Changeset 1637 for branches/alma/python


Ignore:
Timestamp:
09/25/09 19:04:34 (15 years ago)
Author:
WataruKawasaki
Message:

New Development: No

JIRA Issue: Yes (CAS-1434)

Ready to Release: Yes

Interface Changes: No

What Interface Changed:

Test Programs:

Put in Release Notes: No

Module(s):

Description: modified poly_baseline() and auto_poly_baseline()

so that FLAGTRA info is properly used in baseline fitting.


File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • branches/alma/python/scantable.py

    r1631 r1637  
    15211521        if mask is None:
    15221522            mask = [True for i in xrange(self.nchan(-1))]
     1523       
    15231524        from asap.asapfitter import fitter
    15241525        try:
    15251526            f = fitter()
    1526             f.set_scan(self, mask)
    15271527            if uselin:
    15281528                f.set_function(lpoly=order)
    15291529            else:
    15301530                f.set_function(poly=order)
    1531             s = f.auto_fit(insitu, plot=plot)
    1532             # Save parameters of baseline fits as a class attribute.
    1533             # NOTICE: It does not reflect changes in scantable!
    1534             self.blpars = f.blpars
     1531
     1532            rows = range(self.nrow())
     1533            if len(rows) > 0:
     1534                self.blpars = []
     1535           
     1536            for r in rows:
     1537                # take into account flagtra info (CAS-1434)
     1538                flagtra = self._getmask(r)
     1539                actualmask = mask[:]
     1540                if len(actualmask) == 0:
     1541                    actualmask = list(flagtra[:])
     1542                else:
     1543                    if len(actualmask) != len(flagtra):
     1544                        raise RuntimeError, "Mask and flagtra have different length"
     1545                    else:
     1546                        for i in range(0, len(actualmask)):
     1547                            actualmask[i] = actualmask[i] and flagtra[i]
     1548                f.set_scan(self, actualmask)
     1549                f.x = self._getabcissa(r)
     1550                f.y = self._getspectrum(r)
     1551                f.data = None
     1552                f.fit()
     1553                fpar = f.get_parameters()
     1554                self.blpars.append(fpar)
     1555               
     1556            #f.set_scan(self, mask)
     1557            #s = f.auto_fit(insitu, plot=plot)
     1558            ## Save parameters of baseline fits as a class attribute.
     1559            ## NOTICE: It does not reflect changes in scantable!
     1560            #self.blpars = f.blpars
    15351561            s._add_history("poly_baseline", varlist)
    15361562            print_log()
     
    16501676                    curedge = edge[workscan.getif(r)]
    16511677
     1678            # take into account flagtra info (CAS-1434)
     1679            flagtra = workscan._getmask(r)
     1680            actualmask = mask[:]
     1681            if len(actualmask) == 0:
     1682                actualmask = list(flagtra[:])
     1683            else:
     1684                if len(actualmask) != len(flagtra):
     1685                    raise RuntimeError, "Mask and flagtra have different length"
     1686                else:
     1687                    for i in range(0, len(actualmask)):
     1688                        actualmask[i] = actualmask[i] and flagtra[i]
     1689
    16521690            # setup line finder
    1653             fl.find_lines(r, mask, curedge)
     1691            fl.find_lines(r, actualmask, curedge)
    16541692            outmask=fl.get_mask()
    16551693            f.set_scan(workscan, fl.get_mask())
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.