source: trunk/src/MSFiller.cpp @ 2035

Last change on this file since 2035 was 2035, checked in by Takeshi Nakazato, 13 years ago

New Development: No

JIRA Issue: Yes CAS-2718

Ready for Test: Yes/No?

Interface Changes: Yes/No?

What Interface Changed: Please list interface changes

Test Programs: List test programs

Put in Release Notes: Yes/No?

Module(s): Module Names change impacts.

Description: Describe your changes here...

Changed unit from "s" to "d" for UTC value in table header.
File size: 58.4 KB
Line 
1//
2// C++ Interface: MSFiller
3//
4// Description:
5//
6// This class is specific filler for MS format
7//
8// Takeshi Nakazato <takeshi.nakazato@nao.ac.jp>, (C) 2010
9//
10// Copyright: See COPYING file that comes with this distribution
11//
12//
13
14#include <iostream>
15#include <map>
16
17#include <tables/Tables/ExprNode.h>
18#include <tables/Tables/TableIter.h>
19#include <tables/Tables/TableColumn.h>
20#include <tables/Tables/ScalarColumn.h>
21#include <tables/Tables/ArrayColumn.h>
22#include <tables/Tables/TableParse.h>
23#include <tables/Tables/TableRow.h>
24
25#include <casa/Containers/RecordField.h>
26#include <casa/Logging/LogIO.h>
27#include <casa/Arrays/Slicer.h>
28#include <casa/Quanta/MVTime.h>
29#include <casa/OS/Path.h>
30
31#include <measures/Measures/Stokes.h>
32#include <measures/Measures/MEpoch.h>
33#include <measures/Measures/MCEpoch.h>
34#include <measures/Measures/MFrequency.h>
35#include <measures/Measures/MCFrequency.h>
36#include <measures/Measures/MPosition.h>
37#include <measures/Measures/MCPosition.h>
38#include <measures/Measures/MDirection.h>
39#include <measures/Measures/MCDirection.h>
40#include <measures/Measures/MeasConvert.h>
41#include <measures/TableMeasures/ScalarMeasColumn.h>
42#include <measures/TableMeasures/ArrayMeasColumn.h>
43#include <measures/TableMeasures/ScalarQuantColumn.h>
44#include <measures/TableMeasures/ArrayQuantColumn.h>
45
46#include <ms/MeasurementSets/MSAntennaIndex.h>
47
48#include <atnf/PKSIO/SrcType.h>
49
50#include "MSFiller.h"
51#include "STHeader.h"
52
53#include <ctime>
54#include <sys/time.h>
55
56using namespace casa ;
57using namespace std ;
58
59namespace asap {
60double MSFiller::gettimeofday_sec()
61{
62  struct timeval tv ;
63  gettimeofday( &tv, NULL ) ;
64  return tv.tv_sec + (double)tv.tv_usec*1.0e-6 ;
65}
66
67MSFiller::MSFiller( casa::CountedPtr<Scantable> stable )
68  : table_( stable ),
69    tablename_( "" ),
70    antenna_( -1 ),
71    antennaStr_(""),
72    getPt_( False ),
73    isFloatData_( False ),
74    isData_( False ),
75    isDoppler_( False ),
76    isFlagCmd_( False ),
77    isFreqOffset_( False ),
78    isHistory_( False ),
79    isProcessor_( False ),
80    isSysCal_( False ),
81    isWeather_( False ),
82    colTsys_( "TSYS_SPECTRUM" ),
83    colTcal_( "TCAL_SPECTRUM" )
84{
85  os_ = LogIO() ;
86  os_.origin( LogOrigin( "MSFiller", "MSFiller()", WHERE ) ) ;
87}
88
89MSFiller::~MSFiller()
90{
91  os_.origin( LogOrigin( "MSFiller", "~MSFiller()", WHERE ) ) ;
92}
93
94bool MSFiller::open( const std::string &filename, const casa::Record &rec )
95{
96  os_.origin( LogOrigin( "MSFiller", "open()", WHERE ) ) ;
97//   double startSec = gettimeofday_sec() ;
98//   os_ << "start MSFiller::open() startsec=" << startSec << LogIO::POST ;
99  //os_ << "   filename = " << filename << endl ;
100
101  // parsing MS options
102  if ( rec.isDefined( "ms" ) ) {
103    Record msrec = rec.asRecord( "ms" ) ;
104    if ( msrec.isDefined( "getpt" ) ) {
105      getPt_ = msrec.asBool( "getpt" ) ;
106    }
107    if ( msrec.isDefined( "antenna" ) ) {
108      if ( msrec.type( msrec.fieldNumber( "antenna" ) ) == TpInt ) {
109        antenna_ = msrec.asInt( "antenna" ) ;
110      }
111      else {
112        //antenna_ = atoi( msrec.asString( "antenna" ).c_str() ) ;
113        antennaStr_ = msrec.asString( "antenna" ) ;
114      }
115    }
116    else {
117      antenna_ = 0 ;
118    }
119  }
120
121  MeasurementSet *tmpMS = new MeasurementSet( filename, Table::Old ) ;
122  //mstable_ = (*tmpMS)( tmpMS->col("ANTENNA1") == antenna_
123  //                     && tmpMS->col("ANTENNA1") == tmpMS->col("ANTENNA2") ) ;
124  tablename_ = tmpMS->tableName() ;
125  if ( antenna_ == -1 && antennaStr_.size() > 0 ) {
126    MSAntennaIndex msAntIdx( tmpMS->antenna() ) ;
127    Vector<Int> id = msAntIdx.matchAntennaName( antennaStr_ ) ;
128    if ( id.size() > 0 )
129      antenna_ = id[0] ;
130  }
131
132  os_ << "Parsing MS options" << endl ;
133  os_ << "   getPt = " << getPt_ << endl ;
134  os_ << "   antenna = " << antenna_ << endl ;
135  os_ << "   antennaStr = " << antennaStr_ << LogIO::POST ;
136
137  mstable_ = MeasurementSet( (*tmpMS)( tmpMS->col("ANTENNA1") == antenna_
138                                       && tmpMS->col("ANTENNA1") == tmpMS->col("ANTENNA2") ) ) ;
139//   stringstream ss ;
140//   ss << "SELECT FROM $1 WHERE ANTENNA1 == ANTENNA2 && ANTENNA1 == " << antenna_ ;
141//   String taql( ss.str() ) ;
142//   mstable_ = MeasurementSet( tableCommand( taql, *tmpMS ) ) ;
143  delete tmpMS ;
144
145  // check which data column exists
146  isFloatData_ = mstable_.tableDesc().isColumn( "FLOAT_DATA" ) ;
147  isData_ = mstable_.tableDesc().isColumn( "DATA" ) ;
148
149//   double endSec = gettimeofday_sec() ;
150//   os_ << "end MSFiller::open() endSec=" << endSec << " (" << endSec-startSec << "sec)" << LogIO::POST ;
151  return true ;
152}
153
154void MSFiller::fill()
155{
156  os_.origin( LogOrigin( "MSFiller", "fill()", WHERE ) ) ;
157//   double startSec = gettimeofday_sec() ;
158//   os_ << "start MSFiller::fill() startSec=" << startSec << LogIO::POST ;
159
160//   double time0 = gettimeofday_sec() ;
161//   os_ << "start init fill: " << time0 << LogIO::POST ;
162
163  // Initialize header
164  STHeader sdh ; 
165  sdh.nchan = 0 ;
166  sdh.npol = 0 ;
167  sdh.nif = 0 ;
168  sdh.nbeam = 0 ;
169  sdh.observer = "" ;
170  sdh.project = "" ;
171  sdh.obstype = "" ;
172  sdh.antennaname = "" ;
173  sdh.antennaposition.resize( 0 ) ;
174  sdh.equinox = 0.0 ;
175  sdh.freqref = "" ;
176  sdh.reffreq = -1.0 ;
177  sdh.bandwidth = 0.0 ;
178  sdh.utc = 0.0 ;
179  sdh.fluxunit = "" ;
180  sdh.epoch = "" ;
181  sdh.poltype = "" ;
182 
183  // check if optional table exists
184  //const TableRecord msrec = tablesel_.keywordSet() ;
185  const TableRecord msrec = mstable_.keywordSet() ;
186  isDoppler_ = msrec.isDefined( "DOPPLER" ) ;
187  if ( isDoppler_ )
188    if ( mstable_.doppler().nrow() == 0 )
189      isDoppler_ = False ;
190  isFlagCmd_ = msrec.isDefined( "FLAG_CMD" ) ;
191  if ( isFlagCmd_ )
192    if ( mstable_.flagCmd().nrow() == 0 )
193      isFlagCmd_ = False ;
194  isFreqOffset_ = msrec.isDefined( "FREQ_OFFSET" ) ;
195  if ( isFreqOffset_ )
196    if ( mstable_.freqOffset().nrow() == 0 )
197      isFreqOffset_ = False ;
198  isHistory_ = msrec.isDefined( "HISTORY" ) ;
199  if ( isHistory_ )
200    if ( mstable_.history().nrow() == 0 )
201      isHistory_ = False ;
202  isProcessor_ = msrec.isDefined( "PROCESSOR" ) ;
203  if ( isProcessor_ )
204    if ( mstable_.processor().nrow() == 0 )
205      isProcessor_ = False ;
206  isSysCal_ = msrec.isDefined( "SYSCAL" ) ;
207  if ( isSysCal_ )
208    if ( mstable_.sysCal().nrow() == 0 )
209      isSysCal_ = False ;
210  isWeather_ = msrec.isDefined( "WEATHER" ) ;
211  if ( isWeather_ )
212    if ( mstable_.weather().nrow() == 0 )
213      isWeather_ = False ;
214
215  // Access to MS subtables
216  MSField fieldtab = mstable_.field() ;
217  MSPolarization poltab = mstable_.polarization() ;
218  MSDataDescription ddtab = mstable_.dataDescription() ;
219  MSObservation obstab = mstable_.observation() ;
220  MSSource srctab = mstable_.source() ;
221  MSSpectralWindow spwtab = mstable_.spectralWindow() ;
222  MSSysCal caltab = mstable_.sysCal() ;
223  if ( caltab.nrow() == 0 )
224    isSysCal_ = False ;
225  else {
226    if ( !caltab.tableDesc().isColumn( colTcal_ ) )
227      colTcal_ = "TCAL" ;
228    if ( !caltab.tableDesc().isColumn( colTsys_ ) )
229      colTsys_ = "TSYS" ;
230  }
231//   colTcal_ = "TCAL" ;
232//   colTsys_ = "TSYS" ;
233  MSPointing pointtab = mstable_.pointing() ;
234  if ( mstable_.weather().nrow() == 0 )
235    isWeather_ = False ;
236  MSState stattab = mstable_.state() ;
237  MSAntenna anttab = mstable_.antenna() ;
238
239  // TEST
240  // memory allocation by boost::object_pool
241  boost::object_pool<ROTableColumn> *tpoolr = new boost::object_pool<ROTableColumn> ;
242  //
243
244  // SUBTABLES: FREQUENCIES
245  table_->frequencies().setFrame( "LSRK" ) ;
246  table_->frequencies().setFrame( "LSRK", True ) ;
