Changeset 2349


Ignore:
Timestamp:
11/16/11 13:57:29 (13 years ago)
Author:
Malte Marquarding
Message:

cosmetic and typo corretions

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • trunk/python/scantable.py

    r2348 r2349  
    180180
    181181    @asaplog_post_dec
    182     #def __init__(self, filename, average=None, unit=None, getpt=None,
    183     #             antenna=None, parallactify=None):
    184182    def __init__(self, filename, average=None, unit=None, parallactify=None,
    185183                 **args):
    … …  
    204202                          in existing scantables
    205203
    206             getpt:        for MeasurementSet input data only:
    207                           If True, all pointing data are filled.
    208                           The deafult is False, which makes time to load
    209                           the MS data faster in some cases.
    210 
    211204            antenna:      for MeasurementSet input data only:
    212                           Antenna selection. integer (id) or string (name or id).
    213 
    214             parallactify: Indicate that the data had been parallatified. Default
    215                           is taken from rc file.
     205                          Antenna selection. integer (id) or string
     206                          (name or id).
     207
     208            parallactify: Indicate that the data had been parallactified.
     209                          Default (false) is taken from rc file.
    216210
    217211        """
    218212        if average is None:
    219213            average = rcParams['scantable.autoaverage']
    220         #if getpt is None:
    221         #    getpt = True
    222         #if antenna is not None:
    223         #    asaplog.push("Antenna selection currently unsupported."
    224         #                 "Using ''")
    225         #    asaplog.post('WARN')
    226         #if antenna is None:
    227         #    antenna = ''
    228         #elif type(antenna) == int:
    229         #    antenna = '%s' % antenna
    230         #elif type(antenna) == list:
    231         #    tmpstr = ''
    232         #    for i in range( len(antenna) ):
    233         #        if type(antenna[i]) == int:
    234         #            tmpstr = tmpstr + ('%s,'%(antenna[i]))
    235         #        elif type(antenna[i]) == str:
    236         #            tmpstr=tmpstr+antenna[i]+','
    237         #        else:
    238         #            raise TypeError('Bad antenna selection.')
    239         #    antenna = tmpstr.rstrip(',')
    240214        parallactify = parallactify or rcParams['scantable.parallactify']
    241215        varlist = vars()
    … …  
    260234                    # do not reset to the default freqframe
    261235                    #self.set_freqframe(rcParams['scantable.freqframe'])
    262                 #elif os.path.isdir(filename) \
    263                 #         and not os.path.exists(filename+'/table.f1'):
    264236                elif is_ms(filename):
    265237                    # Measurement Set
    … …  
    269241                        if key in args.keys():
    270242                            opts['ms'][key] = args[key]
    271                     #self._fill([filename], unit, average, getpt, antenna)
    272243                    self._fill([filename], unit, average, opts)
    273244                elif os.path.isfile(filename):
    274                     #self._fill([filename], unit, average, getpt, antenna)
    275245                    self._fill([filename], unit, average)
     246#                    # only apply to new data not "copy constructor"
     247#                    self.parallactify(parallactify)
    276248                else:
    277249                    msg = "The given file '%s'is not a valid " \
    … …  
    280252            elif (isinstance(filename, list) or isinstance(filename, tuple)) \
    281253                  and isinstance(filename[-1], str):
    282                 #self._fill(filename, unit, average, getpt, antenna)
    283254                self._fill(filename, unit, average)
    284255        self.parallactify(parallactify)
    … …  
    594565
    595566        """
    596         if insitu is None: insitu = rcParams['insitu']
     567        if insitu is None:
     568            insitu = rcParams['insitu']
    597569        if not insitu:
    598570            workscan = self.copy()
    … …  
    600572            workscan = self
    601573        # Select a row
    602         sel=selector()
     574        sel = selector()
    603575        sel.set_rows([row])
    604         #sel.set_scans([workscan.getscan(row)])
    605         #sel.set_cycles([workscan.getcycle(row)])
    606         #sel.set_beams([workscan.getbeam(row)])
    607         #sel.set_ifs([workscan.getif(row)])
    608         #sel.set_polarisations([workscan.getpol(row)])
    609         #sel.set_name(workscan._getsourcename(row))
    610576        workscan.set_selection(sel)
    611577        if not workscan.nrow() == 1:
    612             msg = "Cloud not identify single row. %d rows selected."%(workscan.nrow())
     578            msg = "Could not identify single row. %d rows selected." \
     579                % (workscan.nrow())
    613580            raise RuntimeError(msg)
    614         del sel
    615581        if insitu:
    616582            self._assign(workscan)
    … …  
    868834            asdatetime:   return values as datetime objects rather than strings
    869835
    870             prec:         number of digits shown. Default -1 to automatic calculation.
