source: trunk/src/MSFiller.cpp @ 2024

Last change on this file since 2024 was 2024, checked in by Takeshi Nakazato, 13 years ago

New Development: No

JIRA Issue: No

Ready for Test: Yes

Interface Changes: No

What Interface Changed: Please list interface changes

Test Programs: List test programs

Put in Release Notes: Yes/No?

Module(s): Module Names change impacts.

Description: Describe your changes here...

Use String.contains() instead of String.matches().
File size: 57.4 KB
Line 
1//
2// C++ Interface: MSFiller
3//
4// Description:
5//
6// This class is specific filler for MS format
7//
8// Takeshi Nakazato <takeshi.nakazato@nao.ac.jp>, (C) 2010
9//
10// Copyright: See COPYING file that comes with this distribution
11//
12//
13
14#include <iostream>
15#include <map>
16
17#include <tables/Tables/ExprNode.h>
18#include <tables/Tables/TableIter.h>
19#include <tables/Tables/TableColumn.h>
20#include <tables/Tables/ScalarColumn.h>
21#include <tables/Tables/ArrayColumn.h>
22#include <tables/Tables/TableParse.h>
23#include <tables/Tables/TableRow.h>
24
25#include <casa/Containers/RecordField.h>
26#include <casa/Logging/LogIO.h>
27#include <casa/Arrays/Slicer.h>
28#include <casa/Quanta/MVTime.h>
29#include <casa/OS/Path.h>
30
31#include <measures/Measures/Stokes.h>
32#include <measures/Measures/MEpoch.h>
33#include <measures/Measures/MCEpoch.h>
34#include <measures/Measures/MFrequency.h>
35#include <measures/Measures/MCFrequency.h>
36#include <measures/Measures/MPosition.h>
37#include <measures/Measures/MCPosition.h>
38#include <measures/Measures/MDirection.h>
39#include <measures/Measures/MCDirection.h>
40#include <measures/Measures/MeasConvert.h>
41#include <measures/TableMeasures/ScalarMeasColumn.h>
42#include <measures/TableMeasures/ArrayMeasColumn.h>
43#include <measures/TableMeasures/ScalarQuantColumn.h>
44#include <measures/TableMeasures/ArrayQuantColumn.h>
45
46#include <ms/MeasurementSets/MSAntennaIndex.h>
47
48#include <atnf/PKSIO/SrcType.h>
49
50#include "MSFiller.h"
51#include "STHeader.h"
52
53#include <ctime>
54#include <sys/time.h>
55
56using namespace casa ;
57using namespace std ;
58
59namespace asap {
60double MSFiller::gettimeofday_sec()
61{
62  struct timeval tv ;
63  gettimeofday( &tv, NULL ) ;
64  return tv.tv_sec + (double)tv.tv_usec*1.0e-6 ;
65}
66
67MSFiller::MSFiller( casa::CountedPtr<Scantable> stable )
68  : table_( stable ),
69    tablename_( "" ),
70    antenna_( -1 ),
71    antennaStr_(""),
72    getPt_( False ),
73    isFloatData_( False ),
74    isData_( False ),
75    isDoppler_( False ),
76    isFlagCmd_( False ),
77    isFreqOffset_( False ),
78    isHistory_( False ),
79    isProcessor_( False ),
80    isSysCal_( False ),
81    isWeather_( False ),
82    colTsys_( "TSYS_SPECTRUM" ),
83    colTcal_( "TCAL_SPECTRUM" )
84{
85  os_ = LogIO() ;
86  os_.origin( LogOrigin( "MSFiller", "MSFiller()", WHERE ) ) ;
87}
88
89MSFiller::~MSFiller()
90{
91  os_.origin( LogOrigin( "MSFiller", "~MSFiller()", WHERE ) ) ;
92}
93
94bool MSFiller::open( const std::string &filename, const casa::Record &rec )
95{
96  os_.origin( LogOrigin( "MSFiller", "open()", WHERE ) ) ;
97//   double startSec = gettimeofday_sec() ;
98//   os_ << "start MSFiller::open() startsec=" << startSec << LogIO::POST ;
99  //os_ << "   filename = " << filename << endl ;
100
101  // parsing MS options
102  if ( rec.isDefined( "ms" ) ) {
103    Record msrec = rec.asRecord( "ms" ) ;
104    if ( msrec.isDefined( "getpt" ) ) {
105      getPt_ = msrec.asBool( "getpt" ) ;
106    }
107    if ( msrec.isDefined( "antenna" ) ) {
108      if ( msrec.type( msrec.fieldNumber( "antenna" ) ) == TpInt ) {
109        antenna_ = msrec.asInt( "antenna" ) ;
110      }
111      else {
112        //antenna_ = atoi( msrec.asString( "antenna" ).c_str() ) ;
113        antennaStr_ = msrec.asString( "antenna" ) ;
114      }
115    }
116    else {
117      antenna_ = 0 ;
118    }
119  }
120
121  os_ << "Parsing MS options" << endl ;
122  os_ << "   getPt = " << getPt_ << endl ;
123  os_ << "   antenna = " << antenna_ << endl ;
124  os_ << "   antennaStr = " << antennaStr_ << LogIO::POST ;
125
126  MeasurementSet *tmpMS = new MeasurementSet( filename, Table::Old ) ;
127  //mstable_ = (*tmpMS)( tmpMS->col("ANTENNA1") == antenna_
128  //                     && tmpMS->col("ANTENNA1") == tmpMS->col("ANTENNA2") ) ;
129  tablename_ = tmpMS->tableName() ;
130  if ( antenna_ == -1 && antennaStr_.size() > 0 ) {
131    MSAntennaIndex msAntIdx( tmpMS->antenna() ) ;
132    Vector<Int> id = msAntIdx.matchAntennaName( antennaStr_ ) ;
133    if ( id.size() > 0 )
134      antenna_ = id[0] ;
135    os_ << "searched antenna_ = " << antenna_ << LogIO::POST ;
136  }
137  mstable_ = MeasurementSet( (*tmpMS)( tmpMS->col("ANTENNA1") == antenna_
138                                       && tmpMS->col("ANTENNA1") == tmpMS->col("ANTENNA2") ) ) ;
139//   stringstream ss ;
140//   ss << "SELECT FROM $1 WHERE ANTENNA1 == ANTENNA2 && ANTENNA1 == " << antenna_ ;
141//   String taql( ss.str() ) ;
142//   mstable_ = MeasurementSet( tableCommand( taql, *tmpMS ) ) ;
143  delete tmpMS ;
144
145  // check which data column exists
146  isFloatData_ = mstable_.tableDesc().isColumn( "FLOAT_DATA" ) ;
147  isData_ = mstable_.tableDesc().isColumn( "DATA" ) ;
148
149//   double endSec = gettimeofday_sec() ;
150//   os_ << "end MSFiller::open() endSec=" << endSec << " (" << endSec-startSec << "sec)" << LogIO::POST ;
151  return true ;
152}
153
154void MSFiller::fill()
155{
156  os_.origin( LogOrigin( "MSFiller", "fill()", WHERE ) ) ;
157//   double startSec = gettimeofday_sec() ;
158//   os_ << "start MSFiller::fill() startSec=" << startSec << LogIO::POST ;
159
160//   double time0 = gettimeofday_sec() ;
161//   os_ << "start init fill: " << time0 << LogIO::POST ;
162
163  // Initialize header
164  STHeader sdh ; 
165  sdh.nchan = 0 ;
166  sdh.npol = 0 ;
167  sdh.nif = 0 ;
168  sdh.nbeam = 0 ;
169  sdh.observer = "" ;
170  sdh.project = "" ;
171  sdh.obstype = "" ;
172  sdh.antennaname = "" ;
173  sdh.antennaposition.resize( 0 ) ;
174  sdh.equinox = 0.0 ;
175  sdh.freqref = "" ;
176  sdh.reffreq = -1.0 ;
177  sdh.bandwidth = 0.0 ;
178  sdh.utc = 0.0 ;
179  sdh.fluxunit = "" ;
180  sdh.epoch = "" ;
181  sdh.poltype = "" ;
182 
183  // check if optional table exists
184  //const TableRecord msrec = tablesel_.keywordSet() ;
185  const TableRecord msrec = mstable_.keywordSet() ;
186  isDoppler_ = msrec.isDefined( "DOPPLER" ) ;
187  if ( isDoppler_ )
188    if ( mstable_.doppler().nrow() == 0 )
189      isDoppler_ = False ;
190  isFlagCmd_ = msrec.isDefined( "FLAG_CMD" ) ;
191  if ( isFlagCmd_ )
192    if ( mstable_.flagCmd().nrow() == 0 )
193      isFlagCmd_ = False ;
194  isFreqOffset_ = msrec.isDefined( "FREQ_OFFSET" ) ;
195  if ( isFreqOffset_ )
196    if ( mstable_.freqOffset().nrow() == 0 )
197      isFreqOffset_ = False ;
198  isHistory_ = msrec.isDefined( "HISTORY" ) ;
199  if ( isHistory_ )
200    if ( mstable_.history().nrow() == 0 )
201      isHistory_ = False ;
202  isProcessor_ = msrec.isDefined( "PROCESSOR" ) ;
203  if ( isProcessor_ )
204    if ( mstable_.processor().nrow() == 0 )
205      isProcessor_ = False ;
206  isSysCal_ = msrec.isDefined( "SYSCAL" ) ;
207  if ( isSysCal_ )
208    if ( mstable_.sysCal().nrow() == 0 )
209      isSysCal_ = False ;
210  isWeather_ = msrec.isDefined( "WEATHER" ) ;
211  if ( isWeather_ )
212    if ( mstable_.weather().nrow() == 0 )
213      isWeather_ = False ;
214
215  // Access to MS subtables
216  MSField fieldtab = mstable_.field() ;
217  MSPolarization poltab = mstable_.polarization() ;
218  MSDataDescription ddtab = mstable_.dataDescription() ;
219  MSObservation obstab = mstable_.observation() ;
220  MSSource srctab = mstable_.source() ;
221  MSSpectralWindow spwtab = mstable_.spectralWindow() ;
222  MSSysCal caltab = mstable_.sysCal() ;
223  if ( caltab.nrow() == 0 )
224    isSysCal_ = False ;
225  else {
226    if ( !caltab.tableDesc().isColumn( colTcal_ ) )
227      colTcal_ = "TCAL" ;
228    if ( !caltab.tableDesc().isColumn( colTsys_ ) )
229      colTsys_ = "TSYS" ;
230  }
231//   colTcal_ = "TCAL" ;
232//   colTsys_ = "TSYS" ;
233  MSPointing pointtab = mstable_.pointing() ;
234  if ( mstable_.weather().nrow() == 0 )
235    isWeather_ = False ;
236  MSState stattab = mstable_.state() ;
237  MSAntenna anttab = mstable_.antenna() ;
238
239  // TEST
240  // memory allocation by boost::object_pool
241  boost::object_pool<ROTableColumn> *tpoolr = new boost::object_pool<ROTableColumn> ;
