source: trunk/src/MSFiller.cpp @ 2102

Last change on this file since 2102 was 2102, checked in by Takeshi Nakazato, 13 years ago

New Development: No

JIRA Issue: No

Ready for Test: Yes

Interface Changes: No

What Interface Changed: Please list interface changes

Test Programs: List test programs

Put in Release Notes: Yes/No?

Module(s): Module Names change impacts.

Description: Describe your changes here...

Bug fix on calibration script and polarization type resolution.
File size: 60.1 KB
Line 
1//
2// C++ Interface: MSFiller
3//
4// Description:
5//
6// This class is specific filler for MS format
7//
8// Takeshi Nakazato <takeshi.nakazato@nao.ac.jp>, (C) 2010
9//
10// Copyright: See COPYING file that comes with this distribution
11//
12//
13
14#include <iostream>
15#include <map>
16
17#include <tables/Tables/ExprNode.h>
18#include <tables/Tables/TableIter.h>
19#include <tables/Tables/TableColumn.h>
20#include <tables/Tables/ScalarColumn.h>
21#include <tables/Tables/ArrayColumn.h>
22#include <tables/Tables/TableParse.h>
23#include <tables/Tables/TableRow.h>
24
25#include <casa/Containers/RecordField.h>
26#include <casa/Logging/LogIO.h>
27#include <casa/Arrays/Slicer.h>
28#include <casa/Quanta/MVTime.h>
29#include <casa/OS/Path.h>
30
31#include <measures/Measures/Stokes.h>
32#include <measures/Measures/MEpoch.h>
33#include <measures/Measures/MCEpoch.h>
34#include <measures/Measures/MFrequency.h>
35#include <measures/Measures/MCFrequency.h>
36#include <measures/Measures/MPosition.h>
37#include <measures/Measures/MCPosition.h>
38#include <measures/Measures/MDirection.h>
39#include <measures/Measures/MCDirection.h>
40#include <measures/Measures/MeasConvert.h>
41#include <measures/TableMeasures/ScalarMeasColumn.h>
42#include <measures/TableMeasures/ArrayMeasColumn.h>
43#include <measures/TableMeasures/ScalarQuantColumn.h>
44#include <measures/TableMeasures/ArrayQuantColumn.h>
45
46#include <ms/MeasurementSets/MSAntennaIndex.h>
47
48#include <atnf/PKSIO/SrcType.h>
49
50#include "MSFiller.h"
51#include "STHeader.h"
52
53#include <ctime>
54#include <sys/time.h>
55
56using namespace casa ;
57using namespace std ;
58
59namespace asap {
60double MSFiller::gettimeofday_sec()
61{
62  struct timeval tv ;
63  gettimeofday( &tv, NULL ) ;
64  return tv.tv_sec + (double)tv.tv_usec*1.0e-6 ;
65}
66
67MSFiller::MSFiller( casa::CountedPtr<Scantable> stable )
68  : table_( stable ),
69    tablename_( "" ),
70    antenna_( -1 ),
71    antennaStr_(""),
72    getPt_( False ),
73    isFloatData_( False ),
74    isData_( False ),
75    isDoppler_( False ),
76    isFlagCmd_( False ),
77    isFreqOffset_( False ),
78    isHistory_( False ),
79    isProcessor_( False ),
80    isSysCal_( False ),
81    isWeather_( False ),
82    colTsys_( "TSYS_SPECTRUM" ),
83    colTcal_( "TCAL_SPECTRUM" )
84{
85  os_ = LogIO() ;
86  os_.origin( LogOrigin( "MSFiller", "MSFiller()", WHERE ) ) ;
87}
88
89MSFiller::~MSFiller()
90{
91  os_.origin( LogOrigin( "MSFiller", "~MSFiller()", WHERE ) ) ;
92}
93
94bool MSFiller::open( const std::string &filename, const casa::Record &rec )
95{
96  os_.origin( LogOrigin( "MSFiller", "open()", WHERE ) ) ;
97//   double startSec = gettimeofday_sec() ;
98//   os_ << "start MSFiller::open() startsec=" << startSec << LogIO::POST ;
99  //os_ << "   filename = " << filename << endl ;
100
101  // parsing MS options
102  if ( rec.isDefined( "ms" ) ) {
103    Record msrec = rec.asRecord( "ms" ) ;
104    if ( msrec.isDefined( "getpt" ) ) {
105      getPt_ = msrec.asBool( "getpt" ) ;
106    }
107    if ( msrec.isDefined( "antenna" ) ) {
108      if ( msrec.type( msrec.fieldNumber( "antenna" ) ) == TpInt ) {
109        antenna_ = msrec.asInt( "antenna" ) ;
110      }
111      else {
112        //antenna_ = atoi( msrec.asString( "antenna" ).c_str() ) ;
113        antennaStr_ = msrec.asString( "antenna" ) ;
114      }
115    }
116    else {
117      antenna_ = 0 ;
118    }
119  }
120
121  MeasurementSet *tmpMS = new MeasurementSet( filename, Table::Old ) ;
122  //mstable_ = (*tmpMS)( tmpMS->col("ANTENNA1") == antenna_
123  //                     && tmpMS->col("ANTENNA1") == tmpMS->col("ANTENNA2") ) ;
124  tablename_ = tmpMS->tableName() ;
125  if ( antenna_ == -1 && antennaStr_.size() > 0 ) {
126    MSAntennaIndex msAntIdx( tmpMS->antenna() ) ;
127    Vector<Int> id = msAntIdx.matchAntennaName( antennaStr_ ) ;
128    if ( id.size() > 0 )
129      antenna_ = id[0] ;
130  }
131
132  os_ << "Parsing MS options" << endl ;
133  os_ << "   getPt = " << getPt_ << endl ;
134  os_ << "   antenna = " << antenna_ << endl ;
135  os_ << "   antennaStr = " << antennaStr_ << LogIO::POST ;
136
137  mstable_ = MeasurementSet( (*tmpMS)( tmpMS->col("ANTENNA1") == antenna_
138                                       && tmpMS->col("ANTENNA1") == tmpMS->col("ANTENNA2") ) ) ;
139//   stringstream ss ;
140//   ss << "SELECT FROM $1 WHERE ANTENNA1 == ANTENNA2 && ANTENNA1 == " << antenna_ ;
141//   String taql( ss.str() ) ;
142//   mstable_ = MeasurementSet( tableCommand( taql, *tmpMS ) ) ;
143  delete tmpMS ;
144
145  // check which data column exists
146  isFloatData_ = mstable_.tableDesc().isColumn( "FLOAT_DATA" ) ;
147  isData_ = mstable_.tableDesc().isColumn( "DATA" ) ;
148
149//   double endSec = gettimeofday_sec() ;
150//   os_ << "end MSFiller::open() endSec=" << endSec << " (" << endSec-startSec << "sec)" << LogIO::POST ;
151  return true ;
152}
153
154void MSFiller::fill()
155{
156  os_.origin( LogOrigin( "MSFiller", "fill()", WHERE ) ) ;
157//   double startSec = gettimeofday_sec() ;
158//   os_ << "start MSFiller::fill() startSec=" << startSec << LogIO::POST ;
159
160//   double time0 = gettimeofday_sec() ;
161//   os_ << "start init fill: " << time0 << LogIO::POST ;
162
163  // Initialize header
164  STHeader sdh ; 
165  sdh.nchan = 0 ;
166  sdh.npol = 0 ;
167  sdh.nif = 0 ;
168  sdh.nbeam = 0 ;
169  sdh.observer = "" ;
170  sdh.project = "" ;
171  sdh.obstype = "" ;
172  sdh.antennaname = "" ;
173  sdh.antennaposition.resize( 0 ) ;
174  sdh.equinox = 0.0 ;
175  sdh.freqref = "" ;
176  sdh.reffreq = -1.0 ;
177  sdh.bandwidth = 0.0 ;
178  sdh.utc = 0.0 ;
179  sdh.fluxunit = "" ;
180  sdh.epoch = "" ;
181  sdh.poltype = "" ;
182 
183  // check if optional table exists
184  //const TableRecord msrec = tablesel_.keywordSet() ;
185  const TableRecord msrec = mstable_.keywordSet() ;
186  isDoppler_ = msrec.isDefined( "DOPPLER" ) ;
187  if ( isDoppler_ )
188    if ( mstable_.doppler().nrow() == 0 )
189      isDoppler_ = False ;
190  isFlagCmd_ = msrec.isDefined( "FLAG_CMD" ) ;
191  if ( isFlagCmd_ )
192    if ( mstable_.flagCmd().nrow() == 0 )
193      isFlagCmd_ = False ;
194  isFreqOffset_ = msrec.isDefined( "FREQ_OFFSET" ) ;
195  if ( isFreqOffset_ )
196    if ( mstable_.freqOffset().nrow() == 0 )
197      isFreqOffset_ = False ;
198  isHistory_ = msrec.isDefined( "HISTORY" ) ;
199  if ( isHistory_ )
200    if ( mstable_.history().nrow() == 0 )
201      isHistory_ = False ;
202  isProcessor_ = msrec.isDefined( "PROCESSOR" ) ;
203  if ( isProcessor_ )
204    if ( mstable_.processor().nrow() == 0 )
205      isProcessor_ = False ;
206  isSysCal_ = msrec.isDefined( "SYSCAL" ) ;
207  if ( isSysCal_ )
208    if ( mstable_.sysCal().nrow() == 0 )
209      isSysCal_ = False ;
210  isWeather_ = msrec.isDefined( "WEATHER" ) ;
211  if ( isWeather_ )
212    if ( mstable_.weather().nrow() == 0 )
213      isWeather_ = False ;
214
215  // Access to MS subtables
216  MSField fieldtab = mstable_.field() ;
217  MSPolarization poltab = mstable_.polarization() ;
218  MSDataDescription ddtab = mstable_.dataDescription() ;
219  MSObservation obstab = mstable_.observation() ;
220  MSSource srctab = mstable_.source() ;
221  MSSpectralWindow spwtab = mstable_.spectralWindow() ;
222  MSSysCal caltab = mstable_.sysCal() ;
223  if ( caltab.nrow() == 0 )
224    isSysCal_ = False ;
225  else {
226    if ( !caltab.tableDesc().isColumn( colTcal_ ) )
227      colTcal_ = "TCAL" ;
228    if ( !caltab.tableDesc().isColumn( colTsys_ ) )
229      colTsys_ = "TSYS" ;
230  }
231//   colTcal_ = "TCAL" ;
232//   colTsys_ = "TSYS" ;
233  MSPointing pointtab = mstable_.pointing() ;
234  if ( mstable_.weather().nrow() == 0 )
235    isWeather_ = False ;
236  MSState stattab = mstable_.state() ;
237  MSAntenna anttab = mstable_.antenna() ;
238
239  // TEST
240  // memory allocation by boost::object_pool
241  boost::object_pool<ROTableColumn> *tpoolr = new boost::object_pool<ROTableColumn> ;
242  //
243
244  // SUBTABLES: FREQUENCIES
245  table_->frequencies().setFrame( "LSRK" ) ;
246  table_->frequencies().setFrame( "LSRK", True ) ;
247
248  // SUBTABLES: WEATHER
249  fillWeather() ;
250
251  // SUBTABLES: FOCUS
252  fillFocus() ;
253
254  // SUBTABLES: TCAL
255  fillTcal( tpoolr ) ;
256
257  // SUBTABLES: FIT
258  //fillFit() ;
259
260  // SUBTABLES: HISTORY
261  //fillHistory() ;
262
263  // shared pointers
264  ROTableColumn *tcolr ;
265
266  // MAIN