     836            prec:         number of digits shown. Default -1 to automatic
     837                          calculation.
    871838                          Note this number is equals to the digits of MVTime,
    872839                          i.e., 0<prec<3: dates with hh:: only,
    … …  
    878845        if prec < 0:
    879846            # automagically set necessary precision +1
    880             prec = 7 - numpy.floor(numpy.log10(numpy.min(self.get_inttime(row))))
     847            prec = 7 - \
     848                numpy.floor(numpy.log10(numpy.min(self.get_inttime(row))))
    881849            prec = max(6, int(prec))
    882850        else:
    … …  
    12361204
    12371205    @asaplog_post_dec
    1238     def fft(self, rowno=[], mask=[], getrealimag=False):
     1206    def fft(self, rowno=None, mask=None, getrealimag=False):
    12391207        """\
    12401208        Apply FFT to the spectra.
    … …  
    12441212
    12451213            rowno:          The row number(s) to be processed. int, list
    1246                             and tuple are accepted. By default ([]), FFT
     1214                            and tuple are accepted. By default (None), FFT
    12471215                            is applied to the whole data.
    12481216
    … …  
    12521220                            apply different masks. In the latter case, the
    12531221                            length of 'mask' must be the same as that of
    1254                             'rowno'. The default is [].
     1222                            'rowno'. The default is None.
    12551223       
    12561224            getrealimag:    If True, returns the real and imaginary part
    … …  
    12691237            respectively.
    12701238        """
     1239        if rowno is None:
     1240            rowno = []
     1241        if mask is None:
     1242            mask = []
    12711243        if isinstance(rowno, int):
    12721244            rowno = [rowno]
    … …  
    12771249
    12781250        if not (isinstance(mask, list) or isinstance(mask, tuple)):
    1279             raise TypeError("The mask must be a boolean list or a list of boolean list.")
     1251            raise TypeError("The mask must be a boolean list or a list of "
     1252                            "boolean list.")
    12801253        if len(mask) == 0: mask = [True for i in xrange(self.nchan())]
    12811254        if isinstance(mask[0], bool): mask = [mask]
    12821255        elif not (isinstance(mask[0], list) or isinstance(mask[0], tuple)):
    1283             raise TypeError("The mask must be a boolean list or a list of boolean list.")
     1256            raise TypeError("The mask must be a boolean list or a list of "
     1257                            "boolean list.")
    12841258
    12851259        usecommonmask = (len(mask) == 1)
    12861260        if not usecommonmask:
    12871261            if len(mask) != len(rowno):
    1288                 raise ValueError("When specifying masks for each spectrum, the numbers of them must be identical.")
     1262                raise ValueError("When specifying masks for each spectrum, "
     1263                                 "the numbers of them must be identical.")
    12891264        for amask in mask:
    12901265            if len(amask) != self.nchan():
    1291                 raise ValueError("The spectra and the mask have different length.")
     1266                raise ValueError("The spectra and the mask have different "
     1267                                 "length.")
    12921268       
    12931269        res = []
    … …  
    12981274            nspec = len(fspec)
    12991275           
    1300             i=0
    1301             v1=[]
    1302             v2=[]
    1303             reselem = {"real":[],"imag":[]} if getrealimag else {"ampl":[],"phase":[]}
     1276            i = 0
     1277            v1 = []
     1278            v2 = []
     1279            reselem = {"real":[],"imag":[]} if getrealimag \
     1280                                            else {"ampl":[],"phase":[]}
    13041281           
    13051282            while (i < nspec):
    13061283                v1.append(fspec[i])
    13071284                v2.append(fspec[i+1])
    1308                 i+=2
     1285                i += 2
    13091286           
    13101287            if getrealimag:
    … …  
    13171294            res.append(reselem)
    13181295           
    1319             if not usecommonmask: imask += 1
     1296            if not usecommonmask:
     1297                imask += 1
    13201298       
    13211299        return res
    … …  
    13741352        # test if args is a 'list' or a 'normal *args - UGLY!!!
