')
    383928                return
    384929            else:
    … …  
    386931    s = scantable(stm._merge(lst))
    387932    s._add_history("merge", varlist)
     933    print_log()
    388934    return s
     935
     936def calibrate( scantab, scannos=[], calmode='none', verify=None ):
     937    """
     938    Calibrate data.
     939   
     940    Parameters:
     941        scantab:       scantable
     942        scannos:       list of scan number
     943        calmode:       calibration mode
     944        verify:        verify calibration     
     945    """
     946    antname = scantab.get_antennaname()
     947    if ( calmode == 'nod' ):
     948        asaplog.push( 'Calibrating nod data.' )
     949        print_log()
     950        scal = calnod( scantab, scannos=scannos, verify=verify )
     951    elif ( calmode == 'quotient' ):
     952        asaplog.push( 'Calibrating using quotient.' )
     953        print_log()
     954        scal = scantab.auto_quotient( verify=verify )
     955    elif ( calmode == 'ps' ):
     956        asaplog.push( 'Calibrating %s position-switched data.' % antname )
     957        print_log()
     958        if ( antname.find( 'APEX' ) != -1 ):
     959            scal = apexcal( scantab, scannos, calmode, verify )
     960        elif ( antname.find( 'ALMA' ) != -1 or antname.find( 'OSF' ) != -1 ):
     961            scal = almacal( scantab, scannos, calmode, verify )
     962        else:
     963            scal = calps( scantab, scannos=scannos, verify=verify )
     964    elif ( calmode == 'fs' or calmode == 'fsotf' ):
     965        asaplog.push( 'Calibrating %s frequency-switched data.' % antname )
     966        print_log()
     967        if ( antname.find( 'APEX' ) != -1 ):
     968            scal = apexcal( scantab, scannos, calmode, verify )
     969        elif ( antname.find( 'ALMA' ) != -1 or antname.find( 'OSF' ) != -1 ):
     970            scal = almacal( scantab, scannos, calmode, verify )
     971        else:
     972            scal = calfs( scantab, scannos=scannos, verify=verify )
     973    elif ( calmode == 'otf' ):
     974        asaplog.push( 'Calibrating %s On-The-Fly data.' % antname )
     975        print_log()
     976        scal = almacal( scantab, scannos, calmode, verify )
     977    else:
     978        asaplog.push( 'No calibration.' )
     979        scal = scantab.copy()
     980
     981    return scal
     982
     983def apexcal( scantab, scannos=[], calmode='none', verify=False ):
     984    """
     985    Calibrate APEX data
     986
     987    Parameters:
     988        scantab:       scantable
     989        scannos:       list of scan number
     990        calmode:       calibration mode
     991
     992        verify:        verify calibration     
     993    """
     994    from asap._asap import stmath
     995    stm = stmath()
     996    antname = scantab.get_antennaname()
     997    ssub = scantab.get_scan( scannos )
     998    scal = scantable( stm.cwcal( ssub, calmode, antname ) )
     999    return scal
     1000
     1001def almacal( scantab, scannos=[], calmode='none', verify=False ):
     1002    """
     1003    Calibrate ALMA data
     1004
     1005    Parameters:
     1006        scantab:       scantable
     1007        scannos:       list of scan number
     1008        calmode:       calibration mode
     1009
     1010        verify:        verify calibration     
     1011    """
     1012    from asap._asap import stmath
     1013    stm = stmath()
     1014    ssub = scantab.get_scan( scannos )
     1015    scal = scantable( stm.almacal( ssub, calmode ) )
     1016    return scal
     1017
     1018def splitant(filename, outprefix='',overwrite=False):
     1019    """
     1020    Split Measurement set by antenna name, save data as a scantables,
     1021    and return a list of filename.
     1022    Notice this method can only be available from CASA.
     1023    Prameter
     1024       filename:    the name of Measurement set to be read.
     1025       outprefix:   the prefix of output scantable name.
     1026                    the names of output scantable will be
     1027                    outprefix.antenna1, outprefix.antenna2, ....
     1028                    If not specified, outprefix = filename is assumed.
     1029       overwrite    If the file should be overwritten if it exists.
     1030                    The default False is to return with warning
     1031                    without writing the output. USE WITH CARE.
     1032                   
     1033    """
     1034    # Import the table toolkit from CASA
     1035    try:
     1036       import casac
     1037    except ImportError:
     1038       if rcParams['verbose']:
     1039           #print "failed to load casa"
     1040           print_log()
     1041           asaplog.push("failed to load casa")
     1042           print_log('ERROR')
     1043       else: raise
     1044       return False
     1045    try:
     1046       tbtool = casac.homefinder.find_home_by_name('tableHome')
     1047       tb = tbtool.create()
     1048       tb2 = tbtool.create()
     1049    except:
     1050       if rcParams['verbose']:
     1051           #print "failed to load a table tool:\n", e
     1052           print_log()
     1053           asaplog.push("failed to load table tool")
     1054           print_log('ERROR')
     1055       else: raise
     1056       return False
     1057    # Check the input filename
     1058    if isinstance(filename, str):
     1059        import os.path
     1060        filename = os.path.expandvars(filename)
     1061        filename = os.path.expanduser(filename)
     1062        if not os.path.exists(filename):
     1063            s = "File '%s' not found." % (filename)
     1064            if rcParams['verbose']:
     1065                print_log()
     1066                asaplog.push(s)
     1067                print_log('ERROR')
     1068                return
     1069            raise IOError(s)
     1070        # check if input file is MS
     1071        if not os.path.isdir(filename) \
     1072               or not os.path.exists(filename+'/ANTENNA') \
     1073               or not os.path.exists(filename+'/table.f1'):
     1074            s = "File '%s' is not a Measurement set." % (filename)
     1075            if rcParams['verbose']:
     1076                print_log()
     1077                asaplog.push(s)
     1078                print_log('ERROR')
     1079                return
     1080            raise IOError(s)
     1081    else:
     1082        s = "The filename should be string. "
     1083        if rcParams['verbose']:
     1084            print_log()
     1085            asaplog.push(s)
     1086            print_log('ERROR')
     1087            return
     1088        raise TypeError(s)
     1089    # Check out put file name
     1090    outname=''
     1091    if len(outprefix) > 0: prefix=outprefix+'.'
     1092    else:
     1093        prefix=filename.rstrip('/')
     1094    # Now do the actual splitting.
     1095    outfiles=[]
     1096    tb.open(tablename=filename+'/ANTENNA',nomodify=True)
     1097    nant=tb.nrows()
     1098    antnames=tb.getcol('NAME',0,nant,1)
     1099    antpos=tb.getcol('POSITION',0,nant,1).transpose()
     1100    tb.close()
     1101    tb.open(tablename=filename,nomodify=True)
     1102    ant1=tb.getcol('ANTENNA1',0,-1,1)
     1103    tb.close()
     1104    for antid in set(ant1):
     1105        scan=scantable(filename,average=False,getpt=True,antenna=int(antid))
     1106        outname=prefix+antnames[antid]+'.asap'
     1107        scan.save(outname,format='ASAP',overwrite=overwrite)
     1108        del scan
     1109        outfiles.append(outname)
     1110    del tb, tb2
     1111    return outfiles
     1112
     1113def _array2dOp( scan, value, mode="ADD", tsys=False ):
     1114    """
     1115    This function is workaround on the basic operation of scantable
     1116    with 2 dimensional float list.
     1117
     1118    scan:    scantable operand
     1119    value:   float list operand
     1120    mode:    operation mode (ADD, SUB, MUL, DIV)
     1121    tsys:    if True, operate tsys as well
     1122    """
     1123    nrow = scan.nrow()
     1124    s = None
     1125    if len( value ) == 1:
     1126        from asap._asap import stmath
     1127        stm = stmath()
     1128        s = scantable( stm._arrayop( scan.copy(), value[0], mode, tsys ) )
     1129        del stm
     1130    elif len( value ) != nrow:
     1131        asaplog.push( 'len(value) must be 1 or conform to scan.nrow()' )
     1132        print_log( 'ERROR' )
     1133    else:
     1134        from asap._asap import stmath
     1135        stm = stmath()
     1136        # insitu must be True
     1137        stm._setinsitu( True )
     1138        s = scan.copy()
     1139        sel = selector()
     1140        for irow in range( nrow ):
     1141            sel.set_rows( irow )
     1142            s.set_selection( sel )
     1143            if len( value[irow] ) == 1:
     1144                stm._unaryop( s, value[irow][0], mode, tsys )
     1145            else:
     1146                stm._arrayop( s, value[irow], mode, tsys, 'channel' )
     1147            s.set_selection()
     1148            sel.reset()
     1149        del sel
     1150        del stm
     1151    return s
     1152
     1153           
     1154           

  • branches/mergetest/python/asapplotter.py

    r1739 r1789  
    11from asap import rcParams, print_log, print_log_dec
    22from asap import selector, scantable
     3from asap import asaplog
    34import matplotlib.axes
    45from matplotlib.font_manager import FontProperties
    … …  
    2122            self._visible = visible
    2223        self._plotter = self._newplotter(**kwargs)
     24        # additional tool bar
     25        self._plotter.figmgr.casabar=self._newcasabar()
    2326
    2427        self._panelling = None
    … …  
    4346        self._hist = rcParams['plotter.histogram']
    4447        self._fp = FontProperties()
     48        self._panellayout = self.set_panellayout(refresh=False)
    4549
    4650    def _translate(self, instr):
    … …  
    5357
    5458    def _newplotter(self, **kwargs):
    55         if self._visible:
     59        backend=matplotlib.get_backend()
     60        if not self._visible:
     61            from asap.asaplot import asaplot
     62        elif backend == 'TkAgg':
    5663            from asap.asaplotgui import asaplotgui as asaplot
     64        elif backend == 'Qt4Agg':
     65            from asap.asaplotgui_qt4 import asaplotgui as asaplot
     66        elif backend == 'GTkAgg':
     67            from asap.asaplotgui_gtk import asaplotgui as asaplot
    5768        else:
    5869            from asap.asaplot import asaplot
    5970        return asaplot(**kwargs)
     71
     72    def _newcasabar(self):
     73        backend=matplotlib.get_backend()
     74        if self._visible and backend == "TkAgg":
     75            from asap.casatoolbar import CustomToolbarTkAgg
     76            return CustomToolbarTkAgg(self)
     77        else: return None
    6078
    6179    @print_log_dec
    … …  
    7290        """
    7391        if self._plotter.is_dead:
     92            if hasattr(self._plotter.figmgr,'casabar'):
     93                del self._plotter.figmgr.casabar
    7494            self._plotter = self._newplotter()
     95            self._plotter.figmgr.casabar=self._newcasabar()
    7596        self._plotter.hold()
    7697        self._plotter.clear()
    77         from asap import scantable
    7898        if not self._data and not scan:
    7999            msg = "Input is not a scantable"
    80100            if rcParams['verbose']:
    81                 print msg
     101                #print msg
     102                asaplog.push( msg )
     103                print_log( 'ERROR' )
    82104                return
    83105            raise TypeError(msg)
    84         if isinstance(scan, scantable):
    85             if self._data is not None:
    86                 if scan != self._data:
    87                     self._data = scan
    88                     # reset
    89                     self._reset()
    90             else:
    91                 self._data = scan
    92                 self._reset()
    93         # ranges become invalid when unit changes
    94         if self._abcunit and self._abcunit != self._data.get_unit():
    95             self._minmaxx = None
    96             self._minmaxy = None
    97             self._abcunit = self._data.get_unit()
    98             self._datamask = None
     106        if scan: self.set_data(scan,refresh=False)
    99107        self._plot(self._data)
    100108        if self._minmaxy is not None:
    101109            self._plotter.set_limits(ylim=self._minmaxy)
     110        if self._plotter.figmgr.casabar: self._plotter.figmgr.casabar.enable_button()
    102111        self._plotter.release()
    103112        self._plotter.tidy()
    104113        self._plotter.show(hardrefresh=False)
     114        print_log()
    105115        return
    106116
    … …  
    238248                dpos = (pos[0][1], pos[1][1])
    239249                args = dpos + args
    240 
    241250        self._axes_callback("axhspan", *args, **kwargs)
    242251        # hack to preventy mpl from redrawing the patch
    … …  
    265274    # end matplotlib.axes fowarding functions
    266275
    267 
    268     def set_mode(self, stacking=None, panelling=None):
     276    def set_data(self, scan, refresh=True):
     277        """