242  //
243
244  // SUBTABLES: FREQUENCIES
245  table_->frequencies().setFrame( "LSRK" ) ;
246  table_->frequencies().setFrame( "LSRK", True ) ;
247
248  // SUBTABLES: WEATHER
249  fillWeather() ;
250
251  // SUBTABLES: FOCUS
252  fillFocus() ;
253
254  // SUBTABLES: TCAL
255  fillTcal( tpoolr ) ;
256
257  // SUBTABLES: FIT
258  //fillFit() ;
259
260  // SUBTABLES: HISTORY
261  //fillHistory() ;
262
263  // shared pointers
264  ROTableColumn *tcolr ;
265
266  // MAIN
267  // Iterate over several ids
268  map<Int, uInt> ifmap ; // (IFNO, FREQ_ID) pair
269  ROArrayQuantColumn<Double> *sharedQDArrCol = new ROArrayQuantColumn<Double>( anttab, "POSITION" ) ;
270  Vector< Quantum<Double> > antpos = (*sharedQDArrCol)( antenna_ ) ;
271  delete sharedQDArrCol ;
272  MPosition mp( MVPosition( antpos ), MPosition::ITRF ) ;
273  if ( getPt_ ) {
274    //pointtab = pointtab( pointtab.col("ANTENNA_ID")==antenna_ ).sort("TIME") ;
275    pointtab = MSPointing( pointtab( pointtab.col("ANTENNA_ID")==antenna_ ).sort("TIME") ) ;
276  }
277  tcolr = tpoolr->construct( anttab, "STATION" ) ;
278  String stationName = tcolr->asString( antenna_ ) ;
279  tpoolr->destroy( tcolr ) ;
280  tcolr = tpoolr->construct( anttab, "NAME" ) ;
281  String antennaName = tcolr->asString( antenna_ ) ;
282  tpoolr->destroy( tcolr ) ;
283  sdh.antennaposition.resize( 3 ) ;
284  for ( int i = 0 ; i < 3 ; i++ )
285    sdh.antennaposition[i] = antpos[i].getValue( "m" ) ;
286  String telescopeName = "" ;
287
288//   double time1 = gettimeofday_sec() ;
289//   os_ << "end fill init: " << time1 << " (" << time1-time0 << "sec)" << LogIO::POST ;
290
291  // row based
292  Table &stab = table_->table() ;
293  TableRow row( stab ) ;
294  TableRecord &trec = row.record() ;
295  RecordFieldPtr< Array<Float> > spRF( trec, "SPECTRA" ) ;
296  RecordFieldPtr< Array<uChar> > ucarrRF( trec, "FLAGTRA" ) ;
297  RecordFieldPtr<Double> timeRF( trec, "TIME" ) ;
298  RecordFieldPtr< Array<Float> > tsysRF( trec, "TSYS" ) ;
299  RecordFieldPtr<Double> intervalRF( trec, "INTERVAL" ) ;
300  RecordFieldPtr< Array<Double> > dirRF( trec, "DIRECTION" ) ;
301  RecordFieldPtr<Float> azRF( trec, "AZIMUTH" ) ;
302  RecordFieldPtr<Float> elRF( trec, "ELEVATION" ) ;
303  RecordFieldPtr< Array<Double> > scrRF( trec, "SCANRATE" ) ;
304  RecordFieldPtr<uInt> cycleRF( trec, "CYCLENO" ) ;
305  RecordFieldPtr<uInt> flrRF( trec, "FLAGROW" ) ;
306  RecordFieldPtr<uInt> tcalidRF( trec, "TCAL_ID" ) ;
307  RecordFieldPtr<uInt> widRF( trec, "WEATHER_ID" ) ;
308  RecordFieldPtr<uInt> polnoRF( trec, "POLNO" ) ;
309
310
311  // REFBEAMNO
312  RecordFieldPtr<Int> intRF( trec, "REFBEAMNO" ) ;
313  *intRF = 0 ;
314
315  // FIT_ID
316  intRF.attachToRecord( trec, "FIT_ID" ) ;
317  *intRF = -1 ;
318
319  // OPACITY
320  RecordFieldPtr<Float> floatRF( trec, "OPACITY" ) ;
321  *floatRF = 0.0 ;
322
323  //
324  // ITERATION: OBSERVATION_ID
325  //
326  TableIterator iter0( mstable_, "OBSERVATION_ID" ) ;
327  while( !iter0.pastEnd() ) {
328//     time0 = gettimeofday_sec() ;
329//     os_ << "start 0th iteration: " << time0 << LogIO::POST ;
330    Table t0 = iter0.table() ;
331    tcolr = tpoolr->construct( t0, "OBSERVATION_ID" ) ;
332    Int obsId = tcolr->asInt( 0 ) ;
333    tpoolr->destroy( tcolr ) ;
334    if ( sdh.observer == "" ) {
335      tcolr = tpoolr->construct( obstab, "OBSERVER" ) ;
336      sdh.observer = tcolr->asString( obsId ) ;
337      tpoolr->destroy( tcolr ) ;
338    }
339    if ( sdh.project == "" ) {
340      tcolr = tpoolr->construct( obstab, "PROJECT" ) ;
341      sdh.observer = tcolr->asString( obsId ) ;
342      tpoolr->destroy( tcolr ) ;
343    }
344    ROArrayMeasColumn<MEpoch> *tmpMeasCol = new ROArrayMeasColumn<MEpoch>( obstab, "TIME_RANGE" ) ;
345    MEpoch me = (*tmpMeasCol)( obsId )( IPosition(1,0) ) ;
346    delete tmpMeasCol ;
347    if ( sdh.utc == 0.0 ) {
348      sdh.utc = me.get( "s" ).getValue() ;
349    }
350    if ( telescopeName == "" ) {
351      tcolr = tpoolr->construct( obstab, "TELESCOPE_NAME" ) ;
352      sdh.observer = tcolr->asString( obsId ) ;
353      tpoolr->destroy( tcolr ) ;
354    }
355    Int nbeam = 0 ;
356//     time1 = gettimeofday_sec() ;
357//     os_ << "end 0th iteration init: " << time1 << " (" << time1-time0 << "sec)" << LogIO::POST ;
358    //
359    // ITERATION: FEED1
360    //
361    TableIterator iter1( t0, "FEED1" ) ;
362    while( !iter1.pastEnd() ) {
363//       time0 = gettimeofday_sec() ;
364//       os_ << "start 1st iteration: " << time0 << LogIO::POST ;
365      Table t1 = iter1.table() ;
366      // assume FEED1 == FEED2
367      tcolr = tpoolr->construct( t1, "FEED1" ) ;
368      Int feedId = tcolr->asInt( 0 ) ;
369      tpoolr->destroy( tcolr ) ;
370      nbeam++ ;
371
372      // BEAMNO
373      RecordFieldPtr<uInt> uintRF( trec, "BEAMNO" ) ;
374      *uintRF = feedId ;
375
376      // FOCUS_ID
377      uintRF.attachToRecord( trec, "FOCUS_ID" ) ;
378      *uintRF = 0 ;
379
380//       time1 = gettimeofday_sec() ;
381//       os_ << "end 1st iteration init: " << time1 << " (" << time1-time0 << "sec)" << LogIO::POST ;
382      //
383      // ITERATION: FIELD_ID
384      //
385      TableIterator iter2( t1, "FIELD_ID" ) ;
386      while( !iter2.pastEnd() ) {
387//         time0 = gettimeofday_sec() ;
388//         os_ << "start 2nd iteration: " << time0 << LogIO::POST ;
389        Table t2 = iter2.table() ;
390        tcolr = tpoolr->construct( t2, "FIELD_ID" ) ;
391        Int fieldId = tcolr->asInt( 0 ) ;
392        tpoolr->destroy( tcolr ) ;
393        tcolr = tpoolr->construct( fieldtab, "SOURCE_ID" ) ;
394        Int srcId = tcolr->asInt( fieldId ) ;
395        tpoolr->destroy( tcolr ) ;
396        tcolr = tpoolr->construct( fieldtab, "NAME" ) ;
397        String fieldName = tcolr->asString( fieldId ) + "__" + String::toString(fieldId) ;
398        tpoolr->destroy( tcolr ) ;
399        ROArrayMeasColumn<MDirection> *delayDirCol = new ROArrayMeasColumn<MDirection>( fieldtab, "DELAY_DIR" ) ;
400        Vector<MDirection> delayDir = (*delayDirCol)( fieldId ) ;
401        delete delayDirCol ;
402        Vector<Double> defaultScanrate( 2, 0.0 ) ;
403        Vector<Double> defaultDir = delayDir[0].getAngle( "rad" ).getValue() ;
404        if ( delayDir.nelements() > 1 )
405          defaultScanrate = delayDir[1].getAngle( "rad" ).getValue() ;
406         
407
408        // FIELDNAME
409        RecordFieldPtr<String> strRF( trec, "FIELDNAME" ) ;
410        *strRF = fieldName ;
411
412
413//         time1 = gettimeofday_sec() ;
414//         os_ << "end 2nd iteration init: " << time1 << " (" << time1-time0 << "sec)" << LogIO::POST ;
415        //
416        // ITERATION: DATA_DESC_ID
417        //
418        TableIterator iter3( t2, "DATA_DESC_ID" ) ;
419        while( !iter3.pastEnd() ) {
420//           time0 = gettimeofday_sec() ;
421//           os_ << "start 3rd iteration: " << time0 << LogIO::POST ;
422          Table t3 = iter3.table() ;
423          tcolr = tpoolr->construct( t3, "DATA_DESC_ID" ) ;
424          Int ddId = tcolr->asInt( 0 ) ;
425          tpoolr->destroy( tcolr ) ;
426          tcolr = tpoolr->construct( ddtab, "POLARIZATION_ID" ) ;
427          Int polId = tcolr->asInt( ddId ) ;
428          tpoolr->destroy( tcolr ) ;
429          tcolr = tpoolr->construct( ddtab, "SPECTRAL_WINDOW_ID" ) ;
430          Int spwId = tcolr->asInt( ddId ) ;
431          tpoolr->destroy( tcolr ) ;
432          // TODO: This must be updated if writer will be replaced from STWriter to MSWriter
433          sdh.nif = max( sdh.nif, spwId ) ;
434
435          // IFNO
436          uintRF.attachToRecord( trec, "IFNO" ) ;
437          *uintRF = (uInt)spwId ;
438
439          // polarization information
440          tcolr = tpoolr->construct( poltab, "NUM_CORR" ) ;
441          Int npol = tcolr->asInt( polId ) ;
442          tpoolr->destroy( tcolr ) ;
443          ROArrayColumn<Int> *roArrICol = new ROArrayColumn<Int>( poltab, "CORR_TYPE" ) ;
444          Vector<Int> corrtype = (*roArrICol)( polId ) ;
445          delete roArrICol ;
446//           os_ << "npol = " << npol << LogIO::POST ;
447//           os_ << "corrtype = " << corrtype << LogIO::POST ;
448          sdh.npol = max( sdh.npol, npol ) ;
449          if ( sdh.poltype == "" ) sdh.poltype = getPolType( corrtype[0] ) ;
450          // source information
451          //os_ << "srcId = " << srcId << ", spwId = " << spwId << LogIO::POST ;
