Changeset 1393 for branches/alma


Ignore:
Timestamp:
08/01/07 02:54:51 (17 years ago)
Author:
TakTsutsumi
Message:

Changes to handle GBT MS data

Location:
branches/alma/external/atnf/PKSIO
Files:
10 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • branches/alma/external/atnf/PKSIO/PKSFITSreader.cc

    r1325 r1393  
    2626//#                        Charlottesville, VA 22903-2475 USA
    2727//#
    28 //# $Id: PKSFITSreader.cc,v 19.12 2006/07/05 04:49:57 mcalabre Exp $
     28//# $Id$
    2929//#---------------------------------------------------------------------------
    3030//# Original: 2000/08/02, Mark Calabretta, ATNF
    … …  
    142142        Double &mjd,
    143143        Double &refFreq,
    144         Double &bandwidth)
     144        Double &bandwidth,
     145        String &fluxunit)
    145146{
    146147  char   datobs[32], dopplerFrame_[32], observer_[32], obsType_[32],
    … …  
    155156  }
    156157
     158  fluxunit = "";
    157159  observer = trim(observer_);
    158160  project  = trim(project_);

  • branches/alma/external/atnf/PKSIO/PKSFITSreader.h

    r1325 r1393  
    2626//#                        Charlottesville, VA 22903-2475 USA
    2727//#
    28 //# $Id: PKSFITSreader.h,v 19.11 2006/07/05 04:49:57 mcalabre Exp $
     28//# $Id$
    2929//#---------------------------------------------------------------------------
    3030//# This class is basically a wrapper class for reading data from either an
    … …  
    8686        Double &mjd,
    8787        Double &refFreq,
    88         Double &bandwidth);
     88        Double &bandwidth,
     89        String &fluxunit);
    8990
    9091    // Get frequency parameters for each IF.