     278        Set a scantable to plot.
     279        Parameters:
     280            scan:      a scantable
     281            refresh:   True (default) or False. If True, the plot is
     282                       replotted based on the new parameter setting(s).
     283                       Otherwise,the parameter(s) are set without replotting.
     284        Note:
     285           The user specified masks and data selections will be reset
     286           if a new scantable is set. This method should be called before
     287           setting data selections (set_selection) and/or masks (set_mask).
     288        """
     289        from asap import scantable
     290        if isinstance(scan, scantable):
     291            if self._data is not None:
     292                if scan != self._data:
     293                    self._data = scan
     294                    # reset
     295                    self._reset()
     296                    msg = "A new scantable is set to the plotter. The masks and data selections are reset."
     297                    asaplog.push( msg )
     298                    print_log( 'INFO' )
     299            else:
     300                self._data = scan
     301                self._reset()
     302        else:
     303            msg = "Input is not a scantable"
     304            if rcParams['verbose']:
     305                #print msg
     306                asaplog.push( msg )
     307                print_log( 'ERROR' )
     308                return
     309            raise TypeError(msg)
     310
     311        # ranges become invalid when unit changes
     312        if self._abcunit and self._abcunit != self._data.get_unit():
     313            self._minmaxx = None
     314            self._minmaxy = None
     315            self._abcunit = self._data.get_unit()
     316            self._datamask = None
     317        if refresh: self.plot()
     318       
     319
     320    def set_mode(self, stacking=None, panelling=None, refresh=True):
    269321        """
    270322        Set the plots look and feel, i.e. what you want to see on the plot.
    … …  
    274326            panelling:    tell the plotter which variable to plot
    275327                          across multiple panels (default 'scan'
     328            refresh:      True (default) or False. If True, the plot is
     329                          replotted based on the new parameter setting(s).
     330                          Otherwise,the parameter(s) are set without replotting.
    276331        Note:
    277332            Valid modes are:
    … …  
    286341               not self.set_stacking(stacking):
    287342            if rcParams['verbose']:
    288                 print msg
     343                #print msg
     344                asaplog.push( msg )
     345                print_log( 'ERROR' )
    289346                return
    290347            else:
    291348                raise TypeError(msg)
    292         if self._data: self.plot(self._data)
     349        if refresh and self._data: self.plot(self._data)
    293350        return
    294351
    … …  
    304361        return False
    305362
    306     def set_layout(self,rows=None,cols=None):
     363    def set_layout(self,rows=None,cols=None,refresh=True):
    307364        """
    308365        Set the multi-panel layout, i.e. how many rows and columns plots
    … …  
    311368             rows:   The number of rows of plots
    312369             cols:   The number of columns of plots
     370             refresh:  True (default) or False. If True, the plot is
     371                       replotted based on the new parameter setting(s).
     372                       Otherwise,the parameter(s) are set without replotting.
    313373        Note:
    314374             If no argument is given, the potter reverts to its auto-plot
    … …  
    317377        self._rows = rows
    318378        self._cols = cols
    319         if self._data: self.plot(self._data)
     379        if refresh and self._data: self.plot(self._data)
    320380        return
    321381
    … …  
    331391        return False
    332392
    333     def set_range(self,xstart=None,xend=None,ystart=None,yend=None):
     393    def set_range(self,xstart=None,xend=None,ystart=None,yend=None,refresh=True):
    334394        """
    335395        Set the range of interest on the abcissa of the plot
    336396        Parameters:
    337397            [x,y]start,[x,y]end:  The start and end points of the 'zoom' window
     398            refresh:  True (default) or False. If True, the plot is
     399                      replotted based on the new parameter setting(s).
     400                      Otherwise,the parameter(s) are set without replotting.
    338401        Note:
    339402            These become non-sensical when the unit changes.
    … …  
    349412        else:
    350413            self._minmaxy = [ystart,yend]
    351         if self._data: self.plot(self._data)
     414        if refresh and self._data: self.plot(self._data)
    352415        return
    353416
    354     def set_legend(self, mp=None, fontsize = None, mode = 0):
     417    def set_legend(self, mp=None, fontsize = None, mode = 0, refresh=True):
    355418        """
    356419        Specify a mapping for the legend instead of using the default
    … …  
    376439                        9: upper center
    377440                        10: center
     441            refresh:    True (default) or False. If True, the plot is
     442                        replotted based on the new parameter setting(s).
     443                        Otherwise,the parameter(s) are set without replotting.
    378444
    379445        Example:
    … …  
    390456            from matplotlib import rc as rcp
    391457            rcp('legend', fontsize=fontsize)
    392         if self._data:
    393             self.plot(self._data)
     458        if refresh and self._data: self.plot(self._data)
    394459        return
    395460
    396     def set_title(self, title=None, fontsize=None):
     461    def set_title(self, title=None, fontsize=None, refresh=True):
    397462        """
    398463        Set the title of the plot. If multiple panels are plotted,
    399464        multiple titles have to be specified.
     465        Parameters:
     466            refresh:    True (default) or False. If True, the plot is
     467                        replotted based on the new parameter setting(s).
     468                        Otherwise,the parameter(s) are set without replotting.
    400469        Example:
    401470             # two panels are visible on the plotter
    … …  
    406475            from matplotlib import rc as rcp
    407476            rcp('axes', titlesize=fontsize)
    408         if self._data: self.plot(self._data)
     477        if refresh and self._data: self.plot(self._data)
    409478        return
    410479
    411     def set_ordinate(self, ordinate=None, fontsize=None):
     480    def set_ordinate(self, ordinate=None, fontsize=None, refresh=True):
    412481        """
    413482        Set the y-axis label of the plot. If multiple panels are plotted,
    … …  
    416485            ordinate:    a list of ordinate labels. None (default) let
    417486                         data determine the labels
     487            refresh:     True (default) or False. If True, the plot is
     488                         replotted based on the new parameter setting(s).
     489                         Otherwise,the parameter(s) are set without replotting.
    418490        Example:
    419491             # two panels are visible on the plotter
    … …  
    425497            rcp('axes', labelsize=fontsize)
    426498            rcp('ytick', labelsize=fontsize)
    427         if self._data: self.plot(self._data)
     499        if refresh and self._data: self.plot(self._data)
    428500        return
    429501
    430     def set_abcissa(self, abcissa=None, fontsize=None):
     502    def set_abcissa(self, abcissa=None, fontsize=None, refresh=True):
    431503        """
    432504        Set the x-axis label of the plot. If multiple panels are plotted,
    … …  
    435507            abcissa:     a list of abcissa labels. None (default) let
    436508                         data determine the labels
     509            refresh:     True (default) or False. If True, the plot is
     510                         replotted based on the new parameter setting(s).
     511                         Otherwise,the parameter(s) are set without replotting.
    437512        Example:
    438513             # two panels are visible on the plotter
    … …  
    444519            rcp('axes', labelsize=fontsize)
    445520            rcp('xtick', labelsize=fontsize)
    446         if self._data: self.plot(self._data)
     521        if refresh and self._data: self.plot(self._data)
    447522        return
    448523
    449     def set_colors(self, colmap):
     524    def set_colors(self, colmap, refresh=True):
    450525        """
    451526        Set the colours to be used. The plotter will cycle through
    … …  
    453528        Parameters:
    454529            colmap:     a list of colour names
     530            refresh:    True (default) or False. If True, the plot is
     531                        replotted based on the new parameter setting(s).
     532                        Otherwise,the parameter(s) are set without replotting.
    455533        Example:
    456534             plotter.set_colors("red green blue")
    … …  
    462540            colmap = colmap.split()
    463541        self._plotter.palette(0, colormap=colmap)
    464         if self._data: self.plot(self._data)
     542        if refresh and self._data: self.plot(self._data)
    465543
    466544    # alias for english speakers
    467545    set_colours = set_colors
    468546
    469     def set_histogram(self, hist=True, linewidth=None):
     547    def set_histogram(self, hist=True, linewidth=None, refresh=True):
    470548        """
    471549        Enable/Disable histogram-like plotting.
    … …  
    474552                         is taken from the .asaprc setting
    475553                         plotter.histogram
     554            refresh:     True (default) or False. If True, the plot is
     555                         replotted based on the new parameter setting(s).
     556                         Otherwise,the parameter(s) are set without replotting.
    476557        """
    477558        self._hist = hist
    … …  
    479560            from matplotlib import rc as rcp
    480561            rcp('lines', linewidth=linewidth)
    481         if self._data: self.plot(self._data)
    482 
    483     def set_linestyles(self, linestyles=None, linewidth=None):
     562        if refresh and self._data: self.plot(self._data)
     563
     564    def set_linestyles(self, linestyles=None, linewidth=None, refresh=True):
    484565        """
    485566        Set the linestyles to be used. The plotter will cycle through
    … …  
    491572                             'dashdotdot' and 'dashdashdot' are
    492573                             possible
    493 
     574            refresh:         True (default) or False. If True, the plot is
     575                             replotted based on the new parameter setting(s).
     576                             Otherwise,the parameter(s) are set without replotting.
    494577        Example:
    495578             plotter.set_colors("black")
    … …  
    505588            from matplotlib import rc as rcp
    506589            rcp('lines', linewidth=linewidth)
    507         if self._data: self.plot(self._data)
    508 
    509     def set_font(self, **kwargs):
     590        if refresh and self._data: self.plot(self._data)
     591
     592    def set_font(self, refresh=True,**kwargs):
    510593        """
    511594        Set font properties.
    … …  
    516599            size:      the 'general' font size, individual elements can be adjusted
    517600                       seperately
     601            refresh:   True (default) or False. If True, the plot is
     602                       replotted based on the new parameter setting(s).