247
248  // SUBTABLES: WEATHER
249  fillWeather() ;
250
251  // SUBTABLES: FOCUS
252  fillFocus() ;
253
254  // SUBTABLES: TCAL
255  fillTcal( tpoolr ) ;
256
257  // SUBTABLES: FIT
258  //fillFit() ;
259
260  // SUBTABLES: HISTORY
261  //fillHistory() ;
262
263  // shared pointers
264  ROTableColumn *tcolr ;
265
266  // MAIN
267  // Iterate over several ids
268  map<Int, uInt> ifmap ; // (IFNO, FREQ_ID) pair
269  ROArrayQuantColumn<Double> *sharedQDArrCol = new ROArrayQuantColumn<Double>( anttab, "POSITION" ) ;
270  Vector< Quantum<Double> > antpos = (*sharedQDArrCol)( antenna_ ) ;
271  delete sharedQDArrCol ;
272  MPosition mp( MVPosition( antpos ), MPosition::ITRF ) ;
273  if ( getPt_ ) {
274    //pointtab = pointtab( pointtab.col("ANTENNA_ID")==antenna_ ).sort("TIME") ;
275    pointtab = MSPointing( pointtab( pointtab.col("ANTENNA_ID")==antenna_ ).sort("TIME") ) ;
276  }
277  tcolr = tpoolr->construct( anttab, "STATION" ) ;
278  String stationName = tcolr->asString( antenna_ ) ;
279  tpoolr->destroy( tcolr ) ;
280  tcolr = tpoolr->construct( anttab, "NAME" ) ;
281  String antennaName = tcolr->asString( antenna_ ) ;
282  tpoolr->destroy( tcolr ) ;
283  sdh.antennaposition.resize( 3 ) ;
284  for ( int i = 0 ; i < 3 ; i++ )
285    sdh.antennaposition[i] = antpos[i].getValue( "m" ) ;
286  String telescopeName = "" ;
287
288//   double time1 = gettimeofday_sec() ;
289//   os_ << "end fill init: " << time1 << " (" << time1-time0 << "sec)" << LogIO::POST ;
290
291  // row based
292  Table &stab = table_->table() ;
293  TableRow row( stab ) ;
294  TableRecord &trec = row.record() ;
295  RecordFieldPtr< Array<Float> > spRF( trec, "SPECTRA" ) ;
296  RecordFieldPtr< Array<uChar> > ucarrRF( trec, "FLAGTRA" ) ;
297  RecordFieldPtr<Double> timeRF( trec, "TIME" ) ;
298  RecordFieldPtr< Array<Float> > tsysRF( trec, "TSYS" ) ;
299  RecordFieldPtr<Double> intervalRF( trec, "INTERVAL" ) ;
300  RecordFieldPtr< Array<Double> > dirRF( trec, "DIRECTION" ) ;
301  RecordFieldPtr<Float> azRF( trec, "AZIMUTH" ) ;
302  RecordFieldPtr<Float> elRF( trec, "ELEVATION" ) ;
303  RecordFieldPtr< Array<Double> > scrRF( trec, "SCANRATE" ) ;
304  RecordFieldPtr<uInt> cycleRF( trec, "CYCLENO" ) ;
305  RecordFieldPtr<uInt> flrRF( trec, "FLAGROW" ) ;
306  RecordFieldPtr<uInt> tcalidRF( trec, "TCAL_ID" ) ;
307  RecordFieldPtr<uInt> widRF( trec, "WEATHER_ID" ) ;
308  RecordFieldPtr<uInt> polnoRF( trec, "POLNO" ) ;
309
310
311  // REFBEAMNO
312  RecordFieldPtr<Int> intRF( trec, "REFBEAMNO" ) ;
313  *intRF = 0 ;
314
315  // FIT_ID
316  intRF.attachToRecord( trec, "FIT_ID" ) ;
317  *intRF = -1 ;
318
319  // OPACITY
320  RecordFieldPtr<Float> floatRF( trec, "OPACITY" ) ;
321  *floatRF = 0.0 ;
322
323  //
324  // ITERATION: OBSERVATION_ID
325  //
326  TableIterator iter0( mstable_, "OBSERVATION_ID" ) ;
327  while( !iter0.pastEnd() ) {
328//     time0 = gettimeofday_sec() ;
329//     os_ << "start 0th iteration: " << time0 << LogIO::POST ;
330    Table t0 = iter0.table() ;
331    tcolr = tpoolr->construct( t0, "OBSERVATION_ID" ) ;
332    Int obsId = tcolr->asInt( 0 ) ;
333    tpoolr->destroy( tcolr ) ;
334    if ( sdh.observer == "" ) {
335      tcolr = tpoolr->construct( obstab, "OBSERVER" ) ;
336      sdh.observer = tcolr->asString( obsId ) ;
337      tpoolr->destroy( tcolr ) ;
338    }
339    if ( sdh.project == "" ) {
340      tcolr = tpoolr->construct( obstab, "PROJECT" ) ;
341      sdh.observer = tcolr->asString( obsId ) ;
342      tpoolr->destroy( tcolr ) ;
343    }
344    ROArrayMeasColumn<MEpoch> *tmpMeasCol = new ROArrayMeasColumn<MEpoch>( obstab, "TIME_RANGE" ) ;
345    MEpoch me = (*tmpMeasCol)( obsId )( IPosition(1,0) ) ;
346    delete tmpMeasCol ;
347    if ( sdh.utc == 0.0 ) {
348      sdh.utc = me.get( "d" ).getValue() ;
349    }
350    if ( telescopeName == "" ) {
351      tcolr = tpoolr->construct( obstab, "TELESCOPE_NAME" ) ;
352      telescopeName = tcolr->asString( obsId ) ;
353      tpoolr->destroy( tcolr ) ;
354    }
355    Int nbeam = 0 ;
356//     time1 = gettimeofday_sec() ;
357//     os_ << "end 0th iteration init: " << time1 << " (" << time1-time0 << "sec)" << LogIO::POST ;
358    //
359    // ITERATION: FEED1
360    //
361    TableIterator iter1( t0, "FEED1" ) ;
362    while( !iter1.pastEnd() ) {
363//       time0 = gettimeofday_sec() ;
364//       os_ << "start 1st iteration: " << time0 << LogIO::POST ;
365      Table t1 = iter1.table() ;
366      // assume FEED1 == FEED2
367      tcolr = tpoolr->construct( t1, "FEED1" ) ;
368      Int feedId = tcolr->asInt( 0 ) ;
369      tpoolr->destroy( tcolr ) ;
370      nbeam++ ;
371
372      // BEAMNO
373      RecordFieldPtr<uInt> uintRF( trec, "BEAMNO" ) ;
374      *uintRF = feedId ;
375
376      // FOCUS_ID
377      uintRF.attachToRecord( trec, "FOCUS_ID" ) ;
378      *uintRF = 0 ;
379
380//       time1 = gettimeofday_sec() ;
381//       os_ << "end 1st iteration init: " << time1 << " (" << time1-time0 << "sec)" << LogIO::POST ;
382      //
383      // ITERATION: FIELD_ID
384      //
385      TableIterator iter2( t1, "FIELD_ID" ) ;
386      while( !iter2.pastEnd() ) {
387//         time0 = gettimeofday_sec() ;
388//         os_ << "start 2nd iteration: " << time0 << LogIO::POST ;
389        Table t2 = iter2.table() ;
390        tcolr = tpoolr->construct( t2, "FIELD_ID" ) ;
391        Int fieldId = tcolr->asInt( 0 ) ;
392        tpoolr->destroy( tcolr ) ;
393        tcolr = tpoolr->construct( fieldtab, "SOURCE_ID" ) ;
394        Int srcId = tcolr->asInt( fieldId ) ;
395        tpoolr->destroy( tcolr ) ;
396        tcolr = tpoolr->construct( fieldtab, "NAME" ) ;
397        String fieldName = tcolr->asString( fieldId ) + "__" + String::toString(fieldId) ;
398        tpoolr->destroy( tcolr ) ;
399        ROArrayMeasColumn<MDirection> *delayDirCol = new ROArrayMeasColumn<MDirection>( fieldtab, "DELAY_DIR" ) ;
400        Vector<MDirection> delayDir = (*delayDirCol)( fieldId ) ;
401        delete delayDirCol ;
402        Vector<Double> defaultScanrate( 2, 0.0 ) ;
403        Vector<Double> defaultDir = delayDir[0].getAngle( "rad" ).getValue() ;
404        if ( delayDir.nelements() > 1 )
405          defaultScanrate = delayDir[1].getAngle( "rad" ).getValue() ;
406         
407
408        // FIELDNAME
409        RecordFieldPtr<String> strRF( trec, "FIELDNAME" ) ;
410        *strRF = fieldName ;
411
412
413//         time1 = gettimeofday_sec() ;
414//         os_ << "end 2nd iteration init: " << time1 << " (" << time1-time0 << "sec)" << LogIO::POST ;
415        //
416        // ITERATION: DATA_DESC_ID
417        //
418        TableIterator iter3( t2, "DATA_DESC_ID" ) ;
419        while( !iter3.pastEnd() ) {
420//           time0 = gettimeofday_sec() ;
421//           os_ << "start 3rd iteration: " << time0 << LogIO::POST ;
422          Table t3 = iter3.table() ;
423          tcolr = tpoolr->construct( t3, "DATA_DESC_ID" ) ;
424          Int ddId = tcolr->asInt( 0 ) ;
425          tpoolr->destroy( tcolr ) ;
426          tcolr = tpoolr->construct( ddtab, "POLARIZATION_ID" ) ;
427          Int polId = tcolr->asInt( ddId ) ;
428          tpoolr->destroy( tcolr ) ;
429          tcolr = tpoolr->construct( ddtab, "SPECTRAL_WINDOW_ID" ) ;
430          Int spwId = tcolr->asInt( ddId ) ;
431          tpoolr->destroy( tcolr ) ;
432          // TODO: This must be updated if writer will be replaced from STWriter to MSWriter
433          sdh.nif = max( sdh.nif, spwId ) ;
434
435          // IFNO
436          uintRF.attachToRecord( trec, "IFNO" ) ;
437          *uintRF = (uInt)spwId ;
438
439          // polarization information
440          tcolr = tpoolr->construct( poltab, "NUM_CORR" ) ;
441          Int npol = tcolr->asInt( polId ) ;
442          tpoolr->destroy( tcolr ) ;
443          ROArrayColumn<Int> *roArrICol = new ROArrayColumn<Int>( poltab, "CORR_TYPE" ) ;
444          Vector<Int> corrtype = (*roArrICol)( polId ) ;
445          delete roArrICol ;
446//           os_ << "npol = " << npol << LogIO::POST ;
447//           os_ << "corrtype = " << corrtype << LogIO::POST ;
448          sdh.npol = max( sdh.npol, npol ) ;
449          if ( sdh.poltype == "" ) sdh.poltype = getPolType( corrtype[0] ) ;
450          // source information
451//           os_ << "srcId = " << srcId << ", spwId = " << spwId << LogIO::POST ;
452          MSSource srctabSel = srctab( srctab.col("SOURCE_ID") == srcId && srctab.col("SPECTRAL_WINDOW_ID") == spwId ) ;
453          if ( srctabSel.nrow() == 0 ) {
454            srctabSel = srctab( srctab.col("SOURCE_ID") == srcId && srctab.col("SPECTRAL_WINDOW_ID") == -1 ) ;
455          }
456          String srcName( "" ) ;
