source: branches/casa-prerelease/pre-asap/src/MSFiller.cpp @ 2060

Last change on this file since 2060 was 2060, checked in by Takeshi Nakazato, 13 years ago

New Development: No

JIRA Issue: Yes CAS-2718

Ready for Test: Yes

Interface Changes: No

What Interface Changed: Please list interface changes

Test Programs: List test programs

Put in Release Notes: Yes/No?

Module(s): Module Names change impacts.

Description: Describe your changes here...

Merged bug fix on MSFiller in trunk (r2059).
File size: 60.3 KB
Line 
1//
2// C++ Interface: MSFiller
3//
4// Description:
5//
6// This class is specific filler for MS format
7//
8// Takeshi Nakazato <takeshi.nakazato@nao.ac.jp>, (C) 2010
9//
10// Copyright: See COPYING file that comes with this distribution
11//
12//
13
14#include <iostream>
15#include <map>
16
17#include <tables/Tables/ExprNode.h>
18#include <tables/Tables/TableIter.h>
19#include <tables/Tables/TableColumn.h>
20#include <tables/Tables/ScalarColumn.h>
21#include <tables/Tables/ArrayColumn.h>
22#include <tables/Tables/TableParse.h>
23#include <tables/Tables/TableRow.h>
24
25#include <casa/Containers/RecordField.h>
26#include <casa/Logging/LogIO.h>
27#include <casa/Arrays/Slicer.h>
28#include <casa/Quanta/MVTime.h>
29#include <casa/OS/Path.h>
30
31#include <measures/Measures/Stokes.h>
32#include <measures/Measures/MEpoch.h>
33#include <measures/Measures/MCEpoch.h>
34#include <measures/Measures/MFrequency.h>
35#include <measures/Measures/MCFrequency.h>
36#include <measures/Measures/MPosition.h>
37#include <measures/Measures/MCPosition.h>
38#include <measures/Measures/MDirection.h>
39#include <measures/Measures/MCDirection.h>
40#include <measures/Measures/MeasConvert.h>
41#include <measures/TableMeasures/ScalarMeasColumn.h>
42#include <measures/TableMeasures/ArrayMeasColumn.h>
43#include <measures/TableMeasures/ScalarQuantColumn.h>
44#include <measures/TableMeasures/ArrayQuantColumn.h>
45
46#include <ms/MeasurementSets/MSAntennaIndex.h>
47
48#include <atnf/PKSIO/SrcType.h>
49
50#include "MSFiller.h"
51#include "STHeader.h"
52
53#include <ctime>
54#include <sys/time.h>
55
56using namespace casa ;
57using namespace std ;
58
59namespace asap {
60double MSFiller::gettimeofday_sec()
61{
62  struct timeval tv ;
63  gettimeofday( &tv, NULL ) ;
64  return tv.tv_sec + (double)tv.tv_usec*1.0e-6 ;
65}
66
67MSFiller::MSFiller( casa::CountedPtr<Scantable> stable )
68  : table_( stable ),
69    tablename_( "" ),
70    antenna_( -1 ),
71    antennaStr_(""),
72    getPt_( False ),
73    isFloatData_( False ),
74    isData_( False ),
75    isDoppler_( False ),
76    isFlagCmd_( False ),
77    isFreqOffset_( False ),
78    isHistory_( False ),
79    isProcessor_( False ),
80    isSysCal_( False ),
81    isWeather_( False ),
82    colTsys_( "TSYS_SPECTRUM" ),
83    colTcal_( "TCAL_SPECTRUM" )
84{
85  os_ = LogIO() ;
86  os_.origin( LogOrigin( "MSFiller", "MSFiller()", WHERE ) ) ;
87}
88
89MSFiller::~MSFiller()
90{
91  os_.origin( LogOrigin( "MSFiller", "~MSFiller()", WHERE ) ) ;
92}
93
94bool MSFiller::open( const std::string &filename, const casa::Record &rec )
95{
96  os_.origin( LogOrigin( "MSFiller", "open()", WHERE ) ) ;
97//   double startSec = gettimeofday_sec() ;
98//   os_ << "start MSFiller::open() startsec=" << startSec << LogIO::POST ;
99  //os_ << "   filename = " << filename << endl ;
100
101  // parsing MS options
102  if ( rec.isDefined( "ms" ) ) {
103    Record msrec = rec.asRecord( "ms" ) ;
104    if ( msrec.isDefined( "getpt" ) ) {
105      getPt_ = msrec.asBool( "getpt" ) ;
106    }
107    if ( msrec.isDefined( "antenna" ) ) {
108      if ( msrec.type( msrec.fieldNumber( "antenna" ) ) == TpInt ) {
109        antenna_ = msrec.asInt( "antenna" ) ;
110      }
111      else {
112        //antenna_ = atoi( msrec.asString( "antenna" ).c_str() ) ;
113        antennaStr_ = msrec.asString( "antenna" ) ;
114      }
115    }
116    else {
117      antenna_ = 0 ;
118    }
119  }
120
121  MeasurementSet *tmpMS = new MeasurementSet( filename, Table::Old ) ;
122  //mstable_ = (*tmpMS)( tmpMS->col("ANTENNA1") == antenna_
123  //                     && tmpMS->col("ANTENNA1") == tmpMS->col("ANTENNA2") ) ;
124  tablename_ = tmpMS->tableName() ;
125  if ( antenna_ == -1 && antennaStr_.size() > 0 ) {
126    MSAntennaIndex msAntIdx( tmpMS->antenna() ) ;
127    Vector<Int> id = msAntIdx.matchAntennaName( antennaStr_ ) ;
128    if ( id.size() > 0 )
129      antenna_ = id[0] ;
130  }
131
132  os_ << "Parsing MS options" << endl ;
133  os_ << "   getPt = " << getPt_ << endl ;
134  os_ << "   antenna = " << antenna_ << endl ;
135  os_ << "   antennaStr = " << antennaStr_ << LogIO::POST ;
136
137  mstable_ = MeasurementSet( (*tmpMS)( tmpMS->col("ANTENNA1") == antenna_
138                                       && tmpMS->col("ANTENNA1") == tmpMS->col("ANTENNA2") ) ) ;
139//   stringstream ss ;
140//   ss << "SELECT FROM $1 WHERE ANTENNA1 == ANTENNA2 && ANTENNA1 == " << antenna_ ;
141//   String taql( ss.str() ) ;
142//   mstable_ = MeasurementSet( tableCommand( taql, *tmpMS ) ) ;
143  delete tmpMS ;
144
145  // check which data column exists
146  isFloatData_ = mstable_.tableDesc().isColumn( "FLOAT_DATA" ) ;
147  isData_ = mstable_.tableDesc().isColumn( "DATA" ) ;
148
149//   double endSec = gettimeofday_sec() ;
150//   os_ << "end MSFiller::open() endSec=" << endSec << " (" << endSec-startSec << "sec)" << LogIO::POST ;
151  return true ;
152}
153
154void MSFiller::fill()
155{
156  os_.origin( LogOrigin( "MSFiller", "fill()", WHERE ) ) ;
157//   double startSec = gettimeofday_sec() ;
158//   os_ << "start MSFiller::fill() startSec=" << startSec << LogIO::POST ;
159
160//   double time0 = gettimeofday_sec() ;
161//   os_ << "start init fill: " << time0 << LogIO::POST ;
162
163  // Initialize header
164  STHeader sdh ; 
165  sdh.nchan = 0 ;
166  sdh.npol = 0 ;
167  sdh.nif = 0 ;
168  sdh.nbeam = 0 ;
169  sdh.observer = "" ;
170  sdh.project = "" ;
171  sdh.obstype = "" ;
172  sdh.antennaname = "" ;
173  sdh.antennaposition.resize( 0 ) ;
174  sdh.equinox = 0.0 ;
175  sdh.freqref = "" ;
176  sdh.reffreq = -1.0 ;
177  sdh.bandwidth = 0.0 ;
178  sdh.utc = 0.0 ;
179  sdh.fluxunit = "" ;
180  sdh.epoch = "" ;
181  sdh.poltype = "" ;
182 
183  // check if optional table exists
184  //const TableRecord msrec = tablesel_.keywordSet() ;
185  const TableRecord msrec = mstable_.keywordSet() ;
186  isDoppler_ = msrec.isDefined( "DOPPLER" ) ;
187  if ( isDoppler_ )
188    if ( mstable_.doppler().nrow() == 0 )
189      isDoppler_ = False ;
190  isFlagCmd_ = msrec.isDefined( "FLAG_CMD" ) ;
191  if ( isFlagCmd_ )
192    if ( mstable_.flagCmd().nrow() == 0 )
193      isFlagCmd_ = False ;
194  isFreqOffset_ = msrec.isDefined( "FREQ_OFFSET" ) ;
195  if ( isFreqOffset_ )
196    if ( mstable_.freqOffset().nrow() == 0 )
197      isFreqOffset_ = False ;
198  isHistory_ = msrec.isDefined( "HISTORY" ) ;
199  if ( isHistory_ )
200    if ( mstable_.history().nrow() == 0 )
201      isHistory_ = False ;
202  isProcessor_ = msrec.isDefined( "PROCESSOR" ) ;
203  if ( isProcessor_ )
204    if ( mstable_.processor().nrow() == 0 )
205      isProcessor_ = False ;
206  isSysCal_ = msrec.isDefined( "SYSCAL" ) ;
207  if ( isSysCal_ )
208    if ( mstable_.sysCal().nrow() == 0 )
209      isSysCal_ = False ;
210  isWeather_ = msrec.isDefined( "WEATHER" ) ;
211  if ( isWeather_ )
212    if ( mstable_.weather().nrow() == 0 )
213      isWeather_ = False ;
214
215  // Access to MS subtables
216  MSField fieldtab = mstable_.field() ;
217  MSPolarization poltab = mstable_.polarization() ;
218  MSDataDescription ddtab = mstable_.dataDescription() ;
219  MSObservation obstab = mstable_.observation() ;
220  MSSource srctab = mstable_.source() ;
221  MSSpectralWindow spwtab = mstable_.spectralWindow() ;
222  MSSysCal caltab = mstable_.sysCal() ;
223  if ( caltab.nrow() == 0 )
224    isSysCal_ = False ;
225  else {
226    if ( !caltab.tableDesc().isColumn( colTcal_ ) )
227      colTcal_ = "TCAL" ;
228    if ( !caltab.tableDesc().isColumn( colTsys_ ) )
229      colTsys_ = "TSYS" ;
230  }
231//   colTcal_ = "TCAL" ;
232//   colTsys_ = "TSYS" ;
233  MSPointing pointtab = mstable_.pointing() ;
234  if ( mstable_.weather().nrow() == 0 )
235    isWeather_ = False ;
236  MSState stattab = mstable_.state() ;
237  MSAntenna anttab = mstable_.antenna() ;
238
239  // TEST
240  // memory allocation by boost::object_pool
241  boost::object_pool<ROTableColumn> *tpoolr = new boost::object_pool<ROTableColumn> ;
242  //
243
244  // SUBTABLES: FREQUENCIES
245  table_->frequencies().setFrame( "LSRK" ) ;
246  table_->frequencies().setFrame( "LSRK", True ) ;
247
248  // SUBTABLES: WEATHER
249  fillWeather() ;
250
251  // SUBTABLES: FOCUS
252  fillFocus() ;
253
254  // SUBTABLES: TCAL
255  fillTcal( tpoolr ) ;
256
257  // SUBTABLES: FIT
258  //fillFit() ;
259
260  // SUBTABLES: HISTORY
261  //fillHistory() ;
262
263  // shared pointers
264  ROTableColumn *tcolr ;
265
266  // MAIN
267  // Iterate over several ids