  • branches/alma/external/atnf/PKSIO/PKSMS2reader.cc

    r1325 r1393  
    2626//#                        Charlottesville, VA 22903-2475 USA
    2727//#
    28 //# $Id: PKSMS2reader.cc,v 19.11 2006/07/05 04:59:20 mcalabre Exp $
     28//# $Id$
    2929//#---------------------------------------------------------------------------
    3030//# Original: 2000/08/03, Mark Calabretta, ATNF
    … …  
    3838#include <ms/MeasurementSets/MSColumns.h>
    3939#include <tables/Tables.h>
     40#include <casa/Quanta/MVTime.h>
     41#include <casa/Quanta/MVAngle.h>
     42#include <casa/BasicMath/Math.h>
     43#include <measures/Measures/MeasConvert.h>
     44#include <measures/Measures/MEpoch.h>
     45#include <measures/Measures/MeasRef.h>
     46
    4047
    4148// Parkes includes.
    … …  
    8491
    8592  cPKSMS  = MeasurementSet(msName);
     93  // taql access to the syscal table
     94  String tmpcalName = msName;
     95  tmpcalName.append("/SYSCAL");
     96  cSysCalTab = Table(tmpcalName);
     97
    8698  cIdx    = 0;
     99  lastmjd = 0.0;
    87100  cNRow   = cPKSMS.nrow();
    88101  cMSopen = True;
    … …  
    111124  cFieldIdCol.reference(msCols.fieldId());
    112125  cFieldNameCol.reference(fieldCols.name());
     126  cFieldDelayDirCol.reference(fieldCols.delayDir());
    113127
    114128  cSrcIdCol.reference(fieldCols.sourceId());
     129  cSrcId2Col.reference(sourceCols.sourceId());
    115130  cSrcNameCol.reference(sourceCols.name());
    116131  cSrcDirCol.reference(sourceCols.direction());
    … …  
    120135  cStateIdCol.reference(msCols.stateId());
    121136  cObsModeCol.reference(stateCols.obsMode());
    122 
     137  cCalCol.reference(stateCols.cal());
     138  cSigStateCol.reference(stateCols.sig());
     139  cRefStateCol.reference(stateCols.ref());
    123140  cDataDescIdCol.reference(msCols.dataDescId());
     141  cSpWinIdCol.reference(dataDescCols.spectralWindowId());
    124142  cChanFreqCol.reference(spWinCols.chanFreq());
    125143
    … …  
    142160    cTsysCol.attach(cPKSMS.sysCal(), "TSYS");
    143161  }
     162 
     163  if ((cHaveTcal = cPKSMS.sysCal().tableDesc().isColumn("TCAL"))) {
     164    cTcalCol.attach(cPKSMS.sysCal(), "TCAL");
     165  }
    144166
    145167  if ((cHaveCalFctr = cPKSMS.tableDesc().isColumn("CALFCTR"))) {
    … …  
    157179  cFlagCol.reference(msCols.flag());
    158180
     181
    159182  if ((cGetXPol = cPKSMS.isColumn(MSMainEnums::DATA))) {
    160183    if ((cHaveXCalFctr = cPKSMS.tableDesc().isColumn("XCALFCTR"))) {
    … …  
    177200
    178201  // Number of IFs.
    179   uInt nIF = dataDescCols.nrow();
     202  //uInt nIF = dataDescCols.nrow();
     203  uInt nIF =spWinCols.nrow();
    180204  IFs.resize(nIF);
    181205  IFs = True;
    … …  
    253277        Double &mjd,
    254278        Double &refFreq,
    255         Double &bandwidth)
     279        Double &bandwidth,
     280        String &fluxunit)
    256281{
    257282  if (!cMSopen) {
    … …  
    277302  }
    278303
     304  fluxunit = "";
     305  const TableRecord& keywordSet
     306     = cFloatDataCol.columnDesc().keywordSet();
     307  if(keywordSet.isDefined("UNIT")) {
     308    fluxunit = keywordSet.asString("UNIT");
     309  }
    279310
    280311  // Coordinate equinox.
    … …  
    538569  Int ibeam;
    539570  Int iIF;
     571  Int iDataDesc;
     572
    540573  while (True) {
    541574    ibeam = cBeamNoCol(cIdx);
    542     iIF   = cDataDescIdCol(cIdx);
     575    iDataDesc   = cDataDescIdCol(cIdx);
     576    iIF   =cSpWinIdCol(iDataDesc);
    543577    if (cBeams(ibeam) && cIFs(iIF)) {
    544578      break;
    … …  
    552586
    553587  // Renumerate scan no. Here still is 1-based
    554   scanNo = cScanNoCol(cIdx) - cScanNoCol(0) + 1;
    555 
     588  //scanNo = cScanNoCol(cIdx) - cScanNoCol(0) + 1;
     589  scanNo = cScanNoCol(cIdx);
     590 
    556591  if (scanNo != cScanNo) {
    557592    // Start of new scan.
    … …  
    576611
    577612  Int srcId = cSrcIdCol(fieldId);
    578   srcName = cSrcNameCol(srcId);
     613  //For source with multiple spectral window setting, this is not