457          Vector<Double> srcPM( 2, 0.0 ) ;
458          Vector<Double> srcDir( 2, 0.0 ) ;
459          MDirection md ;
460          Int numLines = 0 ;
461          ROArrayColumn<Double> *roArrDCol = 0 ;
462          if ( srctabSel.nrow() > 0 ) {
463            // source name
464            tcolr = tpoolr->construct( srctabSel, "NAME" ) ;
465            srcName = tcolr->asString( 0 ) ;
466            tpoolr->destroy( tcolr ) ;
467
468            // source proper motion
469            roArrDCol = new ROArrayColumn<Double>( srctabSel, "PROPER_MOTION" ) ;
470            srcPM = (*roArrDCol)( 0 ) ;
471            delete roArrDCol ;
472           
473            // source direction
474            roArrDCol = new ROArrayColumn<Double>( srctabSel, "DIRECTION" ) ;
475            srcDir = (*roArrDCol)( 0 ) ;
476            delete roArrDCol ;
477
478            // source direction as MDirection object
479            ROScalarMeasColumn<MDirection> *tmpMeasCol = new ROScalarMeasColumn<MDirection>( srctabSel, "DIRECTION" ) ;
480            md = (*tmpMeasCol)( 0 ) ;
481            delete tmpMeasCol ;
482
483            // number of lines
484            tcolr = tpoolr->construct( srctabSel, "NUM_LINES" ) ;
485            Int numLines = tcolr->asInt( 0 ) ;
486            tpoolr->destroy( tcolr ) ;
487
488          }
489          else {
490            md = MDirection( Quantum<Double>(0.0,Unit("rad")), Quantum<Double>(0.0,Unit("rad")) ) ;
491          }
492
493          // SRCNAME
494          strRF.attachToRecord( trec, "SRCNAME" ) ;
495          *strRF = srcName ;
496
497//           os_ << "srcName = " << srcName << LogIO::POST ;
498
499          // SRCPROPERMOTION
500          RecordFieldPtr< Array<Double> > darrRF( trec, "SRCPROPERMOTION" ) ;
501          *darrRF = srcPM ;
502
503          //os_ << "srcPM = " << srcPM << LogIO::POST ;
504
505          // SRCDIRECTION
506          darrRF.attachToRecord( trec, "SRCDIRECTION" ) ;
507          *darrRF = srcDir ;
508
509          //os_ << "srcDir = " << srcDir << LogIO::POST ;
510
511          // for MOLECULES subtable
512//           os_ << "numLines = " << numLines << LogIO::POST ;
513
514          Vector<Double> restFreqs( numLines, 0.0 ) ;
515          Vector<String> transitionName( numLines, "" ) ;
516          Vector<Double> sysVels ;
517          Double sysVel = 0.0 ;
518          if ( numLines != 0 ) {
519            if ( srctabSel.tableDesc().isColumn( "REST_FREQUENCY" ) ) {
520              sharedQDArrCol = new ROArrayQuantColumn<Double>( srctabSel, "REST_FREQUENCY" ) ;
521              Array< Quantum<Double> > qRestFreqs = (*sharedQDArrCol)( 0 ) ;
522              delete sharedQDArrCol ;
523              for ( int i = 0 ; i < numLines ; i++ ) {
524                restFreqs[i] = qRestFreqs( IPosition( 1, i ) ).getValue( "Hz" ) ;
525              }
526            }
527//             os_ << "restFreqs = " << restFreqs << LogIO::POST ;
528            if ( srctabSel.tableDesc().isColumn( "TRANSITION" ) ) {
529              ROArrayColumn<String> transitionCol( srctabSel, "TRANSITION" ) ;
530              if ( transitionCol.isDefined( 0 ) )
531                transitionName = transitionCol( 0 ) ;
532              //os_ << "transitionNameCol.nrow() = " << transitionCol.nrow() << LogIO::POST ;
533            }
534            if ( srctabSel.tableDesc().isColumn( "SYSVEL" ) ) {
535              roArrDCol = new ROArrayColumn<Double>( srctabSel, "SYSVEL" ) ;
536              sysVels = (*roArrDCol)( 0 ) ;
537              delete roArrDCol ;
538            }
539            if ( !sysVels.empty() ) {
540              //os_ << "sysVels.shape() = " << sysVels.shape() << LogIO::POST ;
541              // NB: assume all SYSVEL values are the same
542              sysVel = sysVels( IPosition(1,0) ) ;
543            }
544          }
545
546          // SRCVELOCITY
547          RecordFieldPtr<Double> doubleRF( trec, "SRCVELOCITY" ) ;
548          *doubleRF = sysVel ;
549
550//           os_ << "sysVel = " << sysVel << LogIO::POST ;
551
552          uInt molId = table_->molecules().addEntry( restFreqs, transitionName, transitionName ) ;
553
554          // MOLECULE_ID
555          uintRF.attachToRecord( trec, "MOLECULE_ID" ) ;
556          *uintRF = molId ;
557
558          // spectral setup
559          MeasFrame mf( me, mp, md ) ;
560          tcolr = tpoolr->construct( spwtab, "MEAS_FREQ_REF" ) ;
561          MFrequency::Types freqRef = MFrequency::castType((uInt)(tcolr->asInt(spwId))) ;
562          tpoolr->destroy( tcolr ) ;
563          tcolr = tpoolr->construct( spwtab, "NUM_CHAN" ) ;
564          Int nchan = tcolr->asInt( spwId ) ;
565          tpoolr->destroy( tcolr ) ;
566          Bool even = False ;
567          if ( (nchan/2)*2 == nchan ) even = True ;
568          sdh.nchan = max( sdh.nchan, nchan ) ;
569          ROScalarQuantColumn<Double> *tmpQuantCol = new ROScalarQuantColumn<Double>( spwtab, "TOTAL_BANDWIDTH" ) ;
570          Double totbw = (*tmpQuantCol)( spwId ).getValue( "Hz" ) ;
571          delete tmpQuantCol ;
572          sdh.bandwidth = max( sdh.bandwidth, totbw ) ;
573          if ( sdh.freqref == "" )
574            //sdh.freqref = MFrequency::showType( freqRef ) ;
575            sdh.freqref = "LSRK" ;
576          if ( sdh.reffreq == -1.0 ) {
577            tmpQuantCol = new ROScalarQuantColumn<Double>( spwtab, "REF_FREQUENCY" ) ;
578            Quantum<Double> qreffreq = (*tmpQuantCol)( spwId ) ;
579            delete tmpQuantCol ;
580            if ( freqRef == MFrequency::LSRK ) {
581              sdh.reffreq = qreffreq.getValue("Hz") ;
582            }
583            else {
584              MFrequency::Convert tolsr( freqRef, MFrequency::Ref( MFrequency::LSRK, mf ) ) ;
585              sdh.reffreq = tolsr( qreffreq ).get("Hz").getValue() ;
586            }
587          }
588          Int refchan = nchan / 2 ;
589          IPosition refip( 1, refchan ) ;
590          //Double refpix = 0.5*(nchan-1) ;
591          Double refpix = 0.5*(nchan) ;
592          Double refval = 0.0 ;
593          sharedQDArrCol = new ROArrayQuantColumn<Double>( spwtab, "CHAN_WIDTH" ) ;
594          Double increment = (*sharedQDArrCol)( spwId )( refip ).getValue( "Hz" ) ;
595          delete sharedQDArrCol ;
596//           os_ << "nchan = " << nchan << " refchan = " << refchan << "(even=" << even << ") refpix = " << refpix << LogIO::POST ;
597          sharedQDArrCol = new ROArrayQuantColumn<Double>( spwtab, "CHAN_FREQ" ) ;
598          Vector< Quantum<Double> > chanFreqs = (*sharedQDArrCol)( spwId ) ;
599          delete sharedQDArrCol ;
600          if ( freqRef == MFrequency::LSRK ) {
601            if ( even ) {
602              IPosition refip0( 1, refchan-1 ) ;
603              Double refval0 = chanFreqs(refip0).getValue("Hz") ;
604              Double refval1 = chanFreqs(refip).getValue("Hz") ;
605              refval = 0.5 * ( refval0 + refval1 ) ;
606            }
607            else {
608              refval = chanFreqs(refip).getValue("Hz") ;
609            }
610          }
611          else {
612            MFrequency::Convert tolsr( freqRef, MFrequency::Ref( MFrequency::LSRK, mf ) ) ;
613            if ( even ) {
614              IPosition refip0( 1, refchan-1 ) ;
615              Double refval0 = chanFreqs(refip0).getValue("Hz") ;
616              Double refval1 = chanFreqs(refip).getValue("Hz") ;
617              refval = 0.5 * ( refval0 + refval1 ) ;
618              refval = tolsr( refval ).get("Hz").getValue() ;
619            }
620            else {
621              refval = tolsr( chanFreqs(refip) ).get("Hz").getValue() ;
622            }
623          }
624          uInt freqId = table_->frequencies().addEntry( refpix, refval, increment ) ;
625          if ( ifmap.find( spwId ) == ifmap.end() ) {
626            ifmap.insert( pair<Int, uInt>(spwId,freqId) ) ;
627            //os_ << "added to ifmap: (" << spwId << "," << freqId << ")" << LogIO::POST ;
628          }
629
630          // FREQ_ID
631          uintRF.attachToRecord( trec, "FREQ_ID" ) ;
632          *uintRF = freqId ;
633
634          // for TSYS and TCAL
635          Vector<MEpoch> scTime ;
636          Vector<Double> scInterval ;
637          ROArrayColumn<Float> scTsysCol ;
638          MSSysCal caltabsel ;
639          if ( isSysCal_ ) {
640            caltabsel = caltab( caltab.col("ANTENNA_ID") == antenna_ && caltab.col("FEED_ID") == feedId && caltab.col("SPECTRAL_WINDOW_ID") == spwId ).sort("TIME") ;
641            ROScalarMeasColumn<MEpoch> scTimeCol( caltabsel, "TIME" ) ;
642            scTime.resize( caltabsel.nrow() ) ;