    13751353
    1376         ws = (isinstance(args[-1][-1], int) or isinstance(args[-1][-1], float)) \
    1377              and args or args[0]
     1354        ws = (isinstance(args[-1][-1], int)
     1355              or isinstance(args[-1][-1], float)) and args or args[0]
    13781356        for window in ws:
    13791357            if len(window) == 1:
    13801358                window = [window[0], window[0]]
    13811359            if len(window) == 0 or  len(window) > 2:
    1382                 raise ValueError("A window needs to be defined as [start(, end)]")
     1360                raise ValueError("A window needs to be defined as "
     1361                                 "[start(, end)]")
    13831362            if window[0] > window[1]:
    13841363                tmp = window[0]
    … …  
    14291408        if not silent:
    14301409            asaplog.push(msg)
    1431         masklist=[]
     1410        masklist = []
    14321411        ist, ien = None, None
    14331412        ist, ien=self.get_mask_indices(mask)
    … …  
    14571436        if len(mask) < 2:
    14581437            raise TypeError("The mask elements should be > 1")
    1459         istart=[]
    1460         iend=[]
    1461         if mask[0]: istart.append(0)
     1438        istart = []
     1439        iend = []
     1440        if mask[0]:
     1441            istart.append(0)
    14621442        for i in range(len(mask)-1):
    14631443            if not mask[i] and mask[i+1]:
    … …  
    14651445            elif mask[i] and not mask[i+1]:
    14661446                iend.append(i)
    1467         if mask[len(mask)-1]: iend.append(len(mask)-1)
     1447        if mask[len(mask)-1]:
     1448            iend.append(len(mask)-1)
    14681449        if len(istart) != len(iend):
    14691450            raise RuntimeError("Numbers of mask start != mask end.")
    … …  
    14751456
    14761457    @asaplog_post_dec
    1477     def parse_maskexpr(self,maskstring):
     1458    def parse_maskexpr(self, maskstring):
    14781459        """
    14791460        Parse CASA type mask selection syntax (IF dependent).
    … …  
    15091490            selset = currselstr.split(':')
    15101491            # spw and mask string (may include ~, < or >)
    1511             spwmasklist = self._parse_selection(selset[0],typestr='integer',
    1512                                                offset=1,minval=min(valid_ifs),
    1513                                                maxval=max(valid_ifs))
     1492            spwmasklist = self._parse_selection(selset[0], typestr='integer',
     1493                                                offset=1, minval=min(valid_ifs),
     1494                                                maxval=max(valid_ifs))
    15141495            for spwlist in spwmasklist:
    15151496                selspws = []
    … …  
    15221503            # parse frequency mask list
    15231504            if len(selset) > 1:
    1524                 freqmasklist = self._parse_selection(selset[1],typestr='float',
    1525                                                     offset=0.)
     1505                freqmasklist = self._parse_selection(selset[1], typestr='float',
     1506                                                     offset=0.)
    15261507            else:
    15271508                # want to select the whole spectrum
    … …  
    15551536                            offset = 0.5
    15561537                        elif frequnit.find('Hz') > 0:
    1557                             offset = abs(freqcoord.to_frequency(1,unit=frequnit)
    1558                                       -freqcoord.to_frequency(0,unit=frequnit))*0.5
     1538                            offset = abs(freqcoord.to_frequency(1,
     1539                                                                unit=frequnit)
     1540                                         -freqcoord.to_frequency(0,
     1541                                                                 unit=frequnit)
     1542                                         )*0.5
    15591543                        elif frequnit.find('m/s') > 0:
    1560                             offset = abs(freqcoord.to_velocity(1,unit=frequnit)
    1561                                       -freqcoord.to_velocity(0,unit=frequnit))*0.5
     1544                            offset = abs(freqcoord.to_velocity(1,
     1545                                                               unit=frequnit)
     1546                                         -freqcoord.to_velocity(0,
     1547                                                                unit=frequnit)
     1548                                         )*0.5
    15621549                        else:
    15631550                            asaplog.post()
    … …  
    15921579        if len(seldict) == 0:
    15931580            asaplog.post()
    1594             asaplog.push("No valid selection in the mask expression: "+maskstring)
     1581            asaplog.push("No valid selection in the mask expression: "
     1582                         +maskstring)
    15951583            asaplog.post("WARN")
    15961584            return None
    … …  