268  map<Int, uInt> ifmap ; // (IFNO, FREQ_ID) pair
269  ROArrayQuantColumn<Double> *sharedQDArrCol = new ROArrayQuantColumn<Double>( anttab, "POSITION" ) ;
270  Vector< Quantum<Double> > antpos = (*sharedQDArrCol)( antenna_ ) ;
271  delete sharedQDArrCol ;
272  MPosition mp( MVPosition( antpos ), MPosition::ITRF ) ;
273  if ( getPt_ ) {
274    //pointtab = pointtab( pointtab.col("ANTENNA_ID")==antenna_ ).sort("TIME") ;
275    pointtab = MSPointing( pointtab( pointtab.col("ANTENNA_ID")==antenna_ ).sort("TIME") ) ;
276  }
277  tcolr = tpoolr->construct( anttab, "STATION" ) ;
278  String stationName = tcolr->asString( antenna_ ) ;
279  tpoolr->destroy( tcolr ) ;
280  tcolr = tpoolr->construct( anttab, "NAME" ) ;
281  String antennaName = tcolr->asString( antenna_ ) ;
282  tpoolr->destroy( tcolr ) ;
283  sdh.antennaposition.resize( 3 ) ;
284  for ( int i = 0 ; i < 3 ; i++ )
285    sdh.antennaposition[i] = antpos[i].getValue( "m" ) ;
286  String telescopeName = "" ;
287
288//   double time1 = gettimeofday_sec() ;
289//   os_ << "end fill init: " << time1 << " (" << time1-time0 << "sec)" << LogIO::POST ;
290
291  // row based
292  Table &stab = table_->table() ;
293  TableRow row( stab ) ;
294  TableRecord &trec = row.record() ;
295  RecordFieldPtr< Array<Float> > spRF( trec, "SPECTRA" ) ;
296  RecordFieldPtr< Array<uChar> > ucarrRF( trec, "FLAGTRA" ) ;
297  RecordFieldPtr<Double> timeRF( trec, "TIME" ) ;
298  RecordFieldPtr< Array<Float> > tsysRF( trec, "TSYS" ) ;
299  RecordFieldPtr<Double> intervalRF( trec, "INTERVAL" ) ;
300  RecordFieldPtr< Array<Double> > dirRF( trec, "DIRECTION" ) ;
301  RecordFieldPtr<Float> azRF( trec, "AZIMUTH" ) ;
302  RecordFieldPtr<Float> elRF( trec, "ELEVATION" ) ;
303  RecordFieldPtr< Array<Double> > scrRF( trec, "SCANRATE" ) ;
304  RecordFieldPtr<uInt> cycleRF( trec, "CYCLENO" ) ;
305  RecordFieldPtr<uInt> flrRF( trec, "FLAGROW" ) ;
306  RecordFieldPtr<uInt> tcalidRF( trec, "TCAL_ID" ) ;
307  RecordFieldPtr<uInt> widRF( trec, "WEATHER_ID" ) ;
308  RecordFieldPtr<uInt> polnoRF( trec, "POLNO" ) ;
309
310
311  // REFBEAMNO
312  RecordFieldPtr<Int> intRF( trec, "REFBEAMNO" ) ;
313  *intRF = 0 ;
314
315  // FIT_ID
316  intRF.attachToRecord( trec, "FIT_ID" ) ;
317  *intRF = -1 ;
318
319  // OPACITY
320  RecordFieldPtr<Float> floatRF( trec, "OPACITY" ) ;
321  *floatRF = 0.0 ;
322
323  //
324  // ITERATION: OBSERVATION_ID
325  //
326  TableIterator iter0( mstable_, "OBSERVATION_ID" ) ;
327  while( !iter0.pastEnd() ) {
328//     time0 = gettimeofday_sec() ;
329//     os_ << "start 0th iteration: " << time0 << LogIO::POST ;
330    Table t0 = iter0.table() ;
331    tcolr = tpoolr->construct( t0, "OBSERVATION_ID" ) ;
332    Int obsId = tcolr->asInt( 0 ) ;
333    tpoolr->destroy( tcolr ) ;
334    if ( sdh.observer == "" ) {
335      tcolr = tpoolr->construct( obstab, "OBSERVER" ) ;
336      sdh.observer = tcolr->asString( obsId ) ;
337      tpoolr->destroy( tcolr ) ;
338    }
339    if ( sdh.project == "" ) {
340      tcolr = tpoolr->construct( obstab, "PROJECT" ) ;
341      sdh.observer = tcolr->asString( obsId ) ;
342      tpoolr->destroy( tcolr ) ;
343    }
344    ROArrayMeasColumn<MEpoch> *tmpMeasCol = new ROArrayMeasColumn<MEpoch>( obstab, "TIME_RANGE" ) ;
345    MEpoch me = (*tmpMeasCol)( obsId )( IPosition(1,0) ) ;
346    delete tmpMeasCol ;
347    if ( sdh.utc == 0.0 ) {
348      sdh.utc = me.get( "d" ).getValue() ;
349    }
350    if ( telescopeName == "" ) {
351      tcolr = tpoolr->construct( obstab, "TELESCOPE_NAME" ) ;
352      telescopeName = tcolr->asString( obsId ) ;
353      tpoolr->destroy( tcolr ) ;
354    }
355    Int nbeam = 0 ;
356//     time1 = gettimeofday_sec() ;
357//     os_ << "end 0th iteration init: " << time1 << " (" << time1-time0 << "sec)" << LogIO::POST ;
358    //
359    // ITERATION: FEED1
360    //
361    TableIterator iter1( t0, "FEED1" ) ;
362    while( !iter1.pastEnd() ) {
363//       time0 = gettimeofday_sec() ;
364//       os_ << "start 1st iteration: " << time0 << LogIO::POST ;
365      Table t1 = iter1.table() ;
366      // assume FEED1 == FEED2
367      tcolr = tpoolr->construct( t1, "FEED1" ) ;
368      Int feedId = tcolr->asInt( 0 ) ;
369      tpoolr->destroy( tcolr ) ;
370      nbeam++ ;
371
372      // BEAMNO
373      RecordFieldPtr<uInt> uintRF( trec, "BEAMNO" ) ;
374      *uintRF = feedId ;
375
376      // FOCUS_ID
377      uintRF.attachToRecord( trec, "FOCUS_ID" ) ;
378      *uintRF = 0 ;
379
380//       time1 = gettimeofday_sec() ;
381//       os_ << "end 1st iteration init: " << time1 << " (" << time1-time0 << "sec)" << LogIO::POST ;
382      //
383      // ITERATION: FIELD_ID
384      //
385      TableIterator iter2( t1, "FIELD_ID" ) ;
386      while( !iter2.pastEnd() ) {
387//         time0 = gettimeofday_sec() ;
388//         os_ << "start 2nd iteration: " << time0 << LogIO::POST ;
389        Table t2 = iter2.table() ;
390        tcolr = tpoolr->construct( t2, "FIELD_ID" ) ;
391        Int fieldId = tcolr->asInt( 0 ) ;
392        tpoolr->destroy( tcolr ) ;
393        tcolr = tpoolr->construct( fieldtab, "SOURCE_ID" ) ;
394        Int srcId = tcolr->asInt( fieldId ) ;
395        tpoolr->destroy( tcolr ) ;
396        tcolr = tpoolr->construct( fieldtab, "NAME" ) ;
397        String fieldName = tcolr->asString( fieldId ) + "__" + String::toString(fieldId) ;
398        tpoolr->destroy( tcolr ) ;
399        ROArrayMeasColumn<MDirection> *delayDirCol = new ROArrayMeasColumn<MDirection>( fieldtab, "DELAY_DIR" ) ;
400        Vector<MDirection> delayDir = (*delayDirCol)( fieldId ) ;
401        delete delayDirCol ;
402        Vector<Double> defaultScanrate( 2, 0.0 ) ;
403        Vector<Double> defaultDir = delayDir[0].getAngle( "rad" ).getValue() ;
404        if ( delayDir.nelements() > 1 )
405          defaultScanrate = delayDir[1].getAngle( "rad" ).getValue() ;
406         
407
408        // FIELDNAME
409        RecordFieldPtr<String> strRF( trec, "FIELDNAME" ) ;
410        *strRF = fieldName ;
411
412
413//         time1 = gettimeofday_sec() ;
414//         os_ << "end 2nd iteration init: " << time1 << " (" << time1-time0 << "sec)" << LogIO::POST ;
415        //
416        // ITERATION: DATA_DESC_ID
417        //
418        TableIterator iter3( t2, "DATA_DESC_ID" ) ;
419        while( !iter3.pastEnd() ) {
420//           time0 = gettimeofday_sec() ;
421//           os_ << "start 3rd iteration: " << time0 << LogIO::POST ;
422          Table t3 = iter3.table() ;
423          tcolr = tpoolr->construct( t3, "DATA_DESC_ID" ) ;
424          Int ddId = tcolr->asInt( 0 ) ;
425          tpoolr->destroy( tcolr ) ;
426          tcolr = tpoolr->construct( ddtab, "POLARIZATION_ID" ) ;
427          Int polId = tcolr->asInt( ddId ) ;
428          tpoolr->destroy( tcolr ) ;
429          tcolr = tpoolr->construct( ddtab, "SPECTRAL_WINDOW_ID" ) ;
430          Int spwId = tcolr->asInt( ddId ) ;
431          tpoolr->destroy( tcolr ) ;
432          // TODO: This must be updated if writer will be replaced from STWriter to MSWriter
433          sdh.nif = max( sdh.nif, spwId ) ;
434
435          // IFNO
436          uintRF.attachToRecord( trec, "IFNO" ) ;
437          *uintRF = (uInt)spwId ;
438
439          // polarization information
440          tcolr = tpoolr->construct( poltab, "NUM_CORR" ) ;
441          Int npol = tcolr->asInt( polId ) ;
442          tpoolr->destroy( tcolr ) ;
443          ROArrayColumn<Int> *roArrICol = new ROArrayColumn<Int>( poltab, "CORR_TYPE" ) ;
444          Vector<Int> corrtype = (*roArrICol)( polId ) ;
445          delete roArrICol ;
446//           os_ << "npol = " << npol << LogIO::POST ;
447//           os_ << "corrtype = " << corrtype << LogIO::POST ;
448          sdh.npol = max( sdh.npol, npol ) ;
449          if ( sdh.poltype == "" ) sdh.poltype = getPolType( corrtype[0] ) ;
450          // source information
451//           os_ << "srcId = " << srcId << ", spwId = " << spwId << LogIO::POST ;
452          MSSource srctabSel = srctab( srctab.col("SOURCE_ID") == srcId && srctab.col("SPECTRAL_WINDOW_ID") == spwId ) ;
453          if ( srctabSel.nrow() == 0 ) {
454            srctabSel = srctab( srctab.col("SOURCE_ID") == srcId && srctab.col("SPECTRAL_WINDOW_ID") == -1 ) ;
455          }
456          String srcName( "" ) ;
457          Vector<Double> srcPM( 2, 0.0 ) ;
458          Vector<Double> srcDir( 2, 0.0 ) ;
459          MDirection md ;
460          Int numLines = 0 ;
461          ROArrayColumn<Double> *roArrDCol = 0 ;
462          if ( srctabSel.nrow() > 0 ) {
463            // source name
464            tcolr = tpoolr->construct( srctabSel, "NAME" ) ;
465            srcName = tcolr->asString( 0 ) ;
466            tpoolr->destroy( tcolr ) ;
467
468            // source proper motion
469            roArrDCol = new ROArrayColumn<Double>( srctabSel, "PROPER_MOTION" ) ;
470            srcPM = (*roArrDCol)( 0 ) ;
471            delete roArrDCol ;
472           
473            // source direction
474            roArrDCol = new ROArrayColumn<Double>( srctabSel, "DIRECTION" ) ;
