source: branches/casa-prerelease/pre-asap/src/MSFiller.cpp @ 2085

Last change on this file since 2085 was 2085, checked in by Takeshi Nakazato, 13 years ago

New Development: No

JIRA Issue: Yes CAS-2718

Ready for Test: Yes

Interface Changes: No

What Interface Changed: Please list interface changes

Test Programs: List test programs

Put in Release Notes: Yes/No?

Module(s): Module Names change impacts.

Description: Describe your changes here...

Merge bug fix on MSFiller in trunk (r2083).
File size: 60.0 KB
Line 
1//
2// C++ Interface: MSFiller
3//
4// Description:
5//
6// This class is specific filler for MS format
7//
8// Takeshi Nakazato <takeshi.nakazato@nao.ac.jp>, (C) 2010
9//
10// Copyright: See COPYING file that comes with this distribution
11//
12//
13
14#include <iostream>
15#include <map>
16
17#include <tables/Tables/ExprNode.h>
18#include <tables/Tables/TableIter.h>
19#include <tables/Tables/TableColumn.h>
20#include <tables/Tables/ScalarColumn.h>
21#include <tables/Tables/ArrayColumn.h>
22#include <tables/Tables/TableParse.h>
23#include <tables/Tables/TableRow.h>
24
25#include <casa/Containers/RecordField.h>
26#include <casa/Logging/LogIO.h>
27#include <casa/Arrays/Slicer.h>
28#include <casa/Quanta/MVTime.h>
29#include <casa/OS/Path.h>
30
31#include <measures/Measures/Stokes.h>
32#include <measures/Measures/MEpoch.h>
33#include <measures/Measures/MCEpoch.h>
34#include <measures/Measures/MFrequency.h>
35#include <measures/Measures/MCFrequency.h>
36#include <measures/Measures/MPosition.h>
37#include <measures/Measures/MCPosition.h>
38#include <measures/Measures/MDirection.h>
39#include <measures/Measures/MCDirection.h>
40#include <measures/Measures/MeasConvert.h>
41#include <measures/TableMeasures/ScalarMeasColumn.h>
42#include <measures/TableMeasures/ArrayMeasColumn.h>
43#include <measures/TableMeasures/ScalarQuantColumn.h>
44#include <measures/TableMeasures/ArrayQuantColumn.h>
45
46#include <ms/MeasurementSets/MSAntennaIndex.h>
47
48#include <atnf/PKSIO/SrcType.h>
49
50#include "MSFiller.h"
51#include "STHeader.h"
52
53#include <ctime>
54#include <sys/time.h>
55
56using namespace casa ;
57using namespace std ;
58
59namespace asap {
60double MSFiller::gettimeofday_sec()
61{
62  struct timeval tv ;
63  gettimeofday( &tv, NULL ) ;
64  return tv.tv_sec + (double)tv.tv_usec*1.0e-6 ;
65}
66
67MSFiller::MSFiller( casa::CountedPtr<Scantable> stable )
68  : table_( stable ),
69    tablename_( "" ),
70    antenna_( -1 ),
71    antennaStr_(""),
72    getPt_( False ),
73    isFloatData_( False ),
74    isData_( False ),
75    isDoppler_( False ),
76    isFlagCmd_( False ),
77    isFreqOffset_( False ),
78    isHistory_( False ),
79    isProcessor_( False ),
80    isSysCal_( False ),
81    isWeather_( False ),
82    colTsys_( "TSYS_SPECTRUM" ),
83    colTcal_( "TCAL_SPECTRUM" )
84{
85  os_ = LogIO() ;
86  os_.origin( LogOrigin( "MSFiller", "MSFiller()", WHERE ) ) ;
87}
88
89MSFiller::~MSFiller()
90{
91  os_.origin( LogOrigin( "MSFiller", "~MSFiller()", WHERE ) ) ;
92}
93
94bool MSFiller::open( const std::string &filename, const casa::Record &rec )
95{
96  os_.origin( LogOrigin( "MSFiller", "open()", WHERE ) ) ;
97//   double startSec = gettimeofday_sec() ;
98//   os_ << "start MSFiller::open() startsec=" << startSec << LogIO::POST ;
99  //os_ << "   filename = " << filename << endl ;
100
101  // parsing MS options
102  if ( rec.isDefined( "ms" ) ) {
103    Record msrec = rec.asRecord( "ms" ) ;
104    if ( msrec.isDefined( "getpt" ) ) {
105      getPt_ = msrec.asBool( "getpt" ) ;
106    }
107    if ( msrec.isDefined( "antenna" ) ) {
108      if ( msrec.type( msrec.fieldNumber( "antenna" ) ) == TpInt ) {
109        antenna_ = msrec.asInt( "antenna" ) ;
110      }
111      else {
112        //antenna_ = atoi( msrec.asString( "antenna" ).c_str() ) ;
113        antennaStr_ = msrec.asString( "antenna" ) ;
114      }
115    }
116    else {
117      antenna_ = 0 ;
118    }
119  }
120
121  MeasurementSet *tmpMS = new MeasurementSet( filename, Table::Old ) ;
122  //mstable_ = (*tmpMS)( tmpMS->col("ANTENNA1") == antenna_
123  //                     && tmpMS->col("ANTENNA1") == tmpMS->col("ANTENNA2") ) ;
124  tablename_ = tmpMS->tableName() ;
125  if ( antenna_ == -1 && antennaStr_.size() > 0 ) {
126    MSAntennaIndex msAntIdx( tmpMS->antenna() ) ;
127    Vector<Int> id = msAntIdx.matchAntennaName( antennaStr_ ) ;
128    if ( id.size() > 0 )
129      antenna_ = id[0] ;
130  }
131
132  os_ << "Parsing MS options" << endl ;
133  os_ << "   getPt = " << getPt_ << endl ;
134  os_ << "   antenna = " << antenna_ << endl ;
135  os_ << "   antennaStr = " << antennaStr_ << LogIO::POST ;
136
137  mstable_ = MeasurementSet( (*tmpMS)( tmpMS->col("ANTENNA1") == antenna_
138                                       && tmpMS->col("ANTENNA1") == tmpMS->col("ANTENNA2") ) ) ;
139//   stringstream ss ;
140//   ss << "SELECT FROM $1 WHERE ANTENNA1 == ANTENNA2 && ANTENNA1 == " << antenna_ ;
141//   String taql( ss.str() ) ;
142//   mstable_ = MeasurementSet( tableCommand( taql, *tmpMS ) ) ;
143  delete tmpMS ;
144
145  // check which data column exists
146  isFloatData_ = mstable_.tableDesc().isColumn( "FLOAT_DATA" ) ;
147  isData_ = mstable_.tableDesc().isColumn( "DATA" ) ;
148
149//   double endSec = gettimeofday_sec() ;
150//   os_ << "end MSFiller::open() endSec=" << endSec << " (" << endSec-startSec << "sec)" << LogIO::POST ;
151  return true ;
152}
153
154void MSFiller::fill()
155{
156  os_.origin( LogOrigin( "MSFiller", "fill()", WHERE ) ) ;
157//   double startSec = gettimeofday_sec() ;
158//   os_ << "start MSFiller::fill() startSec=" << startSec << LogIO::POST ;
159
160//   double time0 = gettimeofday_sec() ;
161//   os_ << "start init fill: " << time0 << LogIO::POST ;
162
163  // Initialize header
164  STHeader sdh ; 
165  sdh.nchan = 0 ;
166  sdh.npol = 0 ;
167  sdh.nif = 0 ;
168  sdh.nbeam = 0 ;
169  sdh.observer = "" ;
170  sdh.project = "" ;
171  sdh.obstype = "" ;
172  sdh.antennaname = "" ;
173  sdh.antennaposition.resize( 0 ) ;
174  sdh.equinox = 0.0 ;
175  sdh.freqref = "" ;
176  sdh.reffreq = -1.0 ;
177  sdh.bandwidth = 0.0 ;
178  sdh.utc = 0.0 ;
179  sdh.fluxunit = "" ;
180  sdh.epoch = "" ;
181  sdh.poltype = "" ;
182 
183  // check if optional table exists
184  //const TableRecord msrec = tablesel_.keywordSet() ;
185  const TableRecord msrec = mstable_.keywordSet() ;
186  isDoppler_ = msrec.isDefined( "DOPPLER" ) ;
187  if ( isDoppler_ )
188    if ( mstable_.doppler().nrow() == 0 )
189      isDoppler_ = False ;
190  isFlagCmd_ = msrec.isDefined( "FLAG_CMD" ) ;
191  if ( isFlagCmd_ )
192    if ( mstable_.flagCmd().nrow() == 0 )
193      isFlagCmd_ = False ;
194  isFreqOffset_ = msrec.isDefined( "FREQ_OFFSET" ) ;
195  if ( isFreqOffset_ )
196    if ( mstable_.freqOffset().nrow() == 0 )
197      isFreqOffset_ = False ;
198  isHistory_ = msrec.isDefined( "HISTORY" ) ;
199  if ( isHistory_ )
200    if ( mstable_.history().nrow() == 0 )
201      isHistory_ = False ;
202  isProcessor_ = msrec.isDefined( "PROCESSOR" ) ;
203  if ( isProcessor_ )
204    if ( mstable_.processor().nrow() == 0 )
205      isProcessor_ = False ;
206  isSysCal_ = msrec.isDefined( "SYSCAL" ) ;
207  if ( isSysCal_ )
208    if ( mstable_.sysCal().nrow() == 0 )
209      isSysCal_ = False ;
210  isWeather_ = msrec.isDefined( "WEATHER" ) ;
211  if ( isWeather_ )
212    if ( mstable_.weather().nrow() == 0 )
213      isWeather_ = False ;
214
215  // Access to MS subtables
216  MSField fieldtab = mstable_.field() ;
217  MSPolarization poltab = mstable_.polarization() ;
218  MSDataDescription ddtab = mstable_.dataDescription() ;
219  MSObservation obstab = mstable_.observation() ;
220  MSSource srctab = mstable_.source() ;
221  MSSpectralWindow spwtab = mstable_.spectralWindow() ;
222  MSSysCal caltab = mstable_.sysCal() ;
223  if ( caltab.nrow() == 0 )
224    isSysCal_ = False ;
225  else {
226    if ( !caltab.tableDesc().isColumn( colTcal_ ) )
227      colTcal_ = "TCAL" ;
228    if ( !caltab.tableDesc().isColumn( colTsys_ ) )
229      colTsys_ = "TSYS" ;
230  }
231//   colTcal_ = "TCAL" ;
232//   colTsys_ = "TSYS" ;
233  MSPointing pointtab = mstable_.pointing() ;
234  if ( mstable_.weather().nrow() == 0 )
235    isWeather_ = False ;
236  MSState stattab = mstable_.state() ;
237  MSAntenna anttab = mstable_.antenna() ;
238
239  // TEST
240  // memory allocation by boost::object_pool
241  boost::object_pool<ROTableColumn> *tpoolr = new boost::object_pool<ROTableColumn> ;
242  //
243
244  // SUBTABLES: FREQUENCIES
245  table_->frequencies().setFrame( "LSRK" ) ;
246  table_->frequencies().setFrame( "LSRK", True ) ;
247
248  // SUBTABLES: WEATHER
249  fillWeather() ;
250
251  // SUBTABLES: FOCUS
252  fillFocus() ;
253
254  // SUBTABLES: TCAL
255  fillTcal( tpoolr ) ;
256
257  // SUBTABLES: FIT
258  //fillFit() ;
259
260  // SUBTABLES: HISTORY
261  //fillHistory() ;
262
263  // shared pointers
264  ROTableColumn *tcolr ;