267  // Iterate over several ids
268  map<Int, uInt> ifmap ; // (IFNO, FREQ_ID) pair
269  ROArrayQuantColumn<Double> *sharedQDArrCol = new ROArrayQuantColumn<Double>( anttab, "POSITION" ) ;
270  Vector< Quantum<Double> > antpos = (*sharedQDArrCol)( antenna_ ) ;
271  delete sharedQDArrCol ;
272  MPosition mp( MVPosition( antpos ), MPosition::ITRF ) ;
273  if ( getPt_ ) {
274    //pointtab = pointtab( pointtab.col("ANTENNA_ID")==antenna_ ).sort("TIME") ;
275    pointtab = MSPointing( pointtab( pointtab.col("ANTENNA_ID")==antenna_ ).sort("TIME") ) ;
276  }
277  tcolr = tpoolr->construct( anttab, "STATION" ) ;
278  String stationName = tcolr->asString( antenna_ ) ;
279  tpoolr->destroy( tcolr ) ;
280  tcolr = tpoolr->construct( anttab, "NAME" ) ;
281  String antennaName = tcolr->asString( antenna_ ) ;
282  tpoolr->destroy( tcolr ) ;
283  sdh.antennaposition.resize( 3 ) ;
284  for ( int i = 0 ; i < 3 ; i++ )
285    sdh.antennaposition[i] = antpos[i].getValue( "m" ) ;
286  String telescopeName = "" ;
287
288//   double time1 = gettimeofday_sec() ;
289//   os_ << "end fill init: " << time1 << " (" << time1-time0 << "sec)" << LogIO::POST ;
290
291  // row based
292  Table &stab = table_->table() ;
293  TableRow row( stab ) ;
294  TableRecord &trec = row.record() ;
295  RecordFieldPtr< Array<Float> > spRF( trec, "SPECTRA" ) ;
296  RecordFieldPtr< Array<uChar> > ucarrRF( trec, "FLAGTRA" ) ;
297  RecordFieldPtr<Double> timeRF( trec, "TIME" ) ;
298  RecordFieldPtr< Array<Float> > tsysRF( trec, "TSYS" ) ;
299  RecordFieldPtr<Double> intervalRF( trec, "INTERVAL" ) ;
300  RecordFieldPtr< Array<Double> > dirRF( trec, "DIRECTION" ) ;
301  RecordFieldPtr<Float> azRF( trec, "AZIMUTH" ) ;
302  RecordFieldPtr<Float> elRF( trec, "ELEVATION" ) ;
303  RecordFieldPtr< Array<Double> > scrRF( trec, "SCANRATE" ) ;
304  RecordFieldPtr<uInt> cycleRF( trec, "CYCLENO" ) ;
305  RecordFieldPtr<uInt> flrRF( trec, "FLAGROW" ) ;
306  RecordFieldPtr<uInt> tcalidRF( trec, "TCAL_ID" ) ;
307  RecordFieldPtr<uInt> widRF( trec, "WEATHER_ID" ) ;
308  RecordFieldPtr<uInt> polnoRF( trec, "POLNO" ) ;
309
310
311  // REFBEAMNO
312  RecordFieldPtr<Int> intRF( trec, "REFBEAMNO" ) ;
313  *intRF = 0 ;
314
315  // FIT_ID
316  intRF.attachToRecord( trec, "FIT_ID" ) ;
317  *intRF = -1 ;
318
319  // OPACITY
320  RecordFieldPtr<Float> floatRF( trec, "OPACITY" ) ;
321  *floatRF = 0.0 ;
322
323  //
324  // ITERATION: OBSERVATION_ID
325  //
326  TableIterator iter0( mstable_, "OBSERVATION_ID" ) ;
327  while( !iter0.pastEnd() ) {
328//     time0 = gettimeofday_sec() ;
329//     os_ << "start 0th iteration: " << time0 << LogIO::POST ;
330    Table t0 = iter0.table() ;
331    tcolr = tpoolr->construct( t0, "OBSERVATION_ID" ) ;
332    Int obsId = tcolr->asInt( 0 ) ;
333    tpoolr->destroy( tcolr ) ;
334    if ( sdh.observer == "" ) {
335      tcolr = tpoolr->construct( obstab, "OBSERVER" ) ;
336      sdh.observer = tcolr->asString( obsId ) ;
337      tpoolr->destroy( tcolr ) ;
338    }
339    if ( sdh.project == "" ) {
340      tcolr = tpoolr->construct( obstab, "PROJECT" ) ;
341      sdh.observer = tcolr->asString( obsId ) ;
342      tpoolr->destroy( tcolr ) ;
343    }
344    ROArrayMeasColumn<MEpoch> *tmpMeasCol = new ROArrayMeasColumn<MEpoch>( obstab, "TIME_RANGE" ) ;
345    MEpoch me = (*tmpMeasCol)( obsId )( IPosition(1,0) ) ;
346    delete tmpMeasCol ;
347    if ( sdh.utc == 0.0 ) {
348      sdh.utc = me.get( "d" ).getValue() ;
349    }
350    if ( telescopeName == "" ) {
351      tcolr = tpoolr->construct( obstab, "TELESCOPE_NAME" ) ;
352      telescopeName = tcolr->asString( obsId ) ;
353      tpoolr->destroy( tcolr ) ;
354    }
355    Int nbeam = 0 ;
356//     time1 = gettimeofday_sec() ;
357//     os_ << "end 0th iteration init: " << time1 << " (" << time1-time0 << "sec)" << LogIO::POST ;
358    //
359    // ITERATION: FEED1
360    //
361    TableIterator iter1( t0, "FEED1" ) ;
362    while( !iter1.pastEnd() ) {
363//       time0 = gettimeofday_sec() ;
364//       os_ << "start 1st iteration: " << time0 << LogIO::POST ;
365      Table t1 = iter1.table() ;
366      // assume FEED1 == FEED2
367      tcolr = tpoolr->construct( t1, "FEED1" ) ;
368      Int feedId = tcolr->asInt( 0 ) ;
369      tpoolr->destroy( tcolr ) ;
370      nbeam++ ;
371
372      // BEAMNO
373      RecordFieldPtr<uInt> uintRF( trec, "BEAMNO" ) ;
374      *uintRF = feedId ;
375
376      // FOCUS_ID
377      uintRF.attachToRecord( trec, "FOCUS_ID" ) ;
378      *uintRF = 0 ;
379
380//       time1 = gettimeofday_sec() ;
381//       os_ << "end 1st iteration init: " << time1 << " (" << time1-time0 << "sec)" << LogIO::POST ;
382      //
383      // ITERATION: FIELD_ID
384      //
385      TableIterator iter2( t1, "FIELD_ID" ) ;
386      while( !iter2.pastEnd() ) {
387//         time0 = gettimeofday_sec() ;
388//         os_ << "start 2nd iteration: " << time0 << LogIO::POST ;
389        Table t2 = iter2.table() ;
390        tcolr = tpoolr->construct( t2, "FIELD_ID" ) ;
391        Int fieldId = tcolr->asInt( 0 ) ;
392        tpoolr->destroy( tcolr ) ;
393        tcolr = tpoolr->construct( fieldtab, "SOURCE_ID" ) ;
394        Int srcId = tcolr->asInt( fieldId ) ;
395        tpoolr->destroy( tcolr ) ;
396        tcolr = tpoolr->construct( fieldtab, "NAME" ) ;
397        String fieldName = tcolr->asString( fieldId ) + "__" + String::toString(fieldId) ;
398        tpoolr->destroy( tcolr ) ;
399        ROArrayMeasColumn<MDirection> *delayDirCol = new ROArrayMeasColumn<MDirection>( fieldtab, "DELAY_DIR" ) ;
400        Vector<MDirection> delayDir = (*delayDirCol)( fieldId ) ;
401        delete delayDirCol ;
402        Vector<Double> defaultScanrate( 2, 0.0 ) ;
403        Vector<Double> defaultDir = delayDir[0].getAngle( "rad" ).getValue() ;
404        if ( delayDir.nelements() > 1 )
405          defaultScanrate = delayDir[1].getAngle( "rad" ).getValue() ;
406         
407
408        // FIELDNAME
409        RecordFieldPtr<String> strRF( trec, "FIELDNAME" ) ;
410        *strRF = fieldName ;
411
412
413//         time1 = gettimeofday_sec() ;
414//         os_ << "end 2nd iteration init: " << time1 << " (" << time1-time0 << "sec)" << LogIO::POST ;
415        //
416        // ITERATION: DATA_DESC_ID
417        //
418        TableIterator iter3( t2, "DATA_DESC_ID" ) ;
419        while( !iter3.pastEnd() ) {
420//           time0 = gettimeofday_sec() ;
421//           os_ << "start 3rd iteration: " << time0 << LogIO::POST ;
422          Table t3 = iter3.table() ;
423          tcolr = tpoolr->construct( t3, "DATA_DESC_ID" ) ;
424          Int ddId = tcolr->asInt( 0 ) ;
425          tpoolr->destroy( tcolr ) ;
426          tcolr = tpoolr->construct( ddtab, "POLARIZATION_ID" ) ;
427          Int polId = tcolr->asInt( ddId ) ;
428          tpoolr->destroy( tcolr ) ;
429          tcolr = tpoolr->construct( ddtab, "SPECTRAL_WINDOW_ID" ) ;
430          Int spwId = tcolr->asInt( ddId ) ;
431          tpoolr->destroy( tcolr ) ;
432
433          // IFNO
434          uintRF.attachToRecord( trec, "IFNO" ) ;
435          *uintRF = (uInt)spwId ;
436
437          // polarization information
438          tcolr = tpoolr->construct( poltab, "NUM_CORR" ) ;
439          Int npol = tcolr->asInt( polId ) ;
440          tpoolr->destroy( tcolr ) ;
441          ROArrayColumn<Int> *roArrICol = new ROArrayColumn<Int>( poltab, "CORR_TYPE" ) ;
442          Vector<Int> corrtype = (*roArrICol)( polId ) ;
443          delete roArrICol ;
444//           os_ << "npol = " << npol << LogIO::POST ;
445//           os_ << "corrtype = " << corrtype << LogIO::POST ;
446          // source information
447//           os_ << "srcId = " << srcId << ", spwId = " << spwId << LogIO::POST ;
448          MSSource srctabSel = srctab( srctab.col("SOURCE_ID") == srcId && srctab.col("SPECTRAL_WINDOW_ID") == spwId ) ;
449          if ( srctabSel.nrow() == 0 ) {
450            srctabSel = srctab( srctab.col("SOURCE_ID") == srcId && srctab.col("SPECTRAL_WINDOW_ID") == -1 ) ;
451          }
452          String srcName( "" ) ;
453          Vector<Double> srcPM( 2, 0.0 ) ;
454          Vector<Double> srcDir( 2, 0.0 ) ;
455          MDirection md ;
456          Int numLines = 0 ;
457          ROArrayColumn<Double> *roArrDCol = 0 ;
458          if ( srctabSel.nrow() > 0 ) {
459            // source name
460            tcolr = tpoolr->construct( srctabSel, "NAME" ) ;
461            srcName = tcolr->asString( 0 ) ;
462            tpoolr->destroy( tcolr ) ;
463
464            // source proper motion
465            roArrDCol = new ROArrayColumn<Double>( srctabSel, "PROPER_MOTION" ) ;
466            srcPM = (*roArrDCol)( 0 ) ;
467            delete roArrDCol ;
468           
469            // source direction
470            roArrDCol = new ROArrayColumn<Double>( srctabSel, "DIRECTION" ) ;
471            srcDir = (*roArrDCol)( 0 ) ;
472            delete roArrDCol ;
473
474            // source direction as MDirection object