     603                       Otherwise,the parameter(s) are set without replotting.
    518604        """
    519605        from matplotlib import rc as rcp
    … …  
    523609                fdict[k] = v
    524610        self._fp = FontProperties(**fdict)
    525         if self._data:
    526             self.plot()
     611        if refresh and self._data: self.plot(self._data)
     612
     613    def set_panellayout(self,layout=[],refresh=True):
     614        """
     615        Set the layout of subplots.
     616        Parameters:
     617            layout:   a list of subplots layout in figure coordinate (0-1),
     618                      i.e., fraction of the figure width or height.
     619                      The order of elements should be:
     620                      [left, bottom, right, top, horizontal space btw panels,
     621                      vertical space btw panels].
     622            refresh:  True (default) or False. If True, the plot is
     623                      replotted based on the new parameter setting(s).
     624                      Otherwise,the parameter(s) are set without replotting.
     625        Note
     626        * When layout is not specified, the values are reset to the defaults
     627          of matplotlib.
     628        * If any element is set to be None, the current value is adopted.
     629        """
     630        if layout == []: self._panellayout=self._reset_panellayout()
     631        else:
     632            self._panellayout=[None]*6
     633            self._panellayout[0:len(layout)]=layout
     634        #print "panel layout set to ",self._panellayout
     635        if refresh and self._data: self.plot(self._data)
     636
     637    def _reset_panellayout(self):
     638        ks=map(lambda x: 'figure.subplot.'+x,
     639               ['left','bottom','right','top','hspace','wspace'])
     640        return map(matplotlib.rcParams.get,ks)
    527641
    528642    def plot_lines(self, linecat=None, doppler=0.0, deltachan=10, rotate=90.0,
    … …  
    622736
    623737
    624     def set_mask(self, mask=None, selection=None):
     738    def set_mask(self, mask=None, selection=None, refresh=True):
    625739        """
    626740        Set a plotting mask for a specific polarization.
    … …  
    629743             mask:           a mask from scantable.create_mask
    630744             selection:      the spectra to apply the mask to.
     745             refresh:        True (default) or False. If True, the plot is
     746                             replotted based on the new parameter setting(s).
     747                             Otherwise,the parameter(s) are set without replotting.
    631748        Example:
    632749             select = selector()
    … …  
    637754            msg = "Can only set mask after a first call to plot()"
    638755            if rcParams['verbose']:
    639                 print msg
     756                #print msg
     757                asaplog.push( msg )
     758                print_log( 'ERROR' )
    640759                return
    641760            else:
    … …  
    657776        else:
    658777            self._maskselection = None
    659         self.plot(self._data)
     778        if refresh: self.plot(self._data)
    660779
    661780    def _slice_indeces(self, data):
    … …  
    671790            inc = -1
    672791        # find min index
    673         while start > 0 and data[start] < mn:
    674             start+= inc
     792        #while start > 0 and data[start] < mn:
     793        #    start+= inc
     794        minind=start
     795        for ind in xrange(start,end+inc,inc):
     796            if data[ind] > mn: break
     797            minind=ind
    675798        # find max index
    676         while end > 0 and data[end] > mx:
    677             end-=inc
    678         if end > 0: end +=1
     799        #while end > 0 and data[end] > mx:
     800        #    end-=inc
     801        #if end > 0: end +=1
     802        maxind=end
     803        for ind in xrange(end,start-inc,-inc):
     804            if data[ind] < mx: break
     805            maxind=ind
     806        start=minind
     807        end=maxind
    679808        if start > end:
    680             return end,start
    681         return start,end
     809            return end,start+1
     810        elif start < end:
     811            return start,end+1
     812        else:
     813            return start,end
    682814
    683815    def _reset(self):
    … …  
    708840        maxpanel, maxstack = 16,16
    709841        if n > maxpanel or nstack > maxstack:
    710             from asap import asaplog
    711842            maxn = 0
    712843            if nstack > maxstack: maxn = maxstack
    … …  
    715846                  "Selecting first %d selections..." % (maxn, maxn)
    716847            asaplog.push(msg)
    717             print_log()
     848            print_log('WARN')
    718849            n = min(n,maxpanel)
    719850            nstack = min(nstack,maxstack)
    720851        if n > 1:
    721852            ganged = rcParams['plotter.ganged']
     853            if self._panelling == 'i':
     854                ganged = False
    722855            if self._rows and self._cols:
    723856                n = min(n,self._rows*self._cols)
    724857                self._plotter.set_panels(rows=self._rows,cols=self._cols,
    725                                          nplots=n,ganged=ganged)
     858#                                         nplots=n,ganged=ganged)
     859                                         nplots=n,layout=self._panellayout,ganged=ganged)
    726860            else:
    727                 self._plotter.set_panels(rows=n,cols=0,nplots=n,ganged=ganged)
     861#                self._plotter.set_panels(rows=n,cols=0,nplots=n,ganged=ganged)
     862                self._plotter.set_panels(rows=n,cols=0,nplots=n,layout=self._panellayout,ganged=ganged)
    728863        else:
    729             self._plotter.set_panels()
     864#            self._plotter.set_panels()
     865            self._plotter.set_panels(layout=self._panellayout)
    730866        r=0
    731867        nr = scan.nrow()
    … …  
    799935                    ylim= self._minmaxy or [ma.minimum(y),ma.maximum(y)]
    800936                    allylim += ylim
     937                else:
     938                    xlim = self._minmaxx or []
     939                    allxlim += xlim
     940                    ylim= self._minmaxy or []
     941                    allylim += ylim
    801942                stackcount += 1
    802943                # last in colour stack -> autoscale x
    803                 if stackcount == nstack:
     944                if stackcount == nstack and len(allxlim) > 0:
    804945                    allxlim.sort()
    805                     self._plotter.axes.set_xlim([allxlim[0],allxlim[-1]])
     946                    self._plotter.subplots[panelcount-1]['axes'].set_xlim([allxlim[0],allxlim[-1]])
    806947                    # clear
    807948                    allxlim =[]
    … …  
    813954            if (panelcount == n) and (stackcount == nstack):
    814955                # last panel -> autoscale y if ganged
    815                 if rcParams['plotter.ganged']:
     956                if rcParams['plotter.ganged'] and len(allylim) > 0:
    816957                    allylim.sort()
    817958                    self._plotter.set_limits(ylim=[allylim[0],allylim[-1]])
    … …  
    820961        #reset the selector to the scantable's original
    821962        scan.set_selection(savesel)
    822         if self._fp is not None:
     963       
     964        #temporary switch-off for older matplotlib
     965        #if self._fp is not None:
     966        if self._fp is not None and getattr(self._plotter.figure,'findobj',False):
    823967            for o in self._plotter.figure.findobj(Text):
    824968                o.set_fontproperties(self._fp)
    825969
    826 
    827970    def set_selection(self, selection=None, refresh=True, **kw):
     971        """
     972        Parameters:
     973            selection:  a selector object (default unset the selection)
     974            refresh:    True (default) or False. If True, the plot is
     975                        replotted based on the new parameter setting(s).
     976                        Otherwise,the parameter(s) are set without replotting.
     977        """
    828978        if selection is None:
    829979            # reset
    … …  
    845995        order = [d0[self._panelling],d0[self._stacking]]
    846996        self._selection.set_order(order)
    847         if self._data and refresh: self.plot(self._data)
     997        if refresh and self._data: self.plot(self._data)
    848998
    849999    def _get_selected_n(self, scan):
    … …  
    8681018            poleval = scan._getpollabel(scan.getpol(row),scan.poltype())
    8691019        d = {'b': "Beam "+str(scan.getbeam(row)),
    870              's': scan._getsourcename(row),
     1020             #'s': scan._getsourcename(row),
     1021             's': "Scan "+str(scan.getscan(row))+\
     1022                  " ("+str(scan._getsourcename(row))+")",
    8711023             'i': "IF"+str(scan.getif(row)),
    8721024             'p': poleval,
    … …  
    8741026        return userlabel or d[mode]
    8751027
    876     def plotazel(self):
     1028    def plotazel(self, scan=None, outfile=None):
     1029    #def plotazel(self):
    8771030        """
    8781031        plot azimuth and elevation versus time of a scantable
    … …  
    8831036        from matplotlib.ticker import MultipleLocator
    8841037        from numpy import array, pi
     1038        self._data = scan
     1039        self._outfile = outfile
    8851040        dates = self._data.get_time(asdatetime=True)
    8861041        t = PL.date2num(dates)
    … …  
    8891044        PL.ioff()
    8901045        PL.clf()
     1046        # Adjust subplot layouts
     1047        if len(self._panellayout) !=6: self.set_panellayout(refresh=False)
     1048        lef, bot, rig, top, wsp, hsp = self._panellayout
     1049        PL.gcf().subplots_adjust(left=lef,bottom=bot,right=rig,top=top,
     1050                                 wspace=wsp,hspace=hsp)
     1051       
    8911052        tdel = max(t) - min(t)
    8921053        ax = PL.subplot(2,1,1)
    … …  
    9101071
    9111072        PL.title(dstr)
    912         PL.plot_date(t,el,'b,', tz=tz)
     1073        if tdel == 0.0:
     1074            th = (t - PL.floor(t))*24.0
     1075            PL.plot(th,el,'o',markersize=2, markerfacecolor='b', markeredgecolor='b')
     1076        else:
     1077            PL.plot_date(t,el,'o', markersize=2, markerfacecolor='b', markeredgecolor='b',tz=tz)
     1078            #ax.grid(True)
     1079            ax.xaxis.set_major_formatter(timefmt)
     1080            ax.xaxis.set_major_locator(majloc)
     1081            ax.xaxis.set_minor_locator(minloc)
    9131082        ax.yaxis.grid(True)
    914 
     1083        yloc = MultipleLocator(30)
     1084        ax.set_ylim(0,90)
     1085        ax.yaxis.set_major_locator(yloc)
    9151086        if tdel > 1.0:
    9161087            labels = ax.get_xticklabels()
    9171088        #    PL.setp(labels, fontsize=10, rotation=45)
    9181089            PL.setp(labels, fontsize=10)
     1090
    9191091        # Az plot
    9201092        az = array(self._data.get_azimuth())*180./pi
    … …  
    9231095                if az[irow] < 0: az[irow] += 360.0
    9241096
    925         ax2 = ax.figure.add_subplot(2,1,2, sharex=ax)
    926         ax2.set_xlabel('Time (UT)')
    927         ax2.set_ylabel('Az [deg.]')