475            srcDir = (*roArrDCol)( 0 ) ;
476            delete roArrDCol ;
477
478            // source direction as MDirection object
479            ROScalarMeasColumn<MDirection> *tmpMeasCol = new ROScalarMeasColumn<MDirection>( srctabSel, "DIRECTION" ) ;
480            md = (*tmpMeasCol)( 0 ) ;
481            delete tmpMeasCol ;
482
483            // number of lines
484            tcolr = tpoolr->construct( srctabSel, "NUM_LINES" ) ;
485            numLines = tcolr->asInt( 0 ) ;
486            tpoolr->destroy( tcolr ) ;
487
488          }
489          else {
490            md = MDirection( Quantum<Double>(0.0,Unit("rad")), Quantum<Double>(0.0,Unit("rad")) ) ;
491          }
492
493          // SRCNAME
494          strRF.attachToRecord( trec, "SRCNAME" ) ;
495          *strRF = srcName ;
496
497//           os_ << "srcName = " << srcName << LogIO::POST ;
498
499          // SRCPROPERMOTION
500          RecordFieldPtr< Array<Double> > darrRF( trec, "SRCPROPERMOTION" ) ;
501          *darrRF = srcPM ;
502
503          //os_ << "srcPM = " << srcPM << LogIO::POST ;
504
505          // SRCDIRECTION
506          darrRF.attachToRecord( trec, "SRCDIRECTION" ) ;
507          *darrRF = srcDir ;
508
509          //os_ << "srcDir = " << srcDir << LogIO::POST ;
510
511          // for MOLECULES subtable
512//           os_ << "numLines = " << numLines << LogIO::POST ;
513
514          Vector<Double> restFreqs( numLines, 0.0 ) ;
515          Vector<String> transitionName( numLines, "" ) ;
516          Vector<Double> sysVels ;
517          Double sysVel = 0.0 ;
518          if ( numLines != 0 ) {
519            if ( srctabSel.tableDesc().isColumn( "REST_FREQUENCY" ) ) {
520              sharedQDArrCol = new ROArrayQuantColumn<Double>( srctabSel, "REST_FREQUENCY" ) ;
521              Array< Quantum<Double> > qRestFreqs = (*sharedQDArrCol)( 0 ) ;
522              delete sharedQDArrCol ;
523              for ( int i = 0 ; i < numLines ; i++ ) {
524                restFreqs[i] = qRestFreqs( IPosition( 1, i ) ).getValue( "Hz" ) ;
525              }
526            }
527//             os_ << "restFreqs = " << restFreqs << LogIO::POST ;
528            if ( srctabSel.tableDesc().isColumn( "TRANSITION" ) ) {
529              ROArrayColumn<String> transitionCol( srctabSel, "TRANSITION" ) ;
530              if ( transitionCol.isDefined( 0 ) )
531                transitionName = transitionCol( 0 ) ;
532              //os_ << "transitionNameCol.nrow() = " << transitionCol.nrow() << LogIO::POST ;
533            }
534            if ( srctabSel.tableDesc().isColumn( "SYSVEL" ) ) {
535              roArrDCol = new ROArrayColumn<Double>( srctabSel, "SYSVEL" ) ;
536              sysVels = (*roArrDCol)( 0 ) ;
537              delete roArrDCol ;
538            }
539            if ( !sysVels.empty() ) {
540              //os_ << "sysVels.shape() = " << sysVels.shape() << LogIO::POST ;
541              // NB: assume all SYSVEL values are the same
542              sysVel = sysVels( IPosition(1,0) ) ;
543            }
544          }
545
546          // SRCVELOCITY
547          RecordFieldPtr<Double> doubleRF( trec, "SRCVELOCITY" ) ;
548          *doubleRF = sysVel ;
549
550//           os_ << "sysVel = " << sysVel << LogIO::POST ;
551
552          uInt molId = table_->molecules().addEntry( restFreqs, transitionName, transitionName ) ;
553
554          // MOLECULE_ID
555          uintRF.attachToRecord( trec, "MOLECULE_ID" ) ;
556          *uintRF = molId ;
557
558          // spectral setup
559          MeasFrame mf( me, mp, md ) ;
560          tcolr = tpoolr->construct( spwtab, "MEAS_FREQ_REF" ) ;
561          MFrequency::Types freqRef = MFrequency::castType((uInt)(tcolr->asInt(spwId))) ;
562          tpoolr->destroy( tcolr ) ;
563          tcolr = tpoolr->construct( spwtab, "NUM_CHAN" ) ;
564          Int nchan = tcolr->asInt( spwId ) ;
565          tpoolr->destroy( tcolr ) ;
566          Bool even = False ;
567          if ( (nchan/2)*2 == nchan ) even = True ;
568          sdh.nchan = max( sdh.nchan, nchan ) ;
569          ROScalarQuantColumn<Double> *tmpQuantCol = new ROScalarQuantColumn<Double>( spwtab, "TOTAL_BANDWIDTH" ) ;
570          Double totbw = (*tmpQuantCol)( spwId ).getValue( "Hz" ) ;
571          delete tmpQuantCol ;
572          sdh.bandwidth = max( sdh.bandwidth, totbw ) ;
573          if ( sdh.freqref == "" )
574            //sdh.freqref = MFrequency::showType( freqRef ) ;
575            sdh.freqref = "LSRK" ;
576          if ( sdh.reffreq == -1.0 ) {
577            tmpQuantCol = new ROScalarQuantColumn<Double>( spwtab, "REF_FREQUENCY" ) ;
578            Quantum<Double> qreffreq = (*tmpQuantCol)( spwId ) ;
579            delete tmpQuantCol ;
580            if ( freqRef == MFrequency::LSRK ) {
581              sdh.reffreq = qreffreq.getValue("Hz") ;
582            }
583            else {
584              MFrequency::Convert tolsr( freqRef, MFrequency::Ref( MFrequency::LSRK, mf ) ) ;
585              sdh.reffreq = tolsr( qreffreq ).get("Hz").getValue() ;
586            }
587          }
588          Int refchan = nchan / 2 ;
589          IPosition refip( 1, refchan ) ;
590          //Double refpix = 0.5*(nchan-1) ;
591          Double refpix = 0.5*(nchan) ;
592          Double refval = 0.0 ;
593          sharedQDArrCol = new ROArrayQuantColumn<Double>( spwtab, "CHAN_WIDTH" ) ;
594          Double increment = (*sharedQDArrCol)( spwId )( refip ).getValue( "Hz" ) ;
595          delete sharedQDArrCol ;
596//           os_ << "nchan = " << nchan << " refchan = " << refchan << "(even=" << even << ") refpix = " << refpix << LogIO::POST ;
597          sharedQDArrCol = new ROArrayQuantColumn<Double>( spwtab, "CHAN_FREQ" ) ;
598          Vector< Quantum<Double> > chanFreqs = (*sharedQDArrCol)( spwId ) ;
599          delete sharedQDArrCol ;
600          if ( freqRef == MFrequency::LSRK ) {
601            if ( even ) {
602              IPosition refip0( 1, refchan-1 ) ;
603              Double refval0 = chanFreqs(refip0).getValue("Hz") ;
604              Double refval1 = chanFreqs(refip).getValue("Hz") ;
605              refval = 0.5 * ( refval0 + refval1 ) ;
606            }
607            else {
608              refval = chanFreqs(refip).getValue("Hz") ;
609            }
610          }
611          else {
612            MFrequency::Convert tolsr( freqRef, MFrequency::Ref( MFrequency::LSRK, mf ) ) ;
613            if ( even ) {
614              IPosition refip0( 1, refchan-1 ) ;
615              Double refval0 = chanFreqs(refip0).getValue("Hz") ;
616              Double refval1 = chanFreqs(refip).getValue("Hz") ;
617              refval = 0.5 * ( refval0 + refval1 ) ;
618              refval = tolsr( refval ).get("Hz").getValue() ;
619            }
620            else {
621              refval = tolsr( chanFreqs(refip) ).get("Hz").getValue() ;
622            }
623          }
624          uInt freqId = table_->frequencies().addEntry( refpix, refval, increment ) ;
625          if ( ifmap.find( spwId ) == ifmap.end() ) {
626            ifmap.insert( pair<Int, uInt>(spwId,freqId) ) ;
627            //os_ << "added to ifmap: (" << spwId << "," << freqId << ")" << LogIO::POST ;
628          }
629
630          // FREQ_ID
631          uintRF.attachToRecord( trec, "FREQ_ID" ) ;
632          *uintRF = freqId ;
633
634          // for TSYS and TCAL
635          Vector<MEpoch> scTime ;
636          Vector<Double> scInterval ;
637          ROArrayColumn<Float> scTsysCol ;
638          MSSysCal caltabsel ;
639          if ( isSysCal_ ) {
640            caltabsel = caltab( caltab.col("ANTENNA_ID") == antenna_ && caltab.col("FEED_ID") == feedId && caltab.col("SPECTRAL_WINDOW_ID") == spwId ).sort("TIME") ;
641            ROScalarMeasColumn<MEpoch> scTimeCol( caltabsel, "TIME" ) ;
642            scTime.resize( caltabsel.nrow() ) ;
643            for ( uInt irow = 0 ; irow < caltabsel.nrow() ; irow++ )
644              scTime[irow] = scTimeCol( irow ) ;
645            ROScalarColumn<Double> *scIntervalCol = new ROScalarColumn<Double>( caltabsel, "INTERVAL" ) ;
646            scInterval = scIntervalCol->getColumn() ;
647            delete scIntervalCol ;
648            scTsysCol.attach( caltabsel, colTsys_ ) ;
649          }
650//           time1 = gettimeofday_sec() ;
651//           os_ << "end 3rd iteration init: " << time1 << " (" << time1-time0 << "sec)" << LogIO::POST ;
652          //
653          // ITERATION: SCAN_NUMBER
654          //
655          TableIterator iter4( t3, "SCAN_NUMBER" ) ;
656          while( !iter4.pastEnd() ) {
657//             time0 = gettimeofday_sec() ;
658//             os_ << "start 4th iteration: " << time0 << LogIO::POST ;
659            Table t4 = iter4.table() ;
660            tcolr = tpoolr->construct( t4, "SCAN_NUMBER" ) ;
661            Int scanNum = tcolr->asInt( 0 ) ;
662            tpoolr->destroy( tcolr ) ;
663
664            // SCANNO
665            uintRF.attachToRecord( trec, "SCANNO" ) ;