452          MSSource srctabSel = srctab( srctab.col("SOURCE_ID") == srcId && srctab.col("SPECTRAL_WINDOW_ID") == spwId ) ;
453          if ( srctabSel.nrow() == 0 ) {
454            srctabSel = srctab( srctab.col("SOURCE_ID") == srcId && srctab.col("SPECTRAL_WINDOW_ID") == -1 ) ;
455          }
456          tcolr = tpoolr->construct( srctabSel, "NAME" ) ;
457          String srcName = tcolr->asString( 0 ) ;
458          tpoolr->destroy( tcolr ) ;
459
460          // SRCNAME
461          strRF.attachToRecord( trec, "SRCNAME" ) ;
462          *strRF = srcName ;
463
464          //os_ << "srcName = " << srcName << LogIO::POST ;
465          ROArrayColumn<Double> *roArrDCol = new ROArrayColumn<Double>( srctabSel, "PROPER_MOTION" ) ;
466          Array<Double> srcPM = (*roArrDCol)( 0 ) ;
467          delete roArrDCol ;
468
469          // SRCPROPERMOTION
470          RecordFieldPtr< Array<Double> > darrRF( trec, "SRCPROPERMOTION" ) ;
471          *darrRF = srcPM ;
472
473          //os_ << "srcPM = " << srcPM << LogIO::POST ;
474          roArrDCol = new ROArrayColumn<Double>( srctabSel, "DIRECTION" ) ;
475          Array<Double> srcDir = (*roArrDCol)( 0 ) ;
476          delete roArrDCol ;
477
478          // SRCDIRECTION
479          darrRF.attachToRecord( trec, "SRCDIRECTION" ) ;
480          *darrRF = srcDir ;
481
482          //os_ << "srcDir = " << srcDir << LogIO::POST ;
483          ROScalarMeasColumn<MDirection> *tmpMeasCol = new ROScalarMeasColumn<MDirection>( srctabSel, "DIRECTION" ) ;
484          MDirection md = (*tmpMeasCol)( 0 ) ;
485          delete tmpMeasCol ;
486
487          // for MOLECULES subtable
488          tcolr = tpoolr->construct( srctabSel, "NUM_LINES" ) ;
489          Int numLines = tcolr->asInt( 0 ) ;
490          tpoolr->destroy( tcolr ) ;
491//           os_ << "numLines = " << numLines << LogIO::POST ;
492
493          Vector<Double> restFreqs( numLines, 0.0 ) ;
494          Vector<String> transitionName( numLines, "" ) ;
495          Vector<Double> sysVels ;
496          Double sysVel = 0.0 ;
497          if ( numLines != 0 ) {
498            if ( srctabSel.tableDesc().isColumn( "REST_FREQUENCY" ) ) {
499              sharedQDArrCol = new ROArrayQuantColumn<Double>( srctabSel, "REST_FREQUENCY" ) ;
500              Array< Quantum<Double> > qRestFreqs = (*sharedQDArrCol)( 0 ) ;
501              delete sharedQDArrCol ;
502              for ( int i = 0 ; i < numLines ; i++ ) {
503                restFreqs[i] = qRestFreqs( IPosition( 1, i ) ).getValue( "Hz" ) ;
504              }
505            }
506            //os_ << "restFreqs = " << restFreqs << LogIO::POST ;
507            if ( srctabSel.tableDesc().isColumn( "TRANSITION" ) ) {
508              ROArrayColumn<String> transitionCol( srctabSel, "TRANSITION" ) ;
509              if ( transitionCol.isDefined( 0 ) )
510                transitionName = transitionCol( 0 ) ;
511              //os_ << "transitionNameCol.nrow() = " << transitionCol.nrow() << LogIO::POST ;
512            }
513            if ( srctabSel.tableDesc().isColumn( "SYSVEL" ) ) {
514              roArrDCol = new ROArrayColumn<Double>( srctabSel, "SYSVEL" ) ;
515              sysVels = (*roArrDCol)( 0 ) ;
516              delete roArrDCol ;
517            }
518            if ( !sysVels.empty() ) {
519              //os_ << "sysVels.shape() = " << sysVels.shape() << LogIO::POST ;
520              // NB: assume all SYSVEL values are the same
521              sysVel = sysVels( IPosition(1,0) ) ;
522            }
523          }
524
525          // SRCVELOCITY
526          RecordFieldPtr<Double> doubleRF( trec, "SRCVELOCITY" ) ;
527          *doubleRF = sysVel ;
528
529//           os_ << "sysVel = " << sysVel << LogIO::POST ;
530
531          uInt molId = table_->molecules().addEntry( restFreqs, transitionName, transitionName ) ;
532
533          // MOLECULE_ID
534          uintRF.attachToRecord( trec, "MOLECULE_ID" ) ;
535          *uintRF = molId ;
536
537          // spectral setup
538          MeasFrame mf( me, mp, md ) ;
539          tcolr = tpoolr->construct( spwtab, "MEAS_FREQ_REF" ) ;
540          MFrequency::Types freqRef = MFrequency::castType((uInt)(tcolr->asInt(spwId))) ;
541          tpoolr->destroy( tcolr ) ;
542          tcolr = tpoolr->construct( spwtab, "NUM_CHAN" ) ;
543          Int nchan = tcolr->asInt( spwId ) ;
544          tpoolr->destroy( tcolr ) ;
545          Bool even = False ;
546          if ( (nchan/2)*2 == nchan ) even = True ;
547          sdh.nchan = max( sdh.nchan, nchan ) ;
548          ROScalarQuantColumn<Double> *tmpQuantCol = new ROScalarQuantColumn<Double>( spwtab, "TOTAL_BANDWIDTH" ) ;
549          Double totbw = (*tmpQuantCol)( spwId ).getValue( "Hz" ) ;
550          delete tmpQuantCol ;
551          sdh.bandwidth = max( sdh.bandwidth, totbw ) ;
552          if ( sdh.freqref == "" )
553            //sdh.freqref = MFrequency::showType( freqRef ) ;
554            sdh.freqref = "LSRK" ;
555          if ( sdh.reffreq == -1.0 ) {
556            tmpQuantCol = new ROScalarQuantColumn<Double>( spwtab, "REF_FREQUENCY" ) ;
557            Quantum<Double> qreffreq = (*tmpQuantCol)( spwId ) ;
558            delete tmpQuantCol ;
559            if ( freqRef == MFrequency::LSRK ) {
560              sdh.reffreq = qreffreq.getValue("Hz") ;
561            }
562            else {
563              MFrequency::Convert tolsr( freqRef, MFrequency::Ref( MFrequency::LSRK, mf ) ) ;
564              sdh.reffreq = tolsr( qreffreq ).get("Hz").getValue() ;
565            }
566          }
567          Int refchan = nchan / 2 ;
568          IPosition refip( 1, refchan ) ;
569          Double refpix = 0.5*(nchan-1) ;
570          Double refval = 0.0 ;
571          sharedQDArrCol = new ROArrayQuantColumn<Double>( spwtab, "CHAN_WIDTH" ) ;
572          Double increment = (*sharedQDArrCol)( spwId )( refip ).getValue( "Hz" ) ;
573          delete sharedQDArrCol ;
574          //os_ << "nchan = " << nchan << " refchan = " << refchan << "(even=" << even << ") refpix = " << refpix << LogIO::POST ;
575          sharedQDArrCol = new ROArrayQuantColumn<Double>( spwtab, "CHAN_FREQ" ) ;
576          Vector< Quantum<Double> > chanFreqs = (*sharedQDArrCol)( spwId ) ;
577          delete sharedQDArrCol ;
578          if ( freqRef == MFrequency::LSRK ) {
579            if ( even ) {
580              IPosition refip0( 1, refchan-1 ) ;
581              Double refval0 = chanFreqs(refip0).getValue("Hz") ;
582              Double refval1 = chanFreqs(refip).getValue("Hz") ;
583              refval = 0.5 * ( refval0 + refval1 ) ;
584            }
585            else {
586              refval = chanFreqs(refip).getValue("Hz") ;
587            }
588          }
589          else {
590            MFrequency::Convert tolsr( freqRef, MFrequency::Ref( MFrequency::LSRK, mf ) ) ;
591            if ( even ) {
592              IPosition refip0( 1, refchan-1 ) ;
593              Double refval0 = chanFreqs(refip0).getValue("Hz") ;
594              Double refval1 = chanFreqs(refip).getValue("Hz") ;
595              refval = 0.5 * ( refval0 + refval1 ) ;
596              refval = tolsr( refval ).get("Hz").getValue() ;
597            }
598            else {
599              refval = tolsr( chanFreqs(refip) ).get("Hz").getValue() ;
600            }
601          }
602          uInt freqId = table_->frequencies().addEntry( refpix, refval, increment ) ;
603          if ( ifmap.find( spwId ) == ifmap.end() ) {
604            ifmap.insert( pair<Int, uInt>(spwId,freqId) ) ;
605            //os_ << "added to ifmap: (" << spwId << "," << freqId << ")" << LogIO::POST ;
606          }
607
608          // FREQ_ID
609          uintRF.attachToRecord( trec, "FREQ_ID" ) ;
610          *uintRF = freqId ;
611
612          // for TSYS and TCAL
613          Vector<MEpoch> scTime ;
614          Vector<Double> scInterval ;
615          ROArrayColumn<Float> scTsysCol ;
616          MSSysCal caltabsel ;
617          if ( isSysCal_ ) {
618            caltabsel = caltab( caltab.col("ANTENNA_ID") == antenna_ && caltab.col("FEED_ID") == feedId && caltab.col("SPECTRAL_WINDOW_ID") == spwId ).sort("TIME") ;
619            ROScalarMeasColumn<MEpoch> scTimeCol( caltabsel, "TIME" ) ;
620            scTime.resize( caltabsel.nrow() ) ;
621            for ( uInt irow = 0 ; irow < caltabsel.nrow() ; irow++ )
622              scTime[irow] = scTimeCol( irow ) ;
623            ROScalarColumn<Double> *scIntervalCol = new ROScalarColumn<Double>( caltabsel, "INTERVAL" ) ;
624            scInterval = scIntervalCol->getColumn() ;