    16011589        return seldict
    16021590
    1603     def _parse_selection(self,selstr,typestr='float',offset=0.,minval=None,maxval=None):
     1591    def _parse_selection(self, selstr, typestr='float', offset=0.,
     1592                         minval=None, axval=None):
    16041593        """
    16051594        Parameters:
    … …  
    16711660        """
    16721661        if ids is None:
    1673             rfreqs={}
     1662            rfreqs = {}
    16741663            idlist = self.getmolnos()
    16751664            for i in idlist:
    1676                 rfreqs[i]=list(self._getrestfreqs(i))
     1665                rfreqs[i] = list(self._getrestfreqs(i))
    16771666            return rfreqs
    16781667        else:
    1679             if type(ids)==list or type(ids)==tuple:
    1680                 rfreqs={}
     1668            if type(ids) == list or type(ids) == tuple:
     1669                rfreqs = {}
    16811670                for i in ids:
    1682                     rfreqs[i]=list(self._getrestfreqs(i))
     1671                    rfreqs[i] = list(self._getrestfreqs(i))
    16831672                return rfreqs
    16841673            else:
    16851674                return list(self._getrestfreqs(ids))
    1686             #return list(self._getrestfreqs(ids))
    1687 
     1675
     1676    @asaplog_post_dec
    16881677    def set_restfreqs(self, freqs=None, unit='Hz'):
    16891678        """\
    … …  
    18001789        self._add_history("set_restfreqs", varlist)
    18011790
     1791    @asaplog_post_dec
    18021792    def shift_refpix(self, delta):
    18031793        """\
    … …  
    18141804
    18151805        """
     1806        varlist = vars()
    18161807        Scantable.shift_refpix(self, delta)
     1808        s._add_history("shift_refpix", varlist)
    18171809
    18181810    @asaplog_post_dec
    … …  
    18571849                raise IOError(msg)
    18581850        return page(out)
     1851
    18591852    #
    18601853    # Maths business
    … …  
    18631856    def average_time(self, mask=None, scanav=False, weight='tint', align=False):
    18641857        """\
    1865         Return the (time) weighted average of a scan.
     1858        Return the (time) weighted average of a scan. Scans will be averaged
     1859        only if the source direction (RA/DEC) is within 1' otherwise
    18661860
    18671861        *Note*:
    … …  
    20342028        s = scantable(self._math._freq_align(self, reftime, method))
    20352029        s._add_history("freq_align", varlist)
    2036         if insitu: self._assign(s)
    2037         else: return s
     2030        if insitu:
     2031            self._assign(s)
     2032        else:
     2033            return s
    20382034
    20392035    @asaplog_post_dec
    … …  
    20592055
    20602056        """
    2061         if insitu is None: insitu = rcParams['insitu']
     2057        if insitu is None:
     2058            insitu = rcParams['insitu']
    20622059        self._math._setinsitu(insitu)
    20632060        varlist = vars()
    … …  
    20662063        s = scantable(self._math._opacity(self, tau))
    20672064        s._add_history("opacity", varlist)
    2068         if insitu: self._assign(s)
    2069         else: return s
     2065        if insitu:
     2066            self._assign(s)
     2067        else:
     2068            return s
    20702069
    20712070    @asaplog_post_dec
    … …  
    20832082
    20842083        """
    2085         if insitu is None: insitu = rcParams['insitu']
     2084        if insitu is None:
     2085            insitu = rcParams['insitu']
    20862086        self._math._setinsitu(insitu)
    20872087        varlist = vars()
    … …  
    21112111
    21122112        """
    2113         if insitu is None: insitu = rcParams['insitu']
     2113        if insitu is None:
     2114            insitu = rcParams['insitu']
    21142115        self._math._setinsitu(insitu)
    21152116        varlist = vars()
    21162117        s = scantable(self._math._resample(self, method, width))
    21172118        s._add_history("resample", varlist)
    2118         if insitu: self._assign(s)
    2119         else: return s
     2119        if insitu:
     2120            self._assign(s)
     2121        else:
     2122            return s
    21202123
    21212124    @asaplog_post_dec
    … …  
    22542257                ### Ugly part for legend
    22552258                for i in [0,1]:
    2256                     theplot.subplots[0]['lines'].append([theplot.subplots[0]['axes'].lines[i]])
     2259                    theplot.subplots[0]['lines'].append(
     2260                        [theplot.subplots[0]['axes'].lines[i]]
     2261                        )
    22572262                theplot.release()
    22582263                ### Ugly part for legend
    … …  
    23192324                          minnrow=None, outlog=None, blfile=None):
    23202325        """\
    2321         Return a scan which has been baselined (all rows) with sinusoidal functions.
     2326        Return a scan which has been baselined (all rows) with sinusoidal
     2327        functions.