643            for ( uInt irow = 0 ; irow < caltabsel.nrow() ; irow++ )
644              scTime[irow] = scTimeCol( irow ) ;
645            ROScalarColumn<Double> *scIntervalCol = new ROScalarColumn<Double>( caltabsel, "INTERVAL" ) ;
646            scInterval = scIntervalCol->getColumn() ;
647            delete scIntervalCol ;
648            scTsysCol.attach( caltabsel, colTsys_ ) ;
649          }
650//           time1 = gettimeofday_sec() ;
651//           os_ << "end 3rd iteration init: " << time1 << " (" << time1-time0 << "sec)" << LogIO::POST ;
652          //
653          // ITERATION: SCAN_NUMBER
654          //
655          TableIterator iter4( t3, "SCAN_NUMBER" ) ;
656          while( !iter4.pastEnd() ) {
657//             time0 = gettimeofday_sec() ;
658//             os_ << "start 4th iteration: " << time0 << LogIO::POST ;
659            Table t4 = iter4.table() ;
660            tcolr = tpoolr->construct( t4, "SCAN_NUMBER" ) ;
661            Int scanNum = tcolr->asInt( 0 ) ;
662            tpoolr->destroy( tcolr ) ;
663
664            // SCANNO
665            uintRF.attachToRecord( trec, "SCANNO" ) ;
666            *uintRF = scanNum - 1 ;
667
668//             time1 = gettimeofday_sec() ;
669//             os_ << "end 4th iteration init: " << time1 << " (" << time1-time0 << "sec)" << LogIO::POST ;
670            //
671            // ITERATION: STATE_ID
672            //
673            TableIterator iter5( t4, "STATE_ID" ) ;
674            while( !iter5.pastEnd() ) {
675//               time0 = gettimeofday_sec() ;
676//               os_ << "start 5th iteration: " << time0 << LogIO::POST ;
677              Table t5 = iter5.table() ;
678              tcolr = tpoolr->construct( t5, "STATE_ID" ) ;
679              Int stateId = tcolr->asInt( 0 ) ;
680              tpoolr->destroy( tcolr ) ;
681              tcolr = tpoolr->construct( stattab, "OBS_MODE" ) ;
682              String obstype = tcolr->asString( stateId ) ;
683              tpoolr->destroy( tcolr ) ;
684              if ( sdh.obstype == "" ) sdh.obstype = obstype ;
685
686              Int nrow = t5.nrow() ;
687//               time1 = gettimeofday_sec() ;
688//               os_ << "end 5th iteration init: " << time1 << " (" << time1-time0 << "sec)" << LogIO::POST ;
689
690              uInt cycle = 0 ;
691
692              Cube<Float> spArr ;
693              Cube<Bool> flArr ;
694              if ( isFloatData_ ) {
695                ROArrayColumn<Bool> mFlagCol( t5, "FLAG" ) ;
696                ROArrayColumn<Float> mFloatDataCol( t5, "FLOAT_DATA" ) ;
697                spArr = mFloatDataCol.getColumn() ;
698                flArr = mFlagCol.getColumn() ;
699                if ( sdh.fluxunit == "" ) {
700                  const TableRecord &dataColKeys = mFloatDataCol.keywordSet() ;
701                  if ( dataColKeys.isDefined( "UNIT" ) )
702                    sdh.fluxunit = dataColKeys.asString( "UNIT" ) ;
703                }
704              }
705              else if ( isData_ ) {
706                spArr.resize( npol, nchan, nrow ) ;
707                flArr.resize( npol, nchan, nrow ) ;
708                ROArrayColumn<Bool> mFlagCol( t5, "FLAG" ) ;
709                ROArrayColumn<Complex> mDataCol( t5, "DATA" ) ;
710                for ( Int irow = 0 ; irow < nrow ; irow++ ) {
711                  Bool crossOK = False ;
712                  Matrix<Complex> sp = mDataCol( irow ) ;
713                  Matrix<Bool> fl = mFlagCol( irow ) ;
714                  Matrix<Float> spxy = spArr.xyPlane( irow ) ;
715                  Matrix<Bool> flxy = flArr.xyPlane( irow ) ;
716                  for ( Int ipol = 0 ; ipol < npol ; ipol++ ) {
717                    if ( corrtype[ipol] == Stokes::XY || corrtype[ipol] == Stokes::YX
718                         || corrtype[ipol] == Stokes::RL || corrtype[ipol] == Stokes::LR ) {
719                      if ( !crossOK ) {
720                        spxy.row( ipol ) = real( sp.row( ipol ) ) ;
721                        flxy.row( ipol ) = fl.row( ipol ) ;
722                        if ( corrtype[ipol] == Stokes::XY || corrtype[ipol] == Stokes::RL ) {
723                          spxy.row( ipol+1 ) = imag( sp.row( ipol ) ) ;
724                          flxy.row( ipol+1 ) = fl.row( ipol ) ;
725                        }                       
726                        else {
727                          spxy.row( ipol+1 ) = imag( conj( sp.row( ipol ) ) ) ;
728                          flxy.row( ipol+1 ) = fl.row( ipol ) ;
729                        }
730                        crossOK = True ;
731                      }
732                    }
733                    else {
734                      spxy.row( ipol ) = real( sp.row( ipol ) ) ;
735                      flxy.row( ipol ) = fl.row( ipol ) ;
736                    }
737                  }
738                }
739                if ( sdh.fluxunit == "" ) {
740                  const TableRecord &dataColKeys = mDataCol.keywordSet() ;
741                  if ( dataColKeys.isDefined( "UNIT" ) )
742                    sdh.fluxunit = dataColKeys.asString( "UNIT" ) ;
743                }
744              }
745              ROScalarMeasColumn<MEpoch> *mTimeCol = new ROScalarMeasColumn<MEpoch>( t5, "TIME" ) ;
746              Block<MEpoch> mTimeB( nrow ) ;
747              for ( Int irow = 0 ; irow < nrow ; irow++ )
748                mTimeB[irow] = (*mTimeCol)( irow ) ;
749              ROTableColumn *mIntervalCol = tpoolr->construct( t5, "INTERVAL" ) ;
750              ROTableColumn *mFlagRowCol = tpoolr->construct( t5, "FLAG_ROW" ) ;
751              Block<Int> sysCalIdx( nrow, -1 ) ;
752              if ( isSysCal_ ) {
753                getSysCalTime( scTime, scInterval, mTimeB, sysCalIdx ) ;
754              }
755              delete mTimeCol ;
756              Matrix<Float> defaulttsys( npol, 1, 1.0 ) ;
757              Int srcType = getSrcType( stateId, tpoolr ) ;
758              uInt diridx = 0 ;
759              MDirection::Types dirType ;
760              uInt wid = 0 ;
761              Int pidx = 0 ;
762              Bool crossOK = False ;
763              Block<uInt> polnos( npol, 99 ) ;
764              for ( Int ipol = 0 ; ipol < npol ; ipol++ ) {
765                Block<uInt> p = getPolNo( corrtype[ipol] ) ;
766                if ( p.size() > 1 ) {
767                  if ( crossOK ) continue ;
768                  else {
769                    polnos[pidx] = p[0] ;
770                    pidx++ ;
771                    polnos[pidx] = p[1] ;
772                    pidx++ ;
773                    crossOK = True ;
774                  }
775                }
776                else {
777                  polnos[pidx] = p[0] ;
778                  pidx++ ;
779                }
780              }
781             
782              // SRCTYPE
783              intRF.attachToRecord( trec, "SRCTYPE" ) ;
784              *intRF = srcType ;
785
786              for ( Int irow = 0 ; irow < nrow ; irow++ ) {
787                // CYCLENO
788                *cycleRF = cycle ;
789
790                // FLAGROW
791                *flrRF = (uInt)mFlagRowCol->asBool( irow ) ;
792
793                // SPECTRA, FLAG
794                Matrix<Float> sp = spArr.xyPlane( irow ) ;
795                Matrix<Bool> flb = flArr.xyPlane( irow ) ;
796                Matrix<uChar> fl( flb.shape() ) ;
797                convertArray( fl, flb ) ;
798
799                // TIME
800                *timeRF = mTimeB[irow].get("d").getValue() ;
801
802                // INTERVAL
803                *intervalRF = (Double)(mIntervalCol->asdouble( irow )) ;
804
805                // TSYS
806                Matrix<Float> tsys ;
807                if ( sysCalIdx[irow] != -1 )
808                  tsys = scTsysCol( irow ) ;
809                else
810                  tsys = defaulttsys ;
811
812                // TCAL_ID
813                Block<uInt> tcalids( npol, 0 ) ;
814                if ( sysCalIdx[irow] != -1 ) {
815                  tcalids = getTcalId( feedId, spwId, scTime[sysCalIdx[irow]] ) ;
816                }
817
818                // WEATHER_ID
819                if ( isWeather_ )
820                  wid = getWeatherId( wid, mTimeB[irow].get("s").getValue() ) ;
821                *widRF = wid ;
822                 
823
824                // DIRECTION, AZEL, SCANRATE
825                if ( getPt_ ) {
826                  Vector<Double> dir ;
827                  Vector<Double> scanrate ;
828                  String refString ;
829                  diridx = getDirection( diridx, dir, scanrate, refString, pointtab, mTimeB[irow].get("s").getValue() ) ;