    928         ax2.plot_date(t,az,'b,', tz=tz)
     1097        ax2 = PL.subplot(2,1,2)
     1098        #PL.xlabel('Time (UT [hour])')
     1099        PL.ylabel('Az [deg.]')
     1100        if tdel == 0.0:
     1101            PL.plot(th,az,'o',markersize=2, markeredgecolor='b',markerfacecolor='b')
     1102        else:
     1103            PL.plot_date(t,az,'o', markersize=2,markeredgecolor='b',markerfacecolor='b',tz=tz)
     1104            ax2.xaxis.set_major_formatter(timefmt)
     1105            ax2.xaxis.set_major_locator(majloc)
     1106            ax2.xaxis.set_minor_locator(minloc)
     1107        #ax2.grid(True)
     1108        ax2.set_ylim(0,360)
    9291109        ax2.yaxis.grid(True)
    930         # set this last as x axis is shared
    931         ax.xaxis.set_major_formatter(timefmt)
    932         ax.xaxis.set_major_locator(majloc)
    933         ax.xaxis.set_minor_locator(minloc)
     1110        #hfmt = DateFormatter('%H')
     1111        #hloc = HourLocator()
     1112        yloc = MultipleLocator(60)
     1113        ax2.yaxis.set_major_locator(yloc)
     1114        if tdel > 1.0:
     1115            labels = ax2.get_xticklabels()
     1116            PL.setp(labels, fontsize=10)
     1117            PL.xlabel('Time (UT [day])')
     1118        else:
     1119            PL.xlabel('Time (UT [hour])')
     1120
    9341121        PL.ion()
    9351122        PL.draw()
    936 
    937     def plotpointing(self):
     1123        if (self._outfile is not None):
     1124           PL.savefig(self._outfile)
     1125
     1126    def plotpointing(self, scan=None, outfile=None):
     1127    #def plotpointing(self):
    9381128        """
    9391129        plot telescope pointings
    9401130        """
    9411131        from matplotlib import pylab as PL
    942         from numpy import array
     1132        from numpy import array, pi
     1133        self._data = scan
     1134        self._outfile = outfile
    9431135        dir = array(self._data.get_directionval()).transpose()
    9441136        ra = dir[0]*180./pi
    9451137        dec = dir[1]*180./pi
    9461138        PL.cla()
    947         PL.ioff()
     1139        #PL.ioff()
    9481140        PL.clf()
    949         ax = PL.axes([0.1,0.1,0.8,0.8])
    950         ax = PL.axes([0.1,0.1,0.8,0.8])
     1141        # Adjust subplot layouts
     1142        if len(self._panellayout) !=6: self.set_panellayout(refresh=False)
     1143        lef, bot, rig, top, wsp, hsp = self._panellayout
     1144        PL.gcf().subplots_adjust(left=lef,bottom=bot,right=rig,top=top,
     1145                                 wspace=wsp,hspace=hsp)
     1146        ax = PL.gca()
     1147        #ax = PL.axes([0.1,0.1,0.8,0.8])
     1148        #ax = PL.axes([0.1,0.1,0.8,0.8])
    9511149        ax.set_aspect('equal')
    9521150        PL.plot(ra, dec, 'b,')
    … …  
    9561154        [xmin,xmax,ymin,ymax] = PL.axis()
    9571155        PL.axis([xmax,xmin,ymin,ymax])
    958         PL.ion()
     1156        #PL.ion()
    9591157        PL.draw()
     1158        if (self._outfile is not None):
     1159           PL.savefig(self._outfile)
     1160
     1161    # plot total power data
     1162    # plotting in time is not yet implemented..
     1163    def plottp(self, scan=None, outfile=None):
     1164        if self._plotter.is_dead:
     1165            if hasattr(self._plotter.figmgr,'casabar'):
     1166                del self._plotter.figmgr.casabar
     1167            self._plotter = self._newplotter()
     1168            self._plotter.figmgr.casabar=self._newcasabar()
     1169        self._plotter.hold()
     1170        self._plotter.clear()
     1171        from asap import scantable
     1172        if not self._data and not scan:
     1173            msg = "Input is not a scantable"
     1174            if rcParams['verbose']:
     1175                #print msg
     1176                asaplog.push( msg )
     1177                print_log( 'ERROR' )
     1178                return
     1179            raise TypeError(msg)
     1180        if isinstance(scan, scantable):
     1181            if self._data is not None:
     1182                if scan != self._data:
     1183                    self._data = scan
     1184                    # reset
     1185                    self._reset()
     1186            else:
     1187                self._data = scan
     1188                self._reset()
     1189        # ranges become invalid when abcissa changes?
     1190        #if self._abcunit and self._abcunit != self._data.get_unit():
     1191        #    self._minmaxx = None
     1192        #    self._minmaxy = None
     1193        #    self._abcunit = self._data.get_unit()
     1194        #    self._datamask = None
     1195
     1196        # Adjust subplot layouts
     1197        if len(self._panellayout) !=6: self.set_panellayout(refresh=False)
     1198        lef, bot, rig, top, wsp, hsp = self._panellayout
     1199        self._plotter.figure.subplots_adjust(
     1200            left=lef,bottom=bot,right=rig,top=top,wspace=wsp,hspace=hsp)
     1201        if self._plotter.figmgr.casabar: self._plotter.figmgr.casabar.disable_button()
     1202        self._plottp(self._data)
     1203        if self._minmaxy is not None:
     1204            self._plotter.set_limits(ylim=self._minmaxy)
     1205        self._plotter.release()
     1206        self._plotter.tidy()
     1207        self._plotter.show(hardrefresh=False)
     1208        print_log()
     1209        return
     1210
     1211    def _plottp(self,scan):
     1212        """
     1213        private method for plotting total power data
     1214        """
     1215        from numpy import ma, array, arange, logical_not
     1216        r=0
     1217        nr = scan.nrow()
     1218        a0,b0 = -1,-1
     1219        allxlim = []
     1220        allylim = []
     1221        y=[]
     1222        self._plotter.set_panels()
     1223        self._plotter.palette(0)
     1224        #title
     1225        #xlab = self._abcissa and self._abcissa[panelcount] \
     1226        #       or scan._getabcissalabel()
     1227        #ylab = self._ordinate and self._ordinate[panelcount] \
     1228        #       or scan._get_ordinate_label()
     1229        xlab = self._abcissa or 'row number' #or Time
     1230        ylab = self._ordinate or scan._get_ordinate_label()
     1231        self._plotter.set_axes('xlabel',xlab)
     1232        self._plotter.set_axes('ylabel',ylab)
     1233        lbl = self._get_label(scan, r, 's', self._title)
     1234        if isinstance(lbl, list) or isinstance(lbl, tuple):
     1235        #    if 0 <= panelcount < len(lbl):
     1236        #        lbl = lbl[panelcount]
     1237        #    else:
     1238                # get default label
     1239             lbl = self._get_label(scan, r, self._panelling, None)
     1240        self._plotter.set_axes('title',lbl)
     1241        y=array(scan._get_column(scan._getspectrum,-1))
     1242        m = array(scan._get_column(scan._getmask,-1))
     1243        y = ma.masked_array(y,mask=logical_not(array(m,copy=False)))
     1244        x = arange(len(y))
     1245        # try to handle spectral data somewhat...
     1246        l,m = y.shape
     1247        if m > 1:
     1248            y=y.mean(axis=1)
     1249        plotit = self._plotter.plot
     1250        llbl = self._get_label(scan, r, self._stacking, None)
     1251        self._plotter.set_line(label=llbl)
     1252        if len(x) > 0:
     1253            plotit(x,y)
     1254
     1255
     1256    # forwards to matplotlib.Figure.text
     1257    def figtext(self, *args, **kwargs):
     1258        """
     1259        Add text to figure at location x,y (relative 0-1 coords).
     1260        This method forwards *args and **kwargs to a Matplotlib method,
     1261        matplotlib.Figure.text.
     1262        See the method help for detailed information.
     1263        """
     1264        self._plotter.text(*args, **kwargs)
     1265    # end matplotlib.Figure.text forwarding function
     1266
     1267
     1268    # printing header information
     1269    def print_header(self, plot=True, fontsize=9, logger=False, selstr='', extrastr=''):
     1270        """
     1271        print data (scantable) header on the plot and/or logger.
     1272        Parameters:
     1273            plot:      whether or not print header info on the plot.
     1274            fontsize:  header font size (valid only plot=True)
     1275            autoscale: whether or not autoscale the plot (valid only plot=True)
     1276            logger:    whether or not print header info on the logger.
     1277            selstr:    additional selection string (not verified)
     1278            extrastr:  additional string to print (not verified)
     1279        """
     1280        if not plot and not logger: return
     1281        if not self._data: raise RuntimeError("No scantable has been set yet.")
     1282        # Now header will be printed on plot and/or logger.
     1283        # Get header information and format it.
     1284        ssum=self._data.__str__()
     1285        # Print Observation header to the upper-left corner of plot
     1286        if plot:
     1287            headstr=[ssum[ssum.find('Observer:'):ssum.find('Flux Unit:')]]
     1288            headstr.append(ssum[ssum.find('Beams:'):ssum.find('Observer:')]
     1289                         +ssum[ssum.find('Rest Freqs:'):ssum.find('Abcissa:')])
     1290            if extrastr != '': headstr[0]=extrastr+'\n'+headstr[0]
     1291            #headstr[1]='Data File:     '+(filestr or 'unknown')+'\n'+headstr[1]
     1292            ssel='***Selections***\n'+(selstr+self._data.get_selection().__str__() or 'none')
     1293            headstr.append(ssel)
     1294            nstcol=len(headstr)
     1295           
     1296            self._plotter.hold()
     1297            for i in range(nstcol):
     1298                self._plotter.figure.text(0.03+float(i)/nstcol,0.98,
     1299                             headstr[i],
     1300                             horizontalalignment='left',
     1301                             verticalalignment='top',
     1302                             fontsize=fontsize)
     1303            import time
     1304            self._plotter.figure.text(0.99,0.0,
     1305                            time.strftime("%a %d %b %Y  %H:%M:%S %Z"),
     1306                            horizontalalignment='right',
     1307                            verticalalignment='bottom',fontsize=8)
     1308            self._plotter.release()
     1309            del headstr, ssel
     1310        if logger:
     1311            asaplog.push("----------------\n  Plot Summary\n----------------")
     1312            asaplog.push(extrastr)
     1313            asaplog.push(ssum[ssum.find('Beams:'):])
     1314            print_log()
     1315        del ssum
     1316
     1317

  • branches/mergetest/python/asapreader.py

    r1695 r1789  
    11from asap._asap import stfiller
    2 from asap import print_log_dec
     2from asap import print_log, print_log_dec
    33
    44class reader(stfiller):
    … …  
    4646        filename = expandvars(filename)
    4747        stfiller.__init__(self, filename, theif, thebeam)
     48        print_log()
    4849
    4950    @print_log_dec
    … …  
    5960        if self.unit is not None:
    6061            tbl.set_fluxunit(self.unit)
     62        print_log()
    6163        return scantable(tbl)
    6264

  • branches/mergetest/python/linecatalog.py

    r1534 r1789  
    88from asap._asap import linecatalog as lcbase
    99from asap import rcParams
     10from asap import asaplog
    1011import os
    1112
    … …  
    3031            msg = "File '%s' not found" % fpath
    3132            if rcParams['verbose']:
    32                 print msg
     33                #print msg
     34                asaplog.push( msg )
     35                print_log( 'ERROR' )
    3336                return
    3437            else:
    … …  
    97100                msg = "File %s exists." % name
    98101                if rcParams['verbose']:
    99                     print msg
     102                    #print msg
     103                    asaplog.push( msg )
     104                    print_log( 'ERROR' )
    100105                    return
    101106                else:

  • branches/mergetest/python/scantable.py

    r1731 r1789  
    3535        The ASAP container for scans
    3636    """
    37     @print_log_dec
    38     def __init__(self, filename, average=None, unit=None, parallactify=None):
     37
     38    @print_log_dec
     39    def __init__(self, filename, average=None, unit=None, getpt=None, antenna=None, parallactify=None):
    3940        """
    4041        Create a scantable from a saved one or make a reference
    … …  
    5455                         (input rpfits/sdfits/ms) or replaces the value
    5556                         in existing scantables
     57            getpt:       for MeasurementSet input data only:
     58                         If True, all pointing data are filled.
     59                         The deafult is False, which makes time to load
     60                         the MS data faster in some cases.