475            ROScalarMeasColumn<MDirection> *tmpMeasCol = new ROScalarMeasColumn<MDirection>( srctabSel, "DIRECTION" ) ;
476            md = (*tmpMeasCol)( 0 ) ;
477            delete tmpMeasCol ;
478
479            // number of lines
480            tcolr = tpoolr->construct( srctabSel, "NUM_LINES" ) ;
481            numLines = tcolr->asInt( 0 ) ;
482            tpoolr->destroy( tcolr ) ;
483
484          }
485          else {
486            md = MDirection( Quantum<Double>(0.0,Unit("rad")), Quantum<Double>(0.0,Unit("rad")) ) ;
487          }
488
489          // SRCNAME
490          strRF.attachToRecord( trec, "SRCNAME" ) ;
491          *strRF = srcName ;
492
493//           os_ << "srcName = " << srcName << LogIO::POST ;
494
495          // SRCPROPERMOTION
496          RecordFieldPtr< Array<Double> > darrRF( trec, "SRCPROPERMOTION" ) ;
497          *darrRF = srcPM ;
498
499          //os_ << "srcPM = " << srcPM << LogIO::POST ;
500
501          // SRCDIRECTION
502          darrRF.attachToRecord( trec, "SRCDIRECTION" ) ;
503          *darrRF = srcDir ;
504
505          //os_ << "srcDir = " << srcDir << LogIO::POST ;
506
507          // for MOLECULES subtable
508//           os_ << "numLines = " << numLines << LogIO::POST ;
509
510          Vector<Double> restFreqs( numLines, 0.0 ) ;
511          Vector<String> transitionName( numLines, "" ) ;
512          Vector<Double> sysVels ;
513          Double sysVel = 0.0 ;
514          if ( numLines != 0 ) {
515            if ( srctabSel.tableDesc().isColumn( "REST_FREQUENCY" ) ) {
516              sharedQDArrCol = new ROArrayQuantColumn<Double>( srctabSel, "REST_FREQUENCY" ) ;
517              Array< Quantum<Double> > qRestFreqs = (*sharedQDArrCol)( 0 ) ;
518              delete sharedQDArrCol ;
519              for ( int i = 0 ; i < numLines ; i++ ) {
520                restFreqs[i] = qRestFreqs( IPosition( 1, i ) ).getValue( "Hz" ) ;
521              }
522            }
523//             os_ << "restFreqs = " << restFreqs << LogIO::POST ;
524            if ( srctabSel.tableDesc().isColumn( "TRANSITION" ) ) {
525              ROArrayColumn<String> transitionCol( srctabSel, "TRANSITION" ) ;
526              if ( transitionCol.isDefined( 0 ) )
527                transitionName = transitionCol( 0 ) ;
528              //os_ << "transitionNameCol.nrow() = " << transitionCol.nrow() << LogIO::POST ;
529            }
530            if ( srctabSel.tableDesc().isColumn( "SYSVEL" ) ) {
531              roArrDCol = new ROArrayColumn<Double>( srctabSel, "SYSVEL" ) ;
532              sysVels = (*roArrDCol)( 0 ) ;
533              delete roArrDCol ;
534            }
535            if ( !sysVels.empty() ) {
536              //os_ << "sysVels.shape() = " << sysVels.shape() << LogIO::POST ;
537              // NB: assume all SYSVEL values are the same
538              sysVel = sysVels( IPosition(1,0) ) ;
539            }
540          }
541
542          // SRCVELOCITY
543          RecordFieldPtr<Double> doubleRF( trec, "SRCVELOCITY" ) ;
544          *doubleRF = sysVel ;
545
546//           os_ << "sysVel = " << sysVel << LogIO::POST ;
547
548          uInt molId = table_->molecules().addEntry( restFreqs, transitionName, transitionName ) ;
549
550          // MOLECULE_ID
551          uintRF.attachToRecord( trec, "MOLECULE_ID" ) ;
552          *uintRF = molId ;
553
554          // spectral setup
555          MeasFrame mf( me, mp, md ) ;
556          tcolr = tpoolr->construct( spwtab, "MEAS_FREQ_REF" ) ;
557          MFrequency::Types freqRef = MFrequency::castType((uInt)(tcolr->asInt(spwId))) ;
558          tpoolr->destroy( tcolr ) ;
559          tcolr = tpoolr->construct( spwtab, "NUM_CHAN" ) ;
560          Int nchan = tcolr->asInt( spwId ) ;
561          Bool iswvr = False ;
562          if ( nchan == 4 ) iswvr = True ;
563          tpoolr->destroy( tcolr ) ;
564          Bool even = False ;
565          if ( (nchan/2)*2 == nchan ) even = True ;
566          sdh.nchan = max( sdh.nchan, nchan ) ;
567          ROScalarQuantColumn<Double> *tmpQuantCol = new ROScalarQuantColumn<Double>( spwtab, "TOTAL_BANDWIDTH" ) ;
568          Double totbw = (*tmpQuantCol)( spwId ).getValue( "Hz" ) ;
569          delete tmpQuantCol ;
570          sdh.bandwidth = max( sdh.bandwidth, totbw ) ;
571          if ( sdh.freqref == "" )
572            //sdh.freqref = MFrequency::showType( freqRef ) ;
573            sdh.freqref = "LSRK" ;
574          if ( sdh.reffreq == -1.0 ) {
575            tmpQuantCol = new ROScalarQuantColumn<Double>( spwtab, "REF_FREQUENCY" ) ;
576            Quantum<Double> qreffreq = (*tmpQuantCol)( spwId ) ;
577            delete tmpQuantCol ;
578            if ( freqRef == MFrequency::LSRK ) {
579              sdh.reffreq = qreffreq.getValue("Hz") ;
580            }
581            else {
582              MFrequency::Convert tolsr( freqRef, MFrequency::Ref( MFrequency::LSRK, mf ) ) ;
583              sdh.reffreq = tolsr( qreffreq ).get("Hz").getValue() ;
584            }
585          }
586          Int refchan = nchan / 2 ;
587          IPosition refip( 1, refchan ) ;
588          Double refpix = 0.5*(nchan-1) ;
589          Double refval = 0.0 ;
590          sharedQDArrCol = new ROArrayQuantColumn<Double>( spwtab, "CHAN_WIDTH" ) ;
591          Double increment = (*sharedQDArrCol)( spwId )( refip ).getValue( "Hz" ) ;
592          delete sharedQDArrCol ;
593//           os_ << "nchan = " << nchan << " refchan = " << refchan << "(even=" << even << ") refpix = " << refpix << LogIO::POST ;
594          sharedQDArrCol = new ROArrayQuantColumn<Double>( spwtab, "CHAN_FREQ" ) ;
595          Vector< Quantum<Double> > chanFreqs = (*sharedQDArrCol)( spwId ) ;
596          delete sharedQDArrCol ;
597          if ( freqRef == MFrequency::LSRK ) {
598            if ( even ) {
599              IPosition refip0( 1, refchan-1 ) ;
600              Double refval0 = chanFreqs(refip0).getValue("Hz") ;
601              Double refval1 = chanFreqs(refip).getValue("Hz") ;
602              refval = 0.5 * ( refval0 + refval1 ) ;
603            }
604            else {
605              refval = chanFreqs(refip).getValue("Hz") ;
606            }
607          }
608          else {
609            MFrequency::Convert tolsr( freqRef, MFrequency::Ref( MFrequency::LSRK, mf ) ) ;
610            if ( even ) {
611              IPosition refip0( 1, refchan-1 ) ;
612              Double refval0 = chanFreqs(refip0).getValue("Hz") ;
613              Double refval1 = chanFreqs(refip).getValue("Hz") ;
614              refval = 0.5 * ( refval0 + refval1 ) ;
615              refval = tolsr( refval ).get("Hz").getValue() ;
616            }
617            else {
618              refval = tolsr( chanFreqs(refip) ).get("Hz").getValue() ;
619            }
620          }
621          uInt freqId = table_->frequencies().addEntry( refpix, refval, increment ) ;
622          if ( ifmap.find( spwId ) == ifmap.end() ) {
623            ifmap.insert( pair<Int, uInt>(spwId,freqId) ) ;
624            //os_ << "added to ifmap: (" << spwId << "," << freqId << ")" << LogIO::POST ;
625          }
626
627          // FREQ_ID
628          uintRF.attachToRecord( trec, "FREQ_ID" ) ;
629          *uintRF = freqId ;
630
631          // for TSYS and TCAL
632          Vector<MEpoch> scTime ;
633          Vector<Double> scInterval ;
634          ROArrayColumn<Float> scTsysCol ;
635          MSSysCal caltabsel ;
636          if ( isSysCal_ ) {
637            caltabsel = caltab( caltab.col("ANTENNA_ID") == antenna_ && caltab.col("FEED_ID") == feedId && caltab.col("SPECTRAL_WINDOW_ID") == spwId ).sort("TIME") ;
638            ROScalarMeasColumn<MEpoch> scTimeCol( caltabsel, "TIME" ) ;
639            scTime.resize( caltabsel.nrow() ) ;
640            for ( uInt irow = 0 ; irow < caltabsel.nrow() ; irow++ )
641              scTime[irow] = scTimeCol( irow ) ;
642            ROScalarColumn<Double> *scIntervalCol = new ROScalarColumn<Double>( caltabsel, "INTERVAL" ) ;
643            scInterval = scIntervalCol->getColumn() ;
644            delete scIntervalCol ;
645            scTsysCol.attach( caltabsel, colTsys_ ) ;
646          }
647
648          sdh.npol = max( sdh.npol, npol ) ;
649          if ( !iswvr && sdh.poltype == "" ) sdh.poltype = getPolType( corrtype[0] ) ;
650
651//           time1 = gettimeofday_sec() ;
652//           os_ << "end 3rd iteration init: " << time1 << " (" << time1-time0 << "sec)" << LogIO::POST ;
653          //
654          // ITERATION: SCAN_NUMBER
655          //
656          TableIterator iter4( t3, "SCAN_NUMBER" ) ;
657          while( !iter4.pastEnd() ) {
658//             time0 = gettimeofday_sec() ;
659//             os_ << "start 4th iteration: " << time0 << LogIO::POST ;
660            Table t4 = iter4.table() ;
661            tcolr = tpoolr->construct( t4, "SCAN_NUMBER" ) ;
662            Int scanNum = tcolr->asInt( 0 ) ;
663            tpoolr->destroy( tcolr ) ;
664
665            // SCANNO