     614  // correct. Source name of srcId may not be at 'srcId'th row of SrcNameCol
     615  //srcName = cSrcNameCol(srcId);
     616  for (uInt irow = 0; irow < cSrcId2Col.nrow(); irow++) {
     617    if (cSrcId2Col(irow) == srcId) {
     618      srcName = cSrcNameCol(irow);
     619    }
     620  }
     621
    579622  srcDir  = cSrcDirCol(srcId);
    580623  srcPM   = cSrcPMCol(srcId);
    … …  
    587630  }
    588631
     632  ROMSAntennaColumns antennaCols(cPKSMS.antenna());
     633  String telescope = antennaCols.name()(0);
     634  Bool cGBT = telescope.contains("GBT");
    589635  // Observation type.
    590636  Int stateId = cStateIdCol(cIdx);
    591   obsMode = cObsModeCol(stateId);
     637  if (stateId == -1) {
     638    //obsMode = " ";
     639  } else {
     640    obsMode = cObsModeCol(stateId);
     641    Bool sigState =cSigStateCol(stateId);
     642    Bool refState =cRefStateCol(stateId);
     643    //DEBUG
     644    //cerr <<"stateid="<<stateId<<" obsmode="<<obsMode<<endl;
     645    if (cGBT) {
     646      // split the obsMode string and append a proper label
     647      // (these are GBT specific)
     648      int epos = obsMode.find_first_of(':');
     649      int nextpos = obsMode.find_first_of(':',epos+1);
     650      string obsMode1 = obsMode.substr(0,epos);
     651      string obsMode2 = obsMode.substr(epos+1,nextpos-epos-1);
     652     
     653      //cerr <<"obsMode2= "<<obsMode2<<endl;
     654      if (!srcName.contains("_ps")
     655          &&!srcName.contains("_psr")
     656          &&!srcName.contains("_nod")
     657          &&!srcName.contains("_fs")
     658          &&!srcName.contains("_fsr")) {
     659        // if Nod mode observation , append '_nod'
     660        if (obsMode1 == "Nod") {
     661          srcName.append("_nod");
     662        } else if (obsMode1 == "OffOn") {
     663        // for GBT position switch observations (OffOn or OnOff)
     664          if (obsMode2 == "PSWITCHON") srcName.append("_ps");
     665          if (obsMode2 == "PSWITCHOFF") srcName.append("_psr");
     666        } else {
     667          if (obsMode2 == "FSWITCH") {
     668          // for GBT frequency switch mode
     669            if (sigState) srcName.append("_fs");
     670            if (refState) srcName.append("_fsr");
     671          }
     672        }
     673      }
     674    }
     675  }
     676  // CAL state
     677  // this should be apply just for GBT data?
     678  Double Cal;
     679  if (stateId==-1) {
     680    Cal = 0;
     681  } else {
     682    Cal = cCalCol(stateId);
     683  }
     684  if (cGBT) {
     685    if (Cal > 0 && !srcName.contains("_calon")) {
     686      srcName.append("_calon");
     687    }
     688  }
    592689
    593690  IFno = iIF + 1;
    594691  Int nChan = abs(cEndChan(iIF) - cStartChan(iIF)) + 1;
    595 
     692 
    596693  // Minimal handling on continuum data.
    597694  Vector<Double> chanFreq = cChanFreqCol(iIF);
    … …  
    607704      freqInc = chanFreq(0) - chanFreq(1);
    608705    }
    609 
    610706    refFreq  = chanFreq(cRefChan(iIF)-1);
    611707    restFreq = cSrcRestFrqCol(srcId)(IPosition(1,0));
    … …  
    616712  tcal      = 0.0f;
    617713  tcalTime  = "";
    618   azimuth   = 0.0f;
    619   elevation = 0.0f;
     714  //azimuth   = 0.0f;
     715  //elevation = 0.0f;
    620716  parAngle  = 0.0f;
    621717  focusAxi  = 0.0f;
    … …  
    649745  beamNo  = ibeam + 1;
    650746
    651   Matrix<Double> pointingDir = cPointingCol(fieldId);
    652   direction = pointingDir.column(0);
    653   uInt ncols = pointingDir.ncolumn();
     747  //Matrix<Double> pointingDir = cPointingCol(fieldId);
     748  //pointingDir = cPointingCol(fieldId);
     749  //direction = pointingDir.column(0);
     750  //uInt ncols = pointingDir.ncolumn();
     751  //if (ncols == 1) {
     752  //  scanRate = 0.0f;
     753  //} else {
     754  //  scanRate  = pointingDir.column(1);
     755  //}
     756
     757  // Get direction from FIELD table
     758  // here, assume direction to be the field direction not pointing
     759  Matrix<Double> delayDir = cFieldDelayDirCol(fieldId);