265
266  // MAIN
267  // Iterate over several ids
268  map<Int, uInt> ifmap ; // (IFNO, FREQ_ID) pair
269  ROArrayQuantColumn<Double> *sharedQDArrCol = new ROArrayQuantColumn<Double>( anttab, "POSITION" ) ;
270  Vector< Quantum<Double> > antpos = (*sharedQDArrCol)( antenna_ ) ;
271  delete sharedQDArrCol ;
272  MPosition mp( MVPosition( antpos ), MPosition::ITRF ) ;
273  if ( getPt_ ) {
274    //pointtab = pointtab( pointtab.col("ANTENNA_ID")==antenna_ ).sort("TIME") ;
275    pointtab = MSPointing( pointtab( pointtab.col("ANTENNA_ID")==antenna_ ).sort("TIME") ) ;
276  }
277  tcolr = tpoolr->construct( anttab, "STATION" ) ;
278  String stationName = tcolr->asString( antenna_ ) ;
279  tpoolr->destroy( tcolr ) ;
280  tcolr = tpoolr->construct( anttab, "NAME" ) ;
281  String antennaName = tcolr->asString( antenna_ ) ;
282  tpoolr->destroy( tcolr ) ;
283  sdh.antennaposition.resize( 3 ) ;
284  for ( int i = 0 ; i < 3 ; i++ )
285    sdh.antennaposition[i] = antpos[i].getValue( "m" ) ;
286  String telescopeName = "" ;
287
288//   double time1 = gettimeofday_sec() ;
289//   os_ << "end fill init: " << time1 << " (" << time1-time0 << "sec)" << LogIO::POST ;
290
291  // row based
292  Table &stab = table_->table() ;
293  TableRow row( stab ) ;
294  TableRecord &trec = row.record() ;
295  RecordFieldPtr< Array<Float> > spRF( trec, "SPECTRA" ) ;
296  RecordFieldPtr< Array<uChar> > ucarrRF( trec, "FLAGTRA" ) ;
297  RecordFieldPtr<Double> timeRF( trec, "TIME" ) ;
298  RecordFieldPtr< Array<Float> > tsysRF( trec, "TSYS" ) ;
299  RecordFieldPtr<Double> intervalRF( trec, "INTERVAL" ) ;
300  RecordFieldPtr< Array<Double> > dirRF( trec, "DIRECTION" ) ;
301  RecordFieldPtr<Float> azRF( trec, "AZIMUTH" ) ;
302  RecordFieldPtr<Float> elRF( trec, "ELEVATION" ) ;
303  RecordFieldPtr< Array<Double> > scrRF( trec, "SCANRATE" ) ;
304  RecordFieldPtr<uInt> cycleRF( trec, "CYCLENO" ) ;
305  RecordFieldPtr<uInt> flrRF( trec, "FLAGROW" ) ;
306  RecordFieldPtr<uInt> tcalidRF( trec, "TCAL_ID" ) ;
307  RecordFieldPtr<uInt> widRF( trec, "WEATHER_ID" ) ;
308  RecordFieldPtr<uInt> polnoRF( trec, "POLNO" ) ;
309
310
311  // REFBEAMNO
312  RecordFieldPtr<Int> intRF( trec, "REFBEAMNO" ) ;
313  *intRF = 0 ;
314
315  // FIT_ID
316  intRF.attachToRecord( trec, "FIT_ID" ) ;
317  *intRF = -1 ;
318
319  // OPACITY
320  RecordFieldPtr<Float> floatRF( trec, "OPACITY" ) ;
321  *floatRF = 0.0 ;
322
323  //
324  // ITERATION: OBSERVATION_ID
325  //
326  TableIterator iter0( mstable_, "OBSERVATION_ID" ) ;
327  while( !iter0.pastEnd() ) {
328//     time0 = gettimeofday_sec() ;
329//     os_ << "start 0th iteration: " << time0 << LogIO::POST ;
330    Table t0 = iter0.table() ;
331    tcolr = tpoolr->construct( t0, "OBSERVATION_ID" ) ;
332    Int obsId = tcolr->asInt( 0 ) ;
333    tpoolr->destroy( tcolr ) ;
334    if ( sdh.observer == "" ) {
335      tcolr = tpoolr->construct( obstab, "OBSERVER" ) ;
336      sdh.observer = tcolr->asString( obsId ) ;
337      tpoolr->destroy( tcolr ) ;
338    }
339    if ( sdh.project == "" ) {
340      tcolr = tpoolr->construct( obstab, "PROJECT" ) ;
341      sdh.observer = tcolr->asString( obsId ) ;
342      tpoolr->destroy( tcolr ) ;
343    }
344    ROArrayMeasColumn<MEpoch> *tmpMeasCol = new ROArrayMeasColumn<MEpoch>( obstab, "TIME_RANGE" ) ;
345    MEpoch me = (*tmpMeasCol)( obsId )( IPosition(1,0) ) ;
346    delete tmpMeasCol ;
347    if ( sdh.utc == 0.0 ) {
348      sdh.utc = me.get( "d" ).getValue() ;
349    }
350    if ( telescopeName == "" ) {
351      tcolr = tpoolr->construct( obstab, "TELESCOPE_NAME" ) ;
352      telescopeName = tcolr->asString( obsId ) ;
353      tpoolr->destroy( tcolr ) ;
354    }
355    Int nbeam = 0 ;
356//     time1 = gettimeofday_sec() ;
357//     os_ << "end 0th iteration init: " << time1 << " (" << time1-time0 << "sec)" << LogIO::POST ;
358    //
359    // ITERATION: FEED1
360    //
361    TableIterator iter1( t0, "FEED1" ) ;
362    while( !iter1.pastEnd() ) {
363//       time0 = gettimeofday_sec() ;
364//       os_ << "start 1st iteration: " << time0 << LogIO::POST ;
365      Table t1 = iter1.table() ;
366      // assume FEED1 == FEED2
367      tcolr = tpoolr->construct( t1, "FEED1" ) ;
368      Int feedId = tcolr->asInt( 0 ) ;
369      tpoolr->destroy( tcolr ) ;
370      nbeam++ ;
371
372      // BEAMNO
373      RecordFieldPtr<uInt> uintRF( trec, "BEAMNO" ) ;
374      *uintRF = feedId ;
375
376      // FOCUS_ID
377      uintRF.attachToRecord( trec, "FOCUS_ID" ) ;
378      *uintRF = 0 ;
379
380//       time1 = gettimeofday_sec() ;
381//       os_ << "end 1st iteration init: " << time1 << " (" << time1-time0 << "sec)" << LogIO::POST ;
382      //
383      // ITERATION: FIELD_ID
384      //
385      TableIterator iter2( t1, "FIELD_ID" ) ;
386      while( !iter2.pastEnd() ) {
387//         time0 = gettimeofday_sec() ;
388//         os_ << "start 2nd iteration: " << time0 << LogIO::POST ;
389        Table t2 = iter2.table() ;
390        tcolr = tpoolr->construct( t2, "FIELD_ID" ) ;
391        Int fieldId = tcolr->asInt( 0 ) ;
392        tpoolr->destroy( tcolr ) ;
393        tcolr = tpoolr->construct( fieldtab, "SOURCE_ID" ) ;
394        Int srcId = tcolr->asInt( fieldId ) ;
395        tpoolr->destroy( tcolr ) ;
396        tcolr = tpoolr->construct( fieldtab, "NAME" ) ;
397        String fieldName = tcolr->asString( fieldId ) + "__" + String::toString(fieldId) ;
398        tpoolr->destroy( tcolr ) ;
399        ROArrayMeasColumn<MDirection> *delayDirCol = new ROArrayMeasColumn<MDirection>( fieldtab, "DELAY_DIR" ) ;
400        Vector<MDirection> delayDir = (*delayDirCol)( fieldId ) ;
401        delete delayDirCol ;
402        Vector<Double> defaultScanrate( 2, 0.0 ) ;
403        Vector<Double> defaultDir = delayDir[0].getAngle( "rad" ).getValue() ;
404        if ( delayDir.nelements() > 1 )
405          defaultScanrate = delayDir[1].getAngle( "rad" ).getValue() ;
406         
407
408        // FIELDNAME
409        RecordFieldPtr<String> strRF( trec, "FIELDNAME" ) ;
410        *strRF = fieldName ;
411
412
413//         time1 = gettimeofday_sec() ;
414//         os_ << "end 2nd iteration init: " << time1 << " (" << time1-time0 << "sec)" << LogIO::POST ;
415        //
416        // ITERATION: DATA_DESC_ID
417        //
418        TableIterator iter3( t2, "DATA_DESC_ID" ) ;
419        while( !iter3.pastEnd() ) {
420//           time0 = gettimeofday_sec() ;
421//           os_ << "start 3rd iteration: " << time0 << LogIO::POST ;
422          Table t3 = iter3.table() ;
423          tcolr = tpoolr->construct( t3, "DATA_DESC_ID" ) ;
424          Int ddId = tcolr->asInt( 0 ) ;
425          tpoolr->destroy( tcolr ) ;
426          tcolr = tpoolr->construct( ddtab, "POLARIZATION_ID" ) ;
427          Int polId = tcolr->asInt( ddId ) ;
428          tpoolr->destroy( tcolr ) ;
429          tcolr = tpoolr->construct( ddtab, "SPECTRAL_WINDOW_ID" ) ;
430          Int spwId = tcolr->asInt( ddId ) ;
431          tpoolr->destroy( tcolr ) ;
432
433          // IFNO
434          uintRF.attachToRecord( trec, "IFNO" ) ;
435          *uintRF = (uInt)spwId ;
436
437          // polarization information
438          tcolr = tpoolr->construct( poltab, "NUM_CORR" ) ;
439          Int npol = tcolr->asInt( polId ) ;
440          tpoolr->destroy( tcolr ) ;
441          ROArrayColumn<Int> *roArrICol = new ROArrayColumn<Int>( poltab, "CORR_TYPE" ) ;
442          Vector<Int> corrtype = (*roArrICol)( polId ) ;
443          delete roArrICol ;
444//           os_ << "npol = " << npol << LogIO::POST ;
445//           os_ << "corrtype = " << corrtype << LogIO::POST ;
446          sdh.npol = max( sdh.npol, npol ) ;
447          if ( sdh.poltype == "" ) sdh.poltype = getPolType( corrtype[0] ) ;
448          // source information
449//           os_ << "srcId = " << srcId << ", spwId = " << spwId << LogIO::POST ;
450          MSSource srctabSel = srctab( srctab.col("SOURCE_ID") == srcId && srctab.col("SPECTRAL_WINDOW_ID") == spwId ) ;
451          if ( srctabSel.nrow() == 0 ) {
452            srctabSel = srctab( srctab.col("SOURCE_ID") == srcId && srctab.col("SPECTRAL_WINDOW_ID") == -1 ) ;
453          }
454          String srcName( "" ) ;
455          Vector<Double> srcPM( 2, 0.0 ) ;
456          Vector<Double> srcDir( 2, 0.0 ) ;
457          MDirection md ;
458          Int numLines = 0 ;
459          ROArrayColumn<Double> *roArrDCol = 0 ;
460          if ( srctabSel.nrow() > 0 ) {
461            // source name
462            tcolr = tpoolr->construct( srctabSel, "NAME" ) ;
463            srcName = tcolr->asString( 0 ) ;
464            tpoolr->destroy( tcolr ) ;
465
466            // source proper motion
467            roArrDCol = new ROArrayColumn<Double>( srctabSel, "PROPER_MOTION" ) ;
468            srcPM = (*roArrDCol)( 0 ) ;
469            delete roArrDCol ;
470           
471            // source direction
472            roArrDCol = new ROArrayColumn<Double>( srctabSel, "DIRECTION" ) ;