666            uintRF.attachToRecord( trec, "SCANNO" ) ;
667            *uintRF = scanNum - 1 ;
668
669//             time1 = gettimeofday_sec() ;
670//             os_ << "end 4th iteration init: " << time1 << " (" << time1-time0 << "sec)" << LogIO::POST ;
671            //
672            // ITERATION: STATE_ID
673            //
674            TableIterator iter5( t4, "STATE_ID" ) ;
675            while( !iter5.pastEnd() ) {
676//               time0 = gettimeofday_sec() ;
677//               os_ << "start 5th iteration: " << time0 << LogIO::POST ;
678              Table t5 = iter5.table() ;
679              tcolr = tpoolr->construct( t5, "STATE_ID" ) ;
680              Int stateId = tcolr->asInt( 0 ) ;
681              tpoolr->destroy( tcolr ) ;
682              tcolr = tpoolr->construct( stattab, "OBS_MODE" ) ;
683              String obstype = tcolr->asString( stateId ) ;
684              tpoolr->destroy( tcolr ) ;
685              if ( sdh.obstype == "" ) sdh.obstype = obstype ;
686
687              Int nrow = t5.nrow() ;
688//               time1 = gettimeofday_sec() ;
689//               os_ << "end 5th iteration init: " << time1 << " (" << time1-time0 << "sec)" << LogIO::POST ;
690
691              uInt cycle = 0 ;
692
693              Cube<Float> spArr ;
694              Cube<Bool> flArr ;
695              if ( isFloatData_ ) {
696                ROArrayColumn<Bool> mFlagCol( t5, "FLAG" ) ;
697                ROArrayColumn<Float> mFloatDataCol( t5, "FLOAT_DATA" ) ;
698                spArr = mFloatDataCol.getColumn() ;
699                flArr = mFlagCol.getColumn() ;
700                if ( sdh.fluxunit == "" ) {
701                  const TableRecord &dataColKeys = mFloatDataCol.keywordSet() ;
702                  if ( dataColKeys.isDefined( "UNIT" ) )
703                    sdh.fluxunit = dataColKeys.asString( "UNIT" ) ;
704                }
705              }
706              else if ( isData_ ) {
707                spArr.resize( npol, nchan, nrow ) ;
708                flArr.resize( npol, nchan, nrow ) ;
709                ROArrayColumn<Bool> mFlagCol( t5, "FLAG" ) ;
710                ROArrayColumn<Complex> mDataCol( t5, "DATA" ) ;
711                for ( Int irow = 0 ; irow < nrow ; irow++ ) {
712                  Bool crossOK = False ;
713                  Matrix<Complex> sp = mDataCol( irow ) ;
714                  Matrix<Bool> fl = mFlagCol( irow ) ;
715                  Matrix<Float> spxy = spArr.xyPlane( irow ) ;
716                  Matrix<Bool> flxy = flArr.xyPlane( irow ) ;
717                  for ( Int ipol = 0 ; ipol < npol ; ipol++ ) {
718                    if ( corrtype[ipol] == Stokes::XY || corrtype[ipol] == Stokes::YX
719                         || corrtype[ipol] == Stokes::RL || corrtype[ipol] == Stokes::LR ) {
720                      if ( !crossOK ) {
721                        spxy.row( ipol ) = real( sp.row( ipol ) ) ;
722                        flxy.row( ipol ) = fl.row( ipol ) ;
723                        if ( corrtype[ipol] == Stokes::XY || corrtype[ipol] == Stokes::RL ) {
724                          spxy.row( ipol+1 ) = imag( sp.row( ipol ) ) ;
725                          flxy.row( ipol+1 ) = fl.row( ipol ) ;
726                        }                       
727                        else {
728                          spxy.row( ipol+1 ) = imag( conj( sp.row( ipol ) ) ) ;
729                          flxy.row( ipol+1 ) = fl.row( ipol ) ;
730                        }
731                        crossOK = True ;
732                      }
733                    }
734                    else {
735                      spxy.row( ipol ) = real( sp.row( ipol ) ) ;
736                      flxy.row( ipol ) = fl.row( ipol ) ;
737                    }
738                  }
739                }
740                if ( sdh.fluxunit == "" ) {
741                  const TableRecord &dataColKeys = mDataCol.keywordSet() ;
742                  if ( dataColKeys.isDefined( "UNIT" ) )
743                    sdh.fluxunit = dataColKeys.asString( "UNIT" ) ;
744                }
745              }
746              ROScalarMeasColumn<MEpoch> *mTimeCol = new ROScalarMeasColumn<MEpoch>( t5, "TIME" ) ;
747              Block<MEpoch> mTimeB( nrow ) ;
748              for ( Int irow = 0 ; irow < nrow ; irow++ )
749                mTimeB[irow] = (*mTimeCol)( irow ) ;
750              ROTableColumn *mIntervalCol = tpoolr->construct( t5, "INTERVAL" ) ;
751              ROTableColumn *mFlagRowCol = tpoolr->construct( t5, "FLAG_ROW" ) ;
752              Block<Int> sysCalIdx( nrow, -1 ) ;
753              if ( isSysCal_ ) {
754                getSysCalTime( scTime, scInterval, mTimeB, sysCalIdx ) ;
755              }
756              delete mTimeCol ;
757              Matrix<Float> defaulttsys( npol, 1, 1.0 ) ;
758              Int srcType = getSrcType( stateId, tpoolr ) ;
759              uInt diridx = 0 ;
760              MDirection::Types dirType ;
761              uInt wid = 0 ;
762              Int pidx = 0 ;
763              Bool crossOK = False ;
764              Block<uInt> polnos( npol, 99 ) ;
765              for ( Int ipol = 0 ; ipol < npol ; ipol++ ) {
766                Block<uInt> p = getPolNo( corrtype[ipol] ) ;
767                if ( p.size() > 1 ) {
768                  if ( crossOK ) continue ;
769                  else {
770                    polnos[pidx] = p[0] ;
771                    pidx++ ;
772                    polnos[pidx] = p[1] ;
773                    pidx++ ;
774                    crossOK = True ;
775                  }
776                }
777                else {
778                  polnos[pidx] = p[0] ;
779                  pidx++ ;
780                }
781              }
782             
783              // SRCTYPE
784              intRF.attachToRecord( trec, "SRCTYPE" ) ;
785              *intRF = srcType ;
786
787              for ( Int irow = 0 ; irow < nrow ; irow++ ) {
788                // CYCLENO
789                *cycleRF = cycle ;
790
791                // FLAGROW
792                *flrRF = (uInt)mFlagRowCol->asBool( irow ) ;
793
794                // SPECTRA, FLAG
795                Matrix<Float> sp = spArr.xyPlane( irow ) ;
796                Matrix<Bool> flb = flArr.xyPlane( irow ) ;
797                Matrix<uChar> fl( flb.shape() ) ;
798                convertArray( fl, flb ) ;
799
800                // TIME
801                *timeRF = mTimeB[irow].get("d").getValue() ;
802
803                // INTERVAL
804                *intervalRF = (Double)(mIntervalCol->asdouble( irow )) ;
805
806                // TSYS
807                Matrix<Float> tsys ;
808                if ( sysCalIdx[irow] != -1 )
809                  tsys = scTsysCol( irow ) ;
810                else
811                  tsys = defaulttsys ;
812
813                // TCAL_ID
814                Block<uInt> tcalids( npol, 0 ) ;
815                if ( sysCalIdx[irow] != -1 ) {
816                  tcalids = getTcalId( feedId, spwId, scTime[sysCalIdx[irow]] ) ;
817                }
818
819                // WEATHER_ID
820                if ( isWeather_ )
821                  wid = getWeatherId( wid, mTimeB[irow].get("s").getValue() ) ;
822                *widRF = wid ;
823                 
824
825                // DIRECTION, AZEL, SCANRATE
826                if ( getPt_ ) {
827                  Vector<Double> dir ;
828                  Vector<Double> scanrate ;
829                  String refString ;
830                  diridx = getDirection( diridx, dir, scanrate, refString, pointtab, mTimeB[irow].get("s").getValue() ) ;
831                  MDirection::getType( dirType, refString ) ;
832                  mf.resetEpoch( mTimeB[irow] ) ;
833                  mf.resetDirection( MDirection( MVDirection(dir), dirType ) ) ;
834                  if ( refString == "J2000" ) {
835                    *dirRF = dir ;
836                    MDirection::Convert toazel( dirType, MDirection::Ref( MDirection::AZEL, mf ) ) ;
837                    Vector<Double> azel = toazel( dir ).getAngle("rad").getValue() ;
838                    *azRF = (Float)azel(0) ;
839                    *elRF = (Float)azel(1) ;
840                  }
841                  else if ( refString(0,4) == "AZEL" ) {
842                    *azRF = (Float)dir(0) ;
843                    *elRF = (Float)dir(1) ;
844                    MDirection::Convert toj2000( dirType, MDirection::Ref( MDirection::J2000, mf ) ) ;
845                    Vector<Double> newdir = toj2000( dir ).getAngle("rad").getValue() ;
846                    *dirRF = newdir ;
847                  }
848                  else {
849                    MDirection::Convert toazel( dirType, MDirection::Ref( MDirection::AZEL, mf ) ) ;
850                    Vector<Double> azel = toazel( dir ).getAngle("rad").getValue() ;
851                    MDirection::Convert toj2000( dirType, MDirection::Ref( MDirection::J2000, mf ) ) ;
