//
// C++ Implementation: STCalSkyOtfAlma
//
// Description:
//
//
// Author: Takeshi Nakazato <takeshi.nakazato@nao.ac.jp> (C) 2012
//
// Copyright: See COPYING file that comes with this distribution
//
//

#include <vector>
#include "STSelector.h"
#include "STCalSkyOtfAlma.h"
#include "RowAccumulator.h"
#include "STIdxIter.h"
#include "STDefs.h"
#include "EdgeMarker.h"

#include <atnf/PKSIO/SrcType.h>

using namespace std;
using namespace casa;

namespace asap {
  STCalSkyOtfAlma::STCalSkyOtfAlma(CountedPtr<Scantable> &s, bool israster)
    : STCalSkyPSAlma(s),
      israster_(israster)
{}

void STCalSkyOtfAlma::setupSelector(const STSelector &sel)
{
  sel_ = sel;

  // Detect edges using EdgeMarker
  EdgeMarker marker(israster_); 

  // we can set insitu=True since we only need 
  // a list of rows to be marked. No marking is 
  // done here.
  marker.setdata(scantable_, True);  
  marker.setoption(options_);
  marker.detect();
  Block<uInt> rows = marker.getDetectedRows();
  vector<int> vectorRows(rows.nelements());
  for (size_t i = 0; i < vectorRows.size(); ++i)
    vectorRows[i] = rows[i];

  // Set list of row indices to selector
  sel_.setRows(vectorRows);
}

// void STCalSkyOtfAlma::fillCalTable()
// {
//   RowAccumulator acc(W_TINT);
  
//   vector<string> cols(3);
//   cols[0] = "IFNO";
//   cols[1] = "POLNO";
//   cols[2] = "BEAMNO";
//   STIdxIterAcc iter(scantable_, cols);

//   ROScalarColumn<Double> *tcol = new ROScalarColumn<Double>(scantable_->table(), "TIME");
//   Vector<Double> timeSec = tcol->getColumn() * 86400.0;
//   tcol->attach(scantable_->table(), "INTERVAL");
//   Vector<Double> intervalSec = tcol->getColumn();
//   delete tcol;
//   ROScalarColumn<Float> *ecol = new ROScalarColumn<Float>(scantable_->table(), "ELEVATION");
//   Vector<Float> elevation = ecol->getColumn();
//   delete ecol;

//   ROArrayColumn<Float> specCol(scantable_->table(), "SPECTRA");
//   ROArrayColumn<uChar> flagCol(scantable_->table(), "FLAGTRA");
//   ROScalarColumn<uInt> freqidCol(scantable_->table(), "FREQ_ID");

//   // dummy Tsys: the following process doesn't need Tsys but RowAccumulator 
//   //             requires to set it with spectral data
//   Vector<Float> tsys(1, 1.0);

//   Double timeCen = 0.0;
//   Float elCen = 0.0;
//   uInt count = 0;

//   while(!iter.pastEnd()) {
//     Vector<uInt> rows = iter.getRows(SHARE);
//     Vector<uInt> current = iter.current();
//     uInt len = rows.nelements();
//     if (len == 0) {
//       iter.next();
//       continue;
//     }
//     else if (len == 1) {
//       STCalSkyTable *p = dynamic_cast<STCalSkyTable *>(&(*applytable_));
//       uInt irow = rows[0];
//       p->appenddata(0, 0, current[2], current[0], current[1], 
//                     freqidCol(irow), timeSec[irow], elevation[irow], specCol(irow));
//       iter.next();
//       continue;
//     }
    
//     uInt nchan = scantable_->nchan(scantable_->getIF(rows[0]));
//     Vector<uChar> flag(nchan);
//     Vector<Bool> bflag(nchan);
//     Vector<Float> spec(nchan);

//     Vector<Double> timeSep(len); 
//     for (uInt i = 0; i < len-1; i++) {
//       timeSep[i] = timeSec[rows[i+1]] - timeSec[rows[i]] ;
//     }
//     Double tMedian = median(timeSep(IPosition(1,0), IPosition(1,len-2)));
//     timeSep[len-1] = tMedian * 10000.0 ; // any large value

//     uInt irow ;
//     uInt jrow ;
//     for (uInt i = 0; i < len; i++) {
//       irow = rows[i];
//       jrow = (i < len-1) ? rows[i+1] : rows[i];
//       // accumulate data
//       flagCol.get(irow, flag);
//       convertArray(bflag, flag);
//       specCol.get(irow, spec);
//       if ( !allEQ(bflag,True) ) 
//         acc.add( spec, !bflag, tsys, intervalSec[irow], timeSec[irow] ) ;
//       timeCen += timeSec[irow];
//       elCen += elevation[irow];
//       count++;

//       // check time gap
//       double gap = 2.0 * timeSep[i] / (intervalSec[jrow] + intervalSec[irow]);
//       if ( gap > 1.1 ) {
//         if ( acc.state() ) {
//           acc.replaceNaN() ;
// //           const Vector<Bool> &msk = acc.getMask();
// //           convertArray(flag, !msk);
// //           for (uInt k = 0; k < nchan; ++k) {
// //             uChar userFlag = 1 << 7;
// //             if (msk[k]==True) userFlag = 0 << 7;
// //             flag(k) = userFlag;
// //           }
//           timeCen /= (Double)count * 86400.0; // sec->day
//           elCen /= (Float)count;
//           STCalSkyTable *p = dynamic_cast<STCalSkyTable *>(&(*applytable_));
//           p->appenddata(0, 0, current[2], current[0], current[1],
//                         freqidCol(irow), timeCen, elCen, acc.getSpectrum());
//         }
//         acc.reset() ;
//         timeCen = 0.0;
//         elCen = 0.0;
//         count = 0;
//       }
//     }

//     iter.next() ;
//   }
// }

}