473            srcDir = (*roArrDCol)( 0 ) ;
474            delete roArrDCol ;
475
476            // source direction as MDirection object
477            ROScalarMeasColumn<MDirection> *tmpMeasCol = new ROScalarMeasColumn<MDirection>( srctabSel, "DIRECTION" ) ;
478            md = (*tmpMeasCol)( 0 ) ;
479            delete tmpMeasCol ;
480
481            // number of lines
482            tcolr = tpoolr->construct( srctabSel, "NUM_LINES" ) ;
483            numLines = tcolr->asInt( 0 ) ;
484            tpoolr->destroy( tcolr ) ;
485
486          }
487          else {
488            md = MDirection( Quantum<Double>(0.0,Unit("rad")), Quantum<Double>(0.0,Unit("rad")) ) ;
489          }
490
491          // SRCNAME
492          strRF.attachToRecord( trec, "SRCNAME" ) ;
493          *strRF = srcName ;
494
495//           os_ << "srcName = " << srcName << LogIO::POST ;
496
497          // SRCPROPERMOTION
498          RecordFieldPtr< Array<Double> > darrRF( trec, "SRCPROPERMOTION" ) ;
499          *darrRF = srcPM ;
500
501          //os_ << "srcPM = " << srcPM << LogIO::POST ;
502
503          // SRCDIRECTION
504          darrRF.attachToRecord( trec, "SRCDIRECTION" ) ;
505          *darrRF = srcDir ;
506
507          //os_ << "srcDir = " << srcDir << LogIO::POST ;
508
509          // for MOLECULES subtable
510//           os_ << "numLines = " << numLines << LogIO::POST ;
511
512          Vector<Double> restFreqs( numLines, 0.0 ) ;
513          Vector<String> transitionName( numLines, "" ) ;
514          Vector<Double> sysVels ;
515          Double sysVel = 0.0 ;
516          if ( numLines != 0 ) {
517            if ( srctabSel.tableDesc().isColumn( "REST_FREQUENCY" ) ) {
518              sharedQDArrCol = new ROArrayQuantColumn<Double>( srctabSel, "REST_FREQUENCY" ) ;
519              Array< Quantum<Double> > qRestFreqs = (*sharedQDArrCol)( 0 ) ;
520              delete sharedQDArrCol ;
521              for ( int i = 0 ; i < numLines ; i++ ) {
522                restFreqs[i] = qRestFreqs( IPosition( 1, i ) ).getValue( "Hz" ) ;
523              }
524            }
525//             os_ << "restFreqs = " << restFreqs << LogIO::POST ;
526            if ( srctabSel.tableDesc().isColumn( "TRANSITION" ) ) {
527              ROArrayColumn<String> transitionCol( srctabSel, "TRANSITION" ) ;
528              if ( transitionCol.isDefined( 0 ) )
529                transitionName = transitionCol( 0 ) ;
530              //os_ << "transitionNameCol.nrow() = " << transitionCol.nrow() << LogIO::POST ;
531            }
532            if ( srctabSel.tableDesc().isColumn( "SYSVEL" ) ) {
533              roArrDCol = new ROArrayColumn<Double>( srctabSel, "SYSVEL" ) ;
534              sysVels = (*roArrDCol)( 0 ) ;
535              delete roArrDCol ;
536            }
537            if ( !sysVels.empty() ) {
538              //os_ << "sysVels.shape() = " << sysVels.shape() << LogIO::POST ;
539              // NB: assume all SYSVEL values are the same
540              sysVel = sysVels( IPosition(1,0) ) ;
541            }
542          }
543
544          // SRCVELOCITY
545          RecordFieldPtr<Double> doubleRF( trec, "SRCVELOCITY" ) ;
546          *doubleRF = sysVel ;
547
548//           os_ << "sysVel = " << sysVel << LogIO::POST ;
549
550          uInt molId = table_->molecules().addEntry( restFreqs, transitionName, transitionName ) ;
551
552          // MOLECULE_ID
553          uintRF.attachToRecord( trec, "MOLECULE_ID" ) ;
554          *uintRF = molId ;
555
556          // spectral setup
557          MeasFrame mf( me, mp, md ) ;
558          tcolr = tpoolr->construct( spwtab, "MEAS_FREQ_REF" ) ;
559          MFrequency::Types freqRef = MFrequency::castType((uInt)(tcolr->asInt(spwId))) ;
560          tpoolr->destroy( tcolr ) ;
561          tcolr = tpoolr->construct( spwtab, "NUM_CHAN" ) ;
562          Int nchan = tcolr->asInt( spwId ) ;
563          tpoolr->destroy( tcolr ) ;
564          Bool even = False ;
565          if ( (nchan/2)*2 == nchan ) even = True ;
566          sdh.nchan = max( sdh.nchan, nchan ) ;
567          ROScalarQuantColumn<Double> *tmpQuantCol = new ROScalarQuantColumn<Double>( spwtab, "TOTAL_BANDWIDTH" ) ;
568          Double totbw = (*tmpQuantCol)( spwId ).getValue( "Hz" ) ;
569          delete tmpQuantCol ;
570          sdh.bandwidth = max( sdh.bandwidth, totbw ) ;
571          if ( sdh.freqref == "" )
572            //sdh.freqref = MFrequency::showType( freqRef ) ;
573            sdh.freqref = "LSRK" ;
574          if ( sdh.reffreq == -1.0 ) {
575            tmpQuantCol = new ROScalarQuantColumn<Double>( spwtab, "REF_FREQUENCY" ) ;
576            Quantum<Double> qreffreq = (*tmpQuantCol)( spwId ) ;
577            delete tmpQuantCol ;
578            if ( freqRef == MFrequency::LSRK ) {
579              sdh.reffreq = qreffreq.getValue("Hz") ;
580            }
581            else {
582              MFrequency::Convert tolsr( freqRef, MFrequency::Ref( MFrequency::LSRK, mf ) ) ;
583              sdh.reffreq = tolsr( qreffreq ).get("Hz").getValue() ;
584            }
585          }
586          Int refchan = nchan / 2 ;
587          IPosition refip( 1, refchan ) ;
588          Double refpix = 0.5*(nchan-1) ;
589          Double refval = 0.0 ;
590          sharedQDArrCol = new ROArrayQuantColumn<Double>( spwtab, "CHAN_WIDTH" ) ;
591          Double increment = (*sharedQDArrCol)( spwId )( refip ).getValue( "Hz" ) ;
592          delete sharedQDArrCol ;
593//           os_ << "nchan = " << nchan << " refchan = " << refchan << "(even=" << even << ") refpix = " << refpix << LogIO::POST ;
594          sharedQDArrCol = new ROArrayQuantColumn<Double>( spwtab, "CHAN_FREQ" ) ;
595          Vector< Quantum<Double> > chanFreqs = (*sharedQDArrCol)( spwId ) ;
596          delete sharedQDArrCol ;
597          if ( freqRef == MFrequency::LSRK ) {
598            if ( even ) {
599              IPosition refip0( 1, refchan-1 ) ;
600              Double refval0 = chanFreqs(refip0).getValue("Hz") ;
601              Double refval1 = chanFreqs(refip).getValue("Hz") ;
602              refval = 0.5 * ( refval0 + refval1 ) ;
603            }
604            else {
605              refval = chanFreqs(refip).getValue("Hz") ;
606            }
607          }
608          else {
609            MFrequency::Convert tolsr( freqRef, MFrequency::Ref( MFrequency::LSRK, mf ) ) ;
610            if ( even ) {
611              IPosition refip0( 1, refchan-1 ) ;
612              Double refval0 = chanFreqs(refip0).getValue("Hz") ;
613              Double refval1 = chanFreqs(refip).getValue("Hz") ;
614              refval = 0.5 * ( refval0 + refval1 ) ;
615              refval = tolsr( refval ).get("Hz").getValue() ;
616            }
617            else {
618              refval = tolsr( chanFreqs(refip) ).get("Hz").getValue() ;
619            }
620          }
621          uInt freqId = table_->frequencies().addEntry( refpix, refval, increment ) ;
622          if ( ifmap.find( spwId ) == ifmap.end() ) {
623            ifmap.insert( pair<Int, uInt>(spwId,freqId) ) ;
624            //os_ << "added to ifmap: (" << spwId << "," << freqId << ")" << LogIO::POST ;
625          }
626
627          // FREQ_ID
628          uintRF.attachToRecord( trec, "FREQ_ID" ) ;
629          *uintRF = freqId ;
630
631          // for TSYS and TCAL
632          Vector<MEpoch> scTime ;
633          Vector<Double> scInterval ;
634          ROArrayColumn<Float> scTsysCol ;
635          MSSysCal caltabsel ;
636          if ( isSysCal_ ) {
637            caltabsel = caltab( caltab.col("ANTENNA_ID") == antenna_ && caltab.col("FEED_ID") == feedId && caltab.col("SPECTRAL_WINDOW_ID") == spwId ).sort("TIME") ;
638            ROScalarMeasColumn<MEpoch> scTimeCol( caltabsel, "TIME" ) ;
639            scTime.resize( caltabsel.nrow() ) ;
640            for ( uInt irow = 0 ; irow < caltabsel.nrow() ; irow++ )
641              scTime[irow] = scTimeCol( irow ) ;
642            ROScalarColumn<Double> *scIntervalCol = new ROScalarColumn<Double>( caltabsel, "INTERVAL" ) ;
643            scInterval = scIntervalCol->getColumn() ;
644            delete scIntervalCol ;
645            scTsysCol.attach( caltabsel, colTsys_ ) ;
646          }
647//           time1 = gettimeofday_sec() ;
648//           os_ << "end 3rd iteration init: " << time1 << " (" << time1-time0 << "sec)" << LogIO::POST ;
649          //
650          // ITERATION: SCAN_NUMBER
651          //
652          TableIterator iter4( t3, "SCAN_NUMBER" ) ;
653          while( !iter4.pastEnd() ) {
654//             time0 = gettimeofday_sec() ;
655//             os_ << "start 4th iteration: " << time0 << LogIO::POST ;
656            Table t4 = iter4.table() ;
657            tcolr = tpoolr->construct( t4, "SCAN_NUMBER" ) ;
658            Int scanNum = tcolr->asInt( 0 ) ;
659            tpoolr->destroy( tcolr ) ;
660
661            // SCANNO
662            uintRF.attachToRecord( trec, "SCANNO" ) ;