852                    Vector<Double> newdir = toj2000( dir ).getAngle("rad").getValue() ;
853                    *dirRF = newdir ;
854                    *azRF = (Float)azel(0) ;
855                    *elRF = (Float)azel(1) ;
856                  }
857                  if ( scanrate.size() != 0 ) {
858                    *scrRF = scanrate ;
859                  }
860                  else {
861                    *scrRF = defaultScanrate ;
862                  }
863                }
864                else {
865                  String ref = md.getRefString() ;
866                  //Vector<Double> defaultDir = srcDir ;
867                  MDirection::getType( dirType, "J2000" ) ;
868                  if ( ref != "J2000" ) {
869                    ROScalarMeasColumn<MEpoch> tmCol( pointtab, "TIME" ) ;
870                    mf.resetEpoch( tmCol( 0 ) ) ;
871                    MDirection::Convert toj2000( dirType, MDirection::Ref( MDirection::J2000, mf ) ) ;
872                    defaultDir = toj2000( defaultDir ).getAngle("rad").getValue() ;
873                  }
874                  mf.resetEpoch( mTimeB[irow] ) ;
875                  MDirection::Convert toazel( dirType, MDirection::Ref( MDirection::AZEL, mf ) ) ;
876                  Vector<Double> azel = toazel( defaultDir ).getAngle("rad").getValue() ;
877                  *azRF = (Float)azel(0) ;
878                  *elRF = (Float)azel(1) ;
879                  *dirRF = defaultDir ;
880                  *scrRF = defaultScanrate ;
881                }
882
883                // Polarization dependent things
884                for ( Int ipol = 0 ; ipol < npol ; ipol++ ) {
885                  // POLNO
886                  *polnoRF = polnos[ipol] ;
887
888                  //*spRF = sp.row( ipol ) ;
889                  //*ucarrRF = fl.row( ipol ) ;
890                  //*tsysRF = tsys.row( ipol ) ;
891                  spRF.define( sp.row( ipol ) ) ;
892                  ucarrRF.define( fl.row( ipol ) ) ;
893                  tsysRF.define( tsys.row( ipol ) ) ;
894                  *tcalidRF = tcalids[ipol] ;
895
896                  // Commit row
897                  stab.addRow() ;
898                  row.put( stab.nrow()-1 ) ;
899                }
900
901                cycle++ ;
902              }
903              tpoolr->destroy( mIntervalCol ) ;
904              tpoolr->destroy( mFlagRowCol ) ;
905
906//               time1 = gettimeofday_sec() ;
907//               os_ << "end 5th iteration: " << time1 << " (" << time1-time0 << "sec)" << LogIO::POST ;
908
909              iter5.next() ;
910            }
911
912
913            iter4.next() ;
914          }
915
916
917          iter3.next() ;
918        }
919
920             
921        iter2.next() ;
922      }
923
924
925      iter1.next() ;
926    }
927    if ( sdh.nbeam < nbeam ) sdh.nbeam = nbeam ;
928
929    iter0.next() ;
930  }
931
932
933  delete tpoolr ;
934
935
936  // Table Keywords
937  sdh.nif = ifmap.size() ;
938  if ( ( telescopeName == "" ) || ( antennaName == telescopeName ) ) {
939    sdh.antennaname = antennaName ;
940  }
941  else {
942    sdh.antennaname = telescopeName + "//" + antennaName ;
943  }
944  if ( stationName != "" ) {
945    sdh.antennaname += "@" + stationName ;
946  }
947  ROArrayColumn<Double> pdirCol( pointtab, "DIRECTION" ) ;
948  String dirref = pdirCol.keywordSet().asRecord("MEASINFO").asString("Ref") ;
949  if ( dirref == "AZELGEO" || dirref == "AZEL" ) {
950    dirref = "J2000" ;
951  }
952  sscanf( dirref.chars()+1, "%f", &sdh.equinox ) ;
953  sdh.epoch = "UTC" ;
954  if (sdh.freqref == "TOPO") {
955    sdh.freqref = "TOPOCENT";
956  } else if (sdh.freqref == "GEO") {
957    sdh.freqref = "GEOCENTR";
958  } else if (sdh.freqref == "BARY") {
959    sdh.freqref = "BARYCENT";
960  } else if (sdh.freqref == "GALACTO") {
961    sdh.freqref = "GALACTOC";
962  } else if (sdh.freqref == "LGROUP") {
963    sdh.freqref = "LOCALGRP";
964  } else if (sdh.freqref == "CMB") {
965    sdh.freqref = "CMBDIPOL";
966  } else if (sdh.freqref == "REST") {
967    sdh.freqref = "SOURCE";
968  }
969  table_->setHeader( sdh ) ;
970
971  // save path to POINTING table
972  // 2011/3/2 TN
973  // So far, path to original POINTING table is always stored
974  // since sd tasks and regressions don't support getpt control
975  //if ( !getPt_ ) {
976  Path datapath( tablename_ ) ;
977  String pTabName = datapath.absoluteName() + "/POINTING" ;
978  stab.rwKeywordSet().define( "POINTING", pTabName ) ;
979  //}
980
981  // for GBT
982  if ( antennaName.contains( "GBT" ) ) {
983    String goTabName = datapath.absoluteName() + "/GBT_GO" ;
984    stab.rwKeywordSet().define( "GBT_GO", goTabName ) ;
985  }
986
987  // for MS created from ASDM
988  //mstable_.keywordSet().print(cout) ;
989  const TableRecord &msKeys = mstable_.keywordSet() ;
990  uInt nfields = msKeys.nfields() ;
991  for ( uInt ifield = 0 ; ifield < nfields ; ifield++ ) {
992    String name = msKeys.name( ifield ) ;
993    //os_ << "name = " << name << LogIO::POST ;
994    if ( name.find( "ASDM" ) != String::npos ) {
995      String asdmpath = msKeys.asTable( ifield ).tableName() ;
996      os_ << "ASDM table: " << asdmpath << LogIO::POST ;
997      stab.rwKeywordSet().define( name, asdmpath ) ;
998    }
999  }
1000
1001//   double endSec = gettimeofday_sec() ;
1002//   os_ << "end MSFiller::fill() endSec=" << endSec << " (" << endSec-startSec << "sec)" << LogIO::POST ;
1003}
1004
1005void MSFiller::close()
1006{
1007  //tablesel_.closeSubTables() ;
1008  mstable_.closeSubTables() ;
1009  //tablesel_.unlock() ;
1010  mstable_.unlock() ;
1011}
1012
1013Int MSFiller::getSrcType( Int stateId, boost::object_pool<ROTableColumn> *tpool )
1014{
1015//   double startSec = gettimeofday_sec() ;
1016//   os_ << "start MSFiller::getSrcType() startSec=" << startSec << LogIO::POST ;
1017
1018  MSState statetab = mstable_.state() ;
1019  ROTableColumn *sharedCol ;
1020  sharedCol = tpool->construct( statetab, "OBS_MODE" ) ;
1021  String obsMode = sharedCol->asString( stateId ) ;
1022  tpool->destroy( sharedCol ) ;
1023  sharedCol = tpool->construct( statetab, "SIG" ) ;
1024  Bool sig = sharedCol->asBool( stateId ) ;
1025  tpool->destroy( sharedCol ) ;
1026  sharedCol = tpool->construct( statetab, "REF" ) ;
1027  Bool ref = sharedCol->asBool( stateId ) ;
1028  tpool->destroy( sharedCol ) ;
1029  sharedCol = tpool->construct( statetab, "CAL" ) ;
1030  Double cal = (Double)(sharedCol->asdouble( stateId )) ;
1031  tpool->destroy( sharedCol ) ;
1032  //os_ << "OBS_MODE = " << obsMode << LogIO::POST ;
1033
1034  // determine separator
1035  String sep = "" ;
1036  String tmpStr = obsMode.substr( 0, obsMode.find_first_of( "," ) ) ;
1037  //os_ << "tmpStr = " << tmpStr << LogIO::POST ;
1038  //if ( obsMode.find( ":" ) != String::npos ) {
1039  if ( tmpStr.find( ":" ) != String::npos ) {
1040    sep = ":" ;
1041  }
1042  //else if ( obsMode.find( "." ) != String::npos ) {
1043  else if ( tmpStr.find( "." ) != String::npos ) {
1044    sep = "." ;
1045  }
1046  //else if ( obsMode.find( "_" ) != String::npos ) {
1047  else if ( tmpStr.find( "_" ) != String::npos ) {
1048    sep = "_" ;
1049  }
1050  //os_ << "separator = " << sep << LogIO::POST ;
1051
1052  // determine SRCTYPE
1053  Int srcType = SrcType::NOTYPE ;
1054  if ( sep == ":" ) {
1055    // sep == ":"
1056    //
1057    // GBT case
1058    //
1059    // obsMode1=Nod
1060    //    NOD
1061    // obsMode1=OffOn
1062    //    obsMode2=PSWITCHON:  PSON
1063    //    obsMode2=PSWITCHOFF: PSOFF
1064    // obsMode1=??
1065    //    obsMode2=FSWITCH:
1066    //       SIG=1: FSON
1067    //       REF=1: FSOFF
1068    // Calibration scan if CAL != 0
1069    Int epos = obsMode.find_first_of( sep ) ;
1070    Int nextpos = obsMode.find_first_of( sep, epos+1 ) ;
1071    String obsMode1 = obsMode.substr( 0, epos ) ;
1072    String obsMode2 = obsMode.substr( epos+1, nextpos-epos-1 ) ;
1073    if ( obsMode1 == "Nod" ) {
1074      srcType = SrcType::NOD ;
1075    }
1076    else if ( obsMode1 == "OffOn" ) {
1077      if ( obsMode2 == "PSWITCHON" ) srcType = SrcType::PSON ;
1078      if ( obsMode2 == "PSWITCHOFF" ) srcType = SrcType::PSOFF ;
1079    }
1080    else {
1081      if ( obsMode2 == "FSWITCH" ) {
1082        if ( sig ) srcType = SrcType::FSON ;
1083        if ( ref ) srcType = SrcType::FSOFF ;
1084      }
1085    }
1086    if ( cal > 0.0 ) {
1087      if ( srcType == SrcType::NOD )
1088        srcType = SrcType::NODCAL ;
1089      else if ( srcType == SrcType::PSON )
1090        srcType = SrcType::PONCAL ;
1091      else if ( srcType == SrcType::PSOFF )
1092        srcType = SrcType::POFFCAL ;
1093      else if ( srcType == SrcType::FSON )
1094        srcType = SrcType::FONCAL ;
1095      else if ( srcType == SrcType::FSOFF )
1096        srcType = SrcType::FOFFCAL ;
1097      else
1098        srcType = SrcType::CAL ;
1099    }
1100  }
1101  else if ( sep == "." ) {
1102    // sep == "."