830                  MDirection::getType( dirType, refString ) ;
831                  mf.resetEpoch( mTimeB[irow] ) ;
832                  mf.resetDirection( MDirection( MVDirection(dir), dirType ) ) ;
833                  if ( refString == "J2000" ) {
834                    *dirRF = dir ;
835                    MDirection::Convert toazel( dirType, MDirection::Ref( MDirection::AZEL, mf ) ) ;
836                    Vector<Double> azel = toazel( dir ).getAngle("rad").getValue() ;
837                    *azRF = (Float)azel(0) ;
838                    *elRF = (Float)azel(1) ;
839                  }
840                  else if ( refString(0,4) == "AZEL" ) {
841                    *azRF = (Float)dir(0) ;
842                    *elRF = (Float)dir(1) ;
843                    MDirection::Convert toj2000( dirType, MDirection::Ref( MDirection::J2000, mf ) ) ;
844                    Vector<Double> newdir = toj2000( dir ).getAngle("rad").getValue() ;
845                    *dirRF = newdir ;
846                  }
847                  else {
848                    MDirection::Convert toazel( dirType, MDirection::Ref( MDirection::AZEL, mf ) ) ;
849                    Vector<Double> azel = toazel( dir ).getAngle("rad").getValue() ;
850                    MDirection::Convert toj2000( dirType, MDirection::Ref( MDirection::J2000, mf ) ) ;
851                    Vector<Double> newdir = toj2000( dir ).getAngle("rad").getValue() ;
852                    *dirRF = newdir ;
853                    *azRF = (Float)azel(0) ;
854                    *elRF = (Float)azel(1) ;
855                  }
856                  if ( scanrate.size() != 0 ) {
857                    *scrRF = scanrate ;
858                  }
859                  else {
860                    *scrRF = defaultScanrate ;
861                  }
862                }
863                else {
864                  String ref = md.getRefString() ;
865                  //Vector<Double> defaultDir = srcDir ;
866                  MDirection::getType( dirType, "J2000" ) ;
867                  if ( ref != "J2000" ) {
868                    ROScalarMeasColumn<MEpoch> tmCol( pointtab, "TIME" ) ;
869                    mf.resetEpoch( tmCol( 0 ) ) ;
870                    MDirection::Convert toj2000( dirType, MDirection::Ref( MDirection::J2000, mf ) ) ;
871                    defaultDir = toj2000( defaultDir ).getAngle("rad").getValue() ;
872                  }
873                  mf.resetEpoch( mTimeB[irow] ) ;
874                  MDirection::Convert toazel( dirType, MDirection::Ref( MDirection::AZEL, mf ) ) ;
875                  Vector<Double> azel = toazel( defaultDir ).getAngle("rad").getValue() ;
876                  *azRF = (Float)azel(0) ;
877                  *elRF = (Float)azel(1) ;
878                  *dirRF = defaultDir ;
879                  *scrRF = defaultScanrate ;
880                }
881
882                // Polarization dependent things
883                for ( Int ipol = 0 ; ipol < npol ; ipol++ ) {
884                  // POLNO
885                  *polnoRF = polnos[ipol] ;
886
887                  //*spRF = sp.row( ipol ) ;
888                  //*ucarrRF = fl.row( ipol ) ;
889                  //*tsysRF = tsys.row( ipol ) ;
890                  spRF.define( sp.row( ipol ) ) ;
891                  ucarrRF.define( fl.row( ipol ) ) ;
892                  tsysRF.define( tsys.row( ipol ) ) ;
893                  *tcalidRF = tcalids[ipol] ;
894
895                  // Commit row
896                  stab.addRow() ;
897                  row.put( stab.nrow()-1 ) ;
898                }
899
900                cycle++ ;
901              }
902              tpoolr->destroy( mIntervalCol ) ;
903              tpoolr->destroy( mFlagRowCol ) ;
904
905//               time1 = gettimeofday_sec() ;
906//               os_ << "end 5th iteration: " << time1 << " (" << time1-time0 << "sec)" << LogIO::POST ;
907
908              iter5.next() ;
909            }
910
911
912            iter4.next() ;
913          }
914
915
916          iter3.next() ;
917        }
918
919             
920        iter2.next() ;
921      }
922
923
924      iter1.next() ;
925    }
926    if ( sdh.nbeam < nbeam ) sdh.nbeam = nbeam ;
927
928    iter0.next() ;
929  }
930
931
932  delete tpoolr ;
933
934
935  // Table Keywords
936  // TODO: This must be updated if writer will be replaced from STWriter to MSWriter
937//   sdh.nif = ifmap.size() ;
938  sdh.nif++ ;
939  if ( ( telescopeName == "" ) || ( antennaName == telescopeName ) ) {
940    sdh.antennaname = antennaName ;
941  }
942  else {
943    sdh.antennaname = telescopeName + "//" + antennaName ;
944  }
945  if ( stationName != "" ) {
946    sdh.antennaname += "@" + stationName ;
947  }
948  ROArrayColumn<Double> pdirCol( pointtab, "DIRECTION" ) ;
949  String dirref = pdirCol.keywordSet().asRecord("MEASINFO").asString("Ref") ;
950  if ( dirref == "AZELGEO" || dirref == "AZEL" ) {
951    dirref = "J2000" ;
952  }
953  sscanf( dirref.chars()+1, "%f", &sdh.equinox ) ;
954  sdh.epoch = "UTC" ;
955  if (sdh.freqref == "TOPO") {
956    sdh.freqref = "TOPOCENT";
957  } else if (sdh.freqref == "GEO") {
958    sdh.freqref = "GEOCENTR";
959  } else if (sdh.freqref == "BARY") {
960    sdh.freqref = "BARYCENT";
961  } else if (sdh.freqref == "GALACTO") {
962    sdh.freqref = "GALACTOC";
963  } else if (sdh.freqref == "LGROUP") {
964    sdh.freqref = "LOCALGRP";
965  } else if (sdh.freqref == "CMB") {
966    sdh.freqref = "CMBDIPOL";
967  } else if (sdh.freqref == "REST") {
968    sdh.freqref = "SOURCE";
969  }
970  table_->setHeader( sdh ) ;
971
972  // save path to POINTING table
973  // 2011/3/2 TN
974  // So far, path to original POINTING table is always stored
975  // since sd tasks and regressions don't support getpt control
976  //if ( !getPt_ ) {
977  Path datapath( tablename_ ) ;
978  String pTabName = datapath.absoluteName() + "/POINTING" ;
979  stab.rwKeywordSet().define( "POINTING", pTabName ) ;
980  //}
981
982  // for GBT
983  if ( antennaName.contains( "GBT" ) ) {
984    String goTabName = datapath.absoluteName() + "/GBT_GO" ;
985    stab.rwKeywordSet().define( "GBT_GO", goTabName ) ;
986  }
987
988  // for MS created from ASDM
989  //mstable_.keywordSet().print(cout) ;
990  const TableRecord &msKeys = mstable_.keywordSet() ;
991  uInt nfields = msKeys.nfields() ;
992  for ( uInt ifield = 0 ; ifield < nfields ; ifield++ ) {
993    String name = msKeys.name( ifield ) ;
994    //os_ << "name = " << name << LogIO::POST ;
995    if ( name.find( "ASDM" ) != String::npos ) {
996      String asdmpath = msKeys.asTable( ifield ).tableName() ;
997      os_ << "ASDM table: " << asdmpath << LogIO::POST ;
998      stab.rwKeywordSet().define( name, asdmpath ) ;
999    }
1000  }
1001
1002//   double endSec = gettimeofday_sec() ;
1003//   os_ << "end MSFiller::fill() endSec=" << endSec << " (" << endSec-startSec << "sec)" << LogIO::POST ;
1004}
1005
1006void MSFiller::close()
1007{
1008  //tablesel_.closeSubTables() ;
1009  mstable_.closeSubTables() ;
1010  //tablesel_.unlock() ;
1011  mstable_.unlock() ;
1012}
1013
1014Int MSFiller::getSrcType( Int stateId, boost::object_pool<ROTableColumn> *tpool )
1015{
1016//   double startSec = gettimeofday_sec() ;
1017//   os_ << "start MSFiller::getSrcType() startSec=" << startSec << LogIO::POST ;
1018
1019  MSState statetab = mstable_.state() ;
1020  ROTableColumn *sharedCol ;
1021  sharedCol = tpool->construct( statetab, "OBS_MODE" ) ;
1022  String obsMode = sharedCol->asString( stateId ) ;
1023  tpool->destroy( sharedCol ) ;
1024  sharedCol = tpool->construct( statetab, "SIG" ) ;
1025  Bool sig = sharedCol->asBool( stateId ) ;
1026  tpool->destroy( sharedCol ) ;
1027  sharedCol = tpool->construct( statetab, "REF" ) ;
1028  Bool ref = sharedCol->asBool( stateId ) ;
1029  tpool->destroy( sharedCol ) ;
1030  sharedCol = tpool->construct( statetab, "CAL" ) ;
1031  Double cal = (Double)(sharedCol->asdouble( stateId )) ;
1032  tpool->destroy( sharedCol ) ;
1033  //os_ << "OBS_MODE = " << obsMode << LogIO::POST ;
1034
1035  // determine separator
1036  String sep = "" ;
1037  if ( obsMode.find( ":" ) != String::npos ) {
1038    sep = ":" ;
1039  }
1040  else if ( obsMode.find( "." ) != String::npos ) {
1041    sep = "." ;
1042  }
1043
1044  // determine SRCTYPE
1045  Int srcType = SrcType::NOTYPE ;
1046  if ( sep == ":" ) {
1047    // sep == ":"
1048    //
1049    // GBT case
1050    //
1051    // obsMode1=Nod
1052    //    NOD
1053    // obsMode1=OffOn
1054    //    obsMode2=PSWITCHON:  PSON
1055    //    obsMode2=PSWITCHOFF: PSOFF
1056    // obsMode1=??