625            delete scIntervalCol ;
626            scTsysCol.attach( caltabsel, colTsys_ ) ;
627          }
628//           time1 = gettimeofday_sec() ;
629//           os_ << "end 3rd iteration init: " << time1 << " (" << time1-time0 << "sec)" << LogIO::POST ;
630          //
631          // ITERATION: SCAN_NUMBER
632          //
633          TableIterator iter4( t3, "SCAN_NUMBER" ) ;
634          while( !iter4.pastEnd() ) {
635//             time0 = gettimeofday_sec() ;
636//             os_ << "start 4th iteration: " << time0 << LogIO::POST ;
637            Table t4 = iter4.table() ;
638            tcolr = tpoolr->construct( t4, "SCAN_NUMBER" ) ;
639            Int scanNum = tcolr->asInt( 0 ) ;
640            tpoolr->destroy( tcolr ) ;
641
642            // SCANNO
643            uintRF.attachToRecord( trec, "SCANNO" ) ;
644            *uintRF = scanNum - 1 ;
645
646//             time1 = gettimeofday_sec() ;
647//             os_ << "end 4th iteration init: " << time1 << " (" << time1-time0 << "sec)" << LogIO::POST ;
648            //
649            // ITERATION: STATE_ID
650            //
651            TableIterator iter5( t4, "STATE_ID" ) ;
652            while( !iter5.pastEnd() ) {
653              //time0 = gettimeofday_sec() ;
654              //os_ << "start 5th iteration: " << time0 << LogIO::POST ;
655              Table t5 = iter5.table() ;
656              tcolr = tpoolr->construct( t5, "STATE_ID" ) ;
657              Int stateId = tcolr->asInt( 0 ) ;
658              tpoolr->destroy( tcolr ) ;
659              tcolr = tpoolr->construct( stattab, "OBS_MODE" ) ;
660              String obstype = tcolr->asString( stateId ) ;
661              tpoolr->destroy( tcolr ) ;
662              if ( sdh.obstype == "" ) sdh.obstype = obstype ;
663
664              Int nrow = t5.nrow() ;
665              //time1 = gettimeofday_sec() ;
666              //os_ << "end 5th iteration init: " << time1 << " (" << time1-time0 << "sec)" << LogIO::POST ;
667
668              uInt cycle = 0 ;
669
670              Cube<Float> spArr ;
671              Cube<Bool> flArr ;
672              if ( isFloatData_ ) {
673                ROArrayColumn<Bool> mFlagCol( t5, "FLAG" ) ;
674                ROArrayColumn<Float> mFloatDataCol( t5, "FLOAT_DATA" ) ;
675                spArr = mFloatDataCol.getColumn() ;
676                flArr = mFlagCol.getColumn() ;
677                if ( sdh.fluxunit == "" ) {
678                  const TableRecord &dataColKeys = mFloatDataCol.keywordSet() ;
679                  if ( dataColKeys.isDefined( "UNIT" ) )
680                    sdh.fluxunit = dataColKeys.asString( "UNIT" ) ;
681                }
682              }
683              else if ( isData_ ) {
684                spArr.resize( npol, nchan, nrow ) ;
685                flArr.resize( npol, nchan, nrow ) ;
686                ROArrayColumn<Bool> mFlagCol( t5, "FLAG" ) ;
687                ROArrayColumn<Complex> mDataCol( t5, "DATA" ) ;
688                for ( Int irow = 0 ; irow < nrow ; irow++ ) {
689                  Bool crossOK = False ;
690                  Matrix<Complex> sp = mDataCol( irow ) ;
691                  Matrix<Bool> fl = mFlagCol( irow ) ;
692                  Matrix<Float> spxy = spArr.xyPlane( irow ) ;
693                  Matrix<Bool> flxy = flArr.xyPlane( irow ) ;
694                  for ( Int ipol = 0 ; ipol < npol ; ipol++ ) {
695                    if ( corrtype[ipol] == Stokes::XY || corrtype[ipol] == Stokes::YX
696                         || corrtype[ipol] == Stokes::RL || corrtype[ipol] == Stokes::LR ) {
697                      if ( !crossOK ) {
698                        spxy.row( ipol ) = real( sp.row( ipol ) ) ;
699                        flxy.row( ipol ) = fl.row( ipol ) ;
700                        if ( corrtype[ipol] == Stokes::XY || corrtype[ipol] == Stokes::RL ) {
701                          spxy.row( ipol+1 ) = imag( sp.row( ipol ) ) ;
702                          flxy.row( ipol+1 ) = fl.row( ipol ) ;
703                        }                       
704                        else {
705                          spxy.row( ipol+1 ) = imag( conj( sp.row( ipol ) ) ) ;
706                          flxy.row( ipol+1 ) = fl.row( ipol ) ;
707                        }
708                        crossOK = True ;
709                      }
710                    }
711                    else {
712                      spxy.row( ipol ) = real( sp.row( ipol ) ) ;
713                      flxy.row( ipol ) = fl.row( ipol ) ;
714                    }
715                  }
716                }
717                if ( sdh.fluxunit == "" ) {
718                  const TableRecord &dataColKeys = mDataCol.keywordSet() ;
719                  if ( dataColKeys.isDefined( "UNIT" ) )
720                    sdh.fluxunit = dataColKeys.asString( "UNIT" ) ;
721                }
722              }
723              ROScalarMeasColumn<MEpoch> *mTimeCol = new ROScalarMeasColumn<MEpoch>( t5, "TIME" ) ;
724              Block<MEpoch> mTimeB( nrow ) ;
725              for ( Int irow = 0 ; irow < nrow ; irow++ )
726                mTimeB[irow] = (*mTimeCol)( irow ) ;
727              ROTableColumn *mIntervalCol = tpoolr->construct( t5, "INTERVAL" ) ;
728              ROTableColumn *mFlagRowCol = tpoolr->construct( t5, "FLAG_ROW" ) ;
729              Block<Int> sysCalIdx( nrow, -1 ) ;
730              if ( isSysCal_ ) {
731                getSysCalTime( scTime, scInterval, mTimeB, sysCalIdx ) ;
732              }
733              delete mTimeCol ;
734              Matrix<Float> defaulttsys( npol, 1, 1.0 ) ;
735              Int srcType = getSrcType( stateId, tpoolr ) ;
736              uInt diridx = 0 ;
737              MDirection::Types dirType ;
738              uInt wid = 0 ;
739              Int pidx = 0 ;
740              Bool crossOK = False ;
741              Block<uInt> polnos( npol, 99 ) ;
742              for ( Int ipol = 0 ; ipol < npol ; ipol++ ) {
743                Block<uInt> p = getPolNo( corrtype[ipol] ) ;
744                if ( p.size() > 1 ) {
745                  if ( crossOK ) continue ;
746                  else {
747                    polnos[pidx] = p[0] ;
748                    pidx++ ;
749                    polnos[pidx] = p[1] ;
750                    pidx++ ;
751                    crossOK = True ;
752                  }
753                }
754                else {
755                  polnos[pidx] = p[0] ;
756                  pidx++ ;
757                }
758              }
759             
760              // SRCTYPE
761              intRF.attachToRecord( trec, "SRCTYPE" ) ;
762              *intRF = srcType ;
763
764              for ( Int irow = 0 ; irow < nrow ; irow++ ) {
765                // CYCLENO
766                *cycleRF = cycle ;
767
768                // FLAGROW
769                *flrRF = (uInt)mFlagRowCol->asBool( irow ) ;
770
771                // SPECTRA, FLAG
772                Matrix<Float> sp = spArr.xyPlane( irow ) ;
773                Matrix<Bool> flb = flArr.xyPlane( irow ) ;
774                Matrix<uChar> fl( flb.shape() ) ;
775                convertArray( fl, flb ) ;
776
777                // TIME
778                *timeRF = mTimeB[irow].get("d").getValue() ;
779
780                // INTERVAL
781                *intervalRF = (Double)(mIntervalCol->asdouble( irow )) ;
782
783                // TSYS
784                Matrix<Float> tsys ;
785                if ( sysCalIdx[irow] != -1 )
786                  tsys = scTsysCol( irow ) ;
787                else
788                  tsys = defaulttsys ;
789
790                // TCAL_ID
791                Block<uInt> tcalids( npol, 0 ) ;
792                if ( sysCalIdx[irow] != -1 ) {
793                  tcalids = getTcalId( feedId, spwId, scTime[sysCalIdx[irow]] ) ;
794                }
795
796                // WEATHER_ID
797                if ( isWeather_ )
798                  wid = getWeatherId( wid, mTimeB[irow].get("s").getValue() ) ;
799                *widRF = wid ;
800                 
801
802                // DIRECTION, AZEL, SCANRATE
803                if ( getPt_ ) {
804                  Vector<Double> dir ;
805                  Vector<Double> scanrate ;
806                  String refString ;
807                  diridx = getDirection( diridx, dir, scanrate, refString, pointtab, mTimeB[irow].get("s").getValue() ) ;
808                  MDirection::getType( dirType, refString ) ;