     2328
    23222329        Parameters:
    23232330            insitu:        if False a new scantable is returned.
    … …  
    23372344                           given a float value, the unit is set to sigma.
    23382345                           for string values, allowed formats include:
    2339                                'xsigma' or 'x' (= x-sigma level. e.g., '3sigma'), or
     2346                               'xsigma' or 'x' (= x-sigma level. e.g.,
     2347                               '3sigma'), or
    23402348                               'topx' (= the x strongest ones, e.g. 'top5').
    23412349                           default is 3.0 (unit: sigma).
    … …  
    23552363                           and rejwn will NOT be used. default is [].
    23562364            clipthresh:    Clipping threshold. (default is 3.0, unit: sigma)
    2357             clipniter:     maximum number of iteration of 'clipthresh'-sigma clipping (default is 0)
     2365            clipniter:     maximum number of iteration of 'clipthresh'-sigma
     2366                           clipping (default is 0)
    23582367            plot:      *** CURRENTLY UNAVAILABLE, ALWAYS FALSE ***
    23592368                           plot the fit and the residual. In this each
    … …  
    23732382
    23742383        Example:
    2375             # return a scan baselined by a combination of sinusoidal curves having
    2376             # wave numbers in spectral window up to 10,
     2384            # return a scan baselined by a combination of sinusoidal curves
     2385            # having wave numbers in spectral window up to 10,
    23772386            # also with 3-sigma clipping, iteration up to 4 times
    23782387            bscan = scan.sinusoid_baseline(addwn='<=10',clipthresh=3.0,clipniter=4)
    … …  
    24082417
    24092418            #CURRENTLY, PLOT=true is UNAVAILABLE UNTIL sinusoidal fitting is implemented as a fitter method.
    2410             workscan._sinusoid_baseline(mask, applyfft, fftmethod.lower(), str(fftthresh).lower(), workscan._parse_wn(addwn), workscan._parse_wn(rejwn), clipthresh, clipniter, getresidual, pack_progress_params(showprogress, minnrow), outlog, blfile)
     2419            workscan._sinusoid_baseline(mask, applyfft, fftmethod.lower(),
     2420                                        str(fftthresh).lower(),
     2421                                        workscan._parse_wn(addwn),
     2422                                        workscan._parse_wn(rejwn), clipthresh,
     2423                                        clipniter, getresidual,
     2424                                        pack_progress_params(showprogress,
     2425                                                             minnrow), outlog,
     2426                                        blfile)
    24112427            workscan._add_history('sinusoid_baseline', varlist)
    24122428           
    … …  
    24212437
    24222438    @asaplog_post_dec
    2423     def auto_sinusoid_baseline(self, insitu=None, mask=None, applyfft=None, fftmethod=None, fftthresh=None,
    2424                                addwn=None, rejwn=None, clipthresh=None, clipniter=None, edge=None, threshold=None,
    2425                                chan_avg_limit=None, plot=None, getresidual=None, showprogress=None, minnrow=None,
    2426                                outlog=None, blfile=None):
    2427         """\
    2428         Return a scan which has been baselined (all rows) with sinusoidal functions.
     2439    def auto_sinusoid_baseline(self, insitu=None, mask=None, applyfft=None,
     2440                               fftmethod=None, fftthresh=None,
     2441                               addwn=None, rejwn=None, clipthresh=None,
     2442                               clipniter=None, edge=None, threshold=None,
     2443                               chan_avg_limit=None, plot=None,
     2444                               getresidual=None, showprogress=None,
     2445                               minnrow=None, outlog=None, blfile=None):
     2446        """\
     2447        Return a scan which has been baselined (all rows) with sinusoidal
     2448        functions.
    24292449        Spectral lines are detected first using linefinder and masked out
    24302450        to avoid them affecting the baseline solution.
    … …  
    24472467                            given a float value, the unit is set to sigma.
