source: tags/release-1.0.5/src/Cubes/readParams.cc @ 1455

Last change on this file since 1455 was 3, checked in by Matthew Whiting, 18 years ago

This is the first full import of all working code to
the Duchamp repository.
Made three directories at top level:

branches/ tags/ trunk/

and trunk/ has the full set of code:
ATrous/ Cubes/ Detection/ InputComplete? InputExample? README Utils/ docs/ mainDuchamp.cc param.cc param.hh
File size: 11.4 KB
Line 
1#include <iostream>
2#include <iomanip>
3#include <fstream>
4#include <string>
5#include <Cubes/cubes.hh>
6
7string makelower( string s )
8{
9  // "borrowed" from Matt Howlett's 'fred'
10  string out = "";
11  for( int i=0; i<s.size(); ++i ) {
12    out += tolower(s[i]);
13  }
14  return out;
15}
16
17void readParams(string paramfile, Param &par)
18{
19
20  ifstream fin(paramfile.c_str());
21  string input;
22  string sval;
23  float fval;
24  int ival;
25  bool bval;
26  while( fin >> input){
27
28    if(input[0]!='#'){
29      if(makelower(input)=="nullpixvalue"){    fin >> fval; par.setNullPixVal(fval); }
30      if(makelower(input)=="flagnullpix"){     fin >> bval; par.setFlagNullPix(bval); }
31      if(makelower(input)=="flagmw"){          fin >> bval; par.setFlagMW(bval); }
32      if(makelower(input)=="maxmw"){           fin >> ival; par.setMaxMW(ival); }
33      if(makelower(input)=="minmw"){           fin >> ival; par.setMinMW(ival); }
34      if(makelower(input)=="minpix"){          fin >> ival; par.setMinPix(ival); }
35      if(makelower(input)=="flagfdr"){         fin >> bval; par.setFlagFDR(bval); }
36      if(makelower(input)=="alphafdr"){        fin >> fval; par.setAlpha(fval); }
37      if(makelower(input)=="numpixpsf"){       fin >> ival; par.setSizePSF(ival); }
38      if(makelower(input)=="snrcut"){          fin >> fval; par.setCut(fval); }
39      if(makelower(input)=="flaggrowth"){      fin >> bval; par.setFlagGrowth(bval); }
40      if(makelower(input)=="growthcut"){       fin >> fval; par.setGrowthCut(fval); }
41      if(makelower(input)=="flagatrous"){      fin >> bval; par.setFlagATrous(bval); }
42      if(makelower(input)=="scalemin"){        fin >> ival; par.setMinScale(ival); }
43      if(makelower(input)=="snrrecon"){        fin >> fval; par.setAtrousCut(fval); }
44      if(makelower(input)=="flagadjacent"){    fin >> bval; par.setFlagAdjacent(bval); }
45      if(makelower(input)=="threshspatial"){   fin >> fval; par.setThreshS(fval); }
46      if(makelower(input)=="threshvelocity"){  fin >> fval; par.setThreshV(fval); }
47      if(makelower(input)=="minchannels"){     fin >> ival; par.setMinChannels(ival); }
48      if(makelower(input)=="flaglog"){         fin >> bval; par.setFlagLog(bval); }
49      if(makelower(input)=="logfile"){         fin >> sval; par.setLogFile(sval); }
50      if(makelower(input)=="outfile"){         fin >> sval; par.setOutFile(sval); }
51      if(makelower(input)=="spectrafile"){     fin >> sval; par.setSpectraFile(sval); }
52      if(makelower(input)=="imagefile"){       fin >> sval; par.setImageFile(sval); }
53      if(makelower(input)=="flagsubsection"){  fin >> bval; par.setFlagSubsection(bval); }
54      if(makelower(input)=="subsection"){      fin >> sval; par.setSubsection(sval); }
55      if(makelower(input)=="flagoutputrecon"){ fin >> bval; par.setFlagOutputRecon(bval); }
56      if(makelower(input)=="flagoutputresid"){ fin >> bval; par.setFlagOutputResid(bval); }
57    }
58  }
59
60}
61
62void showParams(Param &par)
63{
64  cerr.setf(ios::boolalpha);
65  cerr<<"---- Parameters ---"<<endl;
66  if(par.getFlagSubsection())
67    cerr<<"Image to be analysed\t\t\t= "               <<(par.getImageFile()+
68                                                          par.getSubsection())    <<endl;
69  else
70    cerr<<"Image to be analysed\t\t\t= "               <<par.getImageFile()       <<endl;
71  cerr<<"Intermediate Logfile\t\t\t= "                 <<par.getLogFile()         <<endl;
72  cerr<<"Final Results file\t\t\t= "                   <<par.getOutFile()         <<endl;
73  cerr<<"Spectrum file\t\t\t\t= "                      <<par.getSpectraFile()     <<endl;
74  if(par.getFlagATrous()){                             
75    cerr<<"Saving reconstructed cube?\t\t= "           <<par.getFlagOutputRecon() <<endl;
76    cerr<<"Saving residuals from reconstruction?\t= "  <<par.getFlagOutputResid() <<endl;
77  }                                                   
78  cerr<<"-----"<<endl;                                 