809                  mf.resetEpoch( mTimeB[irow] ) ;
810                  mf.resetDirection( MDirection( MVDirection(dir), dirType ) ) ;
811                  if ( refString == "J2000" ) {
812                    *dirRF = dir ;
813                    MDirection::Convert toazel( dirType, MDirection::Ref( MDirection::AZEL, mf ) ) ;
814                    Vector<Double> azel = toazel( dir ).getAngle("rad").getValue() ;
815                    *azRF = (Float)azel(0) ;
816                    *elRF = (Float)azel(1) ;
817                  }
818                  else if ( refString(0,4) == "AZEL" ) {
819                    *azRF = (Float)dir(0) ;
820                    *elRF = (Float)dir(1) ;
821                    MDirection::Convert toj2000( dirType, MDirection::Ref( MDirection::J2000, mf ) ) ;
822                    Vector<Double> newdir = toj2000( dir ).getAngle("rad").getValue() ;
823                    *dirRF = newdir ;
824                  }
825                  else {
826                    MDirection::Convert toazel( dirType, MDirection::Ref( MDirection::AZEL, mf ) ) ;
827                    Vector<Double> azel = toazel( dir ).getAngle("rad").getValue() ;
828                    MDirection::Convert toj2000( dirType, MDirection::Ref( MDirection::J2000, mf ) ) ;
829                    Vector<Double> newdir = toj2000( dir ).getAngle("rad").getValue() ;
830                    *dirRF = newdir ;
831                    *azRF = (Float)azel(0) ;
832                    *elRF = (Float)azel(1) ;
833                  }
834                  if ( scanrate.size() != 0 ) {
835                    *scrRF = scanrate ;
836                  }
837                  else {
838                    *scrRF = defaultScanrate ;
839                  }
840                }
841                else {
842                  String ref = md.getRefString() ;
843                  //Vector<Double> defaultDir = srcDir ;
844                  MDirection::getType( dirType, "J2000" ) ;
845                  if ( ref != "J2000" ) {
846                    ROScalarMeasColumn<MEpoch> tmCol( pointtab, "TIME" ) ;
847                    mf.resetEpoch( tmCol( 0 ) ) ;
848                    MDirection::Convert toj2000( dirType, MDirection::Ref( MDirection::J2000, mf ) ) ;
849                    defaultDir = toj2000( defaultDir ).getAngle("rad").getValue() ;
850                  }
851                  mf.resetEpoch( mTimeB[irow] ) ;
852                  MDirection::Convert toazel( dirType, MDirection::Ref( MDirection::AZEL, mf ) ) ;
853                  Vector<Double> azel = toazel( defaultDir ).getAngle("rad").getValue() ;
854                  *azRF = (Float)azel(0) ;
855                  *elRF = (Float)azel(1) ;
856                  *dirRF = defaultDir ;
857                  *scrRF = defaultScanrate ;
858                }
859
860                // Polarization dependent things
861                for ( Int ipol = 0 ; ipol < npol ; ipol++ ) {
862                  // POLNO
863                  *polnoRF = polnos[ipol] ;
864
865                  //*spRF = sp.row( ipol ) ;
866                  //*ucarrRF = fl.row( ipol ) ;
867                  //*tsysRF = tsys.row( ipol ) ;
868                  spRF.define( sp.row( ipol ) ) ;
869                  ucarrRF.define( fl.row( ipol ) ) ;
870                  tsysRF.define( tsys.row( ipol ) ) ;
871                  *tcalidRF = tcalids[ipol] ;
872
873                  // Commit row
874                  stab.addRow() ;
875                  row.put( stab.nrow()-1 ) ;
876                }
877
878                cycle++ ;
879              }
880              tpoolr->destroy( mIntervalCol ) ;
881              tpoolr->destroy( mFlagRowCol ) ;
882
883              //time1 = gettimeofday_sec() ;
884              //os_ << "end 5th iteration: " << time1 << " (" << time1-time0 << "sec)" << LogIO::POST ;
885
886              iter5.next() ;
887            }
888
889
890            iter4.next() ;
891          }
892
893
894          iter3.next() ;
895        }
896
897             
898        iter2.next() ;
899      }
900
901
902      iter1.next() ;
903    }
904    if ( sdh.nbeam < nbeam ) sdh.nbeam = nbeam ;
905
906    iter0.next() ;
907  }
908
909
910  delete tpoolr ;
911
912
913  // Table Keywords
914  // TODO: This must be updated if writer will be replaced from STWriter to MSWriter
915//   sdh.nif = ifmap.size() ;
916  sdh.nif++ ;
917  if ( ( telescopeName == "" ) || ( antennaName == telescopeName ) ) {
918    sdh.antennaname = antennaName ;
919  }
920  else {
921    sdh.antennaname = telescopeName + "//" + antennaName ;
922  }
923  if ( stationName != "" ) {
924    sdh.antennaname += "@" + stationName ;
925  }
926  ROArrayColumn<Double> pdirCol( pointtab, "DIRECTION" ) ;
927  String dirref = pdirCol.keywordSet().asRecord("MEASINFO").asString("Ref") ;
928  if ( dirref == "AZELGEO" || dirref == "AZEL" ) {
929    dirref = "J2000" ;
930  }
931  sscanf( dirref.chars()+1, "%f", &sdh.equinox ) ;
932  sdh.epoch = "UTC" ;
933  if (sdh.freqref == "TOPO") {
934    sdh.freqref = "TOPOCENT";
935  } else if (sdh.freqref == "GEO") {
936    sdh.freqref = "GEOCENTR";
937  } else if (sdh.freqref == "BARY") {
938    sdh.freqref = "BARYCENT";
939  } else if (sdh.freqref == "GALACTO") {
940    sdh.freqref = "GALACTOC";
941  } else if (sdh.freqref == "LGROUP") {
942    sdh.freqref = "LOCALGRP";
943  } else if (sdh.freqref == "CMB") {
944    sdh.freqref = "CMBDIPOL";
945  } else if (sdh.freqref == "REST") {
946    sdh.freqref = "SOURCE";
947  }
948  table_->setHeader( sdh ) ;
949
950  // save path to POINTING table
951  // 2011/3/2 TN
952  // So far, path to original POINTING table is always stored
953  // since sd tasks and regressions don't support getpt control
954  //if ( !getPt_ ) {
955  Path datapath( tablename_ ) ;
956  String pTabName = datapath.absoluteName() + "/POINTING" ;
957  stab.rwKeywordSet().define( "POINTING", pTabName ) ;
958  //}
959
960  // for GBT
961  if ( antennaName.contains( "GBT" ) ) {
962    String goTabName = datapath.absoluteName() + "/GBT_GO" ;
963    stab.rwKeywordSet().define( "GBT_GO", goTabName ) ;
964  }
965
966  // for MS created from ASDM
967  //mstable_.keywordSet().print(cout) ;
968  const TableRecord &msKeys = mstable_.keywordSet() ;
969  uInt nfields = msKeys.nfields() ;
970  for ( uInt ifield = 0 ; ifield < nfields ; ifield++ ) {
971    String name = msKeys.name( ifield ) ;
972    //os_ << "name = " << name << LogIO::POST ;
973    if ( name.find( "ASDM" ) != String::npos ) {
974      String asdmpath = msKeys.asTable( ifield ).tableName() ;
975      os_ << "ASDM table: " << asdmpath << LogIO::POST ;
976      stab.rwKeywordSet().define( name, asdmpath ) ;
977    }
978  }
979
980//   double endSec = gettimeofday_sec() ;
981//   os_ << "end MSFiller::fill() endSec=" << endSec << " (" << endSec-startSec << "sec)" << LogIO::POST ;
982}
983
984void MSFiller::close()
985{
986  //tablesel_.closeSubTables() ;
987  mstable_.closeSubTables() ;
988  //tablesel_.unlock() ;
989  mstable_.unlock() ;
990}
991
992Int MSFiller::getSrcType( Int stateId, boost::object_pool<ROTableColumn> *tpool )
993{
994//   double startSec = gettimeofday_sec() ;
995//   os_ << "start MSFiller::getSrcType() startSec=" << startSec << LogIO::POST ;
996
997  MSState statetab = mstable_.state() ;
998  ROTableColumn *sharedCol ;
999  sharedCol = tpool->construct( statetab, "OBS_MODE" ) ;
1000  String obsMode = sharedCol->asString( stateId ) ;
1001  tpool->destroy( sharedCol ) ;
1002  sharedCol = tpool->construct( statetab, "SIG" ) ;
1003  Bool sig = sharedCol->asBool( stateId ) ;
1004  tpool->destroy( sharedCol ) ;
1005  sharedCol = tpool->construct( statetab, "REF" ) ;
1006  Bool ref = sharedCol->asBool( stateId ) ;
1007  tpool->destroy( sharedCol ) ;
1008  sharedCol = tpool->construct( statetab, "CAL" ) ;
1009  Double cal = (Double)(sharedCol->asdouble( stateId )) ;
1010  tpool->destroy( sharedCol ) ;
1011  //os_ << "OBS_MODE = " << obsMode << LogIO::POST ;
1012
1013  // determine separator
1014  String sep = "" ;
1015  if ( obsMode.find( ":" ) != String::npos ) {
1016    sep = ":" ;
1017  }
1018  else if ( obsMode.find( "." ) != String::npos ) {
1019    sep = "." ;
1020  }
1021 
1022  // determine SRCTYPE
1023  Int srcType = SrcType::NOTYPE ;
1024  if ( sep == ":" ) {
1025    // sep == ":"
1026    //
1027    // GBT case
1028    //
1029    // obsMode1=Nod
1030    //    NOD
1031    // obsMode1=OffOn
1032    //    obsMode2=PSWITCHON:  PSON
1033    //    obsMode2=PSWITCHOFF: PSOFF
1034    // obsMode1=??