1057    //    obsMode2=FSWITCH:
1058    //       SIG=1: FSON
1059    //       REF=1: FSOFF
1060    // Calibration scan if CAL != 0
1061    Int epos = obsMode.find_first_of( sep ) ;
1062    Int nextpos = obsMode.find_first_of( sep, epos+1 ) ;
1063    String obsMode1 = obsMode.substr( 0, epos ) ;
1064    String obsMode2 = obsMode.substr( epos+1, nextpos-epos-1 ) ;
1065    if ( obsMode1 == "Nod" ) {
1066      srcType = SrcType::NOD ;
1067    }
1068    else if ( obsMode1 == "OffOn" ) {
1069      if ( obsMode2 == "PSWITCHON" ) srcType = SrcType::PSON ;
1070      if ( obsMode2 == "PSWITCHOFF" ) srcType = SrcType::PSOFF ;
1071    }
1072    else {
1073      if ( obsMode2 == "FSWITCH" ) {
1074        if ( sig ) srcType = SrcType::FSON ;
1075        if ( ref ) srcType = SrcType::FSOFF ;
1076      }
1077    }
1078    if ( cal > 0.0 ) {
1079      if ( srcType == SrcType::NOD )
1080        srcType = SrcType::NODCAL ;
1081      else if ( srcType == SrcType::PSON )
1082        srcType = SrcType::PONCAL ;
1083      else if ( srcType == SrcType::PSOFF )
1084        srcType = SrcType::POFFCAL ;
1085      else if ( srcType == SrcType::FSON )
1086        srcType = SrcType::FONCAL ;
1087      else if ( srcType == SrcType::FSOFF )
1088        srcType = SrcType::FOFFCAL ;
1089      else
1090        srcType = SrcType::CAL ;
1091    }
1092  }
1093  else if ( sep == "." ) {
1094    // sep == "."
1095    //
1096    // ALMA & EVLA case (MS via ASDM)
1097    //
1098    // obsMode1=CALIBRATE_*
1099    //    obsMode2=ON_SOURCE: PONCAL
1100    //    obsMode2=OFF_SOURCE: POFFCAL
1101    // obsMode1=OBSERVE_TARGET
1102    //    obsMode2=ON_SOURCE: PON
1103    //    obsMode2=OFF_SOURCE: POFF
1104    string substr[2] ;
1105    int numSubstr = split( obsMode, substr, 2, "," ) ;
1106    //os_ << "numSubstr = " << numSubstr << LogIO::POST ;
1107    //for ( int i = 0 ; i < numSubstr ; i++ )
1108    //os_ << "substr[" << i << "] = " << substr[i] << LogIO::POST ;
1109    String obsType( substr[0] ) ;
1110    //os_ << "obsType = " << obsType << LogIO::POST ;
1111    Int epos = obsType.find_first_of( sep ) ;
1112    Int nextpos = obsType.find_first_of( sep, epos+1 ) ;
1113    String obsMode1 = obsType.substr( 0, epos ) ;
1114    String obsMode2 = obsType.substr( epos+1, nextpos-epos-1 ) ;
1115    //os_ << "obsMode1 = " << obsMode1 << LogIO::POST ;
1116    //os_ << "obsMode2 = " << obsMode2 << LogIO::POST ;
1117    if ( obsMode1.find( "CALIBRATE_" ) == 0 ) {
1118      if ( obsMode2 == "ON_SOURCE" ) srcType = SrcType::PONCAL ;
1119      if ( obsMode2 == "OFF_SOURCE" ) srcType = SrcType::POFFCAL ;
1120    }
1121    else if ( obsMode1 == "OBSERVE_TARGET" ) {
1122      if ( obsMode2 == "ON_SOURCE" ) srcType = SrcType::PSON ;
1123      if ( obsMode2 == "OFF_SOURCE" ) srcType = SrcType::PSOFF ;
1124    }
1125  }
1126  else {
1127    if ( sig ) srcType = SrcType::SIG ;
1128    if ( ref ) srcType = SrcType::REF ;
1129  }
1130   
1131  //os_ << "srcType = " << srcType << LogIO::POST ;
1132//   double endSec = gettimeofday_sec() ;
1133//   os_ << "end MSFiller::getSrcType() endSec=" << endSec << " (" << endSec-startSec << "sec)" << LogIO::POST ;
1134  return srcType ;
1135}
1136
1137//Vector<uInt> MSFiller::getPolNo( Int corrType )
1138Block<uInt> MSFiller::getPolNo( Int corrType )
1139{
1140//   double startSec = gettimeofday_sec() ;
1141//   os_ << "start MSFiller::getPolNo() startSec=" << startSec << LogIO::POST ;
1142  Block<uInt> polno( 1 ) ;
1143
1144  if ( corrType == Stokes::I || corrType == Stokes::RR || corrType == Stokes::XX ) {
1145    polno = 0 ;
1146  }
1147  else if ( corrType == Stokes::Q || corrType == Stokes::LL || corrType == Stokes::YY ) {
1148    polno = 1 ;
1149  }
1150  else if ( corrType == Stokes::U ) {
1151    polno = 2 ;
1152  }
1153  else if ( corrType == Stokes::V ) {
1154    polno = 3 ;
1155  }
1156  else if ( corrType == Stokes::RL || corrType == Stokes::XY || corrType == Stokes::LR || corrType == Stokes::RL ) {
1157    polno.resize( 2 ) ;
1158    polno[0] = 2 ;
1159    polno[1] = 3 ;
1160  }
1161  else if ( corrType == Stokes::Plinear ) {
1162    polno[0] = 1 ;
1163  }
1164  else if ( corrType == Stokes::Pangle ) {
1165    polno[0] = 2 ;
1166  }
1167  else {
1168    polno = 99 ;
1169  }
1170  //os_ << "polno = " << polno << LogIO::POST ;
1171//   double endSec = gettimeofday_sec() ;
1172//   os_ << "end MSFiller::getPolNo() endSec=" << endSec << " (" << endSec-startSec << "sec)" << LogIO::POST ;
1173 
1174  return polno ;
1175}
1176
1177String MSFiller::getPolType( Int corrType )
1178{
1179//   double startSec = gettimeofday_sec() ;
1180//   os_ << "start MSFiller::getPolType() startSec=" << startSec << LogIO::POST ;
1181  String poltype = "" ;
1182
1183  if ( corrType == Stokes::I || corrType == Stokes::Q || corrType == Stokes::U || corrType == Stokes::V )
1184    poltype = "stokes" ;
1185  else if ( corrType == Stokes::XX || corrType == Stokes::YY || corrType == Stokes::XY || corrType == Stokes::YX )
1186    poltype = "linear" ;
1187  else if ( corrType == Stokes::RR || corrType == Stokes::LL || corrType == Stokes::RL || corrType == Stokes::LR )
1188    poltype = "circular" ;
1189  else if ( corrType == Stokes::Plinear || corrType == Stokes::Pangle )
1190    poltype = "linpol" ;
1191
1192//   double endSec = gettimeofday_sec() ;
1193//   os_ << "end MSFiller::getPolType() endSec=" << endSec << " (" << endSec-startSec << "sec)" << LogIO::POST ;
1194  return poltype ;
1195}
1196
1197void MSFiller::fillWeather()
1198{
1199//   double startSec = gettimeofday_sec() ;
1200//   os_ << "start MSFiller::fillWeather() startSec=" << startSec << LogIO::POST ;
1201
1202  if ( !isWeather_ ) {
1203    // add dummy row
1204    table_->weather().table().addRow(1,True) ;
1205    return ;
1206  }
1207
1208  Table mWeather = mstable_.weather()  ;
1209  //Table mWeatherSel = mWeather( mWeather.col("ANTENNA_ID") == antenna_ ).sort("TIME") ;
1210  Table mWeatherSel( mWeather( mWeather.col("ANTENNA_ID") == antenna_ ).sort("TIME") ) ;
1211  //os_ << "mWeatherSel.nrow() = " << mWeatherSel.nrow() << LogIO::POST ;
1212  if ( mWeatherSel.nrow() == 0 ) {
1213    os_ << "No rows with ANTENNA_ID = " << antenna_ << " in WEATHER table, Try -1..." << LogIO::POST ;
1214    mWeatherSel = Table( MSWeather( mWeather( mWeather.col("ANTENNA_ID") == -1 ) ) ) ;
1215    if ( mWeatherSel.nrow() == 0 ) {
1216      os_ << "No rows in WEATHER table" << LogIO::POST ;
1217    }
1218  }
1219  uInt wnrow = mWeatherSel.nrow() ;
1220  //os_ << "wnrow = " << wnrow << LogIO::POST ;
1221
1222  if ( wnrow == 0 )
1223    return ;
1224
1225  Table wtab = table_->weather().table() ;
1226  wtab.addRow( wnrow ) ;
1227
1228  ScalarColumn<Float> *fCol ;
1229  ROScalarColumn<Float> *sharedFloatCol ;
1230  if ( mWeatherSel.tableDesc().isColumn( "TEMPERATURE" ) ) {
1231    fCol = new ScalarColumn<Float>( wtab, "TEMPERATURE" ) ;
1232    sharedFloatCol = new ROScalarColumn<Float>( mWeatherSel, "TEMPERATURE" ) ;
1233    fCol->putColumn( *sharedFloatCol ) ;
1234    delete sharedFloatCol ;
1235    delete fCol ;
1236  }
1237  if ( mWeatherSel.tableDesc().isColumn( "PRESSURE" ) ) {
1238    fCol = new ScalarColumn<Float>( wtab, "PRESSURE" ) ;
1239    sharedFloatCol = new ROScalarColumn<Float>( mWeatherSel, "PRESSURE" ) ;
1240    fCol->putColumn( *sharedFloatCol ) ;
1241    delete sharedFloatCol ;
1242    delete fCol ;
1243  }
1244  if ( mWeatherSel.tableDesc().isColumn( "REL_HUMIDITY" ) ) {
1245    fCol = new ScalarColumn<Float>( wtab, "HUMIDITY" ) ;
1246    sharedFloatCol = new ROScalarColumn<Float>( mWeatherSel, "REL_HUMIDITY" ) ;