79  cerr<<"Fixing Null Pixels?\t\t\t= "                  <<par.getFlagNullPix()     <<endl;
80  cerr<<"Null Pixel Value\t\t\t= "                     <<par.getNullPixVal()      <<endl;
81  cerr<<"Removing Milky Way channels?\t\t= "           <<par.getFlagMW()          <<endl;
82  cerr<<"Milky Way Channels\t\t\t= "                   <<par.getMinMW()
83      <<"-"                                            <<par.getMaxMW()           <<endl;
84  cerr<<"Minimum # Pixels in a detection\t\t= "        <<par.getMinPix()          <<endl;
85  cerr<<"Growing objects after detection?\t= "         <<par.getFlagGrowth()      <<endl;
86  if(par.getFlagGrowth())                             
87    cerr<<"SNR Threshold for growth\t\t= "             <<par.getGrowthCut()       <<endl;
88  cerr<<"Using A Trous reconstruction?\t\t= "          <<par.getFlagATrous()      <<endl;
89  if(par.getFlagATrous()){                             
90    cerr<<"Minimum scale in reconstruction\t\t= "      <<par.getMinScale()        <<endl;
91    cerr<<"SNR Threshold within reconstruction\t= "    <<par.getAtrousCut()       <<endl;
92  }                                                   
93  cerr<<"Using FDR analysis?\t\t\t= "                  <<par.getFlagFDR()         <<endl;
94  if(par.getFlagFDR()){                               
95    cerr<<"Alpha value for FDR analysis\t\t= "         <<par.getAlpha()           <<endl;
96    cerr<<"Number of pixels in PSF (used by FDR)\t= "  <<par.getSizePSF()         <<endl;
97  }                                                   
98  else cerr<<"SNR Threshold\t\t\t\t= "                 <<par.getCut()             <<endl;
99  cerr<<"Using Adjacent-pixel criterion?\t\t= "        <<par.getFlagAdjacent()    <<endl;
100  if(!par.getFlagAdjacent()){
101    cerr<<"Max. spatial separation for merging\t= "    <<par.getThreshS()         <<endl;
102    cerr<<"Max. velocity separation for merging\t= "   <<par.getThreshV()         <<endl;
103  }
104  cerr<<"Min. # channels for merging\t\t= "            <<par.getMinChannels()     <<endl;
105  cerr<<"-------------------"<<endl;
106  cerr.unsetf(ios::boolalpha);
107}
108
109void showParams(Param &par, std::ostream &stream)
110{
111  stream.setf(ios::boolalpha);
112  stream<<"---- Parameters ---"<<endl;
113  if(par.getFlagSubsection())
114    stream<<"Image to be analysed\t\t\t= "               <<(par.getImageFile()+
115                                                            par.getSubsection())    <<endl;
116  else
117    stream<<"Image to be analysed\t\t\t= "               <<par.getImageFile()       <<endl;
118  stream<<"Intermediate Logfile\t\t\t= "                 <<par.getLogFile()         <<endl;
119  stream<<"Final Results file\t\t\t= "                   <<par.getOutFile()         <<endl;
120  stream<<"Spectrum file\t\t\t\t= "                      <<par.getSpectraFile()     <<endl;
121  if(par.getFlagATrous()){                             
122    stream<<"Saving reconstructed cube?\t\t= "           <<par.getFlagOutputRecon() <<endl;
123    stream<<"Saving residuals from reconstruction?\t= "  <<par.getFlagOutputResid() <<endl;
124  }                                                   
125  stream<<"-----"<<endl;                                       
126  stream<<"Fixing Null Pixels?\t\t\t= "                  <<par.getFlagNullPix()     <<endl;
127  stream<<"Null Pixel Value\t\t\t= "                     <<par.getNullPixVal()      <<endl;
128  stream<<"Removing Milky Way channels?\t\t= "           <<par.getFlagMW()          <<endl;
129  stream<<"Milky Way Channels\t\t\t= "                   <<par.getMinMW()
130        <<"-"                                            <<par.getMaxMW()           <<endl;
131  stream<<"Minimum # Pixels in a detection\t\t= "        <<par.getMinPix()          <<endl;
132  stream<<"Growing objects after detection?\t= "         <<par.getFlagGrowth()      <<endl;
133  if(par.getFlagGrowth())                             
134    stream<<"SNR Threshold for growth\t\t= "             <<par.getGrowthCut()       <<endl;
135  stream<<"Using A Trous reconstruction?\t\t= "          <<par.getFlagATrous()      <<endl;
136  if(par.getFlagATrous()){                             
137    stream<<"Minimum scale in reconstruction\t\t= "      <<par.getMinScale()        <<endl;
138    stream<<"SNR Threshold within reconstruction\t= "    <<par.getAtrousCut()       <<endl;
139  }                                                   