    24482468                            for string values, allowed formats include:
    2449                                 'xsigma' or 'x' (= x-sigma level. e.g., '3sigma'), or
     2469                                'xsigma' or 'x' (= x-sigma level. e.g.,
     2470                                '3sigma'), or
    24502471                                'topx' (= the x strongest ones, e.g. 'top5').
    24512472                            default is 3.0 (unit: sigma).
    … …  
    24652486                            and rejwn will NOT be used. default is [].
    24662487            clipthresh:     Clipping threshold. (default is 3.0, unit: sigma)
    2467             clipniter:      maximum number of iteration of 'clipthresh'-sigma clipping (default is 0)
     2488            clipniter:      maximum number of iteration of 'clipthresh'-sigma
     2489                            clipping (default is 0)
    24682490            edge:           an optional number of channel to drop at
    24692491                            the edge of spectrum. If only one value is
    … …  
    25382560
    25392561            #CURRENTLY, PLOT=true is UNAVAILABLE UNTIL sinusoidal fitting is implemented as a fitter method.
    2540             workscan._auto_sinusoid_baseline(mask, applyfft, fftmethod.lower(), str(fftthresh).lower(), workscan._parse_wn(addwn), workscan._parse_wn(rejwn), clipthresh, clipniter, normalise_edge_param(edge), threshold, chan_avg_limit, getresidual, pack_progress_params(showprogress, minnrow), outlog, blfile)
     2562            workscan._auto_sinusoid_baseline(mask, applyfft,
     2563                                             fftmethod.lower(),
     2564                                             str(fftthresh).lower(),
     2565                                             workscan._parse_wn(addwn),
     2566                                             workscan._parse_wn(rejwn),
     2567                                             clipthresh, clipniter,
     2568                                             normalise_edge_param(edge),
     2569                                             threshold, chan_avg_limit,
     2570                                             getresidual,
     2571                                             pack_progress_params(showprogress,
     2572                                                                  minnrow),
     2573                                             outlog, blfile)
    25412574            workscan._add_history("auto_sinusoid_baseline", varlist)
    25422575           
    … …  
    25502583
    25512584    @asaplog_post_dec
    2552     def cspline_baseline(self, insitu=None, mask=None, npiece=None, clipthresh=None, clipniter=None,
    2553                          plot=None, getresidual=None, showprogress=None, minnrow=None, outlog=None, blfile=None):
    2554         """\
    2555         Return a scan which has been baselined (all rows) by cubic spline function (piecewise cubic polynomial).
     2585    def cspline_baseline(self, insitu=None, mask=None, npiece=None,
     2586                         clipthresh=None, clipniter=None, plot=None,
     2587                         getresidual=None, showprogress=None, minnrow=None,
     2588                         outlog=None, blfile=None):
     2589        """\
     2590        Return a scan which has been baselined (all rows) by cubic spline
     2591        function (piecewise cubic polynomial).
     2592
    25562593        Parameters:
    25572594            insitu:       If False a new scantable is returned.
    … …  
    25612598            npiece:       Number of pieces. (default is 2)
    25622599            clipthresh:   Clipping threshold. (default is 3.0, unit: sigma)
    2563             clipniter:    maximum number of iteration of 'clipthresh'-sigma clipping (default is 0)
     2600            clipniter:    maximum number of iteration of 'clipthresh'-sigma
     2601                          clipping (default is 0)
    25642602            plot:     *** CURRENTLY UNAVAILABLE, ALWAYS FALSE ***
    25652603                          plot the fit and the residual. In this each
    … …  
    25792617
    25802618        Example:
    2581             # return a scan baselined by a cubic spline consisting of 2 pieces (i.e., 1 internal knot),
     2619            # return a scan baselined by a cubic spline consisting of 2 pieces
     2620            # (i.e., 1 internal knot),
    25822621            # also with 3-sigma clipping, iteration up to 4 times
    25832622            bscan = scan.cspline_baseline(npiece=2,clipthresh=3.0,clipniter=4)
    … …  
    26092648
    26102649            #CURRENTLY, PLOT=true UNAVAILABLE UNTIL cubic spline fitting is implemented as a fitter method.