666            *uintRF = scanNum - 1 ;
667
668//             time1 = gettimeofday_sec() ;
669//             os_ << "end 4th iteration init: " << time1 << " (" << time1-time0 << "sec)" << LogIO::POST ;
670            //
671            // ITERATION: STATE_ID
672            //
673            TableIterator iter5( t4, "STATE_ID" ) ;
674            while( !iter5.pastEnd() ) {
675//               time0 = gettimeofday_sec() ;
676//               os_ << "start 5th iteration: " << time0 << LogIO::POST ;
677              Table t5 = iter5.table() ;
678              tcolr = tpoolr->construct( t5, "STATE_ID" ) ;
679              Int stateId = tcolr->asInt( 0 ) ;
680              tpoolr->destroy( tcolr ) ;
681              tcolr = tpoolr->construct( stattab, "OBS_MODE" ) ;
682              String obstype = tcolr->asString( stateId ) ;
683              tpoolr->destroy( tcolr ) ;
684              if ( sdh.obstype == "" ) sdh.obstype = obstype ;
685
686              Int nrow = t5.nrow() ;
687//               time1 = gettimeofday_sec() ;
688//               os_ << "end 5th iteration init: " << time1 << " (" << time1-time0 << "sec)" << LogIO::POST ;
689
690              uInt cycle = 0 ;
691
692              Cube<Float> spArr ;
693              Cube<Bool> flArr ;
694              if ( isFloatData_ ) {
695                ROArrayColumn<Bool> mFlagCol( t5, "FLAG" ) ;
696                ROArrayColumn<Float> mFloatDataCol( t5, "FLOAT_DATA" ) ;
697                spArr = mFloatDataCol.getColumn() ;
698                flArr = mFlagCol.getColumn() ;
699                if ( sdh.fluxunit == "" ) {
700                  const TableRecord &dataColKeys = mFloatDataCol.keywordSet() ;
701                  if ( dataColKeys.isDefined( "UNIT" ) )
702                    sdh.fluxunit = dataColKeys.asString( "UNIT" ) ;
703                }
704              }
705              else if ( isData_ ) {
706                spArr.resize( npol, nchan, nrow ) ;
707                flArr.resize( npol, nchan, nrow ) ;
708                ROArrayColumn<Bool> mFlagCol( t5, "FLAG" ) ;
709                ROArrayColumn<Complex> mDataCol( t5, "DATA" ) ;
710                for ( Int irow = 0 ; irow < nrow ; irow++ ) {
711                  Bool crossOK = False ;
712                  Matrix<Complex> sp = mDataCol( irow ) ;
713                  Matrix<Bool> fl = mFlagCol( irow ) ;
714                  Matrix<Float> spxy = spArr.xyPlane( irow ) ;
715                  Matrix<Bool> flxy = flArr.xyPlane( irow ) ;
716                  for ( Int ipol = 0 ; ipol < npol ; ipol++ ) {
717                    if ( corrtype[ipol] == Stokes::XY || corrtype[ipol] == Stokes::YX
718                         || corrtype[ipol] == Stokes::RL || corrtype[ipol] == Stokes::LR ) {
719                      if ( !crossOK ) {
720                        spxy.row( ipol ) = real( sp.row( ipol ) ) ;
721                        flxy.row( ipol ) = fl.row( ipol ) ;
722                        if ( corrtype[ipol] == Stokes::XY || corrtype[ipol] == Stokes::RL ) {
723                          spxy.row( ipol+1 ) = imag( sp.row( ipol ) ) ;
724                          flxy.row( ipol+1 ) = fl.row( ipol ) ;
725                        }                       
726                        else {
727                          spxy.row( ipol+1 ) = imag( conj( sp.row( ipol ) ) ) ;
728                          flxy.row( ipol+1 ) = fl.row( ipol ) ;
729                        }
730                        crossOK = True ;
731                      }
732                    }
733                    else {
734                      spxy.row( ipol ) = real( sp.row( ipol ) ) ;
735                      flxy.row( ipol ) = fl.row( ipol ) ;
736                    }
737                  }
738                }
739                if ( sdh.fluxunit == "" ) {
740                  const TableRecord &dataColKeys = mDataCol.keywordSet() ;
741                  if ( dataColKeys.isDefined( "UNIT" ) )
742                    sdh.fluxunit = dataColKeys.asString( "UNIT" ) ;
743                }
744              }
745              ROScalarMeasColumn<MEpoch> *mTimeCol = new ROScalarMeasColumn<MEpoch>( t5, "TIME" ) ;
746              Block<MEpoch> mTimeB( nrow ) ;
747              for ( Int irow = 0 ; irow < nrow ; irow++ )
748                mTimeB[irow] = (*mTimeCol)( irow ) ;
749              ROTableColumn *mIntervalCol = tpoolr->construct( t5, "INTERVAL" ) ;
750              ROTableColumn *mFlagRowCol = tpoolr->construct( t5, "FLAG_ROW" ) ;
751              Block<Int> sysCalIdx( nrow, -1 ) ;
752              if ( isSysCal_ ) {
753                getSysCalTime( scTime, scInterval, mTimeB, sysCalIdx ) ;
754              }
755              delete mTimeCol ;
756              Matrix<Float> defaulttsys( npol, 1, 1.0 ) ;
757              Int srcType = getSrcType( stateId, tpoolr ) ;
758              uInt diridx = 0 ;
759              MDirection::Types dirType ;
760              uInt wid = 0 ;
761              Int pidx = 0 ;
762              Bool crossOK = False ;
763              Block<uInt> polnos( npol, 99 ) ;
764              for ( Int ipol = 0 ; ipol < npol ; ipol++ ) {
765                Block<uInt> p = getPolNo( corrtype[ipol] ) ;
766                if ( p.size() > 1 ) {
767                  if ( crossOK ) continue ;
768                  else {
769                    polnos[pidx] = p[0] ;
770                    pidx++ ;
771                    polnos[pidx] = p[1] ;
772                    pidx++ ;
773                    crossOK = True ;
774                  }
775                }
776                else {
777                  polnos[pidx] = p[0] ;
778                  pidx++ ;
779                }
780              }
781             
782              // SRCTYPE
783              intRF.attachToRecord( trec, "SRCTYPE" ) ;
784              *intRF = srcType ;
785
786              for ( Int irow = 0 ; irow < nrow ; irow++ ) {
787                // CYCLENO
788                *cycleRF = cycle ;
789
790                // FLAGROW
791                *flrRF = (uInt)mFlagRowCol->asBool( irow ) ;
792
793                // SPECTRA, FLAG
794                Matrix<Float> sp = spArr.xyPlane( irow ) ;
795                Matrix<Bool> flb = flArr.xyPlane( irow ) ;
796                Matrix<uChar> fl( flb.shape() ) ;
797                convertArray( fl, flb ) ;
798
799                // TIME
800                *timeRF = mTimeB[irow].get("d").getValue() ;
801
802                // INTERVAL
803                *intervalRF = (Double)(mIntervalCol->asdouble( irow )) ;
804
805                // TSYS
806                Matrix<Float> tsys ;
807                if ( sysCalIdx[irow] != -1 )
808                  tsys = scTsysCol( irow ) ;
809                else
810                  tsys = defaulttsys ;
811
812                // TCAL_ID
813                Block<uInt> tcalids( npol, 0 ) ;
814                if ( sysCalIdx[irow] != -1 ) {
815                  tcalids = getTcalId( feedId, spwId, scTime[sysCalIdx[irow]] ) ;
816                }
817
818                // WEATHER_ID
819                if ( isWeather_ )
820                  wid = getWeatherId( wid, mTimeB[irow].get("s").getValue() ) ;
821                *widRF = wid ;
822                 
823
824                // DIRECTION, AZEL, SCANRATE
825                if ( getPt_ ) {
826                  Vector<Double> dir ;
827                  Vector<Double> scanrate ;
828                  String refString ;
829                  diridx = getDirection( diridx, dir, scanrate, refString, pointtab, mTimeB[irow].get("s").getValue() ) ;
830                  MDirection::getType( dirType, refString ) ;
831                  mf.resetEpoch( mTimeB[irow] ) ;
832                  mf.resetDirection( MDirection( MVDirection(dir), dirType ) ) ;
833                  if ( refString == "J2000" ) {
834                    *dirRF = dir ;
835                    MDirection::Convert toazel( dirType, MDirection::Ref( MDirection::AZEL, mf ) ) ;
836                    Vector<Double> azel = toazel( dir ).getAngle("rad").getValue() ;
837                    *azRF = (Float)azel(0) ;
838                    *elRF = (Float)azel(1) ;
839                  }
840                  else if ( refString(0,4) == "AZEL" ) {
841                    *azRF = (Float)dir(0) ;
842                    *elRF = (Float)dir(1) ;
843                    MDirection::Convert toj2000( dirType, MDirection::Ref( MDirection::J2000, mf ) ) ;
844                    Vector<Double> newdir = toj2000( dir ).getAngle("rad").getValue() ;
845                    *dirRF = newdir ;
846                  }
847                  else {
848                    MDirection::Convert toazel( dirType, MDirection::Ref( MDirection::AZEL, mf ) ) ;
849                    Vector<Double> azel = toazel( dir ).getAngle("rad").getValue() ;
850                    MDirection::Convert toj2000( dirType, MDirection::Ref( MDirection::J2000, mf ) ) ;
851                    Vector<Double> newdir = toj2000( dir ).getAngle("rad").getValue() ;