140  stream<<"Using FDR analysis?\t\t\t= "                  <<par.getFlagFDR()         <<endl;
141  if(par.getFlagFDR()){                               
142    stream<<"Alpha value for FDR analysis\t\t= "         <<par.getAlpha()           <<endl;
143    stream<<"Number of pixels in PSF (used by FDR)\t= "  <<par.getSizePSF()         <<endl;
144  }                                                   
145  else stream<<"SNR Threshold\t\t\t\t= "                 <<par.getCut()             <<endl;
146  stream<<"Using Adjacent-pixel criterion?\t\t= "        <<par.getFlagAdjacent()    <<endl;
147  if(!par.getFlagAdjacent()){
148    stream<<"Max. spatial separation for merging\t= "    <<par.getThreshS()         <<endl;
149    stream<<"Max. velocity separation for merging\t= "   <<par.getThreshV()         <<endl;
150  }
151  stream<<"Min. # channels for merging\t\t= "            <<par.getMinChannels()     <<endl;
152  stream<<"-------------------"<<endl;
153  stream.unsetf(ios::boolalpha);
154}
155
156std::ostream& operator<< ( std::ostream& theStream, Param& par)
157{
158  theStream.setf(ios::boolalpha);
159  theStream<<"---- Parameters ---"<<endl;
160  if(par.getFlagSubsection())
161    theStream<<"Image to be analysed\t\t\t= "               <<(par.getImageFile()+
162                                                               par.getSubsection())    <<endl;
163  else
164    theStream<<"Image to be analysed\t\t\t= "               <<par.getImageFile()       <<endl;
165  theStream<<"Intermediate Logfile\t\t\t= "                 <<par.getLogFile()         <<endl;
166  theStream<<"Final Results file\t\t\t= "                   <<par.getOutFile()         <<endl;
167  theStream<<"Spectrum file\t\t\t\t= "                      <<par.getSpectraFile()     <<endl;
168  if(par.getFlagATrous()){                             
169    theStream<<"Saving reconstructed cube?\t\t= "           <<par.getFlagOutputRecon() <<endl;
170    theStream<<"Saving residuals from reconstruction?\t= "  <<par.getFlagOutputResid() <<endl;
171  }                                                   
172  theStream<<"-----"<<endl;                                   
173  theStream<<"Fixing Null Pixels?\t\t\t= "                  <<par.getFlagNullPix()     <<endl;
174  theStream<<"Null Pixel Value\t\t\t= "                     <<par.getNullPixVal()      <<endl;
175  theStream<<"Removing Milky Way channels?\t\t= "           <<par.getFlagMW()          <<endl;
176  theStream<<"Milky Way Channels\t\t\t= "                   <<par.getMinMW()
177           <<"-"                                            <<par.getMaxMW()           <<endl;
178  theStream<<"Minimum # Pixels in a detection\t\t= "        <<par.getMinPix()          <<endl;
179  theStream<<"Growing objects after detection?\t= "         <<par.getFlagGrowth()      <<endl;
180  if(par.getFlagGrowth())                             
181    theStream<<"SNR Threshold for growth\t\t= "             <<par.getGrowthCut()       <<endl;
182  theStream<<"Using A Trous reconstruction?\t\t= "          <<par.getFlagATrous()      <<endl;
183  if(par.getFlagATrous()){                             
184    theStream<<"Minimum scale in reconstruction\t\t= "      <<par.getMinScale()        <<endl;
185    theStream<<"SNR Threshold within reconstruction\t= "    <<par.getAtrousCut()       <<endl;
186  }                                                   
187  theStream<<"Using FDR analysis?\t\t\t= "                  <<par.getFlagFDR()         <<endl;
188  if(par.getFlagFDR()){                               
189    theStream<<"Alpha value for FDR analysis\t\t= "         <<par.getAlpha()           <<endl;
190    theStream<<"Number of pixels in PSF (used by FDR)\t= "  <<par.getSizePSF()         <<endl;
191  }                                                   
192  else theStream<<"SNR Threshold\t\t\t\t= "                 <<par.getCut()             <<endl;
193  theStream<<"Using Adjacent-pixel criterion?\t\t= "        <<par.getFlagAdjacent()    <<endl;
194  if(!par.getFlagAdjacent()){
195    theStream<<"Max. spatial separation for merging\t= "    <<par.getThreshS()         <<endl;
196    theStream<<"Max. velocity separation for merging\t= "   <<par.getThreshV()         <<endl;
197  }
198  theStream<<"Min. # channels for merging\t\t= "            <<par.getMinChannels()     <<endl;
199  theStream<<"-------------------"<<endl;
200  theStream.unsetf(ios::boolalpha);
201}
202
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.