663            *uintRF = scanNum - 1 ;
664
665//             time1 = gettimeofday_sec() ;
666//             os_ << "end 4th iteration init: " << time1 << " (" << time1-time0 << "sec)" << LogIO::POST ;
667            //
668            // ITERATION: STATE_ID
669            //
670            TableIterator iter5( t4, "STATE_ID" ) ;
671            while( !iter5.pastEnd() ) {
672//               time0 = gettimeofday_sec() ;
673//               os_ << "start 5th iteration: " << time0 << LogIO::POST ;
674              Table t5 = iter5.table() ;
675              tcolr = tpoolr->construct( t5, "STATE_ID" ) ;
676              Int stateId = tcolr->asInt( 0 ) ;
677              tpoolr->destroy( tcolr ) ;
678              tcolr = tpoolr->construct( stattab, "OBS_MODE" ) ;
679              String obstype = tcolr->asString( stateId ) ;
680              tpoolr->destroy( tcolr ) ;
681              if ( sdh.obstype == "" ) sdh.obstype = obstype ;
682
683              Int nrow = t5.nrow() ;
684//               time1 = gettimeofday_sec() ;
685//               os_ << "end 5th iteration init: " << time1 << " (" << time1-time0 << "sec)" << LogIO::POST ;
686
687              uInt cycle = 0 ;
688
689              Cube<Float> spArr ;
690              Cube<Bool> flArr ;
691              if ( isFloatData_ ) {
692                ROArrayColumn<Bool> mFlagCol( t5, "FLAG" ) ;
693                ROArrayColumn<Float> mFloatDataCol( t5, "FLOAT_DATA" ) ;
694                spArr = mFloatDataCol.getColumn() ;
695                flArr = mFlagCol.getColumn() ;
696                if ( sdh.fluxunit == "" ) {
697                  const TableRecord &dataColKeys = mFloatDataCol.keywordSet() ;
698                  if ( dataColKeys.isDefined( "UNIT" ) )
699                    sdh.fluxunit = dataColKeys.asString( "UNIT" ) ;
700                }
701              }
702              else if ( isData_ ) {
703                spArr.resize( npol, nchan, nrow ) ;
704                flArr.resize( npol, nchan, nrow ) ;
705                ROArrayColumn<Bool> mFlagCol( t5, "FLAG" ) ;
706                ROArrayColumn<Complex> mDataCol( t5, "DATA" ) ;
707                for ( Int irow = 0 ; irow < nrow ; irow++ ) {
708                  Bool crossOK = False ;
709                  Matrix<Complex> sp = mDataCol( irow ) ;
710                  Matrix<Bool> fl = mFlagCol( irow ) ;
711                  Matrix<Float> spxy = spArr.xyPlane( irow ) ;
712                  Matrix<Bool> flxy = flArr.xyPlane( irow ) ;
713                  for ( Int ipol = 0 ; ipol < npol ; ipol++ ) {
714                    if ( corrtype[ipol] == Stokes::XY || corrtype[ipol] == Stokes::YX
715                         || corrtype[ipol] == Stokes::RL || corrtype[ipol] == Stokes::LR ) {
716                      if ( !crossOK ) {
717                        spxy.row( ipol ) = real( sp.row( ipol ) ) ;
718                        flxy.row( ipol ) = fl.row( ipol ) ;
719                        if ( corrtype[ipol] == Stokes::XY || corrtype[ipol] == Stokes::RL ) {
720                          spxy.row( ipol+1 ) = imag( sp.row( ipol ) ) ;
721                          flxy.row( ipol+1 ) = fl.row( ipol ) ;
722                        }                       
723                        else {
724                          spxy.row( ipol+1 ) = imag( conj( sp.row( ipol ) ) ) ;
725                          flxy.row( ipol+1 ) = fl.row( ipol ) ;
726                        }
727                        crossOK = True ;
728                      }
729                    }
730                    else {
731                      spxy.row( ipol ) = real( sp.row( ipol ) ) ;
732                      flxy.row( ipol ) = fl.row( ipol ) ;
733                    }
734                  }
735                }
736                if ( sdh.fluxunit == "" ) {
737                  const TableRecord &dataColKeys = mDataCol.keywordSet() ;
738                  if ( dataColKeys.isDefined( "UNIT" ) )
739                    sdh.fluxunit = dataColKeys.asString( "UNIT" ) ;
740                }
741              }
742              ROScalarMeasColumn<MEpoch> *mTimeCol = new ROScalarMeasColumn<MEpoch>( t5, "TIME" ) ;
743              Block<MEpoch> mTimeB( nrow ) ;
744              for ( Int irow = 0 ; irow < nrow ; irow++ )
745                mTimeB[irow] = (*mTimeCol)( irow ) ;
746              ROTableColumn *mIntervalCol = tpoolr->construct( t5, "INTERVAL" ) ;
747              ROTableColumn *mFlagRowCol = tpoolr->construct( t5, "FLAG_ROW" ) ;
748              Block<Int> sysCalIdx( nrow, -1 ) ;
749              if ( isSysCal_ ) {
750                getSysCalTime( scTime, scInterval, mTimeB, sysCalIdx ) ;
751              }
752              delete mTimeCol ;
753              Matrix<Float> defaulttsys( npol, 1, 1.0 ) ;
754              Int srcType = getSrcType( stateId, tpoolr ) ;
755              uInt diridx = 0 ;
756              MDirection::Types dirType ;
757              uInt wid = 0 ;
758              Int pidx = 0 ;
759              Bool crossOK = False ;
760              Block<uInt> polnos( npol, 99 ) ;
761              for ( Int ipol = 0 ; ipol < npol ; ipol++ ) {
762                Block<uInt> p = getPolNo( corrtype[ipol] ) ;
763                if ( p.size() > 1 ) {
764                  if ( crossOK ) continue ;
765                  else {
766                    polnos[pidx] = p[0] ;
767                    pidx++ ;
768                    polnos[pidx] = p[1] ;
769                    pidx++ ;
770                    crossOK = True ;
771                  }
772                }
773                else {
774                  polnos[pidx] = p[0] ;
775                  pidx++ ;
776                }
777              }
778             
779              // SRCTYPE
780              intRF.attachToRecord( trec, "SRCTYPE" ) ;
781              *intRF = srcType ;
782
783              for ( Int irow = 0 ; irow < nrow ; irow++ ) {
784                // CYCLENO
785                *cycleRF = cycle ;
786
787                // FLAGROW
788                *flrRF = (uInt)mFlagRowCol->asBool( irow ) ;
789
790                // SPECTRA, FLAG
791                Matrix<Float> sp = spArr.xyPlane( irow ) ;
792                Matrix<Bool> flb = flArr.xyPlane( irow ) ;
793                Matrix<uChar> fl( flb.shape() ) ;
794                convertArray( fl, flb ) ;
795
796                // TIME
797                *timeRF = mTimeB[irow].get("d").getValue() ;
798
799                // INTERVAL
800                *intervalRF = (Double)(mIntervalCol->asdouble( irow )) ;
801
802                // TSYS
803                Matrix<Float> tsys ;
804                if ( sysCalIdx[irow] != -1 )
805                  tsys = scTsysCol( irow ) ;
806                else
807                  tsys = defaulttsys ;
808
809                // TCAL_ID
810                Block<uInt> tcalids( npol, 0 ) ;
811                if ( sysCalIdx[irow] != -1 ) {
812                  tcalids = getTcalId( feedId, spwId, scTime[sysCalIdx[irow]] ) ;
813                }
814
815                // WEATHER_ID
816                if ( isWeather_ )
817                  wid = getWeatherId( wid, mTimeB[irow].get("s").getValue() ) ;
818                *widRF = wid ;
819                 
820
821                // DIRECTION, AZEL, SCANRATE
822                if ( getPt_ ) {
823                  Vector<Double> dir ;
824                  Vector<Double> scanrate ;
825                  String refString ;
826                  diridx = getDirection( diridx, dir, scanrate, refString, pointtab, mTimeB[irow].get("s").getValue() ) ;
827                  MDirection::getType( dirType, refString ) ;
828                  mf.resetEpoch( mTimeB[irow] ) ;
829                  mf.resetDirection( MDirection( MVDirection(dir), dirType ) ) ;
830                  if ( refString == "J2000" ) {
831                    *dirRF = dir ;
832                    MDirection::Convert toazel( dirType, MDirection::Ref( MDirection::AZEL, mf ) ) ;
833                    Vector<Double> azel = toazel( dir ).getAngle("rad").getValue() ;
834                    *azRF = (Float)azel(0) ;
835                    *elRF = (Float)azel(1) ;
836                  }
837                  else if ( refString(0,4) == "AZEL" ) {
838                    *azRF = (Float)dir(0) ;
839                    *elRF = (Float)dir(1) ;
840                    MDirection::Convert toj2000( dirType, MDirection::Ref( MDirection::J2000, mf ) ) ;
841                    Vector<Double> newdir = toj2000( dir ).getAngle("rad").getValue() ;
842                    *dirRF = newdir ;
843                  }
844                  else {
845                    MDirection::Convert toazel( dirType, MDirection::Ref( MDirection::AZEL, mf ) ) ;
846                    Vector<Double> azel = toazel( dir ).getAngle("rad").getValue() ;
847                    MDirection::Convert toj2000( dirType, MDirection::Ref( MDirection::J2000, mf ) ) ;