     760  direction = delayDir.column(0);
     761  uInt ncols = delayDir.ncolumn();
    654762  if (ncols == 1) {
    655763    scanRate = 0.0f;
    656764  } else {
    657     scanRate  = pointingDir.column(1);
    658   }
     765    scanRate  = delayDir.column(1);
     766  }
     767
     768  // caluculate azimuth and elevation
     769  // first, get the reference frame
     770  MVPosition mvpos(antennaCols.position()(0));
     771  MPosition mp(mvpos);
     772  Quantum<Double> qt(time,"s");
     773  MVEpoch mvt(qt);
     774  MEpoch me(mvt);
     775  MeasFrame frame(mp, me);
     776  //
     777  ROMSFieldColumns fldCols(cPKSMS.field());
     778  Vector<MDirection> vmd(1);
     779  MDirection md;
     780  fldCols.delayDirMeasCol().get(fieldId,vmd);
     781  md = vmd[0];
     782  //Vector<Double> dircheck = md.getAngle("rad").getValue();
     783  //cerr<<"dircheck="<<dircheck<<endl;
     784
     785  Vector<Double> azel =
     786        MDirection::Convert(md, MDirection::Ref(MDirection::AZEL,
     787                                                frame)
     788                            )().getAngle("rad").getValue();
     789  //cerr<<"azel="<<azel<<endl;
     790  azimuth = azel[0];
     791  elevation = azel[1];
    659792
    660793  // Get Tsys assuming that entries in the SYSCAL table match the main table.
    … …  
    675808  cSigmaCol.get(cIdx, sigma, True);
    676809
     810  //get Tcal if available
     811  if (cHaveTcal) {
     812    Int nTcalColRow = cTcalCol.nrow();
     813    uInt nBeam = cBeams.nelements();
     814    uInt nIF = cIFs.nelements();
     815    uInt nrws = nBeam * nIF;
     816    if (nTcalColRow > 0) { 
     817    // find tcal match with the data with the data time stamp
     818      Double mjds = mjd*(24*3600);
     819      Double dtcalTime;
     820      if ( mjd > lastmjd || cIdx==0 ) {
     821        //Table tmptab = cSysCalTab(near(cSysCalTab.col("TIME"),mjds));
     822        tmptab = cSysCalTab(near(cSysCalTab.col("TIME"),mjds), nrws);
     823        //DEBUG
     824        //if (cIdx == 0) {
     825        //  cerr<<"inital table retrieved"<<endl;
     826        //}
     827       
     828      }
     829
     830      if (nBeam == 1) {
     831        tmptab2 = tmptab( tmptab.col("SPECTRAL_WINDOW_ID") == iIF, 1);
     832      } else {
     833        tmptab2 = tmptab( tmptab.col("SPECTRAL_WINDOW_ID") == iIF &&
     834                              tmptab.col("FEED_ID") == ibeam , 1);
     835      }
     836      //cerr<<"first subtab rows="<<tmptab.nrow()<<endl;
     837      int syscalrow = tmptab2.nrow();
     838      ROArrayColumn<Float> tcalCol(tmptab2, "TCAL");
     839      ROScalarColumn<Double> tcalTimeCol(tmptab2, "TIME");
     840      if (syscalrow==0) {
     841        cerr<<"Cannot find any matching Tcal at/near the data timestamp."
     842           << " Set Tcal=0.0"<<endl;
     843      } else {
     844        tcalCol.get(0, tcal);
     845        tcalTimeCol.get(0,dtcalTime);
     846        tcalTime = MVTime(dtcalTime/(24*3600)).string(MVTime::YMD);
     847        //DEBUG
     848        //cerr<<"cIdx:"<<cIdx<<" tcal="<<tcal<<" tcalTime="<<tcalTime<<endl;
     849        tmptab.markForDelete();
     850        tmptab2.markForDelete();
     851      }
     852    }
     853    lastmjd = mjd;
     854  }
     855
    677856  // Calibration factors (if available).
    678857  calFctr.resize(cNPol(iIF));
    … …  
    695874    baseSub.resize(0,0);
    696875  }
    697 
    698876
    699877  // Get spectral data.
    … …  
    780958  Int ibeam;
    781959  Int iIF;
     960  Int iDataDesc;
    782961  while (True) {
    783962    ibeam = cBeamNoCol(cIdx);
    784     iIF   = cDataDescIdCol(cIdx);
     963    //iIF   = cDataDescIdCol(cIdx);
     964    iDataDesc   = cDataDescIdCol(cIdx);
     965    iIF   = cSpWinIdCol(iDataDesc);
    785966    if (cBeams(ibeam) && cIFs(iIF)) {
    786967      break;
    … …  
    794975
    795976  IFno = iIF + 1;
    796 
    797977  // Get Tsys assuming that entries in the SYSCAL table match the main table.
    798978  cTsysCol.get(cIdx, tsys, True);