     61            antenna:     Antenna selection. integer (id) or string (name
     62                         or id).
    5663            parallactify: Indcicate that the data had been parallatified.
    5764                          Default is taken form rc file.
    … …  
    5966        if average is None:
    6067            average = rcParams['scantable.autoaverage']
     68        if getpt is None:
     69            getpt = True
     70        if antenna is None:
     71            antenna = ''
     72        elif type(antenna) == int:
     73            antenna = '%s'%antenna
     74        elif type(antenna) == list:
     75            tmpstr = ''
     76            for i in range( len(antenna) ):
     77                if type(antenna[i]) == int:
     78                    tmpstr = tmpstr + ('%s,'%(antenna[i]))
     79                elif type(antenna[i]) == str:
     80                    tmpstr=tmpstr+antenna[i]+','
     81                else:
     82                    asaplog.push('Bad antenna selection.')
     83                    print_log('ERROR')
     84                    return
     85            antenna = tmpstr.rstrip(',')
    6186        parallactify = parallactify or rcParams['scantable.parallactify']
    6287        varlist = vars()
    6388        from asap._asap import stmath
    64         self._math = stmath()
     89        self._math = stmath( rcParams['insitu'] )
    6590        if isinstance(filename, Scantable):
    6691            Scantable.__init__(self, filename)
    … …  
    7398                    if rcParams['verbose']:
    7499                        asaplog.push(s)
     100                        print_log('ERROR')
    75101                        return
    76102                    raise IOError(s)
    … …  
    80106                    if unit is not None:
    81107                        self.set_fluxunit(unit)
    82                     self.set_freqframe(rcParams['scantable.freqframe'])
     108                    # do not reset to the default freqframe
     109                    #self.set_freqframe(rcParams['scantable.freqframe'])
     110                elif os.path.isdir(filename) \
     111                         and not os.path.exists(filename+'/table.f1'):
     112                    msg = "The given file '%s'is not a valid " \
     113                          "asap table." % (filename)
     114                    if rcParams['verbose']:
     115                        #print msg
     116                        asaplog.push( msg )
     117                        print_log( 'ERROR' )
     118                        return
     119                    else:
     120                        raise IOError(msg)
    83121                else:
    84                     self._fill([filename], unit, average)
     122                    self._fill([filename], unit, average, getpt, antenna)
    85123            elif (isinstance(filename, list) or isinstance(filename, tuple)) \
    86124                  and isinstance(filename[-1], str):
    87                 self._fill(filename, unit, average)
     125                self._fill(filename, unit, average, getpt, antenna)
    88126        self.parallactify(parallactify)
    89127        self._add_history("scantable", varlist)
     128        print_log()
    90129
    91130    @print_log_dec
    … …  
    126165                msg = "File %s exists." % name
    127166                if rcParams['verbose']:
    128                     print msg
     167                    #print msg
     168                    asaplog.push( msg )
     169                    print_log( 'ERROR' )
    129170                    return
    130171                else:
    … …  
    137178            writer = stw(format2)
    138179            writer.write(self, name)
     180        print_log()
    139181        return
    140182
    … …  
    164206        if not _is_valid(scanid):
    165207            if rcParams['verbose']:
    166                 print "Please specify a scanno to drop from the scantable"
     208                #print "Please specify a scanno to drop from the scantable"
     209                asaplog.push( 'Please specify a scanno to drop from the scantable' )
     210                print_log( 'ERROR' )
    167211                return
    168212            else:
    … …  
    176220        except ValueError:
    177221            if rcParams['verbose']:
    178                 print "Couldn't find any match."
     222                #print "Couldn't find any match."
     223                print_log()
     224                asaplog.push( "Couldn't find any match." )
     225                print_log( 'ERROR' )
    179226                return
    180227            else: raise
    … …  
    184231        except RuntimeError:
    185232            if rcParams['verbose']:
    186                 print "Couldn't find any match."
     233                #print "Couldn't find any match."
     234                print_log()
     235                asaplog.push( "Couldn't find any match." )
     236                print_log( 'ERROR' )
    187237            else:
    188238                raise
    … …  
    215265        if scanid is None:
    216266            if rcParams['verbose']:
    217                 print "Please specify a scan no or name to " \
    218                       "retrieve from the scantable"
     267                #print "Please specify a scan no or name to " \
     268                #      "retrieve from the scantable"
     269                asaplog.push( 'Please specify a scan no or name to retrieve from the scantable' )
     270                print_log( 'ERROR' )
    219271                return
    220272            else:
    … …  
    236288                msg = "Illegal scanid type, use 'int' or 'list' if ints."
    237289                if rcParams['verbose']:
    238                     print msg
     290                    #print msg
     291                    asaplog.push( msg )
     292                    print_log( 'ERROR' )
    239293                else:
    240294                    raise TypeError(msg)
    241295        except RuntimeError:
    242             if rcParams['verbose']: print "Couldn't find any match."
     296            if rcParams['verbose']:
     297                #print "Couldn't find any match."
     298                print_log()
     299                asaplog.push( "Couldn't find any match." )
     300                print_log( 'ERROR' )
    243301            else: raise
    244302
    … …  
    266324                msg = "Illegal file name '%s'." % (filename)
    267325                if rcParams['verbose']:
    268                     print msg
     326                    #print msg
     327                    asaplog.push( msg )
     328                    print_log( 'ERROR' )
    269329                else:
    270330                    raise IOError(msg)
    … …  
    367427        self._setselection(selection)
    368428
    369     def stats(self, stat='stddev', mask=None):
     429    def get_row(self, row=0, insitu=None):
     430        """
     431        Select a row in the scantable.
     432        Return a scantable with single row.
     433        Parameters:
     434            row: row no of integration, default is 0.
     435            insitu: if False a new scantable is returned.
     436                    Otherwise, the scaling is done in-situ
     437                    The default is taken from .asaprc (False)
     438        """
     439        if insitu is None: insitu = rcParams['insitu']
     440        if not insitu:
     441            workscan = self.copy()
     442        else:
     443            workscan = self
     444        # Select a row
     445        sel=selector()
     446        sel.set_scans([workscan.getscan(row)])
     447        sel.set_cycles([workscan.getcycle(row)])
     448        sel.set_beams([workscan.getbeam(row)])
     449        sel.set_ifs([workscan.getif(row)])
     450        sel.set_polarisations([workscan.getpol(row)])
     451        sel.set_name(workscan._getsourcename(row))
     452        workscan.set_selection(sel)
     453        if not workscan.nrow() == 1:
     454            msg = "Cloud not identify single row. %d rows selected."%(workscan.nrow())
     455            raise RuntimeError(msg)
     456        del sel
     457        if insitu:
     458            self._assign(workscan)
     459        else:
     460            return workscan
     461
     462    #def stats(self, stat='stddev', mask=None):
     463    def stats(self, stat='stddev', mask=None, form='3.3f'):
    370464        """
    371465        Determine the specified statistic of the current beam/if/pol
    … …  
    373467        channels should be excluded.
    374468        Parameters:
    375             stat:    'min', 'max', 'sumsq', 'sum', 'mean'
    376                      'var', 'stddev', 'avdev', 'rms', 'median'
     469            stat:    'min', 'max', 'min_abc', 'max_abc', 'sumsq', 'sum',
     470                     'mean', 'var', 'stddev', 'avdev', 'rms', 'median'
    377471            mask:    an optional mask specifying where the statistic
    378472                     should be determined.
     473            form:    format string to print statistic values
    379474        Example:
    380475            scan.set_unit('channel')
    … …  
    387482                             "number of channels. Please use setselection() "
    388483                             "to select individual IFs")
    389 
    390         statvals = self._math._stats(self, mask, stat)
    391         def cb(i):
    392             return statvals[i]
    393 
    394         return self._row_callback(cb, stat)
     484        rtnabc = False
     485        if stat.lower().endswith('_abc'): rtnabc = True
     486        getchan = False
     487        if stat.lower().startswith('min') or stat.lower().startswith('max'):
     488            chan = self._math._minmaxchan(self, mask, stat)
     489            getchan = True
     490            statvals = []
     491        if not rtnabc: statvals = self._math._stats(self, mask, stat)
     492
     493        #def cb(i):
     494        #    return statvals[i]
     495
     496        #return self._row_callback(cb, stat)
     497
     498        label=stat
     499        #callback=cb
     500        out = ""
     501        #outvec = []
     502        sep = '-'*50
     503        for i in range(self.nrow()):
     504            refstr = ''
     505            statunit= ''
     506            if getchan:
     507                qx, qy = self.chan2data(rowno=i, chan=chan[i])
     508                if rtnabc:
     509                    statvals.append(qx['value'])
     510                    refstr = ('(value: %'+form) % (qy['value'])+' ['+qy['unit']+'])'
     511                    statunit= '['+qx['unit']+']'
     512                else:
     513                    refstr = ('(@ %'+form) % (qx['value'])+' ['+qx['unit']+'])'
     514
     515            tm = self._gettime(i)
     516            src = self._getsourcename(i)
     517            out += 'Scan[%d] (%s) ' % (self.getscan(i), src)
     518            out += 'Time[%s]:\n' % (tm)
     519            if self.nbeam(-1) > 1:
     520                out +=  ' Beam[%d] ' % (self.getbeam(i))
     521            if self.nif(-1) > 1: out +=  ' IF[%d] ' % (self.getif(i))
     522            if self.npol(-1) > 1: out +=  ' Pol[%d] ' % (self.getpol(i))
     523            #outvec.append(callback(i))
     524            #out += ('= %'+form) % (outvec[i]) +'   '+refstr+'\n'
     525            out += ('= %'+form) % (statvals[i]) +'   '+refstr+'\n'
     526            out +=  sep+"\n"
     527
     528        if rcParams['verbose']:
     529            import os
     530            if os.environ.has_key( 'USER' ):
     531                usr=os.environ['USER']
     532            else:
     533                import commands
     534                usr=commands.getoutput( 'whoami' )
     535            tmpfile='/tmp/tmp_'+usr+'_casapy_asap_scantable_stats'
     536            f=open(tmpfile,'w')
     537            print >> f, sep
     538            print >> f, ' %s %s' % (label, statunit)
     539            print >> f, sep
     540            print >> f, out
     541            f.close()
     542            f=open(tmpfile,'r')
     543            x=f.readlines()
     544            f.close()
     545            blanc=''
     546            asaplog.push(blanc.join(x), False)
     547            #for xx in x:
     548            #    asaplog.push( xx, False )
     549            print_log()
     550        return statvals
     551
     552    def chan2data(self, rowno=0, chan=0):
     553        """
     554        Returns channel/frequency/velocity and spectral value
     555        at an arbitrary row and channel in the scantable.