852                    *dirRF = newdir ;
853                    *azRF = (Float)azel(0) ;
854                    *elRF = (Float)azel(1) ;
855                  }
856                  if ( scanrate.size() != 0 ) {
857                    *scrRF = scanrate ;
858                  }
859                  else {
860                    *scrRF = defaultScanrate ;
861                  }
862                }
863                else {
864                  String ref = md.getRefString() ;
865                  //Vector<Double> defaultDir = srcDir ;
866                  MDirection::getType( dirType, "J2000" ) ;
867                  if ( ref != "J2000" ) {
868                    ROScalarMeasColumn<MEpoch> tmCol( pointtab, "TIME" ) ;
869                    mf.resetEpoch( tmCol( 0 ) ) ;
870                    MDirection::Convert toj2000( dirType, MDirection::Ref( MDirection::J2000, mf ) ) ;
871                    defaultDir = toj2000( defaultDir ).getAngle("rad").getValue() ;
872                  }
873                  mf.resetEpoch( mTimeB[irow] ) ;
874                  MDirection::Convert toazel( dirType, MDirection::Ref( MDirection::AZEL, mf ) ) ;
875                  Vector<Double> azel = toazel( defaultDir ).getAngle("rad").getValue() ;
876                  *azRF = (Float)azel(0) ;
877                  *elRF = (Float)azel(1) ;
878                  *dirRF = defaultDir ;
879                  *scrRF = defaultScanrate ;
880                }
881
882                // Polarization dependent things
883                for ( Int ipol = 0 ; ipol < npol ; ipol++ ) {
884                  // POLNO
885                  *polnoRF = polnos[ipol] ;
886
887                  //*spRF = sp.row( ipol ) ;
888                  //*ucarrRF = fl.row( ipol ) ;
889                  //*tsysRF = tsys.row( ipol ) ;
890                  spRF.define( sp.row( ipol ) ) ;
891                  ucarrRF.define( fl.row( ipol ) ) ;
892                  tsysRF.define( tsys.row( ipol ) ) ;
893                  *tcalidRF = tcalids[ipol] ;
894
895                  // Commit row
896                  stab.addRow() ;
897                  row.put( stab.nrow()-1 ) ;
898                }
899
900                cycle++ ;
901              }
902              tpoolr->destroy( mIntervalCol ) ;
903              tpoolr->destroy( mFlagRowCol ) ;
904
905//               time1 = gettimeofday_sec() ;
906//               os_ << "end 5th iteration: " << time1 << " (" << time1-time0 << "sec)" << LogIO::POST ;
907
908              iter5.next() ;
909            }
910
911
912            iter4.next() ;
913          }
914
915
916          iter3.next() ;
917        }
918
919             
920        iter2.next() ;
921      }
922
923
924      iter1.next() ;
925    }
926    if ( sdh.nbeam < nbeam ) sdh.nbeam = nbeam ;
927
928    iter0.next() ;
929  }
930
931
932  delete tpoolr ;
933
934
935  // Table Keywords
936  // TODO: This must be updated if writer will be replaced from STWriter to MSWriter
937//   sdh.nif = ifmap.size() ;
938  sdh.nif++ ;
939  if ( ( telescopeName == "" ) || ( antennaName == telescopeName ) ) {
940    sdh.antennaname = antennaName ;
941  }
942  else {
943    sdh.antennaname = telescopeName + "//" + antennaName ;
944  }
945  if ( stationName != "" ) {
946    sdh.antennaname += "@" + stationName ;
947  }
948  ROArrayColumn<Double> pdirCol( pointtab, "DIRECTION" ) ;
949  String dirref = pdirCol.keywordSet().asRecord("MEASINFO").asString("Ref") ;
950  if ( dirref == "AZELGEO" || dirref == "AZEL" ) {
951    dirref = "J2000" ;
952  }
953  sscanf( dirref.chars()+1, "%f", &sdh.equinox ) ;
954  sdh.epoch = "UTC" ;
955  if (sdh.freqref == "TOPO") {
956    sdh.freqref = "TOPOCENT";
957  } else if (sdh.freqref == "GEO") {
958    sdh.freqref = "GEOCENTR";
959  } else if (sdh.freqref == "BARY") {
960    sdh.freqref = "BARYCENT";
961  } else if (sdh.freqref == "GALACTO") {
962    sdh.freqref = "GALACTOC";
963  } else if (sdh.freqref == "LGROUP") {
964    sdh.freqref = "LOCALGRP";
965  } else if (sdh.freqref == "CMB") {
966    sdh.freqref = "CMBDIPOL";
967  } else if (sdh.freqref == "REST") {
968    sdh.freqref = "SOURCE";
969  }
970  table_->setHeader( sdh ) ;
971
972  // save path to POINTING table
973  // 2011/3/2 TN
974  // So far, path to original POINTING table is always stored
975  // since sd tasks and regressions don't support getpt control
976  //if ( !getPt_ ) {
977  Path datapath( tablename_ ) ;
978  String pTabName = datapath.absoluteName() + "/POINTING" ;
979  stab.rwKeywordSet().define( "POINTING", pTabName ) ;
980  //}
981
982  // for GBT
983  if ( antennaName.contains( "GBT" ) ) {
984    String goTabName = datapath.absoluteName() + "/GBT_GO" ;
985    stab.rwKeywordSet().define( "GBT_GO", goTabName ) ;
986  }
987
988  // for MS created from ASDM
989  //mstable_.keywordSet().print(cout) ;
990  const TableRecord &msKeys = mstable_.keywordSet() ;
991  uInt nfields = msKeys.nfields() ;
992  for ( uInt ifield = 0 ; ifield < nfields ; ifield++ ) {
993    String name = msKeys.name( ifield ) ;
994    //os_ << "name = " << name << LogIO::POST ;
995    if ( name.find( "ASDM" ) != String::npos ) {
996      String asdmpath = msKeys.asTable( ifield ).tableName() ;
997      os_ << "ASDM table: " << asdmpath << LogIO::POST ;
998      stab.rwKeywordSet().define( name, asdmpath ) ;
999    }
1000  }
1001
1002//   double endSec = gettimeofday_sec() ;
1003//   os_ << "end MSFiller::fill() endSec=" << endSec << " (" << endSec-startSec << "sec)" << LogIO::POST ;
1004}
1005
1006void MSFiller::close()
1007{
1008  //tablesel_.closeSubTables() ;
1009  mstable_.closeSubTables() ;
1010  //tablesel_.unlock() ;
1011  mstable_.unlock() ;
1012}
1013
1014Int MSFiller::getSrcType( Int stateId, boost::object_pool<ROTableColumn> *tpool )
1015{
1016//   double startSec = gettimeofday_sec() ;
1017//   os_ << "start MSFiller::getSrcType() startSec=" << startSec << LogIO::POST ;
1018
1019  MSState statetab = mstable_.state() ;
1020  ROTableColumn *sharedCol ;
1021  sharedCol = tpool->construct( statetab, "OBS_MODE" ) ;
1022  String obsMode = sharedCol->asString( stateId ) ;
1023  tpool->destroy( sharedCol ) ;
1024  sharedCol = tpool->construct( statetab, "SIG" ) ;
1025  Bool sig = sharedCol->asBool( stateId ) ;
1026  tpool->destroy( sharedCol ) ;
1027  sharedCol = tpool->construct( statetab, "REF" ) ;
1028  Bool ref = sharedCol->asBool( stateId ) ;
1029  tpool->destroy( sharedCol ) ;
1030  sharedCol = tpool->construct( statetab, "CAL" ) ;
1031  Double cal = (Double)(sharedCol->asdouble( stateId )) ;
1032  tpool->destroy( sharedCol ) ;
1033  //os_ << "OBS_MODE = " << obsMode << LogIO::POST ;
1034
1035  // determine separator
1036  String sep = "" ;
1037  String tmpStr = obsMode.substr( 0, obsMode.find_first_of( "," ) ) ;
1038  //os_ << "tmpStr = " << tmpStr << LogIO::POST ;
1039  //if ( obsMode.find( ":" ) != String::npos ) {
1040  if ( tmpStr.find( ":" ) != String::npos ) {
1041    sep = ":" ;
1042  }
1043  //else if ( obsMode.find( "." ) != String::npos ) {
1044  else if ( tmpStr.find( "." ) != String::npos ) {
1045    sep = "." ;
1046  }
1047  //else if ( obsMode.find( "_" ) != String::npos ) {
1048  else if ( tmpStr.find( "_" ) != String::npos ) {
1049    sep = "_" ;
1050  }
1051  //os_ << "separator = " << sep << LogIO::POST ;
1052
1053  // determine SRCTYPE
1054  Int srcType = SrcType::NOTYPE ;
1055  if ( sep == ":" ) {
1056    // sep == ":"
1057    //
1058    // GBT case
1059    //
1060    // obsMode1=Nod
1061    //    NOD
1062    // obsMode1=OffOn
1063    //    obsMode2=PSWITCHON:  PSON
1064    //    obsMode2=PSWITCHOFF: PSOFF
1065    // obsMode1=??
1066    //    obsMode2=FSWITCH:
1067    //       SIG=1: FSON
1068    //       REF=1: FSOFF
1069    // Calibration scan if CAL != 0
1070    Int epos = obsMode.find_first_of( sep ) ;
1071    Int nextpos = obsMode.find_first_of( sep, epos+1 ) ;
1072    String obsMode1 = obsMode.substr( 0, epos ) ;
1073    String obsMode2 = obsMode.substr( epos+1, nextpos-epos-1 ) ;
1074    if ( obsMode1 == "Nod" ) {
1075      srcType = SrcType::NOD ;
1076    }
1077    else if ( obsMode1 == "OffOn" ) {
1078      if ( obsMode2 == "PSWITCHON" ) srcType = SrcType::PSON ;
1079      if ( obsMode2 == "PSWITCHOFF" ) srcType = SrcType::PSOFF ;
1080    }
1081    else {
1082      if ( obsMode2 == "FSWITCH" ) {
1083        if ( sig ) srcType = SrcType::FSON ;
1084        if ( ref ) srcType = SrcType::FSOFF ;
1085      }
1086    }
1087    if ( cal > 0.0 ) {
1088      if ( srcType == SrcType::NOD )
1089        srcType = SrcType::NODCAL ;
1090      else if ( srcType == SrcType::PSON )
1091        srcType = SrcType::PONCAL ;
1092      else if ( srcType == SrcType::PSOFF )
1093        srcType = SrcType::POFFCAL ;
1094      else if ( srcType == SrcType::FSON )
1095        srcType = SrcType::FONCAL ;
1096      else if ( srcType == SrcType::FSOFF )
1097        srcType = SrcType::FOFFCAL ;
1098      else
1099        srcType = SrcType::CAL ;
1100    }
1101  }
1102  else if ( sep == "." ) {
1103    // sep == "."