  • branches/alma/external/atnf/PKSIO/PKSMS2reader.h

    r1325 r1393  
    2626//#                        Charlottesville, VA 22903-2475 USA
    2727//#
    28 //# $Id: PKSMS2reader.h,v 19.12 2006/07/05 04:55:45 mcalabre Exp $
     28//# $Id$
    2929//#---------------------------------------------------------------------------
    3030//# Original: 2000/08/03, Mark Calabretta, ATNF
    … …  
    8383        Double &mjd,
    8484        Double &refFreq,
    85         Double &bandwidth);
     85        Double &bandwidth,
     86        String &fluxunit);
    8687
    8788    // Get frequency parameters for each IF.
    … …  
    168169  private:
    169170    Bool   cHaveBaseLin, cHaveCalFctr, cHaveSrcVel, cHaveTsys, cHaveXCalFctr,
    170            cMSopen;
     171           cMSopen, cHaveTcal;
    171172    Int    cCycleNo, cIdx, cNRow, cScanNo;
    172     Double cTime;
     173    Double cTime, lastmjd;
    173174    Vector<Int>    cEndChan, cRefChan, cStartChan;
    174175    Vector<Bool>   cBeams, cIFs;
    175176    Vector<Slicer> cDataSel;
    176177    MeasurementSet cPKSMS;
     178    Table          cSysCalTab, tmptab, tmptab2;
    177179
    178180    ROScalarColumn<Int>     cScanNoCol;
    … …  
    181183    ROScalarColumn<Int>     cFieldIdCol;
    182184    ROScalarColumn<String>  cFieldNameCol;
     185    ROArrayColumn<Double>   cFieldDelayDirCol;
    183186    ROScalarColumn<Int>     cSrcIdCol;
     187    ROScalarColumn<Int>     cSrcId2Col;
    184188    ROScalarColumn<String>  cSrcNameCol;
    185189    ROArrayColumn<Double>   cSrcDirCol;
    … …  
    187191    ROArrayColumn<Double>   cSrcVelCol;
    188192    ROScalarColumn<Int>     cStateIdCol;
     193    ROScalarColumn<Double>  cCalCol;   
    189194    ROScalarColumn<String>  cObsModeCol;
    190195    ROArrayColumn<Double>   cSrcRestFrqCol;
    191196    ROScalarColumn<Int>     cDataDescIdCol;
     197    ROScalarColumn<Int>     cSpWinIdCol;
    192198    ROArrayColumn<Double>   cChanFreqCol;
    193199    ROScalarColumn<Double>  cWeatherTimeCol;
    … …  
    195201    ROScalarColumn<Float>   cPressureCol;
    196202    ROScalarColumn<Float>   cHumidityCol;
     203    ROArrayColumn<Float>    cTcalCol;
    197204    ROScalarColumn<Int>     cBeamNoCol;
    198205    ROArrayColumn<Double>   cPointingCol;
    … …  
    207214    ROArrayColumn<Complex>  cDataCol;
    208215    ROScalarColumn<Int>     cNumReceptorCol;
     216    ROScalarColumn<Bool>    cSigStateCol;
     217    ROScalarColumn<Bool>    cRefStateCol;
     218   
    209219};
    210220