     556        Parameters:
     557            rowno:   a row number in the scantable. Default is the
     558                     first row, i.e. rowno=0
     559            chan:    a channel in the scantable. Default is the first
     560                     channel, i.e. pos=0
     561        """
     562        if isinstance(rowno, int) and isinstance(chan, int):
     563            qx = {'unit': self.get_unit(),
     564                  'value': self._getabcissa(rowno)[chan]}
     565            qy = {'unit': self.get_fluxunit(),
     566                  'value': self._getspectrum(rowno)[chan]}
     567            return qx, qy
    395568
    396569    def stddev(self, mask=None):
    … …  
    462635            out +=  sep+'\n'
    463636        if rcParams['verbose']:
    464             print sep
    465             print " %s" % (label)
    466             print sep
    467             print out
     637            asaplog.push(sep)
     638            asaplog.push(" %s" % (label))
     639            asaplog.push(sep)
     640            asaplog.push(out)
     641            print_log()
    468642        return outvec
    469643
    … …  
    474648            return [callback(i) for i in range(self.nrow())]
    475649        else:
    476             if 0 <= row < self.nrow():
     650            if  0 <= row < self.nrow():
    477651                return callback(row)
    478652
    … …  
    604778        self._setInstrument(instr)
    605779        self._add_history("set_instument", vars())
     780        print_log()
    606781
    607782    @print_log_dec
    … …  
    614789        self._setfeedtype(feedtype)
    615790        self._add_history("set_feedtype", vars())
     791        print_log()
    616792
    617793    @print_log_dec
    … …  
    627803        self._setcoordinfo(inf)
    628804        self._add_history("set_doppler", vars())
     805        print_log()
    629806
    630807    @print_log_dec
    … …  
    634811        Parameters:
    635812            frame:   an optional frame type, default 'LSRK'. Valid frames are:
    636                      'REST', 'TOPO', 'LSRD', 'LSRK', 'BARY',
     813                     'TOPO', 'LSRD', 'LSRK', 'BARY',
    637814                     'GEO', 'GALACTO', 'LGROUP', 'CMB'
    638815        Examples:
    … …  
    641818        frame = frame or rcParams['scantable.freqframe']
    642819        varlist = vars()
    643         valid = ['REST', 'TOPO', 'LSRD', 'LSRK', 'BARY', \
     820        # "REST" is not implemented in casacore
     821        #valid = ['REST', 'TOPO', 'LSRD', 'LSRK', 'BARY', \
     822        #           'GEO', 'GALACTO', 'LGROUP', 'CMB']
     823        valid = ['TOPO', 'LSRD', 'LSRK', 'BARY', \
    644824                   'GEO', 'GALACTO', 'LGROUP', 'CMB']
    645825
    … …  
    652832            msg  = "Please specify a valid freq type. Valid types are:\n", valid
    653833            if rcParams['verbose']:
    654                 print msg
     834                #print msg
     835                asaplog.push( msg )
     836                print_log( 'ERROR' )
    655837            else:
    656838                raise TypeError(msg)
     839        print_log()
    657840
    658841    def set_dirframe(self, frame=""):
    … …  
    670853        except RuntimeError, msg:
    671854            if rcParams['verbose']:
    672                 print msg
     855                #print msg
     856                print_log()
     857                asaplog.push( str(msg) )
     858                print_log( 'ERROR' )
    673859            else:
    674860                raise
    … …  
    698884        abc = self._getabcissa(rowno)
    699885        lbl = self._getabcissalabel(rowno)
     886        print_log()
    700887        return abc, lbl
    701888
    702     def flag(self, mask=None):
     889    def flag(self, mask=None, unflag=False):
    703890        """
    704891        Flag the selected data using an optional channel mask.
    … …  
    706893            mask:   an optional channel mask, created with create_mask. Default
    707894                    (no mask) is all channels.
     895            unflag:    if True, unflag the data
    708896        """
    709897        varlist = vars()
    710898        mask = mask or []
    711899        try:
    712             self._flag(mask)
     900            self._flag(mask, unflag)
    713901        except RuntimeError, msg:
    714902            if rcParams['verbose']:
    715                 print msg
     903                #print msg
     904                print_log()
     905                asaplog.push( str(msg) )
     906                print_log( 'ERROR' )
    716907                return
    717908            else: raise
    718909        self._add_history("flag", varlist)
    719910
     911    def flag_row(self, rows=[], unflag=False):
     912        """
     913        Flag the selected data in row-based manner.
     914        Parameters:
     915            rows:   list of row numbers to be flagged. Default is no row (must be explicitly specified to execute row-based flagging).
     916            unflag: if True, unflag the data.
     917        """
     918        varlist = vars()
     919        try:
     920            self._flag_row(rows, unflag)
     921        except RuntimeError, msg:
     922            if rcParams['verbose']:
     923                print_log()
     924                asaplog.push( str(msg) )
     925                print_log('ERROR')
     926                return
     927            else: raise
     928        self._add_history("flag_row", varlist)
     929
     930    def clip(self, uthres=None, dthres=None, clipoutside=True, unflag=False):
     931        """
     932        Flag the selected data outside a specified range (in channel-base)
     933        Parameters:
     934            uthres:      upper threshold.
     935            dthres:      lower threshold
     936            clipoutside: True for flagging data outside the range [dthres:uthres].
     937                         False for glagging data inside the range.
     938            unflag     : if True, unflag the data.
     939        """
     940        varlist = vars()
     941        try:
     942            self._clip(uthres, dthres, clipoutside, unflag)
     943        except RuntimeError, msg:
     944            if rcParams['verbose']:
     945                print_log()
     946                asaplog.push(str(msg))
     947                print_log('ERROR')
     948                return
     949            else: raise
     950        self._add_history("clip", varlist)
     951
    720952    @print_log_dec
    721953    def lag_flag(self, start, end, unit="MHz", insitu=None):
     954    #def lag_flag(self, frequency, width=0.0, unit="GHz", insitu=None):
    722955        """
    723956        Flag the data in 'lag' space by providing a frequency to remove.
    … …  
    748981        except RuntimeError, msg:
    749982            if rcParams['verbose']:
    750                 print msg
     983                #print msg
     984                print_log()
     985                asaplog.push( str(msg) )
     986                print_log( 'ERROR' )
    751987                return
    752988            else: raise
    753989        s._add_history("lag_flag", varlist)
     990        print_log()
    754991        if insitu:
    755992            self._assign(s)
    … …  
    8191056            if kwargs.get('invert'):
    8201057                msk = mask_not(msk)
     1058        print_log()
    8211059        return msk
    8221060
    823     def get_restfreqs(self):
     1061    def get_masklist(self, mask=None, row=0):
     1062        """
     1063        Compute and return a list of mask windows, [min, max].
     1064        Parameters:
     1065            mask:       channel mask, created with create_mask.
     1066            row:        calcutate the masklist using the specified row
     1067                        for unit conversions, default is row=0
     1068                        only necessary if frequency varies over rows.
     1069        Returns:
     1070            [min, max], [min2, max2], ...
     1071                Pairs of start/end points (inclusive)specifying
     1072                the masked regions
     1073        """
     1074        if not (isinstance(mask,list) or isinstance(mask, tuple)):
     1075            raise TypeError("The mask should be list or tuple.")
     1076        if len(mask) < 2:
     1077            raise TypeError("The mask elements should be > 1")
     1078        if self.nchan() != len(mask):
     1079            msg = "Number of channels in scantable != number of mask elements"
     1080            raise TypeError(msg)
     1081        data = self._getabcissa(row)
     1082        u = self._getcoordinfo()[0]
     1083        if rcParams['verbose']:
     1084            if u == "": u = "channel"
     1085            msg = "The current mask window unit is %s" % u
     1086            i = self._check_ifs()
     1087            if not i:
     1088                msg += "\nThis mask is only valid for IF=%d" % (self.getif(i))
     1089            asaplog.push(msg)
     1090        masklist=[]
     1091        ist, ien = None, None
     1092        ist, ien=self.get_mask_indices(mask)
     1093        if ist is not None and ien is not None:
     1094            for i in xrange(len(ist)):
     1095                range=[data[ist[i]],data[ien[i]]]
     1096                range.sort()
     1097                masklist.append([range[0],range[1]])
     1098        return masklist
     1099
     1100    def get_mask_indices(self, mask=None):
     1101        """
     1102        Compute and Return lists of mask start indices and mask end indices.
     1103         Parameters:
     1104            mask:       channel mask, created with create_mask.
     1105        Returns:
     1106            List of mask start indices and that of mask end indices,
     1107            i.e., [istart1,istart2,....], [iend1,iend2,....].
     1108        """
     1109        if not (isinstance(mask,list) or isinstance(mask, tuple)):
     1110            raise TypeError("The mask should be list or tuple.")
     1111        if len(mask) < 2:
     1112            raise TypeError("The mask elements should be > 1")
     1113        istart=[]
     1114        iend=[]
     1115        if mask[0]: istart.append(0)
     1116        for i in range(len(mask)-1):
     1117            if not mask[i] and mask[i+1]:
     1118                istart.append(i+1)
     1119            elif mask[i] and not mask[i+1]:
     1120                iend.append(i)
     1121        if mask[len(mask)-1]: iend.append(len(mask)-1)
     1122        if len(istart) != len(iend):
     1123            raise RuntimeError("Numbers of mask start != mask end.")
     1124        for i in range(len(istart)):
     1125            if istart[i] > iend[i]:
     1126                raise RuntimeError("Mask start index > mask end index")
     1127                break
     1128        return istart,iend
     1129
     1130#    def get_restfreqs(self):
     1131#        """
     1132#        Get the restfrequency(s) stored in this scantable.