    2611             workscan._cspline_baseline(mask, npiece, clipthresh, clipniter, getresidual, pack_progress_params(showprogress, minnrow), outlog, blfile)
     2650            workscan._cspline_baseline(mask, npiece, clipthresh, clipniter,
     2651                                       getresidual,
     2652                                       pack_progress_params(showprogress,
     2653                                                            minnrow), outlog,
     2654                                       blfile)
    26122655            workscan._add_history("cspline_baseline", varlist)
    26132656           
    … …  
    26212664
    26222665    @asaplog_post_dec
    2623     def auto_cspline_baseline(self, insitu=None, mask=None, npiece=None, clipthresh=None, clipniter=None,
    2624                               edge=None, threshold=None, chan_avg_limit=None, getresidual=None, plot=None,
    2625                               showprogress=None, minnrow=None, outlog=None, blfile=None):
     2666    def auto_cspline_baseline(self, insitu=None, mask=None, npiece=None,
     2667                              clipthresh=None, clipniter=None,
     2668                              edge=None, threshold=None, chan_avg_limit=None,
     2669                              getresidual=None, plot=None,
     2670                              showprogress=None, minnrow=None, outlog=None,
     2671                              blfile=None):
    26262672        """\
    26272673        Return a scan which has been baselined (all rows) by cubic spline
    … …  
    26372683            npiece:         Number of pieces. (default is 2)
    26382684            clipthresh:     Clipping threshold. (default is 3.0, unit: sigma)
    2639             clipniter:      maximum number of iteration of 'clipthresh'-sigma clipping (default is 0)
     2685            clipniter:      maximum number of iteration of 'clipthresh'-sigma
     2686                            clipping (default is 0)
    26402687            edge:           an optional number of channel to drop at
    26412688                            the edge of spectrum. If only one value is
    … …  
    27792826            if plot:
    27802827                outblfile = (blfile != "") and \
    2781                     os.path.exists(os.path.expanduser(os.path.expandvars(blfile)))
     2828                    os.path.exists(os.path.expanduser(
     2829                                    os.path.expandvars(blfile))
     2830                                   )
    27822831                if outblfile:
    27832832                    blf = open(blfile, "a")
    … …  
    28202869                f._p = None
    28212870
    2822                 if outblfile: blf.close()
     2871                if outblfile:
     2872                    blf.close()
    28232873            else:
    28242874                workscan._poly_baseline(mask, order, getresidual,
    … …  
    29533003                    masklist = workscan.get_masklist(f.mask, row=r, silent=True)
    29543004                    #workscan._append_blinfo(blpars, masklist, f.mask)
    2955                     workscan._setspectrum((f.fitter.getresidual() \
    2956                                                if getresidual else f.fitter.getfit()), r)
     3005                    workscan._setspectrum(
     3006                        (f.fitter.getresidual() if getresidual
     3007                                                else f.fitter.getfit()), r
     3008                        )
    29573009
    29583010                    if outblfile:
    … …  
    31373189            return s
    31383190
    3139     def set_sourcetype(self, match, matchtype="pattern",
     3191    @preserve_selection
     3192    def set_sourcetype(self, match, matchtype="pattern",
    31403193                       sourcetype="reference"):
    31413194        """\
    … …  
    31733226        else:
    31743227            sel.set_query("SRCNAME == %s('%s')" % (matchtype, match))
    3175         self.set_selection(basesel+sel)
    31763228        self._setsourcetype(stype)
    3177         self.set_selection(basesel)
    31783229        self._add_history("set_sourcetype", varlist)
    31793230
    … …  
    32953346            s = scantable(self._math._unaryop(self, other, "ADD", False))
    32963347        elif isinstance(other, list) or isinstance(other, numpy.ndarray):
    3297             if isinstance(other[0], list) or isinstance(other[0], numpy.ndarray):
     3348            if isinstance(other[0], list) \
     3349                    or isinstance(other[0], numpy.ndarray):
    32983350                from asapmath import _array2dOp
    32993351                s = _array2dOp( self.copy(), other, "ADD", False )
    33003352            else:
    3301                 s = scantable( self._math._arrayop( self.copy(), other, "ADD", False ) )
     3353                s = scantable( self._math._arrayop( self.copy(), other,
     3354                                                    "ADD", False ) )
    33023355        else:
    33033356            raise TypeError("Other input is not a scantable or float value")