  • branches/alma/external/atnf/PKSIO/PKSMS2writer.cc

    r1325 r1393  
    3838#include <casa/BasicSL/Constants.h>
    3939#include <casa/Quanta/QC.h>
     40#include <casa/Logging/LogIO.h>
    4041#include <measures/Measures/Stokes.h>
    4142#include <tables/Tables/ArrColDesc.h>
    … …  
    8182        const Vector<uInt> nPol,
    8283        const Vector<Bool> haveXPol,
    83         const Bool   haveBase)
     84        const Bool   haveBase,
     85        const String fluxUnit)
    8486{
    8587  // Open a MS table.
    … …  
    9294  Int maxNPol = max(cNPol);
    9395
     96  // check if it is GBT data
     97  cGBT = antName.contains("GBT");
    9498
    9599  // Add the non-standard CALFCTR column.
    … …  
    99103  // Add the optional FLOAT_DATA column.
    100104  MS::addColumnToDesc(pksDesc, MS::FLOAT_DATA, 2);
     105  //pksDesc.rwColumnDesc(MS::columnName(MS::FLOAT_DATA)).rwKeywordSet().
     106  //              define("UNIT", String("Jy"));
    101107  pksDesc.rwColumnDesc(MS::columnName(MS::FLOAT_DATA)).rwKeywordSet().
    102                 define("UNIT", String("Jy"));
     108                define("UNIT", fluxUnit);
    103109  pksDesc.rwColumnDesc(MS::columnName(MS::FLOAT_DATA)).rwKeywordSet().
    104110                define("MEASURE_TYPE", "");
    … …  
    350356  } else if (dopplerFrame == "SOURCE") {
    351357    MFrequency::getType(cDopplerFrame, "REST");
     358  } else if (dopplerFrame == "LSRK") {
     359    MFrequency::getType(cDopplerFrame, "LSRK");
    352360  }
    353361
    … …  
    357365  addDopplerEntry();
    358366  addFeedEntry();
    359   addObservationEntry(observer, project);
     367  //addObservationEntry(observer, project);
     368  addObservationEntry(observer, project, antName);
    360369  addProcessorEntry();
    361370
    … …  
    446455
    447456  // SYSCAL subtable.
    448   addSysCalEntry(beamNo, iIF, time, interval, tcal, tsys);
     457  addSysCalEntry(beamNo, iIF, time, interval, tcal, tsys, nPol);
     458
    449459
    450460  // Handle weather information.
    … …  
    499509    }
    500510  }
    501 
    502511  // Transpose spectra.
    503512  Matrix<Float> tmpData(nPol, nChan);
    … …  
    509518    }
    510519  }
    511 
    512520  cCalFctrCol->put(irow, calFctr);
    513521  cMSCols->floatData().put(irow, tmpData);
    … …  
    522530  cMSCols->sigma().put(irow, sigma);
    523531
    524   Vector<Float> weight(1, 1.0f);
     532  //Vector<Float> weight(1, 1.0f);
     533  Vector<Float> weight(nPol, 1.0f);
    525534  cMSCols->weight().put(irow, weight);
    526535
    527536  // Flag information.
    528537  Cube<Bool> flags(nPol, nChan, 1, False);
    529   cMSCols->flag().put(irow, flags.xyPlane(0));
     538  //cMSCols->flag().put(irow, flags.xyPlane(0));
    530539  cMSCols->flagCategory().put(irow, flags);
    531540  cMSCols->flagRow().put(irow, False);
    … …  
    601610  Int n = cAntenna.nrow() - 1;
    602611
     612  // do specific things for GBT
    603613  // Data.
    604614  cAntennaCols->name().put(n, antName);
    605   cAntennaCols->station().put(n, "ATNF_PARKES");
     615  //cAntennaCols->station().put(n, "ATNF_PARKES");
     616  if (cGBT) {
     617    cAntennaCols->station().put(n, "GREENBANK");
     618  }
     619  else {
     620    cAntennaCols->station().put(n, "ATNF_PARKES");
     621  }
    606622  cAntennaCols->type().put(n, "GROUND-BASED");
    607623  cAntennaCols->mount().put(n, "ALT-AZ");
    … …  
    609625  Vector<Double> antOffset(3, 0.0);
    610626  cAntennaCols->offset().put(n, antOffset);
    611   cAntennaCols->dishDiameter().put(n, 64.0);
    612 
     627  //cAntennaCols->dishDiameter().put(n, 64.0);
     628  if (cGBT) {
     629    cAntennaCols->dishDiameter().put(n, 110.0);
     630  }
     631  else {
     632    cAntennaCols->dishDiameter().put(n, 64.0);
     633  }
    613634  // Flags.
    614635  cAntennaCols->flagRow().put(n, False);
    … …  
    723744        const Int srcId)
    724745{
     746
     747  ROScalarColumn<String> fldn(cField, "NAME");
     748  ROScalarColumn<Int> sourceid(cField, "SOURCE_ID");
     749  Int n;
     750  Int nFld = cField.nrow();
     751  for (n = 0; n < nFld; n++) {
     752    if (fldn(n) == fieldName && sourceid(n) == srcId) {
     753      break;
     754    }
     755  }
     756
    725757  // Extend the FIELD subtable.
    726   cField.addRow();
    727   Int n = cField.nrow() - 1;
    728 
    729   // Data.
    730   cFieldCols->name().put(n, fieldName);
    731   cFieldCols->code().put(n, "DRIFT");
    732   cFieldCols->time().put(n, time);
    733 
    734   Matrix<Double> track(2, 2);
    735   track.column(0) = direction;
    736   track.column(1) = scanRate;
    737   cFieldCols->numPoly().put(n, 1);
    738   cFieldCols->delayDir().put(n, track);
    739   cFieldCols->phaseDir().put(n, track);
    740   cFieldCols->referenceDir().put(n, track);
    741   cFieldCols->sourceId().put(n, srcId);
    742 
    743   // Flags.
    744   cFieldCols->flagRow().put(n, False);
     758  if (n == nFld) {
     759    cField.addRow();
     760    //Int n = cField.nrow() - 1;
     761
     762    // Data.
     763    cFieldCols->name().put(n, fieldName);
     764    if (cGBT) {
     765      cFieldCols->code().put(n, " ");
     766    }
     767    else {
     768      cFieldCols->code().put(n, "DRIFT");
     769    }
     770    cFieldCols->time().put(n, time);
     771
     772    //Matrix<Double> track(2, 2);
     773    Matrix<Double> track(2, 1);
     774    track.column(0) = direction;
     775    //track.column(1) = scanRate;
     776    cFieldCols->numPoly().put(n, 1);
     777    cFieldCols->delayDir().put(n, track);
     778    cFieldCols->phaseDir().put(n, track);