1035    //    obsMode2=FSWITCH:
1036    //       SIG=1: FSON
1037    //       REF=1: FSOFF
1038    // Calibration scan if CAL != 0
1039    Int epos = obsMode.find_first_of( sep ) ;
1040    Int nextpos = obsMode.find_first_of( sep, epos+1 ) ;
1041    String obsMode1 = obsMode.substr( 0, epos ) ;
1042    String obsMode2 = obsMode.substr( epos+1, nextpos-epos-1 ) ;
1043    if ( obsMode1 == "Nod" ) {
1044      srcType = SrcType::NOD ;
1045    }
1046    else if ( obsMode1 == "OffOn" ) {
1047      if ( obsMode2 == "PSWITCHON" ) srcType = SrcType::PSON ;
1048      if ( obsMode2 == "PSWITCHOFF" ) srcType = SrcType::PSOFF ;
1049    }
1050    else {
1051      if ( obsMode2 == "FSWITCH" ) {
1052        if ( sig ) srcType = SrcType::FSON ;
1053        if ( ref ) srcType = SrcType::FSOFF ;
1054      }
1055    }
1056    if ( cal > 0.0 ) {
1057      if ( srcType == SrcType::NOD )
1058        srcType = SrcType::NODCAL ;
1059      else if ( srcType == SrcType::PSON )
1060        srcType = SrcType::PONCAL ;
1061      else if ( srcType == SrcType::PSOFF )
1062        srcType = SrcType::POFFCAL ;
1063      else if ( srcType == SrcType::FSON )
1064        srcType = SrcType::FONCAL ;
1065      else if ( srcType == SrcType::FSOFF )
1066        srcType = SrcType::FOFFCAL ;
1067      else
1068        srcType = SrcType::CAL ;
1069    }
1070  }
1071  else if ( sep == "." ) {
1072    // sep == "."
1073    //
1074    // ALMA & EVLA case (MS via ASDM)
1075    //
1076    // obsMode1=CALIBRATE_*
1077    //    obsMode2=ON_SOURCE: PONCAL
1078    //    obsMode2=OFF_SOURCE: POFFCAL
1079    // obsMode1=OBSERVE_TARGET
1080    //    obsMode2=ON_SOURCE: PON
1081    //    obsMode2=OFF_SOURCE: POFF
1082    Int epos = obsMode.find_first_of( sep ) ;
1083    Int nextpos = obsMode.find_first_of( sep, epos+1 ) ;
1084    String obsMode1 = obsMode.substr( 0, epos ) ;
1085    String obsMode2 = obsMode.substr( epos+1, nextpos-epos-1 ) ;
1086    if ( obsMode1.find( "CALIBRATE_" ) == 0 ) {
1087      if ( obsMode2 == "ON_SOURCE" ) srcType = SrcType::PONCAL ;
1088      if ( obsMode2 == "OFF_SOURCE" ) srcType = SrcType::POFFCAL ;
1089    }
1090    else if ( obsMode1 == "OBSERVE_TARGET" ) {
1091      if ( obsMode2 == "ON_SOURCE" ) srcType = SrcType::PSON ;
1092      if ( obsMode2 == "OFF_SOURCE" ) srcType = SrcType::PSOFF ;
1093    }
1094  }
1095  else {
1096    if ( sig ) srcType = SrcType::SIG ;
1097    if ( ref ) srcType = SrcType::REF ;
1098  }
1099   
1100  //os_ << "srcType = " << srcType << LogIO::POST ;
1101//   double endSec = gettimeofday_sec() ;
1102//   os_ << "end MSFiller::getSrcType() endSec=" << endSec << " (" << endSec-startSec << "sec)" << LogIO::POST ;
1103  return srcType ;
1104}
1105
1106//Vector<uInt> MSFiller::getPolNo( Int corrType )
1107Block<uInt> MSFiller::getPolNo( Int corrType )
1108{
1109//   double startSec = gettimeofday_sec() ;
1110//   os_ << "start MSFiller::getPolNo() startSec=" << startSec << LogIO::POST ;
1111  Block<uInt> polno( 1 ) ;
1112
1113  if ( corrType == Stokes::I || corrType == Stokes::RR || corrType == Stokes::XX ) {
1114    polno = 0 ;
1115  }
1116  else if ( corrType == Stokes::Q || corrType == Stokes::LL || corrType == Stokes::YY ) {
1117    polno = 1 ;
1118  }
1119  else if ( corrType == Stokes::U ) {
1120    polno = 2 ;
1121  }
1122  else if ( corrType == Stokes::V ) {
1123    polno = 3 ;
1124  }
1125  else if ( corrType == Stokes::RL || corrType == Stokes::XY || corrType == Stokes::LR || corrType == Stokes::RL ) {
1126    polno.resize( 2 ) ;
1127    polno[0] = 2 ;
1128    polno[1] = 3 ;
1129  }
1130  else if ( corrType == Stokes::Plinear ) {
1131    polno[0] = 1 ;
1132  }
1133  else if ( corrType == Stokes::Pangle ) {
1134    polno[0] = 2 ;
1135  }
1136  else {
1137    polno = 99 ;
1138  }
1139  //os_ << "polno = " << polno << LogIO::POST ;
1140//   double endSec = gettimeofday_sec() ;
1141//   os_ << "end MSFiller::getPolNo() endSec=" << endSec << " (" << endSec-startSec << "sec)" << LogIO::POST ;
1142 
1143  return polno ;
1144}
1145
1146String MSFiller::getPolType( Int corrType )
1147{
1148//   double startSec = gettimeofday_sec() ;
1149//   os_ << "start MSFiller::getPolType() startSec=" << startSec << LogIO::POST ;
1150  String poltype = "" ;
1151
1152  if ( corrType == Stokes::I || corrType == Stokes::Q || corrType == Stokes::U || corrType == Stokes::V )
1153    poltype = "stokes" ;
1154  else if ( corrType == Stokes::XX || corrType == Stokes::YY || corrType == Stokes::XY || corrType == Stokes::YX )
1155    poltype = "linear" ;
1156  else if ( corrType == Stokes::RR || corrType == Stokes::LL || corrType == Stokes::RL || corrType == Stokes::LR )
1157    poltype = "circular" ;
1158  else if ( corrType == Stokes::Plinear || corrType == Stokes::Pangle )
1159    poltype = "linpol" ;
1160
1161//   double endSec = gettimeofday_sec() ;
1162//   os_ << "end MSFiller::getPolType() endSec=" << endSec << " (" << endSec-startSec << "sec)" << LogIO::POST ;
1163  return poltype ;
1164}
1165
1166void MSFiller::fillWeather()
1167{
1168//   double startSec = gettimeofday_sec() ;
1169//   os_ << "start MSFiller::fillWeather() startSec=" << startSec << LogIO::POST ;
1170
1171  if ( !isWeather_ ) {
1172    // add dummy row
1173    table_->weather().table().addRow(1,True) ;
1174    return ;
1175  }
1176
1177  Table mWeather = mstable_.weather()  ;
1178  //Table mWeatherSel = mWeather( mWeather.col("ANTENNA_ID") == antenna_ ).sort("TIME") ;
1179  Table mWeatherSel( mWeather( mWeather.col("ANTENNA_ID") == antenna_ ).sort("TIME") ) ;
1180  //os_ << "mWeatherSel.nrow() = " << mWeatherSel.nrow() << LogIO::POST ;
1181  if ( mWeatherSel.nrow() == 0 ) {
1182    os_ << "No rows with ANTENNA_ID = " << antenna_ << ", Try -1..." << LogIO::POST ;
1183    mWeatherSel = Table( MSWeather( mWeather( mWeather.col("ANTENNA_ID") == -1 ) ) ) ;
1184    if ( mWeatherSel.nrow() == 0 ) {
1185      os_ << "No rows in WEATHER table" << LogIO::POST ;
1186    }
1187  }
1188  uInt wnrow = mWeatherSel.nrow() ;
1189  //os_ << "wnrow = " << wnrow << LogIO::POST ;
1190
1191  if ( wnrow == 0 )
1192    return ;
1193
1194  Table wtab = table_->weather().table() ;
1195  wtab.addRow( wnrow ) ;
1196
1197  ScalarColumn<Float> *fCol ;
1198  ROScalarColumn<Float> *sharedFloatCol ;
1199  if ( mWeatherSel.tableDesc().isColumn( "TEMPERATURE" ) ) {
1200    fCol = new ScalarColumn<Float>( wtab, "TEMPERATURE" ) ;
1201    sharedFloatCol = new ROScalarColumn<Float>( mWeatherSel, "TEMPERATURE" ) ;
1202    fCol->putColumn( *sharedFloatCol ) ;
1203    delete sharedFloatCol ;
1204    delete fCol ;
1205  }
1206  if ( mWeatherSel.tableDesc().isColumn( "PRESSURE" ) ) {
1207    fCol = new ScalarColumn<Float>( wtab, "PRESSURE" ) ;
1208    sharedFloatCol = new ROScalarColumn<Float>( mWeatherSel, "PRESSURE" ) ;
1209    fCol->putColumn( *sharedFloatCol ) ;
1210    delete sharedFloatCol ;
1211    delete fCol ;
1212  }
1213  if ( mWeatherSel.tableDesc().isColumn( "REL_HUMIDITY" ) ) {
1214    fCol = new ScalarColumn<Float>( wtab, "HUMIDITY" ) ;
1215    sharedFloatCol = new ROScalarColumn<Float>( mWeatherSel, "REL_HUMIDITY" ) ;
1216    fCol->putColumn( *sharedFloatCol ) ;
1217    delete sharedFloatCol ;
1218    delete fCol ;
1219  }
1220  if ( mWeatherSel.tableDesc().isColumn( "WIND_SPEED" ) ) { 
1221    fCol = new ScalarColumn<Float>( wtab, "WINDSPEED" ) ;
1222    sharedFloatCol = new ROScalarColumn<Float>( mWeatherSel, "WIND_SPEED" ) ;