1104    //
1105    // ALMA & EVLA case (MS via ASDM) before3.1
1106    //
1107    // obsMode1=CALIBRATE_*
1108    //    obsMode2=ON_SOURCE: PONCAL
1109    //    obsMode2=OFF_SOURCE: POFFCAL
1110    // obsMode1=OBSERVE_TARGET
1111    //    obsMode2=ON_SOURCE: PON
1112    //    obsMode2=OFF_SOURCE: POFF
1113    string substr[2] ;
1114    int numSubstr = split( obsMode, substr, 2, "," ) ;
1115    //os_ << "numSubstr = " << numSubstr << LogIO::POST ;
1116    //for ( int i = 0 ; i < numSubstr ; i++ )
1117    //os_ << "substr[" << i << "] = " << substr[i] << LogIO::POST ;
1118    String obsType( substr[0] ) ;
1119    //os_ << "obsType = " << obsType << LogIO::POST ;
1120    Int epos = obsType.find_first_of( sep ) ;
1121    Int nextpos = obsType.find_first_of( sep, epos+1 ) ;
1122    String obsMode1 = obsType.substr( 0, epos ) ;
1123    String obsMode2 = obsType.substr( epos+1, nextpos-epos-1 ) ;
1124    //os_ << "obsMode1 = " << obsMode1 << LogIO::POST ;
1125    //os_ << "obsMode2 = " << obsMode2 << LogIO::POST ;
1126    if ( obsMode1.find( "CALIBRATE_" ) == 0 ) {
1127      if ( obsMode2 == "ON_SOURCE" ) srcType = SrcType::PONCAL ;
1128      if ( obsMode2 == "OFF_SOURCE" ) srcType = SrcType::POFFCAL ;
1129    }
1130    else if ( obsMode1 == "OBSERVE_TARGET" ) {
1131      if ( obsMode2 == "ON_SOURCE" ) srcType = SrcType::PSON ;
1132      if ( obsMode2 == "OFF_SOURCE" ) srcType = SrcType::PSOFF ;
1133    }
1134  }
1135  else if ( sep == "_" ) {
1136    // sep == "_"
1137    //
1138    // ALMA & EVLA case (MS via ASDM) after 3.2
1139    //
1140    // obsMode1=CALIBRATE_*
1141    //    obsMode2=ON_SOURCE: PONCAL
1142    //    obsMode2=OFF_SOURCE: POFFCAL
1143    // obsMode1=OBSERVE_TARGET
1144    //    obsMode2=ON_SOURCE: PON
1145    //    obsMode2=OFF_SOURCE: POFF
1146    string substr[2] ;
1147    int numSubstr = split( obsMode, substr, 2, "," ) ;
1148    //os_ << "numSubstr = " << numSubstr << LogIO::POST ;
1149    //for ( int i = 0 ; i < numSubstr ; i++ )
1150    //os_ << "substr[" << i << "] = " << substr[i] << LogIO::POST ;
1151    String obsType( substr[0] ) ;
1152    //os_ << "obsType = " << obsType << LogIO::POST ;
1153    string substr2[4] ;
1154    int numSubstr2 = split( obsType, substr2, 4, sep ) ;
1155    //Int epos = obsType.find_first_of( sep ) ;
1156    //Int nextpos = obsType.find_first_of( sep, epos+1 ) ;
1157    //String obsMode1 = obsType.substr( 0, epos ) ;
1158    //String obsMode2 = obsType.substr( epos+1, nextpos-epos-1 ) ;
1159    String obsMode1( substr2[0] ) ;
1160    String obsMode2( substr2[2] ) ;
1161    //os_ << "obsMode1 = " << obsMode1 << LogIO::POST ;
1162    //os_ << "obsMode2 = " << obsMode2 << LogIO::POST ;
1163    if ( obsMode1.find( "CALIBRATE" ) == 0 ) {
1164      if ( obsMode2 == "ON" ) srcType = SrcType::PONCAL ;
1165      if ( obsMode2 == "OFF" ) srcType = SrcType::POFFCAL ;
1166    }
1167    else if ( obsMode1 == "OBSERVE" ) {
1168      if ( obsMode2 == "ON" ) srcType = SrcType::PSON ;
1169      if ( obsMode2 == "OFF" ) srcType = SrcType::PSOFF ;
1170    }
1171  }
1172  else {
1173    if ( sig ) srcType = SrcType::SIG ;
1174    if ( ref ) srcType = SrcType::REF ;
1175  }
1176   
1177  //os_ << "srcType = " << srcType << LogIO::POST ;
1178//   double endSec = gettimeofday_sec() ;
1179//   os_ << "end MSFiller::getSrcType() endSec=" << endSec << " (" << endSec-startSec << "sec)" << LogIO::POST ;
1180  return srcType ;
1181}
1182
1183//Vector<uInt> MSFiller::getPolNo( Int corrType )
1184Block<uInt> MSFiller::getPolNo( Int corrType )
1185{
1186//   double startSec = gettimeofday_sec() ;
1187//   os_ << "start MSFiller::getPolNo() startSec=" << startSec << LogIO::POST ;
1188  Block<uInt> polno( 1 ) ;
1189
1190  if ( corrType == Stokes::I || corrType == Stokes::RR || corrType == Stokes::XX ) {
1191    polno = 0 ;
1192  }
1193  else if ( corrType == Stokes::Q || corrType == Stokes::LL || corrType == Stokes::YY ) {
1194    polno = 1 ;
1195  }
1196  else if ( corrType == Stokes::U ) {
1197    polno = 2 ;
1198  }
1199  else if ( corrType == Stokes::V ) {
1200    polno = 3 ;
1201  }
1202  else if ( corrType == Stokes::RL || corrType == Stokes::XY || corrType == Stokes::LR || corrType == Stokes::RL ) {
1203    polno.resize( 2 ) ;
1204    polno[0] = 2 ;
1205    polno[1] = 3 ;
1206  }
1207  else if ( corrType == Stokes::Plinear ) {
1208    polno[0] = 1 ;
1209  }
1210  else if ( corrType == Stokes::Pangle ) {
1211    polno[0] = 2 ;
1212  }
1213  else {
1214    polno = 99 ;
1215  }
1216  //os_ << "polno = " << polno << LogIO::POST ;
1217//   double endSec = gettimeofday_sec() ;
1218//   os_ << "end MSFiller::getPolNo() endSec=" << endSec << " (" << endSec-startSec << "sec)" << LogIO::POST ;
1219 
1220  return polno ;
1221}
1222
1223String MSFiller::getPolType( Int corrType )
1224{
1225//   double startSec = gettimeofday_sec() ;
1226//   os_ << "start MSFiller::getPolType() startSec=" << startSec << LogIO::POST ;
1227  String poltype = "" ;
1228
1229  if ( corrType == Stokes::I || corrType == Stokes::Q || corrType == Stokes::U || corrType == Stokes::V )
1230    poltype = "stokes" ;
1231  else if ( corrType == Stokes::XX || corrType == Stokes::YY || corrType == Stokes::XY || corrType == Stokes::YX )
1232    poltype = "linear" ;
1233  else if ( corrType == Stokes::RR || corrType == Stokes::LL || corrType == Stokes::RL || corrType == Stokes::LR )
1234    poltype = "circular" ;
1235  else if ( corrType == Stokes::Plinear || corrType == Stokes::Pangle )
1236    poltype = "linpol" ;
1237
1238//   double endSec = gettimeofday_sec() ;
1239//   os_ << "end MSFiller::getPolType() endSec=" << endSec << " (" << endSec-startSec << "sec)" << LogIO::POST ;
1240  return poltype ;
1241}
1242
1243void MSFiller::fillWeather()
1244{
1245//   double startSec = gettimeofday_sec() ;
1246//   os_ << "start MSFiller::fillWeather() startSec=" << startSec << LogIO::POST ;
1247
1248  if ( !isWeather_ ) {
1249    // add dummy row
1250    table_->weather().table().addRow(1,True) ;
1251    return ;
1252  }
1253
1254  Table mWeather = mstable_.weather()  ;
1255  //Table mWeatherSel = mWeather( mWeather.col("ANTENNA_ID") == antenna_ ).sort("TIME") ;
1256  Table mWeatherSel( mWeather( mWeather.col("ANTENNA_ID") == antenna_ ).sort("TIME") ) ;
1257  //os_ << "mWeatherSel.nrow() = " << mWeatherSel.nrow() << LogIO::POST ;
1258  if ( mWeatherSel.nrow() == 0 ) {
1259    os_ << "No rows with ANTENNA_ID = " << antenna_ << " in WEATHER table, Try -1..." << LogIO::POST ;
1260    mWeatherSel = Table( MSWeather( mWeather( mWeather.col("ANTENNA_ID") == -1 ) ) ) ;
1261    if ( mWeatherSel.nrow() == 0 ) {
1262      os_ << "No rows in WEATHER table" << LogIO::POST ;
1263    }
1264  }
1265  uInt wnrow = mWeatherSel.nrow() ;
1266  //os_ << "wnrow = " << wnrow << LogIO::POST ;
1267
1268  if ( wnrow == 0 )
1269    return ;
1270
1271  Table wtab = table_->weather().table() ;
1272  wtab.addRow( wnrow ) ;
1273
1274  ScalarColumn<Float> *fCol ;
1275  ROScalarColumn<Float> *sharedFloatCol ;
1276  if ( mWeatherSel.tableDesc().isColumn( "TEMPERATURE" ) ) {
1277    fCol = new ScalarColumn<Float>( wtab, "TEMPERATURE" ) ;
1278    sharedFloatCol = new ROScalarColumn<Float>( mWeatherSel, "TEMPERATURE" ) ;
1279    fCol->putColumn( *sharedFloatCol ) ;
1280    delete sharedFloatCol ;
1281    delete fCol ;
1282  }
1283  if ( mWeatherSel.tableDesc().isColumn( "PRESSURE" ) ) {
1284    fCol = new ScalarColumn<Float>( wtab, "PRESSURE" ) ;
1285    sharedFloatCol = new ROScalarColumn<Float>( mWeatherSel, "PRESSURE" ) ;
1286    fCol->putColumn( *sharedFloatCol ) ;
1287    delete sharedFloatCol ;
1288    delete fCol ;
1289  }
1290  if ( mWeatherSel.tableDesc().isColumn( "REL_HUMIDITY" ) ) {