     1133#        The return value(s) are always of unit 'Hz'
     1134#        Parameters:
     1135#            none
     1136#        Returns:
     1137#            a list of doubles
     1138#        """
     1139#        return list(self._getrestfreqs())
     1140
     1141    def get_restfreqs(self, ids=None):
    8241142        """
    8251143        Get the restfrequency(s) stored in this scantable.
    8261144        The return value(s) are always of unit 'Hz'
    8271145        Parameters:
    828             none
     1146            ids: (optional) a list of MOLECULE_ID for that restfrequency(s) to
     1147                 be retrieved
    8291148        Returns:
    830             a list of doubles
    831         """
    832         return list(self._getrestfreqs())
    833 
     1149            dictionary containing ids and a list of doubles for each id
     1150        """
     1151        if ids is None:
     1152            rfreqs={}
     1153            idlist = self.getmolnos()
     1154            for i in idlist:
     1155                rfreqs[i]=list(self._getrestfreqs(i))
     1156            return rfreqs
     1157        else:
     1158            if type(ids)==list or type(ids)==tuple:
     1159                rfreqs={}
     1160                for i in ids:
     1161                    rfreqs[i]=list(self._getrestfreqs(i))
     1162                return rfreqs
     1163            else:
     1164                return list(self._getrestfreqs(ids))
     1165            #return list(self._getrestfreqs(ids))
    8341166
    8351167    def set_restfreqs(self, freqs=None, unit='Hz'):
    8361168        """
     1169        ********NEED TO BE UPDATED begin************
    8371170        Set or replace the restfrequency specified and
    8381171        If the 'freqs' argument holds a scalar,
    … …  
    8461179        E.g. 'freqs=[1e9, 2e9]'  would mean IF 0 gets restfreq 1e9 and
    8471180        IF 1 gets restfreq 2e9.
     1181        ********NEED TO BE UPDATED end************
    8481182        You can also specify the frequencies via a linecatalog.
    8491183
    … …  
    8531187
    8541188        Example:
    855             # set the given restfrequency for the whole table
     1189            # set the given restfrequency for the all currently selected IFs
    8561190            scan.set_restfreqs(freqs=1.4e9)
    857             # If thee number of IFs in the data is >= 2 IF0 gets the first
    858             # value IF1 the second...
    859             scan.set_restfreqs(freqs=[1.4e9, 1.67e9])
     1191            # set multiple restfrequencies to all the selected data
     1192            scan.set_restfreqs(freqs=[1.4e9, 1.41e9, 1.42e9])
     1193            # If the number of IFs in the data is >= 2 the IF0 gets the first
     1194            # value IF1 the second... NOTE that freqs needs to be
     1195            # specified in list of list (e.g. [[],[],...] ).
     1196            scan.set_restfreqs(freqs=[[1.4e9],[1.67e9]])
    8601197            #set the given restfrequency for the whole table (by name)
    8611198            scan.set_restfreqs(freqs="OH1667")
    … …  
    8771214        # simple  value
    8781215        if isinstance(freqs, int) or isinstance(freqs, float):
    879             self._setrestfreqs(freqs, "",unit)
     1216            # TT mod
     1217            #self._setrestfreqs(freqs, "",unit)
     1218            self._setrestfreqs([freqs], [""],unit)
    8801219        # list of values
    8811220        elif isinstance(freqs, list) or isinstance(freqs, tuple):
    8821221            # list values are scalars
    8831222            if isinstance(freqs[-1], int) or isinstance(freqs[-1], float):
     1223                self._setrestfreqs(freqs, [""], unit)
     1224            # list values are tuples, (value, name)
     1225            elif isinstance(freqs[-1], dict):
     1226                #sel = selector()
     1227                #savesel = self._getselection()
     1228                #iflist = self.getifnos()
     1229                #for i in xrange(len(freqs)):
     1230                #    sel.set_ifs(iflist[i])
     1231                #    self._setselection(sel)
     1232                #    self._setrestfreqs(freqs[i], "",unit)
     1233                #self._setselection(savesel)
     1234                self._setrestfreqs(freqs["value"],
     1235                                   freqs["name"], unit)
     1236            elif isinstance(freqs[-1], list) or isinstance(freqs[-1], tuple):
    8841237                sel = selector()
    8851238                savesel = self._getselection()
    8861239                iflist = self.getifnos()
     1240                if len(freqs)>len(iflist):
     1241                    raise ValueError("number of elements in list of list exeeds the current IF selections")
    8871242                for i in xrange(len(freqs)):
    8881243                    sel.set_ifs(iflist[i])
    8891244                    self._setselection(sel)
    890                     self._setrestfreqs(freqs[i], "",unit)
    891                 self._setselection(savesel)
    892             # list values are tuples, (value, name)
    893             elif isinstance(freqs[-1], dict):
    894                 sel = selector()
    895                 savesel = self._getselection()
    896                 iflist = self.getifnos()
    897                 for i in xrange(len(freqs)):
    898                     sel.set_ifs(iflist[i])
    899                     self._setselection(sel)
    900                     self._setrestfreqs(freqs[i]["value"],
    901                                        freqs[i]["name"], "MHz")
     1245                    self._setrestfreqs(freqs[i], [""], unit)
    9021246                self._setselection(savesel)
    9031247        # freqs are to be taken from a linecatalog
    … …  
    9051249            sel = selector()
    9061250            savesel = self._getselection()
    907             iflist = self.getifnos()
    9081251            for i in xrange(freqs.nrow()):
    9091252                sel.set_ifs(iflist[i])
    … …  
    9631306                msg = "Illegal file name '%s'." % (filename)
    9641307                if rcParams['verbose']:
    965                     print msg
     1308                    #print msg
     1309                    asaplog.push( msg )
     1310                    print_log( 'ERROR' )
    9661311                else:
    9671312                    raise IOError(msg)
    … …  
    10201365        except RuntimeError, msg:
    10211366            if rcParams['verbose']:
    1022                 print msg
     1367                #print msg
     1368                print_log()
     1369                asaplog.push( str(msg) )
     1370                print_log( 'ERROR' )
    10231371                return
    10241372            else: raise
    10251373        s._add_history("average_time", varlist)
     1374        print_log()
    10261375        return s
    10271376
    … …  
    10511400        s = scantable(self._math._convertflux(self, d, eta, jyperk))
    10521401        s._add_history("convert_flux", varlist)
     1402        print_log()
    10531403        if insitu: self._assign(s)
    10541404        else: return s
    … …  
    11031453        s = scantable(self._math._gainel(self, poly, filename, method))
    11041454        s._add_history("gain_el", varlist)
     1455        print_log()
    11051456        if insitu:
    11061457            self._assign(s)
    … …  
    11301481        s = scantable(self._math._freq_align(self, reftime, method))
    11311482        s._add_history("freq_align", varlist)
     1483        print_log()
    11321484        if insitu: self._assign(s)
    11331485        else: return s
    … …  
    11581510        s = scantable(self._math._opacity(self, tau))
    11591511        s._add_history("opacity", varlist)
     1512        print_log()
    11601513        if insitu: self._assign(s)
    11611514        else: return s
    … …  
    11761529        s = scantable(self._math._bin(self, width))
    11771530        s._add_history("bin", varlist)
     1531        print_log()
    11781532        if insitu:
    11791533            self._assign(s)
    … …  
    12001554        s = scantable(self._math._resample(self, method, width))
    12011555        s._add_history("resample", varlist)
     1556        print_log()
    12021557        if insitu: self._assign(s)
    12031558        else: return s
    … …  
    12181573        s = scantable(self._math._averagepol(self, mask, weight.upper()))
    12191574        s._add_history("average_pol", varlist)
     1575        print_log()
    12201576        return s
    12211577
    … …  
    12351591        s = scantable(self._math._averagebeams(self, mask, weight.upper()))
    12361592        s._add_history("average_beam", varlist)
     1593        print_log()
    12371594        return s
    12381595
    … …  
    12631620        except RuntimeError, msg:
    12641621            if rcParams['verbose']:
    1265                 print msg
     1622                #print msg
     1623                print_log()
     1624                asaplog.push( str(msg) )
     1625                print_log( 'ERROR' )
    12661626                return
    12671627            else:
    12681628                raise
    12691629        s._add_history("convert_pol", varlist)
     1630        print_log()
    12701631        return s
    12711632
    12721633    @print_log_dec
    1273     def smooth(self, kernel="hanning", width=5.0, order=2, insitu=None):
     1634    def smooth(self, kernel="hanning", width=5.0, order=2, plot=False, insitu=None):
    12741635        """
    12751636        Smooth the spectrum by the specified kernel (conserving flux).
    … …  
    12861647                        specify the order of the polnomial. Ignored by all other
    12871648                        kernels.
     1649            plot:       plot the original and the smoothed spectra.
     1650                        In this each indivual fit has to be approved, by
     1651                        typing 'y' or 'n'
    12881652            insitu:     if False a new scantable is returned.