1103    //
1104    // ALMA & EVLA case (MS via ASDM) before3.1
1105    //
1106    // obsMode1=CALIBRATE_*
1107    //    obsMode2=ON_SOURCE: PONCAL
1108    //    obsMode2=OFF_SOURCE: POFFCAL
1109    // obsMode1=OBSERVE_TARGET
1110    //    obsMode2=ON_SOURCE: PON
1111    //    obsMode2=OFF_SOURCE: POFF
1112    string substr[2] ;
1113    int numSubstr = split( obsMode, substr, 2, "," ) ;
1114    //os_ << "numSubstr = " << numSubstr << LogIO::POST ;
1115    //for ( int i = 0 ; i < numSubstr ; i++ )
1116    //os_ << "substr[" << i << "] = " << substr[i] << LogIO::POST ;
1117    String obsType( substr[0] ) ;
1118    //os_ << "obsType = " << obsType << LogIO::POST ;
1119    Int epos = obsType.find_first_of( sep ) ;
1120    Int nextpos = obsType.find_first_of( sep, epos+1 ) ;
1121    String obsMode1 = obsType.substr( 0, epos ) ;
1122    String obsMode2 = obsType.substr( epos+1, nextpos-epos-1 ) ;
1123    //os_ << "obsMode1 = " << obsMode1 << LogIO::POST ;
1124    //os_ << "obsMode2 = " << obsMode2 << LogIO::POST ;
1125    if ( obsMode1.find( "CALIBRATE_" ) == 0 ) {
1126      if ( obsMode2 == "ON_SOURCE" ) srcType = SrcType::PONCAL ;
1127      if ( obsMode2 == "OFF_SOURCE" ) srcType = SrcType::POFFCAL ;
1128    }
1129    else if ( obsMode1 == "OBSERVE_TARGET" ) {
1130      if ( obsMode2 == "ON_SOURCE" ) srcType = SrcType::PSON ;
1131      if ( obsMode2 == "OFF_SOURCE" ) srcType = SrcType::PSOFF ;
1132    }
1133  }
1134  else if ( sep == "_" ) {
1135    // sep == "_"
1136    //
1137    // ALMA & EVLA case (MS via ASDM) after 3.2
1138    //
1139    // obsMode1=CALIBRATE_*
1140    //    obsMode2=ON_SOURCE: PONCAL
1141    //    obsMode2=OFF_SOURCE: POFFCAL
1142    // obsMode1=OBSERVE_TARGET
1143    //    obsMode2=ON_SOURCE: PON
1144    //    obsMode2=OFF_SOURCE: POFF
1145    string substr[2] ;
1146    int numSubstr = split( obsMode, substr, 2, "," ) ;
1147    //os_ << "numSubstr = " << numSubstr << LogIO::POST ;
1148    //for ( int i = 0 ; i < numSubstr ; i++ )
1149    //os_ << "substr[" << i << "] = " << substr[i] << LogIO::POST ;
1150    String obsType( substr[0] ) ;
1151    //os_ << "obsType = " << obsType << LogIO::POST ;
1152    string substr2[4] ;
1153    int numSubstr2 = split( obsType, substr2, 4, sep ) ;
1154    //Int epos = obsType.find_first_of( sep ) ;
1155    //Int nextpos = obsType.find_first_of( sep, epos+1 ) ;
1156    //String obsMode1 = obsType.substr( 0, epos ) ;
1157    //String obsMode2 = obsType.substr( epos+1, nextpos-epos-1 ) ;
1158    String obsMode1( substr2[0] ) ;
1159    String obsMode2( substr2[2] ) ;
1160    //os_ << "obsMode1 = " << obsMode1 << LogIO::POST ;
1161    //os_ << "obsMode2 = " << obsMode2 << LogIO::POST ;
1162    if ( obsMode1.find( "CALIBRATE" ) == 0 ) {
1163      if ( obsMode2 == "ON" ) srcType = SrcType::PONCAL ;
1164      if ( obsMode2 == "OFF" ) srcType = SrcType::POFFCAL ;
1165    }
1166    else if ( obsMode1 == "OBSERVE" ) {
1167      if ( obsMode2 == "ON" ) srcType = SrcType::PSON ;
1168      if ( obsMode2 == "OFF" ) srcType = SrcType::PSOFF ;
1169    }
1170  }
1171  else {
1172    if ( sig ) srcType = SrcType::SIG ;
1173    if ( ref ) srcType = SrcType::REF ;
1174  }
1175   
1176  //os_ << "srcType = " << srcType << LogIO::POST ;
1177//   double endSec = gettimeofday_sec() ;
1178//   os_ << "end MSFiller::getSrcType() endSec=" << endSec << " (" << endSec-startSec << "sec)" << LogIO::POST ;
1179  return srcType ;
1180}
1181
1182//Vector<uInt> MSFiller::getPolNo( Int corrType )
1183Block<uInt> MSFiller::getPolNo( Int corrType )
1184{
1185//   double startSec = gettimeofday_sec() ;
1186//   os_ << "start MSFiller::getPolNo() startSec=" << startSec << LogIO::POST ;
1187  Block<uInt> polno( 1 ) ;
1188
1189  if ( corrType == Stokes::I || corrType == Stokes::RR || corrType == Stokes::XX ) {
1190    polno = 0 ;
1191  }
1192  else if ( corrType == Stokes::Q || corrType == Stokes::LL || corrType == Stokes::YY ) {
1193    polno = 1 ;
1194  }
1195  else if ( corrType == Stokes::U ) {
1196    polno = 2 ;
1197  }
1198  else if ( corrType == Stokes::V ) {
1199    polno = 3 ;
1200  }
1201  else if ( corrType == Stokes::RL || corrType == Stokes::XY || corrType == Stokes::LR || corrType == Stokes::RL ) {
1202    polno.resize( 2 ) ;
1203    polno[0] = 2 ;
1204    polno[1] = 3 ;
1205  }
1206  else if ( corrType == Stokes::Plinear ) {
1207    polno[0] = 1 ;
1208  }
1209  else if ( corrType == Stokes::Pangle ) {
1210    polno[0] = 2 ;
1211  }
1212  else {
1213    polno = 99 ;
1214  }
1215  //os_ << "polno = " << polno << LogIO::POST ;
1216//   double endSec = gettimeofday_sec() ;
1217//   os_ << "end MSFiller::getPolNo() endSec=" << endSec << " (" << endSec-startSec << "sec)" << LogIO::POST ;
1218 
1219  return polno ;
1220}
1221
1222String MSFiller::getPolType( Int corrType )
1223{
1224//   double startSec = gettimeofday_sec() ;
1225//   os_ << "start MSFiller::getPolType() startSec=" << startSec << LogIO::POST ;
1226  String poltype = "" ;
1227
1228  if ( corrType == Stokes::I || corrType == Stokes::Q || corrType == Stokes::U || corrType == Stokes::V )
1229    poltype = "stokes" ;
1230  else if ( corrType == Stokes::XX || corrType == Stokes::YY || corrType == Stokes::XY || corrType == Stokes::YX )
1231    poltype = "linear" ;
1232  else if ( corrType == Stokes::RR || corrType == Stokes::LL || corrType == Stokes::RL || corrType == Stokes::LR )
1233    poltype = "circular" ;
1234  else if ( corrType == Stokes::Plinear || corrType == Stokes::Pangle )
1235    poltype = "linpol" ;
1236
1237//   double endSec = gettimeofday_sec() ;
1238//   os_ << "end MSFiller::getPolType() endSec=" << endSec << " (" << endSec-startSec << "sec)" << LogIO::POST ;
1239  return poltype ;
1240}
1241
1242void MSFiller::fillWeather()
1243{
1244//   double startSec = gettimeofday_sec() ;
1245//   os_ << "start MSFiller::fillWeather() startSec=" << startSec << LogIO::POST ;
1246
1247  if ( !isWeather_ ) {
1248    // add dummy row
1249    table_->weather().table().addRow(1,True) ;
1250    return ;
1251  }
1252
1253  Table mWeather = mstable_.weather()  ;
1254  //Table mWeatherSel = mWeather( mWeather.col("ANTENNA_ID") == antenna_ ).sort("TIME") ;
1255  Table mWeatherSel( mWeather( mWeather.col("ANTENNA_ID") == antenna_ ).sort("TIME") ) ;
1256  //os_ << "mWeatherSel.nrow() = " << mWeatherSel.nrow() << LogIO::POST ;
1257  if ( mWeatherSel.nrow() == 0 ) {
1258    os_ << "No rows with ANTENNA_ID = " << antenna_ << " in WEATHER table, Try -1..." << LogIO::POST ;
1259    mWeatherSel = Table( MSWeather( mWeather( mWeather.col("ANTENNA_ID") == -1 ) ) ) ;
1260    if ( mWeatherSel.nrow() == 0 ) {
1261      os_ << "No rows in WEATHER table" << LogIO::POST ;
1262    }
1263  }
1264  uInt wnrow = mWeatherSel.nrow() ;
1265  //os_ << "wnrow = " << wnrow << LogIO::POST ;
1266
1267  if ( wnrow == 0 )
1268    return ;
1269
1270  Table wtab = table_->weather().table() ;
1271  wtab.addRow( wnrow ) ;
1272
1273  ScalarColumn<Float> *fCol ;
1274  ROScalarColumn<Float> *sharedFloatCol ;
1275  if ( mWeatherSel.tableDesc().isColumn( "TEMPERATURE" ) ) {
1276    fCol = new ScalarColumn<Float>( wtab, "TEMPERATURE" ) ;
1277    sharedFloatCol = new ROScalarColumn<Float>( mWeatherSel, "TEMPERATURE" ) ;
1278    fCol->putColumn( *sharedFloatCol ) ;
1279    delete sharedFloatCol ;
1280    delete fCol ;
1281  }
1282  if ( mWeatherSel.tableDesc().isColumn( "PRESSURE" ) ) {
1283    fCol = new ScalarColumn<Float>( wtab, "PRESSURE" ) ;
1284    sharedFloatCol = new ROScalarColumn<Float>( mWeatherSel, "PRESSURE" ) ;
1285    fCol->putColumn( *sharedFloatCol ) ;
1286    delete sharedFloatCol ;
1287    delete fCol ;
1288  }
1289  if ( mWeatherSel.tableDesc().isColumn( "REL_HUMIDITY" ) ) {