848                    Vector<Double> newdir = toj2000( dir ).getAngle("rad").getValue() ;
849                    *dirRF = newdir ;
850                    *azRF = (Float)azel(0) ;
851                    *elRF = (Float)azel(1) ;
852                  }
853                  if ( scanrate.size() != 0 ) {
854                    *scrRF = scanrate ;
855                  }
856                  else {
857                    *scrRF = defaultScanrate ;
858                  }
859                }
860                else {
861                  String ref = md.getRefString() ;
862                  //Vector<Double> defaultDir = srcDir ;
863                  MDirection::getType( dirType, "J2000" ) ;
864                  if ( ref != "J2000" ) {
865                    ROScalarMeasColumn<MEpoch> tmCol( pointtab, "TIME" ) ;
866                    mf.resetEpoch( tmCol( 0 ) ) ;
867                    MDirection::Convert toj2000( dirType, MDirection::Ref( MDirection::J2000, mf ) ) ;
868                    defaultDir = toj2000( defaultDir ).getAngle("rad").getValue() ;
869                  }
870                  mf.resetEpoch( mTimeB[irow] ) ;
871                  MDirection::Convert toazel( dirType, MDirection::Ref( MDirection::AZEL, mf ) ) ;
872                  Vector<Double> azel = toazel( defaultDir ).getAngle("rad").getValue() ;
873                  *azRF = (Float)azel(0) ;
874                  *elRF = (Float)azel(1) ;
875                  *dirRF = defaultDir ;
876                  *scrRF = defaultScanrate ;
877                }
878
879                // Polarization dependent things
880                for ( Int ipol = 0 ; ipol < npol ; ipol++ ) {
881                  // POLNO
882                  *polnoRF = polnos[ipol] ;
883
884                  //*spRF = sp.row( ipol ) ;
885                  //*ucarrRF = fl.row( ipol ) ;
886                  //*tsysRF = tsys.row( ipol ) ;
887                  spRF.define( sp.row( ipol ) ) ;
888                  ucarrRF.define( fl.row( ipol ) ) ;
889                  tsysRF.define( tsys.row( ipol ) ) ;
890                  *tcalidRF = tcalids[ipol] ;
891
892                  // Commit row
893                  stab.addRow() ;
894                  row.put( stab.nrow()-1 ) ;
895                }
896
897                cycle++ ;
898              }
899              tpoolr->destroy( mIntervalCol ) ;
900              tpoolr->destroy( mFlagRowCol ) ;
901
902//               time1 = gettimeofday_sec() ;
903//               os_ << "end 5th iteration: " << time1 << " (" << time1-time0 << "sec)" << LogIO::POST ;
904
905              iter5.next() ;
906            }
907
908
909            iter4.next() ;
910          }
911
912
913          iter3.next() ;
914        }
915
916             
917        iter2.next() ;
918      }
919
920
921      iter1.next() ;
922    }
923    if ( sdh.nbeam < nbeam ) sdh.nbeam = nbeam ;
924
925    iter0.next() ;
926  }
927
928
929  delete tpoolr ;
930
931
932  // Table Keywords
933  sdh.nif = ifmap.size() ;
934  if ( ( telescopeName == "" ) || ( antennaName == telescopeName ) ) {
935    sdh.antennaname = antennaName ;
936  }
937  else {
938    sdh.antennaname = telescopeName + "//" + antennaName ;
939  }
940  if ( stationName != "" ) {
941    sdh.antennaname += "@" + stationName ;
942  }
943  ROArrayColumn<Double> pdirCol( pointtab, "DIRECTION" ) ;
944  String dirref = pdirCol.keywordSet().asRecord("MEASINFO").asString("Ref") ;
945  if ( dirref == "AZELGEO" || dirref == "AZEL" ) {
946    dirref = "J2000" ;
947  }
948  sscanf( dirref.chars()+1, "%f", &sdh.equinox ) ;
949  sdh.epoch = "UTC" ;
950  if (sdh.freqref == "TOPO") {
951    sdh.freqref = "TOPOCENT";
952  } else if (sdh.freqref == "GEO") {
953    sdh.freqref = "GEOCENTR";
954  } else if (sdh.freqref == "BARY") {
955    sdh.freqref = "BARYCENT";
956  } else if (sdh.freqref == "GALACTO") {
957    sdh.freqref = "GALACTOC";
958  } else if (sdh.freqref == "LGROUP") {
959    sdh.freqref = "LOCALGRP";
960  } else if (sdh.freqref == "CMB") {
961    sdh.freqref = "CMBDIPOL";
962  } else if (sdh.freqref == "REST") {
963    sdh.freqref = "SOURCE";
964  }
965  table_->setHeader( sdh ) ;
966
967  // save path to POINTING table
968  // 2011/3/2 TN
969  // So far, path to original POINTING table is always stored
970  // since sd tasks and regressions don't support getpt control
971  //if ( !getPt_ ) {
972  Path datapath( tablename_ ) ;
973  String pTabName = datapath.absoluteName() + "/POINTING" ;
974  stab.rwKeywordSet().define( "POINTING", pTabName ) ;
975  //}
976
977  // for GBT
978  if ( antennaName.contains( "GBT" ) ) {
979    String goTabName = datapath.absoluteName() + "/GBT_GO" ;
980    stab.rwKeywordSet().define( "GBT_GO", goTabName ) ;
981  }
982
983  // for MS created from ASDM
984  //mstable_.keywordSet().print(cout) ;
985  const TableRecord &msKeys = mstable_.keywordSet() ;
986  uInt nfields = msKeys.nfields() ;
987  for ( uInt ifield = 0 ; ifield < nfields ; ifield++ ) {
988    String name = msKeys.name( ifield ) ;
989    //os_ << "name = " << name << LogIO::POST ;
990    if ( name.find( "ASDM" ) != String::npos ) {
991      String asdmpath = msKeys.asTable( ifield ).tableName() ;
992      os_ << "ASDM table: " << asdmpath << LogIO::POST ;
993      stab.rwKeywordSet().define( name, asdmpath ) ;
994    }
995  }
996
997//   double endSec = gettimeofday_sec() ;
998//   os_ << "end MSFiller::fill() endSec=" << endSec << " (" << endSec-startSec << "sec)" << LogIO::POST ;
999}
1000
1001void MSFiller::close()
1002{
1003  //tablesel_.closeSubTables() ;
1004  mstable_.closeSubTables() ;
1005  //tablesel_.unlock() ;
1006  mstable_.unlock() ;
1007}
1008
1009Int MSFiller::getSrcType( Int stateId, boost::object_pool<ROTableColumn> *tpool )
1010{
1011//   double startSec = gettimeofday_sec() ;
1012//   os_ << "start MSFiller::getSrcType() startSec=" << startSec << LogIO::POST ;
1013
1014  MSState statetab = mstable_.state() ;
1015  ROTableColumn *sharedCol ;
1016  sharedCol = tpool->construct( statetab, "OBS_MODE" ) ;
1017  String obsMode = sharedCol->asString( stateId ) ;
1018  tpool->destroy( sharedCol ) ;
1019  sharedCol = tpool->construct( statetab, "SIG" ) ;
1020  Bool sig = sharedCol->asBool( stateId ) ;
1021  tpool->destroy( sharedCol ) ;
1022  sharedCol = tpool->construct( statetab, "REF" ) ;
1023  Bool ref = sharedCol->asBool( stateId ) ;
1024  tpool->destroy( sharedCol ) ;
1025  sharedCol = tpool->construct( statetab, "CAL" ) ;
1026  Double cal = (Double)(sharedCol->asdouble( stateId )) ;
1027  tpool->destroy( sharedCol ) ;
1028  //os_ << "OBS_MODE = " << obsMode << LogIO::POST ;
1029
1030  // determine separator
1031  String sep = "" ;
1032  String tmpStr = obsMode.substr( 0, obsMode.find_first_of( "," ) ) ;
1033  //os_ << "tmpStr = " << tmpStr << LogIO::POST ;
1034  //if ( obsMode.find( ":" ) != String::npos ) {
1035  if ( tmpStr.find( ":" ) != String::npos ) {
1036    sep = ":" ;
1037  }
1038  //else if ( obsMode.find( "." ) != String::npos ) {
1039  else if ( tmpStr.find( "." ) != String::npos ) {
1040    sep = "." ;
1041  }
1042  //else if ( obsMode.find( "_" ) != String::npos ) {
1043  else if ( tmpStr.find( "_" ) != String::npos ) {
1044    sep = "_" ;
1045  }
1046  //os_ << "separator = " << sep << LogIO::POST ;
1047
1048  // determine SRCTYPE
1049  Int srcType = SrcType::NOTYPE ;
1050  if ( sep == ":" ) {
1051    // sep == ":"
1052    //
1053    // GBT case
1054    //
1055    // obsMode1=Nod
1056    //    NOD
1057    // obsMode1=OffOn
1058    //    obsMode2=PSWITCHON:  PSON
1059    //    obsMode2=PSWITCHOFF: PSOFF
1060    // obsMode1=??
1061    //    obsMode2=FSWITCH:
1062    //       SIG=1: FSON
1063    //       REF=1: FSOFF
1064    // Calibration scan if CAL != 0
1065    Int epos = obsMode.find_first_of( sep ) ;
1066    Int nextpos = obsMode.find_first_of( sep, epos+1 ) ;
1067    String obsMode1 = obsMode.substr( 0, epos ) ;
1068    String obsMode2 = obsMode.substr( epos+1, nextpos-epos-1 ) ;
1069    if ( obsMode1 == "Nod" ) {
1070      srcType = SrcType::NOD ;
1071    }
1072    else if ( obsMode1 == "OffOn" ) {
1073      if ( obsMode2 == "PSWITCHON" ) srcType = SrcType::PSON ;
1074      if ( obsMode2 == "PSWITCHOFF" ) srcType = SrcType::PSOFF ;
1075    }
1076    else {
1077      if ( obsMode2 == "FSWITCH" ) {
1078        if ( sig ) srcType = SrcType::FSON ;
1079        if ( ref ) srcType = SrcType::FSOFF ;
1080      }
1081    }
1082    if ( cal > 0.0 ) {
1083      if ( srcType == SrcType::NOD )
1084        srcType = SrcType::NODCAL ;
1085      else if ( srcType == SrcType::PSON )
1086        srcType = SrcType::PONCAL ;
1087      else if ( srcType == SrcType::PSOFF )
1088        srcType = SrcType::POFFCAL ;
1089      else if ( srcType == SrcType::FSON )
1090        srcType = SrcType::FONCAL ;
1091      else if ( srcType == SrcType::FSOFF )
1092        srcType = SrcType::FOFFCAL ;
1093      else
1094        srcType = SrcType::CAL ;
1095    }
1096  }
1097  else if ( sep == "." ) {
1098    // sep == "."