1291    fCol = new ScalarColumn<Float>( wtab, "HUMIDITY" ) ;
1292    sharedFloatCol = new ROScalarColumn<Float>( mWeatherSel, "REL_HUMIDITY" ) ;
1293    fCol->putColumn( *sharedFloatCol ) ;
1294    delete sharedFloatCol ;
1295    delete fCol ;
1296  }
1297  if ( mWeatherSel.tableDesc().isColumn( "WIND_SPEED" ) ) { 
1298    fCol = new ScalarColumn<Float>( wtab, "WINDSPEED" ) ;
1299    sharedFloatCol = new ROScalarColumn<Float>( mWeatherSel, "WIND_SPEED" ) ;
1300    fCol->putColumn( *sharedFloatCol ) ;
1301    delete sharedFloatCol ;
1302    delete fCol ;
1303  }
1304  if ( mWeatherSel.tableDesc().isColumn( "WIND_DIRECTION" ) ) {
1305    fCol = new ScalarColumn<Float>( wtab, "WINDAZ" ) ;
1306    sharedFloatCol = new ROScalarColumn<Float>( mWeatherSel, "WIND_DIRECTION" ) ;
1307    fCol->putColumn( *sharedFloatCol ) ;
1308    delete sharedFloatCol ;
1309    delete fCol ;
1310  }
1311  ScalarColumn<uInt> idCol( wtab, "ID" ) ;
1312  for ( uInt irow = 0 ; irow < wnrow ; irow++ )
1313    idCol.put( irow, irow ) ;
1314
1315  ROScalarQuantColumn<Double> tqCol( mWeatherSel, "TIME" ) ;
1316  ROScalarColumn<Double> tCol( mWeatherSel, "TIME" ) ;
1317  String tUnit = tqCol.getUnits() ;
1318  mwTime_ = tCol.getColumn() ;
1319  if ( tUnit == "d" )
1320    mwTime_ *= 86400.0 ;
1321  tqCol.attach( mWeatherSel, "INTERVAL" ) ;
1322  tCol.attach( mWeatherSel, "INTERVAL" ) ;
1323  String iUnit = tqCol.getUnits() ;
1324  mwInterval_ = tCol.getColumn() ;
1325  if ( iUnit == "d" )
1326    mwInterval_ *= 86400.0 ;
1327  //os_ << "mwTime[0] = " << mwTime_[0] << " mwInterval[0] = " << mwInterval_[0] << LogIO::POST ;
1328//   double endSec = gettimeofday_sec() ;
1329//   os_ << "end MSFiller::fillWeather() endSec=" << endSec << " (" << endSec-startSec << "sec)" << LogIO::POST ;
1330}
1331
1332void MSFiller::fillFocus()
1333{
1334//   double startSec = gettimeofday_sec() ;
1335//   os_ << "start MSFiller::fillFocus() startSec=" << startSec << LogIO::POST ;
1336  // tentative
1337  Table tab = table_->focus().table() ;
1338  tab.addRow( 1 ) ;
1339  ScalarColumn<uInt> idCol( tab, "ID" ) ;
1340  idCol.put( 0, 0 ) ;
1341//   double endSec = gettimeofday_sec() ;
1342//   os_ << "end MSFiller::fillFocus() endSec=" << endSec << " (" << endSec-startSec << "sec)" << LogIO::POST ;
1343}
1344
1345void MSFiller::fillTcal( boost::object_pool<ROTableColumn> *tpoolr )
1346{
1347//   double startSec = gettimeofday_sec() ;
1348//   os_ << "start MSFiller::fillTcal() startSec=" << startSec << LogIO::POST ;
1349
1350  if ( !isSysCal_ ) {
1351    // add dummy row
1352    os_ << "No SYSCAL rows" << LogIO::POST ;
1353    table_->tcal().table().addRow(1,True) ;
1354    Vector<Float> defaultTcal( 1, 1.0 ) ;
1355    ArrayColumn<Float> tcalCol( table_->tcal().table(), "TCAL" ) ;
1356    tcalCol.put( 0, defaultTcal ) ;
1357    return ;
1358  }
1359
1360  Table sctab = mstable_.sysCal() ;
1361  if ( sctab.nrow() == 0 ) {
1362    os_ << "No SYSCAL rows" << LogIO::POST ;
1363    return ;
1364  }
1365  Table sctabsel( sctab( sctab.col("ANTENNA_ID") == antenna_ ) ) ;
1366  if ( sctabsel.nrow() == 0 ) {
1367    os_ << "No SYSCAL rows" << LogIO::POST ;
1368    return ;
1369  }
1370  ROArrayColumn<Float> *tmpTcalCol = new ROArrayColumn<Float>( sctabsel, "TCAL" ) ;
1371  uInt npol = tmpTcalCol->shape( 0 )(0) ;
1372  delete tmpTcalCol ;
1373  //os_ << "fillTcal(): npol = " << npol << LogIO::POST ;
1374  Table tab = table_->tcal().table() ;
1375  ArrayColumn<Float> tcalCol( tab, "TCAL" ) ;
1376  ROTableColumn *sharedCol ;
1377  uInt oldnr = 0 ;
1378  uInt newnr = 0 ;
1379  TableRow row( tab ) ;
1380  TableRecord &trec = row.record() ;
1381  RecordFieldPtr<uInt> idRF( trec, "ID" ) ;
1382  RecordFieldPtr<String> timeRF( trec, "TIME" ) ;
1383  RecordFieldPtr< Array<Float> > tcalRF( trec, "TCAL" ) ;
1384  TableIterator iter0( sctabsel, "FEED_ID" ) ;
1385  while( !iter0.pastEnd() ) {
1386    Table t0 = iter0.table() ;
1387    sharedCol = tpoolr->construct( t0, "FEED_ID" ) ;
1388    Int feedId = sharedCol->asInt( 0 ) ;
1389    tpoolr->destroy( sharedCol ) ;
1390    TableIterator iter1( t0, "SPECTRAL_WINDOW_ID" ) ;
1391    while( !iter1.pastEnd() ) {
1392      Table t1 = iter1.table() ;
1393      sharedCol = tpoolr->construct( t1, "SPECTRAL_WINDOW_ID" ) ;
1394      Int spwId = sharedCol->asInt( 0 ) ;
1395      tpoolr->destroy( sharedCol ) ;
1396      tmpTcalCol = new ROArrayColumn<Float>( t1, colTcal_ ) ;
1397      ROScalarQuantColumn<Double> scTimeCol( t1, "TIME" ) ;
1398      Vector<uInt> idminmax( 2, oldnr ) ;
1399      for ( uInt irow = 0 ; irow < t1.nrow() ; irow++ ) {
1400        String sTime = MVTime( scTimeCol(irow) ).string( MVTime::YMD ) ;
1401        *timeRF = sTime ;
1402        uInt idx = oldnr ;
1403        Matrix<Float> subtcal = (*tmpTcalCol)( irow ) ;
1404        for ( uInt ipol = 0 ; ipol < npol ; ipol++ ) {
1405          *idRF = idx++ ;
1406          //*tcalRF = subtcal.row( ipol ) ;
1407          tcalRF.define( subtcal.row( ipol ) ) ;
1408
1409          // commit row
1410          tab.addRow() ;
1411          row.put( tab.nrow()-1 ) ;
1412
1413          newnr++ ;
1414        }
1415        idminmax[0] = oldnr ;
1416        idminmax[1] = newnr - 1 ;
1417        oldnr = newnr ;
1418
1419        String key = keyTcal( feedId, spwId, sTime ) ;
1420        tcalrec_.define( key, idminmax ) ;
1421      }
1422      delete tmpTcalCol ;
1423      iter1++ ;
1424    }
1425    iter0++ ;
1426  }
1427
1428  //tcalrec_.print( std::cout ) ;
1429//   double endSec = gettimeofday_sec() ;
1430//   os_ << "end MSFiller::fillTcal() endSec=" << endSec << " (" << endSec-startSec << "sec)" << LogIO::POST ;
1431}
1432
1433uInt MSFiller::getWeatherId( uInt idx, Double wtime )
1434{
1435//   double startSec = gettimeofday_sec() ;
1436//   os_ << "start MSFiller::getWeatherId() startSec=" << startSec << LogIO::POST ;
1437  uInt nrow = mwTime_.size() ;
1438  if ( nrow < 2 )
1439    return 0 ;
1440  uInt wid = nrow ;
1441  for ( uInt i = idx ; i < nrow-1 ; i++ ) {
1442    Double tStart = mwTime_[i]-0.5*mwInterval_[i] ;
1443    // use of INTERVAL column is problematic
1444    // since there are "blank" time of weather monitoring
1445    //Double tEnd = tStart + mwInterval_[i] ;
1446    Double tEnd = mwTime_[i+1]-0.5*mwInterval_[i+1] ;
1447    //os_ << "tStart = " << tStart << " dtEnd = " << tEnd-tStart << " dwtime = " << wtime-tStart << LogIO::POST ;
1448    if ( wtime >= tStart && wtime <= tEnd ) {
1449      wid = i ;
1450      break ;
1451    }
1452  }
1453  if ( wid == nrow ) {
1454    uInt i = nrow - 1 ;
1455    Double tStart = mwTime_[i-1]+0.5*mwInterval_[i-1] ;
1456    Double tEnd = mwTime_[i]+0.5*mwInterval_[i] ;
1457    //os_ << "tStart = " << tStart << " dtEnd = " << tEnd-tStart << " dwtime = " << wtime-tStart << LogIO::POST ;
1458    if ( wtime >= tStart && wtime <= tEnd )
1459      wid = i-1 ;
1460    else
1461      wid = i ;
1462  }
1463
1464  //if ( wid == nrow )
1465  //os_ << LogIO::WARN << "Couldn't find correct WEATHER_ID for time " << wtime << LogIO::POST ;
1466
1467//   double endSec = gettimeofday_sec() ;
1468//   os_ << "end MSFiller::getWeatherId() endSec=" << endSec << " (" << endSec-startSec << "sec)" << LogIO::POST ;
1469  return wid ;
1470}
1471
1472void MSFiller::getSysCalTime( Vector<MEpoch> &scTime, Vector<Double> &scInterval, Block<MEpoch> &tcol, Block<Int> &tidx )
1473{
1474//   double startSec = gettimeofday_sec() ;
1475//   os_ << "start MSFiller::getSysCalTime() startSec=" << startSec << LogIO::POST ;
1476
1477  if ( !isSysCal_ )
1478    return ;
1479
1480  uInt nrow = tidx.nelements() ;
1481  if ( scTime.nelements() == 0 )
1482    return ;