1223    fCol->putColumn( *sharedFloatCol ) ;
1224    delete sharedFloatCol ;
1225    delete fCol ;
1226  }
1227  if ( mWeatherSel.tableDesc().isColumn( "WIND_DIRECTION" ) ) {
1228    fCol = new ScalarColumn<Float>( wtab, "WINDAZ" ) ;
1229    sharedFloatCol = new ROScalarColumn<Float>( mWeatherSel, "WIND_DIRECTION" ) ;
1230    fCol->putColumn( *sharedFloatCol ) ;
1231    delete sharedFloatCol ;
1232    delete fCol ;
1233  }
1234  ScalarColumn<uInt> idCol( wtab, "ID" ) ;
1235  for ( uInt irow = 0 ; irow < wnrow ; irow++ )
1236    idCol.put( irow, irow ) ;
1237
1238  ROScalarQuantColumn<Double> tqCol( mWeatherSel, "TIME" ) ;
1239  ROScalarColumn<Double> tCol( mWeatherSel, "TIME" ) ;
1240  String tUnit = tqCol.getUnits() ;
1241  mwTime_ = tCol.getColumn() ;
1242  if ( tUnit == "d" )
1243    mwTime_ *= 86400.0 ;
1244  tqCol.attach( mWeatherSel, "INTERVAL" ) ;
1245  tCol.attach( mWeatherSel, "INTERVAL" ) ;
1246  String iUnit = tqCol.getUnits() ;
1247  mwInterval_ = tCol.getColumn() ;
1248  if ( iUnit == "d" )
1249    mwInterval_ *= 86400.0 ;
1250  //os_ << "mwTime[0] = " << mwTime_[0] << " mwInterval[0] = " << mwInterval_[0] << LogIO::POST ;
1251//   double endSec = gettimeofday_sec() ;
1252//   os_ << "end MSFiller::fillWeather() endSec=" << endSec << " (" << endSec-startSec << "sec)" << LogIO::POST ;
1253}
1254
1255void MSFiller::fillFocus()
1256{
1257//   double startSec = gettimeofday_sec() ;
1258//   os_ << "start MSFiller::fillFocus() startSec=" << startSec << LogIO::POST ;
1259  // tentative
1260  Table tab = table_->focus().table() ;
1261  tab.addRow( 1 ) ;
1262  ScalarColumn<uInt> idCol( tab, "ID" ) ;
1263  idCol.put( 0, 0 ) ;
1264//   double endSec = gettimeofday_sec() ;
1265//   os_ << "end MSFiller::fillFocus() endSec=" << endSec << " (" << endSec-startSec << "sec)" << LogIO::POST ;
1266}
1267
1268void MSFiller::fillTcal( boost::object_pool<ROTableColumn> *tpoolr )
1269{
1270//   double startSec = gettimeofday_sec() ;
1271//   os_ << "start MSFiller::fillTcal() startSec=" << startSec << LogIO::POST ;
1272
1273  if ( !isSysCal_ ) {
1274    // add dummy row
1275    os_ << "No SysCal rows" << LogIO::POST ;
1276    table_->tcal().table().addRow(1,True) ;
1277    Vector<Float> defaultTcal( 1, 1.0 ) ;
1278    ArrayColumn<Float> tcalCol( table_->tcal().table(), "TCAL" ) ;
1279    tcalCol.put( 0, defaultTcal ) ;
1280    return ;
1281  }
1282
1283  Table sctab = mstable_.sysCal() ;
1284  if ( sctab.nrow() == 0 ) {
1285    os_ << "No SysCal rows" << LogIO::POST ;
1286    return ;
1287  }
1288  Table sctabsel( sctab( sctab.col("ANTENNA_ID") == antenna_ ) ) ;
1289  if ( sctabsel.nrow() == 0 ) {
1290    os_ << "No SysCal rows" << LogIO::POST ;
1291    return ;
1292  }
1293  ROArrayColumn<Float> *tmpTcalCol = new ROArrayColumn<Float>( sctabsel, "TCAL" ) ;
1294  uInt npol = tmpTcalCol->shape( 0 )(0) ;
1295  delete tmpTcalCol ;
1296  //os_ << "fillTcal(): npol = " << npol << LogIO::POST ;
1297  Table tab = table_->tcal().table() ;
1298  ArrayColumn<Float> tcalCol( tab, "TCAL" ) ;
1299  ROTableColumn *sharedCol ;
1300  uInt oldnr = 0 ;
1301  uInt newnr = 0 ;
1302  TableRow row( tab ) ;
1303  TableRecord &trec = row.record() ;
1304  RecordFieldPtr<uInt> idRF( trec, "ID" ) ;
1305  RecordFieldPtr<String> timeRF( trec, "TIME" ) ;
1306  RecordFieldPtr< Array<Float> > tcalRF( trec, "TCAL" ) ;
1307  TableIterator iter0( sctabsel, "FEED_ID" ) ;
1308  while( !iter0.pastEnd() ) {
1309    Table t0 = iter0.table() ;
1310    sharedCol = tpoolr->construct( t0, "FEED_ID" ) ;
1311    Int feedId = sharedCol->asInt( 0 ) ;
1312    tpoolr->destroy( sharedCol ) ;
1313    TableIterator iter1( t0, "SPECTRAL_WINDOW_ID" ) ;
1314    while( !iter1.pastEnd() ) {
1315      Table t1 = iter1.table() ;
1316      sharedCol = tpoolr->construct( t1, "SPECTRAL_WINDOW_ID" ) ;
1317      Int spwId = sharedCol->asInt( 0 ) ;
1318      tpoolr->destroy( sharedCol ) ;
1319      tmpTcalCol = new ROArrayColumn<Float>( t1, colTcal_ ) ;
1320      ROScalarQuantColumn<Double> scTimeCol( t1, "TIME" ) ;
1321      Vector<uInt> idminmax( 2, oldnr ) ;
1322      for ( uInt irow = 0 ; irow < t1.nrow() ; irow++ ) {
1323        String sTime = MVTime( scTimeCol(irow) ).string( MVTime::YMD ) ;
1324        *timeRF = sTime ;
1325        uInt idx = oldnr ;
1326        Matrix<Float> subtcal = (*tmpTcalCol)( irow ) ;
1327        for ( uInt ipol = 0 ; ipol < npol ; ipol++ ) {
1328          *idRF = idx++ ;
1329          //*tcalRF = subtcal.row( ipol ) ;
1330          tcalRF.define( subtcal.row( ipol ) ) ;
1331
1332          // commit row
1333          tab.addRow() ;
1334          row.put( tab.nrow()-1 ) ;
1335
1336          newnr++ ;
1337        }
1338        idminmax[0] = oldnr ;
1339        idminmax[1] = newnr - 1 ;
1340        oldnr = newnr ;
1341
1342        String key = keyTcal( feedId, spwId, sTime ) ;
1343        tcalrec_.define( key, idminmax ) ;
1344      }
1345      delete tmpTcalCol ;
1346      iter1++ ;
1347    }
1348    iter0++ ;
1349  }
1350
1351  //tcalrec_.print( std::cout ) ;
1352//   double endSec = gettimeofday_sec() ;
1353//   os_ << "end MSFiller::fillTcal() endSec=" << endSec << " (" << endSec-startSec << "sec)" << LogIO::POST ;
1354}
1355
1356uInt MSFiller::getWeatherId( uInt idx, Double wtime )
1357{
1358//   double startSec = gettimeofday_sec() ;
1359//   os_ << "start MSFiller::getWeatherId() startSec=" << startSec << LogIO::POST ;
1360  uInt nrow = mwTime_.size() ;
1361  if ( nrow < 2 )
1362    return 0 ;
1363  uInt wid = nrow ;
1364  for ( uInt i = idx ; i < nrow-1 ; i++ ) {
1365    Double tStart = mwTime_[i]-0.5*mwInterval_[i] ;
1366    // use of INTERVAL column is problematic
1367    // since there are "blank" time of weather monitoring
1368    //Double tEnd = tStart + mwInterval_[i] ;
1369    Double tEnd = mwTime_[i+1]-0.5*mwInterval_[i+1] ;
1370    //os_ << "tStart = " << tStart << " dtEnd = " << tEnd-tStart << " dwtime = " << wtime-tStart << LogIO::POST ;
1371    if ( wtime >= tStart && wtime <= tEnd ) {
1372      wid = i ;
1373      break ;
1374    }
1375  }
1376  if ( wid == nrow ) {
1377    uInt i = nrow - 1 ;
1378    Double tStart = mwTime_[i-1]+0.5*mwInterval_[i-1] ;
1379    Double tEnd = mwTime_[i]+0.5*mwInterval_[i] ;
1380    //os_ << "tStart = " << tStart << " dtEnd = " << tEnd-tStart << " dwtime = " << wtime-tStart << LogIO::POST ;
1381    if ( wtime >= tStart && wtime <= tEnd )
1382      wid = i-1 ;
1383    else
1384      wid = i ;
1385  }
1386
1387  //if ( wid == nrow )
1388  //os_ << LogIO::WARN << "Couldn't find correct WEATHER_ID for time " << wtime << LogIO::POST ;
1389
1390//   double endSec = gettimeofday_sec() ;
1391//   os_ << "end MSFiller::getWeatherId() endSec=" << endSec << " (" << endSec-startSec << "sec)" << LogIO::POST ;
1392  return wid ;
1393}
1394
1395void MSFiller::getSysCalTime( Vector<MEpoch> &scTime, Vector<Double> &scInterval, Block<MEpoch> &tcol, Block<Int> &tidx )
1396{
1397//   double startSec = gettimeofday_sec() ;
1398//   os_ << "start MSFiller::getSysCalTime() startSec=" << startSec << LogIO::POST ;
1399
1400  if ( !isSysCal_ )
1401    return ;
1402
1403  uInt nrow = tidx.nelements() ;
1404  if ( scTime.nelements() == 0 )
1405    return ;
1406  else if ( scTime.nelements() == 1 ) {
1407    tidx[0] = 0 ;
1408    return ;
1409  }
1410  uInt scnrow = scTime.nelements() ;
1411  uInt idx = 0 ;
1412  const Double half = 0.5e0 ;
1413  // execute  binary search
1414  idx = binarySearch( scTime, tcol[0].get( "s" ).getValue() ) ;