1099    //
1100    // ALMA & EVLA case (MS via ASDM) before3.1
1101    //
1102    // obsMode1=CALIBRATE_*
1103    //    obsMode2=ON_SOURCE: PONCAL
1104    //    obsMode2=OFF_SOURCE: POFFCAL
1105    // obsMode1=OBSERVE_TARGET
1106    //    obsMode2=ON_SOURCE: PON
1107    //    obsMode2=OFF_SOURCE: POFF
1108    string substr[2] ;
1109    int numSubstr = split( obsMode, substr, 2, "," ) ;
1110    //os_ << "numSubstr = " << numSubstr << LogIO::POST ;
1111    //for ( int i = 0 ; i < numSubstr ; i++ )
1112    //os_ << "substr[" << i << "] = " << substr[i] << LogIO::POST ;
1113    String obsType( substr[0] ) ;
1114    //os_ << "obsType = " << obsType << LogIO::POST ;
1115    Int epos = obsType.find_first_of( sep ) ;
1116    Int nextpos = obsType.find_first_of( sep, epos+1 ) ;
1117    String obsMode1 = obsType.substr( 0, epos ) ;
1118    String obsMode2 = obsType.substr( epos+1, nextpos-epos-1 ) ;
1119    //os_ << "obsMode1 = " << obsMode1 << LogIO::POST ;
1120    //os_ << "obsMode2 = " << obsMode2 << LogIO::POST ;
1121    if ( obsMode1.find( "CALIBRATE_" ) == 0 ) {
1122      if ( obsMode2 == "ON_SOURCE" ) srcType = SrcType::PONCAL ;
1123      if ( obsMode2 == "OFF_SOURCE" ) srcType = SrcType::POFFCAL ;
1124    }
1125    else if ( obsMode1 == "OBSERVE_TARGET" ) {
1126      if ( obsMode2 == "ON_SOURCE" ) srcType = SrcType::PSON ;
1127      if ( obsMode2 == "OFF_SOURCE" ) srcType = SrcType::PSOFF ;
1128    }
1129  }
1130  else if ( sep == "_" ) {
1131    // sep == "_"
1132    //
1133    // ALMA & EVLA case (MS via ASDM) after 3.2
1134    //
1135    // obsMode1=CALIBRATE_*
1136    //    obsMode2=ON_SOURCE: PONCAL
1137    //    obsMode2=OFF_SOURCE: POFFCAL
1138    // obsMode1=OBSERVE_TARGET
1139    //    obsMode2=ON_SOURCE: PON
1140    //    obsMode2=OFF_SOURCE: POFF
1141    string substr[2] ;
1142    int numSubstr = split( obsMode, substr, 2, "," ) ;
1143    //os_ << "numSubstr = " << numSubstr << LogIO::POST ;
1144    //for ( int i = 0 ; i < numSubstr ; i++ )
1145    //os_ << "substr[" << i << "] = " << substr[i] << LogIO::POST ;
1146    String obsType( substr[0] ) ;
1147    //os_ << "obsType = " << obsType << LogIO::POST ;
1148    string substr2[4] ;
1149    int numSubstr2 = split( obsType, substr2, 4, sep ) ;
1150    //Int epos = obsType.find_first_of( sep ) ;
1151    //Int nextpos = obsType.find_first_of( sep, epos+1 ) ;
1152    //String obsMode1 = obsType.substr( 0, epos ) ;
1153    //String obsMode2 = obsType.substr( epos+1, nextpos-epos-1 ) ;
1154    String obsMode1( substr2[0] ) ;
1155    String obsMode2( substr2[2] ) ;
1156    //os_ << "obsMode1 = " << obsMode1 << LogIO::POST ;
1157    //os_ << "obsMode2 = " << obsMode2 << LogIO::POST ;
1158    if ( obsMode1.find( "CALIBRATE" ) == 0 ) {
1159      if ( obsMode2 == "ON" ) srcType = SrcType::PONCAL ;
1160      if ( obsMode2 == "OFF" ) srcType = SrcType::POFFCAL ;
1161    }
1162    else if ( obsMode1 == "OBSERVE" ) {
1163      if ( obsMode2 == "ON" ) srcType = SrcType::PSON ;
1164      if ( obsMode2 == "OFF" ) srcType = SrcType::PSOFF ;
1165    }
1166  }
1167  else {
1168    if ( sig ) srcType = SrcType::SIG ;
1169    if ( ref ) srcType = SrcType::REF ;
1170  }
1171   
1172  //os_ << "srcType = " << srcType << LogIO::POST ;
1173//   double endSec = gettimeofday_sec() ;
1174//   os_ << "end MSFiller::getSrcType() endSec=" << endSec << " (" << endSec-startSec << "sec)" << LogIO::POST ;
1175  return srcType ;
1176}
1177
1178//Vector<uInt> MSFiller::getPolNo( Int corrType )
1179Block<uInt> MSFiller::getPolNo( Int corrType )
1180{
1181//   double startSec = gettimeofday_sec() ;
1182//   os_ << "start MSFiller::getPolNo() startSec=" << startSec << LogIO::POST ;
1183  Block<uInt> polno( 1 ) ;
1184
1185  if ( corrType == Stokes::I || corrType == Stokes::RR || corrType == Stokes::XX ) {
1186    polno = 0 ;
1187  }
1188  else if ( corrType == Stokes::Q || corrType == Stokes::LL || corrType == Stokes::YY ) {
1189    polno = 1 ;
1190  }
1191  else if ( corrType == Stokes::U ) {
1192    polno = 2 ;
1193  }
1194  else if ( corrType == Stokes::V ) {
1195    polno = 3 ;
1196  }
1197  else if ( corrType == Stokes::RL || corrType == Stokes::XY || corrType == Stokes::LR || corrType == Stokes::RL ) {
1198    polno.resize( 2 ) ;
1199    polno[0] = 2 ;
1200    polno[1] = 3 ;
1201  }
1202  else if ( corrType == Stokes::Plinear ) {
1203    polno[0] = 1 ;
1204  }
1205  else if ( corrType == Stokes::Pangle ) {
1206    polno[0] = 2 ;
1207  }
1208  else {
1209    polno = 99 ;
1210  }
1211  //os_ << "polno = " << polno << LogIO::POST ;
1212//   double endSec = gettimeofday_sec() ;
1213//   os_ << "end MSFiller::getPolNo() endSec=" << endSec << " (" << endSec-startSec << "sec)" << LogIO::POST ;
1214 
1215  return polno ;
1216}
1217
1218String MSFiller::getPolType( Int corrType )
1219{
1220//   double startSec = gettimeofday_sec() ;
1221//   os_ << "start MSFiller::getPolType() startSec=" << startSec << LogIO::POST ;
1222  String poltype = "" ;
1223
1224  if ( corrType == Stokes::I || corrType == Stokes::Q || corrType == Stokes::U || corrType == Stokes::V )
1225    poltype = "stokes" ;
1226  else if ( corrType == Stokes::XX || corrType == Stokes::YY || corrType == Stokes::XY || corrType == Stokes::YX )
1227    poltype = "linear" ;
1228  else if ( corrType == Stokes::RR || corrType == Stokes::LL || corrType == Stokes::RL || corrType == Stokes::LR )
1229    poltype = "circular" ;
1230  else if ( corrType == Stokes::Plinear || corrType == Stokes::Pangle )
1231    poltype = "linpol" ;
1232
1233//   double endSec = gettimeofday_sec() ;
1234//   os_ << "end MSFiller::getPolType() endSec=" << endSec << " (" << endSec-startSec << "sec)" << LogIO::POST ;
1235  return poltype ;
1236}
1237
1238void MSFiller::fillWeather()
1239{
1240//   double startSec = gettimeofday_sec() ;
1241//   os_ << "start MSFiller::fillWeather() startSec=" << startSec << LogIO::POST ;
1242
1243  if ( !isWeather_ ) {
1244    // add dummy row
1245    table_->weather().table().addRow(1,True) ;
1246    return ;
1247  }
1248
1249  Table mWeather = mstable_.weather()  ;
1250  //Table mWeatherSel = mWeather( mWeather.col("ANTENNA_ID") == antenna_ ).sort("TIME") ;
1251  Table mWeatherSel( mWeather( mWeather.col("ANTENNA_ID") == antenna_ ).sort("TIME") ) ;
1252  //os_ << "mWeatherSel.nrow() = " << mWeatherSel.nrow() << LogIO::POST ;
1253  if ( mWeatherSel.nrow() == 0 ) {
1254    os_ << "No rows with ANTENNA_ID = " << antenna_ << " in WEATHER table, Try -1..." << LogIO::POST ;
1255    mWeatherSel = Table( MSWeather( mWeather( mWeather.col("ANTENNA_ID") == -1 ) ) ) ;
1256    if ( mWeatherSel.nrow() == 0 ) {
1257      os_ << "No rows in WEATHER table" << LogIO::POST ;
1258    }
1259  }
1260  uInt wnrow = mWeatherSel.nrow() ;
1261  //os_ << "wnrow = " << wnrow << LogIO::POST ;
1262
1263  if ( wnrow == 0 )
1264    return ;
1265
1266  Table wtab = table_->weather().table() ;
1267  wtab.addRow( wnrow ) ;
1268
1269  ScalarColumn<Float> *fCol ;
1270  ROScalarColumn<Float> *sharedFloatCol ;
1271  if ( mWeatherSel.tableDesc().isColumn( "TEMPERATURE" ) ) {
1272    fCol = new ScalarColumn<Float>( wtab, "TEMPERATURE" ) ;
1273    sharedFloatCol = new ROScalarColumn<Float>( mWeatherSel, "TEMPERATURE" ) ;
1274    fCol->putColumn( *sharedFloatCol ) ;
1275    delete sharedFloatCol ;
1276    delete fCol ;
1277  }
1278  if ( mWeatherSel.tableDesc().isColumn( "PRESSURE" ) ) {
1279    fCol = new ScalarColumn<Float>( wtab, "PRESSURE" ) ;
1280    sharedFloatCol = new ROScalarColumn<Float>( mWeatherSel, "PRESSURE" ) ;
1281    fCol->putColumn( *sharedFloatCol ) ;
1282    delete sharedFloatCol ;
1283    delete fCol ;
1284  }
1285  if ( mWeatherSel.tableDesc().isColumn( "REL_HUMIDITY" ) ) {