1290    fCol = new ScalarColumn<Float>( wtab, "HUMIDITY" ) ;
1291    sharedFloatCol = new ROScalarColumn<Float>( mWeatherSel, "REL_HUMIDITY" ) ;
1292    fCol->putColumn( *sharedFloatCol ) ;
1293    delete sharedFloatCol ;
1294    delete fCol ;
1295  }
1296  if ( mWeatherSel.tableDesc().isColumn( "WIND_SPEED" ) ) { 
1297    fCol = new ScalarColumn<Float>( wtab, "WINDSPEED" ) ;
1298    sharedFloatCol = new ROScalarColumn<Float>( mWeatherSel, "WIND_SPEED" ) ;
1299    fCol->putColumn( *sharedFloatCol ) ;
1300    delete sharedFloatCol ;
1301    delete fCol ;
1302  }
1303  if ( mWeatherSel.tableDesc().isColumn( "WIND_DIRECTION" ) ) {
1304    fCol = new ScalarColumn<Float>( wtab, "WINDAZ" ) ;
1305    sharedFloatCol = new ROScalarColumn<Float>( mWeatherSel, "WIND_DIRECTION" ) ;
1306    fCol->putColumn( *sharedFloatCol ) ;
1307    delete sharedFloatCol ;
1308    delete fCol ;
1309  }
1310  ScalarColumn<uInt> idCol( wtab, "ID" ) ;
1311  for ( uInt irow = 0 ; irow < wnrow ; irow++ )
1312    idCol.put( irow, irow ) ;
1313
1314  ROScalarQuantColumn<Double> tqCol( mWeatherSel, "TIME" ) ;
1315  ROScalarColumn<Double> tCol( mWeatherSel, "TIME" ) ;
1316  String tUnit = tqCol.getUnits() ;
1317  mwTime_ = tCol.getColumn() ;
1318  if ( tUnit == "d" )
1319    mwTime_ *= 86400.0 ;
1320  tqCol.attach( mWeatherSel, "INTERVAL" ) ;
1321  tCol.attach( mWeatherSel, "INTERVAL" ) ;
1322  String iUnit = tqCol.getUnits() ;
1323  mwInterval_ = tCol.getColumn() ;
1324  if ( iUnit == "d" )
1325    mwInterval_ *= 86400.0 ;
1326  //os_ << "mwTime[0] = " << mwTime_[0] << " mwInterval[0] = " << mwInterval_[0] << LogIO::POST ;
1327//   double endSec = gettimeofday_sec() ;
1328//   os_ << "end MSFiller::fillWeather() endSec=" << endSec << " (" << endSec-startSec << "sec)" << LogIO::POST ;
1329}
1330
1331void MSFiller::fillFocus()
1332{
1333//   double startSec = gettimeofday_sec() ;
1334//   os_ << "start MSFiller::fillFocus() startSec=" << startSec << LogIO::POST ;
1335  // tentative
1336  Table tab = table_->focus().table() ;
1337  tab.addRow( 1 ) ;
1338  ScalarColumn<uInt> idCol( tab, "ID" ) ;
1339  idCol.put( 0, 0 ) ;
1340//   double endSec = gettimeofday_sec() ;
1341//   os_ << "end MSFiller::fillFocus() endSec=" << endSec << " (" << endSec-startSec << "sec)" << LogIO::POST ;
1342}
1343
1344void MSFiller::fillTcal( boost::object_pool<ROTableColumn> *tpoolr )
1345{
1346//   double startSec = gettimeofday_sec() ;
1347//   os_ << "start MSFiller::fillTcal() startSec=" << startSec << LogIO::POST ;
1348
1349  if ( !isSysCal_ ) {
1350    // add dummy row
1351    os_ << "No SYSCAL rows" << LogIO::POST ;
1352    table_->tcal().table().addRow(1,True) ;
1353    Vector<Float> defaultTcal( 1, 1.0 ) ;
1354    ArrayColumn<Float> tcalCol( table_->tcal().table(), "TCAL" ) ;
1355    tcalCol.put( 0, defaultTcal ) ;
1356    return ;
1357  }
1358
1359  Table sctab = mstable_.sysCal() ;
1360  if ( sctab.nrow() == 0 ) {
1361    os_ << "No SYSCAL rows" << LogIO::POST ;
1362    return ;
1363  }
1364  Table sctabsel( sctab( sctab.col("ANTENNA_ID") == antenna_ ) ) ;
1365  if ( sctabsel.nrow() == 0 ) {
1366    os_ << "No SYSCAL rows" << LogIO::POST ;
1367    return ;
1368  }
1369  ROArrayColumn<Float> *tmpTcalCol = new ROArrayColumn<Float>( sctabsel, "TCAL" ) ;
1370  uInt npol = tmpTcalCol->shape( 0 )(0) ;
1371  delete tmpTcalCol ;
1372  //os_ << "fillTcal(): npol = " << npol << LogIO::POST ;
1373  Table tab = table_->tcal().table() ;
1374  ArrayColumn<Float> tcalCol( tab, "TCAL" ) ;
1375  ROTableColumn *sharedCol ;
1376  uInt oldnr = 0 ;
1377  uInt newnr = 0 ;
1378  TableRow row( tab ) ;
1379  TableRecord &trec = row.record() ;
1380  RecordFieldPtr<uInt> idRF( trec, "ID" ) ;
1381  RecordFieldPtr<String> timeRF( trec, "TIME" ) ;
1382  RecordFieldPtr< Array<Float> > tcalRF( trec, "TCAL" ) ;
1383  TableIterator iter0( sctabsel, "FEED_ID" ) ;
1384  while( !iter0.pastEnd() ) {
1385    Table t0 = iter0.table() ;
1386    sharedCol = tpoolr->construct( t0, "FEED_ID" ) ;
1387    Int feedId = sharedCol->asInt( 0 ) ;
1388    tpoolr->destroy( sharedCol ) ;
1389    TableIterator iter1( t0, "SPECTRAL_WINDOW_ID" ) ;
1390    while( !iter1.pastEnd() ) {
1391      Table t1 = iter1.table() ;
1392      sharedCol = tpoolr->construct( t1, "SPECTRAL_WINDOW_ID" ) ;
1393      Int spwId = sharedCol->asInt( 0 ) ;
1394      tpoolr->destroy( sharedCol ) ;
1395      tmpTcalCol = new ROArrayColumn<Float>( t1, colTcal_ ) ;
1396      ROScalarQuantColumn<Double> scTimeCol( t1, "TIME" ) ;
1397      Vector<uInt> idminmax( 2, oldnr ) ;
1398      for ( uInt irow = 0 ; irow < t1.nrow() ; irow++ ) {
1399        String sTime = MVTime( scTimeCol(irow) ).string( MVTime::YMD ) ;
1400        *timeRF = sTime ;
1401        uInt idx = oldnr ;
1402        Matrix<Float> subtcal = (*tmpTcalCol)( irow ) ;
1403        for ( uInt ipol = 0 ; ipol < npol ; ipol++ ) {
1404          *idRF = idx++ ;
1405          //*tcalRF = subtcal.row( ipol ) ;
1406          tcalRF.define( subtcal.row( ipol ) ) ;
1407
1408          // commit row
1409          tab.addRow() ;
1410          row.put( tab.nrow()-1 ) ;
1411
1412          newnr++ ;
1413        }
1414        idminmax[0] = oldnr ;
1415        idminmax[1] = newnr - 1 ;
1416        oldnr = newnr ;
1417
1418        String key = keyTcal( feedId, spwId, sTime ) ;
1419        tcalrec_.define( key, idminmax ) ;
1420      }
1421      delete tmpTcalCol ;
1422      iter1++ ;
1423    }
1424    iter0++ ;
1425  }
1426
1427  //tcalrec_.print( std::cout ) ;
1428//   double endSec = gettimeofday_sec() ;
1429//   os_ << "end MSFiller::fillTcal() endSec=" << endSec << " (" << endSec-startSec << "sec)" << LogIO::POST ;
1430}
1431
1432uInt MSFiller::getWeatherId( uInt idx, Double wtime )
1433{
1434//   double startSec = gettimeofday_sec() ;
1435//   os_ << "start MSFiller::getWeatherId() startSec=" << startSec << LogIO::POST ;
1436  uInt nrow = mwTime_.size() ;
1437  if ( nrow < 2 )
1438    return 0 ;
1439  uInt wid = nrow ;
1440  for ( uInt i = idx ; i < nrow-1 ; i++ ) {
1441    Double tStart = mwTime_[i]-0.5*mwInterval_[i] ;
1442    // use of INTERVAL column is problematic
1443    // since there are "blank" time of weather monitoring
1444    //Double tEnd = tStart + mwInterval_[i] ;
1445    Double tEnd = mwTime_[i+1]-0.5*mwInterval_[i+1] ;
1446    //os_ << "tStart = " << tStart << " dtEnd = " << tEnd-tStart << " dwtime = " << wtime-tStart << LogIO::POST ;
1447    if ( wtime >= tStart && wtime <= tEnd ) {
1448      wid = i ;
1449      break ;
1450    }
1451  }
1452  if ( wid == nrow ) {
1453    uInt i = nrow - 1 ;
1454    Double tStart = mwTime_[i-1]+0.5*mwInterval_[i-1] ;
1455    Double tEnd = mwTime_[i]+0.5*mwInterval_[i] ;
1456    //os_ << "tStart = " << tStart << " dtEnd = " << tEnd-tStart << " dwtime = " << wtime-tStart << LogIO::POST ;
1457    if ( wtime >= tStart && wtime <= tEnd )
1458      wid = i-1 ;
1459    else
1460      wid = i ;
1461  }
1462
1463  //if ( wid == nrow )
1464  //os_ << LogIO::WARN << "Couldn't find correct WEATHER_ID for time " << wtime << LogIO::POST ;
1465
1466//   double endSec = gettimeofday_sec() ;
1467//   os_ << "end MSFiller::getWeatherId() endSec=" << endSec << " (" << endSec-startSec << "sec)" << LogIO::POST ;
1468  return wid ;
1469}
1470
1471void MSFiller::getSysCalTime( Vector<MEpoch> &scTime, Vector<Double> &scInterval, Block<MEpoch> &tcol, Block<Int> &tidx )
1472{
1473//   double startSec = gettimeofday_sec() ;
1474//   os_ << "start MSFiller::getSysCalTime() startSec=" << startSec << LogIO::POST ;
1475
1476  if ( !isSysCal_ )
1477    return ;
1478
1479  uInt nrow = tidx.nelements() ;
1480  if ( scTime.nelements() == 0 )
1481    return ;