    … …  
    33173370            s = scantable(self._math._unaryop(self, other, "SUB", False))
    33183371        elif isinstance(other, list) or isinstance(other, numpy.ndarray):
    3319             if isinstance(other[0], list) or isinstance(other[0], numpy.ndarray):
     3372            if isinstance(other[0], list) \
     3373                    or isinstance(other[0], numpy.ndarray):
    33203374                from asapmath import _array2dOp
    33213375                s = _array2dOp( self.copy(), other, "SUB", False )
    33223376            else:
    3323                 s = scantable( self._math._arrayop( self.copy(), other, "SUB", False ) )
     3377                s = scantable( self._math._arrayop( self.copy(), other,
     3378                                                    "SUB", False ) )
    33243379        else:
    33253380            raise TypeError("Other input is not a scantable or float value")
    … …  
    33393394            s = scantable(self._math._unaryop(self, other, "MUL", False))
    33403395        elif isinstance(other, list) or isinstance(other, numpy.ndarray):
    3341             if isinstance(other[0], list) or isinstance(other[0], numpy.ndarray):
     3396            if isinstance(other[0], list) \
     3397                    or isinstance(other[0], numpy.ndarray):
    33423398                from asapmath import _array2dOp
    33433399                s = _array2dOp( self.copy(), other, "MUL", False )
    33443400            else:
    3345                 s = scantable( self._math._arrayop( self.copy(), other, "MUL", False ) )
     3401                s = scantable( self._math._arrayop( self.copy(), other,
     3402                                                    "MUL", False ) )
    33463403        else:
    33473404            raise TypeError("Other input is not a scantable or float value")
    … …  
    33643421            s = scantable(self._math._unaryop(self, other, "DIV", False))
    33653422        elif isinstance(other, list) or isinstance(other, numpy.ndarray):
    3366             if isinstance(other[0], list) or isinstance(other[0], numpy.ndarray):
     3423            if isinstance(other[0], list) \
     3424                    or isinstance(other[0], numpy.ndarray):
    33673425                from asapmath import _array2dOp
    33683426                s = _array2dOp( self.copy(), other, "DIV", False )
    33693427            else:
    3370                 s = scantable( self._math._arrayop( self.copy(), other, "DIV", False ) )
     3428                s = scantable( self._math._arrayop( self.copy(), other,
     3429                                                    "DIV", False ) )
    33713430        else:
    33723431            raise TypeError("Other input is not a scantable or float value")
    … …  
    33913450        return fit.as_dict()
    33923451
     3452    @preserve_selection
    33933453    def flag_nans(self):
    33943454        """\
    … …  
    34043464            bnans = [ bool(v) for v in nans]
    34053465            self.flag(bnans)
    3406         self.set_selection(basesel)
    34073466
    34083467    def get_row_selector(self, rowno):
    3409         #return selector(beams=self.getbeam(rowno),
    3410         #                ifs=self.getif(rowno),
    3411         #                pols=self.getpol(rowno),
    3412         #                scans=self.getscan(rowno),
    3413         #                cycles=self.getcycle(rowno))
    34143468        return selector(rows=[rowno])
    34153469
    … …  
    34233477        hist = dstr+sep
    34243478        hist += funcname+sep#cdate+sep
    3425         if parameters.has_key('self'): del parameters['self']
     3479        if parameters.has_key('self'):
     3480            del parameters['self']
    34263481        for k, v in parameters.iteritems():
    34273482            if type(v) is dict:
    … …  
    34803535
    34813536    def _check_ifs(self):
    3482         #nchans = [self.nchan(i) for i in range(self.nif(-1))]
     3537#        return len(set([self.nchan(i) for i in self.getifnos()])) == 1
    34833538        nchans = [self.nchan(i) for i in self.getifnos()]
    34843539        nchans = filter(lambda t: t > 0, nchans)
    … …  
    34863541
    34873542    @asaplog_post_dec
    3488     #def _fill(self, names, unit, average, getpt, antenna):
    34893543    def _fill(self, names, unit, average, opts={}):
    34903544        first = True
    … …  
    35083562                rx = rcParams['scantable.reference']
    35093563                r.setreferenceexpr(rx)
    3510             #r = filler(tbl)
    3511             #rx = rcParams['scantable.reference']
    3512             #r.setreferenceexpr(rx)
    35133564            msg = "Importing %s..." % (name)
    35143565            asaplog.push(msg, False)
    3515             #opts = {'ms': {'antenna' : antenna, 'getpt': getpt} }
    3516             r.open(name, opts)# antenna, -1, -1, getpt)
     3566            r.open(name, opts)
    35173567            r.fill()
    35183568            if average:
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.