1286    fCol = new ScalarColumn<Float>( wtab, "HUMIDITY" ) ;
1287    sharedFloatCol = new ROScalarColumn<Float>( mWeatherSel, "REL_HUMIDITY" ) ;
1288    fCol->putColumn( *sharedFloatCol ) ;
1289    delete sharedFloatCol ;
1290    delete fCol ;
1291  }
1292  if ( mWeatherSel.tableDesc().isColumn( "WIND_SPEED" ) ) { 
1293    fCol = new ScalarColumn<Float>( wtab, "WINDSPEED" ) ;
1294    sharedFloatCol = new ROScalarColumn<Float>( mWeatherSel, "WIND_SPEED" ) ;
1295    fCol->putColumn( *sharedFloatCol ) ;
1296    delete sharedFloatCol ;
1297    delete fCol ;
1298  }
1299  if ( mWeatherSel.tableDesc().isColumn( "WIND_DIRECTION" ) ) {
1300    fCol = new ScalarColumn<Float>( wtab, "WINDAZ" ) ;
1301    sharedFloatCol = new ROScalarColumn<Float>( mWeatherSel, "WIND_DIRECTION" ) ;
1302    fCol->putColumn( *sharedFloatCol ) ;
1303    delete sharedFloatCol ;
1304    delete fCol ;
1305  }
1306  ScalarColumn<uInt> idCol( wtab, "ID" ) ;
1307  for ( uInt irow = 0 ; irow < wnrow ; irow++ )
1308    idCol.put( irow, irow ) ;
1309
1310  ROScalarQuantColumn<Double> tqCol( mWeatherSel, "TIME" ) ;
1311  ROScalarColumn<Double> tCol( mWeatherSel, "TIME" ) ;
1312  String tUnit = tqCol.getUnits() ;
1313  mwTime_ = tCol.getColumn() ;
1314  if ( tUnit == "d" )
1315    mwTime_ *= 86400.0 ;
1316  tqCol.attach( mWeatherSel, "INTERVAL" ) ;
1317  tCol.attach( mWeatherSel, "INTERVAL" ) ;
1318  String iUnit = tqCol.getUnits() ;
1319  mwInterval_ = tCol.getColumn() ;
1320  if ( iUnit == "d" )
1321    mwInterval_ *= 86400.0 ;
1322  //os_ << "mwTime[0] = " << mwTime_[0] << " mwInterval[0] = " << mwInterval_[0] << LogIO::POST ;
1323//   double endSec = gettimeofday_sec() ;
1324//   os_ << "end MSFiller::fillWeather() endSec=" << endSec << " (" << endSec-startSec << "sec)" << LogIO::POST ;
1325}
1326
1327void MSFiller::fillFocus()
1328{
1329//   double startSec = gettimeofday_sec() ;
1330//   os_ << "start MSFiller::fillFocus() startSec=" << startSec << LogIO::POST ;
1331  // tentative
1332  Table tab = table_->focus().table() ;
1333  tab.addRow( 1 ) ;
1334  ScalarColumn<uInt> idCol( tab, "ID" ) ;
1335  idCol.put( 0, 0 ) ;
1336//   double endSec = gettimeofday_sec() ;
1337//   os_ << "end MSFiller::fillFocus() endSec=" << endSec << " (" << endSec-startSec << "sec)" << LogIO::POST ;
1338}
1339
1340void MSFiller::fillTcal( boost::object_pool<ROTableColumn> *tpoolr )
1341{
1342//   double startSec = gettimeofday_sec() ;
1343//   os_ << "start MSFiller::fillTcal() startSec=" << startSec << LogIO::POST ;
1344
1345  if ( !isSysCal_ ) {
1346    // add dummy row
1347    os_ << "No SYSCAL rows" << LogIO::POST ;
1348    table_->tcal().table().addRow(1,True) ;
1349    Vector<Float> defaultTcal( 1, 1.0 ) ;
1350    ArrayColumn<Float> tcalCol( table_->tcal().table(), "TCAL" ) ;
1351    tcalCol.put( 0, defaultTcal ) ;
1352    return ;
1353  }
1354
1355  Table sctab = mstable_.sysCal() ;
1356  if ( sctab.nrow() == 0 ) {
1357    os_ << "No SYSCAL rows" << LogIO::POST ;
1358    return ;
1359  }
1360  Table sctabsel( sctab( sctab.col("ANTENNA_ID") == antenna_ ) ) ;
1361  if ( sctabsel.nrow() == 0 ) {
1362    os_ << "No SYSCAL rows" << LogIO::POST ;
1363    return ;
1364  }
1365  ROArrayColumn<Float> *tmpTcalCol = new ROArrayColumn<Float>( sctabsel, "TCAL" ) ;
1366  uInt npol = tmpTcalCol->shape( 0 )(0) ;
1367  delete tmpTcalCol ;
1368  //os_ << "fillTcal(): npol = " << npol << LogIO::POST ;
1369  Table tab = table_->tcal().table() ;
1370  ArrayColumn<Float> tcalCol( tab, "TCAL" ) ;
1371  ROTableColumn *sharedCol ;
1372  uInt oldnr = 0 ;
1373  uInt newnr = 0 ;
1374  TableRow row( tab ) ;
1375  TableRecord &trec = row.record() ;
1376  RecordFieldPtr<uInt> idRF( trec, "ID" ) ;
1377  RecordFieldPtr<String> timeRF( trec, "TIME" ) ;
1378  RecordFieldPtr< Array<Float> > tcalRF( trec, "TCAL" ) ;
1379  TableIterator iter0( sctabsel, "FEED_ID" ) ;
1380  while( !iter0.pastEnd() ) {
1381    Table t0 = iter0.table() ;
1382    sharedCol = tpoolr->construct( t0, "FEED_ID" ) ;
1383    Int feedId = sharedCol->asInt( 0 ) ;
1384    tpoolr->destroy( sharedCol ) ;
1385    TableIterator iter1( t0, "SPECTRAL_WINDOW_ID" ) ;
1386    while( !iter1.pastEnd() ) {
1387      Table t1 = iter1.table() ;
1388      sharedCol = tpoolr->construct( t1, "SPECTRAL_WINDOW_ID" ) ;
1389      Int spwId = sharedCol->asInt( 0 ) ;
1390      tpoolr->destroy( sharedCol ) ;
1391      tmpTcalCol = new ROArrayColumn<Float>( t1, colTcal_ ) ;
1392      ROScalarQuantColumn<Double> scTimeCol( t1, "TIME" ) ;
1393      Vector<uInt> idminmax( 2, oldnr ) ;
1394      for ( uInt irow = 0 ; irow < t1.nrow() ; irow++ ) {
1395        String sTime = MVTime( scTimeCol(irow) ).string( MVTime::YMD ) ;
1396        *timeRF = sTime ;
1397        uInt idx = oldnr ;
1398        Matrix<Float> subtcal = (*tmpTcalCol)( irow ) ;
1399        for ( uInt ipol = 0 ; ipol < npol ; ipol++ ) {
1400          *idRF = idx++ ;
1401          //*tcalRF = subtcal.row( ipol ) ;
1402          tcalRF.define( subtcal.row( ipol ) ) ;
1403
1404          // commit row
1405          tab.addRow() ;
1406          row.put( tab.nrow()-1 ) ;
1407
1408          newnr++ ;
1409        }
1410        idminmax[0] = oldnr ;
1411        idminmax[1] = newnr - 1 ;
1412        oldnr = newnr ;
1413
1414        String key = keyTcal( feedId, spwId, sTime ) ;
1415        tcalrec_.define( key, idminmax ) ;
1416      }
1417      delete tmpTcalCol ;
1418      iter1++ ;
1419    }
1420    iter0++ ;
1421  }
1422
1423  //tcalrec_.print( std::cout ) ;
1424//   double endSec = gettimeofday_sec() ;
1425//   os_ << "end MSFiller::fillTcal() endSec=" << endSec << " (" << endSec-startSec << "sec)" << LogIO::POST ;
1426}
1427
1428uInt MSFiller::getWeatherId( uInt idx, Double wtime )
1429{
1430//   double startSec = gettimeofday_sec() ;
1431//   os_ << "start MSFiller::getWeatherId() startSec=" << startSec << LogIO::POST ;
1432  uInt nrow = mwTime_.size() ;
1433  if ( nrow < 2 )
1434    return 0 ;
1435  uInt wid = nrow ;
1436  for ( uInt i = idx ; i < nrow-1 ; i++ ) {
1437    Double tStart = mwTime_[i]-0.5*mwInterval_[i] ;
1438    // use of INTERVAL column is problematic
1439    // since there are "blank" time of weather monitoring
1440    //Double tEnd = tStart + mwInterval_[i] ;
1441    Double tEnd = mwTime_[i+1]-0.5*mwInterval_[i+1] ;
1442    //os_ << "tStart = " << tStart << " dtEnd = " << tEnd-tStart << " dwtime = " << wtime-tStart << LogIO::POST ;
1443    if ( wtime >= tStart && wtime <= tEnd ) {
1444      wid = i ;
1445      break ;
1446    }
1447  }
1448  if ( wid == nrow ) {
1449    uInt i = nrow - 1 ;
1450    Double tStart = mwTime_[i-1]+0.5*mwInterval_[i-1] ;
1451    Double tEnd = mwTime_[i]+0.5*mwInterval_[i] ;
1452    //os_ << "tStart = " << tStart << " dtEnd = " << tEnd-tStart << " dwtime = " << wtime-tStart << LogIO::POST ;
1453    if ( wtime >= tStart && wtime <= tEnd )
1454      wid = i-1 ;
1455    else
1456      wid = i ;
1457  }
1458
1459  //if ( wid == nrow )
1460  //os_ << LogIO::WARN << "Couldn't find correct WEATHER_ID for time " << wtime << LogIO::POST ;
1461
1462//   double endSec = gettimeofday_sec() ;
1463//   os_ << "end MSFiller::getWeatherId() endSec=" << endSec << " (" << endSec-startSec << "sec)" << LogIO::POST ;
1464  return wid ;
1465}
1466
1467void MSFiller::getSysCalTime( Vector<MEpoch> &scTime, Vector<Double> &scInterval, Block<MEpoch> &tcol, Block<Int> &tidx )
1468{
1469//   double startSec = gettimeofday_sec() ;
1470//   os_ << "start MSFiller::getSysCalTime() startSec=" << startSec << LogIO::POST ;
1471
1472  if ( !isSysCal_ )
1473    return ;
1474
1475  uInt nrow = tidx.nelements() ;
1476  if ( scTime.nelements() == 0 )
1477    return ;