     779    cFieldCols->referenceDir().put(n, track);
     780    cFieldCols->sourceId().put(n, srcId);
     781
     782    // Flags.
     783    cFieldCols->flagRow().put(n, False);
     784  }
    745785
    746786  return n;
    … …  
    753793Int PKSMS2writer::addObservationEntry(
    754794        const String observer,
    755         const String project)
     795        const String project,
     796        const String antName)
    756797{
    757798  // Extend the OBSERVATION subtable.
    … …  
    760801
    761802  // Data.
    762   cObservationCols->telescopeName().put(n, "Parkes");
     803  //cObservationCols->telescopeName().put(n, "Parkes");
     804  cObservationCols->telescopeName().put(n, antName);
    763805  Vector<Double> timerange(2, 0.0);
    764806  cObservationCols->timeRange().put(n, timerange);
    … …  
    766808  Vector<String> log(1, "none");
    767809  cObservationCols->log().put(n, log);
    768   cObservationCols->scheduleType().put(n, "ATNF");
     810  //cObservationCols->scheduleType().put(n, "ATNF");
     811  cObservationCols->scheduleType().put(n, "");
    769812  Vector<String> schedule(1, "Not available");
    770813  cObservationCols->schedule().put(n, schedule);
    … …  
    779822
    780823//--------------------------------------------- PKSMS2writer::addPointingEntry
     824
     825// Modified to fill pointing data if the direction is the pointing direction.
     826// So the following comment is no longer true.
    781827
    782828// Add an entry to the POINTING subtable.  This compulsory subtable simply
    … …  
    790836        const Vector<Double> scanRate)
    791837{
    792   // Extend the POINTING subtable.
    793   cPointing.addRow();
    794   Int n = cPointing.nrow() - 1;
    795 
    796   // Keys.
    797   cPointingCols->antennaId().put(n, 0);
    798   cPointingCols->time().put(n, time);
    799   cPointingCols->interval().put(n, interval);
    800 
    801   // Data.
    802   cPointingCols->name().put(n, fieldName);
    803   cPointingCols->numPoly().put(n, 1);
    804   cPointingCols->timeOrigin().put(n, time);
    805 
    806   Matrix<Double> track(2, 2);
    807   track.column(0) = direction;
    808   track.column(1) = scanRate;
    809   cPointingCols->direction().put(n, track);
    810   cPointingCols->target().put(n, track);
    811   cPointingCols->tracking().put(n, True);
    812 
     838
     839  ROScalarColumn<Double> tms(cPointing, "TIME");
     840  Int n;
     841  Int ntm = cPointing.nrow();
     842  for (n = 0; n < ntm; n++) {
     843    if (tms(n) == time) {
     844      break;
     845    }
     846  }
     847
     848  if (n == ntm) {
     849    // Extend the POINTING subtable.
     850    cPointing.addRow();
     851    //Int n = cPointing.nrow() - 1;
     852
     853    // Keys.
     854    cPointingCols->antennaId().put(n, 0);
     855    cPointingCols->time().put(n, time);
     856    cPointingCols->interval().put(n, interval);
     857
     858    // Data.
     859    cPointingCols->name().put(n, fieldName);
     860    cPointingCols->numPoly().put(n, 1);
     861    cPointingCols->timeOrigin().put(n, time);
     862
     863    //Matrix<Double> track(2, 2);
     864    Matrix<Double> track(2, 1);
     865    track.column(0) = direction;
     866    //track.column(1) = scanRate;
     867    cPointingCols->direction().put(n, track);
     868    cPointingCols->target().put(n, track);
     869    cPointingCols->tracking().put(n, True);
     870  }
    813871  return n;
    814872}
    … …  
    833891  // Data.
    834892  Vector<Int> corrType(2);
     893  if (nPol == 1) {
     894  corrType.resize(1);
     895  corrType(0) = Stokes::XX;
     896  }
     897  else {
     898  //Vector<Int> corrType(2);
    835899  corrType(0) = Stokes::XX;
    836900  corrType(1) = Stokes::YY;
     901  }
    837902  cPolarizationCols->corrType().put(n, corrType);
    838903
    839904  Matrix<Int> corrProduct(2,2,1);
     905  if (nPol == 1) {
     906    corrProduct.resize(2,1,1);
     907    corrProduct(1,0) = 0;
     908  }
    840909  if (nPol == 2) {
    841910    corrProduct(1,0) = 0;
    … …  
    9451014
    9461015  // Data.
    947   cSpWindowCols->name().put(n, "L-band");
     1016  //cSpWindowCols->name().put(n, "L-band");
     1017  cSpWindowCols->name().put(n, " ");
    9481018  cSpWindowCols->refFrequency().put(n, refFreq);
    9491019
    … …  
    10271097        const Double interval,
    10281098        const Vector<Float> tcal,
    1029         const Vector<Float> tsys)
    1030 {
     1099        const Vector<Float> tsys,
     1100        const Int nPol)
     1101{
     1102  LogIO os(LogOrigin("PKSMS2writer", "addSysCalEntry()", WHERE));
     1103
    10311104  // Extend the SYSCAL subtable.
    10321105  cSysCal.addRow();
    10331106  Int n = cSysCal.nrow() - 1;
    10341107
     1108  //check fo consistency with n pol
     1109  //here assume size of Tcal vector = npol
     1110  Vector<Float> inTcal(nPol,0);
     1111  Int ndim = tcal.shape()(0);
     1112  Vector<Float> tmpTcal = tcal;
     1113  if (nPol != ndim) {
     1114    os << LogIO::WARN
     1115       << "Found "<< ndim <<" Tcal value(s) for the data with "<<nPol<<" polarization(s)"
     1116       << "(expecting one Tcal per pol)."<<endl
     1117       << "First "<< nPol << " Tcal value(s) will be filled." << LogIO::POST;
     1118    tmpTcal.resize(nPol, True);
     1119    inTcal = tmpTcal;
     1120  }
    10351121  // Keys.
    10361122  cSysCalCols->antennaId().put(n, 0);
    … …  
    10411127
    10421128  // Data.
    1043   cSysCalCols->tcal().put(n, tcal);
     1129  //cSysCalCols->tcal().put(n, tcal);
     1130  cSysCalCols->tcal().put(n, inTcal);
    10441131  cSysCalCols->tsys().put(n, tsys);
    10451132