    12891653                        Otherwise, the scaling is done in-situ
    … …  
    12951659        self._math._setinsitu(insitu)
    12961660        varlist = vars()
     1661
     1662        if plot: orgscan = self.copy()
     1663
    12971664        s = scantable(self._math._smooth(self, kernel.lower(), width, order))
    12981665        s._add_history("smooth", varlist)
     1666
     1667        if plot:
     1668            if rcParams['plotter.gui']:
     1669                from asap.asaplotgui import asaplotgui as asaplot
     1670            else:
     1671                from asap.asaplot import asaplot
     1672            self._p=asaplot()
     1673            self._p.set_panels()
     1674            ylab=s._get_ordinate_label()
     1675            #self._p.palette(0,["#777777","red"])
     1676            for r in xrange(s.nrow()):
     1677                xsm=s._getabcissa(r)
     1678                ysm=s._getspectrum(r)
     1679                xorg=orgscan._getabcissa(r)
     1680                yorg=orgscan._getspectrum(r)
     1681                self._p.clear()
     1682                self._p.hold()
     1683                self._p.set_axes('ylabel',ylab)
     1684                self._p.set_axes('xlabel',s._getabcissalabel(r))
     1685                self._p.set_axes('title',s._getsourcename(r))
     1686                self._p.set_line(label='Original',color="#777777")
     1687                self._p.plot(xorg,yorg)
     1688                self._p.set_line(label='Smoothed',color="red")
     1689                self._p.plot(xsm,ysm)
     1690                ### Ugly part for legend
     1691                for i in [0,1]:
     1692                    self._p.subplots[0]['lines'].append([self._p.subplots[0]['axes'].lines[i]])
     1693                self._p.release()
     1694                ### Ugly part for legend
     1695                self._p.subplots[0]['lines']=[]
     1696                res = raw_input("Accept smoothing ([y]/n): ")
     1697                if res.upper() == 'N':
     1698                    s._setspectrum(yorg, r)
     1699            self._p.unmap()
     1700            self._p = None
     1701            del orgscan
     1702
     1703        print_log()
    12991704        if insitu: self._assign(s)
    13001705        else: return s
    … …  
    13211726        """
    13221727        if insitu is None: insitu = rcParams['insitu']
     1728        if not insitu:
     1729            workscan = self.copy()
     1730        else:
     1731            workscan = self
    13231732        varlist = vars()
    13241733        if mask is None:
    13251734            mask = [True for i in xrange(self.nchan(-1))]
     1735
    13261736        from asap.asapfitter import fitter
    13271737        try:
    13281738            f = fitter()
    1329             f.set_scan(self, mask)
    1330             #f.set_function(poly=order)
    13311739            if uselin:
    13321740                f.set_function(lpoly=order)
    13331741            else:
    13341742                f.set_function(poly=order)
    1335             s = f.auto_fit(insitu, plot=plot)
    1336             s._add_history("poly_baseline", varlist)
    1337             if insitu: self._assign(s)
    1338             else: return s
     1743
     1744            rows = range(workscan.nrow())
     1745            if len(rows) > 0:
     1746                self.blpars = []
     1747
     1748            for r in rows:
     1749                # take into account flagtra info (CAS-1434)
     1750                flagtra = workscan._getmask(r)
     1751                actualmask = mask[:]
     1752                if len(actualmask) == 0:
     1753                    actualmask = list(flagtra[:])
     1754                else:
     1755                    if len(actualmask) != len(flagtra):
     1756                        raise RuntimeError, "Mask and flagtra have different length"
     1757                    else:
     1758                        for i in range(0, len(actualmask)):
     1759                            actualmask[i] = actualmask[i] and flagtra[i]
     1760                f.set_scan(workscan, actualmask)
     1761                f.x = workscan._getabcissa(r)
     1762                f.y = workscan._getspectrum(r)
     1763                f.data = None
     1764                f.fit()
     1765                if plot:
     1766                    f.plot(residual=True)
     1767                    x = raw_input("Accept fit ( [y]/n ): ")
     1768                    if x.upper() == 'N':
     1769                        self.blpars.append(None)
     1770                        continue
     1771                workscan._setspectrum(f.fitter.getresidual(), r)
     1772                self.blpars.append(f.get_parameters())
     1773
     1774            if plot:
     1775                f._p.unmap()
     1776                f._p = None
     1777            workscan._add_history("poly_baseline", varlist)
     1778            print_log()
     1779            if insitu: self._assign(workscan)
     1780            else: return workscan
    13391781        except RuntimeError:
    13401782            msg = "The fit failed, possibly because it didn't converge."
    13411783            if rcParams['verbose']:
    1342                 print msg
     1784                #print msg
     1785                print_log()
     1786                asaplog.push( str(msg) )
     1787                print_log( 'ERROR' )
    13431788                return
    13441789            else:
    13451790                raise RuntimeError(msg)
     1791
    13461792
    13471793    def auto_poly_baseline(self, mask=[], edge=(0, 0), order=0,
    … …  
    14271873
    14281874        rows = range(workscan.nrow())
     1875        # Save parameters of baseline fits & masklists as a class attribute.
     1876        # NOTICE: It does not reflect changes in scantable!
     1877        if len(rows) > 0:
     1878            self.blpars=[]
     1879            self.masklists=[]
    14291880        asaplog.push("Processing:")
    14301881        for r in rows:
    … …  
    14411892                    curedge = edge[workscan.getif(r)]
    14421893
     1894            # take into account flagtra info (CAS-1434)
     1895            flagtra = workscan._getmask(r)
     1896            actualmask = mask[:]
     1897            if len(actualmask) == 0:
     1898                actualmask = list(flagtra[:])
     1899            else:
     1900                if len(actualmask) != len(flagtra):
     1901                    raise RuntimeError, "Mask and flagtra have different length"
     1902                else:
     1903                    for i in range(0, len(actualmask)):
     1904                        actualmask[i] = actualmask[i] and flagtra[i]
     1905
    14431906            # setup line finder
    1444             fl.find_lines(r, mask, curedge)
    1445             f.set_data(workscan._getabcissa(r),  workscan._getspectrum(r),
    1446                         mask_and(workscan._getmask(r), fl.get_mask()))
     1907            fl.find_lines(r, actualmask, curedge)
     1908            outmask=fl.get_mask()
     1909            f.set_scan(workscan, fl.get_mask())
     1910            f.x = workscan._getabcissa(r)
     1911            f.y = workscan._getspectrum(r)
     1912            f.data = None
    14471913            f.fit()
    1448             x = f.get_parameters()
     1914
     1915            # Show mask list
     1916            masklist=workscan.get_masklist(fl.get_mask(),row=r)
     1917            msg = "mask range: "+str(masklist)
     1918            asaplog.push(msg, False)
     1919
    14491920            if plot:
    14501921                f.plot(residual=True)
    14511922                x = raw_input("Accept fit ( [y]/n ): ")
    14521923                if x.upper() == 'N':
     1924                    self.blpars.append(None)
     1925                    self.masklists.append(None)
    14531926                    continue
     1927
    14541928            workscan._setspectrum(f.fitter.getresidual(), r)
     1929            self.blpars.append(f.get_parameters())
     1930            self.masklists.append(masklist)
    14551931        if plot:
    14561932            f._p.unmap()
    … …  
    14761952        self._math._rotate_linpolphase(self, angle)
    14771953        self._add_history("rotate_linpolphase", varlist)
     1954        print_log()
    14781955        return
    14791956
    … …  
    14921969        self._math._rotate_xyphase(self, angle)
    14931970        self._add_history("rotate_xyphase", varlist)
     1971        print_log()
    14941972        return
    14951973
    … …  
    15031981        self._math._swap_linears(self)
    15041982        self._add_history("swap_linears", varlist)
     1983        print_log()
    15051984        return
    15061985
    … …  
    15131992        self._math._invert_phase(self)
    15141993        self._add_history("invert_phase", varlist)
     1994        print_log()
    15151995        return
    15161996
    … …  
    15302010        s = scantable(self._math._unaryop(self, offset, "ADD", False))
    15312011        s._add_history("add", varlist)
     2012        print_log()
    15322013        if insitu:
    15332014            self._assign(s)
    … …  
    15402021        Return a scan where all spectra are scaled by the give 'factor'
    15412022        Parameters:
    1542             factor:      the scaling factor
     2023            factor:      the scaling factor (float or 1D float list)
    15432024            insitu:      if False a new scantable is returned.
    15442025                         Otherwise, the scaling is done in-situ
    … …  
    15502031        self._math._setinsitu(insitu)
    15512032        varlist = vars()
    1552         s = scantable(self._math._unaryop(self, factor, "MUL", tsys))
     2033        s = None
     2034        import numpy
     2035        if isinstance(factor, list) or isinstance(factor, numpy.ndarray):
     2036            if isinstance(factor[0], list) or isinstance(factor[0], numpy.ndarray):
     2037                from asapmath import _array2dOp
     2038                s = _array2dOp( self.copy(), factor, "MUL", tsys )
     2039            else:
     2040                s = scantable( self._math._arrayop( self.copy(), factor, "MUL", tsys ) )
     2041        else:
     2042            s = scantable(self._math._unaryop(self.copy(), factor, "MUL", tsys))
    15532043        s._add_history("scale", varlist)
     2044        print_log()
    15542045        if insitu:
    15552046            self._assign(s)
    … …  
    15942085
    15952086    @print_log_dec
    1596     def auto_quotient(self, preserve=True, mode='paired'):
     2087    def auto_quotient(self, preserve=True, mode='paired', verify=False):
    15972088        """
    15982089        This function allows to build quotients automatically.
    1599         It assumes the observation to have the same numer of
     2090        It assumes the observation to have the same number of
    16002091        "ons" and "offs"
    16012092        Parameters:
    … …  
    16342125            s = scantable(self._math._auto_quotient(self, mode, preserve))
    16352126        s._add_history("auto_quotient", varlist)
     2127        print_log()
    16362128        return s
    16372129
    … …  
    16562148        q = quotient(on, off, preserve)
    16572149        q._add_history("mx_quotient", varlist)
     2150        print_log()
    16582151        return q
    16592152
    … …  
    16742167        s = scantable(self._math._freqswitch(self))
    16752168        s._add_history("freq_switch", varlist)
     2169        print_log()
    16762170        if insitu: self._assign(s)
    16772171        else: return s
    … …  
    16882182        self._recalcazel()
    16892183        self._add_history("recalc_azel", varlist)
     2184        print_log()
    16902185        return
    16912186
    … …  
    17652260        fit = asapfit(self._getfit(row))
    17662261        if rcParams['verbose']:
    1767             print fit
     2262            #print fit
     2263            asaplog.push( '%s' %(fit) )
     2264            print_log()
    17682265            return
    17692266        else:
    … …  
    18622359        return (sum(nchans)/len(nchans) == nchans[0])
    18632360
    1864     def _fill(self, names, unit, average):
     2361    def _fill(self, names, unit, average, getpt, antenna):
    18652362        import os
    18662363        from asap._asap import stfiller
    … …  
    18742371                if rcParams['verbose']:
    18752372                    asaplog.push(msg)
    1876                     print asaplog.pop().strip()
     2373                    #print asaplog.pop().strip()
     2374                    print_log( 'ERROR' )
    18772375                    return
    18782376                raise IOError(msg)
    … …  
    18892387            asaplog.push(msg, False)
    18902388            print_log()
    1891             r._open(name, -1, -1)
     2389            r._open(name, antenna, -1, -1, getpt)
    18922390            r._read()
    18932391            if average:
    … …  
    19012399        if unit is not None:
    19022400            self.set_fluxunit(unit)
    1903         self.set_freqframe(rcParams['scantable.freqframe'])
     2401        #self.set_freqframe(rcParams['scantable.freqframe'])
    19042402
    19052403    def __getitem__(self, key):

  • branches/mergetest/python/selector.py

    r1596 r1789  
    160160        """
    161161        self._setorder(order)
     162
     163    def set_rows(self, rows=[]):
     164        """
     165        Set a sequence of row numbers (0-based). Power users Only!
     166        NOTICE row numbers can be changed easily by sorting,
     167        prior selection, etc.
     168        Parameters:
     169            rows:    a list of integers. Default [] is to unset the selection.
     170        """
     171        vec = _to_list(rows, int)
     172        if isinstance(vec,list):
     173            self._setrows(vec)
     174        else:
     175            raise TypeError('Unknown row number type. Use lists of integers.')
     176
     177    def set_types(self, types=[]):
     178        """
     179        Set a sequence of source types.
     180        Parameters:
     181            types:    a list of integers. Default [] is to unset the selection.
     182        """
     183        vec = _to_list(types, int)
     184        if isinstance(vec,list):
     185            self._settypes(vec)
     186        else:
     187            raise TypeError('Unknown row number type. Use lists of integers.')
    162188
    163189    def get_scans(self):
    … …  
    175201    def get_order(self):
    176202        return list(self._getorder())
     203    def get_types(self):
     204        return list(self._gettypes())
    177205    def get_query(self):
    178206        prefix = "SELECT FROM $1 WHERE "
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.