1478  else if ( scTime.nelements() == 1 ) {
1479    tidx[0] = 0 ;
1480    return ;
1481  }
1482  uInt scnrow = scTime.nelements() ;
1483  uInt idx = 0 ;
1484  const Double half = 0.5e0 ;
1485  // execute  binary search
1486  idx = binarySearch( scTime, tcol[0].get( "s" ).getValue() ) ;
1487  if ( idx != 0 )
1488    idx -= 1 ;
1489  for ( uInt i = 0 ; i < nrow ; i++ ) {
1490    Double t = tcol[i].get( "s" ).getValue() ;
1491    Double tsc = scTime[0].get( "s" ).getValue() ;
1492    if ( t < tsc ) {
1493      tidx[i] = 0 ;
1494      continue ;
1495    }
1496    for ( uInt j = idx ; j < scnrow-1 ; j++ ) {
1497      Double tsc1 = scTime[j].get( "s" ).getValue() ;
1498      Double dt1 = scInterval[j] ;
1499      Double tsc2 = scTime[j+1].get( "s" ).getValue() ;
1500      Double dt2 = scInterval[j+1] ;
1501      if ( t > tsc1-half*dt1 && t <= tsc2-half*dt2 ) {
1502        tidx[i] = j ;
1503        idx = j ;
1504        break ;
1505      }
1506    }
1507    if ( tidx[i] == -1 ) {
1508//       Double tsc = scTime[scnrow-1].get( "s" ).getValue() ;
1509//       Double dt = scInterval[scnrow-1] ;
1510//       if ( t <= tsc+0.5*dt ) {
1511//         tidx[i] = scnrow-1 ;
1512//       }
1513      tidx[i] = scnrow-1 ;
1514    }
1515  }
1516//   double endSec = gettimeofday_sec() ;
1517//   os_ << "end MSFiller::getSysCalTime() endSec=" << endSec << " (" << endSec-startSec << "sec) scnrow = " << scnrow << " tcol.nelements = " << tcol.nelements() << LogIO::POST ;
1518  return ;
1519}
1520
1521Block<uInt> MSFiller::getTcalId( Int fid, Int spwid, MEpoch &t )
1522{
1523//   double startSec = gettimeofday_sec() ;
1524//   os_ << "start MSFiller::getTcalId() startSec=" << startSec << LogIO::POST ;
1525  //if ( table_->tcal().table().nrow() == 0 ) {
1526  if ( !isSysCal_ ) {
1527    os_ << "No TCAL rows" << LogIO::POST ;
1528    Block<uInt> tcalids( 0 ) ;
1529    return  tcalids ;
1530  }   
1531  //String sctime = MVTime( Quantum<Double>(t,"s") ).string(MVTime::YMD) ;
1532  String sctime = MVTime( t.getValue() ).string(MVTime::YMD) ;
1533  String key = keyTcal( fid, spwid, sctime ) ;
1534  if ( !tcalrec_.isDefined( key ) ) {
1535    os_ << "No TCAL rows" << LogIO::POST ;
1536    Block<uInt> tcalids( 0 ) ;
1537    return tcalids ;
1538  }
1539  Vector<uInt> ids = tcalrec_.asArrayuInt( key ) ;
1540  uInt npol = ids[1] - ids[0] + 1 ;
1541  Block<uInt> tcalids( npol ) ;
1542  tcalids[0] = ids[0] ;
1543  tcalids[1] = ids[1] ;
1544  for ( uInt ipol = 2 ; ipol < npol ; ipol++ )
1545    tcalids[ipol] = ids[0] + ipol - 1 ;
1546
1547//   double endSec = gettimeofday_sec() ;
1548//   os_ << "end MSFiller::getTcalId() endSec=" << endSec << " (" << endSec-startSec << "sec)" << LogIO::POST ;
1549  return tcalids ;
1550}
1551
1552uInt MSFiller::getDirection( uInt idx, Vector<Double> &dir, Vector<Double> &srate, String &ref, MSPointing &tab, Double t )
1553{
1554//   double startSec = gettimeofday_sec() ;
1555//   os_ << "start MSFiller::getDirection() startSec=" << startSec << LogIO::POST ;
1556  // assume that cols is sorted by TIME
1557  Bool doInterp = False ;
1558  //uInt nrow = cols.nrow() ;
1559  uInt nrow = tab.nrow() ;
1560  if ( nrow == 0 )
1561    return 0 ;
1562  ROScalarMeasColumn<MEpoch> tcol( tab, "TIME" ) ;
1563  ROArrayMeasColumn<MDirection> dmcol( tab, "DIRECTION" ) ;
1564  ROArrayColumn<Double> dcol( tab, "DIRECTION" ) ;
1565  // binary search if idx == 0
1566  if ( idx == 0 ) {
1567    uInt nrowb = 75000 ;
1568    if ( nrow > nrowb ) {
1569      uInt nblock = nrow / nrowb + 1 ;
1570      for ( uInt iblock = 0 ; iblock < nblock ; iblock++ ) {
1571        uInt high = min( nrowb, nrow-iblock*nrowb ) ;
1572
1573        if ( tcol( high-1 ).get( "s" ).getValue() < t ) {
1574          idx = iblock * nrowb ;
1575          continue ;
1576        }
1577
1578        Vector<MEpoch> tarr( high ) ;
1579        for ( uInt irow = 0 ; irow < high ; irow++ ) {
1580          tarr[irow] = tcol( iblock*nrowb+irow ) ;
1581        }
1582
1583        uInt bidx = binarySearch( tarr, t ) ;
1584
1585        idx = iblock * nrowb + bidx ;
1586        break ;
1587      }
1588    }
1589    else {
1590      Vector<MEpoch> tarr( nrow ) ;
1591      for ( uInt irow = 0 ; irow < nrow ; irow++ ) {
1592        tarr[irow] = tcol( irow ) ;
1593      }
1594      idx = binarySearch( tarr, t ) ;
1595    }
1596  }
1597  // ensure that tcol(idx) < t
1598  //os_ << "tcol(idx) = " << tcol(idx).get("s").getValue() << " t = " << t << " diff = " << tcol(idx).get("s").getValue()-t << endl ;
1599  while ( tcol(idx).get("s").getValue() > t && idx > 0 )
1600    idx-- ;
1601  //os_ << "idx = " << idx << LogIO::POST ;
1602
1603  // index search
1604  for ( uInt i = idx ; i < nrow ; i++ ) {
1605    Double tref = tcol( i ).get( "s" ).getValue() ;
1606    if ( tref == t ) {
1607      idx = i ;
1608      break ;
1609    }
1610    else if ( tref > t ) {
1611      if ( i == 0 ) {
1612        idx = i ;
1613      }
1614      else {
1615        idx = i-1 ;
1616        doInterp = True ;
1617      }
1618      break ;
1619    }
1620    else {
1621      idx = nrow - 1 ;
1622    }
1623  }
1624  //os_ << "searched idx = " << idx << LogIO::POST ;
1625
1626  //os_ << "dmcol(idx).shape() = " << dmcol(idx).shape() << LogIO::POST ;
1627  IPosition ip( dmcol(idx).shape().nelements(), 0 ) ;
1628  //os_ << "ip = " << ip << LogIO::POST ;
1629  ref = dmcol(idx)(ip).getRefString() ;
1630  //os_ << "ref = " << ref << LogIO::POST ;
1631  if ( doInterp ) {
1632    //os_ << "do interpolation" << LogIO::POST ;
1633    //os_ << "dcol(idx).shape() = " << dcol(idx).shape() << LogIO::POST ;
1634    Double tref0 = tcol(idx).get("s").getValue() ;
1635    Double tref1 = tcol(idx+1).get("s").getValue() ;
1636    Matrix<Double> mdir0 = dcol( idx ) ;
1637    Matrix<Double> mdir1 = dcol( idx+1 ) ;
1638    Vector<Double> dir0 = mdir0.column( 0 ) ;
1639    //os_ << "dir0 = " << dir0 << LogIO::POST ;
1640    Vector<Double> dir1 = mdir1.column( 0 ) ;
1641    //os_ << "dir1 = " << dir1 << LogIO::POST ;
1642    Double dt0 = t - tref0 ;
1643    Double dt1 = tref1 - t ;
1644    dir.reference( (dt0*dir1+dt1*dir0)/(dt0+dt1) ) ;
1645    if ( mdir0.ncolumn() > 1 ) {
1646      if ( dt0 >= dt1 )
1647        srate.reference( mdir0.column( 1 ) ) ;
1648      else
1649        srate.reference( mdir1.column( 1 ) ) ;
1650    }
1651    //os_ << "dir = " << dir << LogIO::POST ;
1652  }
1653  else {
1654    //os_ << "no interpolation" << LogIO::POST ;
1655    Matrix<Double> mdir0 = dcol( idx ) ;
1656    dir.reference( mdir0.column( 0 ) ) ;
1657    if ( mdir0.ncolumn() > 1 )
1658      srate.reference( mdir0.column( 1 ) ) ;
1659  }
1660
1661//   double endSec = gettimeofday_sec() ;
1662//   os_ << "end MSFiller::getDirection() endSec=" << endSec << " (" << endSec-startSec << "sec)" << LogIO::POST ;
1663  return idx ;
1664}
1665
1666String MSFiller::keyTcal( Int feedid, Int spwid, String stime )
1667{
1668  String sfeed = "FEED" + String::toString( feedid ) ;
1669  String sspw = "SPW" + String::toString( spwid ) ;
1670  return sfeed+":"+sspw+":"+stime ;
1671}
1672
1673uInt MSFiller::binarySearch( Vector<MEpoch> &timeList, Double target )
1674{
1675  Int low = 0 ;
1676  Int high = timeList.nelements() ;
1677  uInt idx = 0 ;
1678
1679  while ( low <= high ) {
1680    idx = (Int)( 0.5 * ( low + high ) ) ;
1681    Double t = timeList[idx].get( "s" ).getValue() ;
1682    if ( t < target )
1683      low = idx + 1 ;
1684    else if ( t > target )
1685      high = idx - 1 ;
1686    else
1687      return idx ;
1688  }
1689
1690  idx = max( 0, min( low, high ) ) ;
1691
1692  return idx ;
1693 
1694}
1695
1696} ;
1697
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.