1482  else if ( scTime.nelements() == 1 ) {
1483    tidx[0] = 0 ;
1484    return ;
1485  }
1486  uInt scnrow = scTime.nelements() ;
1487  uInt idx = 0 ;
1488  const Double half = 0.5e0 ;
1489  // execute  binary search
1490  idx = binarySearch( scTime, tcol[0].get( "s" ).getValue() ) ;
1491  if ( idx != 0 )
1492    idx -= 1 ;
1493  for ( uInt i = 0 ; i < nrow ; i++ ) {
1494    Double t = tcol[i].get( "s" ).getValue() ;
1495    Double tsc = scTime[0].get( "s" ).getValue() ;
1496    if ( t < tsc ) {
1497      tidx[i] = 0 ;
1498      continue ;
1499    }
1500    for ( uInt j = idx ; j < scnrow-1 ; j++ ) {
1501      Double tsc1 = scTime[j].get( "s" ).getValue() ;
1502      Double dt1 = scInterval[j] ;
1503      Double tsc2 = scTime[j+1].get( "s" ).getValue() ;
1504      Double dt2 = scInterval[j+1] ;
1505      if ( t > tsc1-half*dt1 && t <= tsc2-half*dt2 ) {
1506        tidx[i] = j ;
1507        idx = j ;
1508        break ;
1509      }
1510    }
1511    if ( tidx[i] == -1 ) {
1512//       Double tsc = scTime[scnrow-1].get( "s" ).getValue() ;
1513//       Double dt = scInterval[scnrow-1] ;
1514//       if ( t <= tsc+0.5*dt ) {
1515//         tidx[i] = scnrow-1 ;
1516//       }
1517      tidx[i] = scnrow-1 ;
1518    }
1519  }
1520//   double endSec = gettimeofday_sec() ;
1521//   os_ << "end MSFiller::getSysCalTime() endSec=" << endSec << " (" << endSec-startSec << "sec) scnrow = " << scnrow << " tcol.nelements = " << tcol.nelements() << LogIO::POST ;
1522  return ;
1523}
1524
1525Block<uInt> MSFiller::getTcalId( Int fid, Int spwid, MEpoch &t )
1526{
1527//   double startSec = gettimeofday_sec() ;
1528//   os_ << "start MSFiller::getTcalId() startSec=" << startSec << LogIO::POST ;
1529  //if ( table_->tcal().table().nrow() == 0 ) {
1530  if ( !isSysCal_ ) {
1531    os_ << "No TCAL rows" << LogIO::POST ;
1532    Block<uInt> tcalids( 0 ) ;
1533    return  tcalids ;
1534  }   
1535  //String sctime = MVTime( Quantum<Double>(t,"s") ).string(MVTime::YMD) ;
1536  String sctime = MVTime( t.getValue() ).string(MVTime::YMD) ;
1537  String key = keyTcal( fid, spwid, sctime ) ;
1538  if ( !tcalrec_.isDefined( key ) ) {
1539    os_ << "No TCAL rows" << LogIO::POST ;
1540    Block<uInt> tcalids( 0 ) ;
1541    return tcalids ;
1542  }
1543  Vector<uInt> ids = tcalrec_.asArrayuInt( key ) ;
1544  uInt npol = ids[1] - ids[0] + 1 ;
1545  Block<uInt> tcalids( npol ) ;
1546  tcalids[0] = ids[0] ;
1547  tcalids[1] = ids[1] ;
1548  for ( uInt ipol = 2 ; ipol < npol ; ipol++ )
1549    tcalids[ipol] = ids[0] + ipol - 1 ;
1550
1551//   double endSec = gettimeofday_sec() ;
1552//   os_ << "end MSFiller::getTcalId() endSec=" << endSec << " (" << endSec-startSec << "sec)" << LogIO::POST ;
1553  return tcalids ;
1554}
1555
1556uInt MSFiller::getDirection( uInt idx, Vector<Double> &dir, Vector<Double> &srate, String &ref, MSPointing &tab, Double t )
1557{
1558//   double startSec = gettimeofday_sec() ;
1559//   os_ << "start MSFiller::getDirection() startSec=" << startSec << LogIO::POST ;
1560  // assume that cols is sorted by TIME
1561  Bool doInterp = False ;
1562  //uInt nrow = cols.nrow() ;
1563  uInt nrow = tab.nrow() ;
1564  if ( nrow == 0 )
1565    return 0 ;
1566  ROScalarMeasColumn<MEpoch> tcol( tab, "TIME" ) ;
1567  ROArrayMeasColumn<MDirection> dmcol( tab, "DIRECTION" ) ;
1568  ROArrayColumn<Double> dcol( tab, "DIRECTION" ) ;
1569  // binary search if idx == 0
1570  if ( idx == 0 ) {
1571    uInt nrowb = 75000 ;
1572    if ( nrow > nrowb ) {
1573      uInt nblock = nrow / nrowb + 1 ;
1574      for ( uInt iblock = 0 ; iblock < nblock ; iblock++ ) {
1575        uInt high = min( nrowb, nrow-iblock*nrowb ) ;
1576
1577        if ( tcol( high-1 ).get( "s" ).getValue() < t ) {
1578          idx = iblock * nrowb ;
1579          continue ;
1580        }
1581
1582        Vector<MEpoch> tarr( high ) ;
1583        for ( uInt irow = 0 ; irow < high ; irow++ ) {
1584          tarr[irow] = tcol( iblock*nrowb+irow ) ;
1585        }
1586
1587        uInt bidx = binarySearch( tarr, t ) ;
1588
1589        idx = iblock * nrowb + bidx ;
1590        break ;
1591      }
1592    }
1593    else {
1594      Vector<MEpoch> tarr( nrow ) ;
1595      for ( uInt irow = 0 ; irow < nrow ; irow++ ) {
1596        tarr[irow] = tcol( irow ) ;
1597      }
1598      idx = binarySearch( tarr, t ) ;
1599    }
1600  }
1601  // ensure that tcol(idx) < t
1602  //os_ << "tcol(idx) = " << tcol(idx).get("s").getValue() << " t = " << t << " diff = " << tcol(idx).get("s").getValue()-t << endl ;
1603  while ( tcol(idx).get("s").getValue() > t && idx > 0 )
1604    idx-- ;
1605  //os_ << "idx = " << idx << LogIO::POST ;
1606
1607  // index search
1608  for ( uInt i = idx ; i < nrow ; i++ ) {
1609    Double tref = tcol( i ).get( "s" ).getValue() ;
1610    if ( tref == t ) {
1611      idx = i ;
1612      break ;
1613    }
1614    else if ( tref > t ) {
1615      if ( i == 0 ) {
1616        idx = i ;
1617      }
1618      else {
1619        idx = i-1 ;
1620        doInterp = True ;
1621      }
1622      break ;
1623    }
1624    else {
1625      idx = nrow - 1 ;
1626    }
1627  }
1628  //os_ << "searched idx = " << idx << LogIO::POST ;
1629
1630  //os_ << "dmcol(idx).shape() = " << dmcol(idx).shape() << LogIO::POST ;
1631  IPosition ip( dmcol(idx).shape().nelements(), 0 ) ;
1632  //os_ << "ip = " << ip << LogIO::POST ;
1633  ref = dmcol(idx)(ip).getRefString() ;
1634  //os_ << "ref = " << ref << LogIO::POST ;
1635  if ( doInterp ) {
1636    //os_ << "do interpolation" << LogIO::POST ;
1637    //os_ << "dcol(idx).shape() = " << dcol(idx).shape() << LogIO::POST ;
1638    Double tref0 = tcol(idx).get("s").getValue() ;
1639    Double tref1 = tcol(idx+1).get("s").getValue() ;
1640    Matrix<Double> mdir0 = dcol( idx ) ;
1641    Matrix<Double> mdir1 = dcol( idx+1 ) ;
1642    Vector<Double> dir0 = mdir0.column( 0 ) ;
1643    //os_ << "dir0 = " << dir0 << LogIO::POST ;
1644    Vector<Double> dir1 = mdir1.column( 0 ) ;
1645    //os_ << "dir1 = " << dir1 << LogIO::POST ;
1646    Double dt0 = t - tref0 ;
1647    Double dt1 = tref1 - t ;
1648    dir.reference( (dt0*dir1+dt1*dir0)/(dt0+dt1) ) ;
1649    if ( mdir0.ncolumn() > 1 ) {
1650      if ( dt0 >= dt1 )
1651        srate.reference( mdir0.column( 1 ) ) ;
1652      else
1653        srate.reference( mdir1.column( 1 ) ) ;
1654    }
1655    //os_ << "dir = " << dir << LogIO::POST ;
1656  }
1657  else {
1658    //os_ << "no interpolation" << LogIO::POST ;
1659    Matrix<Double> mdir0 = dcol( idx ) ;
1660    dir.reference( mdir0.column( 0 ) ) ;
1661    if ( mdir0.ncolumn() > 1 )
1662      srate.reference( mdir0.column( 1 ) ) ;
1663  }
1664
1665//   double endSec = gettimeofday_sec() ;
1666//   os_ << "end MSFiller::getDirection() endSec=" << endSec << " (" << endSec-startSec << "sec)" << LogIO::POST ;
1667  return idx ;
1668}
1669
1670String MSFiller::keyTcal( Int feedid, Int spwid, String stime )
1671{
1672  String sfeed = "FEED" + String::toString( feedid ) ;
1673  String sspw = "SPW" + String::toString( spwid ) ;
1674  return sfeed+":"+sspw+":"+stime ;
1675}
1676
1677uInt MSFiller::binarySearch( Vector<MEpoch> &timeList, Double target )
1678{
1679  Int low = 0 ;
1680  Int high = timeList.nelements() ;
1681  uInt idx = 0 ;
1682
1683  while ( low <= high ) {
1684    idx = (Int)( 0.5 * ( low + high ) ) ;
1685    Double t = timeList[idx].get( "s" ).getValue() ;
1686    if ( t < target )
1687      low = idx + 1 ;
1688    else if ( t > target )
1689      high = idx - 1 ;
1690    else
1691      return idx ;
1692  }
1693
1694  idx = max( 0, min( low, high ) ) ;
1695
1696  return idx ;
1697 
1698}
1699
1700} ;
1701
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.