1483  else if ( scTime.nelements() == 1 ) {
1484    tidx[0] = 0 ;
1485    return ;
1486  }
1487  uInt scnrow = scTime.nelements() ;
1488  uInt idx = 0 ;
1489  const Double half = 0.5e0 ;
1490  // execute  binary search
1491  idx = binarySearch( scTime, tcol[0].get( "s" ).getValue() ) ;
1492  if ( idx != 0 )
1493    idx -= 1 ;
1494  for ( uInt i = 0 ; i < nrow ; i++ ) {
1495    Double t = tcol[i].get( "s" ).getValue() ;
1496    Double tsc = scTime[0].get( "s" ).getValue() ;
1497    if ( t < tsc ) {
1498      tidx[i] = 0 ;
1499      continue ;
1500    }
1501    for ( uInt j = idx ; j < scnrow-1 ; j++ ) {
1502      Double tsc1 = scTime[j].get( "s" ).getValue() ;
1503      Double dt1 = scInterval[j] ;
1504      Double tsc2 = scTime[j+1].get( "s" ).getValue() ;
1505      Double dt2 = scInterval[j+1] ;
1506      if ( t > tsc1-half*dt1 && t <= tsc2-half*dt2 ) {
1507        tidx[i] = j ;
1508        idx = j ;
1509        break ;
1510      }
1511    }
1512    if ( tidx[i] == -1 ) {
1513//       Double tsc = scTime[scnrow-1].get( "s" ).getValue() ;
1514//       Double dt = scInterval[scnrow-1] ;
1515//       if ( t <= tsc+0.5*dt ) {
1516//         tidx[i] = scnrow-1 ;
1517//       }
1518      tidx[i] = scnrow-1 ;
1519    }
1520  }
1521//   double endSec = gettimeofday_sec() ;
1522//   os_ << "end MSFiller::getSysCalTime() endSec=" << endSec << " (" << endSec-startSec << "sec) scnrow = " << scnrow << " tcol.nelements = " << tcol.nelements() << LogIO::POST ;
1523  return ;
1524}
1525
1526Block<uInt> MSFiller::getTcalId( Int fid, Int spwid, MEpoch &t )
1527{
1528//   double startSec = gettimeofday_sec() ;
1529//   os_ << "start MSFiller::getTcalId() startSec=" << startSec << LogIO::POST ;
1530  //if ( table_->tcal().table().nrow() == 0 ) {
1531  if ( !isSysCal_ ) {
1532    os_ << "No TCAL rows" << LogIO::POST ;
1533    Block<uInt> tcalids( 0 ) ;
1534    return  tcalids ;
1535  }   
1536  //String sctime = MVTime( Quantum<Double>(t,"s") ).string(MVTime::YMD) ;
1537  String sctime = MVTime( t.getValue() ).string(MVTime::YMD) ;
1538  String key = keyTcal( fid, spwid, sctime ) ;
1539  if ( !tcalrec_.isDefined( key ) ) {
1540    os_ << "No TCAL rows" << LogIO::POST ;
1541    Block<uInt> tcalids( 0 ) ;
1542    return tcalids ;
1543  }
1544  Vector<uInt> ids = tcalrec_.asArrayuInt( key ) ;
1545  uInt npol = ids[1] - ids[0] + 1 ;
1546  Block<uInt> tcalids( npol ) ;
1547  tcalids[0] = ids[0] ;
1548  tcalids[1] = ids[1] ;
1549  for ( uInt ipol = 2 ; ipol < npol ; ipol++ )
1550    tcalids[ipol] = ids[0] + ipol - 1 ;
1551
1552//   double endSec = gettimeofday_sec() ;
1553//   os_ << "end MSFiller::getTcalId() endSec=" << endSec << " (" << endSec-startSec << "sec)" << LogIO::POST ;
1554  return tcalids ;
1555}
1556
1557uInt MSFiller::getDirection( uInt idx, Vector<Double> &dir, Vector<Double> &srate, String &ref, MSPointing &tab, Double t )
1558{
1559//   double startSec = gettimeofday_sec() ;
1560//   os_ << "start MSFiller::getDirection() startSec=" << startSec << LogIO::POST ;
1561  // assume that cols is sorted by TIME
1562  Bool doInterp = False ;
1563  //uInt nrow = cols.nrow() ;
1564  uInt nrow = tab.nrow() ;
1565  if ( nrow == 0 )
1566    return 0 ;
1567  ROScalarMeasColumn<MEpoch> tcol( tab, "TIME" ) ;
1568  ROArrayMeasColumn<MDirection> dmcol( tab, "DIRECTION" ) ;
1569  ROArrayColumn<Double> dcol( tab, "DIRECTION" ) ;
1570  // binary search if idx == 0
1571  if ( idx == 0 ) {
1572    uInt nrowb = 75000 ;
1573    if ( nrow > nrowb ) {
1574      uInt nblock = nrow / nrowb + 1 ;
1575      for ( uInt iblock = 0 ; iblock < nblock ; iblock++ ) {
1576        uInt high = min( nrowb, nrow-iblock*nrowb ) ;
1577
1578        if ( tcol( high-1 ).get( "s" ).getValue() < t ) {
1579          idx = iblock * nrowb ;
1580          continue ;
1581        }
1582
1583        Vector<MEpoch> tarr( high ) ;
1584        for ( uInt irow = 0 ; irow < high ; irow++ ) {
1585          tarr[irow] = tcol( iblock*nrowb+irow ) ;
1586        }
1587
1588        uInt bidx = binarySearch( tarr, t ) ;
1589
1590        idx = iblock * nrowb + bidx ;
1591        break ;
1592      }
1593    }
1594    else {
1595      Vector<MEpoch> tarr( nrow ) ;
1596      for ( uInt irow = 0 ; irow < nrow ; irow++ ) {
1597        tarr[irow] = tcol( irow ) ;
1598      }
1599      idx = binarySearch( tarr, t ) ;
1600    }
1601  }
1602  // ensure that tcol(idx) < t
1603  //os_ << "tcol(idx) = " << tcol(idx).get("s").getValue() << " t = " << t << " diff = " << tcol(idx).get("s").getValue()-t << endl ;
1604  while ( tcol(idx).get("s").getValue() > t && idx > 0 )
1605    idx-- ;
1606  //os_ << "idx = " << idx << LogIO::POST ;
1607
1608  // index search
1609  for ( uInt i = idx ; i < nrow ; i++ ) {
1610    Double tref = tcol( i ).get( "s" ).getValue() ;
1611    if ( tref == t ) {
1612      idx = i ;
1613      break ;
1614    }
1615    else if ( tref > t ) {
1616      if ( i == 0 ) {
1617        idx = i ;
1618      }
1619      else {
1620        idx = i-1 ;
1621        doInterp = True ;
1622      }
1623      break ;
1624    }
1625    else {
1626      idx = nrow - 1 ;
1627    }
1628  }
1629  //os_ << "searched idx = " << idx << LogIO::POST ;
1630
1631  //os_ << "dmcol(idx).shape() = " << dmcol(idx).shape() << LogIO::POST ;
1632  IPosition ip( dmcol(idx).shape().nelements(), 0 ) ;
1633  //os_ << "ip = " << ip << LogIO::POST ;
1634  ref = dmcol(idx)(ip).getRefString() ;
1635  //os_ << "ref = " << ref << LogIO::POST ;
1636  if ( doInterp ) {
1637    //os_ << "do interpolation" << LogIO::POST ;
1638    //os_ << "dcol(idx).shape() = " << dcol(idx).shape() << LogIO::POST ;
1639    Double tref0 = tcol(idx).get("s").getValue() ;
1640    Double tref1 = tcol(idx+1).get("s").getValue() ;
1641    Matrix<Double> mdir0 = dcol( idx ) ;
1642    Matrix<Double> mdir1 = dcol( idx+1 ) ;
1643    Vector<Double> dir0 = mdir0.column( 0 ) ;
1644    //os_ << "dir0 = " << dir0 << LogIO::POST ;
1645    Vector<Double> dir1 = mdir1.column( 0 ) ;
1646    //os_ << "dir1 = " << dir1 << LogIO::POST ;
1647    Double dt0 = t - tref0 ;
1648    Double dt1 = tref1 - t ;
1649    dir.reference( (dt0*dir1+dt1*dir0)/(dt0+dt1) ) ;
1650    if ( mdir0.ncolumn() > 1 ) {
1651      if ( dt0 >= dt1 )
1652        srate.reference( mdir0.column( 1 ) ) ;
1653      else
1654        srate.reference( mdir1.column( 1 ) ) ;
1655    }
1656    //os_ << "dir = " << dir << LogIO::POST ;
1657  }
1658  else {
1659    //os_ << "no interpolation" << LogIO::POST ;
1660    Matrix<Double> mdir0 = dcol( idx ) ;
1661    dir.reference( mdir0.column( 0 ) ) ;
1662    if ( mdir0.ncolumn() > 1 )
1663      srate.reference( mdir0.column( 1 ) ) ;
1664  }
1665
1666//   double endSec = gettimeofday_sec() ;
1667//   os_ << "end MSFiller::getDirection() endSec=" << endSec << " (" << endSec-startSec << "sec)" << LogIO::POST ;
1668  return idx ;
1669}
1670
1671String MSFiller::keyTcal( Int feedid, Int spwid, String stime )
1672{
1673  String sfeed = "FEED" + String::toString( feedid ) ;
1674  String sspw = "SPW" + String::toString( spwid ) ;
1675  return sfeed+":"+sspw+":"+stime ;
1676}
1677
1678uInt MSFiller::binarySearch( Vector<MEpoch> &timeList, Double target )
1679{
1680  Int low = 0 ;
1681  Int high = timeList.nelements() ;
1682  uInt idx = 0 ;
1683
1684  while ( low <= high ) {
1685    idx = (Int)( 0.5 * ( low + high ) ) ;
1686    Double t = timeList[idx].get( "s" ).getValue() ;
1687    if ( t < target )
1688      low = idx + 1 ;
1689    else if ( t > target )
1690      high = idx - 1 ;
1691    else
1692      return idx ;
1693  }
1694
1695  idx = max( 0, min( low, high ) ) ;
1696
1697  return idx ;
1698 
1699}
1700
1701} ;
1702
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.