1415  if ( idx != 0 )
1416    idx -= 1 ;
1417  for ( uInt i = 0 ; i < nrow ; i++ ) {
1418    Double t = tcol[i].get( "s" ).getValue() ;
1419    Double tsc = scTime[0].get( "s" ).getValue() ;
1420    if ( t < tsc ) {
1421      tidx[i] = 0 ;
1422      continue ;
1423    }
1424    for ( uInt j = idx ; j < scnrow-1 ; j++ ) {
1425      Double tsc1 = scTime[j].get( "s" ).getValue() ;
1426      Double dt1 = scInterval[j] ;
1427      Double tsc2 = scTime[j+1].get( "s" ).getValue() ;
1428      Double dt2 = scInterval[j+1] ;
1429      if ( t > tsc1-half*dt1 && t <= tsc2-half*dt2 ) {
1430        tidx[i] = j ;
1431        idx = j ;
1432        break ;
1433      }
1434    }
1435    if ( tidx[i] == -1 ) {
1436//       Double tsc = scTime[scnrow-1].get( "s" ).getValue() ;
1437//       Double dt = scInterval[scnrow-1] ;
1438//       if ( t <= tsc+0.5*dt ) {
1439//         tidx[i] = scnrow-1 ;
1440//       }
1441      tidx[i] = scnrow-1 ;
1442    }
1443  }
1444//   double endSec = gettimeofday_sec() ;
1445//   os_ << "end MSFiller::getSysCalTime() endSec=" << endSec << " (" << endSec-startSec << "sec) scnrow = " << scnrow << " tcol.nelements = " << tcol.nelements() << LogIO::POST ;
1446  return ;
1447}
1448
1449Block<uInt> MSFiller::getTcalId( Int fid, Int spwid, MEpoch &t )
1450{
1451//   double startSec = gettimeofday_sec() ;
1452//   os_ << "start MSFiller::getTcalId() startSec=" << startSec << LogIO::POST ;
1453  //if ( table_->tcal().table().nrow() == 0 ) {
1454  if ( !isSysCal_ ) {
1455    os_ << "No TCAL rows" << LogIO::POST ;
1456    Block<uInt> tcalids( 0 ) ;
1457    return  tcalids ;
1458  }   
1459  //String sctime = MVTime( Quantum<Double>(t,"s") ).string(MVTime::YMD) ;
1460  String sctime = MVTime( t.getValue() ).string(MVTime::YMD) ;
1461  String key = keyTcal( fid, spwid, sctime ) ;
1462  if ( !tcalrec_.isDefined( key ) ) {
1463    os_ << "No TCAL rows" << LogIO::POST ;
1464    Block<uInt> tcalids( 0 ) ;
1465    return tcalids ;
1466  }
1467  Vector<uInt> ids = tcalrec_.asArrayuInt( key ) ;
1468  uInt npol = ids[1] - ids[0] + 1 ;
1469  Block<uInt> tcalids( npol ) ;
1470  tcalids[0] = ids[0] ;
1471  tcalids[1] = ids[1] ;
1472  for ( uInt ipol = 2 ; ipol < npol ; ipol++ )
1473    tcalids[ipol] = ids[0] + ipol - 1 ;
1474
1475//   double endSec = gettimeofday_sec() ;
1476//   os_ << "end MSFiller::getTcalId() endSec=" << endSec << " (" << endSec-startSec << "sec)" << LogIO::POST ;
1477  return tcalids ;
1478}
1479
1480uInt MSFiller::getDirection( uInt idx, Vector<Double> &dir, Vector<Double> &srate, String &ref, MSPointing &tab, Double t )
1481{
1482//   double startSec = gettimeofday_sec() ;
1483//   os_ << "start MSFiller::getDirection() startSec=" << startSec << LogIO::POST ;
1484  // assume that cols is sorted by TIME
1485  Bool doInterp = False ;
1486  //uInt nrow = cols.nrow() ;
1487  uInt nrow = tab.nrow() ;
1488  if ( nrow == 0 )
1489    return 0 ;
1490  ROScalarMeasColumn<MEpoch> tcol( tab, "TIME" ) ;
1491  ROArrayMeasColumn<MDirection> dmcol( tab, "DIRECTION" ) ;
1492  ROArrayColumn<Double> dcol( tab, "DIRECTION" ) ;
1493  // binary search if idx == 0
1494  if ( idx == 0 ) {
1495    uInt nrowb = 75000 ;
1496    if ( nrow > nrowb ) {
1497      uInt nblock = nrow / nrowb + 1 ;
1498      for ( uInt iblock = 0 ; iblock < nblock ; iblock++ ) {
1499        uInt high = min( nrowb, nrow-iblock*nrowb ) ;
1500
1501        if ( tcol( high-1 ).get( "s" ).getValue() < t ) {
1502          idx = iblock * nrowb ;
1503          continue ;
1504        }
1505
1506        Vector<MEpoch> tarr( high ) ;
1507        for ( uInt irow = 0 ; irow < high ; irow++ ) {
1508          tarr[irow] = tcol( iblock*nrowb+irow ) ;
1509        }
1510
1511        uInt bidx = binarySearch( tarr, t ) ;
1512
1513        idx = iblock * nrowb + bidx ;
1514        break ;
1515      }
1516    }
1517    else {
1518      Vector<MEpoch> tarr( nrow ) ;
1519      for ( uInt irow = 0 ; irow < nrow ; irow++ ) {
1520        tarr[irow] = tcol( irow ) ;
1521      }
1522      idx = binarySearch( tarr, t ) ;
1523    }
1524  }
1525  // ensure that tcol(idx) < t
1526  //os_ << "tcol(idx) = " << tcol(idx).get("s").getValue() << " t = " << t << " diff = " << tcol(idx).get("s").getValue()-t << endl ;
1527  while ( tcol(idx).get("s").getValue() > t && idx > 0 )
1528    idx-- ;
1529  //os_ << "idx = " << idx << LogIO::POST ;
1530
1531  // index search
1532  for ( uInt i = idx ; i < nrow ; i++ ) {
1533    Double tref = tcol( i ).get( "s" ).getValue() ;
1534    if ( tref == t ) {
1535      idx = i ;
1536      break ;
1537    }
1538    else if ( tref > t ) {
1539      if ( i == 0 ) {
1540        idx = i ;
1541      }
1542      else {
1543        idx = i-1 ;
1544        doInterp = True ;
1545      }
1546      break ;
1547    }
1548    else {
1549      idx = nrow - 1 ;
1550    }
1551  }
1552  //os_ << "searched idx = " << idx << LogIO::POST ;
1553
1554  //os_ << "dmcol(idx).shape() = " << dmcol(idx).shape() << LogIO::POST ;
1555  IPosition ip( dmcol(idx).shape().nelements(), 0 ) ;
1556  //os_ << "ip = " << ip << LogIO::POST ;
1557  ref = dmcol(idx)(ip).getRefString() ;
1558  //os_ << "ref = " << ref << LogIO::POST ;
1559  if ( doInterp ) {
1560    //os_ << "do interpolation" << LogIO::POST ;
1561    //os_ << "dcol(idx).shape() = " << dcol(idx).shape() << LogIO::POST ;
1562    Double tref0 = tcol(idx).get("s").getValue() ;
1563    Double tref1 = tcol(idx+1).get("s").getValue() ;
1564    Matrix<Double> mdir0 = dcol( idx ) ;
1565    Matrix<Double> mdir1 = dcol( idx+1 ) ;
1566    Vector<Double> dir0 = mdir0.column( 0 ) ;
1567    //os_ << "dir0 = " << dir0 << LogIO::POST ;
1568    Vector<Double> dir1 = mdir1.column( 0 ) ;
1569    //os_ << "dir1 = " << dir1 << LogIO::POST ;
1570    Double dt0 = t - tref0 ;
1571    Double dt1 = tref1 - t ;
1572    dir.reference( (dt0*dir1+dt1*dir0)/(dt0+dt1) ) ;
1573    if ( mdir0.ncolumn() > 1 ) {
1574      if ( dt0 >= dt1 )
1575        srate.reference( mdir0.column( 1 ) ) ;
1576      else
1577        srate.reference( mdir1.column( 1 ) ) ;
1578    }
1579    //os_ << "dir = " << dir << LogIO::POST ;
1580  }
1581  else {
1582    //os_ << "no interpolation" << LogIO::POST ;
1583    Matrix<Double> mdir0 = dcol( idx ) ;
1584    dir.reference( mdir0.column( 0 ) ) ;
1585    if ( mdir0.ncolumn() > 1 )
1586      srate.reference( mdir0.column( 1 ) ) ;
1587  }
1588
1589//   double endSec = gettimeofday_sec() ;
1590//   os_ << "end MSFiller::getDirection() endSec=" << endSec << " (" << endSec-startSec << "sec)" << LogIO::POST ;
1591  return idx ;
1592}
1593
1594String MSFiller::keyTcal( Int feedid, Int spwid, String stime )
1595{
1596  String sfeed = "FEED" + String::toString( feedid ) ;
1597  String sspw = "SPW" + String::toString( spwid ) ;
1598  return sfeed+":"+sspw+":"+stime ;
1599}
1600
1601uInt MSFiller::binarySearch( Vector<MEpoch> &timeList, Double target )
1602{
1603  Int low = 0 ;
1604  Int high = timeList.nelements() ;
1605  uInt idx = 0 ;
1606
1607  while ( low <= high ) {
1608    idx = (Int)( 0.5 * ( low + high ) ) ;
1609    Double t = timeList[idx].get( "s" ).getValue() ;
1610    if ( t < target )
1611      low = idx + 1 ;
1612    else if ( t > target )
1613      high = idx - 1 ;
1614    else
1615      return idx ;
1616  }
1617
1618  idx = max( 0, min( low, high ) ) ;
1619
1620  return idx ;
1621 
1622}
1623
1624} ;
1625
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.