1247    fCol->putColumn( *sharedFloatCol ) ;
1248    delete sharedFloatCol ;
1249    delete fCol ;
1250  }
1251  if ( mWeatherSel.tableDesc().isColumn( "WIND_SPEED" ) ) { 
1252    fCol = new ScalarColumn<Float>( wtab, "WINDSPEED" ) ;
1253    sharedFloatCol = new ROScalarColumn<Float>( mWeatherSel, "WIND_SPEED" ) ;
1254    fCol->putColumn( *sharedFloatCol ) ;
1255    delete sharedFloatCol ;
1256    delete fCol ;
1257  }
1258  if ( mWeatherSel.tableDesc().isColumn( "WIND_DIRECTION" ) ) {
1259    fCol = new ScalarColumn<Float>( wtab, "WINDAZ" ) ;
1260    sharedFloatCol = new ROScalarColumn<Float>( mWeatherSel, "WIND_DIRECTION" ) ;
1261    fCol->putColumn( *sharedFloatCol ) ;
1262    delete sharedFloatCol ;
1263    delete fCol ;
1264  }
1265  ScalarColumn<uInt> idCol( wtab, "ID" ) ;
1266  for ( uInt irow = 0 ; irow < wnrow ; irow++ )
1267    idCol.put( irow, irow ) ;
1268
1269  ROScalarQuantColumn<Double> tqCol( mWeatherSel, "TIME" ) ;
1270  ROScalarColumn<Double> tCol( mWeatherSel, "TIME" ) ;
1271  String tUnit = tqCol.getUnits() ;
1272  mwTime_ = tCol.getColumn() ;
1273  if ( tUnit == "d" )
1274    mwTime_ *= 86400.0 ;
1275  tqCol.attach( mWeatherSel, "INTERVAL" ) ;
1276  tCol.attach( mWeatherSel, "INTERVAL" ) ;
1277  String iUnit = tqCol.getUnits() ;
1278  mwInterval_ = tCol.getColumn() ;
1279  if ( iUnit == "d" )
1280    mwInterval_ *= 86400.0 ;
1281  //os_ << "mwTime[0] = " << mwTime_[0] << " mwInterval[0] = " << mwInterval_[0] << LogIO::POST ;
1282//   double endSec = gettimeofday_sec() ;
1283//   os_ << "end MSFiller::fillWeather() endSec=" << endSec << " (" << endSec-startSec << "sec)" << LogIO::POST ;
1284}
1285
1286void MSFiller::fillFocus()
1287{
1288//   double startSec = gettimeofday_sec() ;
1289//   os_ << "start MSFiller::fillFocus() startSec=" << startSec << LogIO::POST ;
1290  // tentative
1291  Table tab = table_->focus().table() ;
1292  tab.addRow( 1 ) ;
1293  ScalarColumn<uInt> idCol( tab, "ID" ) ;
1294  idCol.put( 0, 0 ) ;
1295//   double endSec = gettimeofday_sec() ;
1296//   os_ << "end MSFiller::fillFocus() endSec=" << endSec << " (" << endSec-startSec << "sec)" << LogIO::POST ;
1297}
1298
1299void MSFiller::fillTcal( boost::object_pool<ROTableColumn> *tpoolr )
1300{
1301//   double startSec = gettimeofday_sec() ;
1302//   os_ << "start MSFiller::fillTcal() startSec=" << startSec << LogIO::POST ;
1303
1304  if ( !isSysCal_ ) {
1305    // add dummy row
1306    os_ << "No SYSCAL rows" << LogIO::POST ;
1307    table_->tcal().table().addRow(1,True) ;
1308    Vector<Float> defaultTcal( 1, 1.0 ) ;
1309    ArrayColumn<Float> tcalCol( table_->tcal().table(), "TCAL" ) ;
1310    tcalCol.put( 0, defaultTcal ) ;
1311    return ;
1312  }
1313
1314  Table sctab = mstable_.sysCal() ;
1315  if ( sctab.nrow() == 0 ) {
1316    os_ << "No SYSCAL rows" << LogIO::POST ;
1317    return ;
1318  }
1319  Table sctabsel( sctab( sctab.col("ANTENNA_ID") == antenna_ ) ) ;
1320  if ( sctabsel.nrow() == 0 ) {
1321    os_ << "No SYSCAL rows" << LogIO::POST ;
1322    return ;
1323  }
1324  ROArrayColumn<Float> *tmpTcalCol = new ROArrayColumn<Float>( sctabsel, "TCAL" ) ;
1325  uInt npol = tmpTcalCol->shape( 0 )(0) ;
1326  delete tmpTcalCol ;
1327  //os_ << "fillTcal(): npol = " << npol << LogIO::POST ;
1328  Table tab = table_->tcal().table() ;
1329  ArrayColumn<Float> tcalCol( tab, "TCAL" ) ;
1330  ROTableColumn *sharedCol ;
1331  uInt oldnr = 0 ;
1332  uInt newnr = 0 ;
1333  TableRow row( tab ) ;
1334  TableRecord &trec = row.record() ;
1335  RecordFieldPtr<uInt> idRF( trec, "ID" ) ;
1336  RecordFieldPtr<String> timeRF( trec, "TIME" ) ;
1337  RecordFieldPtr< Array<Float> > tcalRF( trec, "TCAL" ) ;
1338  TableIterator iter0( sctabsel, "FEED_ID" ) ;
1339  while( !iter0.pastEnd() ) {
1340    Table t0 = iter0.table() ;
1341    sharedCol = tpoolr->construct( t0, "FEED_ID" ) ;
1342    Int feedId = sharedCol->asInt( 0 ) ;
1343    tpoolr->destroy( sharedCol ) ;
1344    TableIterator iter1( t0, "SPECTRAL_WINDOW_ID" ) ;
1345    while( !iter1.pastEnd() ) {
1346      Table t1 = iter1.table() ;
1347      sharedCol = tpoolr->construct( t1, "SPECTRAL_WINDOW_ID" ) ;
1348      Int spwId = sharedCol->asInt( 0 ) ;
1349      tpoolr->destroy( sharedCol ) ;
1350      tmpTcalCol = new ROArrayColumn<Float>( t1, colTcal_ ) ;
1351      ROScalarQuantColumn<Double> scTimeCol( t1, "TIME" ) ;
1352      Vector<uInt> idminmax( 2, oldnr ) ;
1353      for ( uInt irow = 0 ; irow < t1.nrow() ; irow++ ) {
1354        String sTime = MVTime( scTimeCol(irow) ).string( MVTime::YMD ) ;
1355        *timeRF = sTime ;
1356        uInt idx = oldnr ;
1357        Matrix<Float> subtcal = (*tmpTcalCol)( irow ) ;
1358        for ( uInt ipol = 0 ; ipol < npol ; ipol++ ) {
1359          *idRF = idx++ ;
1360          //*tcalRF = subtcal.row( ipol ) ;
1361          tcalRF.define( subtcal.row( ipol ) ) ;
1362
1363          // commit row
1364          tab.addRow() ;
1365          row.put( tab.nrow()-1 ) ;
1366
1367          newnr++ ;
1368        }
1369        idminmax[0] = oldnr ;
1370        idminmax[1] = newnr - 1 ;
1371        oldnr = newnr ;
1372
1373        String key = keyTcal( feedId, spwId, sTime ) ;
1374        tcalrec_.define( key, idminmax ) ;
1375      }
1376      delete tmpTcalCol ;
1377      iter1++ ;
1378    }
1379    iter0++ ;
1380  }
1381
1382  //tcalrec_.print( std::cout ) ;
1383//   double endSec = gettimeofday_sec() ;
1384//   os_ << "end MSFiller::fillTcal() endSec=" << endSec << " (" << endSec-startSec << "sec)" << LogIO::POST ;
1385}
1386
1387uInt MSFiller::getWeatherId( uInt idx, Double wtime )
1388{
1389//   double startSec = gettimeofday_sec() ;
1390//   os_ << "start MSFiller::getWeatherId() startSec=" << startSec << LogIO::POST ;
1391  uInt nrow = mwTime_.size() ;
1392  if ( nrow < 2 )
1393    return 0 ;
1394  uInt wid = nrow ;
1395  for ( uInt i = idx ; i < nrow-1 ; i++ ) {
1396    Double tStart = mwTime_[i]-0.5*mwInterval_[i] ;
1397    // use of INTERVAL column is problematic
1398    // since there are "blank" time of weather monitoring
1399    //Double tEnd = tStart + mwInterval_[i] ;
1400    Double tEnd = mwTime_[i+1]-0.5*mwInterval_[i+1] ;
1401    //os_ << "tStart = " << tStart << " dtEnd = " << tEnd-tStart << " dwtime = " << wtime-tStart << LogIO::POST ;
1402    if ( wtime >= tStart && wtime <= tEnd ) {
1403      wid = i ;
1404      break ;
1405    }
1406  }
1407  if ( wid == nrow ) {
1408    uInt i = nrow - 1 ;
1409    Double tStart = mwTime_[i-1]+0.5*mwInterval_[i-1] ;
1410    Double tEnd = mwTime_[i]+0.5*mwInterval_[i] ;
1411    //os_ << "tStart = " << tStart << " dtEnd = " << tEnd-tStart << " dwtime = " << wtime-tStart << LogIO::POST ;
1412    if ( wtime >= tStart && wtime <= tEnd )
1413      wid = i-1 ;
1414    else
1415      wid = i ;
1416  }
1417
1418  //if ( wid == nrow )
1419  //os_ << LogIO::WARN << "Couldn't find correct WEATHER_ID for time " << wtime << LogIO::POST ;
1420
1421//   double endSec = gettimeofday_sec() ;
1422//   os_ << "end MSFiller::getWeatherId() endSec=" << endSec << " (" << endSec-startSec << "sec)" << LogIO::POST ;
1423  return wid ;
1424}
1425
1426void MSFiller::getSysCalTime( Vector<MEpoch> &scTime, Vector<Double> &scInterval, Block<MEpoch> &tcol, Block<Int> &tidx )
1427{
1428//   double startSec = gettimeofday_sec() ;
1429//   os_ << "start MSFiller::getSysCalTime() startSec=" << startSec << LogIO::POST ;
1430
1431  if ( !isSysCal_ )
1432    return ;
1433
1434  uInt nrow = tidx.nelements() ;
1435  if ( scTime.nelements() == 0 )
1436    return ;
1437  else if ( scTime.nelements() == 1 ) {
1438    tidx[0] = 0 ;
1439    return ;
1440  }