  • branches/alma/external/atnf/PKSIO/PKSMS2writer.h

    r1325 r1393  
    2626//#                        Charlottesville, VA 22903-2475 USA
    2727//#
    28 //# $Id: PKSMS2writer.h,v 19.11 2006/07/05 05:35:31 mcalabre Exp $
     28//# $Id$
    2929//#---------------------------------------------------------------------------
    3030
    … …  
    6969        const Vector<uInt> nPol,
    7070        const Vector<Bool> haveXPol,
    71         const Bool   haveBase);
     71        const Bool   haveBase,
     72        const String fluxUnit);
    7273
    7374    // Write the next data record.
    … …  
    165166    ScalarColumn<Complex> *cXCalFctrCol;
    166167
     168    // for GBT specific data handling
     169    Bool cGBT;
    167170
    168171    // Add an entry to the ANTENNA subtable.
    … …  
    198201    Int addObservationEntry(
    199202        const String observer,
    200         const String project);
     203        const String project,
     204        const String antName);
    201205
    202206    // Add an entry to the POINTING subtable.
    … …  
    243247        const Double interval,
    244248        const Vector<Float> Tcal,
    245         const Vector<Float> Tsys);
     249        const Vector<Float> Tsys,
     250        const Int nPol);
    246251
    247252    // Add an entry to the WEATHER subtable.

  • branches/alma/external/atnf/PKSIO/PKSSDwriter.cc

    r1325 r1393  
    2626//#                        Charlottesville, VA 22903-2475 USA
    2727//#
    28 //# $Id: PKSSDwriter.cc,v 19.11 2006/07/05 05:41:12 mcalabre Exp $
     28//# $Id$
    2929//#---------------------------------------------------------------------------
    3030
    … …  
    6868        const Vector<uInt> nPol,
    6969        const Vector<Bool> haveXPol,
    70         const Bool   haveBase)
     70        const Bool   haveBase,
     71        const String fluxUnit)
    7172{
    7273  double antPos[3];

  • branches/alma/external/atnf/PKSIO/PKSSDwriter.h

    r1325 r1393  
    2626//#                        Charlottesville, VA 22903-2475 USA
    2727//#
    28 //# $Id: PKSSDwriter.h,v 19.12 2006/07/05 05:37:32 mcalabre Exp $
     28//# $Id$
    2929//# Original: 2000/07/21, Mark Calabretta, ATNF
    3030//#---------------------------------------------------------------------------
    … …  
    6969        const Vector<uInt> nPol,
    7070        const Vector<Bool> haveXPol,
    71         const Bool   haveBase);
     71        const Bool   haveBase,
     72        const String fluxUnit);
    7273
    7374    // Write the next data record.

  • branches/alma/external/atnf/PKSIO/PKSreader.h

    r1325 r1393  
    2626//#                        Charlottesville, VA 22903-2475 USA
    2727//#
    28 //# $Id: PKSreader.h,v 19.11 2006/07/05 05:00:21 mcalabre Exp $
     28//# $Id$
    2929//#---------------------------------------------------------------------------
    3030//# Original: 2000/08/02, Mark Calabretta, ATNF
    … …  
    105105        Double &mjd,
    106106        Double &refFreq,
    107         Double &bandwidth) = 0;
     107        Double &bandwidth,
     108        String &fluxunit) = 0;
    108109
    109110    // Get frequency parameters for each IF.

  • branches/alma/external/atnf/PKSIO/PKSwriter.h

    r1325 r1393  
    2626//#                        Charlottesville, VA 22903-2475 USA
    2727//#
    28 //# $Id: PKSwriter.h,v 19.12 2006/07/05 05:33:31 mcalabre Exp $
     28//# $Id$
    2929//#---------------------------------------------------------------------------
    3030
    … …  
    6262        const Vector<uInt> nPol,
    6363        const Vector<Bool> haveXPol,
    64         const Bool havebase) = 0;
     64        const Bool havebase,
     65        const String fluxUnit) = 0;
    6566
    6667    // Write the next data record.
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.