1441  uInt scnrow = scTime.nelements() ;
1442  uInt idx = 0 ;
1443  const Double half = 0.5e0 ;
1444  // execute  binary search
1445  idx = binarySearch( scTime, tcol[0].get( "s" ).getValue() ) ;
1446  if ( idx != 0 )
1447    idx -= 1 ;
1448  for ( uInt i = 0 ; i < nrow ; i++ ) {
1449    Double t = tcol[i].get( "s" ).getValue() ;
1450    Double tsc = scTime[0].get( "s" ).getValue() ;
1451    if ( t < tsc ) {
1452      tidx[i] = 0 ;
1453      continue ;
1454    }
1455    for ( uInt j = idx ; j < scnrow-1 ; j++ ) {
1456      Double tsc1 = scTime[j].get( "s" ).getValue() ;
1457      Double dt1 = scInterval[j] ;
1458      Double tsc2 = scTime[j+1].get( "s" ).getValue() ;
1459      Double dt2 = scInterval[j+1] ;
1460      if ( t > tsc1-half*dt1 && t <= tsc2-half*dt2 ) {
1461        tidx[i] = j ;
1462        idx = j ;
1463        break ;
1464      }
1465    }
1466    if ( tidx[i] == -1 ) {
1467//       Double tsc = scTime[scnrow-1].get( "s" ).getValue() ;
1468//       Double dt = scInterval[scnrow-1] ;
1469//       if ( t <= tsc+0.5*dt ) {
1470//         tidx[i] = scnrow-1 ;
1471//       }
1472      tidx[i] = scnrow-1 ;
1473    }
1474  }
1475//   double endSec = gettimeofday_sec() ;
1476//   os_ << "end MSFiller::getSysCalTime() endSec=" << endSec << " (" << endSec-startSec << "sec) scnrow = " << scnrow << " tcol.nelements = " << tcol.nelements() << LogIO::POST ;
1477  return ;
1478}
1479
1480Block<uInt> MSFiller::getTcalId( Int fid, Int spwid, MEpoch &t )
1481{
1482//   double startSec = gettimeofday_sec() ;
1483//   os_ << "start MSFiller::getTcalId() startSec=" << startSec << LogIO::POST ;
1484  //if ( table_->tcal().table().nrow() == 0 ) {
1485  if ( !isSysCal_ ) {
1486    os_ << "No TCAL rows" << LogIO::POST ;
1487    Block<uInt> tcalids( 0 ) ;
1488    return  tcalids ;
1489  }   
1490  //String sctime = MVTime( Quantum<Double>(t,"s") ).string(MVTime::YMD) ;
1491  String sctime = MVTime( t.getValue() ).string(MVTime::YMD) ;
1492  String key = keyTcal( fid, spwid, sctime ) ;
1493  if ( !tcalrec_.isDefined( key ) ) {
1494    os_ << "No TCAL rows" << LogIO::POST ;
1495    Block<uInt> tcalids( 0 ) ;
1496    return tcalids ;
1497  }
1498  Vector<uInt> ids = tcalrec_.asArrayuInt( key ) ;
1499  uInt npol = ids[1] - ids[0] + 1 ;
1500  Block<uInt> tcalids( npol ) ;
1501  tcalids[0] = ids[0] ;
1502  tcalids[1] = ids[1] ;
1503  for ( uInt ipol = 2 ; ipol < npol ; ipol++ )
1504    tcalids[ipol] = ids[0] + ipol - 1 ;
1505
1506//   double endSec = gettimeofday_sec() ;
1507//   os_ << "end MSFiller::getTcalId() endSec=" << endSec << " (" << endSec-startSec << "sec)" << LogIO::POST ;
1508  return tcalids ;
1509}
1510
1511uInt MSFiller::getDirection( uInt idx, Vector<Double> &dir, Vector<Double> &srate, String &ref, MSPointing &tab, Double t )
1512{
1513//   double startSec = gettimeofday_sec() ;
1514//   os_ << "start MSFiller::getDirection() startSec=" << startSec << LogIO::POST ;
1515  // assume that cols is sorted by TIME
1516  Bool doInterp = False ;
1517  //uInt nrow = cols.nrow() ;
1518  uInt nrow = tab.nrow() ;
1519  if ( nrow == 0 )
1520    return 0 ;
1521  ROScalarMeasColumn<MEpoch> tcol( tab, "TIME" ) ;
1522  ROArrayMeasColumn<MDirection> dmcol( tab, "DIRECTION" ) ;
1523  ROArrayColumn<Double> dcol( tab, "DIRECTION" ) ;
1524  // binary search if idx == 0
1525  if ( idx == 0 ) {
1526    uInt nrowb = 75000 ;
1527    if ( nrow > nrowb ) {
1528      uInt nblock = nrow / nrowb + 1 ;
1529      for ( uInt iblock = 0 ; iblock < nblock ; iblock++ ) {
1530        uInt high = min( nrowb, nrow-iblock*nrowb ) ;
1531
1532        if ( tcol( high-1 ).get( "s" ).getValue() < t ) {
1533          idx = iblock * nrowb ;
1534          continue ;
1535        }
1536
1537        Vector<MEpoch> tarr( high ) ;
1538        for ( uInt irow = 0 ; irow < high ; irow++ ) {
1539          tarr[irow] = tcol( iblock*nrowb+irow ) ;
1540        }
1541
1542        uInt bidx = binarySearch( tarr, t ) ;
1543
1544        idx = iblock * nrowb + bidx ;
1545        break ;
1546      }
1547    }
1548    else {
1549      Vector<MEpoch> tarr( nrow ) ;
1550      for ( uInt irow = 0 ; irow < nrow ; irow++ ) {
1551        tarr[irow] = tcol( irow ) ;
1552      }
1553      idx = binarySearch( tarr, t ) ;
1554    }
1555  }
1556  // ensure that tcol(idx) < t
1557  //os_ << "tcol(idx) = " << tcol(idx).get("s").getValue() << " t = " << t << " diff = " << tcol(idx).get("s").getValue()-t << endl ;
1558  while ( tcol(idx).get("s").getValue() > t && idx > 0 )
1559    idx-- ;
1560  //os_ << "idx = " << idx << LogIO::POST ;
1561
1562  // index search
1563  for ( uInt i = idx ; i < nrow ; i++ ) {
1564    Double tref = tcol( i ).get( "s" ).getValue() ;
1565    if ( tref == t ) {
1566      idx = i ;
1567      break ;
1568    }
1569    else if ( tref > t ) {
1570      if ( i == 0 ) {
1571        idx = i ;
1572      }
1573      else {
1574        idx = i-1 ;
1575        doInterp = True ;
1576      }
1577      break ;
1578    }
1579    else {
1580      idx = nrow - 1 ;
1581    }
1582  }
1583  //os_ << "searched idx = " << idx << LogIO::POST ;
1584
1585  //os_ << "dmcol(idx).shape() = " << dmcol(idx).shape() << LogIO::POST ;
1586  IPosition ip( dmcol(idx).shape().nelements(), 0 ) ;
1587  //os_ << "ip = " << ip << LogIO::POST ;
1588  ref = dmcol(idx)(ip).getRefString() ;
1589  //os_ << "ref = " << ref << LogIO::POST ;
1590  if ( doInterp ) {
1591    //os_ << "do interpolation" << LogIO::POST ;
1592    //os_ << "dcol(idx).shape() = " << dcol(idx).shape() << LogIO::POST ;
1593    Double tref0 = tcol(idx).get("s").getValue() ;
1594    Double tref1 = tcol(idx+1).get("s").getValue() ;
1595    Matrix<Double> mdir0 = dcol( idx ) ;
1596    Matrix<Double> mdir1 = dcol( idx+1 ) ;
1597    Vector<Double> dir0 = mdir0.column( 0 ) ;
1598    //os_ << "dir0 = " << dir0 << LogIO::POST ;
1599    Vector<Double> dir1 = mdir1.column( 0 ) ;
1600    //os_ << "dir1 = " << dir1 << LogIO::POST ;
1601    Double dt0 = t - tref0 ;
1602    Double dt1 = tref1 - t ;
1603    dir.reference( (dt0*dir1+dt1*dir0)/(dt0+dt1) ) ;
1604    if ( mdir0.ncolumn() > 1 ) {
1605      if ( dt0 >= dt1 )
1606        srate.reference( mdir0.column( 1 ) ) ;
1607      else
1608        srate.reference( mdir1.column( 1 ) ) ;
1609    }
1610    //os_ << "dir = " << dir << LogIO::POST ;
1611  }
1612  else {
1613    //os_ << "no interpolation" << LogIO::POST ;
1614    Matrix<Double> mdir0 = dcol( idx ) ;
1615    dir.reference( mdir0.column( 0 ) ) ;
1616    if ( mdir0.ncolumn() > 1 )
1617      srate.reference( mdir0.column( 1 ) ) ;
1618  }
1619
1620//   double endSec = gettimeofday_sec() ;
1621//   os_ << "end MSFiller::getDirection() endSec=" << endSec << " (" << endSec-startSec << "sec)" << LogIO::POST ;
1622  return idx ;
1623}
1624
1625String MSFiller::keyTcal( Int feedid, Int spwid, String stime )
1626{
1627  String sfeed = "FEED" + String::toString( feedid ) ;
1628  String sspw = "SPW" + String::toString( spwid ) ;
1629  return sfeed+":"+sspw+":"+stime ;
1630}
1631
1632uInt MSFiller::binarySearch( Vector<MEpoch> &timeList, Double target )
1633{
1634  Int low = 0 ;
1635  Int high = timeList.nelements() ;
1636  uInt idx = 0 ;
1637
1638  while ( low <= high ) {
1639    idx = (Int)( 0.5 * ( low + high ) ) ;
1640    Double t = timeList[idx].get( "s" ).getValue() ;
1641    if ( t < target )
1642      low = idx + 1 ;
1643    else if ( t > target )
1644      high = idx - 1 ;
1645    else
1646      return idx ;
1647  }
1648
1649  idx = max( 0, min( low, high ) ) ;
1650
1651  return idx ;
1652 
1653}
1654
1655} ;
1656
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.